]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/AliPHOSPIDv1.cxx
Using new EMCAL version EMCAL_55_25
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPIDv1.cxx
index 6dc869aa3bfaeb3e01a283a3c42f020d3ad95f74..a6974d093b501ddd2c77f623d064017fb27d90da 100644 (file)
@@ -23,9 +23,9 @@
 //     - PCA: Principal Components Analysis..
 // The identified particle has an identification number corresponding 
 // to a 9 bits number:
-//     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > fCpvEmcDistance (each bit corresponds
+//     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > CpvEmcDistance (each bit corresponds
 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
-//     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < fTimeGate (each bit corresponds
+//     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < TimeGate (each bit corresponds
 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
 //     -Bit 6 to 9: bit set if Principal Components are 
 //      inside an ellipse defined by the parameters a, b, c, x0 and y0.
 //      photon identification)
 //      The PCA (Principal components analysis) needs a file that contains
 //      a previous analysis of the correlations between the particles. This 
-//      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis don for 
+//      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis done for 
 //      energies between 0.5 and 100 GeV.
 //      A calibrated energy is calculated. The energy of the reconstructed
 //      cluster is corrected with the formula A + B * E  + C * E^2, whose 
-//      parameters where obtained thourgh the study of the reconstructed 
+//      parameters where obtained through the study of the reconstructed 
 //      energy distribution of monoenergetic photons. 
 //
-//      All the parameters (RCPV(6 rows-3 columns),TOF(6r-3c),PCA(5r-4c) 
+//      All the parameters (RCPV(2 rows-3 columns),TOF(1r-3c),PCA(5r-4c) 
 //      and calibration(1r-3c))are stored in a file called 
 //      $ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat. Each time that AliPHOSPIDv1 is 
-//      initialized, this parameters are copied to a Matrix (18,4), a 
+//      initialized, this parameters are copied to a Matrix (9,4), a 
 //      TMatrixD object.  
 //
 // use case:
@@ -71,7 +71,7 @@
 //            The way of using the PCA has changed. Instead of 2
 //            files with the PCA, each one with different energy ranges 
 //            of application, we use the wide one (0.5-100 GeV), and instead
-//            of fixing 3 elipses for different ranges of energy, it has been
+//            of fixing 3 ellipses for different ranges of energy, it has been
 //            studied the dependency of the ellipses parameters with the 
 //            energy, and they are implemented in the code as a funtion 
 //            of the energy. 
 
 // --- Standard library ---
 
-#include <Riostream.h>
-#include <fstream>
-#include <iomanip>
 
 // --- AliRoot header files ---
 
-#include "AliRun.h"
 #include "AliGenerator.h"
 #include "AliPHOS.h"
 #include "AliPHOSPIDv1.h"
@@ -120,63 +116,41 @@ AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1():AliPHOSPID()
  
   InitParameters() ; 
   fDefaultInit = kTRUE ; 
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const AliPHOSPIDv1 & pid ):AliPHOSPID(pid)
+{ 
+  // ctor
+  InitParameters() ; 
+  Init() ;
 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const char * headerFile,const char * name, const Bool_t toSplit)
-:AliPHOSPID(headerFile, name,toSplit)
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const TString alirunFileName, const TString eventFolderName):AliPHOSPID(alirunFileName, eventFolderName)
 { 
   //ctor with the indication on where to look for the track segments
  
   InitParameters() ; 
-
   Init() ;
   fDefaultInit = kFALSE ; 
-
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
 { 
   // dtor
-  // fDefaultInit = kTRUE if PID created by default ctor (to get just the parameters)
-
-  delete [] fX ; // Principal input 
-  delete [] fP ; // Principal components
-//  delete fParameters ; // Matrix of Parameters 
 
-
-  if (!fDefaultInit) {  
-//    AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
-    // remove the task from the folder list
-//     gime->RemoveTask("P",GetName()) ;
-//     TString name(GetName()) ; 
-//     name.ReplaceAll("pid", "clu") ; 
-//     gime->RemoveTask("C",name) ;
-    
-//     // remove the data from the folder list
-//     name = GetName() ; 
-//     name.Remove(name.Index(":")) ; 
-//     gime->RemoveObjects("RE", name) ; // EMCARecPoints
-//     gime->RemoveObjects("RC", name) ; // CPVRecPoints
-//     gime->RemoveObjects("T", name) ;  // TrackSegments
-//     gime->RemoveObjects("P", name) ;  // RecParticles
-    
-//     // Delete gAlice
-//     gime->CloseFile() ; 
-    
-    fSplitFile = 0 ; 
-  }
+  delete [] fX ;       // Principal input 
+  delete [] fPPhoton ; // Photon Principal components
+  delete [] fPPi0 ;    // Pi0 Principal components
 }
-
 //____________________________________________________________________________
 const TString AliPHOSPIDv1::BranchName() const 
 {  
-  TString branchName(GetName() ) ;
-  branchName.Remove(branchName.Index(Version())-1) ;
-  return branchName ;
+
+  return GetName() ;
 }
  
 //____________________________________________________________________________
@@ -185,136 +159,94 @@ void AliPHOSPIDv1::Init()
   // Make all memory allocations that are not possible in default constructor
   // Add the PID task to the list of PHOS tasks
 
-  if ( strcmp(GetTitle(), "") == 0 )
-    SetTitle("galice.root") ;
-
-  TString branchname(GetName()) ;
-  branchname.Remove(branchname.Index(Version())-1) ;    
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance(GetTitle(),branchname.Data(),fToSplit ) ; 
-
-  //  gime->SetRecParticlesTitle(BranchName()) ;
-  if ( gime == 0 ) {
-    Error("Init", "Could not obtain the Getter object !" ) ;  
-    return ;
-  } 
-
-  fSplitFile = 0 ;
-  if(fToSplit){
-    //First - extract full path if necessary
-    TString fileName(GetTitle()) ;
-    Ssiz_t islash = fileName.Last('/') ;
-    if(islash<fileName.Length())
-      fileName.Remove(islash+1,fileName.Length()) ;
-    else
-      fileName="" ;
-    fileName+="PHOS.RecData." ;
-    if((strcmp(branchname.Data(),"Default")!=0)&&(strcmp(branchname.Data(),"")!=0)){
-      fileName+=branchname.Data() ;
-      fileName+="." ;
-    }
-    fileName+="root" ;
-    fSplitFile = static_cast<TFile*>(gROOT->GetFile(fileName.Data()));   
-    if(!fSplitFile)
-      fSplitFile =  TFile::Open(fileName.Data(),"update") ;
-  }
-  
-  gime->PostPID(this) ;
-  // create a folder on the white board //YSAlice/WhiteBoard/RecParticles/PHOS/recparticlesName
-  gime->PostRecParticles(branchname) ; 
-  
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance(GetTitle(), fEventFolderName.Data()) ; 
+
+  if ( !gime->PID() ) 
+    gime->PostPID(this) ;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 void AliPHOSPIDv1::InitParameters()
 {
-//   fFrom               = "" ;
-//   fHeaderFileName     = GetTitle() ; 
-//   TString name(GetName()) ; 
-//   if (name.IsNull()) 
-//     name = "Default" ;
-//   fTrackSegmentsTitle = name ; 
-//   fRecPointsTitle     = name ; 
-//   fRecParticlesTitle  = name ;
-//   name.Append(":") ;
-//   name.Append(Version()) ; 
-//   SetName(name) ; 
+  // Initialize PID parameters
   fRecParticlesInRun = 0 ; 
   fNEvent            = 0 ;            
-  //  fClusterizer       = 0 ;      
-  //  fTSMaker           = 0 ;        
   fRecParticlesInRun = 0 ;
-  TString pidName( GetName()) ;
-  if (pidName.IsNull() ) 
-    pidName = "Default" ; 
-  pidName.Append(":") ; 
-  pidName.Append(Version()) ; 
-  SetName(pidName) ;
   SetParameters() ; // fill the parameters matrix from parameters file
+  SetEventRange(0,-1) ;
 }
 
-//____________________________________________________________________________
-const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCpvtoEmcDistanceCut(const Float_t Cluster_En, const TString Eff_Pur) const
+//________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t *option)
 {
-  // Get CpvtoEmcDistanceCut parameter depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
+  // Steering method to perform particle reconstruction and identification
+  // for the event range from fFirstEvent to fLastEvent.
+  // This range is optionally set by SetEventRange().
+  // if fLastEvent=-1 (by default), then process events until the end.
+
+  if(strstr(option,"tim"))
+    gBenchmark->Start("PHOSPID");
   
-  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
-  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En) ;
-  if((cluster!= -1)&&(eff_pur != -1))
-    return (*fParameters)(cluster,eff_pur) ;
-  else
-    return 0.0;
-}
-//____________________________________________________________________________
+  if(strstr(option,"print")) {
+    Print() ; 
+    return ; 
+  }
 
-const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetTimeGate(const Float_t Cluster_En, const TString Eff_Pur) const
-{
-  // Get TimeGate parameter depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
+
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
  
-  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
-  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En) ;
-  if((cluster!= -1)&&(eff_pur != -1))
-    return (*fParameters)(cluster+6,eff_pur) ; 
-  else
-    return 0.0;
+  if (fLastEvent == -1) fLastEvent = gime->MaxEvent() - 1 ;
+  else fLastEvent = TMath::Min(fLastEvent,gime->MaxEvent());
+  Int_t nEvents   = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
+
+  for (Int_t ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
+    gime->Event(ievent,"TR") ;
+    if(gime->TrackSegments() && //Skip events, where no track segments made
+       gime->TrackSegments()->GetEntriesFast()) {
+      MakeRecParticles() ;
+      WriteRecParticles();
+      if(strstr(option,"deb"))
+       PrintRecParticles(option) ;
+      //increment the total number of rec particles per run 
+      fRecParticlesInRun += gime->RecParticles()->GetEntriesFast() ; 
+    }
+  }
+  if(strstr(option,"tim")){
+    gBenchmark->Stop("PHOSPID");
+    Info("Exec", "took %f seconds for PID %f seconds per event", 
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID"),  
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nEvents) ;
+  }
+  Unload();
+}
 
+//____________________________________________________________________________
+const TString AliPHOSPIDv1::GetFileNamePrincipal(TString particle) const
+{
+  //Get file name that contains the PCA for a particle ("photon or pi0")
+  particle.ToLower();
+  TString name;
+  if      (particle=="photon") name = fFileNamePrincipalPhoton ;
+  else if (particle=="pi0"   ) name = fFileNamePrincipalPi0    ;
+  else    Error("GetFileNamePrincipal","Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",particle.Data());
+  return name;
 }
-//_____________________________________________________________________________
-const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv, Option_t *  Axis)const
+
+//____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCalibration(Int_t i) const 
 {
-  // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
-  
-  const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::GetInstance()->PHOSGeometry() ; 
-  TVector3 vecEmc ;
-  TVector3 vecCpv ;
-  if(cpv){
-    emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
-    cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ; 
-    if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){      
-      // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
-      // we assume, that particle moves from center
-      Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
-      Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
-      dEMC         = dEMC / dCPV ;
-      vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ; 
-      if (Axis == "X") return vecCpv.X();
-      if (Axis == "Y") return vecCpv.Y();
-      if (Axis == "Z") return vecCpv.Z();
-      if (Axis == "R") return vecCpv.Mag();
-  } 
-    
-    return 100000000 ;
-  }
-  return 100000000 ;
+  // Get the i-th parameter "Calibration"
+  Float_t param = 0.;
+  if (i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterCalibration","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    param = (*fParameters)(0,i);
+  return param;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(const Float_t e) const
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(const Float_t e) const
 {
 //      It calibrates Energy depending on the recpoint energy.
 //      The energy of the reconstructed cluster is corrected with 
@@ -322,328 +254,289 @@ const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(const Float_t e) const
 //      through the study of the reconstructed energy distribution of 
 //      monoenergetic photons.
  
-  Double_t p[]={0.,0.,0.};
-  Int_t i;
-  for(i=0;i<3;i++) p[i]= (*fParameters)(17,i);
-  Double_t  enerec = p[0] +  p[1]* e+ p[2] * e * e;
+  Float_t p[]={0.,0.,0.};
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCalibration(i);
+  Float_t enerec = p[0] +  p[1]*e + p[2]*e*e;
   return enerec ;
 
 }
+
 //____________________________________________________________________________
-const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalSign(const Double_t* P,const Int_t eff_pur, const Float_t E)const
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis) const 
 {
-  //Is the particle inside de PCA ellipse?
-
-  Int_t      prinsign= 0 ;
-  Double_t A        = GetEllipseParameter("a", E); 
-  Double_t B        = GetEllipseParameter("b", E);
-  Double_t C        = GetEllipseParameter("c", E);
-  Double_t X_center = GetEllipseParameter("x0", E); 
-  Double_t Y_center = GetEllipseParameter("y0", E);
-  
-  Double_t R = TMath::Power((P[0] - X_center)/A,2) + 
-      TMath::Power((P[1] - Y_center)/B,2) +
-      C*(P[0] -  X_center)*(P[1] - Y_center)/(A*B) ;
-  //3 different ellipses defined
-  if((eff_pur==2)&&(R <1./2.)) prinsign= 1;
-  if((eff_pur==1)&&(R <2.   )) prinsign= 1;
-  if((eff_pur==0)&&(R <9./2.)) prinsign= 1;
-
-  if(R<0)
-    Error("GetPrincipalSign", "Negative square?") ;
-  return prinsign;
-
+  // Get the i-th parameter "CPV-EMC distance" for the specified axis
+  Float_t param = 0.;
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterCpv2Emc","Invalid parameter number: %d",i);
+  else {
+    axis.ToLower();
+    if      (axis == "x") param = (*fParameters)(1,i);
+    else if (axis == "z") param = (*fParameters)(2,i);
+    else Error("GetParameterCpv2Emc","Invalid axis name: %s",axis.Data());
+  }
+  return  param;
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetCpvtoEmcDistanceCut(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t cut) 
+//____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCpv2EmcDistanceCut(TString axis, Float_t e) const
 {
-
-  // Set the parameter Cpvto EmcDistanceCut depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-
-
-  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
-  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En) ;
-  if((cluster!= -1)&&(eff_pur != -1))
-    (*fParameters)(cluster,eff_pur) = cut ;
+  // Get CpvtoEmcDistance Cut depending on the cluster energy, axis and 
+  // Purity-Efficiency point 
+
+  axis.ToLower();
+  Float_t p[]={0.,0.,0.};
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCpv2Emc(i,axis);
+  Float_t sig = p[0] + TMath::Exp(p[1] - p[2]*e);
+  return sig;
 }
-//_____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetTimeGate(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t gate) 
-{
 
-  // Set the parameter TimeGate depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-    
-  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
-  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En) ;
-  if((cluster!= -1)&&(eff_pur != -1))
-    (*fParameters)(cluster+6,eff_pur) = gate ;
-} 
-//_____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetParameters() 
+//____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(TString particle, TString param, Float_t e) const 
 {
-  // PCA : To do the Principal Components Analysis it is necessary 
-  // the Principal file, which is opened here
-  fX         = new double[7]; // Data for the PCA 
-  fP         = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
-  
-  // Open principal and parameters files to be used
-  
-  fFileName  = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ;
-  fFileNamePar = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat"); 
-  TFile f( fFileName.Data(), "read" ) ;
-  fPrincipal = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ; 
-  f.Close() ; 
-  
-  // Initialization of the Parameters matrix. In the File Parameters.dat
-  // are all the parameters. These are introduced in a matrix of 18x4  
-  // 
-  // All the parameters defined in this file are, in order of row: 
-  // CpvtoEmcDistanceCut (6 rows, each one depends on the energy range of the 
-  // particle, and 3 columns, each one depending on the efficiency-purity 
-  // point), TimeGate (the same) and the parameters of the functions that 
-  // calculate the ellipse parameters, x0,y0,a, b, c. These 5 parameters 
-  // (5 rows) depend on 4 parameters (columns). Finally there is a row with 
-  // the energy calibration parameters, 3 parameters. 
-  
-  fParameters = new TMatrixD(18,4) ;
-  
-  ifstream paramFile(fFileNamePar) ; 
-  Int_t h,n;
-  for(h = 0; h< 18; h++){
-    for(n = 0; n< 4; n++){
-      paramFile >> (*fParameters)(h,n) ;
-    }
+  // Calculates the parameter param of the ellipse
+
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Float_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
+  Float_t value = 0.0;
+  for (Int_t i=0; i<4; i++) p[i] = GetParameterToCalculateEllipse(particle,param,i);
+  if (particle == "photon") {
+    if      (param.Contains("a"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
+    else if (param.Contains("b"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
+    else if (param.Contains("x0")) e = TMath::Max((Double_t)e,1.1);
   }
-  paramFile.close();
+
+  value = p[0]/TMath::Sqrt(e) + p[1]*e + p[2]*e*e + p[3];
+  return value;
 }
+
 //_____________________________________________________________________________
-const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetClusterOption(const Float_t Cluster_En) const
-{
-  // Gives the cluster energy range, for each range there is associated a TOF or RCPV
-  // parameter.
-  Int_t cluster = -1;
-  if((Cluster_En > 0.0 )&&(Cluster_En <= 2.0 )) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 2.0 )&&(Cluster_En <= 5.0 )) cluster = 1 ;
-  if((Cluster_En > 5.0 )&&(Cluster_En <= 10.0)) cluster = 2 ;
-  if((Cluster_En > 10.0)&&(Cluster_En <= 20.0)) cluster = 3 ;
-  if((Cluster_En > 20.0)&&(Cluster_En <= 30.0)) cluster = 4 ;
-  if( Cluster_En > 30.0)                        cluster = 5 ;
-  
-  return cluster;
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPhotonBoundary (Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
+  // for photons at high p_T
+  Float_t param = 0;
+  if (i>3 || i<0)
+    Error("GetParameterPhotonBoundary","Wrong parameter number: %d\n",i);
+  else
+    param = (*fParameters)(14,i) ;
+  return param;
 }
-//____________________________________________________________________________
-const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetEffPurOption(const TString Eff_Pur) const
-{
 
-  // Looks for the Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-
-  Int_t eff_pur = -1 ;
-
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") )
-    eff_pur = 0 ;
-  else if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) 
-    eff_pur = 1 ;
-  else if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) 
-    eff_pur = 2 ;
-  else{
-    eff_pur = -1;
-    TString message ; 
-    message  = "Invalid Efficiency-Purity option\n";
-    message += "Possible options: HIGH EFFICIENCY =    LOW PURITY\n" ;
-    message += "                MEDIUM EFFICIENCY = MEDIUM PURITY\n" ;
-    message += "                   LOW EFFICIENCY =   HIGH PURITY\n" ;
-  }
-
-  return eff_pur;
+//____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPi0Boundary (Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
+  // for pi0 at high p_T
+  Float_t param = 0;
+  if (i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterPi0Boundary","Wrong parameter number: %d\n",i);
+  else
+    param = (*fParameters)(15,i) ;
+  return param;
 }
-//________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseParameter(TString Param, Int_t i, Double_t par) 
-{  
-  // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
-  // parameter "Param".
 
-  Int_t p= -1;
-  
-  if(Param.Contains("a"))p=12; 
-  if(Param.Contains("b"))p=13; 
-  if(Param.Contains("c"))p=14; 
-  if(Param.Contains("x0"))p=15; 
-  if(Param.Contains("y0"))p=16;
-  if((i>4)||(i<0))
-    Error("SetEllipseParameter", "No parameter with index %d", i) ; 
-  else if(p==-1)
-     Error("SetEllipseParameter", "No parameter with name %s", Param.Data() ) ; 
+//____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterTimeGate(Int_t i) const
+{
+  // Get TimeGate parameter depending on Purity-Efficiency i:
+  // i=0 - Low purity, i=1 - Medium purity, i=2 - High purity
+  Float_t param = 0.;
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterTimeGate","Invalid Efficiency-Purity choice %d",i);
   else
-    (*fParameters)(p,i) = par ;
-} 
-//________________________________________________________________________
-const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(const TString Param, const Int_t i) const
+    param = (*fParameters)(3,i) ; 
+  return param;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i) const
 { 
   // Get the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
-  // parameter "Param".
+  // parameter "param" for the particle "particle" ("photon" or "pi0")
+
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Int_t offset = -1;
+  if      (particle == "photon") offset=0;
+  else if (particle == "pi0")    offset=5;
+  else
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse","Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",particle.Data());
 
   Int_t p= -1;
-  Double_t par = -1;
+  Float_t par = 0;
 
-  if(Param.Contains("a"))p=12
-  if(Param.Contains("b"))p=13
-  if(Param.Contains("c"))p=14
-  if(Param.Contains("x0"))p=15
-  if(Param.Contains("y0"))p=16;
+  if     (param.Contains("a")) p=4+offset
+  else if(param.Contains("b")) p=5+offset
+  else if(param.Contains("c")) p=6+offset
+  else if(param.Contains("x0"))p=7+offset
+  else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
 
-  if((i>4)||(i<0))
+  if      (i>4 || i<0)
     Error("GetParameterToCalculateEllipse", "No parameter with index", i) ; 
-  else if(p==-1)
-    Error("GetParameterToCalculateEllipse", "No parameter with name %s", Param.Data() ) ; 
+  else if (p==-1)
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse", "No parameter with name %s", param.Data() ) ; 
   else
     par = (*fParameters)(p,i) ;
   
   return par;
-
-} 
-//____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetCalibrationParameter(Int_t i,Double_t param) 
-{
-  (*fParameters)(17,i) = param ;
 }
+
+
 //____________________________________________________________________________
-const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibrationParameter(const Int_t i) const 
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv, Option_t *  axis)const
 {
-  Float_t param = (*fParameters)(17,i);
-  return param;
+  // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
+  
+  const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ; 
+  TVector3 vecEmc ;
+  TVector3 vecCpv ;
+  if(cpv){
+    emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
+    cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ; 
+    if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){      
+      // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
+      // we assume, that particle moves from center
+      Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
+      Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
+      dEMC         = dEMC / dCPV ;
+      vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ; 
+      if (axis == "X") return vecCpv.X();
+      if (axis == "Y") return vecCpv.Y();
+      if (axis == "Z") return vecCpv.Z();
+      if (axis == "R") return vecCpv.Mag();
+    }
+    return 100000000 ;
+  }
+  return 100000000 ;
 }
 //____________________________________________________________________________
-const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(const TString Param,Float_t E) const 
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetCPVBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv,const Int_t effPur, Float_t e) const
 {
-  Double_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
-  Double_t value = 0.0;
-  Int_t i;
-
-  if(Param.Contains("a")){
-    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(12,i);
-    if(E>70.)E=70.;
-  }
-  
-  if(Param.Contains("b")){
-    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(13,i);
-    if(E>70.)E=70.;
-  }
+  if(effPur>2 || effPur<0)
+    Error("GetCPVBit","Invalid Efficiency-Purity choice %d",effPur);
   
-  if(Param.Contains("c"))
-    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(14,i);
+  Float_t sigX = GetCpv2EmcDistanceCut("X",e);
+  Float_t sigZ = GetCpv2EmcDistanceCut("Z",e);
   
-  if(Param.Contains("x0")){
-    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(15,i);
-    if(E<1.)E=1.1;
-  }
-  if(Param.Contains("y0"))
-    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(16,i);
-  
-  value = p[0]/TMath::Sqrt(E)+p[1]*E+p[2]*E*E+p[3];
-  return value;
+  Float_t deltaX = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X"));
+  Float_t deltaZ = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "Z"));
+       
+  if((deltaX>sigX*(effPur+1))|(deltaZ>sigZ*(effPur+1)))
+    return 1;//Neutral
+  else
+    return 0;//Charged
 }
-//____________________________________________________________________________
 
-void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t * option) 
+//____________________________________________________________________________
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalBit(TString particle, const Double_t* p,const Int_t effPur, Float_t e)const
 {
-  //Steering method
+  //Is the particle inside de PCA ellipse?
   
-  if( strcmp(GetName(), "")== 0 ) 
-    Init() ;
+  particle.ToLower();
+  Int_t    prinbit  = 0 ;
+  Float_t a        = GetEllipseParameter(particle,"a" , e); 
+  Float_t b        = GetEllipseParameter(particle,"b" , e);
+  Float_t c        = GetEllipseParameter(particle,"c" , e);
+  Float_t x0 = GetEllipseParameter(particle,"x0", e); 
+  Float_t y0 = GetEllipseParameter(particle,"y0", e);
   
-  if(strstr(option,"tim"))
-    gBenchmark->Start("PHOSPID");
-  
-  if(strstr(option,"print")) {
-    Print("") ; 
-    return ; 
-  }
+  Float_t r = TMath::Power((p[0] - x0)/a,2) + 
+              TMath::Power((p[1] - y0)/b,2) +
+            c*(p[0] -  x0)*(p[1] - y0)/(a*b) ;
+  //3 different ellipses defined
+  if((effPur==2) && (r<1./2.)) prinbit= 1;
+  if((effPur==1) && (r<2.   )) prinbit= 1;
+  if((effPur==0) && (r<9./2.)) prinbit= 1;
 
+  if(r<0)
+    Error("GetPrincipalBit", "Negative square?") ;
 
-//   gAlice->GetEvent(0) ;
+  return prinbit;
 
-//   //check, if the branch with name of this" already exits?
-//   if (gAlice->TreeR()) {
-//     TObjArray * lob = (TObjArray*)gAlice->TreeR()->GetListOfBranches() ;
-//     TIter next(lob) ; 
-//     TBranch * branch = 0 ;  
-//     Bool_t phospidfound = kFALSE, pidfound = kFALSE ; 
-    
-//     TString taskName(GetName()) ; 
-//     taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
-    
-//     while ( (branch = (TBranch*)next()) && (!phospidfound || !pidfound) ) {
-//       if ( (strcmp(branch->GetName(), "PHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
-//     phospidfound = kTRUE ;
-      
-//       else if ( (strcmp(branch->GetName(), "AliPHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
-//     pidfound = kTRUE ; 
-//     }
-    
-//     if ( phospidfound || pidfound ) {
-//       Error("Exec", "RecParticles and/or PIDtMaker branch with name %s already exists", taskName.Data() ) ; 
-//       return ; 
-//     }       
-//   }
+}
+//____________________________________________________________________________
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPhotonBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
+{
+  // Set bit for identified hard photons (E > 30 GeV)
+  // if the second moment M2x is below the boundary
+
+  Float_t e   = emc->GetEnergy();
+  if (e < 30.0) return 0;
+  Float_t m2x = emc->GetM2x();
+  Float_t m2xBoundary = GetParameterPhotonBoundary(0) *
+    TMath::Exp(-TMath::Power(e-GetParameterPhotonBoundary(1),2)/2.0/
+               TMath::Power(GetParameterPhotonBoundary(2),2)) +
+    GetParameterPhotonBoundary(3);
+  Info("GetHardPhotonBit","E=%f, m2x=%f, boundary=%f",e,m2x,m2xBoundary);
+  if (m2x < m2xBoundary)
+    return 1;// A hard photon
+  else
+    return 0;// Not a hard photon
+}
 
-//   Int_t nevents = (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() ;
-//   Int_t ievent ;
-//   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ;  
+//____________________________________________________________________________
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPi0Bit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
+{
+  // Set bit for identified hard pi0  (E > 30 GeV)
+  // if the second moment M2x is above the boundary
+
+  Float_t e   = emc->GetEnergy();
+  if (e < 30.0) return 0;
+  Float_t m2x = emc->GetM2x();
+  Float_t m2xBoundary = GetParameterPi0Boundary(0) +
+                    e * GetParameterPi0Boundary(1);
+  Info("GetHardPi0Bit","E=%f, m2x=%f, boundary=%f",e,m2x,m2xBoundary);
+  if (m2x > m2xBoundary)
+    return 1;// A hard pi0
+  else
+    return 0;// Not a hard pi0
+}
 
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
-  if(gime->BranchExists("RecParticles") )
-    return ;
-  Int_t nevents = gime->MaxEvent() ;       //(Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() ;
-  Int_t ievent ;
+//____________________________________________________________________________
+TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRecPoint * )const 
+{ 
+  // Calculates the momentum direction:
+  //   1. if only a EMC RecPoint, direction is given by IP and this RecPoint
+  //   2. if a EMC RecPoint and CPV RecPoint, direction is given by the line through the 2 recpoints 
+  //  However because of the poor position resolution of PPSD the direction is always taken as if we were 
+  //  in case 1.
 
+  TVector3 dir(0,0,0) ; 
+  
+  TVector3 emcglobalpos ;
+  TMatrix  dummy ;
+  
+  emc->GetGlobalPosition(emcglobalpos, dummy) ;
+  
 
-  for(ievent = 0; ievent < nevents; ievent++){
-    gime->Event(ievent,"R") ;
-    MakeRecParticles() ;
-    
-    WriteRecParticles(ievent);
-    
-    if(strstr(option,"deb"))
-      PrintRecParticles(option) ;
+  dir = emcglobalpos ;  
+  dir.SetZ( -dir.Z() ) ;   // why ?  
+  dir.SetMag(1.) ;
 
-    //increment the total number of rec particles per run 
-    fRecParticlesInRun += gime->RecParticles(BranchName())->GetEntriesFast() ; 
+  //account correction to the position of IP
+  Float_t xo,yo,zo ; //Coordinates of the origin
+  gAlice->Generator()->GetOrigin(xo,yo,zo) ;
+  TVector3 origin(xo,yo,zo);
+  dir = dir - origin ;
 
-  }
-  
-  if(strstr(option,"tim")){
-    gBenchmark->Stop("PHOSPID");
-    Info("Exec", "took %f seconds for PID %f seconds per event", 
-        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID"),  
-        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nevents) ;
-  } 
+  return dir ;  
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
-
+void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles()
+{
   // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
   
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
   TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
   TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
   TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments() ; 
   if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
-    Error("MakeRecParticles", "RecPoints or TrackSegments not found !") ;  
-    abort() ; 
+    Fatal("MakeRecParticles", "RecPoints or TrackSegments not found !") ;  
   }
   TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles() ; 
   recParticles->Clear();
 
   TIter next(trackSegments) ; 
   AliPHOSTrackSegment * ts ; 
@@ -668,26 +561,24 @@ void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
 
     // Choose the cluster energy range
     
-    // YK: check if (emc != 0) !!!
     if (!emc) {
-      Error("MakeRecParticles", "-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc ) ;
-      abort();
+      Fatal("MakeRecParticles", "-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc ) ;
     }
-    Float_t    e = emc->GetEnergy() ;   
-    Int_t cluster = GetClusterOption(e) ;// Gives value to cluster that defines the energy range parameter to be used in de RCPV, TOF and used in the PCA.
-    if(cluster== -1) continue ;
 
+    Float_t e = emc->GetEnergy() ;   
+    
     Float_t  lambda[2] ;
     emc->GetElipsAxis(lambda) ;
     
     if((lambda[0]>0.01) && (lambda[1]>0.01)){
       // Looking PCA. Define and calculate the data (X),
-      // introduce in the function 
-      // X2P that gives the components (P).  
+      // introduce in the function X2P that gives the components (P).  
+
       Float_t  Spher = 0. ;
       Float_t  Emaxdtotal = 0. ; 
       
-      if((lambda[0]+lambda[1])!=0) Spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
+      if((lambda[0]+lambda[1])!=0) 
+       Spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
       
       Emaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy(); 
       
@@ -699,37 +590,51 @@ void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
       fX[5] = Emaxdtotal ;  
       fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;  
       
-      fPrincipal->X2P(fX,fP);
+      fPrincipalPhoton->X2P(fX,fPPhoton);
+      fPrincipalPi0   ->X2P(fX,fPPi0);
+
     }
     else{
-      fP[0]=-100.0;  //We do not accept clusters with 
-      fP[1]=-100.0;  //one cell as a photon-like
+      fPPhoton[0]=-100.0;  //We do not accept clusters with 
+      fPPhoton[1]=-100.0;  //one cell as a photon-like
+      fPPi0[0]   =-100.0;
+      fPPi0[1]   =-100.0;
     }
     
     Float_t time =emc->GetTime() ;
     
-    // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency are taken 
-    // into account to set the particle identification)
-    for(Int_t eff_pur = 0; eff_pur < 3 ; eff_pur++){
+    // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency 
+    // are taken into account to set the particle identification)
+    for(Int_t effPur = 0; effPur < 3 ; effPur++){
       
-      // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 1st, 
-      // 2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 . 
-      
-      if(GetDistance(emc, cpv,  "R") > (*fParameters)(cluster,eff_pur) )  
-       rp->SetPIDBit(eff_pur) ;
+      // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 
+      // 1st,2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )
+      // is set to 1
+      if(GetCPVBit(emc, cpv, effPur,e) == 1 )  
+       rp->SetPIDBit(effPur) ;
       
       // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th 
       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1             
-      if(time< (*fParameters)(cluster+6,eff_pur)) {
-       rp->SetPIDBit(eff_pur+3) ;                  
-      }
+      if(time< (*fParameters)(2,effPur)) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+3) ;                   
       
+      //Photon PCA
       //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th 
       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
-      if(GetPrincipalSign(fP,eff_pur,e) == 1) 
-       rp->SetPIDBit(eff_pur+6) ;
+      if(GetPrincipalBit("photon",fPPhoton,effPur,e) == 1) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+6) ;
+
+      //Pi0 PCA
+      //If we are inside the ellipse, 10th, 11th or 12th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
+      if(GetPrincipalBit("pi0"   ,fPPi0   ,effPur,e) == 1) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+9) ;
     }
-      
+    if(GetHardPhotonBit(emc))
+      rp->SetPIDBit(12) ;
+    if(GetHardPi0Bit   (emc))
+      rp->SetPIDBit(13) ;
+    
     //Set momentum, energy and other parameters 
     Float_t  encal = GetCalibratedEnergy(e);
     TVector3 dir   = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
@@ -745,132 +650,233 @@ void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
     rp->SetPolarisation(0,0,0);
     index++ ; 
   }
-  
 }
-
+  
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1:: Print()
+void  AliPHOSPIDv1::Print() const
 {
   // Print the parameters used for the particle type identification
-  TString message ; 
-    message  = "\n=============== AliPHOSPID1 ================\n" ;
-    message += "Making PID\n";
-    message += "    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 %s\n" ; 
-    message += "    Name of parameters file     %s\n" ;
-    message += "    Matrix of Parameters: 18x4\n" ;
-    message += "        RCPV 6x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n" ;
-    message += "        TOF  6x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n" ;
-    message += "        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]\n" ;
-    message += "        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]\n" ;
-    Info("Print", message.Data(), fFileName.Data(), fFileNamePar.Data() ) ; 
+
+    Info("Print", "=============== AliPHOSPIDv1 ================") ;
+    printf("Making PID\n") ;
+    printf("    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 %s\n", fFileNamePrincipalPhoton.Data() )   ; 
+    printf("    Name of parameters file     %s\n", fFileNameParameters.Data() )  ;
+    printf("    Matrix of Parameters: 14x4\n") ;
+    printf("        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]\n") ;
+    printf("        RCPV 2x3 rows x and z, columns function cut parameters\n") ;
+    printf("        TOF  1x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n") ;
+    printf("        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]\n") ;
+    Printf("    Pi0 PCA  5x3 [5 ellipse parametres and 3 parametres to calculate them: A + B* E + C * E^2]\n") ;
     fParameters->Print() ;
 }
 
+
+
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles(Int_t event)
+void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
 {
-  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
+  // Print table of reconstructed particles
+
+  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
 
   TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ; 
-  recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
-  TTree * treeR ;
-
-  if(fToSplit){
-    if(!fSplitFile)
-      return ;
-    fSplitFile->cd() ;
-    char name[10] ;
-    sprintf(name,"%s%d", "TreeR",event) ;
-    treeR = dynamic_cast<TTree*>(fSplitFile->Get(name)); 
-  }
-  else{
-    treeR = gAlice->TreeR();
-  }
-  
-  if(!treeR){
-    gAlice->MakeTree("R", fSplitFile);
-    treeR = gAlice->TreeR() ;
-  }
-  
-  //First rp
-  Int_t bufferSize = 32000 ;    
-  TBranch * rpBranch = treeR->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
-  rpBranch->SetTitle(BranchName());
 
-  
-  //second, pid
-  Int_t splitlevel = 0 ; 
-  AliPHOSPIDv1 * pid = this ;
-  TBranch * pidBranch = treeR->Branch("AliPHOSPID","AliPHOSPIDv1",&pid,bufferSize,splitlevel);
-  pidBranch->SetTitle(BranchName());
-  
-  rpBranch->Fill() ;
-  pidBranch->Fill() ; 
-  
-  treeR->AutoSave() ; //Write(0,kOverwrite) ;  
-  if(gAlice->TreeR()!=treeR){
-    treeR->Delete();
+  TString message ; 
+  message  = "\nevent " ;
+  message += gAlice->GetEvNumber() ; 
+  message += "       found " ; 
+  message += recParticles->GetEntriesFast(); 
+  message += " RecParticles\n" ; 
+
+  if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
+    message += "\n  PARTICLE         Index    \n" ; 
+    
+    Int_t index ;
+    for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
+      AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
+      message += "\n" ;
+      message += rp->Name().Data() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetIndexInList() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetType()  ;
+    }
   }
+  Info("Print", message.Data() ) ; 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRecPoint * cpv)const 
-{ 
-  // Calculates the momentum direction:
-  //   1. if only a EMC RecPoint, direction is given by IP and this RecPoint
-  //   2. if a EMC RecPoint and CPV RecPoint, direction is given by the line through the 2 recpoints 
-  //  However because of the poor position resolution of PPSD the direction is always taken as if we were 
-  //  in case 1.
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameters() 
+{
+  // PCA : To do the Principal Components Analysis it is necessary 
+  // the Principal file, which is opened here
+  fX       = new double[7]; // Data for the PCA 
+  fPPhoton = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
+  fPPi0    = new double[7]; // Eigenvalues of the Pi0 PCA
 
-  TVector3 dir(0,0,0) ; 
-  
-  TVector3 emcglobalpos ;
-  TMatrix  dummy ;
-  
-  emc->GetGlobalPosition(emcglobalpos, dummy) ;
+  // Read photon principals from the photon file
   
+  fFileNamePrincipalPhoton = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ; 
+  TFile f( fFileNamePrincipalPhoton.Data(), "read" ) ;
+  fPrincipalPhoton = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ; 
+  f.Close() ; 
 
-  dir = emcglobalpos ;  
-  dir.SetZ( -dir.Z() ) ;   // why ?  
-  dir.SetMag(1.) ;
+  // Read pi0 principals from the pi0 file
 
-  //account correction to the position of IP
-  Float_t xo,yo,zo ; //Coordinates of the origin
-  gAlice->Generator()->GetOrigin(xo,yo,zo) ;
-  TVector3 origin(xo,yo,zo);
-  dir = dir - origin ;
+  fFileNamePrincipalPi0    = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA_pi0_40-120.root" ;
+  TFile fPi0( fFileNamePrincipalPi0.Data(), "read" ) ;
+  fPrincipalPi0    = dynamic_cast<TPrincipal*> (fPi0.Get("principal")) ; 
+  fPi0.Close() ;
 
-  return dir ;  
+  // Open parameters file and initialization of the Parameters matrix. 
+  // In the File Parameters.dat are all the parameters. These are introduced 
+  // in a matrix of 16x4  
+  // 
+  // All the parameters defined in this file are, in order of row: 
+  // line   0   : calibration 
+  // lines  1,2 : CPV rectangular cat for X and Z
+  // line   3   : TOF cut
+  // lines  4-8 : parameters to calculate photon PCA ellipse
+  // lines  9-13: parameters to calculate pi0 PCA ellipse
+  // lines 14-15: parameters to calculate border for high-pt photons and pi0
+
+  fFileNameParameters = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat");
+  fParameters = new TMatrix(16,4) ;
+  const Int_t maxLeng=255;
+  char string[maxLeng];
+
+  // Open a text file with PID parameters
+  FILE *fd = fopen(fFileNameParameters.Data(),"r");
+  if (!fd)
+    Fatal("SetParameter","File %s with a PID parameters cannot be opened\n",
+         fFileNameParameters.Data());
+
+  Int_t i=0;
+  // Read parameter file line-by-line and skip empty line and comments
+  while (fgets(string,maxLeng,fd) != NULL) {
+    if (string[0] == '\n' ) continue;
+    if (string[0] == '!'  ) continue;
+    sscanf(string, "%f %f %f %f",
+          &(*fParameters)(i,0), &(*fParameters)(i,1), 
+          &(*fParameters)(i,2), &(*fParameters)(i,3));
+    i++;
+    //printf("line %d: %s",i,string);
+  }
+  fclose(fd);
 }
+
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCalibration(Int_t i,Float_t param) 
 {
-  // Print table of reconstructed particles
+  // Set parameter "Calibration" i to a value param
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("SetParameterCalibration","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(0,i) = param ;
+}
 
-  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis, Float_t cut) 
+{
+  // Set the parameters to calculate Cpv-to-Emc Distance Cut depending on 
+  // Purity-Efficiency point i
+
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("SetParameterCpv2Emc","Invalid parameter number: %d",i);
+  else {
+    axis.ToLower();
+    if      (axis == "x") (*fParameters)(1,i) = cut;
+    else if (axis == "z") (*fParameters)(2,i) = cut;
+    else Error("SetParameterCpv2Emc","Invalid axis name: %s",axis.Data());
+  }
+}
 
-  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles(BranchName()) ; 
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPhotonBoundary(Int_t i,Float_t param) 
+{
+  // Set parameter "Hard photon boundary" i to a value param
+  if(i>4 || i<0)
+    Error("SetParameterPhotonBoundary","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(14,i) = param ;
+}
 
-  TString message ; 
-  message  = "event %d\n" ; 
-  message += "       found %d RecParticles\n" ; 
-  Info("PrintRecParticles", message.Data(), gAlice->GetEvNumber(), recParticles->GetEntriesFast() ) ; 
-  if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
-    message = "  PARTICLE         Index    \n" ;
-    Info("PrintRecParticles", message.Data() ) ; 
-    
-    Int_t index ;
-    for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
-      AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
-      message = "          %s     %d     Type %d\n" ; 
-      Info("PrintRecParticles", message.Data(), 
-          rp->Name().Data(), 
-          rp->GetIndexInList(), 
-          rp->GetType() );
-    }
-  }  
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPi0Boundary(Int_t i,Float_t param) 
+{
+  // Set parameter "Hard pi0 boundary" i to a value param
+  if(i>1 || i<0)
+    Error("SetParameterPi0Boundary","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(15,i) = param ;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterTimeGate(Int_t i, Float_t gate) 
+{
+  // Set the parameter TimeGate depending on Purity-Efficiency point i 
+  if (i>2 || i<0)
+    Error("SetParameterTimeGate","Invalid Efficiency-Purity choice %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(3,i)= gate ; 
+} 
+
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i, Float_t par) 
+{  
+  // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
+  // parameter "param" for a particle "particle"
+  
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Int_t p= -1;
+  Int_t offset=0;
+
+  if      (particle == "photon") offset=0;
+  else if (particle == "pi0")    offset=5;
+  else
+    Error("SetParameterToCalculateEllipse","Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",particle.Data());
+
+  if     (param.Contains("a")) p=4+offset; 
+  else if(param.Contains("b")) p=5+offset; 
+  else if(param.Contains("c")) p=6+offset; 
+  else if(param.Contains("x0"))p=7+offset; 
+  else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
+  if((i>4)||(i<0))
+    Error("SetEllipseParameter", "No parameter with index %d", i) ; 
+  else if(p==-1)
+    Error("SetEllipseParameter", "No parameter with name %s", param.Data() ) ; 
+  else
+    (*fParameters)(p,i) = par ;
+} 
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::Unload() 
+{
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;  
+  gime->PhosLoader()->UnloadRecPoints() ;
+  gime->PhosLoader()->UnloadTracks() ;
+  gime->PhosLoader()->UnloadRecParticles() ;
 }
 
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles()
+{
+  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
 
+  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ; 
+  recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
+  TTree * treeP =  gime->TreeP();
+  
+  //First rp
+  Int_t bufferSize = 32000 ;
+  TBranch * rpBranch = treeP->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
+  rpBranch->SetTitle(BranchName());
+  
+  rpBranch->Fill() ;
+  gime->WriteRecParticles("OVERWRITE");
+  gime->WritePID("OVERWRITE");
+}