]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/AliPHOSPIDv1.cxx
Pi0 identification added
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPIDv1.cxx
index 10b9d8e80fc7afcb08b03b7bda703ec3472cc868..62c7d8d4045e60d1fd45e1c4233409a56e930a2d 100644 (file)
 //     - PCA: Principal Components Analysis..
 // The identified particle has an identification number corresponding 
 // to a 9 bits number:
-//     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > fCpvEmcDistance (each bit corresponds
+//     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > CpvEmcDistance (each bit corresponds
 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
-//     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < fTimeGate (each bit corresponds
+//     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < TimeGate (each bit corresponds
 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
 //     -Bit 6 to 9: bit set if Principal Components are 
-//      inside an ellipse defined by fX_center, fY_center, fA, fB, fAngle
+//      inside an ellipse defined by the parameters a, b, c, x0 and y0.
 //      (each bit corresponds to a different efficiency-purity point of the 
-//      photon identification) 
+//      photon identification)
+//      The PCA (Principal components analysis) needs a file that contains
+//      a previous analysis of the correlations between the particles. This 
+//      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis done for 
+//      energies between 0.5 and 100 GeV.
+//      A calibrated energy is calculated. The energy of the reconstructed
+//      cluster is corrected with the formula A + B * E  + C * E^2, whose 
+//      parameters where obtained through the study of the reconstructed 
+//      energy distribution of monoenergetic photons. 
 //
+//      All the parameters (RCPV(2 rows-3 columns),TOF(1r-3c),PCA(5r-4c) 
+//      and calibration(1r-3c))are stored in a file called 
+//      $ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat. Each time that AliPHOSPIDv1 is 
+//      initialized, this parameters are copied to a Matrix (9,4), a 
+//      TMatrixD object.  
 //
 // use case:
-//  root [0] AliPHOSPIDv1 * p1 = new AliPHOSPIDv1("galice.root")
+//  root [0] AliPHOSPIDv1 * p = new AliPHOSPIDv1("galice1.root")
 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//  root [1] p1->SetIdentificationMethod("disp ellipse")
-//  root [2] p1->ExecuteTask()
-//  root [3] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1")
-//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//                // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles with title v1
-                  // TrackSegments and RecPoints with title "v1" are used 
-//                // set file name for the branch RecParticles
-//  root [4] p2->ExecuteTask("deb all time")
-//                // available options
-//                // "deb" - prints # of reconstructed particles
-//                // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
-//                // "time" - prints benchmarking results
+//          // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles 
+            // TrackSegments and RecPoints are used 
+//          // set file name for the branch RecParticles
+//  root [1] p->ExecuteTask("deb all time")
+//          // available options
+//          // "deb" - prints # of reconstructed particles
+//          // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
+//          // "time" - prints benchmarking results
 //                  
-//  root [5] AliPHOSPIDv1 * p3 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1","v0")
+//  root [2] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1",kTRUE)
 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//                // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles with title v1
-                  // RecPoints and TrackSegments with title "v0" are used 
-//  root [6] p3->ExecuteTask()
+//                //Split mode.  
+//  root [3] p2->ExecuteTask()
+//
+
+
 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH) & 
 //            Gustavo Conesa April 2002
-
+//            PCA redesigned by Gustavo Conesa October 2002:
+//            The way of using the PCA has changed. Instead of 2
+//            files with the PCA, each one with different energy ranges 
+//            of application, we use the wide one (0.5-100 GeV), and instead
+//            of fixing 3 ellipses for different ranges of energy, it has been
+//            studied the dependency of the ellipses parameters with the 
+//            energy, and they are implemented in the code as a funtion 
+//            of the energy. 
+//
+//
+//
 // --- ROOT system ---
 #include "TROOT.h"
 #include "TTree.h"
@@ -73,9 +94,7 @@
 
 // --- Standard library ---
 
-#include <iostream.h>
-#include <fstream.h>
-#include <iomanip.h>
+#include <Riostream.h>
 
 // --- AliRoot header files ---
 
@@ -97,57 +116,54 @@ AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1():AliPHOSPID()
 { 
   // default ctor
  
-  fFileName           = "" ; 
-  fFileNamePar        = "" ;      
-  fFrom               = "" ;
-  fHeaderFileName     = "" ; 
-  fOptFileName        = "Default" ;
-  fTrackSegmentsTitle = "" ; 
-  fRecPointsTitle     = "" ;   
-  fRecParticlesTitle  = "" ; 
-  
-  fNEvent            = 0 ;            
-  fClusterizer       = 0 ;      
-  fTSMaker           = 0 ;        
-  fRecParticlesInRun = 0 ;
-  fX                 = 0 ;
-  fP                 = 0 ; 
-  fParameters        = 0 ;     
+  InitParameters() ; 
+  fDefaultInit = kTRUE ; 
 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const char * headerFile,const char * name, const char * from) : AliPHOSPID(headerFile, name)
-
-                         
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const char * headerFile,const char * name, const Bool_t toSplit)
+:AliPHOSPID(headerFile, name,toSplit)
 { 
   //ctor with the indication on where to look for the track segments
  
-  fHeaderFileName     = GetTitle() ; 
-  fTrackSegmentsTitle = GetName() ; 
-  fRecPointsTitle     = GetName() ; 
-  fRecParticlesTitle  = GetName() ;
-  TString tempo(GetName()) ; 
-  tempo.Append(":") ;
-  tempo.Append(Version()) ; 
-  SetName(tempo) ; 
-  fRecParticlesInRun = 0 ; 
-  if ( from == 0 ) 
-    fFrom = name ; 
-  else
-    fFrom = from ; 
-  fOptFileName        = "Default" ;
+  InitParameters() ; 
+
   Init() ;
+  fDefaultInit = kFALSE ; 
 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
 { 
+  // dtor
+  // fDefaultInit = kTRUE if PID created by default ctor (to get just the parameters)
 
   delete [] fX ; // Principal input 
   delete [] fP ; // Principal components
-  delete fParameters ; // Matrix of Parameters 
+
+  if (!fDefaultInit) {  
+//    AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
+    // remove the task from the folder list
+//     gime->RemoveTask("P",GetName()) ;
+//     TString name(GetName()) ; 
+//     name.ReplaceAll("pid", "clu") ; 
+//     gime->RemoveTask("C",name) ;
+    
+//     // remove the data from the folder list
+//     name = GetName() ; 
+//     name.Remove(name.Index(":")) ; 
+//     gime->RemoveObjects("RE", name) ; // EMCARecPoints
+//     gime->RemoveObjects("RC", name) ; // CPVRecPoints
+//     gime->RemoveObjects("T", name) ;  // TrackSegments
+//     gime->RemoveObjects("P", name) ;  // RecParticles
+    
+//     // Delete gAlice
+//     gime->CloseFile() ; 
+    
+    fSplitFile = 0 ; 
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -166,83 +182,104 @@ void AliPHOSPIDv1::Init()
 
   if ( strcmp(GetTitle(), "") == 0 )
     SetTitle("galice.root") ;
-  
-  SetParameters() ; // fill the parameters matrix from parameters file
-  
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance(GetTitle(), fFrom.Data()) ; 
 
-  gime->SetRecParticlesTitle(BranchName()) ;
+  TString branchname(GetName()) ;
+  branchname.Remove(branchname.Index(Version())-1) ;    
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance(GetTitle(),branchname.Data(),fToSplit ) ; 
+
+  //  gime->SetRecParticlesTitle(BranchName()) ;
   if ( gime == 0 ) {
-    cerr << "ERROR: AliPHOSPIDv1::Init -> Could not obtain the Getter object !" << endl ; 
+    Error("Init", "Could not obtain the Getter object !" ) ;  
     return ;
   } 
+
+  fSplitFile = 0 ;
+  if(fToSplit){
+    //First - extract full path if necessary
+    TString fileName(GetTitle()) ;
+    Ssiz_t islash = fileName.Last('/') ;
+    if(islash<fileName.Length())
+      fileName.Remove(islash+1,fileName.Length()) ;
+    else
+      fileName="" ;
+    fileName+="PHOS.RecData." ;
+    if((strcmp(branchname.Data(),"Default")!=0)&&(strcmp(branchname.Data(),"")!=0)){
+      fileName+=branchname.Data() ;
+      fileName+="." ;
+    }
+    fileName+="root" ;
+    fSplitFile = static_cast<TFile*>(gROOT->GetFile(fileName.Data()));   
+    if(!fSplitFile)
+      fSplitFile =  TFile::Open(fileName.Data(),"update") ;
+  }
   
   gime->PostPID(this) ;
   // create a folder on the white board //YSAlice/WhiteBoard/RecParticles/PHOS/recparticlesName
-  gime->PostRecParticles(BranchName()) ; 
+  gime->PostRecParticles(branchname) ; 
   
 }
+
 //____________________________________________________________________________
-Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCpvtoEmcDistanceCut(const Float_t Cluster_En, const TString Eff_Pur)const 
+void AliPHOSPIDv1::InitParameters()
 {
-  // Get CpvtoEmcDistanceCut parameter depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-  Int_t cluster = -1 ;
-  Int_t eff_pur = -1 ;
+//   fFrom               = "" ;
+//   fHeaderFileName     = GetTitle() ; 
+//   TString name(GetName()) ; 
+//   if (name.IsNull()) 
+//     name = "Default" ;
+//   fTrackSegmentsTitle = name ; 
+//   fRecPointsTitle     = name ; 
+//   fRecParticlesTitle  = name ;
+//   name.Append(":") ;
+//   name.Append(Version()) ; 
+//   SetName(name) ; 
+  fRecParticlesInRun = 0 ; 
+  fNEvent            = 0 ;            
+  //  fClusterizer       = 0 ;      
+  //  fTSMaker           = 0 ;        
+  fRecParticlesInRun = 0 ;
+  TString pidName( GetName()) ;
+  if (pidName.IsNull() ) 
+    pidName = "Default" ; 
+  pidName.Append(":") ; 
+  pidName.Append(Version()) ; 
+  SetName(pidName) ;
+  fPi0Analysis = kFALSE ;
+  SetParameters() ; // fill the parameters matrix from parameters file
+}
 
-  // Check the cluster energy range  
-  if((Cluster_En > 0.3)&&(Cluster_En <= 1.0)) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 1.0)&&(Cluster_En <= 2.0)) cluster = 1 ;
-  if( Cluster_En > 2.0) cluster = 2 ;
-  
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") ) eff_pur = 0 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) eff_pur = 1 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) eff_pur = 2 ;
-  
-  if(cluster ==-1){
-    cout<<"Invalid Cluster Energy option"<<endl;
-  }
-  else if(eff_pur ==-1){
-    cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl;
-  }
-  else{
-    return (*fParameters)(cluster,eff_pur) ;
-  }
+//____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCpvtoEmcDistanceCut(const Float_t e, const TString Axis) const
+{
+  // Get CpvtoEmcDistance Cut depending on the cluster energy, axis and 
+  // Purity-Efficiency point 
+
+  Int_t i = -1;
+  if(Axis.Contains("X"))i = 0;
+  else if(Axis.Contains("Z"))i = 1;
+  else
+    Error("GetCpvtoEmcDistanceCut"," Invalid axis option ");
+   
+  Float_t a = (*fParameters)(i,0) ;
+  Float_t b = (*fParameters)(i,1) ;
+  Float_t c = (*fParameters)(i,2) ;
+
+  Float_t sig = a + TMath::Exp(b-c*e);
+  return sig;
 }
 //____________________________________________________________________________
 
-Double_t  AliPHOSPIDv1::GetTimeGate(const Float_t Cluster_En, const TString Eff_Pur) const 
+const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetTimeGate(const Int_t Eff_Pur) const
 {
-  // Get TimeGate parameter depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-  Int_t cluster = -1 ;
-  Int_t eff_pur = -1 ;
-  
-  if((Cluster_En > 0.3)&&(Cluster_En <= 1.0)) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 1.0)&&(Cluster_En <= 2.0)) cluster = 1 ;
-  if( Cluster_En > 2.0) cluster = 2 ;
-  
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") ) eff_pur = 0 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) eff_pur = 1 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) eff_pur = 2 ;
+  // Get TimeGate parameter depending on Purity-Efficiency point 
  
-   if(cluster ==-1){
-    cout<<"Invalid Cluster Energy option"<<endl;
-  }
-  else if(eff_pur ==-1){
-    cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl; 
-  }
-  else{
-    return (*fParameters)(cluster+3,eff_pur) ; 
-  }
+   if(Eff_Pur>2 || Eff_Pur<0)
+    Error("GetTimeGate","Invalid Efficiency-Purity choice %d",Eff_Pur);
+    return (*fParameters)(2,Eff_Pur) ; 
+
 }
 //_____________________________________________________________________________
-Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv, Option_t *  Axis)const
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv, Option_t *  Axis)const
 {
   // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
   
@@ -269,357 +306,225 @@ Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cp
   }
   return 100000000 ;
 }
-
-//____________________________________________________________________________
-Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalSign(Double_t* P, Int_t cluster, Int_t eff_pur )const
-{
-  //This method gives if the PCA of the particle are inside a defined ellipse
-  
-  // Get the parameters that define the ellipse stored in the 
-  // fParameters matrix.
-  Double_t X_center = (*fParameters)(cluster+6,eff_pur) ; 
-  Double_t Y_center = (*fParameters)(cluster+9,eff_pur) ; 
-  Double_t A        = (*fParameters)(cluster+12,eff_pur) ; 
-  Double_t B        = (*fParameters)(cluster+15,eff_pur) ; 
-  Double_t Angle    = (*fParameters)(cluster+18,eff_pur) ;
-
-  Int_t      prinsign;
-  Double_t   Dx        = 0. ; 
-  Double_t   Delta     = 0. ; 
-  Double_t   Y         = 0. ; 
-  Double_t   Y_1       = 0. ; 
-  Double_t   Y_2       = 0. ;
-  Double_t   Pi        = TMath::Pi() ;
-  Double_t   Cos_Theta = TMath::Cos(Pi*Angle/180.) ;
-  Double_t   Sin_Theta = TMath::Sin(Pi*Angle/180.) ;   
-
-  Dx = P[0] - X_center ; 
-  Delta = 4.*A*A*A*B* (A*A*Cos_Theta*Cos_Theta 
-                       + B*B*Sin_Theta*Sin_Theta - Dx*Dx) ; 
-  if (Delta < 0.) 
-    {prinsign=0;} 
-  
-  else if (Delta == 0.) 
-    { 
-      Y = Cos_Theta*Sin_Theta*(A*A - B*B)*Dx / 
-       (A*A*Cos_Theta*Cos_Theta + B*B*Sin_Theta*Sin_Theta) ; 
-      Y += Y_center ; 
-      if(P[1]==Y ) 
-       {prinsign=1;} 
-      else 
-       {prinsign=0;} 
-    } 
-  else 
-    { 
-      Y_1 = (Cos_Theta*Sin_Theta*(A*A - B*B) *Dx +
-            TMath::Sqrt(Delta)/2.)/(A*A*Cos_Theta*Cos_Theta + 
-                                    B*B*Sin_Theta*Sin_Theta) ; 
-      Y_2 = (Cos_Theta*Sin_Theta*(A*A - B*B) *Dx -
-            TMath::Sqrt(Delta)/2.)/(A*A*Cos_Theta*Cos_Theta 
-                                     + B*B*Sin_Theta*Sin_Theta) ; 
-      Y_1 += Y_center ; 
-      Y_2 += Y_center ; 
-      if ((P[1]<=Y_1) && (P[1]>=Y_2)) 
-       {prinsign=1;} 
-      else 
-       {prinsign=0;}  
-    } 
-  return prinsign;
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void   AliPHOSPIDv1::SetPrincipalFileOptions(TString OptFileName) {
-
-  if(OptFileName.Contains("Small energy range")||OptFileName.Contains("Default")){
-    fFileName  = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-5.root" ;
-    fFileNamePar = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters_0.5_5.dat"); 
-  }
-  
-  if(OptFileName.Contains("Wide energy range")){
-    fFileName  = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ;
-    fFileNamePar = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters_0.5_100.dat"); 
-  }
-}
-
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseParameters(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t x, Float_t y,Float_t a, Float_t b,Float_t angle)
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetCPVBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv,const Int_t EffPur, const Float_t e) const
 {
-
-  // Set all ellipse parameters depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-
-  Int_t cluster = -1 ;
-  Int_t eff_pur = -1 ;
+  if(EffPur>2 || EffPur<0)
+    Error("GetCPVBit","Invalid Efficiency-Purity choice %d",EffPur);
   
-  if((Cluster_En > 0.3)&&(Cluster_En <= 1.0)) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 1.0)&&(Cluster_En <= 2.0)) cluster = 1 ;
-  if( Cluster_En > 2.0) cluster= 2 ;
+  Float_t sigX = GetCpvtoEmcDistanceCut(e,"X");
+  Float_t sigZ = GetCpvtoEmcDistanceCut(e,"Z");
   
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") ) eff_pur = 0 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) eff_pur = 1 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) eff_pur = 2 ;
+  Float_t deltaX = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X"));
+  Float_t deltaZ = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "Z"));
+       
+  if((deltaX>sigX*(EffPur+1))|(deltaZ>sigZ*(EffPur+1)))
+    return 1;//Neutral
+  else
+    return 0;//Charged
   
-  if(cluster ==-1){
-    cout<<"Invalid Cluster Energy option"<<endl;
-  }
-  else if(eff_pur ==-1){
-    cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl;
-  }
-  else{    
-    (*fParameters)(cluster+6,eff_pur) = x ;
-    (*fParameters)(cluster+9,eff_pur) = y ;
-    (*fParameters)(cluster+12,eff_pur) = a ;
-    (*fParameters)(cluster+15,eff_pur) = b ;
-    (*fParameters)(cluster+18,eff_pur) = angle ;
-  }
-
 }
-//__________________________________________________________________________ 
-void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseXCenter(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t x) 
-{
-  // Set the ellipse parameter x_center depending on the custer energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
 
-  Int_t cluster = -1 ;
-  Int_t eff_pur = -1 ;
-  
-  if((Cluster_En > 0.3)&&(Cluster_En <= 1.0)) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 1.0)&&(Cluster_En <= 2.0)) cluster = 1 ;
-  if( Cluster_En > 2.0) cluster = 2 ;
-  
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") ) eff_pur = 0 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) eff_pur = 1 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) eff_pur = 2 ;
-   
-  if(cluster ==-1){
-    cout<<"Invalid Cluster Energy option"<<endl;
-  }
-  else if(eff_pur ==-1){
-    cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl;
-  }
-  else{
-    (*fParameters)(cluster+6,eff_pur) = x ; 
-  }
-}
-//_________________________________________________________________________    
-void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseYCenter(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t y) 
+//____________________________________________________________________________
+const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(const Float_t e) const
 {
+//      It calibrates Energy depending on the recpoint energy.
+//      The energy of the reconstructed cluster is corrected with 
+//      the formula A + B* E  + C* E^2, whose parameters where obtained 
+//      through the study of the reconstructed energy distribution of 
+//      monoenergetic photons.
+  Double_t p[]={0.,0.,0.};
+  Int_t i;
+  for(i=0;i<3;i++) p[i]= (*fParameters)(8,i);
+  Double_t  enerec = p[0] +  p[1]* e+ p[2] * e * e;
+  return enerec ;
 
-  // Set the ellipse parameter y_center depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-  
-  Int_t cluster = -1 ;
-  Int_t eff_pur = -1 ;
-  
-  if((Cluster_En > 0.3)&&(Cluster_En <= 1.0)) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 1.0)&&(Cluster_En <= 2.0)) cluster = 1 ;
-  if( Cluster_En > 2.0) cluster = 2 ;
-  
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") ) eff_pur = 0 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) eff_pur = 1 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) eff_pur = 2 ;
-
-  if(cluster ==-1){
-    cout<<"Invalid Cluster Energy option"<<endl;
-  }
-  else if(eff_pur ==-1){
-    cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl ; 
-  }
-  else{
-    (*fParameters)(cluster+9,eff_pur) = y ;
-  }
 }
-//_________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseAParameter(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t a) 
+//____________________________________________________________________________
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalBit(const Double_t* P,const Int_t eff_pur, const Float_t E)const
 {
-  // Set the ellipse parameter a depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-
-  Int_t cluster = -1 ;
-  Int_t eff_pur = -1 ;
+  //Is the particle inside de PCA ellipse?
+
+  Int_t      prinsign= 0 ;
+  Double_t A        = GetEllipseParameter("a", E); 
+  Double_t B        = GetEllipseParameter("b", E);
+  Double_t C        = GetEllipseParameter("c", E);
+  Double_t X_center = GetEllipseParameter("x0", E); 
+  Double_t Y_center = GetEllipseParameter("y0", E);
+  
+  Double_t R = TMath::Power((P[0] - X_center)/A,2) + 
+      TMath::Power((P[1] - Y_center)/B,2) +
+      C*(P[0] -  X_center)*(P[1] - Y_center)/(A*B) ;
+  //3 different ellipses defined
+  if((eff_pur==2)&&(R <1./2.)) prinsign= 1;
+  if((eff_pur==1)&&(R <2.   )) prinsign= 1;
+  if((eff_pur==0)&&(R <9./2.)) prinsign= 1;
+
+  if(R<0)
+    Error("GetPrincipalSign", "Negative square?") ;
+  return prinsign;
 
-  if((Cluster_En > 0.3)&&(Cluster_En <= 1.0)) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 1.0)&&(Cluster_En <= 2.0)) cluster = 1 ;
-  if( Cluster_En > 2.0) cluster = 2 ;
-  
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") ) eff_pur = 0 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) eff_pur = 1 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) eff_pur = 2 ;
-  
-  if(cluster ==-1){
-    cout<<"Invalid Cluster Energy option"<<endl;
-  }
-  else if(eff_pur ==-1){
-    cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl; 
-  }
-  else{ 
-    (*fParameters)(cluster+12,eff_pur) = a ;    
-  }
 }
-//________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseBParameter(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t b) 
-{
-  // Set the ellipse parameter b depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
 
-  Int_t cluster = -1 ;
-  Int_t eff_pur = -1 ;
-  
-  if((Cluster_En > 0.3)&&(Cluster_En <= 1.0)) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 1.0)&&(Cluster_En <= 2.0)) cluster = 1 ;
-  if( Cluster_En > 2.0) cluster = 2 ;
-  
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") ) eff_pur = 0 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) eff_pur = 1 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) eff_pur = 2 ;
-  
-  if(cluster ==-1){
-    cout<<"Invalid Cluster Energy option"<<endl;
-  }
-  else if(eff_pur ==-1){
-   cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl; 
-  }
-  else{
-    (*fParameters)(cluster+15,eff_pur) = b ;
-  }
-}
-//________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseAngle(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t angle) 
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetCpvtoEmcDistanceCutParameters(Float_t e, Int_t Eff_Pur, TString Axis,Float_t cut) 
 {
+  // Set the parameters to calculate Cpvto EmcDistanceCut depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point 
 
-  // Set the ellipse parameter angle depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-
-  Int_t cluster = -1 ;
-  Int_t eff_pur = -1 ;
+  if(Eff_Pur>2 || Eff_Pur<0)
+     Error("SetCpvtoEmcDistanceCutParameters","Invalid Efficiency-Purity choice %d",Eff_Pur);
 
-  if((Cluster_En > 0.3)&&(Cluster_En <= 1.0)) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 1.0)&&(Cluster_En <= 2.0)) cluster = 1 ;
-  if( Cluster_En > 2.0) cluster = 2 ;
+  Int_t i = -1;
+  if(Axis.Contains("X"))i = 0;
+  else if(Axis.Contains("Z"))i = 1;
+  else
+    Error("SetCpvtoEmcDistanceCutParameters"," Invalid axis option");
   
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") ) eff_pur = 0 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) eff_pur = 1 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) eff_pur = 2 ;
-
-  if(cluster ==-1){
-    cout<<"Invalid Cluster Energy option"<<endl;
-  }
-  else if(eff_pur ==-1){
-    cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl; 
-  }
-  else{
-    (*fParameters)(cluster+18,eff_pur) = angle ;
-  }
-} 
+  (*fParameters)(i,Eff_Pur) = cut ;
+}
 //_____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetCpvtoEmcDistanceCut(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t cut
+void  AliPHOSPIDv1::SetTimeGate(Int_t Eff_Pur, Float_t gate
 {
-
-  // Set the parameter Cpvto EmcDistanceCut depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-
-  Int_t cluster = -1 ;
-  Int_t eff_pur = -1 ;
-
-  if((Cluster_En > 0.3)&&(Cluster_En <= 1.0)) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 1.0)&&(Cluster_En <= 2.0)) cluster = 1 ;
-  if( Cluster_En > 2.0) cluster = 2 ;
+  // Set the parameter TimeGate depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point 
+  if(Eff_Pur>2 || Eff_Pur<0)
+    Error("SetTimeGate","Invalid Efficiency-Purity choice %d",Eff_Pur);
   
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") ) eff_pur = 0 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) eff_pur = 1 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) eff_pur = 2 ;
-
-  if(cluster ==-1){
-    cout<<"Invalid Cluster Energy option"<<endl;
-  }
-  else if(eff_pur ==-1){
-    cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl; 
-  }
-  else{
-    (*fParameters)(cluster,eff_pur) = cut ;
-  }
-}  
-
+    (*fParameters)(2,Eff_Pur)= gate ; 
+} 
 //_____________________________________________________________________________
 void  AliPHOSPIDv1::SetParameters() 
 {
   // PCA : To do the Principal Components Analysis it is necessary 
   // the Principal file, which is opened here
   fX         = new double[7]; // Data for the PCA 
-  fP         = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA  
+  fP         = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
   
-  SetPrincipalFileOptions(fOptFileName);
+  // Open principal file 
+  
+  fFileName  = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ; 
   TFile f( fFileName.Data(), "read" ) ;
   fPrincipal = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ; 
   f.Close() ; 
-
-  // Initialization of the Parameters matrix. In the File Parameters.dat
-  // are all the parameters. These are introduced in a matrix of 21x3 elements.
-  // All the parameters defined in this file are, in order of row (there are
-  // 3 rows per parameter): CpvtoEmcDistanceCut, TimeGate (and the ellipse 
-  // parameters), X_center, Y_center, a, b, angle. Each row of a given parameter
-  // depends on the cluster energy range (0.3-1,1-2, >2 )
-  // Each column designes the parameters for a point in the Efficiency-Purity
-  // of the photon identification P1(0.959,0.625), P2(0.919,0.835), P3(0.833,0.901).
-  fParameters = new TMatrixD(21,3) ; 
-
-  ifstream paramFile(fFileNamePar, ios::in) ; 
   
-  Int_t i,j ;
-  
-  for(i = 0; i< 21; i++){
-    for(j = 0; j< 3; j++){
-      paramFile >> (*fParameters)(i,j) ;
-    }
-  }
-  paramFile.close();  
+  // Open parameters file and initialization of the Parameters matrix. 
+  // In the File Parameters.dat are all the parameters. These are introduced 
+  // in a matrix of 9x4  
+  // 
+  // All the parameters defined in this file are, in order of row: 
+  // -CpvtoEmcDistanceCut (2 row (x and z) and 3 columns, each one depending 
+  // on the parameter of the funtion that sets the cut in x or z.   
+  // -TimeGate, 1 row and 3 columns (3 efficiency-purty cuts) 
+  // -PCA, parameters of the functions that 
+  // calculate the ellipse parameters, x0,y0,a, b, c. These 5 parameters 
+  // (5 rows) depend on 4 parameters (columns). 
+  // -Finally there is a row with the energy calibration parameters, 
+  // 3 parameters. 
+
+  fFileNamePar = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat");
+  fParameters = new TMatrixD(9,4) ;
+  
+  FILE *par = fopen(fFileNamePar,"r");
+  for(int i = 0;i<9;i++){
+    fscanf(par, "%lf %lf %lf %lf", &(*fParameters)(i,0), 
+          &(*fParameters)(i,1), 
+          &(*fParameters)(i,2), &(*fParameters)(i,3));
+  }
+  fclose(par);
+   //fParameters->Print();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetTimeGate(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t gate) 
-{
-
-  // Set the parameter TimeGate depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
 
-  Int_t cluster = -1 ;
-  Int_t eff_pur = -1 ;
+//________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseParameter(TString Param, Int_t i, Double_t par) 
+{  
+  // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
+  // parameter "Param".
+  
+  Int_t p= -1;
+  
+  if(Param.Contains("a")) p=3; 
+  if(Param.Contains("b")) p=4; 
+  if(Param.Contains("c")) p=5; 
+  if(Param.Contains("x0"))p=6; 
+  if(Param.Contains("y0"))p=7;
+  if((i>4)||(i<0))
+    Error("SetEllipseParameter", "No parameter with index %d", i) ; 
+  else if(p==-1)
+     Error("SetEllipseParameter", "No parameter with name %s", Param.Data() ) ; 
+  else
+    (*fParameters)(p,i) = par ;
+} 
+//________________________________________________________________________
+const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(const TString Param, const Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
+  // parameter "Param".
+
+  Int_t p= -1;
+  Double_t par = -1;
+
+  if(Param.Contains("a")) p=3; 
+  if(Param.Contains("b")) p=4; 
+  if(Param.Contains("c")) p=5; 
+  if(Param.Contains("x0"))p=6; 
+  if(Param.Contains("y0"))p=7;
+
+  if((i>4)||(i<0))
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse", "No parameter with index", i) ; 
+  else if(p==-1)
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse", "No parameter with name %s", Param.Data() ) ; 
+  else
+    par = (*fParameters)(p,i) ;
+  
+  return par;
 
-  if((Cluster_En > 0.3)&&(Cluster_En <= 1.0)) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 1.0)&&(Cluster_En <= 2.0)) cluster = 1 ;
-  if( Cluster_En > 2.0) cluster = 2 ;
+} 
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetCalibrationParameter(Int_t i,Double_t param) 
+{
+  (*fParameters)(17,i) = param ;
+}
+//____________________________________________________________________________
+const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibrationParameter(const Int_t i) const 
+{
+  Float_t param = (*fParameters)(8,i);
+  return param;
+}
+//____________________________________________________________________________
+const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(const TString Param,Float_t E) const 
+{
+  // Calculates the parameter Param of the ellipse
   
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") ) eff_pur = 0 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) eff_pur = 1 ;
-  if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) eff_pur = 2 ;
+  Double_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
+  Double_t value = 0.0;
+  Int_t i;
 
-  if(cluster ==-1){
-    cout<<"Invalid Cluster Energy option"<<endl;
+  if(Param.Contains("a")){
+    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(3,i);
+    if(E>70.)E=70.;
   }
-  else if(eff_pur ==-1){
-    cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl; 
+  
+  if(Param.Contains("b")){
+    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(4,i);
+    if(E>70.)E=70.;
   }
-  else{
-    (*fParameters)(cluster+3,eff_pur) = gate ;
+  
+  if(Param.Contains("c"))
+    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(5,i);
+  
+  if(Param.Contains("x0")){
+    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(6,i);
+    if(E<1.)E=1.1;
   }
-} 
+  if(Param.Contains("y0"))
+    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(7,i);
+  
+  value = p[0]/TMath::Sqrt(E)+p[1]*E+p[2]*E*E+p[3];
+  return value;
+}
 //____________________________________________________________________________
 
 void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t * option) 
@@ -637,36 +542,44 @@ void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t * option)
     return ; 
   }
 
-  //cout << gDirectory->GetName() << endl ; 
-
-  gAlice->GetEvent(0) ;
 
-  //check, if the branch with name of this" already exits?
-  TObjArray * lob = (TObjArray*)gAlice->TreeR()->GetListOfBranches() ;
-  TIter next(lob) ; 
-  TBranch * branch = 0 ;  
-  Bool_t phospidfound = kFALSE, pidfound = kFALSE ; 
-  
-  TString taskName(GetName()) ; 
-  taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
+//   gAlice->GetEvent(0) ;
 
-  while ( (branch = (TBranch*)next()) && (!phospidfound || !pidfound) ) {
-    if ( (strcmp(branch->GetName(), "PHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
-      phospidfound = kTRUE ;
+//   //check, if the branch with name of this" already exits?
+//   if (gAlice->TreeR()) {
+//     TObjArray * lob = (TObjArray*)gAlice->TreeR()->GetListOfBranches() ;
+//     TIter next(lob) ; 
+//     TBranch * branch = 0 ;  
+//     Bool_t phospidfound = kFALSE, pidfound = kFALSE ; 
     
-    else if ( (strcmp(branch->GetName(), "AliPHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
-      pidfound = kTRUE ; 
-  }
+//     TString taskName(GetName()) ; 
+//     taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
+    
+//     while ( (branch = (TBranch*)next()) && (!phospidfound || !pidfound) ) {
+//       if ( (strcmp(branch->GetName(), "PHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
+//     phospidfound = kTRUE ;
+      
+//       else if ( (strcmp(branch->GetName(), "AliPHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
+//     pidfound = kTRUE ; 
+//     }
+    
+//     if ( phospidfound || pidfound ) {
+//       Error("Exec", "RecParticles and/or PIDtMaker branch with name %s already exists", taskName.Data() ) ; 
+//       return ; 
+//     }       
+//   }
 
-  if ( phospidfound || pidfound ) {
-    cerr << "WARNING: AliPHOSPIDv1::Exec -> RecParticles and/or PIDtMaker branch with name " 
-        << taskName.Data() << " already exits" << endl ;
-    return ; 
-  }       
-  
-  Int_t nevents = (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() ;
+//   Int_t nevents = (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() ;
+//   Int_t ievent ;
+//   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ;  
+
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
+  if(gime->BranchExists("RecParticles") )
+    return ;
+  Int_t nevents = gime->MaxEvent() ;       //(Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() ;
   Int_t ievent ;
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ;  
+
+
   for(ievent = 0; ievent < nevents; ievent++){
     gime->Event(ievent,"R") ;
  
@@ -684,12 +597,10 @@ void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t * option)
   
   if(strstr(option,"tim")){
     gBenchmark->Stop("PHOSPID");
-    cout << "AliPHOSPID:" << endl ;
-    cout << "  took " << gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID") << " seconds for PID " 
-        <<  gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nevents << " seconds per event " << endl ;
-    cout << endl ;
-  }
-  
+    Info("Exec", "took %f seconds for PID %f seconds per event", 
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID"),  
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nevents) ;
+  } 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -698,28 +609,24 @@ void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
   // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
   
   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
-  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints(fFrom) ; 
-  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints(fFrom) ; 
-  TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments(fFrom) ; 
+  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
+  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
+  TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments() ; 
   if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
-    cerr << "ERROR:  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles -> RecPoints or TrackSegments with name " 
-        << fFrom << " not found ! " << endl ; 
-    abort() ; 
+    Fatal("MakeRecParticles", "RecPoints or TrackSegments not found !") ;  
   }
-  TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles(BranchName()) ; 
+  TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles() ; 
   recParticles->Clear();
 
   TIter next(trackSegments) ; 
   AliPHOSTrackSegment * ts ; 
   Int_t index = 0 ; 
   AliPHOSRecParticle * rp ; 
-  
   while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
     
     new( (*recParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
     rp = (AliPHOSRecParticle *)recParticles->At(index) ; 
-    rp->SetTraskSegment(index) ;
+    rp->SetTrackSegment(index) ;
     rp->SetIndexInList(index) ;
        
     AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
@@ -730,64 +637,77 @@ void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
     if(ts->GetCpvIndex()>=0)
       cpv = (AliPHOSRecPoint *)   cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
     
-    //set momentum and energy first
-    Float_t    e = emc->GetEnergy() ;
-    TVector3 dir = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
-    dir.SetMag(e) ;
-
-    rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),e) ;
-    rp->SetCalcMass(0);
-    
     // Now set type (reconstructed) of the particle
 
     // Choose the cluster energy range
-    Int_t cluster = 0 ; // Ellipse and rcpv cut in function of the cluster energy
-    if((e > 0.3)&&(e <= 1.0)) cluster = 0 ;
-    if((e > 1.0)&&(e <= 2.0)) cluster = 1 ;
-    if( e > 2.0) cluster = 2 ;
-
-    // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency are taken 
-    // into account to set the particle identification)
-    for(Int_t eff_pur = 0; eff_pur < 3 ; eff_pur++){
-
-    // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 1st, 
-    // 2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 .  
-      if(GetDistance(emc, cpv,  "R") > (*fParameters)(cluster,eff_pur) )  
-       rp->SetPIDBit(eff_pur) ;
     
-    // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th 
-    // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1             
-      if(emc->GetTime()< (*fParameters)(cluster+3,eff_pur))  
-       rp->SetPIDBit(eff_pur+3) ;                  
-     
-    // Looking PCA. Define and calculate the data (X), introduce in the function 
-    // X2P that gives the components (P).  
-    Float_t    fSpher = 0. ;
-    Float_t    fEmaxdtotal = 0. ; 
-    Float_t lambda[2] ;
+    // YK: check if (emc != 0) !!!
+    if (!emc) {
+      Fatal("MakeRecParticles", "-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc ) ;
+    }
+
+    Float_t    e = emc->GetEnergy() ;   
     
+    Float_t  lambda[2] ;
     emc->GetElipsAxis(lambda) ;
-    if((lambda[0]+lambda[1])!=0) fSpher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
     
-    fEmaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy(); 
-    
-    fX[0] = lambda[0] ;  
-    fX[1] = lambda[1] ; 
-    fX[2] = emc->GetDispersion() ; 
-    fX[3] = fSpher ; 
-    fX[4] = emc->GetMultiplicity() ;  
-    fX[5] = fEmaxdtotal ;  
-    fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;  
+    if((lambda[0]>0.01) && (lambda[1]>0.01)){
+      // Looking PCA. Define and calculate the data (X),
+      // introduce in the function X2P that gives the components (P).  
+
+      Float_t  Spher = 0. ;
+      Float_t  Emaxdtotal = 0. ; 
+      
+      if((lambda[0]+lambda[1])!=0) 
+       Spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
+      
+      Emaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy(); 
+      
+      fX[0] = lambda[0] ;  
+      fX[1] = lambda[1] ; 
+      fX[2] = emc->GetDispersion() ; 
+      fX[3] = Spher ; 
+      fX[4] = emc->GetMultiplicity() ;  
+      fX[5] = Emaxdtotal ;  
+      fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;  
+      
+      fPrincipal->X2P(fX,fP);
+    }
+    else{
+      fP[0]=-100.0;  //We do not accept clusters with 
+      fP[1]=-100.0;  //one cell as a photon-like
+    }
     
-    fPrincipal->X2P(fX,fP);
+    Float_t time =emc->GetTime() ;
     
-    //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th 
-    // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
-    if(GetPrincipalSign(fP,cluster,eff_pur) == 1) 
-      rp->SetPIDBit(eff_pur+6) ;
-  }
-  
+    // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency 
+    // are taken into account to set the particle identification)
+    for(Int_t eff_pur = 0; eff_pur < 3 ; eff_pur++){
+      
+      // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 
+      // 1st,2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )
+      // is set to 1
+      if(GetCPVBit(emc, cpv, eff_pur,e) == 1 )  
+       rp->SetPIDBit(eff_pur) ;
+      
+      // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1             
+      if(time< (*fParameters)(2,eff_pur)) {
+       rp->SetPIDBit(eff_pur+3) ;                  
+      }
+      
+      //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
+      if(GetPrincipalBit(fP,eff_pur,e) == 1) 
+       rp->SetPIDBit(eff_pur+6) ;
+    }
+      
+    //Set momentum, energy and other parameters 
+    Float_t  encal = GetCalibratedEnergy(e);
+    TVector3 dir   = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
+    dir.SetMag(encal) ;
+    rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),encal) ;
+    rp->SetCalcMass(0);
     rp->Name(); //If photon sets the particle pdg name to gamma
     rp->SetProductionVertex(0,0,0,0);
     rp->SetFirstMother(-1);
@@ -804,18 +724,19 @@ void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
 void  AliPHOSPIDv1:: Print()
 {
   // Print the parameters used for the particle type identification
-    cout <<  "=============== AliPHOSPID1 ================" << endl ;
-    cout <<  "Making PID "<< endl ;
-    cout <<  "    Headers file:               " << fHeaderFileName.Data() << endl ;
-    cout <<  "    RecPoints branch title:     " << fRecPointsTitle.Data() << endl ;
-    cout <<  "    TrackSegments Branch title: " << fTrackSegmentsTitle.Data() << endl ;
-    cout <<  "    RecParticles Branch title   " << fRecParticlesTitle.Data() << endl;
-    cout <<  "    Matrix of Parameters: "<<endl;
-    cout <<  "           3  Columns [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]"<<endl;
-    cout <<  "           21 Rows, each 3 [ RCPV, TOF, X_Center, Y_Center, A, B, Angle ]"<<endl;
-    SetParameters() ;
-    fParameters->Print() ; 
-    cout <<  "============================================" << endl ;
+
+  TString message ; 
+    message  = "\n=============== AliPHOSPID1 ================\n" ;
+    message += "Making PID\n";
+    message += "    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 %s\n" ; 
+    message += "    Name of parameters file     %s\n" ;
+    message += "    Matrix of Parameters: 9x4\n" ;
+    message += "        RCPV 2x3 rows x and z, columns function cut parameters\n" ;
+    message += "        TOF  1x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n" ;
+    message += "        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]\n" ;
+    message += "        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]\n" ;
+    Info("Print", message.Data(), fFileName.Data(), fFileNamePar.Data() ) ; 
+    fParameters->Print() ;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -824,53 +745,46 @@ void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles(Int_t event)
  
   AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
 
-  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles(BranchName()) ; 
+  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ; 
   recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
+  TTree * treeR ;
 
-  //Make branch in TreeR for RecParticles 
-  char * filename = 0;
-  if(gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")!=0){   //generating file name
-    filename = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+20] ;
-    sprintf(filename,"%s/PHOS.Reco.root",gAlice->GetBaseFile()) ; 
+  if(fToSplit){
+    if(!fSplitFile)
+      return ;
+    fSplitFile->cd() ;
+    char name[10] ;
+    sprintf(name,"%s%d", "TreeR",event) ;
+    treeR = dynamic_cast<TTree*>(fSplitFile->Get(name)); 
+  }
+  else{
+    treeR = gAlice->TreeR();
   }
   
-  TDirectory *cwd = gDirectory;
+  if(!treeR){
+    gAlice->MakeTree("R", fSplitFile);
+    treeR = gAlice->TreeR() ;
+  }
   
   //First rp
   Int_t bufferSize = 32000 ;    
-  TBranch * rpBranch = gAlice->TreeR()->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
-  rpBranch->SetTitle(fRecParticlesTitle);
-  if (filename) {
-    rpBranch->SetFile(filename);
-    TIter next( rpBranch->GetListOfBranches());
-    TBranch * sb ;
-    while ((sb=(TBranch*)next())) {
-      sb->SetFile(filename);
-    }   
-    cwd->cd();
-  }
+  TBranch * rpBranch = treeR->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
+  rpBranch->SetTitle(BranchName());
+
   
   //second, pid
   Int_t splitlevel = 0 ; 
   AliPHOSPIDv1 * pid = this ;
-  TBranch * pidBranch = gAlice->TreeR()->Branch("AliPHOSPID","AliPHOSPIDv1",&pid,bufferSize,splitlevel);
-  pidBranch->SetTitle(fRecParticlesTitle.Data());
-  if (filename) {
-    pidBranch->SetFile(filename);
-    TIter next( pidBranch->GetListOfBranches());
-    TBranch * sb ;
-    while ((sb=(TBranch*)next())) {
-      sb->SetFile(filename);
-    }   
-    cwd->cd();
-  }    
+  TBranch * pidBranch = treeR->Branch("AliPHOSPID","AliPHOSPIDv1",&pid,bufferSize,splitlevel);
+  pidBranch->SetTitle(BranchName());
   
   rpBranch->Fill() ;
   pidBranch->Fill() ; 
   
-  gAlice->TreeR()->Write(0,kOverwrite) ;  
-
-  delete [] filename ; 
+  treeR->AutoSave() ; //Write(0,kOverwrite) ;  
+  if(gAlice->TreeR()!=treeR){
+    treeR->Delete();
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -910,26 +824,29 @@ void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
   AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
 
   TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles(BranchName()) ; 
-  
-  cout << "AliPHOSPIDv1: event "<<gAlice->GetEvNumber()  << endl ;
-  cout << "       found " << recParticles->GetEntriesFast() << " RecParticles " << endl ;
-  
+
+  TString message ; 
+  message  = "\nevent " ;
+  message += gAlice->GetEvNumber() ; 
+  message += "       found " ; 
+  message += recParticles->GetEntriesFast(); 
+  message += " RecParticles\n" ; 
+
   if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
-    
-    cout << "  PARTICLE       "   
-        << "  Index    "  << endl ;
+    message += "\n  PARTICLE         Index    \n" ; 
     
     Int_t index ;
     for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
-       AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
-
-       cout << setw(10) << rp->Name() << "  "
-           << setw(5) <<  rp->GetIndexInList() << " " <<endl;
-       cout << "Type "<<  rp->GetType() << endl;
+      AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
+      message += "\n" ;
+      message += rp->Name().Data() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetIndexInList() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetType()  ;
     }
-    cout << "-------------------------------------------" << endl ;
   }
-  
+  Info("Print", message.Data() ) ; 
 }