Fixes for cmake
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPIDv1.h
index 9b78a7f..b61b717 100644 (file)
 
 /* $Id$ */
 
+/* History of cvs commits:
+ *
+ * $Log$
+ * Revision 1.60  2007/04/01 15:40:15  kharlov
+ * Correction for actual vertex position implemented
+ *
+ * Revision 1.59  2007/03/06 06:57:46  kharlov
+ * DP:calculation of distance to CPV done in TSM
+ *
+ * Revision 1.58  2006/04/12 11:32:03  alibrary
+ * Simplification of Makefile and some small corrections
+ *
+ * Revision 1.57  2006/01/23 17:51:48  hristov
+ * Using the recommended way of forward declarations for TVector and TMatrix (see v5-08-00 release notes). Additional clean-up
+ *
+ * Revision 1.56  2005/05/28 14:19:04  schutz
+ * Compilation warnings fixed by T.P.
+ *
+ */
 
 //_________________________________________________________________________
 // Implementation version v1 of the PHOS particle identifier 
-// Identification is based on information from PPSD and EMC
+// Identification is based on information from CPV and EMC
 // Oh yeah                 
-//*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)
+//*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH), Gustavo Conesa.
+
+// --- Standard library ---
 
 // --- ROOT system ---
-class TFormula ;
+class TCanvas ;
+class TFolder ;
+class TFormula;
+class TPrincipal ;
+class TROOT ;
+class TTree ;
 class TVector3 ;
-
-// --- Standard library ---
+#include <TMatrixDfwd.h>
 
 // --- AliRoot header files ---
+class AliPHOSClusterizerv1 ;
+class AliPHOSCpvRecPoint ;
 class AliPHOSEmcRecPoint ;
-class AliPHOSRecPoint ;
-
+class AliPHOSTrackSegment ;
+class AliPHOSTrackSegmentMakerv1 ;
 #include "AliPHOSPID.h"
+#include "AliPID.h"
 
 class  AliPHOSPIDv1 : public AliPHOSPID {
-
+  
 public:
-
-  AliPHOSPIDv1() ;          // ctor            
-  AliPHOSPIDv1(const char* headerFile, const char * tsBranch = 0) ;
+  
+  AliPHOSPIDv1() ;          // ctor   
+  AliPHOSPIDv1(AliPHOSGeometry *geom);
+  AliPHOSPIDv1(const AliPHOSPIDv1 & pid) ;          // cpy ctor            
+  
   virtual ~AliPHOSPIDv1() ; // dtor
-
-  virtual void Exec(Option_t * option);
-  virtual char * GetRecParticlesBranch()const {return (char*) fRecparticlesTitle.Data() ;}      
-  virtual char * GetTrackSegmentsBranch()const{return (char*) fTSTitle.Data(); }
-
-  virtual void Init() ;
-
-  virtual void PlotDispersionCuts()const ;
-
-  virtual void Print(Option_t * option)const ; 
   
-  virtual Bool_t ReadTrackSegments() ;
-
-  virtual void SetIdentificationMethod(char * option = "CPV DISP" ){fIDOptions = option ;} 
-
-  virtual void SetShowerProfileCut(char * formula = 
-                                  "0.35*0.35 - (x-1.386)*(x-1.386) - 1.707*1.707*(y-1.008)*(y-1.008)") ;
+  virtual void TrackSegments2RecParticles(Option_t *option);  // Does the job
 
-  virtual void SetDispersionCut(Float_t cut){fDispersion = cut ; } 
-  virtual void SetCpvtoEmcDistanceCut(Float_t cut ) {fCpvEmcDistance = cut ;}
-  virtual void SetTrackSegmentsBranch(const char* title) { fTSTitle = title;}
-  virtual void SetRecParticlesBranch (const char* title) { fRecparticlesTitle = title;} 
+  //Get file name that contain the PCA
+  const TString GetFileNamePrincipal(TString particle) const;
 
-  virtual void WriteRecParticles() ; 
-                     
+  //Get file name that contain PID parameters
+  const TString GetFileNameParameters()      const {return fFileNameParameters ;}
 
- private:
-  void     MakeRecParticles(void ) ;
-  Float_t  GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRecPoint * cpv, Option_t * Axis)const ; 
-                                     // Relative Distance PPSD-EMC
-  TVector3 GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRecPoint * cpv, AliPHOSRecPoint * ppsd)const ;
+  // Get PID parameters as they are defined in fParameters
+  Float_t GetParameterCalibration    (Int_t i)               const;
+  Float_t GetParameterCpv2Emc        (Int_t i, TString axis) const;
+  Float_t GetParameterTimeGate       (Int_t i)               const;
+  Float_t GetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i) const  ;     
+  Float_t GetParameterPhotonBoundary (Int_t i)               const;
+  Float_t GetParameterPi0Boundary    (Int_t i)               const;
 
-  void     PrintRecParticles(Option_t * option) ;
+  // Get energy-dependent PID parameters
+  Float_t GetCalibratedEnergy    (Float_t e)                 const;
+  Float_t GetCpv2EmcDistanceCut  (TString axis, Float_t e)   const ;
+  Float_t GetEllipseParameter    (TString particle, TString param, Float_t e) const;
 
- private:
+  Double_t GetThresholdChargedNeutral () const {return  fChargedNeutralThreshold;}
+  Float_t GetTOFEnergyThreshold () const {return  fTOFEnThreshold;}
+  Float_t GetDispersionEnergyThreshold () const {return  fDispEnThreshold;}
+  Int_t   GetDispersionMultiplicityThreshold () const {return  fDispMultThreshold;}
 
-  TString                fHeaderFileName ;
-  TString                fTSTitle;
-  TString                fRecPointsTitle ;
-  TString                fRecparticlesTitle ;
+  //Do bayesian PID
+  void SetBayesianPID(Bool_t set){ fBayesian = set ;}
 
-  TString                fIDOptions ;
+  // Set PID parameters to change appropriate element of fParameters
+  void SetParameterCalibration   (Int_t i, Float_t param);
+  void SetParameterCpv2Emc       (Int_t i, TString axis, Float_t cut)  ; 
+  void SetParameterTimeGate      (Int_t i, Float_t gate)  ; 
+  void SetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i, Float_t value) ;
+  void SetParameterPhotonBoundary(Int_t i, Float_t param);
+  void SetParameterPi0Boundary   (Int_t i, Float_t param);
 
-  Int_t                  fNEvent ;
-  TObjArray            * fEmcRecPoints ;  // ! initial EMC RecPoints
-  TObjArray            * fCpvRecPoints ;  // ! initial CPV RecPoints
-  TClonesArray         * fTrackSegments;  // ! initial list of TrackSegments
-  TClonesArray         * fRecParticles ;  // ! output
+  void SetThresholdChargedNeutral (Double_t th) {fChargedNeutralThreshold = th;}
+  void SetTOFEnergyThreshold (Float_t th)  {fTOFEnThreshold = th;}
+  void SetDispersionEnergyThreshold (Float_t th) {fDispEnThreshold = th;}
+  void SetDispersionMultiplicityThreshold (Int_t th)  {fDispMultThreshold = th;}
 
-  AliPHOSClusterizer   * fClusterizer ;    // !
-  AliPHOSTrackSegmentMaker * fTSMaker ;    // !
+  //Switch to "on flyght" mode, without writing to TreeR and file  
+  void SetWriting(Bool_t toWrite = kFALSE){fWrite = toWrite;} 
+  void Print(const Option_t * = "") const ; 
 
-  AliPHOSGeometry      * fGeom ;           // !pointer to PHOS geometry  
-  TFormula             * fFormula ;        // formula to define cut on the shouer elips axis
-  Float_t                fDispersion ;     // dispersion cut
-  Float_t                fCpvEmcDistance ; 
+  void GetVertex(void) ; //Extracts vertex in current event
 
-  Bool_t                 fIsInitialized ;
+  virtual const char * Version() const { return "pid-v1" ; }  
 
-
-
-
-  ClassDef( AliPHOSPIDv1,1)  // Particle identifier implementation version 1
+  AliPHOSPIDv1 & operator = (const AliPHOSPIDv1 & /*pid*/) { return *this ;} 
+  
+private:
+  
+  virtual void  InitParameters() ;
+  void          MakeRecParticles(void ) ;
+  void          MakePID(void) ;
+
+  //Functions to calculate the PID probability 
+  //  Double_t ChargedHadronDistProb(Double_t  x, Double_t y, Double_t * parg, Double_t * parl) ;
+  Double_t GausF   (Double_t x, Double_t y, Double_t *par) ; //gaussian probability, parameter dependence a+b/(x*x)+c/x
+  Double_t GausPol2(Double_t x, Double_t y, Double_t *par) ; //gaussian probability, parameter dependence a+b*x+c*x*x
+  Double_t LandauF(Double_t x, Double_t y, Double_t *par) ; //gaussian probability, parameter dependence  a+b/(x*x)+c/x
+  Double_t LandauPol2(Double_t x, Double_t y, Double_t *par) ; //gaussian probability, parameter dependence a+b*x+c*x*x
+ // Relative Distance CPV-EMC
+  Int_t   GetCPVBit       (AliPHOSTrackSegment * ts, Int_t EffPur, Float_t e) const;
+  Int_t   GetPrincipalBit (TString particle, const Double_t* P, Int_t EffPur, Float_t e)const ; //Principal cut
+  Int_t   GetHardPhotonBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const;
+  Int_t   GetHardPi0Bit   (AliPHOSEmcRecPoint * emc) const;
+  TVector3      GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSCpvRecPoint * cpv)const ;
+  void          PrintRecParticles(Option_t * option) ;
+  void          SetParameters() ; //Fills the matrix of parameters
+
+  //PID population
+  void SetInitPID(const Double_t * pid) ;
+  void GetInitPID(Double_t * pid) const ;
+
+private:
+  Bool_t      fBayesian ;                 //  Do PID bayesian
+  Bool_t      fDefaultInit;              //! kTRUE if the task was created by defaut ctor (only parameters are initialized)
+  Bool_t      fWrite ;                   //! To write result to file 
+  TString     fFileNamePrincipalPhoton ; //  File name of the photon principals
+  TString     fFileNamePrincipalPi0 ;    //  File name of the pi0 principals
+  TString     fFileNameParameters ;      //  File name with PID parameters
+  TPrincipal *fPrincipalPhoton ;         //! TPrincipal from photon pca file 
+  TPrincipal *fPrincipalPi0 ;            //! TPrincipal from pi0 pca file 
+  Double_t   *fX ;                       //! Shower shape for the principal data 
+  Double_t   *fPPhoton ;                 //! Principal photon eigenvalues
+  Double_t   *fPPi0 ;                    //! Principal pi0 eigenvalues
+  TMatrixF    *fParameters;               //! Matrix of identification Parameters
+
+  TVector3   fVtx ;                      //! Vertex position in current event
+
+  //Initial pid population
+  Double_t fInitPID[AliPID::kSPECIESN] ; // Initial population to do bayesian PID
+  // pid probability function parameters
+  // ToF
+  Double_t fTphoton[3] ;       // gaussian tof response for photon
+  TFormula * fTFphoton ;       // the formula   
+  Double_t fTpiong[3] ;        // gaussian tof response for pions
+  TFormula * fTFpiong ;        // the formula
+  Double_t fTkaong[3] ;        // landau tof response for kaons
+  TFormula * fTFkaong ;        // the formula
+  Double_t fTkaonl[3] ;        // landau tof response for kaons
+  TFormula * fTFkaonl ;        // the formula
+  Double_t fThhadrong[3] ;     // gaus   tof response for heavy hadrons
+  TFormula * fTFhhadrong ;     // the formula
+  Double_t fThhadronl[3] ;     // landau   tof response for heavy hadrons
+  TFormula * fTFhhadronl ;     // the formula
+
+  //Shower dispersion
+  Double_t fDmuon[3]    ;     // gaussian ss response for muon 
+  TFormula * fDFmuon    ;     // the formula 
+  Double_t fDphoton[10] ;     // gaussian ss response for EM
+  Double_t fDpi0[10]    ;     // gaussian ss response for pi0
+  Double_t fDhadron[10] ;     // gaussian ss response for hadrons
+
+  Double_t fXelectron[10] ;   // gaussian emc-cpv distance response for electron
+  Double_t fXcharged[10]  ;   // landau emc-cpv distance response for charged part (no elect) */
+  Double_t fZelectron[10] ;   // gaussian emc-cpv distance response for electron
+  Double_t fZcharged[10]  ;   // landau emc-cpv distance response for charged part (no elect) */
+
+
+  Double_t fERecWeightPar[4] ;  // gaussian tof response for photon
+  TFormula * fERecWeight ;      // the formula   
+  Double_t fChargedNeutralThreshold ; //Threshold to differentiate between charged and neutral
+  Float_t  fTOFEnThreshold;           //Maximum energy to use TOF
+  Float_t  fDispEnThreshold;          //Minimum energy to use shower shape
+  Int_t    fDispMultThreshold ;       //Minimum multiplicity to use shower shape
+
+  ClassDef( AliPHOSPIDv1,13)  // Particle identifier implementation version 1
 
 };