Loaders removed from the reconstruction code (C.Cheshkov)
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPIDv1.cxx
index 7fa2415..5816f07 100644 (file)
 
 /* $Id$ */
 
+/* History of cvs commits:
+ *
+ * $Log$
+ * Revision 1.113  2007/08/07 14:12:03  kharlov
+ * Quality assurance added (Yves Schutz)
+ *
+ * Revision 1.112  2007/07/11 13:43:30  hristov
+ * New class AliESDEvent, backward compatibility with the old AliESD (Christian)
+ *
+ * Revision 1.111  2007/05/04 14:49:29  policheh
+ * AliPHOSRecPoint inheritance from AliCluster
+ *
+ * Revision 1.110  2007/04/24 10:08:03  kharlov
+ * Vertex extraction from GenHeader
+ *
+ * Revision 1.109  2007/04/18 09:34:05  kharlov
+ * Geometry bug fixes
+ *
+ * Revision 1.108  2007/04/16 09:03:37  kharlov
+ * Incedent angle correction fixed
+ *
+ * Revision 1.107  2007/04/02 15:00:16  cvetan
+ * No more calls to gAlice in the reconstruction
+ *
+ * Revision 1.106  2007/04/01 15:40:15  kharlov
+ * Correction for actual vertex position implemented
+ *
+ * Revision 1.105  2007/03/06 06:57:46  kharlov
+ * DP:calculation of distance to CPV done in TSM
+ *
+ * Revision 1.104  2006/12/15 10:46:26  hristov
+ * Using TMath::Abs instead of fabs
+ *
+ * Revision 1.103  2006/09/07 18:31:08  kharlov
+ * Effective c++ corrections (T.Pocheptsov)
+ *
+ * Revision 1.102  2006/01/23 17:51:48  hristov
+ * Using the recommended way of forward declarations for TVector and TMatrix (see v5-08-00 release notes). Additional clean-up
+ *
+ * Revision 1.101  2005/05/28 14:19:04  schutz
+ * Compilation warnings fixed by T.P.
+ *
+ */
+
 //_________________________________________________________________________
 // Implementation version v1 of the PHOS particle identifier 
 // Particle identification based on the 
-//     - CPV information, 
-//     - Preshower information (in MIXT or GPS2 geometries)
-//     - shower width.
-//
-// CPV or Preshower clusters should be closer in PHOS plane than fCpvEmcDistance (in cm).
-// This parameter can be set by method SetCpvtoEmcDistanceCut(Float_t cut)  
+//     - RCPV: distance from CPV recpoint to EMCA recpoint.
+//     - TOF 
+//     - PCA: Principal Components Analysis..
+// The identified particle has an identification number corresponding 
+// to a 9 bits number:
+//     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > CpvEmcDistance (each bit corresponds
+//      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
+//     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < TimeGate (each bit corresponds
+//      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
+//     -Bit 6 to 9: bit set if Principal Components are 
+//      inside an ellipse defined by the parameters a, b, c, x0 and y0.
+//      (each bit corresponds to a different efficiency-purity point of the 
+//      photon identification)
+//      The PCA (Principal components analysis) needs a file that contains
+//      a previous analysis of the correlations between the particles. This 
+//      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis done for 
+//      energies between 0.5 and 100 GeV.
+//      A calibrated energy is calculated. The energy of the reconstructed
+//      cluster is corrected with the formula A + B * E  + C * E^2, whose 
+//      parameters where obtained through the study of the reconstructed 
+//      energy distribution of monoenergetic photons. 
 //
-// One can set desirable ID method by the function SetIdentificationMethod(option).
-// Presently the following options can be used together or separately :
-//     - "disp": use dispersion cut on shower width 
-//               (width can be set by method SetDispersionCut(Float_t cut)
-//     - "ell" : use cut on the axis of the ellipse, drawn around shower 
-//       (this cut can be changed by SetShowerProfileCut(char* formula), 
-//        where formula - any function of two variables f(lambda[0],lambda[1]).
-//        Shower is considered as EM if f() > 0 )
-// One can visualize current cuts calling method PlotDispersionCuts().    
+//      All the parameters (RCPV(2 rows-3 columns),TOF(1r-3c),PCA(5r-4c) 
+//      and calibration(1r-3c))are stored in a file called 
+//      $ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat. Each time that AliPHOSPIDv1 is 
+//      initialized, this parameters are copied to a Matrix (9,4), a 
+//      TMatrixD object.  
 //
 // use case:
-//  root [0] AliPHOSPIDv1 * p1 = new AliPHOSPIDv1("galice.root")
+//  root [0] AliPHOSPIDv1 * p = new AliPHOSPIDv1("galice1.root")
 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//  root [1] p1->SetIdentificationMethod("disp ellipse")
-//  root [2] p1->ExecuteTask()
-//  root [3] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","ts1")
-//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//                // reading headers from file galice1.root and TrackSegments 
-//                // with title "ts1"
-//  root [4] p2->SetRecParticlesBranch("rp1")
-//                // set file name for the branch RecParticles
-//  root [5] p2->ExecuteTask("deb all time")
-//                // available options
-//                // "deb" - prints # of reconstructed particles
-//                // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
-//                // "time" - prints benchmarking results
+//          // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles 
+            // TrackSegments and RecPoints are used 
+//          // set file name for the branch RecParticles
+//  root [1] p->ExecuteTask("deb all time")
+//          // available options
+//          // "deb" - prints # of reconstructed particles
+//          // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
+//          // "time" - prints benchmarking results
 //                  
-//*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH) & 
-//            Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
-//            Completely redesined by Dmitri Peressounko, March 2001
+//  root [2] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1",kTRUE)
+//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
+//                //Split mode.  
+//  root [3] p2->ExecuteTask()
+//
+
 
+//*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH) & 
+//            Gustavo Conesa April 2002
+//            PCA redesigned by Gustavo Conesa October 2002:
+//            The way of using the PCA has changed. Instead of 2
+//            files with the PCA, each one with different energy ranges 
+//            of application, we use the wide one (0.5-100 GeV), and instead
+//            of fixing 3 ellipses for different ranges of energy, it has been
+//            studied the dependency of the ellipses parameters with the 
+//            energy, and they are implemented in the code as a funtion 
+//            of the energy. 
+//
+//
+//
 // --- ROOT system ---
-#include "TROOT.h"
-#include "TTree.h"
-#include "TFile.h"
-#include "TF2.h"
+
+
+// --- Standard library ---
+#include <TMatrixF.h>
 #include "TFormula.h"
-#include "TCanvas.h"
-#include "TFolder.h"
-#include "TSystem.h"
 #include "TBenchmark.h"
-// --- Standard library ---
-
-#include <iostream.h>
-#include <iomanip.h>
+#include "TPrincipal.h"
+#include "TFile.h" 
+#include "TSystem.h"
+#include "TVector3.h"
 
 // --- AliRoot header files ---
-
-#include "AliRun.h"
-#include "AliGenerator.h"
+             //#include "AliLog.h"
 #include "AliPHOS.h"
 #include "AliPHOSPIDv1.h"
-#include "AliPHOSClusterizerv1.h"
+#include "AliESDEvent.h"
+#include "AliESDVertex.h"
 #include "AliPHOSTrackSegment.h"
-#include "AliPHOSTrackSegmentMakerv1.h"
+#include "AliPHOSEmcRecPoint.h"
 #include "AliPHOSRecParticle.h"
-#include "AliPHOSGeometry.h"
-#include "AliPHOSGetter.h"
 
 ClassImp( AliPHOSPIDv1) 
 
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1():AliPHOSPID()
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1() :
+  AliPHOSPID(),
+  fBayesian(kFALSE),
+  fDefaultInit(kFALSE),
+  fWrite(kFALSE),
+  fFileNamePrincipalPhoton(),
+  fFileNamePrincipalPi0(),
+  fFileNameParameters(),
+  fPrincipalPhoton(0),
+  fPrincipalPi0(0),
+  fX(0),
+  fPPhoton(0),
+  fPPi0(0),
+  fParameters(0),
+  fVtx(0.), 
+  fTFphoton(0),
+  fTFpiong(0),
+  fTFkaong(0),
+  fTFkaonl(0),
+  fTFhhadrong(0),
+  fTFhhadronl(0),
+  fDFmuon(0),
+  fERecWeight(0),
+  fChargedNeutralThreshold(0.),
+  fTOFEnThreshold(0),
+  fDispEnThreshold(0),
+  fDispMultThreshold(0)
 { 
   // default ctor
-  fFormula           = 0 ;
-  fDispersion        = 0. ; 
-  fCpvEmcDistance    = 0 ; 
-  fTimeGate          = 2.e-9 ;
-  fHeaderFileName    = "" ; 
-  fTrackSegmentsTitle= "" ; 
-  fRecPointsTitle    = "" ; 
-  fRecParticlesTitle = "" ; 
-  fIDOptions         = "dis time" ; 
-  fRecParticlesInRun = 0 ; 
+  InitParameters() ; 
+  fDefaultInit = kTRUE ; 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const char * headerFile,const char * name) : AliPHOSPID(headerFile, name)
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const AliPHOSPIDv1 & pid ) : 
+  AliPHOSPID(pid),
+  fBayesian(kFALSE),
+  fDefaultInit(kFALSE),
+  fWrite(kFALSE),
+  fFileNamePrincipalPhoton(),
+  fFileNamePrincipalPi0(),
+  fFileNameParameters(),
+  fPrincipalPhoton(0),
+  fPrincipalPi0(0),
+  fX(0),
+  fPPhoton(0),
+  fPPi0(0),
+  fParameters(0),
+  fVtx(0.), 
+  fTFphoton(0),
+  fTFpiong(0),
+  fTFkaong(0),
+  fTFkaonl(0),
+  fTFhhadrong(0),
+  fTFhhadronl(0),
+  fDFmuon(0),
+  fERecWeight(0),
+  fChargedNeutralThreshold(0.),
+  fTOFEnThreshold(0),
+  fDispEnThreshold(0),
+  fDispMultThreshold(0)
+
 { 
-  //ctor with the indication on where to look for the track segments
+  // ctor
+  InitParameters() ; 
 
-  fFormula        = new TFormula("LambdaCuts","(x>1)*(x<2.5)*(y>0)*(y<x)") ;   
-  fDispersion     = 2.0 ; 
-  fCpvEmcDistance = 3.0 ;
-  fTimeGate          = 2.e-9 ;
-  fHeaderFileName     = GetTitle() ; 
-  fTrackSegmentsTitle = GetName() ; 
-  fRecPointsTitle     = GetName() ; 
-  fRecParticlesTitle  = GetName() ; 
-  fIDOptions          = "dis time" ;
-    
-  TString tempo(GetName()) ; 
-  tempo.Append(":") ;
-  tempo.Append(Version()) ; 
-  SetName(tempo) ; 
-  fRecParticlesInRun = 0 ; 
+}
 
-  Init() ;
+//____________________________________________________________________________
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(AliPHOSGeometry *geom):
+  AliPHOSPID(geom),
+  fBayesian(kFALSE),
+  fDefaultInit(kFALSE),
+  fWrite(kFALSE),
+  fFileNamePrincipalPhoton(),
+  fFileNamePrincipalPi0(),
+  fFileNameParameters(),
+  fPrincipalPhoton(0),
+  fPrincipalPi0(0),
+  fX(0),
+  fPPhoton(0),
+  fPPi0(0),
+  fParameters(0),
+  fVtx(0.), 
+  fTFphoton(0),
+  fTFpiong(0),
+  fTFkaong(0),
+  fTFkaonl(0),
+  fTFhhadrong(0),
+  fTFhhadronl(0),
+  fDFmuon(0),
+  fERecWeight(0),
+  fChargedNeutralThreshold(0.),
+  fTOFEnThreshold(0),
+  fDispEnThreshold(0),
+  fDispMultThreshold(0)
 
+{ 
+  //ctor with the indication on where to look for the track segments
+  InitParameters() ; 
+  fDefaultInit = kFALSE ; 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
 { 
-  if(fTrackSegments) fTrackSegments->Delete() ; 
-  if(fEmcRecPoints) fEmcRecPoints->Delete() ; 
-  if(fCpvRecPoints) fCpvRecPoints->Delete() ;
-  if(fRecParticles) fRecParticles->Delete() ;
-}
+  // dtor
+  fPrincipalPhoton = 0;
+  fPrincipalPi0 = 0;
 
+  delete [] fX ;       // Principal input 
+  delete [] fPPhoton ; // Photon Principal components
+  delete [] fPPi0 ;    // Pi0 Principal components
 
+  delete fParameters;
+  delete fTFphoton;
+  delete fTFpiong;
+  delete fTFkaong;
+  delete fTFkaonl;
+  delete fTFhhadrong;
+  delete fTFhhadronl;
+  delete fDFmuon;
+}
 //____________________________________________________________________________
-Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv, Option_t *  Axis)const
+void AliPHOSPIDv1::InitParameters()
 {
-  // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
-  const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::GetInstance()->PHOSGeometry() ; 
-  TVector3 vecEmc ;
-  TVector3 vecCpv ;
+  // Initialize PID parameters
+  fWrite                   = kTRUE ;
+  fBayesian          = kTRUE ;
+  SetParameters() ; // fill the parameters matrix from parameters file
+
+  // initialisation of response function parameters
+  // Tof
+
+//   // Photons
+//   fTphoton[0] = 0.218    ;
+//   fTphoton[1] = 1.55E-8  ; 
+//   fTphoton[2] = 5.05E-10 ;
+//   fTFphoton = new TFormula("ToF response to photons" , "gaus") ; 
+//   fTFphoton->SetParameters( fTphoton[0], fTphoton[1], fTphoton[2]) ; 
+
+//   // Pions
+//   //Gaus (0 to max probability)
+//   fTpiong[0] = 0.0971    ; 
+//   fTpiong[1] = 1.58E-8  ; 
+//   fTpiong[2] = 5.69E-10 ;
+//   fTFpiong = new TFormula("ToF response to pions" , "gaus") ; 
+//   fTFpiong->SetParameters( fTpiong[0], fTpiong[1], fTpiong[2]) ; 
+
+//   // Kaons
+//   //Gaus (0 to max probability)
+//   fTkaong[0] = 0.0542  ; 
+//   fTkaong[1] = 1.64E-8 ; 
+//   fTkaong[2] = 6.07E-10 ;
+//   fTFkaong = new TFormula("ToF response to kaon" , "gaus") ; 
+//   fTFkaong->SetParameters( fTkaong[0], fTkaong[1], fTkaong[2]) ; 
+//   //Landau (max probability to inf) 
+//   fTkaonl[0] = 0.264   ;
+//   fTkaonl[1] = 1.68E-8  ; 
+//   fTkaonl[2] = 4.10E-10 ;
+//   fTFkaonl = new TFormula("ToF response to kaon" , "landau") ; 
+//   fTFkaonl->SetParameters( fTkaonl[0], fTkaonl[1], fTkaonl[2]) ; 
+
+//   //Heavy Hadrons
+//   //Gaus (0 to max probability)
+//   fThhadrong[0] = 0.0302   ;  
+//   fThhadrong[1] = 1.73E-8  ; 
+//   fThhadrong[2] = 9.52E-10 ;
+//   fTFhhadrong = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "gaus") ; 
+//   fTFhhadrong->SetParameters( fThhadrong[0], fThhadrong[1], fThhadrong[2]) ; 
+//   //Landau (max probability to inf) 
+//   fThhadronl[0] = 0.139    ;  
+//   fThhadronl[1] = 1.745E-8  ; 
+//   fThhadronl[2] = 1.00E-9  ;
+//   fTFhhadronl = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "landau") ; 
+//   fTFhhadronl->SetParameters( fThhadronl[0], fThhadronl[1], fThhadronl[2]) ; 
+
+  // Photons
+  fTphoton[0] = 7.83E8   ;
+  fTphoton[1] = 1.55E-8  ; 
+  fTphoton[2] = 5.09E-10 ;
+  fTFphoton = new TFormula("ToF response to photons" , "gaus") ; 
+  fTFphoton->SetParameters( fTphoton[0], fTphoton[1], fTphoton[2]) ; 
+
+  // Pions
+  //Gaus (0 to max probability)
+  fTpiong[0] = 6.73E8    ; 
+  fTpiong[1] = 1.58E-8  ; 
+  fTpiong[2] = 5.87E-10 ;
+  fTFpiong = new TFormula("ToF response to pions" , "gaus") ; 
+  fTFpiong->SetParameters( fTpiong[0], fTpiong[1], fTpiong[2]) ; 
+
+  // Kaons
+  //Gaus (0 to max probability)
+  fTkaong[0] = 3.93E8  ; 
+  fTkaong[1] = 1.64E-8 ; 
+  fTkaong[2] = 6.07E-10 ;
+  fTFkaong = new TFormula("ToF response to kaon" , "gaus") ; 
+  fTFkaong->SetParameters( fTkaong[0], fTkaong[1], fTkaong[2]) ; 
+  //Landau (max probability to inf) 
+  fTkaonl[0] = 2.0E9    ;
+  fTkaonl[1] = 1.68E-8  ; 
+  fTkaonl[2] = 4.10E-10 ;
+  fTFkaonl = new TFormula("ToF response to kaon" , "landau") ; 
+  fTFkaonl->SetParameters( fTkaonl[0], fTkaonl[1], fTkaonl[2]) ; 
+
+  //Heavy Hadrons
+  //Gaus (0 to max probability)
+  fThhadrong[0] = 2.02E8   ;  
+  fThhadrong[1] = 1.73E-8  ; 
+  fThhadrong[2] = 9.52E-10 ;
+  fTFhhadrong = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "gaus") ; 
+  fTFhhadrong->SetParameters( fThhadrong[0], fThhadrong[1], fThhadrong[2]) ; 
+  //Landau (max probability to inf) 
+  fThhadronl[0] = 1.10E9    ;  
+  fThhadronl[1] = 1.74E-8   ; 
+  fThhadronl[2] = 1.00E-9   ;
+  fTFhhadronl = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "landau") ; 
+  fTFhhadronl->SetParameters( fThhadronl[0], fThhadronl[1], fThhadronl[2]) ; 
+
+
+
+  // Shower shape: dispersion gaussian parameters
+  // Photons
   
-  emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
-  cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ; 
-  if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){ 
-    
-    // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
-    // we assume, that particle moves from center
-    Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
-    Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
-    dEMC         = dEMC / dCPV ;
-    vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ; 
-    if (Axis == "X") return vecCpv.X();
-    if (Axis == "Y") return vecCpv.Y();
-    if (Axis == "Z") return vecCpv.Z();
-    if (Axis == "R") return vecCpv.Mag();
-  } 
+//   fDphoton[0] = 4.62e-2;  fDphoton[1] = 1.39e-2 ; fDphoton[2] = -3.80e-2;//constant
+//   fDphoton[3] = 1.53   ;  fDphoton[4] =-6.62e-2 ; fDphoton[5] = 0.339   ;//mean
+//   fDphoton[6] = 6.89e-2;  fDphoton[7] =-6.59e-2 ; fDphoton[8] = 0.194   ;//sigma
+  
+//   fDpi0[0] = 0.0586  ;  fDpi0[1] = 1.06E-3 ; fDpi0[2] = 0.      ;//constant
+//   fDpi0[3] = 2.67    ;  fDpi0[4] =-2.00E-2 ; fDpi0[5] = 9.37E-5 ;//mean
+//   fDpi0[6] = 0.153   ;  fDpi0[7] = 9.34E-4 ; fDpi0[8] =-1.49E-5 ;//sigma
+  
+//   fDhadron[0] = 1.61E-2 ;  fDhadron[1] = 3.03E-3 ; fDhadron[2] = 1.01E-2 ;//constant
+//   fDhadron[3] = 3.81    ;  fDhadron[4] = 0.232   ; fDhadron[5] =-1.25    ;//mean
+//   fDhadron[6] = 0.897   ;  fDhadron[7] = 0.0987  ; fDhadron[8] =-0.534   ;//sigma
+  
+  fDphoton[0] = 1.5    ;  fDphoton[1] = 0.49    ; fDphoton[2] =-1.7E-2 ;//constant
+  fDphoton[3] = 1.5    ;  fDphoton[4] = 4.0E-2  ; fDphoton[5] = 0.21   ;//mean
+  fDphoton[6] = 4.8E-2 ;  fDphoton[7] =-0.12    ; fDphoton[8] = 0.27   ;//sigma
+  fDphoton[9] = 16.; //for E>  fDphoton[9] parameters calculated at  fDphoton[9]
+
+  fDpi0[0] = 0.25      ;  fDpi0[1] = 3.3E-2     ; fDpi0[2] =-1.0e-5    ;//constant
+  fDpi0[3] = 1.50      ;  fDpi0[4] = 398.       ; fDpi0[5] = 12.       ;//mean
+  fDpi0[6] =-7.0E-2    ;  fDpi0[7] =-524.       ; fDpi0[8] = 22.       ;//sigma
+  fDpi0[9] = 110.; //for E>  fDpi0[9] parameters calculated at  fDpi0[9]
+
+  fDhadron[0] = 6.5    ;  fDhadron[1] =-5.3     ; fDhadron[2] = 1.5    ;//constant
+  fDhadron[3] = 3.8    ;  fDhadron[4] = 0.23    ; fDhadron[5] =-1.2    ;//mean
+  fDhadron[6] = 0.88   ;  fDhadron[7] = 9.3E-2  ; fDhadron[8] =-0.51   ;//sigma
+  fDhadron[9] = 2.; //for E>  fDhadron[9] parameters calculated at  fDhadron[9]
+
+  fDmuon[0] = 0.0631 ;
+  fDmuon[1] = 1.4    ; 
+  fDmuon[2] = 0.0557 ;
+  fDFmuon = new TFormula("Shower shape response to muons" , "landau") ; 
+  fDFmuon->SetParameters( fDmuon[0], fDmuon[1], fDmuon[2]) ; 
+
+
+  // x(CPV-EMC) distance gaussian parameters
+  
+//   fXelectron[0] = 8.06e-2 ;  fXelectron[1] = 1.00e-2; fXelectron[2] =-5.14e-2;//constant
+//   fXelectron[3] = 0.202   ;  fXelectron[4] = 8.15e-3; fXelectron[5] = 4.55   ;//mean
+//   fXelectron[6] = 0.334   ;  fXelectron[7] = 0.186  ; fXelectron[8] = 4.32e-2;//sigma
+  
+//   //charged hadrons gaus
+//   fXcharged[0] = 6.43e-3 ;  fXcharged[1] =-4.19e-5; fXcharged[2] = 1.42e-3;//constant
+//   fXcharged[3] = 2.75    ;  fXcharged[4] =-0.40   ; fXcharged[5] = 1.68   ;//mean
+//   fXcharged[6] = 3.135   ;  fXcharged[7] =-9.41e-2; fXcharged[8] = 1.31e-2;//sigma
+  
+//   // z(CPV-EMC) distance gaussian parameters
+  
+//   fZelectron[0] = 8.22e-2 ;  fZelectron[1] = 5.11e-3; fZelectron[2] =-3.05e-2;//constant
+//   fZelectron[3] = 3.09e-2 ;  fZelectron[4] = 5.87e-2; fZelectron[5] =-9.49e-2;//mean
+//   fZelectron[6] = 0.263   ;  fZelectron[7] =-9.02e-3; fZelectron[8] = 0.151 ;//sigma
+  
+//   //charged hadrons gaus
+  
+//   fZcharged[0] = 1.00e-2 ;  fZcharged[1] = 2.82E-4 ; fZcharged[2] = 2.87E-3 ;//constant
+//   fZcharged[3] =-4.68e-2 ;  fZcharged[4] =-9.21e-3 ; fZcharged[5] = 4.91e-2 ;//mean
+//   fZcharged[6] = 1.425   ;  fZcharged[7] =-5.90e-2 ; fZcharged[8] = 5.07e-2 ;//sigma
+
+
+  fXelectron[0] =-1.6E-2 ;  fXelectron[1] = 0.77  ; fXelectron[2] =-0.15 ;//constant
+  fXelectron[3] = 0.35   ;  fXelectron[4] = 0.25  ; fXelectron[5] = 4.12 ;//mean
+  fXelectron[6] = 0.30   ;  fXelectron[7] = 0.11  ; fXelectron[8] = 0.16 ;//sigma
+  fXelectron[9] = 3.; //for E>  fXelectron[9] parameters calculated at  fXelectron[9]
+
+  //charged hadrons gaus
+  fXcharged[0] = 0.14    ;  fXcharged[1] =-3.0E-2 ; fXcharged[2] = 0     ;//constant
+  fXcharged[3] = 1.4     ;  fXcharged[4] =-9.3E-2 ; fXcharged[5] = 1.4   ;//mean
+  fXcharged[6] = 5.7     ;  fXcharged[7] = 0.27   ; fXcharged[8] =-1.8   ;//sigma
+  fXcharged[9] = 1.2; //for E>  fXcharged[9] parameters calculated at  fXcharged[9]
+
+  // z(CPV-EMC) distance gaussian parameters
+  
+  fZelectron[0] = 0.49   ;  fZelectron[1] = 0.53   ; fZelectron[2] =-9.8E-2 ;//constant
+  fZelectron[3] = 2.8E-2 ;  fZelectron[4] = 5.0E-2 ; fZelectron[5] =-8.2E-2 ;//mean
+  fZelectron[6] = 0.25   ;  fZelectron[7] =-1.7E-2 ; fZelectron[8] = 0.17   ;//sigma
+  fZelectron[9] = 3.; //for E>  fZelectron[9] parameters calculated at  fZelectron[9]
+
+  //charged hadrons gaus
+  
+  fZcharged[0] = 0.46    ;  fZcharged[1] =-0.65    ; fZcharged[2] = 0.52    ;//constant
+  fZcharged[3] = 1.1E-2  ;  fZcharged[4] = 0.      ; fZcharged[5] = 0.      ;//mean
+  fZcharged[6] = 0.60    ;  fZcharged[7] =-8.2E-2  ; fZcharged[8] = 0.45    ;//sigma
+  fZcharged[9] = 1.2; //for E>  fXcharged[9] parameters calculated at  fXcharged[9]
+
+  //Threshold to differentiate between charged and neutral
+  fChargedNeutralThreshold = 1e-5;
+  fTOFEnThreshold          = 2;          //Maximum energy to use TOF
+  fDispEnThreshold         = 0.5;       //Minimum energy to use shower shape
+  fDispMultThreshold       = 3;       //Minimum multiplicity to use shower shape
+
+  //Weight to hadrons recontructed energy
+
+  fERecWeightPar[0] = 0.32 ; 
+  fERecWeightPar[1] = 3.8  ;
+  fERecWeightPar[2] = 5.4E-3 ; 
+  fERecWeightPar[3] = 5.6E-2 ;
+  fERecWeight = new TFormula("Weight for hadrons" , "[0]*exp(-x*[1])+[2]*exp(-x*[3])") ; 
+  fERecWeight ->SetParameters(fERecWeightPar[0],fERecWeightPar[1] ,fERecWeightPar[2] ,fERecWeightPar[3]) ; 
+
+
+  for (Int_t i =0; i<  AliPID::kSPECIESN ; i++)
+    fInitPID[i] = 1.;
  
-  return 100000000 ;
 }
 
-//____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t * option) 
+//________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::TrackSegments2RecParticles(Option_t *option)
 {
-  //Steering method
-  
-  if( strcmp(GetName(), "")== 0 ) 
-    Init() ;
+  // Steering method to perform particle reconstruction and identification
+  // for the event range from fFirstEvent to fLastEvent.
   
   if(strstr(option,"tim"))
     gBenchmark->Start("PHOSPID");
   
   if(strstr(option,"print")) {
-    Print("") ; 
+    Print() ; 
     return ; 
   }
 
-  gAlice->GetEvent(0) ;
-  //check, if the branch with name of this" already exits?
-  TObjArray * lob = (TObjArray*)gAlice->TreeR()->GetListOfBranches() ;
-  TIter next(lob) ; 
-  TBranch * branch = 0 ;  
-  Bool_t phospidfound = kFALSE, pidfound = kFALSE ; 
-  
-  TString taskName(GetName()) ; 
-  taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
+  if(fTrackSegments && //Skip events, where no track segments made
+     fTrackSegments->GetEntriesFast()) {
 
-  while ( (branch = (TBranch*)next()) && (!phospidfound || !pidfound) ) {
-    if ( (strcmp(branch->GetName(), "PHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
-      phospidfound = kTRUE ;
-    
-    else if ( (strcmp(branch->GetName(), "AliPHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
-      pidfound = kTRUE ; 
-  }
-
-  if ( phospidfound || pidfound ) {
-    cerr << "WARNING: AliPHOSPIDv1::Exec -> RecParticles and/or PIDtMaker branch with name " 
-        << taskName.Data() << " already exits" << endl ;
-    return ; 
-  }       
-  
-  Int_t nevents = (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() ;
-  Int_t ievent ;
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ;
-  
-  for(ievent = 0; ievent < nevents; ievent++){
-    gime->Event(ievent,"R") ;
-    
+    GetVertex() ;
     MakeRecParticles() ;
-    
-    WriteRecParticles(ievent);
-    
+
+    if(fBayesian)
+      MakePID() ; 
+      
     if(strstr(option,"deb"))
       PrintRecParticles(option) ;
   }
-  
+
+  if(strstr(option,"deb"))
+      PrintRecParticles(option);
   if(strstr(option,"tim")){
     gBenchmark->Stop("PHOSPID");
-    cout << "AliPHOSPID:" << endl ;
-    cout << "  took " << gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID") << " seconds for PID " 
-        <<  gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nevents << " seconds per event " << endl ;
-    cout << endl ;
+    AliInfo(Form("took %f seconds for PID", 
+                gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")));  
   }
+}
+
+//________________________________________________________________________
+Double_t  AliPHOSPIDv1::GausF(Double_t  x, Double_t  y, Double_t * par)
+{
+  //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
+  //this method returns a density probability of this parameter, given by a gaussian 
+  //function whose parameters depend with the energy  with a function: a/(x*x)+b/x+b
+  //Float_t xorg = x;
+  if (x > par[9]) x = par[9];
   
+  //Double_t cnt    = par[1] / (x*x) + par[2] / x + par[0] ;
+  Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
+  Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
+  Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
+//   if(xorg > 30)
+//     cout<<"En_in = "<<xorg<<"; En_out = "<<x<<"; cnt = "<<cnt
+//     <<"; mean = "<<mean<<"; sigma = "<<sigma<<endl;
+      
+  //  Double_t arg    = - (y-mean) * (y-mean) / (2*sigma*sigma) ;
+  //  return cnt * TMath::Exp(arg) ;
+  if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
+    return cnt*TMath::Gaus(y,mean,sigma);
+  }
+  else
+    return 0.;
 }
+//________________________________________________________________________
+Double_t  AliPHOSPIDv1::GausPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
+{
+  //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
+  //this method returns a density probability of this parameter, given by a gaussian 
+  //function whose parameters depend with the energy like second order polinomial
+
+  Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
+  Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
+  Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
+
+  if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
+    return cnt*TMath::Gaus(y,mean,sigma);
+  }
+  else
+    return 0.;
+
+
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+const TString AliPHOSPIDv1::GetFileNamePrincipal(TString particle) const
+{
+  //Get file name that contains the PCA for a particle ("photon or pi0")
+  particle.ToLower();
+  TString name;
+  if      (particle=="photon") 
+    name = fFileNamePrincipalPhoton ;
+  else if (particle=="pi0"   ) 
+    name = fFileNamePrincipalPi0    ;
+  else    
+    AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
+                 particle.Data()));
+  return name;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCalibration(Int_t i) const 
+{
+  // Get the i-th parameter "Calibration"
+  Float_t param = 0.;
+  if (i>2 || i<0) { 
+    AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
+  } else
+    param = (*fParameters)(0,i);
+  return param;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(Float_t e) const
+{
+//      It calibrates Energy depending on the recpoint energy.
+//      The energy of the reconstructed cluster is corrected with 
+//      the formula A + B* E  + C* E^2, whose parameters where obtained 
+//      through the study of the reconstructed energy distribution of 
+//      monoenergetic photons.
+  Float_t p[]={0.,0.,0.};
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCalibration(i);
+  Float_t enerec = p[0] +  p[1]*e + p[2]*e*e;
+  return enerec ;
+
+}
+
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSPIDv1::Init()
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis) const 
 {
-  // Make all memory allocations that are not possible in default constructor
-  // Add the PID task to the list of PHOS tasks
+  // Get the i-th parameter "CPV-EMC distance" for the specified axis
+  Float_t param = 0.;
+  if(i>2 || i<0) {
+    AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
+  } else {
+    axis.ToLower();
+    if      (axis == "x") 
+      param = (*fParameters)(1,i);
+    else if (axis == "z") 
+      param = (*fParameters)(2,i);
+    else { 
+      AliError(Form("Invalid axis name: %s",axis.Data()));
+    }
+  }
+  return  param;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCpv2EmcDistanceCut(TString axis, Float_t e) const
+{
+  // Get CpvtoEmcDistance Cut depending on the cluster energy, axis and 
+  // Purity-Efficiency point 
+
+  axis.ToLower();
+  Float_t p[]={0.,0.,0.};
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCpv2Emc(i,axis);
+  Float_t sig = p[0] + TMath::Exp(p[1] - p[2]*e);
+  return sig;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(TString particle, TString param, Float_t e) const 
+{
+  // Calculates the parameter param of the ellipse
+
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Float_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
+  Float_t value = 0.0;
+  for (Int_t i=0; i<4; i++) p[i] = GetParameterToCalculateEllipse(particle,param,i);
+  if (particle == "photon") {
+    if      (param.Contains("a"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
+    else if (param.Contains("b"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
+    else if (param.Contains("x0")) e = TMath::Max((Double_t)e,1.1);
+  }
+
+ if (particle == "photon")
+    value = p[0]/TMath::Sqrt(e) + p[1]*e + p[2]*e*e + p[3];
+  else if (particle == "pi0")
+    value = p[0] + p[1]*e + p[2]*e*e;
+
+  return value;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPhotonBoundary (Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
+  // for photons at high p_T
+  Float_t param = 0;
+  if (i>3 || i<0) {
+    AliError(Form("Wrong parameter number: %d\n",i));
+  } else
+    param = (*fParameters)(14,i) ;
+  return param;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPi0Boundary (Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
+  // for pi0 at high p_T
+  Float_t param = 0;
+  if (i>2 || i<0) {
+    AliError(Form("Wrong parameter number: %d\n",i));
+  } else
+    param = (*fParameters)(15,i) ;
+  return param;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterTimeGate(Int_t i) const
+{
+  // Get TimeGate parameter depending on Purity-Efficiency i:
+  // i=0 - Low purity, i=1 - Medium purity, i=2 - High purity
+  Float_t param = 0.;
+  if(i>2 || i<0) {
+    AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",i));
+  } else
+    param = (*fParameters)(3,i) ; 
+  return param;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
+  // parameter "param" for the particle "particle" ("photon" or "pi0")
+
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Int_t offset = -1;
+  if      (particle == "photon") 
+    offset=0;
+  else if (particle == "pi0")    
+    offset=5;
+  else
+    AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
+                 particle.Data()));
+
+  Int_t p= -1;
+  Float_t par = 0;
+
+  if     (param.Contains("a")) p=4+offset; 
+  else if(param.Contains("b")) p=5+offset; 
+  else if(param.Contains("c")) p=6+offset; 
+  else if(param.Contains("x0"))p=7+offset; 
+  else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
+
+  if      (i>4 || i<0) {
+    AliError(Form("No parameter with index %d", i)) ; 
+  } else if (p==-1) {
+    AliError(Form("No parameter with name %s", param.Data() )) ; 
+  } else
+    par = (*fParameters)(p,i) ;
   
-  if ( strcmp(GetTitle(), "") == 0 )
-    SetTitle("galice.root") ;
+  return par;
+}
+
+
+//DP____________________________________________________________________________
+//Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSCpvRecPoint * cpv, Option_t *  axis)const
+//{
+//  // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
+//  
+//  const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ; 
+//  TVector3 vecEmc ;
+//  TVector3 vecCpv ;
+//  if(cpv){
+//    emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
+//    cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ; 
+//    
+//    if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){      
+//      // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
+//      // we assume, that particle moves from center
+//      Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
+//      Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
+//      dEMC         = dEMC / dCPV ;
+//      vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ; 
+//      if (axis == "X") return vecCpv.X();
+//      if (axis == "Y") return vecCpv.Y();
+//      if (axis == "Z") return vecCpv.Z();
+//      if (axis == "R") return vecCpv.Mag();
+//    }
+//    return 100000000 ;
+//  }
+//  return 100000000 ;
+//}
+//____________________________________________________________________________
+Int_t  AliPHOSPIDv1::GetCPVBit(AliPHOSTrackSegment * ts, Int_t effPur, Float_t e) const
+{
+  //Calculates the pid bit for the CPV selection per each purity.
+  if(effPur>2 || effPur<0)
+    AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",effPur));
+
+//DP  if(ts->GetCpvIndex()<0)
+//DP    return 1 ; //no CPV cluster
   
-  TString taskName(GetName()) ; 
-  taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
+  Float_t sigX = GetCpv2EmcDistanceCut("X",e);
+  Float_t sigZ = GetCpv2EmcDistanceCut("Z",e);
   
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance(GetTitle(), taskName.Data()) ; 
-  if ( gime == 0 ) {
-    cerr << "ERROR: AliPHOSPIDv1::Init -> Could not obtain the Getter object !" << endl ; 
-    return ;
-  } 
-   
-  gime->PostPID(this) ;
-  // create a folder on the white board //YSAlice/WhiteBoard/RecParticles/PHOS/recparticlesName
-  gime->PostRecParticles(taskName.Data() ) ; 
+  Float_t deltaX = TMath::Abs(ts->GetCpvDistance("X"));
+  Float_t deltaZ = TMath::Abs(ts->GetCpvDistance("Z"));
+//  Info("GetCPVBit"," xdist %f, sigx %f, zdist %f, sigz %f",deltaX, sigX, deltaZ,sigZ) ;
+  //if(deltaX>sigX*(effPur+1))
+  //if((deltaX>sigX*(effPur+1)) || (deltaZ>sigZ*(effPur+1)))
+  if((deltaX>sigX*(effPur+1)) && (deltaZ>sigZ*(effPur+1)))
+    return 1;//Neutral
+  else
+    return 0;//Charged
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalBit(TString particle, const Double_t* p, Int_t effPur, Float_t e)const
+{
+  //Is the particle inside de PCA ellipse?
   
+  particle.ToLower();
+  Int_t    prinbit  = 0 ;
+  Float_t a  = GetEllipseParameter(particle,"a" , e); 
+  Float_t b  = GetEllipseParameter(particle,"b" , e);
+  Float_t c  = GetEllipseParameter(particle,"c" , e);
+  Float_t x0 = GetEllipseParameter(particle,"x0", e); 
+  Float_t y0 = GetEllipseParameter(particle,"y0", e);
+  
+  Float_t r = TMath::Power((p[0] - x0)/a,2) + 
+              TMath::Power((p[1] - y0)/b,2) +
+            c*(p[0] -  x0)*(p[1] - y0)/(a*b) ;
+  //3 different ellipses defined
+  if((effPur==2) && (r<1./2.)) prinbit= 1;
+  if((effPur==1) && (r<2.   )) prinbit= 1;
+  if((effPur==0) && (r<9./2.)) prinbit= 1;
+
+  if(r<0)
+    AliError("Negative square?") ;
+
+  return prinbit;
+
+}
+//____________________________________________________________________________
+Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPhotonBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
+{
+  // Set bit for identified hard photons (E > 30 GeV)
+  // if the second moment M2x is below the boundary
+
+  Float_t e   = emc->GetEnergy();
+  if (e < 30.0) return 0;
+  Float_t m2x = emc->GetM2x();
+  Float_t m2xBoundary = GetParameterPhotonBoundary(0) *
+    TMath::Exp(-TMath::Power(e-GetParameterPhotonBoundary(1),2)/2.0/
+               TMath::Power(GetParameterPhotonBoundary(2),2)) +
+    GetParameterPhotonBoundary(3);
+  AliDebug(1, Form("GetHardPhotonBit","E=%f, m2x=%f, boundary=%f",
+                      e,m2x,m2xBoundary));
+  if (m2x < m2xBoundary)
+    return 1;// A hard photon
+  else
+    return 0;// Not a hard photon
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
+Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPi0Bit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
+{
+  // Set bit for identified hard pi0  (E > 30 GeV)
+  // if the second moment M2x is above the boundary
 
-  // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
-  TString taskName(GetName()) ; 
-  taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
+  Float_t e   = emc->GetEnergy();
+  if (e < 30.0) return 0;
+  Float_t m2x = emc->GetM2x();
+  Float_t m2xBoundary = GetParameterPi0Boundary(0) +
+                    e * GetParameterPi0Boundary(1);
+  AliDebug(1,Form("E=%f, m2x=%f, boundary=%f",e,m2x,m2xBoundary));
+  if (m2x > m2xBoundary)
+    return 1;// A hard pi0
+  else
+    return 0;// Not a hard pi0
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSCpvRecPoint * )const 
+{ 
+  // Calculates the momentum direction:
+  //   1. if only a EMC RecPoint, direction is given by IP and this RecPoint
+  //   2. if a EMC RecPoint and CPV RecPoint, direction is given by the line through the 2 recpoints 
+  //  However because of the poor position resolution of PPSD the direction is always taken as if we were 
+  //  in case 1.
 
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
-  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints(taskName) ; 
-  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints(taskName) ; 
-  TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments(taskName) ; 
-  TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles(taskName) ; 
-  recParticles->Clear();
+  TVector3 local ; 
+  emc->GetLocalPosition(local) ;
+
+  AliPHOSGeometry * phosgeom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+  //Correct for the non-perpendicular incidence
+  // Correction for the depth of the shower starting point (TDR p 127)
+  Float_t para = 0.925 ;
+  Float_t parb = 6.52 ;
+  //Remove Old correction (vertex at 0,0,0)
+  TVector3 vtxOld(0.,0.,0.) ;
+  TVector3 vInc ;
+  Float_t x=local.X() ;
+  Float_t z=local.Z() ;
+  phosgeom->GetIncidentVector(vtxOld,emc->GetPHOSMod(),x,z,vInc) ;
+  Float_t depthxOld = 0.;
+  Float_t depthzOld = 0.;
+  Float_t energy = emc->GetEnergy() ;
+  if (energy > 0 && vInc.Y()!=0.) {
+    depthxOld = ( para * TMath::Log(energy) + parb ) * vInc.X()/TMath::Abs(vInc.Y()) ;
+    depthzOld = ( para * TMath::Log(energy) + parb ) * vInc.Z()/TMath::Abs(vInc.Y()) ;
+  }
+  else{
+    AliError("Cluster with zero energy \n");
+  }
+  //Apply Real vertex
+  phosgeom->GetIncidentVector(fVtx,emc->GetPHOSMod(),x,z,vInc) ;
+  Float_t depthx = 0.;
+  Float_t depthz = 0.;
+  if (energy > 0 && vInc.Y()!=0.) {
+    depthx = ( para * TMath::Log(energy) + parb ) * vInc.X()/TMath::Abs(vInc.Y()) ;
+    depthz = ( para * TMath::Log(energy) + parb ) * vInc.Z()/TMath::Abs(vInc.Y()) ;
+  }
+
+  //Correct for the vertex position and shower depth
+  Double_t xd=x+(depthxOld-depthx) ;
+  Double_t zd=z+(depthzOld-depthz) ; 
+  TVector3 dir(0,0,0) ; 
+  phosgeom->Local2Global(emc->GetPHOSMod(),xd,zd,dir) ;
+
+  dir-=fVtx ;
+  dir.SetMag(1.) ;
+
+  return dir ;  
+}
+
+//________________________________________________________________________
+Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauF(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
+{
+  //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
+  //this method returns a density probability of this parameter, given by a landau 
+  //function whose parameters depend with the energy  with a function: a/(x*x)+b/x+b
+
+  if (x > par[9]) x = par[9];
+
+  //Double_t cnt    = par[1] / (x*x) + par[2] / x + par[0] ;
+  Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
+  Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
+  Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
+
+  if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
+    return cnt*TMath::Landau(y,mean,sigma);
+  }
+  else
+    return 0.;
+
+}
+//________________________________________________________________________
+Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
+{
+
+  //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
+  //this method returns a density probability of this parameter, given by a landau 
+  //function whose parameters depend with the energy like second order polinomial
+
+  Double_t cnt    = par[2] * (x*x) + par[1] * x + par[0] ;
+  Double_t mean   = par[5] * (x*x) + par[4] * x + par[3] ;
+  Double_t sigma  = par[8] * (x*x) + par[7] * x + par[6] ;
+
+   if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
+    return cnt*TMath::Landau(y,mean,sigma);
+  }
+  else
+    return 0.;
+
+
+}
+// //________________________________________________________________________
+// Double_t  AliPHOSPIDv1::ChargedHadronDistProb(Double_t  x, Double_t y, Double_t * parg, Double_t * parl)
+// {
+//   Double_t cnt   = 0.0 ;
+//   Double_t mean  = 0.0 ;
+//   Double_t sigma = 0.0 ;
+//   Double_t arg   = 0.0 ;
+//   if (y < parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3]){
+//     cnt    = parg[1] / (x*x) + parg[2] / x + parg[0] ;
+//     mean   = parg[4] / (x*x) + parg[5] / x + parg[3] ;
+//     sigma  = parg[7] / (x*x) + parg[8] / x + parg[6] ;
+//     TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0.,100.);
+//     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
+//     arg  = f->Eval(y) ;
+//   }
+//   else{
+//     cnt    = parl[1] / (x*x) + parl[2] / x + parl[0] ;
+//     mean   = parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3] ;
+//     sigma  = parl[7] / (x*x) + parl[8] / x + parl[6] ;
+//     TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
+//     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
+//     arg  = f->Eval(y) ;
+//   }
+//   //  Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
+//   //   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
   
-  TIter next(trackSegments) ; 
+//   //Double_t arg    = -(y-mean)*(y-mean)/(2*sigma*sigma) ;
+//   //return cnt * TMath::Exp(arg) ;
+  
+//   return arg;
+  
+// }
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::MakePID()
+{
+  // construct the PID weight from a Bayesian Method
+  
+  const Int_t kSPECIES = AliPID::kSPECIESN ;
+  Int_t nparticles = fRecParticles->GetEntriesFast() ;
+
+  if ( !fEMCRecPoints || !fCPVRecPoints || !fTrackSegments ) {
+    AliFatal("RecPoints or TrackSegments not found !") ;  
+  }
+
+  TIter next(fTrackSegments) ; 
   AliPHOSTrackSegment * ts ; 
   Int_t index = 0 ; 
-  AliPHOSRecParticle * rp ; 
+
+  Double_t * stof[kSPECIES] ;
+  Double_t * sdp [kSPECIES]  ;
+  Double_t * scpv[kSPECIES] ;
+  Double_t * sw  [kSPECIES] ;
+  //Info("MakePID","Begin MakePID"); 
   
-  Bool_t ellips = fIDOptions.Contains("ell",TString::kIgnoreCase ) ;
-  Bool_t disp   = fIDOptions.Contains("dis",TString::kIgnoreCase ) ;
-  Bool_t time   = fIDOptions.Contains("tim",TString::kIgnoreCase ) ;
+  for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
+    stof[i] = new Double_t[nparticles] ;
+    sdp [i] = new Double_t[nparticles] ;
+    scpv[i] = new Double_t[nparticles] ;
+    sw  [i] = new Double_t[nparticles] ;
+  }
   
+
   while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
     
-    new( (*recParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
-    rp = (AliPHOSRecParticle *)recParticles->At(index) ; 
-    rp->SetTraskSegment(index) ;
-    rp->SetIndexInList(index) ;
-    
+    //cout<<">>>>>> Bayesian Index "<<index<<endl;
+
     AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
     if(ts->GetEmcIndex()>=0)
-      emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
+      emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) fEMCRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
     
-    AliPHOSRecPoint    * cpv = 0 ;
-    if(ts->GetCpvIndex()>=0)
-      cpv = (AliPHOSRecPoint *)   cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
+//    AliPHOSCpvRecPoint * cpv = 0 ;
+//    if(ts->GetCpvIndex()>=0)
+//      cpv = (AliPHOSCpvRecPoint *) cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
+//    
+////     Int_t track = 0 ; 
+////     track = ts->GetTrackIndex() ; //TPC tracks ?
     
-    //set momentum and energy first
-    Float_t    e = emc->GetEnergy() ;
-    TVector3 dir = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
-    dir.SetMag(e) ;
+    if (!emc) {
+      AliFatal(Form("-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc )) ;
+    }
 
-    rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),e) ;
-    rp->SetCalcMass(0);
 
-    //now set type (reconstructed) of the particle    
-    Int_t showerprofile = 0;  // 0 narrow and 1 wide
+    // ############Tof#############################
+
+    //    Info("MakePID", "TOF");
+    Float_t  en   = emc->GetEnergy();    
+    Double_t time = emc->GetTime() ;
+    //    cout<<">>>>>>>Energy "<<en<<"Time "<<time<<endl;
+   
+    // now get the signals probability
+    // s(pid) in the Bayesian formulation
+    
+    stof[AliPID::kPhoton][index]   = 1.; 
+    stof[AliPID::kElectron][index] = 1.;
+    stof[AliPID::kEleCon][index]   = 1.;
+    //We assing the same prob to charged hadrons, sum is 1
+    stof[AliPID::kPion][index]     = 1./3.; 
+    stof[AliPID::kKaon][index]     = 1./3.; 
+    stof[AliPID::kProton][index]   = 1./3.;
+    //We assing the same prob to neutral hadrons, sum is 1
+    stof[AliPID::kNeutron][index]  = 1./2.;
+    stof[AliPID::kKaon0][index]    = 1./2.;
+    stof[AliPID::kMuon][index]     = 1.; 
+    if(en <  fTOFEnThreshold) {
+
+      Double_t pTofPion = fTFpiong ->Eval(time) ; //gaus distribution
+      Double_t pTofKaon = 0;
+
+      if(time < fTkaonl[1])
+       pTofKaon = fTFkaong  ->Eval(time) ; //gaus distribution
+      else 
+       pTofKaon = fTFkaonl  ->Eval(time) ; //landau distribution
+
+      Double_t pTofNucleon = 0;
+
+      if(time < fThhadronl[1])
+       pTofNucleon = fTFhhadrong   ->Eval(time) ; //gaus distribution
+      else
+       pTofNucleon = fTFhhadronl   ->Eval(time) ; //landau distribution
+      //We assing the same prob to neutral hadrons, sum is the average prob
+      Double_t pTofNeHadron =  (pTofKaon + pTofNucleon)/2. ;
+      //We assing the same prob to charged hadrons, sum is the average prob
+      Double_t pTofChHadron =  (pTofPion + pTofKaon + pTofNucleon)/3. ;
+
+      stof[AliPID::kPhoton][index]   = fTFphoton     ->Eval(time) ; 
+      //gaus distribution
+      stof[AliPID::kEleCon][index]   = stof[AliPID::kPhoton][index] ; 
+      //a conversion electron has the photon ToF
+      stof[AliPID::kMuon][index]     = stof[AliPID::kPhoton][index] ;
+      stof[AliPID::kElectron][index] = pTofPion  ;                             
+
+      stof[AliPID::kPion][index]     =  pTofChHadron ; 
+      stof[AliPID::kKaon][index]     =  pTofChHadron ;
+      stof[AliPID::kProton][index]   =  pTofChHadron ;
+
+      stof[AliPID::kKaon0][index]    =  pTofNeHadron ;     
+      stof[AliPID::kNeutron][index]  =  pTofNeHadron ;            
+    } 
+    
+    //    Info("MakePID", "Dispersion");
     
-    if(ellips){
-      Float_t lambda[2] ;
-      emc->GetElipsAxis(lambda) ;
-      if(fFormula->Eval(lambda[0],lambda[1]) <= 0 )
-       showerprofile = 1 ;  // not narrow
+    // ###########Shower shape: Dispersion####################
+    Float_t dispersion = emc->GetDispersion();
+    //DP: Correct for non-perpendicular incidence
+    //DP: still to be done 
+
+    //dispersion is not well defined if the cluster is only in few crystals
+    
+    sdp[AliPID::kPhoton][index]   = 1. ;
+    sdp[AliPID::kElectron][index] = 1. ;
+    sdp[AliPID::kPion][index]     = 1. ; 
+    sdp[AliPID::kKaon][index]     = 1. ; 
+    sdp[AliPID::kProton][index]   = 1. ;
+    sdp[AliPID::kNeutron][index]  = 1. ;
+    sdp[AliPID::kEleCon][index]   = 1. ; 
+    sdp[AliPID::kKaon0][index]    = 1. ; 
+    sdp[AliPID::kMuon][index]     = 1. ; 
+    
+    if(en > fDispEnThreshold && emc->GetMultiplicity() >  fDispMultThreshold){
+      sdp[AliPID::kPhoton][index]   = GausF(en , dispersion, fDphoton) ;
+      sdp[AliPID::kElectron][index] = sdp[AliPID::kPhoton][index] ;
+      sdp[AliPID::kPion][index]     = LandauF(en , dispersion, fDhadron ) ; 
+      sdp[AliPID::kKaon][index]     = sdp[AliPID::kPion][index]  ; 
+      sdp[AliPID::kProton][index]   = sdp[AliPID::kPion][index]  ;
+      sdp[AliPID::kNeutron][index]  = sdp[AliPID::kPion][index]  ;
+      sdp[AliPID::kEleCon][index]   = sdp[AliPID::kPhoton][index]; 
+      sdp[AliPID::kKaon0][index]    = sdp[AliPID::kPion][index]  ; 
+      sdp[AliPID::kMuon][index]     = fDFmuon ->Eval(dispersion) ; 
+      //landau distribution
     }
     
-    if(disp)
-      if(emc->GetDispersion() > fDispersion )
-       showerprofile = 1 ;  // not narrow
+//      Info("MakePID","multiplicity %d, dispersion %f", emc->GetMultiplicity(), dispersion);
+//      Info("MakePID","ss: photon %f, hadron %f ",  sdp[AliPID::kPhoton][index],  sdp[AliPID::kPion][index]);
+//       cout<<">>>>>multiplicity "<<emc->GetMultiplicity()<<", dispersion "<< dispersion<<endl ;
+//       cout<<"<<<<<ss: photon   "<<sdp[AliPID::kPhoton][index]<<", hadron    "<<sdp[AliPID::kPion][index]<<endl;
+
+    //########## CPV-EMC  Distance#######################
+    //     Info("MakePID", "Distance");
+
+    Float_t x             = TMath::Abs(ts->GetCpvDistance("X")) ;
+    Float_t z             = ts->GetCpvDistance("Z") ;
+   
+    Double_t pcpv         = 0 ;
+    Double_t pcpvneutral  = 0. ;
+   
+    Double_t elprobx      = GausF(en , x, fXelectron) ;
+    Double_t elprobz      = GausF(en , z, fZelectron) ;
+    Double_t chprobx      = GausF(en , x, fXcharged)  ;
+    Double_t chprobz      = GausF(en , z, fZcharged)  ;
+    Double_t pcpvelectron = elprobx * elprobz;
+    Double_t pcpvcharged  = chprobx * chprobz;
+  
+//     cout<<">>>>energy "<<en<<endl;
+//     cout<<">>>>electron : x "<<x<<" xprob "<<elprobx<<" z "<<z<<" zprob "<<elprobz<<endl;
+//     cout<<">>>>hadron   : x "<<x<<" xprob "<<chprobx<<" z "<<z<<" zprob "<<chprobz<<endl;
+//     cout<<">>>>electron : px*pz "<<pcpvelectron <<" hadron: px*pz "<<pcpvcharged<<endl;  
+
+    // Is neutral or charged?
+    if(pcpvelectron >= pcpvcharged)  
+      pcpv = pcpvelectron ;
+    else
+      pcpv = pcpvcharged ;
     
-    Int_t slow = 0 ;
-    if(time)
-      if(emc->GetTime() > fTimeGate )
-       slow = 0 ; 
-        
-    // Looking at the CPV detector
-    Int_t cpvdetector= 0 ;  //1 hit and 0 no hit     
-    if(cpv)
-      if(GetDistance(emc, cpv,  "R") < fCpvEmcDistance) 
-       cpvdetector = 1 ;  
+    if(pcpv < fChargedNeutralThreshold)
+      {
+       pcpvneutral  = 1. ;
+       pcpvcharged  = 0. ;
+       pcpvelectron = 0. ;
+      }
+    //    else
+    //      cout<<">>>>>>>>>>>CHARGED>>>>>>>>>>>"<<endl;
+    
+    scpv[AliPID::kPion][index]     =  pcpvcharged  ; 
+    scpv[AliPID::kKaon][index]     =  pcpvcharged  ; 
+    scpv[AliPID::kProton][index]   =  pcpvcharged  ;
+
+    scpv[AliPID::kMuon][index]     =  pcpvelectron ; 
+    scpv[AliPID::kElectron][index] =  pcpvelectron ;
+    scpv[AliPID::kEleCon][index]   =  pcpvelectron ; 
+
+    scpv[AliPID::kPhoton][index]   =  pcpvneutral  ;
+    scpv[AliPID::kNeutron][index]  =  pcpvneutral  ; 
+    scpv[AliPID::kKaon0][index]    =  pcpvneutral  ; 
+
+    
+    //   Info("MakePID", "CPV passed");
+
+    //############## Pi0 #############################
+    stof[AliPID::kPi0][index]      = 0. ;  
+    scpv[AliPID::kPi0][index]      = 0. ;
+    sdp [AliPID::kPi0][index]      = 0. ;
+
+    if(en > 30.){
+      // pi0 are detected via decay photon
+      stof[AliPID::kPi0][index]  =   stof[AliPID::kPhoton][index];
+      scpv[AliPID::kPi0][index]  = pcpvneutral  ;
+      if(emc->GetMultiplicity() >  fDispMultThreshold)
+       sdp [AliPID::kPi0][index]  = GausF(en , dispersion, fDpi0) ;
+       //sdp [AliPID::kPi0][index]  = GausPol2(en , dispersion, fDpi0) ;
+//       cout<<"E = "<<en<<" GeV; disp = "<<dispersion<<"; mult = "
+//       <<emc->GetMultiplicity()<<endl;
+//       cout<<"PDF: photon = "<<sdp [AliPID::kPhoton][index]<<"; pi0 = "
+//       <<sdp [AliPID::kPi0][index]<<endl;
+    }
     
-    Int_t type = showerprofile + 2 * slow  + 4 * cpvdetector ;
-    rp->SetType(type) ; 
-    index++ ; 
-  }
   
-}
 
-//____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1:: Print(Option_t * option) const
-{
-  // Print the parameters used for the particle type identification
-    cout <<  "=============== AliPHOSPID1 ================" << endl ;
-    cout <<  "Making PID "<< endl ;
-    cout <<  "    Headers file:               " << fHeaderFileName.Data() << endl ;
-    cout <<  "    RecPoints branch title:     " << fRecPointsTitle.Data() << endl ;
-    cout <<  "    TrackSegments Branch title: " << fTrackSegmentsTitle.Data() << endl ;
-    cout <<  "    RecParticles Branch title   " << fRecParticlesTitle.Data() << endl;
-    cout <<  "with parameters: " << endl ;
-    cout <<  "    Maximal EMC - CPV  distance (cm) " << fCpvEmcDistance << endl ;
-    if(fIDOptions.Contains("dis",TString::kIgnoreCase ))
-      cout <<  "                    dispersion cut " << fDispersion << endl ;
-    if(fIDOptions.Contains("ell",TString::kIgnoreCase )){
-      cout << "             Eliptic cuts function: " << endl ;
-      cout << fFormula->GetTitle() << endl ;
+    
+    //############## muon #############################
+
+    if(en > 0.5){
+      //Muons deposit few energy
+      scpv[AliPID::kMuon][index]     =  0 ;
+      stof[AliPID::kMuon][index]     =  0 ;
+      sdp [AliPID::kMuon][index]     =  0 ;
     }
-    if(fIDOptions.Contains("tim",TString::kIgnoreCase ))
-      cout << "             Time Gate uzed: " << fTimeGate <<  endl ;
-    cout <<  "============================================" << endl ;
-}
 
-//____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetShowerProfileCut(char * formula)
-{
-  //set shape of the cut on the axis of ellipce, drown around shouer
-  //shower considered "narrow" if Formula(lambda[0],lambda[1]) > 0.
-  if(fFormula) 
-    delete fFormula; 
-  fFormula = new TFormula("Lambda Cut",formula) ;
-}
-//____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles(Int_t event)
-{
+    //Weight to apply to hadrons due to energy reconstruction
+
+    Float_t weight = fERecWeight ->Eval(en) ;
  
-  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
-  TString taskName(GetName()) ; 
-  taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
-  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles(taskName) ; 
-  recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
-
-  //Make branch in TreeR for RecParticles 
-  char * filename = 0;
-  if(gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")!=0){   //generating file name
-    filename = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+20] ;
-    sprintf(filename,"%s/PHOS.Reco.root",gAlice->GetBaseFile()) ; 
-  }
-  
-  TDirectory *cwd = gDirectory;
-  
-  //First rp
-  Int_t bufferSize = 32000 ;    
-  TBranch * rpBranch = gAlice->TreeR()->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
-  rpBranch->SetTitle(fRecParticlesTitle);
-  if (filename) {
-    rpBranch->SetFile(filename);
-    TIter next( rpBranch->GetListOfBranches());
-    TBranch * sb ;
-    while ((sb=(TBranch*)next())) {
-      sb->SetFile(filename);
-    }   
-    cwd->cd();
+    sw[AliPID::kPhoton][index]   = 1. ;
+    sw[AliPID::kElectron][index] = 1. ;
+    sw[AliPID::kPion][index]     = weight ; 
+    sw[AliPID::kKaon][index]     = weight ; 
+    sw[AliPID::kProton][index]   = weight ;
+    sw[AliPID::kNeutron][index]  = weight ;
+    sw[AliPID::kEleCon][index]   = 1. ; 
+    sw[AliPID::kKaon0][index]    = weight ; 
+    sw[AliPID::kMuon][index]     = weight ; 
+    sw[AliPID::kPi0][index]      = 1. ;
+
+//     if(en > 0.5){
+//       cout<<"######################################################"<<endl;
+//       //cout<<"MakePID: energy "<<en<<", tof "<<time<<", distance "<<distance<<", dispersion "<<dispersion<<endl ;
+//       cout<<"MakePID: energy "<<en<<", tof "<<time<<", dispersion "<<dispersion<<", x "<<x<<", z "<<z<<endl ;
+//       cout<<">>>>>multiplicity "<<emc->GetMultiplicity()<<endl;
+//       cout<<">>>>electron : xprob "<<elprobx<<" zprob "<<elprobz<<endl;
+//       cout<<">>>>hadron   : xprob "<<chprobx<<" zprob "<<chprobz<<endl;
+//       cout<<">>>>electron : px*pz "<<pcpvelectron <<" hadron: px*pz "<<pcpvcharged<<endl;  
+      
+//        cout<<"Photon   , pid "<< fInitPID[AliPID::kPhoton]<<" tof "<<stof[AliPID::kPhoton][index]
+//       <<", cpv "<<scpv[AliPID::kPhoton][index]<<", ss "<<sdp[AliPID::kPhoton][index]<<endl;
+//       cout<<"EleCon   , pid "<< fInitPID[AliPID::kEleCon]<<", tof "<<stof[AliPID::kEleCon][index]
+//       <<", cpv "<<scpv[AliPID::kEleCon][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kEleCon][index]<<endl;
+//       cout<<"Electron , pid "<< fInitPID[AliPID::kElectron]<<", tof "<<stof[AliPID::kElectron][index]
+//       <<", cpv "<<scpv[AliPID::kElectron][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kElectron][index]<<endl;
+//       cout<<"Muon     , pid "<< fInitPID[AliPID::kMuon]<<", tof "<<stof[AliPID::kMuon][index]
+//       <<", cpv "<<scpv[AliPID::kMuon][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kMuon][index]<<endl;
+//        cout<<"Pi0      , pid "<< fInitPID[AliPID::kPi0]<<", tof "<<stof[AliPID::kPi0][index]
+//       <<", cpv "<<scpv[AliPID::kPi0][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kPi0][index]<<endl;
+//       cout<<"Pion     , pid "<< fInitPID[AliPID::kPion]<<", tof "<<stof[AliPID::kPion][index]
+//       <<", cpv "<<scpv[AliPID::kPion][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kPion][index]<<endl;
+//       cout<<"Kaon0    , pid "<< fInitPID[AliPID::kKaon0]<<", tof "<<stof[AliPID::kKaon0][index]
+//       <<", cpv "<<scpv[AliPID::kKaon0][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kKaon0][index]<<endl;
+//       cout<<"Kaon     , pid "<< fInitPID[AliPID::kKaon]<<", tof "<<stof[AliPID::kKaon][index]
+//       <<", cpv "<<scpv[AliPID::kKaon][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kKaon][index]<<endl;
+//       cout<<"Neutron  , pid "<< fInitPID[AliPID::kNeutron]<<", tof "<<stof[AliPID::kNeutron][index]
+//       <<", cpv "<<scpv[AliPID::kNeutron][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kNeutron][index]<<endl;
+//       cout<<"Proton   , pid "<< fInitPID[AliPID::kProton]<<", tof "<<stof[AliPID::kProton][index]
+//       <<", cpv "<<scpv[AliPID::kProton][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kProton][index]<<endl;
+//       cout<<"######################################################"<<endl;
+//     }
+      index++;
   }
   
-  //second, pid
-  Int_t splitlevel = 0 ; 
-  AliPHOSPIDv1 * pid = this ;
-  TBranch * pidBranch = gAlice->TreeR()->Branch("AliPHOSPID","AliPHOSPIDv1",&pid,bufferSize,splitlevel);
-  pidBranch->SetTitle(fRecParticlesTitle.Data());
-  if (filename) {
-    pidBranch->SetFile(filename);
-    TIter next( pidBranch->GetListOfBranches());
-    TBranch * sb ;
-    while ((sb=(TBranch*)next())) {
-      sb->SetFile(filename);
-    }   
-    cwd->cd();
-  }    
+  //for (index = 0 ; index < kSPECIES ; index++) 
+  // pid[index] /= nparticles ; 
   
-  rpBranch->Fill() ;
-  pidBranch->Fill() ;
+
+  //  Info("MakePID", "Total Probability calculation");
   
-  gAlice->TreeR()->Write(0,kOverwrite) ;  
+  for(index = 0 ; index < nparticles ; index ++) {
+    
+    AliPHOSRecParticle * recpar = static_cast<AliPHOSRecParticle *>(fRecParticles->At(index));
+    
+    //Conversion electron?
+    
+    if(recpar->IsEleCon()){
+      fInitPID[AliPID::kEleCon]   = 1. ;
+      fInitPID[AliPID::kPhoton]   = 0. ;
+      fInitPID[AliPID::kElectron] = 0. ;
+    }
+    else{
+      fInitPID[AliPID::kEleCon]   = 0. ;
+      fInitPID[AliPID::kPhoton]   = 1. ;
+      fInitPID[AliPID::kElectron] = 1. ;
+    }
+    // fInitPID[AliPID::kEleCon]   = 0. ;
+    
+    
+    // calculates the Bayesian weight
+    
+    Int_t jndex ;
+    Double_t wn = 0.0 ; 
+    for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++) 
+      wn += stof[jndex][index] * sdp[jndex][index]  * scpv[jndex][index] * 
+       sw[jndex][index] * fInitPID[jndex] ;
+    
+    //    cout<<"*************wn "<<wn<<endl;
+    if (TMath::Abs(wn)>0)
+      for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++) {
+       //cout<<"jndex "<<jndex<<" wn "<<wn<<" SetPID * wn"
+       //<<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * pid[jndex]  << endl;
+       //cout<<" tof "<<stof[jndex][index] << " disp " <<sdp[jndex][index] << " pid "<< fInitPID[jndex] << endl;
+       //      if(jndex ==  AliPID::kPi0 || jndex ==  AliPID::kPhoton){
+       //        cout<<"Particle "<<jndex<<"  final prob * wn   "
+       //            <<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * scpv[jndex][index] * 
+       //          fInitPID[jndex] <<"  wn  "<< wn<<endl;
+       //        cout<<"pid "<< fInitPID[jndex]<<", tof "<<stof[jndex][index]
+       //            <<", cpv "<<scpv[jndex][index]<<" ss "<<sdp[jndex][index]<<endl;
+       //      }
+       recpar->SetPID(jndex, stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * 
+                      sw[jndex][index] * scpv[jndex][index] * 
+                      fInitPID[jndex] / wn) ; 
+      }
+  }
+  //  Info("MakePID", "Delete");
   
+  for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
+    delete [] stof[i];
+    delete [] sdp [i];
+    delete [] scpv[i];
+    delete [] sw  [i];
+  }
+  //  Info("MakePID","End MakePID"); 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::PlotDispersionCuts()const
+void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles()
 {
-  // produces a plot of the dispersion cut
-  TCanvas*  lambdas = new TCanvas("lambdas","Cuts on the ellipse axis",200,10,700,500);
-  if(fIDOptions.Contains("ell",TString::kIgnoreCase ) ){
-    TF2 * ell = new TF2("Elliptic Cuts",fFormula->GetName(),0,3,0,3) ;
-    ell->SetMinimum(0.0000001) ;
-    ell->SetMaximum(0.001) ;
-    ell->SetLineStyle(1) ;
-    ell->SetLineWidth(2) ;
-    ell->Draw() ;
-  }
+  // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
   
-  if( fIDOptions.Contains("dis",TString::kIgnoreCase ) ){
-    TF2 * dsp = new TF2("dispersion","(y<x)*(x*x+y*y < [0]*[0])",0,3,0,3) ;
-    dsp->SetParameter(0,fDispersion) ;
-    dsp->SetMinimum(0.0000001) ;
-    dsp->SetMaximum(0.001) ;
-    dsp->SetLineStyle(1) ;
-    dsp->SetLineColor(2) ;
-    dsp->SetLineWidth(2) ;
-    dsp->SetNpx(200) ;
-    dsp->SetNpy(200) ;
-    if(fIDOptions.Contains("ell",TString::kIgnoreCase ) )
-      dsp->Draw("same") ;
-    else
-      dsp->Draw() ;
+  if ( !fEMCRecPoints || !fCPVRecPoints || !fTrackSegments ) {
+    AliFatal("RecPoints or TrackSegments not found !") ;  
   }
-  lambdas->Update();
-}
+  fRecParticles->Clear();
 
-//____________________________________________________________________________
-TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRecPoint * cpv)const 
-{ 
-  // Calculates the momentum direction:
-  //   1. if only a EMC RecPoint, direction is given by IP and this RecPoint
-  //   2. if a EMC RecPoint and CPV RecPoint, direction is given by the line through the 2 recpoints 
-  //  However because of the poor position resolution of PPSD the direction is always taken as if we were 
-  //  in case 1.
+  TIter next(fTrackSegments) ; 
+  AliPHOSTrackSegment * ts ; 
+  Int_t index = 0 ; 
+  AliPHOSRecParticle * rp ; 
+  while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
+    //  cout<<">>>>>>>>>>>>>>>PCA Index "<<index<<endl;
+    new( (*fRecParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
+    rp = (AliPHOSRecParticle *)fRecParticles->At(index) ; 
+    rp->SetTrackSegment(index) ;
+    rp->SetIndexInList(index) ;
+       
+    AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
+    if(ts->GetEmcIndex()>=0)
+      emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) fEMCRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
+    
+    AliPHOSCpvRecPoint * cpv = 0 ;
+    if(ts->GetCpvIndex()>=0)
+      cpv = (AliPHOSCpvRecPoint *) fCPVRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
+    
+    Int_t track = 0 ; 
+    track = ts->GetTrackIndex() ; 
+      
+    // Now set type (reconstructed) of the particle
 
-  TVector3 dir(0,0,0) ; 
-  
-  TVector3 emcglobalpos ;
-  TMatrix  dummy ;
-  
-  emc->GetGlobalPosition(emcglobalpos, dummy) ;
-  
+    // Choose the cluster energy range
+    
+    if (!emc) {
+      AliFatal(Form("-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc )) ;
+    }
+
+    Float_t e = emc->GetEnergy() ;   
+    
+    Float_t  lambda[2] ;
+    emc->GetElipsAxis(lambda) ;
  
-  // The following commented code becomes valid once the PPSD provides 
-  // a reasonable position resolution, at least as good as EMC ! 
-  //   TVector3 ppsdlglobalpos ;
-  //   TVector3 ppsduglobalpos ;
-  //   if( fPpsdLowRecPoint ){ // certainly a photon that has concerted
-  //     fPpsdLowRecPoint->GetGlobalPosition(ppsdlglobalpos, mdummy) ; 
-  //     dir = emcglobalpos -  ppsdlglobalpos ; 
-  //     if( fPpsdUpRecPoint ){ // not looks like a charged       
-  //        fPpsdUpRecPoint->GetGlobalPosition(ppsduglobalpos, mdummy) ; 
-  //        dir = ( dir +  emcglobalpos -  ppsduglobalpos ) * 0.5 ; 
-  //      }
-  //   }
-  //   else { // looks like a neutral
-  //    dir = emcglobalpos ;  
-  //  }
-  
-  dir = emcglobalpos ;  
-  dir.SetZ( -dir.Z() ) ;   // why ?  
-  dir.SetMag(1.) ;
+    if((lambda[0]>0.01) && (lambda[1]>0.01)){
+      // Looking PCA. Define and calculate the data (X),
+      // introduce in the function X2P that gives the components (P).  
 
-  //account correction to the position of IP
-  Float_t xo,yo,zo ; //Coordinates of the origin
-  gAlice->Generator()->GetOrigin(xo,yo,zo) ;
-  TVector3 origin(xo,yo,zo);
-  dir = dir - origin ;
+      Float_t  spher = 0. ;
+      Float_t  emaxdtotal = 0. ; 
+      
+      if((lambda[0]+lambda[1])!=0) 
+       spher=TMath::Abs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
+      
+      emaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy(); 
+      
+      fX[0] = lambda[0] ;  
+      fX[1] = lambda[1] ; 
+      fX[2] = emc->GetDispersion() ; 
+      fX[3] = spher ; 
+      fX[4] = emc->GetMultiplicity() ;  
+      fX[5] = emaxdtotal ;  
+      fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;  
+      
+      fPrincipalPhoton->X2P(fX,fPPhoton);
+      fPrincipalPi0   ->X2P(fX,fPPi0);
 
-  return dir ;  
+    }
+    else{
+      fPPhoton[0]=-100.0;  //We do not accept clusters with 
+      fPPhoton[1]=-100.0;  //one cell as a photon-like
+      fPPi0[0]   =-100.0;
+      fPPi0[1]   =-100.0;
+    }
+    
+    Float_t time = emc->GetTime() ;
+    rp->SetTof(time) ; 
+    
+    // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency 
+    // are taken into account to set the particle identification)
+    for(Int_t effPur = 0; effPur < 3 ; effPur++){
+      
+      // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 
+      // 1st,2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )
+      // is set to 1
+      if(GetCPVBit(ts, effPur,e) == 1 ){  
+       rp->SetPIDBit(effPur) ;
+       //cout<<"CPV bit "<<effPur<<endl;
+      }
+      // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1             
+      if(time< (*fParameters)(3,effPur)) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+3) ;                   
+  
+      //Photon PCA
+      //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
+      if(GetPrincipalBit("photon",fPPhoton,effPur,e) == 1) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+6) ;
+
+      //Pi0 PCA
+      //If we are inside the ellipse, 10th, 11th or 12th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
+      if(GetPrincipalBit("pi0"   ,fPPi0   ,effPur,e) == 1) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+9) ;
+    }
+    if(GetHardPhotonBit(emc))
+      rp->SetPIDBit(12) ;
+    if(GetHardPi0Bit   (emc))
+      rp->SetPIDBit(13) ;
+    
+    if(track >= 0) 
+      rp->SetPIDBit(14) ; 
+
+    //Set momentum, energy and other parameters 
+    Float_t  encal = GetCalibratedEnergy(e);
+    TVector3 dir   = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
+    dir.SetMag(encal) ;
+    rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),encal) ;
+    rp->SetCalcMass(0);
+    rp->Name(); //If photon sets the particle pdg name to gamma
+    rp->SetProductionVertex(fVtx.X(),fVtx.Y(),fVtx.Z(),0);
+    rp->SetFirstMother(-1);
+    rp->SetLastMother(-1);
+    rp->SetFirstDaughter(-1);
+    rp->SetLastDaughter(-1);
+    rp->SetPolarisation(0,0,0);
+    //Set the position in global coordinate system from the RecPoint
+    AliPHOSTrackSegment * ts  = static_cast<AliPHOSTrackSegment *>(fTrackSegments->At(rp->GetPHOSTSIndex()));
+    AliPHOSEmcRecPoint  * erp = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>(fEMCRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()));
+    TVector3 pos ; 
+    fGeom->GetGlobalPHOS(erp, pos) ; 
+    rp->SetPos(pos);
+    index++ ; 
+  }
+}
+  
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::Print(const Option_t *) const
+{
+  // Print the parameters used for the particle type identification
+
+    AliInfo("=============== AliPHOSPIDv1 ================") ;
+    printf("Making PID\n") ;
+    printf("    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 %s\n", fFileNamePrincipalPhoton.Data() )   ; 
+    printf("    Name of parameters file     %s\n", fFileNameParameters.Data() )  ;
+    printf("    Matrix of Parameters: 14x4\n") ;
+    printf("        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]\n") ;
+    printf("        RCPV 2x3 rows x and z, columns function cut parameters\n") ;
+    printf("        TOF  1x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n") ;
+    printf("        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]\n") ;
+    printf("    Pi0 PCA  5x3 [5 ellipse parametres and 3 parametres to calculate them: A + B* E + C * E^2]\n") ;
+    fParameters->Print() ;
 }
+
+
+
 //____________________________________________________________________________
 void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
 {
   // Print table of reconstructed particles
 
-  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
-
-  TString taskName(GetName()) ; 
-  taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
-  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles(taskName) ; 
-  
-  cout << "AliPHOSPIDv1: event "<<gAlice->GetEvNumber()  << endl ;
-  cout << "       found " << recParticles->GetEntriesFast() << " RecParticles " << endl ;
+  TString message ; 
+  message  = "       found " ; 
+  message += fRecParticles->GetEntriesFast(); 
+  message += " RecParticles\n" ; 
 
-  fRecParticlesInRun += recParticles->GetEntriesFast() ; 
-  
   if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
-    
-    cout << "  PARTICLE "   
-        << "  Index    "  << endl ;
-      //        << "  X        "     
-      //        << "  Y        " 
-      //        << "  Z        "    
-      //        << " # of primaries "          
-      //        << " Primaries list "    <<  endl;      
+    message += "\n  PARTICLE         Index    \n" ; 
     
     Int_t index ;
-    for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
-      AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
-      
-      Text_t particle[11];
-      switch(rp->GetType()) {
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST:
-       strcpy( particle, "NEUTRAL EM FAST");
-       break;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALHAFAST:
-       strcpy(particle, "NEUTRAL HA FAST");
-       break;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMSLOW:
-       strcpy(particle, "NEUTRAL EM SLOW");
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALHASLOW: 
-       strcpy(particle, "NEUTRAL HA SLOW");
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kCHARGEDEMFAST:
-       strcpy(particle, "CHARGED EM FAST") ;
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kCHARGEDHAFAST:
-       strcpy(particle, "CHARGED HA FAST") ;
-       break ; 
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kCHARGEDEMSLOW:
-       strcpy(particle, "CHARGEDEMSLOW") ;
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kCHARGEDHASLOW:
-       strcpy(particle, "CHARGED HA SLOW") ;
-       break ; 
-      }
-      
-      //    Int_t * primaries; 
-      //    Int_t nprimaries;
-      //    primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
-      
-      cout << setw(10) << particle << "  "
-          << setw(5) <<  rp->GetIndexInList() << " "  ;
-       //         << setw(4) <<  nprimaries << "  ";
-       //      for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++)
-       //      cout << setw(4)  <<  primaries[iprimary] << " ";
-      cout << endl;     
+    for (index = 0 ; index < fRecParticles->GetEntries() ; index++) {
+      AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) fRecParticles->At(index) ;       
+      message += "\n" ;
+      message += rp->Name().Data() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetIndexInList() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetType()  ;
     }
-    cout << "-------------------------------------------" << endl ;
   }
+  AliInfo(message.Data() ) ; 
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameters() 
+{
+  // PCA : To do the Principal Components Analysis it is necessary 
+  // the Principal file, which is opened here
+  fX       = new double[7]; // Data for the PCA 
+  fPPhoton = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
+  fPPi0    = new double[7]; // Eigenvalues of the Pi0 PCA
+
+  // Read photon principals from the photon file
   
+  fFileNamePrincipalPhoton = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ; 
+  TFile f( fFileNamePrincipalPhoton.Data(), "read" ) ;
+  fPrincipalPhoton = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ; 
+  f.Close() ; 
+
+  // Read pi0 principals from the pi0 file
+
+  fFileNamePrincipalPi0    = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA_pi0_40-120.root" ;
+  TFile fPi0( fFileNamePrincipalPi0.Data(), "read" ) ;
+  fPrincipalPi0    = dynamic_cast<TPrincipal*> (fPi0.Get("principal")) ; 
+  fPi0.Close() ;
+
+  // Open parameters file and initialization of the Parameters matrix. 
+  // In the File Parameters.dat are all the parameters. These are introduced 
+  // in a matrix of 16x4  
+  // 
+  // All the parameters defined in this file are, in order of row: 
+  // line   0   : calibration 
+  // lines  1,2 : CPV rectangular cat for X and Z
+  // line   3   : TOF cut
+  // lines  4-8 : parameters to calculate photon PCA ellipse
+  // lines  9-13: parameters to calculate pi0 PCA ellipse
+  // lines 14-15: parameters to calculate border for high-pt photons and pi0
+
+  fFileNameParameters = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat");
+  fParameters = new TMatrixF(16,4) ;
+  const Int_t kMaxLeng=255;
+  char string[kMaxLeng];
+
+  // Open a text file with PID parameters
+  FILE *fd = fopen(fFileNameParameters.Data(),"r");
+  if (!fd)
+    AliFatal(Form("File %s with a PID parameters cannot be opened\n",
+         fFileNameParameters.Data()));
+
+  Int_t i=0;
+  // Read parameter file line-by-line and skip empty line and comments
+  while (fgets(string,kMaxLeng,fd) != NULL) {
+    if (string[0] == '\n' ) continue;
+    if (string[0] == '!'  ) continue;
+    sscanf(string, "%f %f %f %f",
+          &(*fParameters)(i,0), &(*fParameters)(i,1), 
+          &(*fParameters)(i,2), &(*fParameters)(i,3));
+    i++;
+    AliDebug(1, Form("SetParameters", "line %d: %s",i,string));
+  }
+  fclose(fd);
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCalibration(Int_t i,Float_t param) 
+{
+  // Set parameter "Calibration" i to a value param
+  if(i>2 || i<0) {
+    AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
+  } else
+    (*fParameters)(0,i) = param ;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis, Float_t cut) 
+{
+  // Set the parameters to calculate Cpv-to-Emc Distance Cut depending on 
+  // Purity-Efficiency point i
+
+  if(i>2 || i<0) {
+    AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
+  } else {
+    axis.ToLower();
+    if      (axis == "x") (*fParameters)(1,i) = cut;
+    else if (axis == "z") (*fParameters)(2,i) = cut;
+    else { 
+      AliError(Form("Invalid axis name: %s",axis.Data()));
+    }
+  }
 }
 
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPhotonBoundary(Int_t i,Float_t param) 
+{
+  // Set parameter "Hard photon boundary" i to a value param
+  if(i>4 || i<0) {
+    AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
+  } else
+    (*fParameters)(14,i) = param ;
+}
 
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPi0Boundary(Int_t i,Float_t param) 
+{
+  // Set parameter "Hard pi0 boundary" i to a value param
+  if(i>1 || i<0) {
+    AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
+  } else
+    (*fParameters)(15,i) = param ;
+}
 
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterTimeGate(Int_t i, Float_t gate) 
+{
+  // Set the parameter TimeGate depending on Purity-Efficiency point i 
+  if (i>2 || i<0) {
+    AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",i));
+  } else
+    (*fParameters)(3,i)= gate ; 
+} 
+
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i, Float_t par) 
+{  
+  // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
+  // parameter "param" for a particle "particle"
+  
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Int_t p= -1;
+  Int_t offset=0;
+
+  if      (particle == "photon") offset=0;
+  else if (particle == "pi0")    offset=5;
+  else
+    AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
+                 particle.Data()));
+
+  if     (param.Contains("a")) p=4+offset; 
+  else if(param.Contains("b")) p=5+offset; 
+  else if(param.Contains("c")) p=6+offset; 
+  else if(param.Contains("x0"))p=7+offset; 
+  else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
+  if((i>4)||(i<0)) {
+    AliError(Form("No parameter with index %d", i)) ; 
+  } else if(p==-1) {
+    AliError(Form("No parameter with name %s", param.Data() )) ; 
+  } else
+    (*fParameters)(p,i) = par ;
+} 
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::GetVertex(void)
+{ //extract vertex either using ESD or generator
+  //Try to extract vertex from data
+  if(fESD){
+    const AliESDVertex *esdVtx = fESD->GetVertex() ;
+    if(esdVtx && esdVtx->GetChi2()!=0.){
+      fVtx.SetXYZ(esdVtx->GetXv(),esdVtx->GetYv(),esdVtx->GetZv()) ;
+      return ;
+    }
+  }
+
+  // Use vertex diamond from CDB GRP folder if the one from ESD is missing
+  // PLEASE FIX IT 
+  AliWarning("Can not read vertex from data, use fixed \n") ;
+  fVtx.SetXYZ(0.,0.,0.) ;
+}
+//_______________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::SetInitPID(const Double_t *p) {
+  // Sets values for the initial population of each particle type 
+  for (Int_t i=0; i<AliPID::kSPECIESN; i++) fInitPID[i] = p[i];
+}
+//_______________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::GetInitPID(Double_t *p) const {
+  // Gets values for the initial population of each particle type 
+  for (Int_t i=0; i<AliPID::kSPECIESN; i++) p[i] = fInitPID[i];
+}