Fixed memory leaks for #86360: High memory consumption in 2.76TeV p+p RAW reco jobs
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSRawDigiProducer.cxx
index b8b7b85..5e54017 100644 (file)
@@ -16,7 +16,7 @@
 /* $Id$ */
 
 //This class produces PHOS digits of one event
-//using AliPHOSRawDecoder. 
+//using AliPHOSRawFitter. 
 //
 //   For example:
 //   TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliPHOSDigit",100);
 
 // --- AliRoot header files ---
 #include "AliPHOSRawDigiProducer.h"
-#include "AliPHOSRawDecoder.h"
+#include "AliPHOSRawFitterv0.h"
 #include "AliPHOSGeometry.h"
 #include "AliPHOSDigit.h"
-#include "AliPHOSRecoParam.h"
 #include "AliPHOSCalibData.h"
 #include "AliPHOSPulseGenerator.h"
+#include "AliCaloRawStreamV3.h"
 #include "AliLog.h"
 
 ClassImp(AliPHOSRawDigiProducer)
@@ -47,169 +47,284 @@ ClassImp(AliPHOSRawDigiProducer)
 AliPHOSCalibData * AliPHOSRawDigiProducer::fgCalibData  = 0 ; 
 
 //--------------------------------------------------------------------------------------
-AliPHOSRawDigiProducer::AliPHOSRawDigiProducer():TObject(),
-  fEmcMinE(0.),fCpvMinE(0.),fSampleQualityCut(1.),
-  fEmcCrystals(0),fGeom(0),fPulseGenerator(0){
-
-}
-//--------------------------------------------------------------------------------------
-AliPHOSRawDigiProducer::AliPHOSRawDigiProducer(const AliPHOSRecoParam* parEmc, const AliPHOSRecoParam* parCpv):TObject(),
-  fEmcMinE(0.),fCpvMinE(0.),fSampleQualityCut(1.),fEmcCrystals(0),fGeom(0),fPulseGenerator(0){
+AliPHOSRawDigiProducer::AliPHOSRawDigiProducer():
+  TObject(),
+  fEmcMinE(0.),
+  fCpvMinE(0.),
+  fSampleQualityCut(1.),
+  fSampleToSec(0.),
+  fEmcCrystals(0),
+  fGeom(0),
+  fPulseGenerator(0),
+  fRawReader(0),
+  fRawStream(0),
+  fADCValuesLG(0),
+  fADCValuesHG(0)
+{
+  // Default constructor
 
-  if(!parEmc) AliFatal("Reconstruction parameters for EMC not set!");
-  if(!parCpv) AliFatal("Reconstruction parameters for CPV not set!");
+  fGeom=AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+  if(!fGeom) fGeom = AliPHOSGeometry::GetInstance("IHEP");
 
-  fEmcMinE = parEmc->GetMinE();
-  fCpvMinE = parCpv->GetMinE();
+  fEmcCrystals=fGeom->GetNCristalsInModule()*fGeom->GetNModules() ;
+  fPulseGenerator = new AliPHOSPulseGenerator();
+  GetCalibrationParameters() ; 
 
-  fSampleQualityCut = parEmc->GetSampleQualityCut() ;
+}
+//--------------------------------------------------------------------------------------
+AliPHOSRawDigiProducer::AliPHOSRawDigiProducer(AliRawReader *rawReader,
+                                              AliAltroMapping **mapping):
+  TObject(),
+  fEmcMinE(0.),
+  fCpvMinE(0.),
+  fSampleQualityCut(1.),
+  fSampleToSec(0.),
+  fEmcCrystals(0),
+  fGeom(0),
+  fPulseGenerator(0),
+  fRawReader(rawReader),
+  fRawStream(0),
+  fADCValuesLG(0),
+  fADCValuesHG(0)
+{
+  // Default constructor
 
   fGeom=AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
   if(!fGeom) fGeom = AliPHOSGeometry::GetInstance("IHEP");
 
   fEmcCrystals=fGeom->GetNCristalsInModule()*fGeom->GetNModules() ;
-
   fPulseGenerator = new AliPHOSPulseGenerator();
-
   GetCalibrationParameters() ; 
+
+  fRawStream = new AliCaloRawStreamV3(rawReader,"PHOS",mapping);
+
 }
-//--------------------------------------------------------------------------------------                       
-AliPHOSRawDigiProducer::AliPHOSRawDigiProducer(const AliPHOSRawDigiProducer &dp):TObject(),
-  fEmcMinE(0.),fCpvMinE(0.),fSampleQualityCut(1.),fEmcCrystals(0),fGeom(0),fPulseGenerator(0){                                                          
+//--------------------------------------------------------------------------------------
+AliPHOSRawDigiProducer::AliPHOSRawDigiProducer(const AliPHOSRawDigiProducer &dp):
+  TObject(),
+  fEmcMinE(0.),
+  fCpvMinE(0.),
+  fSampleQualityCut(1.),
+  fSampleToSec(0.),
+  fEmcCrystals(0),
+  fGeom(0),
+  fPulseGenerator(0),
+  fRawReader(0),
+  fRawStream(0),
+  fADCValuesLG(0),
+  fADCValuesHG(0)
+
+{                                                          
+  // Copy constructor
 
   fEmcMinE = dp.fEmcMinE ;
   fCpvMinE = dp.fCpvMinE ;
+  fSampleQualityCut = dp.fSampleQualityCut;
+  fSampleToSec = dp.fSampleToSec ;
   fEmcCrystals = dp.fEmcCrystals ;
   fPulseGenerator = new AliPHOSPulseGenerator();
   fGeom = dp.fGeom ;
 }
 //--------------------------------------------------------------------------------------
-AliPHOSRawDigiProducer& AliPHOSRawDigiProducer::operator= (const AliPHOSRawDigiProducer &dp){
+AliPHOSRawDigiProducer& AliPHOSRawDigiProducer::operator= (const AliPHOSRawDigiProducer &dp)
+{
+  // Assign operator
+
   if(&dp == this) return *this;
 
   fEmcMinE = dp.fEmcMinE ;
   fCpvMinE = dp.fCpvMinE ;
   fSampleQualityCut = dp.fSampleQualityCut ;
+  fSampleToSec = dp.fSampleToSec ;
   fEmcCrystals = dp.fEmcCrystals ;
   fGeom = dp.fGeom ;
   if(fPulseGenerator) delete fPulseGenerator ;
   fPulseGenerator = new AliPHOSPulseGenerator();
   return  *this;
 } 
-//--------------------------------------------------------------------------------------                                                   
-AliPHOSRawDigiProducer::~AliPHOSRawDigiProducer(){
- if(fPulseGenerator) delete fPulseGenerator ;
- fPulseGenerator=0 ;
+//--------------------------------------------------------------------------------------
+AliPHOSRawDigiProducer::~AliPHOSRawDigiProducer()
+{
+  // Destructor
+  if(fPulseGenerator) delete fPulseGenerator ;
+  fPulseGenerator=0 ;
+  delete fRawStream;
+  delete [] fADCValuesLG;
+  delete [] fADCValuesHG;
+}
+//--------------------------------------------------------------------------------------
+void AliPHOSRawDigiProducer::MakeDigits(TClonesArray *digits, AliPHOSRawFitterv0* fitter) 
+{
+  // Create a temporary array of LG digits and then make digits from raw data
+
+  TClonesArray *tmpLG = new TClonesArray("AliPHOSDigit",10000) ;
+  MakeDigits(digits, tmpLG, fitter);
+  tmpLG->Delete();
+  delete tmpLG;
 }
 //--------------------------------------------------------------------------------------
-void AliPHOSRawDigiProducer::MakeDigits(TClonesArray *digits, AliPHOSRawDecoder* decoder) 
+void AliPHOSRawDigiProducer::MakeDigits(TClonesArray *digits, TClonesArray *tmpDigLG, AliPHOSRawFitterv0* fitter) 
 {
   //Makes the job.
-  //TClonesArray *digits and raw data decoder should be provided by calling function.
+  //TClonesArray *digits, *tmpDigLG and raw data fitter should be provided by calling function.
 
   digits->Clear();
  
-  Int_t    iDigit   = 0 ;
-  Int_t relId[4], absId =0;
-
+  Int_t iDigit=0 ;
+  Int_t relId[4], absId=-1, caloFlag=-1;
+  
   const Double_t baseLine=1. ; //Minimal energy of digit in ADC ch. 
-  const Double_t highLowDiff=2. ; //Maximal difference between High and Low channels in LG adc channels 
 
-  //Temporary array for LowGain digits
-  TClonesArray tmpLG("AliPHOSDigit",10000) ;
-  Int_t ilgDigit=0 ;
+  //Calculate conversion coeff. from Sample time step to seconds
+  //If OCDB contains negative or zero value - use one from RCU trailer
+  //Negative value in OCDB is used only for simulation of raw digits
+  if(fgCalibData->GetSampleTimeStep()>0.)
+    fSampleToSec=fgCalibData->GetSampleTimeStep() ;
+  else
+    fSampleToSec=fRawStream->GetTSample() ;
   
-  while (decoder->NextDigit()) {
-
-    Double_t energy=decoder->GetEnergy() ; 
-    if(energy<=baseLine) //in ADC channels
-      continue ;
-
-    //remove digits with bas shape. Decoder should calculate quality so that 
-    //in default case quality [0,1], while larger values of quality mean somehow 
-    //corrupted samples, 999 means obviously corrupted sample.
-    if(decoder->GetSampleQuality() > fSampleQualityCut )
-       continue ;
-
-    Bool_t lowGainFlag = decoder->IsLowGain();
-
-    relId[0] = decoder->GetModule();
-    relId[1] = 0;
-    relId[2] = decoder->GetRow();
-    relId[3] = decoder->GetColumn();
-    fGeom->RelToAbsNumbering(relId, absId);
-
-    Double_t time = decoder->GetTime() ;
-    time = CalibrateT(time,relId,lowGainFlag) ;
-
-    energy = CalibrateE(energy,relId,lowGainFlag) ;
-
-    if(energy <= 0.) 
-       continue;
-
-    if(lowGainFlag){
-      new(tmpLG[ilgDigit]) AliPHOSDigit(-1,absId,(Float_t)energy,(Float_t)time);
-      ilgDigit++ ; 
-    }
-    else{ 
-      if(decoder->IsOverflow()) //Keep this digit to replace it by Low Gain later.
-                                //If there is no LogGain it wil be removed by cut on Min E
-        new((*digits)[iDigit]) AliPHOSDigit(-1,absId,-1.f,(Float_t)time);
-      else
-        new((*digits)[iDigit]) AliPHOSDigit(-1,absId,(Float_t)energy,(Float_t)time);
-      iDigit++;
-    }
-  }
+  // Clear a temporary array for LowGain digits
+  tmpDigLG->Clear();
+  Int_t ilgDigit=0 ;
 
-  //Now scan created LG and HG digits and keep only those which appeared in both lists 
-  //replace energy of HighGain digits only if there is overflow
-  //negative energy (overflow)
-  digits->Sort() ;
-  tmpLG.Sort() ;
-  Int_t iLG = 0;
-  Int_t nLG1 = tmpLG.GetEntriesFast()-1 ;
-
-  for(Int_t iDig=0 ; iDig < digits->GetEntriesFast() ; iDig++) { 
-    AliPHOSDigit * digHG = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>(digits->At(iDig)) ;
-    if (!digHG) continue;
-    AliPHOSDigit * digLG = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>(tmpLG.At(iLG)) ;
-    while(iLG<nLG1 && digHG->GetId()> digLG->GetId()){
-      iLG++ ;
-      digLG = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>(tmpLG.At(iLG)) ;
-    }
-    if(digLG && digHG->GetId() == digLG->GetId()){ //we found pair
-      if(digHG->GetEnergy()<0.){ //This is overflow in HG
-        digHG->SetTime(digLG->GetTime()) ;
-        digHG->SetEnergy(digLG->GetEnergy()) ;
-      } 
-      else{ //Make approximate comparison of HG and LG energies
-        Double_t de = (digHG->GetEnergy()-digLG->GetEnergy())/16./0.005 ; //aproximate difference in LG ADC ch. 
-        if(TMath::Abs(de)>highLowDiff){ //too strong difference, remove digit
-          digits->RemoveAt(iDig) ;
-        }
+  //Let fitter subtract pedestals in case of ZS
+  fitter->SetCalibData(fgCalibData) ;
+  
+  while (fRawStream->NextDDL()) {
+    while (fRawStream->NextChannel()) {
+      relId[0] = 5 - fRawStream->GetModule() ; // counts from 1 to 5
+      relId[1] = 0;
+      relId[2] = fRawStream->GetCellX()  + 1; // counts from 1 to 64
+      relId[3] = fRawStream->GetCellZ()  + 1; // counts from 1 to 56
+      caloFlag = fRawStream->GetCaloFlag();   // 0=LG, 1=HG, 2=TRU
+      
+      if(caloFlag!=0 && caloFlag!=1) continue; //TRU data!
+      
+      fitter->SetChannelGeo(relId[0],relId[2],relId[3],caloFlag);
+
+      if(fitter->GetAmpOffset()==0 && fitter->GetAmpThreshold()==0) {
+       short value = fRawStream->GetAltroCFG1();
+       bool ZeroSuppressionEnabled = (value >> 15) & 0x1;
+       if(ZeroSuppressionEnabled) {
+         short offset = (value >> 10) & 0xf;
+         short threshold = value & 0x3ff;
+         fitter->SubtractPedestals(kFALSE);
+         fitter->SetAmpOffset(offset);
+         fitter->SetAmpThreshold(threshold);
+       }
       }
-    }
-    else{ //no pair - remove
-      // temporary fix for dead LG channels
-      Int_t absId=digHG->GetId() ;
-      Int_t relId[4] ;
+      
+      fGeom->RelToAbsNumbering(relId, absId);
+      
+      fitter->SetNBunches(0);
+      Int_t sigStart =0 ;
+      Int_t sigLength=0 ;
+      while (fRawStream->NextBunch()) { //Take the first in time bunch
+       const UShort_t *sig = fRawStream->GetSignals();
+       sigStart  = fRawStream->GetStartTimeBin();
+       sigLength = fRawStream->GetBunchLength();
+       fitter->Eval(sig,sigStart,sigLength);
+       if      (caloFlag == AliCaloRawStreamV3::kLowGain) {
+         delete [] fADCValuesLG;
+         fADCValuesLG = new Int_t[sigLength];
+         for (Int_t i=0; i<sigLength; i++)
+           fADCValuesLG[sigLength-i-1] = sig[i];
+       }
+       else if (caloFlag == AliCaloRawStreamV3::kHighGain) {
+         delete [] fADCValuesHG;
+         fADCValuesHG = new Int_t[sigLength];
+         for (Int_t i=0; i<sigLength; i++)
+           fADCValuesHG[sigLength-i-1] = sig[i];
+       }
+      } // End of NextBunch()
+
+      
+      Double_t energy = fitter->GetEnergy() ; 
+      Double_t time   = fitter->GetTime() ;
+      if(energy<=baseLine) //in ADC channels
+       continue ;
+
+      //remove digits with bad shape. Fitter should calculate quality so that 
+      //in default case quality [0,1], while larger values of quality mean somehow 
+      //corrupted samples, 999 means obviously corrupted sample.
+      //It is difficult to fit samples with overflow (even setting cut on overflow values)
+      //because too few points are left to fit. So we do not evaluate samples with overflow
+
+      if(fitter->GetSignalQuality() > fSampleQualityCut && !(fitter->IsOverflow()))
+       continue ;
+      
+      energy = CalibrateE(energy,relId,!caloFlag) ;
+
+      //convert time from sample bin units to s
+      time*=fSampleToSec ;
+//CalibrateT moved to Clusterizer
+//      time = CalibrateT(time,relId,!caloFlag) ;
+      // subtract RCU L1 phase (L1Phase is in seconds) w.r.t. L0:
+      time -= fRawStream->GetL1Phase();
+
+
+      
+      if(energy <= 0.) 
+       continue;
+      
+      if (caloFlag == AliCaloRawStreamV3::kLowGain) {
+       new((*tmpDigLG)[ilgDigit]) AliPHOSDigit(-1,absId,(Float_t)energy,(Float_t)time);
+       if (sigLength>0 && fADCValuesLG!=0)
+         static_cast<AliPHOSDigit*>(tmpDigLG->At(ilgDigit))->SetALTROSamplesLG(sigLength,fADCValuesLG);
+       ilgDigit++ ; 
+      }
+      else if (caloFlag == AliCaloRawStreamV3::kHighGain) {
+       if(fitter->IsOverflow()) //Keep this digit to replace it by Low Gain later.
+         //If there is no LogGain it wil be removed by cut on Min E
+         new((*digits)[iDigit]) AliPHOSDigit(-1,absId,-1.f,(Float_t)time);
+       else
+         new((*digits)[iDigit]) AliPHOSDigit(-1,absId,(Float_t)energy,(Float_t)time);
+       if (sigLength>0 && fADCValuesHG!=0)
+         static_cast<AliPHOSDigit*>(digits->At(iDigit))->SetALTROSamplesHG(sigLength,fADCValuesHG);
+       iDigit++;
+      }
+    } // End of NextChannel()
+
+    //Now scan created LG and HG digits and keep only those which appeared in both lists 
+    //replace energy of HighGain digits only if there is overflow
+    //negative energy (overflow)
+    digits->Sort() ;
+    tmpDigLG->Sort() ;
+    Int_t iLG = 0;
+    Int_t nLG1 = tmpDigLG->GetEntriesFast()-1 ;
+    
+    for(Int_t iDig=0 ; iDig < digits->GetEntriesFast() ; iDig++) { 
+      AliPHOSDigit * digHG = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>(digits->At(iDig)) ;
+      if (!digHG) continue;
+      AliPHOSDigit * digLG = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>(tmpDigLG->At(iLG)) ;
+      while(digLG && iLG<nLG1 && digHG->GetId()> digLG->GetId()){
+       iLG++ ;
+       digLG = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>(tmpDigLG->At(iLG)) ;
+      }
+      absId=digHG->GetId() ;
       fGeom->AbsToRelNumbering(absId,relId) ;
-      if(relId[2]%2==1 && relId[3]%16==4) 
-        continue ;
-      if(digHG->GetEnergy()>16*5*0.005) //LG too low to exist
-        digits->RemoveAt(iDig) ;                                                                                                            
+      if(digLG && digHG->GetId() == digLG->GetId()){ //we found pair
+       if(digHG->GetEnergy()<0.){ //This is overflow in HG
+         digHG->SetTime(digLG->GetTime()) ;
+         digHG->SetEnergy(digLG->GetEnergy()) ;
+       }
+      }
+      else{ //no pair - remove
+       if(digHG->GetEnergy()<0.) //no pair, in saturation
+         digits->RemoveAt(iDig) ;                                                          
+      }
     }
-  }
+  } // End of NextDDL()
 
   CleanDigits(digits) ;
-
+  
 }
 //____________________________________________________________________________
 Double_t AliPHOSRawDigiProducer::CalibrateE(Double_t amp, Int_t* relId, Bool_t isLowGain)
 {
-  // Convert EMC measured amplitude into real energy.
-  // Calibration parameters are taken from calibration data base for raw data,
-  // or from digitizer parameters for simulated data.                        
+  // Convert EMC LG amplitude to HG (multipli by ~16)
+  // Calibration parameters are taken from calibration data base 
   if(fgCalibData){ 
     Int_t   module = relId[0];  
     Int_t   column = relId[3];
@@ -218,7 +333,6 @@ Double_t AliPHOSRawDigiProducer::CalibrateE(Double_t amp, Int_t* relId, Bool_t i
       if(isLowGain){
         amp*= fgCalibData->GetHighLowRatioEmc(module,column,row);
       }
-      amp *= fgCalibData->GetADCchannelEmc(module,column,row);                                                          
       return amp ;         
     }         
   }          
@@ -228,7 +342,6 @@ Double_t AliPHOSRawDigiProducer::CalibrateE(Double_t amp, Int_t* relId, Bool_t i
 Double_t AliPHOSRawDigiProducer::CalibrateT(Double_t time, Int_t * relId, Bool_t /* isLowGain */)
 {
   //Calibrate time
-  time*=fPulseGenerator->GetRawFormatTimeTrigger() ;
   if(fgCalibData){
     Int_t   module = relId[0];
     Int_t   column = relId[3];
@@ -266,7 +379,7 @@ void AliPHOSRawDigiProducer::CleanDigits(TClonesArray * digits)
     if(isBadMap){ //check bad map now
       Int_t relid[4] ;
       fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ; 
-      if(fgCalibData->IsBadChannelEmc(relid[0],relid[2],relid[3])){
+      if(fgCalibData->IsBadChannelEmc(relid[0],relid[3],relid[2])){
        digits->RemoveAt(i) ;
       }
     }