]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/AliPHOSPIDv1.cxx
Added the option to write objects into separate files and improved the cleaning
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPIDv1.cxx
index e8909e142d612607babb131e7d6c39115c4bd066..25c4f021c0833a8e4b2627b7d2ba49f0e15e2d31 100644 (file)
 //_________________________________________________________________________
 // Implementation version v1 of the PHOS particle identifier 
 // Particle identification based on the 
-//     - CPV information, 
-//     - Preshower information (in MIX or GPS2 geometries)
-//     - shower width.
-
-// CPV or Preshower cluster should be clother in PHOS plane than fCpvEmcDistance (in cm).
-// This variable can be set by method SetCpvtoEmcDistanceCut(Float_t cut)  
+//     - RCPV: distance from CPV recpoint to EMCA recpoint.
+//     - TOF 
+//     - PCA: Principal Components Analysis..
+// The identified particle has an identification number corresponding 
+// to a 9 bits number:
+//     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > fCpvEmcDistance (each bit corresponds
+//      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
+//     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < fTimeGate (each bit corresponds
+//      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
+//     -Bit 6 to 9: bit set if Principal Components are 
+//      inside an ellipse defined by fX_center, fY_center, fA, fB, fAngle
+//      (each bit corresponds to a different efficiency-purity point of the 
+//      photon identification) 
 //
-// One can set desirable ID method by the function SetIdentificationMethod(option).
-// Now the following options can be used together or separately :
-//     - "disp": use dispersion cut on shower width 
-//               (width can be set by method SetDispersionCut(Float_t cut)
-//     - "ell" : use cut on the axis of the ellipse, drown around shower 
-//       (this cut can be changed by SetShowerProfileCut(char* formula), 
-//        where formula - any function of two variables f(lambda[0],lambda[1]).
-//        Shower is considered as EM if f() > 0 )
-// One can visualize current cuts calling method PlotDispersionCuts().    
 //
-// Below we present usercase:
-// root [0] AliPHOSPIDv1 * p1 = new AliPHOSPIDv1("galice.root")
-// Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-// root [1] p1->SetIdentificationMethod("disp ellipse")
-// root [2] p1->ExecuteTask()
-// root [3] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","ts1")
-// Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//                // reading headers from file galice1.root and TrackSegments 
-//                // with title "ts1"
-// root [4] p2->SetRecParticlesBranch("rp1")
+// use case:
+//  root [0] AliPHOSPIDv1 * p = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1")
+//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
+//                // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles with title v1
+                  // TrackSegments and RecPoints with title "v1" are used 
 //                // set file name for the branch RecParticles
-// root [5] p2->ExecuteTask("deb all time")
+//  root [1] p->ExecuteTask("deb all time")
 //                // available options
 //                // "deb" - prints # of reconstructed particles
 //                // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
 //                // "time" - prints benchmarking results
 //                  
+//  root [2] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1","v0")
+//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
+//                // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles with title v1
+                  // RecPoints and TrackSegments with title "v0" are used 
+//  root [3] p2->ExecuteTask()
+//
+//  There are two possible principal files available to do the analysis. 
+//  One for energy ranges from 0.5 to 5 GeV, the default one, and another 
+//  one from 0.5 to 100 GeV. To do the analysis with one of this files,
+//  Use case
+//  root [0] AliPHOSPIDv1 p("galice.root")
+//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
+//  root [1] p.SetParameters("Wide energy range")       (0.5-100 GeV)              
+//  root [2] p.ExecuteTask("deb")            
+//  or
+//  root [0] AliPHOSPIDv1 p("galice.root")
+//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
+//  root [1] p.SetParameters("Small energy range")       (0.5-5 GeV) 
+//  or 
+//  p.SetParameters("Default")                           (0.5-5 GeV)              
+//  root [2] p.ExecuteTask("deb")            
+
 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH) & 
-//            Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
-//            Complitely redesined by Dmitri Peressounko, March 2001
+//            Gustavo Conesa April 2002
 
 // --- ROOT system ---
 #include "TROOT.h"
 #include "TFolder.h"
 #include "TSystem.h"
 #include "TBenchmark.h"
+#include "TMatrixD.h"
+#include "TPrincipal.h"
+#include "TSystem.h"
+
 // --- Standard library ---
 
 #include <iostream.h>
+#include <fstream.h>
 #include <iomanip.h>
 
 // --- AliRoot header files ---
 #include "AliPHOSTrackSegment.h"
 #include "AliPHOSTrackSegmentMakerv1.h"
 #include "AliPHOSRecParticle.h"
+#include "AliPHOSGeometry.h"
+#include "AliPHOSGetter.h"
 
 ClassImp( AliPHOSPIDv1) 
 
 //____________________________________________________________________________
 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1():AliPHOSPID()
 { 
-  fIsInitialized = kFALSE ;
+  // default ctor
+  InitParameters() ; 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const char * headeFile,const char * tsBranchTitle):AliPHOSPID()
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const char * headerFile,const char * name, const char * from) : AliPHOSPID(headerFile, name)
+
+                         
 { 
-  
-  fHeaderFileName = headeFile ;
+  //ctor with the indication on where to look for the track segments
+  InitParameters() ; 
 
-  fTSTitle = tsBranchTitle ;
+  if ( from == 0 ) 
+    fFrom = name ; 
+  else
+    fFrom = from ; 
 
-  SetName("AliPHOSPID") ;
-  SetTitle("version1") ;
+  Init() ;
 
-  TFile * file = (TFile*) gROOT->GetFile(fHeaderFileName.Data() ) ;
+}
 
-  if(file == 0){
-    file = new TFile(fHeaderFileName.Data(),"update") ;
-    gAlice = (AliRun *) file->Get("gAlice") ;
-  }
+//____________________________________________________________________________
+AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
+{ 
+
+  delete [] fX ; // Principal input 
+  delete [] fP ; // Principal components
+  delete fParameters ; // Matrix of Parameters 
+
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
   
-  AliPHOS * phos = (AliPHOS *) gAlice->GetDetector("PHOS") ;    
-  fGeom  = AliPHOSGeometry::GetInstance(phos->GetGeometry()->GetName(),phos->GetGeometry()->GetTitle() );
+  // remove the task from the folder list
+  gime->RemoveTask("P",GetName()) ;
+  TString name(GetName()) ; 
+  name.ReplaceAll("pid", "clu") ; 
+  gime->RemoveTask("C",name) ;
   
-  fTrackSegments = new TClonesArray("AliPHOSTrackSegment",1) ;
-  fTSMaker       = 0 ;
-  fEmcRecPoints  = new TObjArray(1) ;
-  fCpvRecPoints  = new TObjArray(1) ;
-  fClusterizer   = 0 ;
-  fRecParticles  = new TClonesArray("AliPHOSRecParticle",100) ;
-
-  fFormula = new TFormula("LambdaCuts","(x>1)*(x<3)*(y>0)*(y<x)") ;
+  // remove the data from the folder list
+  name = GetName() ; 
+  name.Remove(name.Index(":")) ; 
+  gime->RemoveObjects("RE", name) ; // EMCARecPoints
+  gime->RemoveObjects("RC", name) ; // CPVRecPoints
+  gime->RemoveObjects("T", name) ;  // TrackSegments
+  gime->RemoveObjects("P", name) ;  // RecParticles
+  
+  // Delete gAlice
+  gime->CloseFile() ; 
   
-  // add Task to //root/Tasks folder
-  TTask * roottasks = (TTask*)gROOT->GetRootFolder()->FindObject("Tasks") ; 
-  roottasks->Add(this) ; 
-
-  fDispersion = 2.0; 
-  fCpvEmcDistance = 3.0 ;
-  fIsInitialized = kTRUE ;
-
 }
-//____________________________________________________________________________
-AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
-{ 
 
+//____________________________________________________________________________
+const TString AliPHOSPIDv1::BranchName() const 
+{  
+  TString branchName(GetName() ) ;
+  branchName.Remove(branchName.Index(Version())-1) ;
+  return branchName ;
 }
 //____________________________________________________________________________
 void AliPHOSPIDv1::Init()
 {
-  if(!fIsInitialized){
-    if(fHeaderFileName.IsNull())
-      fHeaderFileName = "galice.root" ;
-    
-    TFile * file = (TFile*) gROOT->GetFile(fHeaderFileName.Data() ) ;
-
-    if(file == 0){
-      file = new TFile(fHeaderFileName.Data(),"update") ;
-      gAlice = (AliRun *) file->Get("gAlice") ;
-    }
-
-    AliPHOS * phos = (AliPHOS *) gAlice->GetDetector("PHOS") ;    
-    fGeom  = AliPHOSGeometry::GetInstance(phos->GetGeometry()->GetName(),phos->GetGeometry()->GetTitle() );
+  // Make all memory allocations that are not possible in default constructor
+  // Add the PID task to the list of PHOS tasks
 
-    fTrackSegments = new TClonesArray("AliPHOSTrackSegment",1) ;
-    fTSMaker       = new AliPHOSTrackSegmentMakerv1() ;
-    fEmcRecPoints  = new TObjArray(1) ;
-    fCpvRecPoints  = new TObjArray(1) ;
-    fClusterizer   = new AliPHOSClusterizerv1() ;
-    fRecParticles  = new TClonesArray("AliPHOSRecParticle",100) ;
+  if ( strcmp(GetTitle(), "") == 0 )
+    SetTitle("galice.root") ;
     
-    fFormula = new TFormula("LambdaCuts","(x>1)*(x<2.5)*(y>0)*(y<x)") ;
-    
-    // add Task to //root/Tasks folder
-    TTask * roottasks = (TTask*)gROOT->GetRootFolder()->FindObject("Tasks") ; 
-    roottasks->Add(this) ; 
-
-    fDispersion = 2.0; 
-    fCpvEmcDistance = 3.0 ;
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance(GetTitle(), fFrom.Data()) ; 
 
-    fIsInitialized = kTRUE ;
-  }
+  gime->SetRecParticlesTitle(BranchName()) ;
+  if ( gime == 0 ) {
+    cerr << "ERROR: AliPHOSPIDv1::Init -> Could not obtain the Getter object !" << endl ; 
+    return ;
+  } 
+  
+  gime->PostPID(this) ;
+  // create a folder on the white board //YSAlice/WhiteBoard/RecParticles/PHOS/recparticlesName
+  gime->PostRecParticles(BranchName()) ; 
+  
+}
 
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::InitParameters()
+{
+  fFrom               = "" ;
+  fHeaderFileName     = GetTitle() ; 
+  TString name(GetName()) ; 
+  if (name.IsNull()) 
+    name = "Default" ;
+  fTrackSegmentsTitle = name ; 
+  fRecPointsTitle     = name ; 
+  fRecParticlesTitle  = name ;
+  name.Append(":") ;
+  name.Append(Version()) ; 
+  SetName(name) ; 
+  fRecParticlesInRun = 0 ; 
+  fOptFileName       = "Default" ;
+  fNEvent            = 0 ;            
+  fClusterizer       = 0 ;      
+  fTSMaker           = 0 ;        
+  fRecParticlesInRun = 0 ;
+  SetParameters(fOptFileName) ; // fill the parameters matrix from parameters file
+}
 
+//____________________________________________________________________________
+Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCpvtoEmcDistanceCut(const Float_t Cluster_En, const TString Eff_Pur)const 
+{
+  // Get CpvtoEmcDistanceCut parameter depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
+  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
+  // EFFICIENCY by PURITY)
+  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En,kTRUE); 
+  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
+  
+  if((cluster!= -1)||(eff_pur != -1))
+    return (*fParameters)(cluster,eff_pur) ;
+  
 }
 //____________________________________________________________________________
-Bool_t AliPHOSPIDv1::ReadTrackSegments()
+
+Double_t  AliPHOSPIDv1::GetTimeGate(const Float_t Cluster_En, const TString Eff_Pur) const 
 {
-  //Fist read Track Segment Branch and extract RecPointsBranch from fTSMaker
+  // Get TimeGate parameter depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
+  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
+  // EFFICIENCY by PURITY)
+  
+  Int_t cluster = GetClusterOption( Cluster_En,kFALSE);
+  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
 
-  fTrackSegments->Clear() ; 
-  fEmcRecPoints->Clear() ;
-  fCpvRecPoints->Clear() ;
-  fRecParticles->Clear() ;
+   if((cluster!= -1)||(eff_pur != -1))
+    return (*fParameters)(cluster+3+fCluster,eff_pur) ; 
+  
+}
+//_____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv, Option_t *  Axis)const
+{
+  // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
+  
+  const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::GetInstance()->PHOSGeometry() ; 
+  TVector3 vecEmc ;
+  TVector3 vecCpv ;
+  if(cpv){
+    emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
+    cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ; 
+    if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){      
+      // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
+      // we assume, that particle moves from center
+      Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
+      Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
+      dEMC         = dEMC / dCPV ;
+      vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ; 
+      if (Axis == "X") return vecCpv.X();
+      if (Axis == "Y") return vecCpv.Y();
+      if (Axis == "Z") return vecCpv.Z();
+      if (Axis == "R") return vecCpv.Mag();
+  } 
+    
+    return 100000000 ;
+  }
+  return 100000000 ;
+}
 
-  gAlice->GetEvent(fNEvent) ;
+//____________________________________________________________________________
+Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalSign(Double_t* P, Int_t cluster, Int_t eff_pur )const
+{
+  //This method gives if the PCA of the particle are inside a defined ellipse
+  
+  // Get the parameters that define the ellipse stored in the 
+  // fParameters matrix.
+  Double_t X_center = (*fParameters)(cluster+6,eff_pur) ; 
+  Double_t Y_center = (*fParameters)(cluster+9,eff_pur) ; 
+  Double_t A        = (*fParameters)(cluster+12,eff_pur) ; 
+  Double_t B        = (*fParameters)(cluster+15,eff_pur) ; 
+  Double_t Angle    = (*fParameters)(cluster+18,eff_pur) ;
+
+  Int_t      prinsign;
+  Double_t   Dx        = 0. ; 
+  Double_t   Delta     = 0. ; 
+  Double_t   Y         = 0. ; 
+  Double_t   Y_1       = 0. ; 
+  Double_t   Y_2       = 0. ;
+  Double_t   Pi        = TMath::Pi() ;
+  Double_t   Cos_Theta = TMath::Cos(Pi*Angle/180.) ;
+  Double_t   Sin_Theta = TMath::Sin(Pi*Angle/180.) ;   
+
+  Dx = P[0] - X_center ; 
+  Delta = 4.*A*A*A*B* (A*A*Cos_Theta*Cos_Theta 
+                       + B*B*Sin_Theta*Sin_Theta - Dx*Dx) ; 
+  if (Delta < 0.) 
+    {prinsign=0;} 
+  
+  else if (Delta == 0.) 
+    { 
+      Y = Cos_Theta*Sin_Theta*(A*A - B*B)*Dx / 
+       (A*A*Cos_Theta*Cos_Theta + B*B*Sin_Theta*Sin_Theta) ; 
+      Y += Y_center ; 
+      if(P[1]==Y ) 
+       {prinsign=1;} 
+      else 
+       {prinsign=0;} 
+    } 
+  else 
+    { 
+      Y_1 = (Cos_Theta*Sin_Theta*(A*A - B*B) *Dx +
+            TMath::Sqrt(Delta)/2.)/(A*A*Cos_Theta*Cos_Theta + 
+                                    B*B*Sin_Theta*Sin_Theta) ; 
+      Y_2 = (Cos_Theta*Sin_Theta*(A*A - B*B) *Dx -
+            TMath::Sqrt(Delta)/2.)/(A*A*Cos_Theta*Cos_Theta 
+                                     + B*B*Sin_Theta*Sin_Theta) ; 
+      Y_1 += Y_center ; 
+      Y_2 += Y_center ; 
+      if ((P[1]<=Y_1) && (P[1]>=Y_2)) 
+       {prinsign=1;} 
+      else 
+       {prinsign=0;}  
+    } 
+  return prinsign;
+}
 
-  TTree * treeR = gAlice->TreeR()  ; 
+//____________________________________________________________________________
+void   AliPHOSPIDv1::SetPrincipalFileOptions(TString OptFileName) {
+  fOptFileName = OptFileName ;
 
-  if(treeR==0){
-    char treeName[20]; 
-    sprintf(treeName,"TreeR%d",fNEvent);
-    cout << "Error in AliPHOSClusterizerv1 : no "<<treeName << endl  ;
-    cout << "   Do nothing " << endl ;
-    return kFALSE ;
+  if(fOptFileName.Contains("Small energy range")||fOptFileName.Contains("Default")){
+    fFileName  = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-5.root" ;
+    fFileNamePar = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters_0.5_5.dat"); 
+    fCluster     = 0 ;
   }
-
-  //first read TSMaker branch and extract information about RecPoints Branches
-  TBranch * tsMakerBranch = 0;
-  TBranch * tsBranch = 0;
-
-  TObjArray * branches = treeR->GetListOfBranches() ;
-  Int_t ibranch;
-  Bool_t tsMakerNotFound = kTRUE ;
-  Bool_t tsNotFound = kTRUE ;
-  
-  for(ibranch = 0;(ibranch <branches->GetEntries())&&(tsMakerNotFound||tsNotFound);ibranch++){
-    if(tsMakerNotFound){
-      tsMakerBranch=(TBranch *) branches->At(ibranch) ;
-      if( fTSTitle.CompareTo(tsMakerBranch->GetTitle())==0 )
-       if( strcmp(tsMakerBranch->GetName(),"AliPHOSTrackSegmentMaker") == 0) 
-         tsMakerNotFound = kFALSE ;
-    }
-    if(tsNotFound){
-      tsBranch=(TBranch *) branches->At(ibranch) ;
-      if( fTSTitle.CompareTo(tsBranch->GetTitle())==0 )
-       if( strcmp(tsBranch->GetName(),"PHOSTS") == 0) 
-         tsNotFound = kFALSE ;
-    }
+  
+  else if(fOptFileName.Contains("Wide energy range")){
+    fFileName  = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ;
+    fFileNamePar = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters_0.5_100.dat"); 
+    fCluster     = 3 ;
   }
+  else{
+    cout<<" Invalid energy range option "<<endl;
+    cout<<" Possible options : Default (0.5-5 GeV) "<<endl;
+    cout<<"         Small energy range (0.5-5 GeV) "<<endl;
+    cout<<"         Wide energy range  (0.5-100 GeV) "<<endl;
+  }
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseParameters(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t x, Float_t y,Float_t a, Float_t b,Float_t angle)
+{
+
+  // Set all ellipse parameters depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
+  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
+  // EFFICIENCY by PURITY)
+  
+  Int_t cluster = GetClusterOption( Cluster_En, kFALSE);
+  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
   
-  if(tsMakerNotFound ||tsNotFound ){
-    cout << "Can't find Branch with TrackSegmentMaker and TrackSegments " ;
-    cout << "Do nothing" <<endl  ;
-    return kFALSE ;
+  if((cluster!= -1)||(eff_pur != -1)){   
+    (*fParameters)(cluster+6 +fCluster,eff_pur) = x ;
+    (*fParameters)(cluster+9 +fCluster,eff_pur) = y ;
+    (*fParameters)(cluster+12+fCluster,eff_pur) = a ;
+    (*fParameters)(cluster+15+fCluster,eff_pur) = b ;
+    (*fParameters)(cluster+18+fCluster,eff_pur) = angle ;
   }
+  
+}
+//__________________________________________________________________________ 
+void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseXCenter(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t x) 
+{
+  // Set the ellipse parameter x_center depending on the custer energy and 
+  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
+  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
+  // EFFICIENCY by PURITY)
+  
+  Int_t cluster = GetClusterOption( Cluster_En, kFALSE);
+  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
+  
+  if((cluster!= -1)||(eff_pur != -1))
+    (*fParameters)(cluster+6+fCluster,eff_pur) = x ; 
+   
+}
+//_________________________________________________________________________    
+void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseYCenter(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t y) 
+{
 
-  tsMakerBranch->SetAddress(&fTSMaker) ;
-  tsBranch->SetAddress(&fTrackSegments) ;
+  // Set the ellipse parameter y_center depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
+  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
+  // EFFICIENCY by PURITY)
+  
+  Int_t cluster = GetClusterOption( Cluster_En, kFALSE);
+  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
+  
+  if((cluster!= -1)||(eff_pur != -1))
+    (*fParameters)(cluster+9+fCluster,eff_pur) = y ;
+  
+}
+//_________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseAParameter(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t a) 
+{
+  // Set the ellipse parameter a depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
+  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
+  // EFFICIENCY by PURITY)
+  
+  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En,kFALSE);
+  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
 
-  treeR->GetEvent(0) ;
+  if((cluster!= -1)||(eff_pur != -1)) 
+    (*fParameters)(cluster+12+fCluster,eff_pur) = a ;    
 
-  fRecPointsTitle = fTSMaker->GetRecPointsBranch() ;
+}
+//________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseBParameter(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t b) 
+{
+  // Set the ellipse parameter b depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
+  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
+  // EFFICIENCY by PURITY)
+  
+  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En,kFALSE);
+  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
 
-  //reading now recponts branches
-  TBranch * emcBranch = 0;
-  TBranch * cpvBranch = 0;
-  TBranch * cluBranch = 0;
+  if((cluster!= -1)||(eff_pur != -1))
+    (*fParameters)(cluster+15+fCluster,eff_pur) = b ;
+  
+}
+//________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseAngle(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t angle) 
+{
 
-  Bool_t emcNotFound = kTRUE ;
-  Bool_t cpvNotFound = kTRUE ;
-  Bool_t cluNotFound = kTRUE ;
+  // Set the ellipse parameter angle depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
+  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
+  // EFFICIENCY by PURITY)
  
-  for(ibranch = 0;(ibranch <branches->GetEntries())&&(emcNotFound||cpvNotFound||cluNotFound);ibranch++){
-    if(emcNotFound){
-      emcBranch=(TBranch *) branches->At(ibranch) ;
-      if( fRecPointsTitle.CompareTo(emcBranch->GetTitle())==0 )
-       if( strcmp(emcBranch->GetName(),"PHOSEmcRP") == 0) 
-         emcNotFound = kFALSE ;
-    }
-    if(cpvNotFound){
-      cpvBranch=(TBranch *) branches->At(ibranch) ;
-      if( fRecPointsTitle.CompareTo(cpvBranch->GetTitle())==0 )
-       if( strcmp(cpvBranch->GetName(),"PHOSCpvRP") == 0) 
-         cpvNotFound = kFALSE ;
-    }
-    if(cluNotFound){
-      cluBranch=(TBranch *) branches->At(ibranch) ;
-      if( fRecPointsTitle.CompareTo(cluBranch->GetTitle())==0 )
-       if( strcmp(cluBranch->GetName(),"AliPHOSClusterizer") == 0) 
-         cluNotFound = kFALSE ;
-    }
-  }
+  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En,kFALSE) ;
+  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
   
-  if(emcNotFound ||cpvNotFound ||cluNotFound ){
-    cout << "Can't find Branch with RecPoints or AliPHOSClusterizer " ;
-    cout << "Do nothing" <<endl  ;
-    return kFALSE ;
-  }
+  if((cluster!= -1)||(eff_pur != -1))
+    (*fParameters)(cluster+18+fCluster,eff_pur) = angle ;
   
-  emcBranch->SetAddress(&fEmcRecPoints) ;
-  cpvBranch->SetAddress(&fCpvRecPoints) ;
-  cluBranch->SetAddress(&fClusterizer) ;
-
-  treeR->GetEvent(0) ;
-  return kTRUE ;
+} 
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetCpvtoEmcDistanceCut(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t cut) 
+{
 
+  // Set the parameter Cpvto EmcDistanceCut depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
+  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
+  // EFFICIENCY by PURITY)
 
+  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En,kTRUE);
+  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
+  
+  if((cluster!= -1)||(eff_pur != -1))
+    (*fParameters)(cluster,eff_pur) = cut ;
+  
+}
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetTimeGate(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t gate) 
+{
 
+  // Set the parameter TimeGate depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
+  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
+  // EFFICIENCY by PURITY)
+    
+  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En,kFALSE);
+  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
+  
+  if((cluster!= -1)||(eff_pur != -1))
+    (*fParameters)(cluster+3+fCluster,eff_pur) = gate ;
+  
+} 
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameters(TString OptFileName) 
+{
+  // PCA : To do the Principal Components Analysis it is necessary 
+  // the Principal file, which is opened here
+  fX         = new double[7]; // Data for the PCA 
+  fP         = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
+  
+  fOptFileName = OptFileName ;
+
+  SetPrincipalFileOptions(fOptFileName);
+  TFile f( fFileName.Data(), "read" ) ;
+  //cout<<fFileName.Data()<<endl;
+  fPrincipal = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ; 
+  f.Close() ; 
+
+  // Initialization of the Parameters matrix. In the File Parameters.dat
+  // are all the parameters. These are introduced in a matrix of 21x3 or 24x3 
+  // elements (depending on the principal file 21 rows for 0.5-5 GeV and 24 
+  // rows for 0.5-100).
+  // All the parameters defined in this file are, in order of row (there are
+  // 3 rows per parameter): CpvtoEmcDistanceCut(if the principal file is 0.5-100 
+  // GeV than 6 rows), TimeGate (and the ellipse parameters), X_center, Y_center,
+  // a, b, angle. Each row of a given parameter depends on the cluster energy range 
+  // (wich depends on the chosen principal file)
+  // Each column designes the parameters for a point in the Efficiency-Purity
+  // of the photon identification P1(96%,63%), P2(87%,0.88%) and P3(68%,94%) 
+  // for the principal file from 0.5-5 GeV and for the other one P1(95%,79%),
+  // P2(89%,90%) and P3(72%,96%)
+
+  Int_t rows = 21;
+  if(fCluster == 0)rows = 21 ;
+  if(fCluster == 3)rows = 24 ;
+
+  fParameters = new TMatrixD(rows,3) ; 
+  //cout<<fFileNamePar<<endl;
+  ifstream paramFile(fFileNamePar, ios::in) ; 
+  
+  Int_t i,j ;
+  
+  for(i = 0; i< rows; i++){
+    for(j = 0; j< 3; j++){
+      paramFile >> (*fParameters)(i,j) ;
+    }
+  }
+  paramFile.close(); 
+  // fParameters->Print();
 }
-//____________________________________________________________________________
-Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv, Option_t *  Axis)const
+//_____________________________________________________________________________
+Int_t  AliPHOSPIDv1::GetClusterOption(const Float_t Cluster_En, const Bool_t rcpv) const
 {
-  // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
-  TVector3 vecEmc ;
-  TVector3 vecCpv ;
+
+  // Gives the cluster energy range.
   
-  emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
-  cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ; 
-  if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){ 
-    
-    // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
-    // we assume, that particle moves from center
-    Float_t dCPV = fGeom->GetIPtoOuterCoverDistance();
-    Float_t dEMC = fGeom->GetIPtoCrystalSurface() ;
-    dEMC         = dEMC / dCPV ;
-    vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ; 
-    if (Axis == "X") return vecCpv.X();
-    if (Axis == "Y") return vecCpv.Y();
-    if (Axis == "Z") return vecCpv.Z();
-    if (Axis == "R") return vecCpv.Mag();
-  } 
-  return 100000000 ;
+  Int_t cluster = -1 ;
+  
+  if((fCluster == 0)){
+    if((Cluster_En > 0.3)&&(Cluster_En <= 1.0))   cluster = 0 ;
+    if((Cluster_En > 1.0)&&(Cluster_En <= 2.0))   cluster = 1 ;
+    if( Cluster_En > 2.0)                         cluster = 2 ;
+  }
+  else if(fCluster == 3 &&(rcpv == kFALSE)){
+    if((Cluster_En > 0.5 )&&(Cluster_En <= 20.0)) cluster = 0 ;
+    if((Cluster_En > 20.0)&&(Cluster_En <= 50.0)) cluster = 1 ;
+    if( Cluster_En > 50.0)                        cluster = 2 ;
+  }
+  else if(fCluster == 3 &&(rcpv == kTRUE)){
+    if((Cluster_En > 0.5 )&&(Cluster_En <= 2.0) ) cluster = 0 ;
+    if((Cluster_En > 2.0 )&&(Cluster_En <= 5.0) ) cluster = 1 ;
+    if((Cluster_En > 5.0 )&&(Cluster_En <= 10.0)) cluster = 2 ;
+    if((Cluster_En > 10.0)&&(Cluster_En <= 20.0)) cluster = 3 ;
+    if((Cluster_En > 20.0)&&(Cluster_En <= 30.0)) cluster = 4 ;
+    if( Cluster_En > 30.0) cluster = 5 ;
+  }
+  else {
+    cluster = -1 ;
+    cout<<"Invalid Energy option"<<endl;
+  }
+  
+  return cluster;
 }
+//____________________________________________________________________________
+Int_t  AliPHOSPIDv1::GetEffPurOption(const TString Eff_Pur) const
+{
+
+  // Looks for the Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
+  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
+  // EFFICIENCY by PURITY)
+
+  Int_t eff_pur = -1 ;
+
+  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") )
+    eff_pur = 0 ;
+  else if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) 
+    eff_pur = 1 ;
+  else if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) 
+    eff_pur = 2 ;
+  else{
+    eff_pur = -1;
+    cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl;
+    cout<<"Possible options: HIGH EFFICIENCY =    LOW PURITY"<<endl;
+    cout<<"                MEDIUM EFFICIENCY = MEDIUM PURITY"<<endl;
+    cout<<"                   LOW EFFICIENCY =   HIGH PURITY"<<endl;
+  }
 
+  return eff_pur;
+}
 //____________________________________________________________________________
+
 void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t * option) 
 {
-  if(!fIsInitialized) 
+  //Steering method
+  
+  if( strcmp(GetName(), "")== 0 ) 
     Init() ;
-
+  
   if(strstr(option,"tim"))
     gBenchmark->Start("PHOSPID");
+  
+  if(strstr(option,"print")) {
+    Print("") ; 
+    return ; 
+  }
 
+  //cout << gDirectory->GetName() << endl ; 
 
-  Int_t nEvents = (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() ;
+  gAlice->GetEvent(0) ;
 
-  for(fNEvent = 0 ;fNEvent <nEvents; fNEvent++){
-    if(!ReadTrackSegments())
-      return ;
+  //check, if the branch with name of this" already exits?
+  if (gAlice->TreeR()) {
+    TObjArray * lob = (TObjArray*)gAlice->TreeR()->GetListOfBranches() ;
+    TIter next(lob) ; 
+    TBranch * branch = 0 ;  
+    Bool_t phospidfound = kFALSE, pidfound = kFALSE ; 
+    
+    TString taskName(GetName()) ; 
+    taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
+    
+    while ( (branch = (TBranch*)next()) && (!phospidfound || !pidfound) ) {
+      if ( (strcmp(branch->GetName(), "PHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
+       phospidfound = kTRUE ;
+      
+      else if ( (strcmp(branch->GetName(), "AliPHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
+       pidfound = kTRUE ; 
+    }
+    
+    if ( phospidfound || pidfound ) {
+      cerr << "WARNING: AliPHOSPIDv1::Exec -> RecParticles and/or PIDtMaker branch with name " 
+          << taskName.Data() << " already exits" << endl ;
+      return ; 
+    }       
+  }
+
+  Int_t nevents = (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() ;
+  Int_t ievent ;
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ;  
+  for(ievent = 0; ievent < nevents; ievent++){
+    gime->Event(ievent,"R") ;
     MakeRecParticles() ;
-    WriteRecParticles();
+    
+    WriteRecParticles(ievent);
+    
     if(strstr(option,"deb"))
       PrintRecParticles(option) ;
-  }
 
+    //increment the total number of rec particles per run 
+    fRecParticlesInRun += gime->RecParticles(BranchName())->GetEntriesFast() ; 
+
+  }
+  
   if(strstr(option,"tim")){
     gBenchmark->Stop("PHOSPID");
     cout << "AliPHOSPID:" << endl ;
     cout << "  took " << gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID") << " seconds for PID " 
-        <<  gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nEvents << " seconds per event " << endl ;
+        <<  gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nevents << " seconds per event " << endl ;
     cout << endl ;
   }
-
+  
 }
+
 //____________________________________________________________________________
 void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
 
   // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
+  
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
+  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints(fFrom) ; 
+  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints(fFrom) ; 
+  TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments(fFrom) ; 
+  if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
+    cerr << "ERROR:  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles -> RecPoints or TrackSegments with name " 
+        << fFrom << " not found ! " << endl ; 
+    abort() ; 
+  }
+  TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles(BranchName()) ; 
+  recParticles->Clear();
 
-  TIter next(fTrackSegments) ; 
+  TIter next(trackSegments) ; 
   AliPHOSTrackSegment * ts ; 
   Int_t index = 0 ; 
   AliPHOSRecParticle * rp ; 
   
-  Bool_t ellips = fIDOptions.Contains("ell",TString::kIgnoreCase ) ;
-  Bool_t disp   = fIDOptions.Contains("dis",TString::kIgnoreCase ) ;
-  
   while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
     
-    new( (*fRecParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
-    rp = (AliPHOSRecParticle *)fRecParticles->At(index) ; 
-    rp->SetTraskSegment(index) ;
-
+    new( (*recParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
+    rp = (AliPHOSRecParticle *)recParticles->At(index) ; 
+    rp->SetTrackSegment(index) ;
+    rp->SetIndexInList(index) ;
+       
     AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
     if(ts->GetEmcIndex()>=0)
-      emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) fEmcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
+      emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
     
     AliPHOSRecPoint    * cpv = 0 ;
     if(ts->GetCpvIndex()>=0)
-      cpv = (AliPHOSRecPoint *)   fCpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
+      cpv = (AliPHOSRecPoint *)   cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
     
-    AliPHOSRecPoint    * ppsd = 0 ;
-    if(ts->GetPpsdIndex()>=0)
-      ppsd= (AliPHOSRecPoint *)   fCpvRecPoints->At(ts->GetPpsdIndex()) ;
-
     //set momentum and energy first
     Float_t    e = emc->GetEnergy() ;
-    TVector3 dir = GetMomentumDirection(emc,cpv,ppsd) ; 
+    TVector3 dir = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
     dir.SetMag(e) ;
 
     rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),e) ;
     rp->SetCalcMass(0);
-
-    //now set type (reconstructed) of the particle    
-    Int_t showerprofile = 0;  // 0 narrow and 1 wide
     
-    if(ellips){
-      Float_t lambda[2] ;
+    // Now set type (reconstructed) of the particle
+
+    // Choose the cluster energy range
+    // Ellipse and rcpv cut in function of the cluster energy
+    Int_t clusterrcpv = GetClusterOption(e,kTRUE) ;
+    Int_t cluster     = GetClusterOption(e,kFALSE) ;
+    if((cluster== -1)||(clusterrcpv == -1)) continue ;
+
+    // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency are taken 
+    // into account to set the particle identification)
+    for(Int_t eff_pur = 0; eff_pur < 3 ; eff_pur++){
+      
+      // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 1st, 
+      // 2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 .  
+      if(GetDistance(emc, cpv,  "R") > (*fParameters)(clusterrcpv,eff_pur) )  
+       rp->SetPIDBit(eff_pur) ;
+      
+      // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1             
+      if(emc->GetTime()< (*fParameters)(cluster+3+fCluster,eff_pur))  
+       rp->SetPIDBit(eff_pur+3) ;                  
+     
+      // Looking PCA. Define and calculate the data (X), introduce in the function 
+      // X2P that gives the components (P).  
+      Float_t  Spher = 0. ;
+      Float_t  Emaxdtotal = 0. ; 
+      Float_t  lambda[2] ;
+      
       emc->GetElipsAxis(lambda) ;
-      if(fFormula->Eval(lambda[0],lambda[1]) <= 0 )
-       showerprofile = 1 ;  // not narrow
+      if((lambda[0]+lambda[1])!=0) Spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
+      
+      Emaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy(); 
+      
+      fX[0] = lambda[0] ;  
+      fX[1] = lambda[1] ; 
+      fX[2] = emc->GetDispersion() ; 
+      fX[3] = Spher ; 
+      fX[4] = emc->GetMultiplicity() ;  
+      fX[5] = Emaxdtotal ;  
+      fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;  
+      
+      fPrincipal->X2P(fX,fP);
+      
+      //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
+      if(GetPrincipalSign(fP,cluster+fCluster,eff_pur) == 1) 
+       rp->SetPIDBit(eff_pur+6) ;
+      
     }
     
-    if(disp)
-      if(emc->GetDispersion() > fDispersion )
-       showerprofile = 1 ;  // not narrow
-    
-    
-    // Looking at the photon conversion detector
-    Int_t pcdetector= 0 ;  //1 hit and 0 no hit
-    if(ppsd)
-      if(GetDistance(emc, ppsd, "R") < fCpvEmcDistance) 
-       pcdetector = 1 ;  
-    
-    // Looking at the CPV detector
-    Int_t cpvdetector= 0 ;  //1 hit and 0 no hit     
-    if(cpv)
-      if(GetDistance(emc, cpv,  "R") < fCpvEmcDistance) 
-       cpvdetector = 1 ;  
-    
-    Int_t type = showerprofile + 2 * pcdetector + 4 * cpvdetector ;
-    rp->SetType(type) ; 
+    rp->Name(); //If photon sets the particle pdg name to gamma
+    rp->SetProductionVertex(0,0,0,0);
+    rp->SetFirstMother(-1);
+    rp->SetLastMother(-1);
+    rp->SetFirstDaughter(-1);
+    rp->SetLastDaughter(-1);
+    rp->SetPolarisation(0,0,0);
     index++ ; 
   }
   
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1:: Print(Option_t * option) const
+void  AliPHOSPIDv1:: Print()
 {
   // Print the parameters used for the particle type identification
-  
-  cout << "AliPHOSPIDv1 : cuts for the particle idendification based on the shower profile " << endl ;
-
-  cout << "Eliptic cuts function " << endl ;
-  cout << "    " << fFormula->GetTitle() << endl ;
-
+    cout <<  "=============== AliPHOSPID1 ================" << endl ;
+    cout <<  "Making PID "<< endl ;
+    cout <<  "    Headers file:               " << fHeaderFileName.Data() << endl ;
+    cout <<  "    RecPoints branch title:     " << fRecPointsTitle.Data() << endl ;
+    cout <<  "    TrackSegments Branch title: " << fTrackSegmentsTitle.Data() << endl ;
+    cout <<  "    RecParticles Branch title   " << fRecParticlesTitle.Data() << endl;
+    cout <<  "    Pricipal analysis file      " << fFileName.Data() << endl;
+    cout <<  "    Matrix of Parameters: "<<endl;
+    cout <<  "    Name of parameters file     "<<fFileNamePar.Data() << endl ;
+    cout <<  "           3  Columns [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]"<<endl;
+    if(fCluster == 0)
+      cout <<  "           21 Rows, each 3 [ RCPV, TOF, X_Center, Y_Center, A, B, Angle ]"<<endl;
+    if(fCluster == 3)
+      cout <<  "           24 Rows, [ 6 RCPV, 3 TOF, 3 X_Center, 3 Y_Center, 3 A, 3 B, 3 Angle ]"<<endl;
+
+    //cout<<fOptFileName<<endl;
+    SetParameters(fOptFileName) ;
+    fParameters->Print() ; 
+    cout <<  "============================================" << endl ;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetShowerProfileCut(char * formula){
-  //set shape of the cut on the axis of ellipce, drown around shouer
-  //shower considered "narrow" if Formula(lambda[0],lambda[1]) > 0.
-  if(fFormula) 
-    delete fFormula; 
-  fFormula = new TF2("Lambda Cut",formula,0,3,0,3) ;
-}
-//____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles()
+void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles(Int_t event)
 {
+  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
 
-  //check, if these branches already exist  
-  TBranch * pidBranch = 0;
-  TBranch * rpBranch = 0;
-
-  TObjArray * branches = gAlice->TreeR()->GetListOfBranches() ;
-  Int_t ibranch;
-  Bool_t pidNotFound = kTRUE ;
-  Bool_t rpNotFound = kTRUE ;
-  
-  for(ibranch = 0;(ibranch <branches->GetEntries())&& pidNotFound && rpNotFound;ibranch++){
-    if(pidNotFound){
-      pidBranch=(TBranch *) branches->At(ibranch) ;
-      if( (strcmp(pidBranch->GetName(),"PHOSPID") == 0) &&
-         (fRecparticlesTitle.CompareTo(pidBranch->GetTitle()) == 0) )
-       pidNotFound = kFALSE ;
-    }
-    if(rpNotFound){
-      rpBranch=(TBranch *) branches->At(ibranch) ;
-      if( (strcmp(rpBranch->GetName(),"PHOSRP") == 0) &&
-         (fRecparticlesTitle.CompareTo(rpBranch->GetTitle())==0 ))
-       rpNotFound = kFALSE ;
-    }
-  }
-  
-  if(!pidNotFound || !rpNotFound) {
-    cout << "AliPHOSPIDv1 error: " << endl ;
-    cout << "       Branch PHOSRP and PHOSPID with title '"<<fRecparticlesTitle.Data()<<"' already exist "<< endl ;
-    cout << "       can not overwrite " << endl ;
-    return ;
-  }
-
-  //Make branch in TreeR for TrackSegments 
-  char * filename = 0;
-  if(gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")!=0){   //generating file name
-    filename = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+20] ;
-    sprintf(filename,"%s/PHOS.Reco.root",gAlice->GetBaseFile()) ; 
-  }
+  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles(BranchName()) ; 
+  recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
+  TTree * treeR = gAlice->TreeR() ; 
 
-  TDirectory *cwd = gDirectory;
+  if (!treeR) 
+    gAlice->MakeTree("R", fSplitFile); 
+  treeR = gAlice->TreeR() ;
   
   //First rp
   Int_t bufferSize = 32000 ;    
-  rpBranch = gAlice->TreeR()->Branch("PHOSRP",&fRecParticles,bufferSize);
-  rpBranch->SetTitle(fRecparticlesTitle.Data());
-  if (filename) {
-    rpBranch->SetFile(filename);
-    TIter next( rpBranch->GetListOfBranches());
-    while ((rpBranch=(TBranch*)next())) {
-      rpBranch->SetFile(filename);
-    }   
-    cwd->cd();
-  }
+  TBranch * rpBranch = treeR->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
+  rpBranch->SetTitle(fRecParticlesTitle);
 
+  
   //second, pid
   Int_t splitlevel = 0 ; 
   AliPHOSPIDv1 * pid = this ;
-  pidBranch = gAlice->TreeR()->Branch("AliPHOSPID","AliPHOSPIDv1",&pid,bufferSize,splitlevel);
-  pidBranch->SetTitle(fRecparticlesTitle.Data());
-  if (filename) {
-    pidBranch->SetFile(filename);
-    TIter next( pidBranch->GetListOfBranches());
-    while ((pidBranch=(TBranch*)next())) {
-      pidBranch->SetFile(filename);
-    }   
-    cwd->cd();
-  }    
-  
-  gAlice->TreeR()->Fill() ;    
-  gAlice->TreeR()->Write(0,kOverwrite) ;  
+  TBranch * pidBranch = treeR->Branch("AliPHOSPID","AliPHOSPIDv1",&pid,bufferSize,splitlevel);
+  pidBranch->SetTitle(fRecParticlesTitle.Data());
   
-}
-//____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::PlotDispersionCuts()const
-{
-  TCanvas*  lambdas = new TCanvas("lambdas","Cuts on the elipse axise",200,10,700,500);
-  
-  if(fIDOptions.Contains("ell",TString::kIgnoreCase ) ){
-    TF2 * ell = new TF2("Elliptic Cuts",fFormula->GetName(),0,3,0,3) ;
-    ell->SetMinimum(0.0000001) ;
-    ell->SetMaximum(0.001) ;
-    ell->SetLineStyle(1) ;
-    ell->SetLineWidth(2) ;
-    ell->Draw() ;
-  }
+  rpBranch->Fill() ;
+  pidBranch->Fill() ; 
   
-  if( fIDOptions.Contains("dis",TString::kIgnoreCase ) ){
-    TF2 * dsp = new TF2("dispersion","(y<x)*(x*x+y*y < [0]*[0])",0,3,0,3) ;
-    dsp->SetParameter(0,fDispersion) ;
-    dsp->SetMinimum(0.0000001) ;
-    dsp->SetMaximum(0.001) ;
-    dsp->SetLineStyle(1) ;
-    dsp->SetLineColor(2) ;
-    dsp->SetLineWidth(2) ;
-    dsp->SetNpx(200) ;
-    dsp->SetNpy(200) ;
-    if(fIDOptions.Contains("ell",TString::kIgnoreCase ) )
-      dsp->Draw("same") ;
-    else
-      dsp->Draw() ;
-  }
-  lambdas->Update();
+  gAlice->TreeR()->AutoSave() ;// Write(0,kOverwrite) ;  
+
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRecPoint * cpv,AliPHOSRecPoint * ppsd)const 
+TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRecPoint * cpv)const 
 { 
   // Calculates the momentum direction:
   //   1. if only a EMC RecPoint, direction is given by IP and this RecPoint
-  //   2. if a EMC RecPoint and one PPSD RecPoint, direction is given by the line through the 2 recpoints 
-  //   3. if a EMC RecPoint and two PPSD RecPoints, dirrection is given by the average line through 
-  //      the 2 pairs of recpoints  
-  // However because of the poor position resolution of PPSD the direction is always taken as if we were 
+  //   2. if a EMC RecPoint and CPV RecPoint, direction is given by the line through the 2 recpoints 
+  //  However because of the poor position resolution of PPSD the direction is always taken as if we were 
   //  in case 1.
 
   TVector3 dir(0,0,0) ; 
@@ -552,23 +847,7 @@ TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRec
   
   emc->GetGlobalPosition(emcglobalpos, dummy) ;
   
-  // The following commeneted code becomes valid once the PPSD provides 
-  // a reasonable position resolution, at least as good as EMC ! 
-  //   TVector3 ppsdlglobalpos ;
-  //   TVector3 ppsduglobalpos ;
-  //   if( fPpsdLowRecPoint ){ // certainly a photon that has concerted
-  //     fPpsdLowRecPoint->GetGlobalPosition(ppsdlglobalpos, mdummy) ; 
-  //     dir = emcglobalpos -  ppsdlglobalpos ; 
-  //     if( fPpsdUpRecPoint ){ // not looks like a charged       
-  //        fPpsdUpRecPoint->GetGlobalPosition(ppsduglobalpos, mdummy) ; 
-  //        dir = ( dir +  emcglobalpos -  ppsduglobalpos ) * 0.5 ; 
-  //      }
-  //   }
-  //   else { // looks like a neutral
-  //    dir = emcglobalpos ;  
-  //  }
-  
+
   dir = emcglobalpos ;  
   dir.SetZ( -dir.Z() ) ;   // why ?  
   dir.SetMag(1.) ;
@@ -582,63 +861,29 @@ TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRec
   return dir ;  
 }
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option){
+void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
+{
+  // Print table of reconstructed particles
 
-  cout << "AliPHOSPIDv1: " << endl ;
-  cout << "       found " << fRecParticles->GetEntriesFast() << " RecParticles " << endl ;
+  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
 
+  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles(BranchName()) ; 
+  
+  cout << "AliPHOSPIDv1: event "<<gAlice->GetEvNumber()  << endl ;
+  cout << "       found " << recParticles->GetEntriesFast() << " RecParticles " << endl ;
+  
   if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
     
-    cout << "  PARTICLE "   
+    cout << "  PARTICLE       "   
         << "  Index    "  << endl ;
-      //        << "  X        "     
-      //        << "  Y        " 
-      //        << "  Z        "    
-      //        << " # of primaries "          
-      //        << " Primaries list "    <<  endl;      
     
     Int_t index ;
-    for (index = 0 ; index < fRecParticles->GetEntries() ; index++) {
-      AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) fRecParticles->At(index) ;       
-      
-      Text_t particle[11];
-      switch(rp->GetType()) {
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEM:
-       strcpy( particle, "NEUTRAL_EM");
-       break;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALHA:
-       strcpy(particle, "NEUTRAL_HA");
-       break;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kGAMMA:
-       strcpy(particle, "GAMMA");
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kGAMMAHA: 
-       strcpy(particle, "GAMMA_H");
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kABSURDEM:
-       strcpy(particle, "ABSURD_EM") ;
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kABSURDHA:
-       strcpy(particle, "ABSURD_HA") ;
-       break ; 
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kELECTRON:
-       strcpy(particle, "ELECTRON") ;
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kCHARGEDHA:
-       strcpy(particle, "CHARGED_HA") ;
-       break ; 
-      }
-      
-      //    Int_t * primaries; 
-      //    Int_t nprimaries;
-      //    primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
-      
-      cout << setw(15) << particle << "  "
-          << setw(3) <<  rp->GetIndexInList() << " "  ;
-       //         << setw(4) <<  nprimaries << "  ";
-       //      for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++)
-       //      cout << setw(4)  <<  primaries[iprimary] << " ";
-      cout << endl;     
+    for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
+       AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
+
+       cout << setw(10) << rp->Name() << "  "
+           << setw(5) <<  rp->GetIndexInList() << " " <<endl;
+       cout << "Type "<<  rp->GetType() << endl;
     }
     cout << "-------------------------------------------" << endl ;
   }