Reducing the search window used to find the max in the ADC samples. Needed because...
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPreprocessor.cxx
index c87bed6..78f4120 100644 (file)
@@ -67,7 +67,7 @@ AliPreprocessor("PHS",shuttle)
   // Constructor
 
   AddRunType("PHYSICS");
-  AddRunType("STANDALONE");
+  AddRunType("LED");
 }
 
 //_______________________________________________________________________________________
@@ -78,8 +78,10 @@ UInt_t AliPHOSPreprocessor::Process(TMap* /*valueSet*/)
   TString runType = GetRunType();
   Log(Form("Run type: %s",runType.Data()));
 
-  if(runType=="STANDALONE") {
+  if(runType=="LED") {
     Bool_t ledOK = ProcessLEDRun();
+    Bool_t badmap_OK = FindBadChannelsEmc();
+    if(!badmap_OK) Log(Form("WARNING! FindBadChannels() completed with BAD status!"));
     if(ledOK) return 0;
     else
       return 1;
@@ -87,12 +89,9 @@ UInt_t AliPHOSPreprocessor::Process(TMap* /*valueSet*/)
   
   if(runType=="PHYSICS") {
     
-    Bool_t badmap_OK = FindBadChannelsEmc();
-    if(!badmap_OK) Log(Form("WARNING!! FindBadChannels() completed with BAD status!"));
-    
     Bool_t calibEmc_OK = CalibrateEmc();
     
-    if(calibEmc_OK && badmap_OK) return 0;
+    if(calibEmc_OK) return 0;
     else
       return 1;
   }
@@ -105,9 +104,9 @@ UInt_t AliPHOSPreprocessor::Process(TMap* /*valueSet*/)
 
 Bool_t AliPHOSPreprocessor::ProcessLEDRun()
 {
-  //Process LED run, fill bad channels map.
+  //Process LED run, update High Gain/Low Gain ratios.
 
-  AliPHOSEmcBadChannelsMap badMap;
+  AliPHOSEmcCalibData calibData;
 
   TList* list = GetFileSources(kDAQ, "LED");
   if(!list) {
@@ -115,13 +114,25 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::ProcessLEDRun()
     return kFALSE;
   }
 
+  if(!list->GetEntries()) {
+    Log("Sources list for LED run is empty, exit.");
+    return kFALSE;
+  }
+
+  //Retrieve the last EMC calibration object
+  const AliPHOSEmcCalibData* clb=0;
+  AliCDBEntry* entryCalib = GetFromOCDB("Calib", "EmcGainPedestals");
+
+  if(!entryCalib)
+    Log(Form("Cannot find any AliCDBEntry for [Calib, EmcGainPedestals]!"));
+  else
+    clb = (AliPHOSEmcCalibData*)entryCalib->GetObject();
+  
   TIter iter(list);
   TObjString *source;
-  char hnam[80];
-  TH1F* histo=0;
   
   while ((source = dynamic_cast<TObjString *> (iter.Next()))) {
-
+    
     AliInfo(Form("found source %s", source->String().Data()));
 
     TString fileName = GetFile(kDAQ, "LED", source->GetName());
@@ -133,37 +144,53 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::ProcessLEDRun()
       Log(Form("File %s is not opened, something goes wrong!",fileName.Data()));
       return kFALSE;
     }
-
+    
+    TH1I* fFiredCells = (TH1I*)f.Get("fFiredCells");
+    
+    if(fFiredCells) {
+      const Double_t nFiredCells = fFiredCells->GetMean();
+      Log(Form("Number of fired cells per event is %.1f",nFiredCells));
+    }
+    
     const Int_t nMod=5; // 1:5 modules
     const Int_t nCol=56; //1:56 columns in each module
     const Int_t nRow=64; //1:64 rows in each module
-
-    // Check for dead channels    
-    Log(Form("Begin check for dead channels."));
-
+    
     for(Int_t mod=0; mod<nMod; mod++) {
       for(Int_t col=0; col<nCol; col++) {
        for(Int_t row=0; row<nRow; row++) {
-         sprintf(hnam,"mod%dcol%drow%d",mod,col,row);
-         histo = (TH1F*)f.Get(hnam);
-         if(histo)
-           if (histo->GetMean()<1) {
-             Log(Form("Channel: [%d,%d,%d] seems dead, <E>=%.1f.",mod,col,row,histo->GetMean()));
-             badMap.SetBadChannel(mod,col,row);
-           }
+         
+         if(clb) {
+           Float_t  hg2lg = clb->GetHighLowRatioEmc(5-mod,col+1,row+1);
+           Double_t coeff = clb->GetADCchannelEmc(5-mod,col+1,row+1);
+           calibData.SetADCchannelEmc(5-mod,col+1,row+1,coeff);
+           calibData.SetHighLowRatioEmc(5-mod,col+1,row+1,hg2lg);
+         }     
+  
+         //High Gain to Low Gain ratio
+         Float_t ratio = HG2LG(mod,row,col,&f);
+         if(ratio != 16.) {
+           calibData.SetHighLowRatioEmc(5-mod,col+1,row+1,ratio);
+           AliInfo(Form("mod %d iX %d iZ %d  ratio %.3f\n",mod,row,col,ratio));
+         }
        }
       }
     }
 
-  }
+  } // end of loop over files
 
-  //Store bad channels map
-  AliCDBMetaData badMapMetaData;
+  //Store the updated High Gain/Low Gain ratios
+  AliCDBMetaData emcMetaData;
 
-  //Bad channels data valid from current run fRun until updated (validityInfinite=kTRUE)
-  Bool_t result = Store("Calib", "EmcBadChannels", &badMap, &badMapMetaData, fRun, kTRUE);
-  return result;
+  //Data valid from current run until updated (validityInfinite=kTRUE)
+  //Bool_t result = Store("Calib","EmcGainPedestals",&calibData,&emcMetaData,0,kTRUE);
 
+  //Store reference data
+  Bool_t refOK = StoreReferenceLED(list);
+  if(refOK) Log(Form("LED reference data successfully stored."));
+  
+  //return result;
+  return kTRUE;
 }
 
 Float_t AliPHOSPreprocessor::HG2LG(Int_t mod, Int_t X, Int_t Z, TFile* f)
@@ -171,15 +198,17 @@ Float_t AliPHOSPreprocessor::HG2LG(Int_t mod, Int_t X, Int_t Z, TFile* f)
   //Calculates High gain to Low gain ratio 
   //for crystal at the position (X,Z) in the PHOS module mod.
   
-  char hname[128];
-  sprintf(hname,"%d_%d_%d",mod,X,Z);
+  char hname[128]; TString shname = "%d_%d_%d"; 
+  snprintf(hname,shname.Length(),shname.Data(),mod,X,Z);
 
   TH1F* h1 = (TH1F*)f->Get(hname);
   if(!h1) return 16.;
-
-  if(!h1->GetEntries()) return 16.;
+  
+  if(h1->GetEntries()<2000.) return 16.;
+  
+  if(h1->GetMaximum()<10.) h1->Rebin(4);
   if(h1->GetMaximum()<10.) return 16.;
-
+  
   Double_t max = h1->GetBinCenter(h1->GetMaximumBin()); // peak
   Double_t xmin = max - (h1->GetRMS()/3);
   Double_t xmax = max + (h1->GetRMS()/2);
@@ -192,14 +221,20 @@ Float_t AliPHOSPreprocessor::HG2LG(Int_t mod, Int_t X, Int_t Z, TFile* f)
   gaus1->SetParameter("Mean",max);
   gaus1->SetParameter("Sigma",1.);
   gaus1->SetLineColor(kBlue);
-  h1->Fit(gaus1,"LERQ+");
-
-  AliInfo(Form("%s: %d entries, mean=%.3f, peak=%.3f, rms= %.3f. HG/LG = %.3f\n",
-          h1->GetTitle(),h1->GetEntries(),h1->GetMean(),max,h1->GetRMS(),
-          gaus1->GetParameter("Mean"))); 
-
-  return gaus1->GetParameter("Mean");
+  
+  Double_t mean_min = h1->GetXaxis()->GetXmin();
+  Double_t mean_max = h1->GetXaxis()->GetXmax();
+  gaus1->SetParLimits(1,mean_min,mean_max);
+  
+  h1->Fit(gaus1,"RQ+");
+  Double_t hg2lg = gaus1->GetParameter("Mean");
+  if( (hg2lg-mean_min<0.001) || (mean_max-hg2lg<0.001)) hg2lg=max;
+  
+  AliInfo(Form("%s: %.1f entries, mean=%.3f, peak=%.3f, rms= %.3f. HG/LG = %.3f\n",
+         h1->GetTitle(),h1->GetEntries(),h1->GetMean(),max,h1->GetRMS(),hg2lg)); 
 
+  return hg2lg;
+  
 }
 
 Bool_t AliPHOSPreprocessor::FindBadChannelsEmc()
@@ -215,7 +250,9 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::FindBadChannelsEmc()
   Bool_t result[2] = { kTRUE, kTRUE };
 
   for (Int_t i=0; i<2; i++) {
-
+    
+    if(system[i] == kHLT) continue;
+    
     AliPHOSEmcBadChannelsMap badMap;
     list = GetFileSources(system[i], "BAD_CHANNELS");
 
@@ -231,7 +268,8 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::FindBadChannelsEmc()
       continue;
     }
 
-    result[i] *= DoFindBadChannelsEmc(system[i],list,badMap);
+    Bool_t findBadOK = DoFindBadChannelsEmc(system[i],list,badMap);
+    result[i] *= findBadOK;
 
     // Store the bad channels map.
   
@@ -243,8 +281,9 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::FindBadChannelsEmc()
     else 
       path = "HLT";
   
-    // Data valid from current run fRun until being updated (validityInfinite=kTRUE)
-    result[i] *= Store(path.Data(), "EmcBadChannels", &badMap, &md, fRun, kTRUE);
+    // Data valid from current run until being updated (validityInfinite=kTRUE)
+    Bool_t storeOK = Store(path.Data(), "EmcBadChannels", &badMap, &md, 0, kTRUE);
+    result[i] *= storeOK;
     
   }
   
@@ -261,7 +300,6 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoFindBadChannelsEmc(Int_t system, TList* list, AliP
 
   TIter iter(list);
   TObjString *source;
-  char hnam[80];
   TH1F* h1=0;
 
   const Float_t fQualityCut = 1.;
@@ -280,16 +318,17 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoFindBadChannelsEmc(Int_t system, TList* list, AliP
       Log(Form("File %s is not opened, something goes wrong!",fileName.Data()));
       return kFALSE;
     }
-    
+
     Log(Form("Begin check for bad channels."));
-    
+
     for(Int_t mod=0; mod<5; mod++) {
       for(Int_t iX=0; iX<64; iX++) {
        for(Int_t iZ=0; iZ<56; iZ++) {
-
-         sprintf(hnam,"%d_%d_%d_%d",mod,iX,iZ,1); // high gain 
+         
+         TString hnam;
+         hnam += mod; hnam += "_"; hnam += iX; hnam += "_"; hnam += iZ; hnam += "_"; hnam += "1";
          h1 = (TH1F*)f.Get(hnam);
-
+         
          if(h1) {
            Double_t mean = h1->GetMean();
            
@@ -321,8 +360,10 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::CalibrateEmc()
   //Loop over two systems: DAQ and HLT.
   //For each system the same algorithm implemented in DoCalibrateEmc() invokes.
 
+  AliPHOSEmcCalibData*   lastCalib=0;
   const AliPHOSEmcBadChannelsMap* badMap=0;
   AliCDBEntry* entryBCM=0;
+  AliCDBEntry* entryEmc=0;
   TList* list=0;
   TString path;
   
@@ -332,6 +373,8 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::CalibrateEmc()
 
   for (Int_t i=0; i<2; i++) {
 
+    if(system[i] == kHLT) continue;
+
     AliPHOSEmcCalibData calibData;
     list = GetFileSources(system[i], "AMPLITUDES");
   
@@ -364,19 +407,69 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::CalibrateEmc()
     if(!badMap)
       Log(Form("WARNING!! Nothing for %s in AliCDBEntry. All cells considered GOOD!",sysn[i]));
 
-    result[i] *= DoCalibrateEmc(system[i],list,badMap,calibData);
+    // Retrieve  the last EMC calibration object
+    
+    entryEmc = GetFromOCDB(path.Data(), "EmcGainPedestals");
+    
+    if(!entryEmc) 
+      Log(Form("Cannot find any EmcGainPedestals entry for this run and path %s",path.Data()));
+    else
+      lastCalib = (AliPHOSEmcCalibData*)entryEmc->GetObject();
 
+    if(lastCalib) 
+      result[i] *= DoCalibrateEmc(system[i],list,badMap,*lastCalib);    
+    else 
+      result[i] *= DoCalibrateEmc(system[i],list,badMap,calibData);
+    
     //Store EMC calibration data
-
     AliCDBMetaData emcMetaData;
-    result[i] *= Store(path.Data(), "EmcGainPedestals", &calibData, &emcMetaData, 0, kTRUE);
-  
+    
+    // if(lastCalib)
+    //   result[i] *= Store(path.Data(), "EmcGainPedestals", lastCalib, &emcMetaData, 0, kFALSE);
+    // else
+    //   result[i] *= Store(path.Data(), "EmcGainPedestals", &calibData, &emcMetaData, 0, kFALSE);
+
+    //Store reference data
+    Bool_t refOK = StoreReferenceEmc(system[i],list);
+    if(refOK) Log(Form("Reference data for %s amplitudes successfully stored.",sysn[i]));
+    
   }
   
   if(result[0] || result[1]) return kTRUE;
   else return kFALSE;
 }
 
+Bool_t AliPHOSPreprocessor::StoreReferenceEmc(Int_t system, TList* list)
+{
+  //Put 2D calibration histograms (E vs Time) prepared by DAQ/HLT to the reference storage.
+  //system is DAQ or HLT, TList is the list of FES sources.
+
+  if(system!=kDAQ) return kFALSE;
+
+  TObjString *source = dynamic_cast<TObjString *> (list->First());
+  if(!source) return kFALSE;
+
+  TString fileName = GetFile(system, "AMPLITUDES", source->GetName());
+
+  Bool_t resultRef = StoreReferenceFile(fileName.Data(),"CalibRefPHOS.root");
+  return resultRef;
+
+}
+
+Bool_t AliPHOSPreprocessor::StoreReferenceLED(TList* list)
+{
+  //Put HG/LG histograms to the reference storage.
+  
+  TObjString *source = dynamic_cast<TObjString *> (list->First());
+  if(!source) return kFALSE;
+  
+  TString fileName = GetFile(kDAQ, "LED", source->GetName());
+  
+  Bool_t resultRef = StoreReferenceFile(fileName.Data(),"LEDRefPHOS.root");
+  return resultRef;
+  
+}
+
 
 Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoCalibrateEmc(Int_t system, TList* list, const AliPHOSEmcBadChannelsMap* badMap, AliPHOSEmcCalibData& calibData)
 {
@@ -388,6 +481,7 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoCalibrateEmc(Int_t system, TList* list, const AliP
   // It is a responsibility of the SHUTTLE framework to form the fileName.
 
   gRandom->SetSeed(0); //the seed is set to the current  machine clock!
+  Int_t minEntries=1000; // recalculate calibration coeff. if Nentries > minEntries.
 
   TIter iter(list);
   TObjString *source;
@@ -429,7 +523,7 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoCalibrateEmc(Int_t system, TList* list, const AliP
     
     if(nkeys< 2){
       Log(Form("Not enough histograms (%d) for calibration.",nkeys));
-      return 0;
+      return 1; // it's not fatal! May be short run..
     }
     
     while(!ok){
@@ -442,9 +536,9 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoCalibrateEmc(Int_t system, TList* list, const AliP
        TString htitl = h2->GetTitle();
        if(htitl.Contains("and gain 1")) {
          hRef = h2->ProjectionX();
-         hRef->GetXaxis()->SetRange(10,1000); // to cut off saturation peak and noise
+         hRef->GetXaxis()->SetRangeUser(10.,1000.); // to cut off saturation peak and noise
          // Check if the reference histogram has too little statistics
-         if(hRef->GetMean() && hRef->GetEntries()>2) ok=kTRUE;
+         if(hRef->GetMean() && hRef->GetEntries()>minEntries) ok=kTRUE;
 
          const TString delim = "_";
          TString str = hRef->GetName();
@@ -454,9 +548,9 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoCalibrateEmc(Int_t system, TList* list, const AliP
          const Int_t Z   = ((TObjString*)tks->At(2))->GetString().Atoi();
 
          if(badMap) {
-           if(badMap->IsBadChannel(md+1,Z+1,X+1)) {
+           if(badMap->IsBadChannel(5-md,Z+1,X+1)) {
              AliInfo(Form("Cell mod=%d col=%d row=%d is bad. Histogram %s rejected.",
-                          md+1,Z+1,X+1,hRef->GetName()));
+                          5-md,Z+1,X+1,hRef->GetName()));
              ok=kFALSE;
            }
          }
@@ -468,7 +562,7 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoCalibrateEmc(Int_t system, TList* list, const AliP
       
       if(!ok && counter > nkeys){
        Log("No histogram with enough statistics for reference. Exit.");
-       return 0;
+       return 1; // Not fatal, just wait..
       }
     }
     
@@ -479,31 +573,26 @@ Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoCalibrateEmc(Int_t system, TList* list, const AliP
     Double_t refMean=hRef->GetMean();
     
     // Calculates relative calibration coefficients for all non-zero channels
+
+    TString shnam = "%d_%d_%d_1";
     
     for(Int_t mod=0; mod<nMod; mod++) {
       for(Int_t col=0; col<nCol; col++) {
        for(Int_t row=0; row<nRow; row++) {
-
-         //High Gain to Low Gain ratio
-         Float_t ratio = HG2LG(mod,row,col,&f);
-         calibData.SetHighLowRatioEmc(mod+1,col+1,row+1,ratio);
          
-         sprintf(hnam,"%d_%d_%d_1",mod,row,col); // high gain!
+         snprintf(hnam,shnam.Length(),shnam.Data(),mod,row,col); // high gain!
          h2 = (TH2F*)f.Get(hnam);
-
+         
          //TODO: dead channels exclusion!
          if(h2) {
            h1 = h2->ProjectionX();
-           h1->GetXaxis()->SetRange(10,1000); //to cut off saturation peak and noise
+           h1->GetXaxis()->SetRangeUser(10.,1000.); //to cut off saturation peak and noise
            coeff = h1->GetMean()/refMean;
-           if(coeff>0)
-             calibData.SetADCchannelEmc(mod+1,col+1,row+1,1./coeff);
-           else 
-             calibData.SetADCchannelEmc(mod+1,col+1,row+1,1.);
-           AliInfo(Form("mod %d col %d row %d  coeff %f\n",mod,col,row,coeff));
+           if(coeff>0 && h1->GetEntries()>minEntries) {
+             calibData.SetADCchannelEmc(5-mod,col+1,row+1,0.005/coeff);
+             AliInfo(Form("mod %d col %d row %d  coeff %f\n",mod,col,row,coeff));
+           }
          }
-         else
-           calibData.SetADCchannelEmc(mod+1,col+1,row+1,1.); 
        }
       }
     }