HLT data processing implemented.
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPreprocessor.cxx
index 1a8262c..c87bed6 100644 (file)
@@ -26,6 +26,7 @@
 #include "AliPHOSPreprocessor.h"
 #include "AliLog.h"
 #include "AliCDBMetaData.h"
+#include "AliCDBEntry.h"
 #include "AliPHOSEmcCalibData.h"
 #include "TFile.h"
 #include "TH1.h"
 #include "TKey.h"
 #include "TList.h"
 #include "TObjString.h"
+#include "TObjArray.h"
 #include "TObject.h"
 #include "TString.h"
 #include "TMath.h"
+#include "TAxis.h"
 #include "AliPHOSEmcBadChannelsMap.h"
 
 ClassImp(AliPHOSPreprocessor)
@@ -62,148 +65,40 @@ AliPHOSPreprocessor::AliPHOSPreprocessor(AliShuttleInterface* shuttle):
 AliPreprocessor("PHS",shuttle)
 {
   // Constructor
+
+  AddRunType("PHYSICS");
+  AddRunType("STANDALONE");
 }
 
 //_______________________________________________________________________________________
 UInt_t AliPHOSPreprocessor::Process(TMap* /*valueSet*/)
 {
   // process data retrieved by the Shuttle
-
-  // The fileName with the histograms which have been produced by
-  // AliPHOSCalibHistoProducer.
-  // It is a responsibility of the SHUTTLE framework to form the fileName
   
   TString runType = GetRunType();
   Log(Form("Run type: %s",runType.Data()));
 
-  if(runType=="LED") {
+  if(runType=="STANDALONE") {
     Bool_t ledOK = ProcessLEDRun();
     if(ledOK) return 0;
     else
       return 1;
   }
-
-  gRandom->SetSeed(0); //the seed is set to the current  machine clock!
-  AliPHOSEmcCalibData calibData;
-
-  TList* list = GetFileSources(kDAQ, "AMPLITUDES");
-  if(!list) {
-    Log("Sources list not found, exit.");
-    return 1;
-  }
-
-  TIter iter(list);
-  TObjString *source;
   
-  while ((source = dynamic_cast<TObjString *> (iter.Next()))) {
-    AliInfo(Form("found source %s", source->String().Data()));
-
-    TString fileName = GetFile(kDAQ, "AMPLITUDES", source->GetName());
-    AliInfo(Form("Got filename: %s",fileName.Data()));
-
-    TFile f(fileName);
-
-    if(!f.IsOpen()) {
-      Log(Form("File %s is not opened, something goes wrong!",fileName.Data()));
-      return 1;
-    }
-
-    const Int_t nMod=5; // 1:5 modules
-    const Int_t nCol=56; //1:56 columns in each module
-    const Int_t nRow=64; //1:64 rows in each module
-
-    Double_t coeff;
-    char hnam[80];
-    TH2F* h2=0;
-    TH1D* h1=0;
+  if(runType=="PHYSICS") {
     
-    //Get the reference histogram
-    //(author: Gustavo Conesa Balbastre)
-
-    TList * keylist = f.GetListOfKeys();
-    Int_t nkeys   = f.GetNkeys();
-    Bool_t ok = kFALSE;
-    TKey  *key;
-    Int_t ikey = 0;
-    Int_t counter = 0;
-    TH1D* hRef = 0;
-
-    //Check if the file contains any histogram
-    
-    if(nkeys< 2){
-      Log(Form("Not enough histograms (%d) for calibration.",nkeys));
-      return 1;
-    }
-    
-    while(!ok){
-      ikey = gRandom->Integer(nkeys);
-      key = (TKey*)keylist->At(ikey);
-      TObject* obj = f.Get(key->GetName());
-      TString cname(obj->ClassName());
-      if(cname == "TH2F") {
-       h2 = (TH2F*)obj;
-       TString htitl = h2->GetTitle();
-       if(htitl.Contains("and gain 1")) {
-         hRef = h2->ProjectionX();
-         hRef->SetBins(1000,0.,1000.); // to cut off saturation peak at 1023
-         // Check if the reference histogram has too little statistics
-         if(hRef->GetEntries()>2) ok=kTRUE;
-         if(!ok && counter > nkeys){
-           Log("No histogram with enough statistics for reference.");
-           return 1;
-         }
-       }
-      }
-      counter++;
-    }
+    Bool_t badmap_OK = FindBadChannelsEmc();
+    if(!badmap_OK) Log(Form("WARNING!! FindBadChannels() completed with BAD status!"));
     
-    Log(Form("reference histogram %s, %.1f entries, mean=%.3f, rms=%.3f.",
-            hRef->GetName(),hRef->GetEntries(),
-            hRef->GetMean(),hRef->GetRMS()));
-
-    Double_t refMean=hRef->GetMean();
-    
-    // Calculates relative calibration coefficients for all non-zero channels
-    
-    for(Int_t mod=0; mod<nMod; mod++) {
-      for(Int_t col=0; col<nCol; col++) {
-       for(Int_t row=0; row<nRow; row++) {
-
-         //High Gain to Low Gain ratio
-         Float_t ratio = HG2LG(mod,row,col,&f);
-         calibData.SetHighLowRatioEmc(mod+1,col+1,row+1,ratio);
-         
-         sprintf(hnam,"%d_%d_%d_1",mod,row,col); // high gain!
-         h2 = (TH2F*)f.Get(hnam);
-
-         //TODO: dead channels exclusion!
-         if(h2) {
-           h1 = h2->ProjectionX();
-           h1->SetBins(1000,0.,1000.); // to cut off saturation peak at 1023
-           coeff = h1->GetMean()/refMean;
-           if(coeff>0)
-             calibData.SetADCchannelEmc(mod+1,col+1,row+1,1./coeff);
-           else 
-             calibData.SetADCchannelEmc(mod+1,col+1,row+1,1.);
-           AliInfo(Form("mod %d col %d row %d  coeff %f\n",mod,col,row,coeff));
-         }
-         else
-           calibData.SetADCchannelEmc(mod+1,col+1,row+1,1.); 
-       }
-      }
-    }
+    Bool_t calibEmc_OK = CalibrateEmc();
     
-    f.Close();
+    if(calibEmc_OK && badmap_OK) return 0;
+    else
+      return 1;
   }
-  
-  //Store EMC calibration data
-  
-  AliCDBMetaData emcMetaData;
-  Bool_t emcOK = Store("Calib", "EmcGainPedestals", &calibData, &emcMetaData);
 
-  if(emcOK) return 0;
-  else
-    return 1;
+  Log(Form("Unknown run type %s. Do nothing and return OK.",runType.Data()));
+  return 0;
 
 }
 
@@ -299,10 +194,325 @@ Float_t AliPHOSPreprocessor::HG2LG(Int_t mod, Int_t X, Int_t Z, TFile* f)
   gaus1->SetLineColor(kBlue);
   h1->Fit(gaus1,"LERQ+");
 
-  Log(Form("\t%s: %d entries, mean=%.3f, peak=%.3f, rms= %.3f. HG/LG = %.3f\n",
+  AliInfo(Form("%s: %d entries, mean=%.3f, peak=%.3f, rms= %.3f. HG/LG = %.3f\n",
           h1->GetTitle(),h1->GetEntries(),h1->GetMean(),max,h1->GetRMS(),
           gaus1->GetParameter("Mean"))); 
 
   return gaus1->GetParameter("Mean");
 
 }
+
+Bool_t AliPHOSPreprocessor::FindBadChannelsEmc()
+{
+  //Loop over two systems: DAQ and HLT.
+  //For each system the same algorithm implemented in DoFindBadChannelsEmc() invokes.
+
+  TList* list=0;
+  TString path;
+  
+  Int_t system[2] = { kDAQ, kHLT };
+  const char* sysn[] = { "DAQ","HLT" };
+  Bool_t result[2] = { kTRUE, kTRUE };
+
+  for (Int_t i=0; i<2; i++) {
+
+    AliPHOSEmcBadChannelsMap badMap;
+    list = GetFileSources(system[i], "BAD_CHANNELS");
+
+    if(!list) {
+      Log(Form("%s sources list for BAD_CHANNELS not found!",sysn[i]));
+      result[i] = kFALSE;
+      continue;
+    }
+
+    if(!list->GetEntries()) {
+      Log(Form("Got empty sources list. It seems %s DA2 did not produce any files!",sysn[i]));
+      result[i] = kFALSE;
+      continue;
+    }
+
+    result[i] *= DoFindBadChannelsEmc(system[i],list,badMap);
+
+    // Store the bad channels map.
+  
+    AliCDBMetaData md;
+    md.SetResponsible("Boris Polishchuk");
+
+    if(system[i] == kDAQ) 
+      path = "Calib";
+    else 
+      path = "HLT";
+  
+    // Data valid from current run fRun until being updated (validityInfinite=kTRUE)
+    result[i] *= Store(path.Data(), "EmcBadChannels", &badMap, &md, fRun, kTRUE);
+    
+  }
+  
+  if(result[0] || result[1]) return kTRUE;
+  else return kFALSE;
+}
+
+Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoFindBadChannelsEmc(Int_t system, TList* list, AliPHOSEmcBadChannelsMap& badMap)
+{
+  //Creates the bad channels map for PHOS EMC.
+
+  // The file fileName contains histograms which have been produced by DA2 detector algorithm.
+  // It is a responsibility of the SHUTTLE framework to form the fileName.
+
+  TIter iter(list);
+  TObjString *source;
+  char hnam[80];
+  TH1F* h1=0;
+
+  const Float_t fQualityCut = 1.;
+  Int_t nGoods[5] = {0,0,0,0,0};
+  
+  while ((source = dynamic_cast<TObjString *> (iter.Next()))) {
+
+    AliInfo(Form("found source %s", source->String().Data()));
+
+    TString fileName = GetFile(system, "BAD_CHANNELS", source->GetName());
+    AliInfo(Form("Got filename: %s",fileName.Data()));
+
+    TFile f(fileName);
+
+    if(!f.IsOpen()) {
+      Log(Form("File %s is not opened, something goes wrong!",fileName.Data()));
+      return kFALSE;
+    }
+    
+    Log(Form("Begin check for bad channels."));
+    
+    for(Int_t mod=0; mod<5; mod++) {
+      for(Int_t iX=0; iX<64; iX++) {
+       for(Int_t iZ=0; iZ<56; iZ++) {
+
+         sprintf(hnam,"%d_%d_%d_%d",mod,iX,iZ,1); // high gain 
+         h1 = (TH1F*)f.Get(hnam);
+
+         if(h1) {
+           Double_t mean = h1->GetMean();
+           
+           if(mean)
+             Log(Form("iX=%d iZ=%d gain=%d   mean=%.3f\n",iX,iZ,1,mean));
+
+           if( mean>0 && mean<fQualityCut ) { 
+             nGoods[mod]++; 
+           }
+           else
+             badMap.SetBadChannel(mod+1,iZ+1,iX+1); //module, col,row
+         }
+
+       }
+      }
+
+      if(nGoods[mod])
+       Log(Form("Module %d: %d good channels.",mod,nGoods[mod]));
+    }
+
+    
+  } // end of loop over sources
+  
+  return kTRUE;
+}
+
+Bool_t AliPHOSPreprocessor::CalibrateEmc()
+{
+  //Loop over two systems: DAQ and HLT.
+  //For each system the same algorithm implemented in DoCalibrateEmc() invokes.
+
+  const AliPHOSEmcBadChannelsMap* badMap=0;
+  AliCDBEntry* entryBCM=0;
+  TList* list=0;
+  TString path;
+  
+  Int_t system[2] = { kDAQ, kHLT };
+  const char* sysn[] = { "DAQ","HLT" };
+  Bool_t result[2] = { kTRUE, kTRUE };
+
+  for (Int_t i=0; i<2; i++) {
+
+    AliPHOSEmcCalibData calibData;
+    list = GetFileSources(system[i], "AMPLITUDES");
+  
+    if(!list) {
+      Log(Form("%s sources list not found!",sysn[i]));
+      result[i] = kFALSE;
+      continue;
+    }
+
+    if(!list->GetEntries()) {
+      Log(Form("Got empty sources list. It seems %s DA1 did not produce any files!",sysn[i]));
+      result[i] = kFALSE;
+      continue;
+    }
+
+    // Retrieve the Bad Channels Map (BCM)
+
+    if(system[i] == kDAQ) 
+      path = "Calib";
+    else 
+      path = "HLT";
+  
+    entryBCM = GetFromOCDB(path.Data(), "EmcBadChannels");
+
+    if(!entryBCM)
+      Log(Form("WARNING!! Cannot find any AliCDBEntry for [%s, EmcBadChannels]!",path.Data()));
+    else
+      badMap = (AliPHOSEmcBadChannelsMap*)entryBCM->GetObject();
+
+    if(!badMap)
+      Log(Form("WARNING!! Nothing for %s in AliCDBEntry. All cells considered GOOD!",sysn[i]));
+
+    result[i] *= DoCalibrateEmc(system[i],list,badMap,calibData);
+
+    //Store EMC calibration data
+
+    AliCDBMetaData emcMetaData;
+    result[i] *= Store(path.Data(), "EmcGainPedestals", &calibData, &emcMetaData, 0, kTRUE);
+  
+  }
+  
+  if(result[0] || result[1]) return kTRUE;
+  else return kFALSE;
+}
+
+
+Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoCalibrateEmc(Int_t system, TList* list, const AliPHOSEmcBadChannelsMap* badMap, AliPHOSEmcCalibData& calibData)
+{
+  // Return kTRUE if OK.
+  // I.  Calculates the set of calibration coefficients to equalyze the mean energies deposited at high gain.
+  // II. Extracts High_Gain/Low_Gain ratio for each channel.
+
+  // The file fileName contains histograms which have been produced by DA1 detector algorithm.
+  // It is a responsibility of the SHUTTLE framework to form the fileName.
+
+  gRandom->SetSeed(0); //the seed is set to the current  machine clock!
+
+  TIter iter(list);
+  TObjString *source;
+  
+  while ((source = dynamic_cast<TObjString *> (iter.Next()))) {
+    AliInfo(Form("found source %s", source->String().Data()));
+
+    TString fileName = GetFile(system, "AMPLITUDES", source->GetName());
+    AliInfo(Form("Got filename: %s",fileName.Data()));
+
+    TFile f(fileName);
+
+    if(!f.IsOpen()) {
+      Log(Form("File %s is not opened, something goes wrong!",fileName.Data()));
+      return kFALSE;
+    }
+    
+    const Int_t nMod=5; // 1:5 modules
+    const Int_t nCol=56; //1:56 columns in each module
+    const Int_t nRow=64; //1:64 rows in each module
+
+    Double_t coeff;
+    char hnam[80];
+    TH2F* h2=0;
+    TH1D* h1=0;
+    
+    //Get the reference histogram
+    //(author: Gustavo Conesa Balbastre)
+
+    TList * keylist = f.GetListOfKeys();
+    Int_t nkeys   = f.GetNkeys();
+    Bool_t ok = kFALSE;
+    TKey  *key;
+    Int_t ikey = 0;
+    Int_t counter = 0;
+    TH1D* hRef = 0;
+
+    //Check if the file contains any histogram
+    
+    if(nkeys< 2){
+      Log(Form("Not enough histograms (%d) for calibration.",nkeys));
+      return 0;
+    }
+    
+    while(!ok){
+      ikey = gRandom->Integer(nkeys);
+      key = (TKey*)keylist->At(ikey);
+      TObject* obj = f.Get(key->GetName());
+      TString cname(obj->ClassName());
+      if(cname == "TH2F") {
+       h2 = (TH2F*)obj;
+       TString htitl = h2->GetTitle();
+       if(htitl.Contains("and gain 1")) {
+         hRef = h2->ProjectionX();
+         hRef->GetXaxis()->SetRange(10,1000); // to cut off saturation peak and noise
+         // Check if the reference histogram has too little statistics
+         if(hRef->GetMean() && hRef->GetEntries()>2) ok=kTRUE;
+
+         const TString delim = "_";
+         TString str = hRef->GetName();
+         TObjArray* tks = str.Tokenize(delim);
+         const Int_t md = ((TObjString*)tks->At(0))->GetString().Atoi();
+         const Int_t X   = ((TObjString*)tks->At(1))->GetString().Atoi();
+         const Int_t Z   = ((TObjString*)tks->At(2))->GetString().Atoi();
+
+         if(badMap) {
+           if(badMap->IsBadChannel(md+1,Z+1,X+1)) {
+             AliInfo(Form("Cell mod=%d col=%d row=%d is bad. Histogram %s rejected.",
+                          md+1,Z+1,X+1,hRef->GetName()));
+             ok=kFALSE;
+           }
+         }
+
+       }
+      }
+      
+      counter++;
+      
+      if(!ok && counter > nkeys){
+       Log("No histogram with enough statistics for reference. Exit.");
+       return 0;
+      }
+    }
+    
+    Log(Form("reference histogram %s, %.1f entries, mean=%.3f, rms=%.3f.",
+            hRef->GetName(),hRef->GetEntries(),
+            hRef->GetMean(),hRef->GetRMS()));
+
+    Double_t refMean=hRef->GetMean();
+    
+    // Calculates relative calibration coefficients for all non-zero channels
+    
+    for(Int_t mod=0; mod<nMod; mod++) {
+      for(Int_t col=0; col<nCol; col++) {
+       for(Int_t row=0; row<nRow; row++) {
+
+         //High Gain to Low Gain ratio
+         Float_t ratio = HG2LG(mod,row,col,&f);
+         calibData.SetHighLowRatioEmc(mod+1,col+1,row+1,ratio);
+         
+         sprintf(hnam,"%d_%d_%d_1",mod,row,col); // high gain!
+         h2 = (TH2F*)f.Get(hnam);
+
+         //TODO: dead channels exclusion!
+         if(h2) {
+           h1 = h2->ProjectionX();
+           h1->GetXaxis()->SetRange(10,1000); //to cut off saturation peak and noise
+           coeff = h1->GetMean()/refMean;
+           if(coeff>0)
+             calibData.SetADCchannelEmc(mod+1,col+1,row+1,1./coeff);
+           else 
+             calibData.SetADCchannelEmc(mod+1,col+1,row+1,1.);
+           AliInfo(Form("mod %d col %d row %d  coeff %f\n",mod,col,row,coeff));
+         }
+         else
+           calibData.SetADCchannelEmc(mod+1,col+1,row+1,1.); 
+       }
+      }
+    }
+    
+    f.Close();
+  }
+  
+  return 1;
+}
+
+     
+