]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/AliPHOSTrigger.cxx
Adding the array of the recosntruction parameters (Marian)
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSTrigger.cxx
index 4082d7d11f5f771beaf507527e23b9ebf6203ac2..2bcbe394c5bcc5b25a1ea48e3cda35c31b9ce9ff 100644 (file)
  **************************************************************************/
 /* $Id$ */
 
-
 //_________________________________________________________________________  
-//
 //  Class for trigger analysis.
-//  Digits are grouped in TRU's (16x28 crystals). The algorithm searches all  
-//  possible 4x4 crystal combinations and per each TRU, adding the digits 
-//  amplitude and finding the maximum. Maximums are compared to triggers 
-//  threshold and they are set.
-// 
+//  Digits are grouped in TRU's (Trigger Units). A TRU consist of 16x28 
+//  crystals ordered fNTRUPhi x fNTRUZ. The algorithm searches all possible 
+//  2x2 and nxn (n multiple of 2) crystal combinations per each TRU, adding the 
+//  digits amplitude and  finding the maximum. If found, look if it is isolated.
+//  Maxima are transformed in ADC time samples. Each time bin is compared to the trigger 
+//  threshold until it is larger and then, triggers are set. Thresholds need to be fixed. 
+//  Usage:
+//
+//  //Inside the event loop
+//  AliPHOSTrigger *tr = new AliPHOSTrigger();//Init Trigger
+//  tr->SetL0Threshold(100);
+//  tr->SetL1JetLowPtThreshold(1000);
+//  tr->SetL1JetMediumPtThreshold(10000);
+//  tr->SetL1JetHighPtThreshold(20000);
+//  ....
+//  tr->Trigger(); //Execute Trigger
+//  tr->Print(""); //Print data members after calculation.
+//  
+//
 //*-- Author: Gustavo Conesa & Yves Schutz (IFIC, CERN) 
 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
 
 // --- ROOT system ---
-#include "TMatrixD.h"
+#include "TMath.h"
 
 // --- ALIROOT system ---
+#include "AliConfig.h"
+#include "AliPHOS.h"
 #include "AliPHOSTrigger.h" 
 #include "AliPHOSGeometry.h"
-#include "AliPHOSGetter.h" 
+#include "AliPHOSDigit.h" 
+#include "AliPHOSLoader.h" 
+#include "AliPHOSPulseGenerator.h" 
 #include "AliTriggerInput.h"
 
 
@@ -41,192 +57,418 @@ ClassImp(AliPHOSTrigger)
 
 //______________________________________________________________________
 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger()
-  : AliTriggerDetector(), fNTRU(8), fNTRUZ(2), fNTRUPhi(4), fL0Threshold(50), 
-    fL1LowThreshold(1200), fL1MediumThreshold(12000), fL1HighThreshold(30000) 
+  : AliTriggerDetector(),
+    f2x2MaxAmp(-1), f2x2CrystalPhi(-1),  f2x2CrystalEta(-1), f2x2SM(0),
+    fnxnMaxAmp(-1), fnxnCrystalPhi(-1),  fnxnCrystalEta(-1), fnxnSM(0),
+    fADCValuesHighnxn(0), fADCValuesLownxn(0),
+    fADCValuesHigh2x2(0), fADCValuesLow2x2(0), fDigitsList(0),
+    fAmptrus(0), fAmpmods(0), fTimeRtrus(0),
+    fL0Threshold(50), fL1JetLowPtThreshold(200),   fL1JetMediumPtThreshold(500),  
+    fL1JetHighPtThreshold(1000),
+    fNTRU(8), fNTRUZ(2), fNTRUPhi(4), 
+    fNCrystalsPhi(16),
+    fNCrystalsZ(28),
+    fPatchSize(1), fIsolPatchSize(1), 
+    f2x2AmpOutOfPatch(-1), fnxnAmpOutOfPatch(-1), 
+    f2x2AmpOutOfPatchThres(2),  fnxnAmpOutOfPatchThres(2), //2 GeV out of patch 
+    fIs2x2Isol(kFALSE), fIsnxnIsol(kFALSE),  
+    fSimulation(kTRUE), fIsolateInModule(kTRUE)
 {
   //ctor
+  fADCValuesHighnxn = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
+  fADCValuesLownxn  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
+  fADCValuesHigh2x2 = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
+  fADCValuesLow2x2  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
 
-   SetName("PHOS");
-   CreateInputs();
-   
-   //Print("all") ; 
+  SetName("PHOS");
+  CreateInputs();
+  
+  fAmptrus   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
+  fAmpmods   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
+  fTimeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 }
 
-
-
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger(const AliPHOSTrigger & trig) 
-  : AliTriggerDetector(trig) 
+AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger(const AliPHOSTrigger & trig) : 
+  AliTriggerDetector(trig),
+  f2x2MaxAmp(trig.f2x2MaxAmp),
+  f2x2CrystalPhi(trig.f2x2CrystalPhi),
+  f2x2CrystalEta(trig.f2x2CrystalEta),
+  f2x2SM(trig.f2x2SM),
+  fnxnMaxAmp(trig.fnxnMaxAmp),
+  fnxnCrystalPhi(trig.fnxnCrystalPhi),
+  fnxnCrystalEta(trig.fnxnCrystalEta),
+  fnxnSM(trig.fnxnSM),
+  fADCValuesHighnxn(trig.fADCValuesHighnxn),
+  fADCValuesLownxn(trig.fADCValuesLownxn),
+  fADCValuesHigh2x2(trig.fADCValuesHigh2x2),
+  fADCValuesLow2x2(trig.fADCValuesLow2x2),
+  fDigitsList(trig.fDigitsList),
+  fAmptrus(trig.fAmptrus), fAmpmods(trig.fAmpmods), fTimeRtrus(trig.fTimeRtrus),
+  fL0Threshold(trig.fL0Threshold),
+  fL1JetLowPtThreshold(trig.fL1JetLowPtThreshold),
+  fL1JetMediumPtThreshold(trig.fL1JetMediumPtThreshold), 
+  fL1JetHighPtThreshold(trig.fL1JetHighPtThreshold),
+  fNTRU(trig.fNTRU),
+  fNTRUZ(trig.fNTRUZ),
+  fNTRUPhi(trig.fNTRUPhi),
+  fNCrystalsPhi(trig.fNCrystalsPhi),
+  fNCrystalsZ(trig. fNCrystalsZ),
+  fPatchSize(trig.fPatchSize),
+  fIsolPatchSize(trig.fIsolPatchSize), 
+  f2x2AmpOutOfPatch(trig.f2x2AmpOutOfPatch), 
+  fnxnAmpOutOfPatch(trig.fnxnAmpOutOfPatch), 
+  f2x2AmpOutOfPatchThres(trig.f2x2AmpOutOfPatchThres),  
+  fnxnAmpOutOfPatchThres(trig.fnxnAmpOutOfPatchThres), 
+  fIs2x2Isol(trig.fIs2x2Isol),
+  fIsnxnIsol(trig.fIsnxnIsol),  
+  fSimulation(trig.fSimulation), 
+  fIsolateInModule(trig.fIsolateInModule)
 {
-
   // cpy ctor
-  fNTRU              = trig.fNTRU ; 
-  fNTRUZ             = trig.fNTRUZ ; 
-  fNTRUPhi           = trig.fNTRUPhi ; 
-  fL0Threshold       = trig.fL0Threshold ; 
-  fL1LowThreshold    = trig.fL1LowThreshold ;
-  fL1MediumThreshold = trig.fL1MediumThreshold ;
-  fL1HighThreshold   = trig.fL1HighThreshold ;
+}
 
+//_________________________________________________________________________
+AliPHOSTrigger::~AliPHOSTrigger() 
+{
+  // dtor
+  
+  if(fADCValuesHighnxn)delete [] fADCValuesHighnxn;
+  if(fADCValuesLownxn)delete [] fADCValuesLownxn;
+  if(fADCValuesHigh2x2)delete []  fADCValuesHigh2x2;
+  if(fADCValuesLow2x2)delete [] fADCValuesLow2x2;
+  // fDigitsList is now ours...
+  if(fAmptrus)   { fAmptrus->Delete()  ; delete fAmptrus  ; }
+  if(fAmpmods)   { fAmpmods->Delete()  ; delete fAmpmods  ; }
+  if(fTimeRtrus) { fTimeRtrus->Delete(); delete fTimeRtrus; }
+}
+
+//_________________________________________________________________________
+AliPHOSTrigger & AliPHOSTrigger::operator = (const AliPHOSTrigger &)
+{
+  Fatal("operator =", "no implemented");
+  return *this;
 }
 
-//----------------------------------------------------------------------
 void AliPHOSTrigger::CreateInputs()
 {
    // inputs 
    
    // Do not create inputs again!!
    if( fInputs.GetEntriesFast() > 0 ) return;
+
+   TString name = GetName();
    
-   fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_MB_L0", "PHOS Minimum Bias L0",  0x01 ) );
-   fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_HPt_L1", "PHOS High Pt L1", 0x02 ) );
-   fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_MPt_L1", "PHOS Medium Pt L1", 0x04 ) );
-   fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_LPt_L1", "PHOS Low Pt L1", 0x08 ) );
+   fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_L0",       name, 0 ) );
+   fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetHPt_L1",name, 1 ) );
+   fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetMPt_L1",name, 1 ) );
+   fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetLPt_L1",name, 1 ) );
  
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-TClonesArray *  AliPHOSTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits,
-                                       const AliPHOSGeometry * geom,
-                                       const Int_t nModules, 
-                                       const Int_t nCrystalsPhi, 
-                                       const Int_t nCrystalsZ) const {
+void AliPHOSTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits, const AliPHOSGeometry * geom) const {
 
-  //Orders digits ampitudes list in 8 TRUs (16x28 crystals) per module. 
-  //Each TRU is a TMatrixD, and they are kept in TClonesArrays.
+  //Orders digits ampitudes list and times in fNTRU TRUs (28x16 crystals) 
+  //per module. Each TRU is a TMatrixD, and they are kept in TClonesArrays. 
+  //In a module, the number of TRU in phi is fNTRUPhi, and the number of 
+  //TRU in eta is fNTRUZ. Also fill a matrix with all amplitudes in module for isolation studies. 
 
-  //Initilize variables
+  //Check data members
+  
+  if(fNTRUZ*fNTRUPhi != fNTRU)
+    Error("FillTRU"," Wrong number of TRUS per Z or Phi");
 
-  //const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ;
+  //Initilize and declare variables
+  Int_t nModules     = geom->GetNModules();
+  Int_t relid[4] ; 
+  Float_t amp   = -1;
+  Float_t timeR = -1;
+  Int_t id      = -1;
 
-  TClonesArray * matrix = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
+  //List of TRU matrices initialized to 0.
   for(Int_t k = 0; k < fNTRU*nModules ; k++){
-    TMatrixD  * trus = new TMatrixD(nCrystalsPhi,nCrystalsZ) ;
-    for(Int_t i = 0; i < nCrystalsPhi; i++)
-      for(Int_t j = 0; j < nCrystalsZ; j++)
-       (*trus)(i,j) = 0.0;
-    new((*matrix)[k]) TMatrixD(*trus) ;
+    TMatrixD   amptrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
+    TMatrixD   timeRtrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
+    for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi; i++){
+      for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ; j++){
+       amptrus(i,j)   = 0.0;
+       timeRtrus(i,j) = 0.0;
+      }
+    }
+    new((*fAmptrus)[k])   TMatrixD(amptrus) ;
+    new((*fTimeRtrus)[k]) TMatrixD(timeRtrus) ; 
   }
+
+  //List of Modules matrices initialized to 0.
+  Int_t nmodphi = geom->GetNPhi();
+  Int_t nmodz = geom->GetNZ();
   
-  AliPHOSDigit * dig ;
-  
-  //Declare variables
-  Int_t relid[4] ; 
-  Float_t amp = 0;
+  for(Int_t k = 0; k < nModules ; k++){
+    TMatrixD  ampmods(nmodphi,nmodz) ;
+    for(Int_t i = 0; i < nmodphi; i++){
+      for(Int_t j = 0; j < nmodz; j++){
+       ampmods(i,j)   = 0.0;
+      }
+    }
+    new((*fAmpmods)[k])   TMatrixD(ampmods) ;
+  }
   
+  AliPHOSDigit * dig ;
+  //Digits loop to fill TRU matrices with amplitudes.
   for(Int_t idig = 0 ; idig < digits->GetEntriesFast() ; idig++){
     
-    dig = static_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(idig)) ;
-    amp = dig->GetAmp() ; //Energy of the digit (arbitrary units)          
-    geom->AbsToRelNumbering(dig->GetId(), relid) ;//Transform digit number into 4 numbers
+    dig    = static_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(idig)) ;
+    amp    = dig->GetEnergy() ;   // Energy of the digit 
+    id     = dig->GetId() ;    // Id label of the cell
+    timeR  = dig->GetTimeR() ; // Earliest time of the digit
+    geom->AbsToRelNumbering(id, relid) ;
+    //Transform digit number into 4 numbers
     //relid[0] = module
     //relid[1] = EMC (0) or CPV (-1)
     //relid[2] = row <= 64 (fNPhi)
     //relid[3] = column <= 56 (fNZ)
     
-    if(relid[1] == 0){
-      
-      Int_t ntru = 1;
-      Int_t row  = 1;
-      Int_t col  = 1;
-      //Check which TRU in the module. It is divided in a (4,2) matrix.
-      //Fill the TRU matrix (16,28)
-      
-      Int_t i = 0 ;
-      for(i = 1; i < fNTRUZ ; i++)      
-       if(relid[3] > nCrystalsZ*i && relid[3] <= nCrystalsZ*(i+1))
-         col = i+1;
+    if(relid[1] == 0){//Not CPV, Only EMC digits
+      //############# TRU ###################
+      //Check to which TRU in the supermodule belongs the crystal. 
+      //Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension 
+      //(fNTRUPhi,fNTRUZ).
+      //Each TRU is a crystal matrix of dimension (fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ)
       
-      for(i = 1; i < fNTRUPhi ; i++)      
-       if(relid[2] > nCrystalsPhi*i && relid[2] <= nCrystalsPhi*(i+1))
-         row = i+1;
+      //First calculate the row and column in the supermodule 
+      //of the TRU to which the crystal belongs.
+      Int_t col   = (relid[3]-1)/fNCrystalsZ+1; 
+      Int_t row   = (relid[2]-1)/fNCrystalsPhi+1;
+      //Calculate label number of the TRU  
+      Int_t itru  = (row-1) + (col-1)*fNTRUPhi + (relid[0]-1)*fNTRU ;
+
+      //Fill TRU matrix with crystal values
+      TMatrixD * amptrus   = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmptrus  ->At(itru)) ;
+      TMatrixD * timeRtrus = dynamic_cast<TMatrixD *>(fTimeRtrus->At(itru)) ;
 
-      ntru     = col*row + (relid[0]-1)*fNTRU - 1;
-      TMatrixD * trus = dynamic_cast<TMatrixD *>(matrix->At(ntru)) ;
+      //Calculate row and column of the crystal inside the TRU with number itru
+      Int_t irow = (relid[2]-1) - (row-1) *  fNCrystalsPhi;    
+      Int_t icol = (relid[3]-1) - (col-1) *  fNCrystalsZ;
+      
+      (*amptrus)(irow,icol)   = amp ;
+      (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
 
-      Int_t nrow = (relid[2]-1) - (row-1) *  nCrystalsPhi;     
-      Int_t ncol = (relid[3]-1) - (col-1) *  nCrystalsZ;
-     
-      (*trus)(nrow,ncol) = amp ;
+      //####################MODULE MATRIX ##################
+      TMatrixD * ampmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpmods->At(relid[0]-1)) ;
+      (*ampmods)(relid[2]-1,relid[3]-1)   = amp ;
     }
   }
-  return matrix;
+}
+
+//______________________________________________________________________
+void AliPHOSTrigger::GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(Int_t itru, Int_t iphitru, Int_t ietatru,Int_t &iphiMod,Int_t &ietaMod) const 
+{
+  // This method transforms the (eta,phi) index of a crystals in a 
+  // TRU matrix into Super Module (eta,phi) index.
+  
+  // Calculate in which row and column in which the TRU are 
+  // ordered in the SM
+  Int_t col = itru/ fNTRUPhi + 1;
+  Int_t row = itru - (col-1)*fNTRUPhi + 1;
+  
+  //Calculate the (eta,phi) index in SM
+  
+  iphiMod = fNCrystalsPhi*(row-1) + iphitru + 1 ;
+  ietaMod = fNCrystalsZ*(col-1)   + ietatru + 1 ;
+
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSTrigger::MakeSlidingCell(const TClonesArray * trus, 
-                                    const Int_t mod,  
-                                    const Int_t nCrystalsPhi,
-                                    const Int_t nCrystalsZ,
-                                    Float_t *ampmax){
-
-  //Sums energy of all possible 4x4 crystals per each TRU. Fast signal 
-  //in the experiment is given by 2x2 crystals, for this reason we loop 
-  //inside the TRU crystals by 2. 
+Bool_t AliPHOSTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const Int_t imod, const Int_t mtru, const Float_t maxamp, const Int_t maxphi, const Int_t maxeta) {
+
+  //Calculate if the maximum patch found is isolated, find amplitude around maximum (2x2 or nxn) patch, 
+  //inside isolation patch . iPatchType = 0 means calculation for 2x2 patch, 
+  //iPatchType = 1 means calculation for nxn patch.
+  //In the next table there is an example of the different options of patch size and isolation patch size:
+  //                                                                                 Patch Size (fPatchSize)
+  //                                                             0                          1                                  2
+  //          fIsolPatchSize                 2x2 (not overlap)   4x4 (overlapped)        6x6(overlapped) ...
+  //                   1                                       4x4                      8x8                              10x10
+  //                   2                                       6x6                     12x12                           14x14    
+  //                   3                                       8x8                     16x16                           18x18
+                          
+  Bool_t b = kFALSE;
+  Float_t amp = 0;
  
-  Float_t amp = 0 ;
+ //Get matrix of TRU or Module with maximum amplitude patch.
+  Int_t itru = mtru+imod*fNTRU ; //number of tru, min 0 max 8*5.
+  TMatrixD * ampmatrix   = 0x0;
+  Int_t colborder = 0;
+  Int_t rowborder = 0;
+
+  if(fIsolateInModule){
+    ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpmods->At(imod)) ;
+    rowborder = fNCrystalsPhi*fNTRUPhi;
+    colborder = fNCrystalsZ*fNTRUZ;
+    AliDebug(2,"Isolate trigger in Module");
+  }
+  else{
+    ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmptrus->At(itru)) ;
+    rowborder = fNCrystalsPhi;
+    colborder = fNCrystalsZ;
+    AliDebug(2,"Isolate trigger in TRU");
+  }
 
-  for(Int_t i = 0 ; i < fNTRU ; i++)   
-    ampmax[i] = 0 ;
+  //Define patch cells
+  Int_t isolcells = fIsolPatchSize*(1+iPatchType);
+  Int_t ipatchcells = 2*(1+fPatchSize*iPatchType);
+  Int_t minrow =  maxphi - isolcells;
+  Int_t mincol =  maxeta - isolcells;
+  Int_t maxrow =  maxphi + isolcells + ipatchcells;
+  Int_t maxcol = maxeta +  isolcells + ipatchcells;
 
-  //Loop over all TRUS in a module
-  for(Int_t itru = 0 + (mod - 1) * fNTRU ; itru < mod*fNTRU ; itru++){
-    TMatrixD * tru = dynamic_cast<TMatrixD *>(trus->At(itru)) ;
-    //Sliding 2x2 cell
-    //ampmax[itru-(mod-1)*8]=0.0;       
-    for(Int_t irow = 0 ; irow <  nCrystalsPhi; irow += 2){ 
-      for(Int_t icol = 0 ; icol < nCrystalsZ ; icol += 2){
-       amp = 0;
-       if( (irow+3) < nCrystalsPhi && (icol+3) < nCrystalsZ){//Avoid exit the TRU
-         for(Int_t i = irow; i < irow + 4 ; i++){
-           for(Int_t j = icol; j < icol + 4 ; j++){
-             amp += (*tru)(i,j) ;
-           }
-         }
-       }
-       if(amp > ampmax[itru-(mod-1)*fNTRU])
-         ampmax[itru-(mod-1)*fNTRU] = amp ;
-      }
-    }
+  AliDebug(2,Form("Number of added Isol Cells %d, Patch Size %d",isolcells, ipatchcells));
+  AliDebug(2,Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
+  
+  if(minrow < 0 || mincol < 0 || maxrow > rowborder || maxcol > colborder){
+    AliDebug(1,Form("Out of Module/TRU range, cannot isolate patch"));
+    return kFALSE;
+  }
+
+  //Add amplitudes in all isolation patch
+  for(Int_t irow = minrow ; irow <  maxrow; irow ++)
+    for(Int_t icol = mincol ; icol < maxcol ; icol ++)
+      amp += (*ampmatrix)(irow,icol);
+
+  AliDebug(2,Form("Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
+
+  if(TMath::Nint(amp*1E5) < TMath::Nint(maxamp*1E5)){
+    AliError(Form("Bad sum: Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
+    return kFALSE;
+  }
+  else
+    amp-=maxamp; //Calculate energy in isolation patch that do not comes from maximum patch.
+  
+  AliDebug(2, Form("Maximum amplitude %f, Out of patch %f",maxamp, amp));
+
+  //Fill isolation amplitude data member and say if patch is isolated.
+  if(iPatchType == 0){ //2x2 case
+    f2x2AmpOutOfPatch = amp;   
+    if(amp < f2x2AmpOutOfPatchThres)
+      b=kTRUE;
   }
+  else  if(iPatchType == 1){ //nxn case
+    fnxnAmpOutOfPatch = amp;   
+    if(amp < fnxnAmpOutOfPatchThres)
+      b=kTRUE;
+  }
+
+  return b;
+
 }
 
+
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSTrigger::Trigger() 
+void AliPHOSTrigger::MakeSlidingCell(const Int_t imod, TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn)
 {
+  //Sums energy of all possible 2x2 (L0) and nxn (L1) crystals per each TRU. 
+  //Fast signal in the experiment is given by 2x2 crystals, 
+  //for this reason we loop inside the TRU crystals by 2. 
+  //Declare and initialize varibles
+  Float_t amp2 = 0 ;
+  Float_t ampn = 0 ; 
+  for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
+    for(Int_t j = 0; j < fNTRU; j++){
+      ampmax2(i,j) = -1;
+      ampmaxn(i,j) = -1;
+    }
+  }
 
-  //Main Method to select triggers.
-
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
-
-  //Define some useful parameters
-  const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ;
-  Int_t nModules     = geom->GetNModules();
-  Int_t nCrystalsPhi = geom->GetNPhi()/fNTRUPhi ;// 64/4=16
-  Int_t nCrystalsZ   = geom->GetNZ()/fNTRUZ ;// 56/2=28
+  //Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
+  //used to calculate the nxn sums
+  TMatrixD  tru2x2(fNCrystalsPhi/2,fNCrystalsZ/2) ;
+  for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi/2; i++)
+    for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ/2; j++)
+      tru2x2(i,j) = -1.;
+    
+  //Loop over all TRUS in a module
+  for(Int_t itru = 0 + imod  * fNTRU ; itru < (imod+1)*fNTRU ; itru++){
+    TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmptrus  ->At(itru)) ;
+    TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(fTimeRtrus->At(itru)) ;
+    Int_t mtru = itru-imod*fNTRU ; //Number of TRU in Module
+    
+    //Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
+    for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi; irow += 2){ 
+      for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ ; icol += 2){
+       amp2 = (*amptru)(irow,icol)+(*amptru)(irow+1,icol)+
+         (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
+       //Fill new matrix with added 2x2 crystals for use in nxn sums
+       tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
+       //Select 2x2 maximum sums to select L0 
+       if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
+         ampmax2(0,mtru) = amp2 ; 
+         ampmax2(1,mtru) = irow;
+         ampmax2(2,mtru) = icol;
+       }
+      }
+    }
 
-  //Take the digits list and declare digits pointers
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ;
+    //Find most recent time in the selected 2x2 cell
+    ampmax2(3,mtru) = 1 ;
+    Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
+    Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
+    for(Int_t i = 0; i<2; i++){
+      for(Int_t j = 0; j<2; j++){
+       if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){       
+         if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) <  ampmax2(3,mtru)  )
+           ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j);
+       }
+      }
+    }
 
-  //Fill TRU Matrix  
-  TClonesArray * trus = FillTRU(digits,geom, nModules, nCrystalsPhi, 
-                               nCrystalsZ) ;
-
-  //Do Cell Sliding and select Trigger
-  Float_t max [8] ;
-  for(Int_t imod = 1 ; imod <= nModules ; imod++) {
-    MakeSlidingCell(trus, imod, nCrystalsPhi, nCrystalsZ, max);
-//     cout<<" Max Amplitude: mod " << imod <<" TRU0 " << max[0] 
-//     <<" TRU1 " << max[1] <<" TRU2 " << max[2] <<" TRU3 " << max[3]
-//     <<" TRU4 " << max[4] <<" TRU5 " << max[5] <<" TRU6 " << max[6]
-//     <<" TRU7 " << max[7] <<endl;
-  
-    SetTriggers(max) ;
+    //Sliding nxn, add nxn amplitudes (OVERLAP)
+    if(fPatchSize > 0){
+      for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi/2; irow++){ 
+       for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ/2 ; icol++){
+         ampn = 0;
+         if( (irow+fPatchSize) < fNCrystalsPhi/2 && (icol+fPatchSize) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
+           for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
+             for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
+               ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
+           //Select nxn maximum sums to select L1 
+           if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
+             ampmaxn(0,mtru) = ampn ; 
+             ampmaxn(1,mtru) = irow*2;
+             ampmaxn(2,mtru) = icol*2;
+           }
+         }
+       }
+      }
+      
+      //Find most recent time in selected nxn cell
+      ampmaxn(3,mtru) = 1 ;
+      Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
+      Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
+      for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
+       for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
+         if( (rown+i) < fNCrystalsPhi && (coln+j) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
+           if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
+             if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) <  ampmaxn(3,mtru)  )
+               ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j);
+           }
+         }
+       }
+      }
+    }
+    else {  
+       ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru); 
+       ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
+       ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
+       ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
+      }
   }
-  
 }
 
+
 //____________________________________________________________________________
 void AliPHOSTrigger::Print(const Option_t * opt) const 
 {
@@ -237,59 +479,242 @@ void AliPHOSTrigger::Print(const Option_t * opt) const
     return;
   AliTriggerInput* in = 0x0 ;
 
-  AliInfo("PHOS trigger information:") ; 
-  printf( "                         Threshold for LO %d\n", fL0Threshold) ;  
-  in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_MB_L0" );
+  printf( "             Maximum Amplitude after Sliding Crystal, \n") ; 
+  printf( "               -2x2 crystals sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
+         f2x2MaxAmp,f2x2SM) ; 
+  printf( "               -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2CrystalPhi, f2x2CrystalPhi+2, f2x2CrystalEta, f2x2CrystalEta+2) ; 
+  printf( "               -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
+         2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol)) ; 
+  if(fPatchSize > 0){
+    printf( "             Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1));
+    printf( "               -nxn crystals sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n",
+           fnxnMaxAmp,fnxnSM) ; 
+    printf( "               -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalPhi+4*fPatchSize, fnxnCrystalEta, fnxnCrystalEta+4*fPatchSize) ; 
+    printf( "               -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
+           4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) ) ; 
+  }
+
+  printf( "             Isolate in Module? %d\n",  
+          fIsolateInModule) ;  
+
+  printf( "             Threshold for LO %10.1f\n", 
+         fL0Threshold) ;  
+  
+  printf( "             Threshold for LO %10.2f\n", fL0Threshold) ;  
+  in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_L0" );
   if(in->GetValue())
-    printf( "                         PHOS MB LO is set\n") ; 
+    printf( "             *** PHOS LO is set ***\n") ; 
   
-  printf( "                     Low Threshold for L1 %d\n", fL1LowThreshold) ;  
-  in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_LPt_L1" );
+  printf( "             Jet Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetLowPtThreshold) ;
+  in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetLPt_L1" );
   if(in->GetValue())
-    printf( "                         PHOS Low Pt  L1 is set\n") ;
-
-  printf( "                  Medium Threshold for L1 %d\n", fL1MediumThreshold) ; 
-  in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "PHOS_MPt_L1" );
+    printf( "             *** PHOS Jet Low Pt for L1 is set ***\n") ;
+  
+  printf( "             Jet Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetMediumPtThreshold) ;
+  in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetMPt_L1" );
   if(in->GetValue())
-  printf( "                         PHOS Medium Pt L1 is set\n") ;
-
-  printf( "                    High Threshold for L1 %d\n", fL1HighThreshold) ;  
-  in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "PHOS_HPt_L1" );
+    printf( "             *** PHOS Jet Medium Pt for L1 is set ***\n") ;
+  
+  printf( "             Jet High Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetHighPtThreshold) ;  
+  in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "PHOS_JetHPt_L1" );
   if(in->GetValue())
-    printf( "                         PHOS High Pt L1 is set\n") ;
-
-  if(strstr(opt,"all")){
-    printf( "                         Number of TRUs %d\n", fNTRU) ;
-    printf( "                         Number of crystals in Z in TRUs %d\n", 
-           fNTRUZ) ;
-    printf( "                         Number of crystals in Phi in TRUs %d\n", 
-           fNTRUPhi) ;
-  }   
+    printf( "              *** PHOS Jet High Pt for L1 is set ***\n") ;
+  
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSTrigger::SetTriggers(const Float_t * amp)  
+void AliPHOSTrigger::SetTriggers(const Int_t iMod, const TMatrixD & ampmax2, const TMatrixD & ampmaxn)  
 {
-
-  //Checks the maximum amplitude per each TRU and compares with the 
-  //different triggers thresholds
-
-  Float_t max = 0;
-  for(Int_t i = 0 ; i < 8 ; i++){
-    if(max < amp[i] )
-      max = amp[i] ;
+  //Checks the 2x2 and nxn maximum amplitude per each TRU and compares 
+  //with the different L0 and L1 triggers thresholds. It finds if maximum amplitudes are isolated.
+
+  //Initialize variables
+  Float_t max2[] = {-1,-1,-1,-1} ;
+  Float_t maxn[] = {-1,-1,-1,-1} ;
+  Int_t   mtru2  = -1 ;
+  Int_t   mtrun  = -1 ;
+
+
+  //Find maximum summed amplitude of all the TRU 
+  //in a Module
+  for(Int_t i = 0 ; i < fNTRU ; i++){
+    if(max2[0] < ampmax2(0,i) ){
+      max2[0] =  ampmax2(0,i) ; // 2x2 summed max amplitude
+      max2[1] =  ampmax2(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
+      max2[2] =  ampmax2(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
+      max2[3] =  ampmax2(3,i) ; // corresponding most recent time
+      mtru2   = i ; // TRU number in module
+    }
+    if(maxn[0] < ampmaxn(0,i) ){
+      maxn[0] =  ampmaxn(0,i) ; // nxn summed max amplitude
+      maxn[1] =  ampmaxn(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
+      maxn[2] =  ampmaxn(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
+      maxn[3] =  ampmaxn(3,i) ; // corresponding most recent time
+      mtrun   = i ; // TRU number in module
+    }
   }
+  
+  //Set max amplitude if larger than in other Modules
+  Float_t maxtimeR2 = -1 ;
+  Float_t maxtimeRn = -1 ;
+  // Create a shaper pulse object
+  AliPHOSPulseGenerator pulse ;
+  Int_t nTimeBins = pulse.GetRawFormatTimeBins() ;
  
-  if(max >= fL0Threshold){
-    SetInput("PHOS_MB_L0");
-    if(max >= fL1LowThreshold){
-      SetInput("PHOS_LPt_L1"); 
-      if(max >= fL1MediumThreshold){
-       SetInput("PHOS_MPt_L1"); 
-       if(max >= fL1HighThreshold){
-         SetInput("PHOS_HPt_L1");
-       }
+  //Set max 2x2 amplitude and select L0 trigger
+  if(max2[0] > f2x2MaxAmp ){
+    f2x2MaxAmp  = max2[0] ;
+    f2x2SM      = iMod ;
+    maxtimeR2   = max2[3] ;
+    GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtru2,
+                                             static_cast<Int_t>(max2[1]),
+                                             static_cast<Int_t>(max2[2]),
+                                             f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
+    
+    //Isolated patch?
+    if(fIsolateInModule)
+      fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp, f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
+    else
+      fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp,  static_cast<Int_t>(max2[1]), static_cast<Int_t>(max2[2])) ;
+
+    //Transform digit amplitude in Raw Samples
+    if (fADCValuesLow2x2 == 0) {
+      fADCValuesLow2x2  = new Int_t[nTimeBins];
+    }
+    if(!fADCValuesHigh2x2) fADCValuesHigh2x2 = new Int_t[nTimeBins];
+
+    
+    pulse.SetAmplitude(f2x2MaxAmp);
+    pulse.SetTZero(maxtimeR2);
+    pulse.MakeSamples();
+    pulse.GetSamples(fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ; 
+    
+    //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
+    //Set L0
+    for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
+      if(fADCValuesHigh2x2[i] >= fL0Threshold || fADCValuesLow2x2[i] >= fL0Threshold) {
+       SetInput("PHOS_L0") ;
+       break;
       }
     }
   }
+
+  //Set max nxn amplitude and select L1 triggers
+  if(maxn[0] > fnxnMaxAmp  && fPatchSize > 0){
+    fnxnMaxAmp  = maxn[0] ;
+    fnxnSM      = iMod ;
+    maxtimeRn   = maxn[3] ;
+    GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtrun,
+                                             static_cast<Int_t>(maxn[1]),
+                                             static_cast<Int_t>(maxn[2]),
+                                             fnxnCrystalPhi,fnxnCrystalEta) ; 
+    
+    //Isolated patch?
+    if(fIsolateInModule)
+      fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp, fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalEta) ;
+    else
+      fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp,  static_cast<Int_t>(maxn[1]), static_cast<Int_t>(maxn[2])) ;
+
+    //Transform digit amplitude in Raw Samples
+    if (fADCValuesHighnxn == 0) {
+      fADCValuesHighnxn = new Int_t[nTimeBins];
+      fADCValuesLownxn  = new Int_t[nTimeBins];
+    }
+
+    pulse.SetAmplitude(fnxnMaxAmp);
+    pulse.SetTZero(maxtimeRn);
+    pulse.MakeSamples();
+    pulse.GetSamples(fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
+    
+    //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
+    //SetL1 Low
+    for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
+      if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold){
+       SetInput("PHOS_JetLPt_L1") ;
+       break; 
+      }
+    }
+    //SetL1 Medium
+    for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
+      if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold){
+       SetInput("PHOS_JetMPt_L1") ;
+       break; 
+      }
+    }
+    //SetL1 High
+    for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
+      if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold){
+       SetInput("PHOS_JetHPt_L1") ;
+       break;
+      }
+    }
+  }
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSTrigger::Trigger(TClonesArray *digits) 
+{
+  //Main Method to select triggers.
+
+  fDigitsList = digits;
+  DoIt() ; 
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSTrigger::DoIt()
+{
+  // does the trigger job
+
+  AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader() ;
+  AliPHOSLoader * phosLoader = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(rl->GetLoader("PHOSLoader"));
+  
+  // Get PHOS Geometry object
+  AliPHOSGeometry *geom;
+  if (!(geom = AliPHOSGeometry::GetInstance())) 
+        geom = AliPHOSGeometry::GetInstance("IHEP","");
+   
+  //Define parameters
+  Int_t nModules     = geom->GetNModules();
+  fNCrystalsPhi = geom->GetNPhi()/fNTRUPhi ;// 64/4=16
+  fNCrystalsZ   = geom->GetNZ()/fNTRUZ ;// 56/2=28
+
+  //Intialize data members each time the trigger is called in event loop
+  f2x2MaxAmp = -1; f2x2CrystalPhi = -1;  f2x2CrystalEta = -1;
+  fnxnMaxAmp = -1; fnxnCrystalPhi = -1;  fnxnCrystalEta = -1;
+
+  //Take the digits list if simulation
+  if(fSimulation)
+    fDigitsList = phosLoader->Digits() ;
+  
+  if(!fDigitsList)
+    AliFatal("Digits not found !") ;
+  
+  //Fill TRU Matrix  
+//   TClonesArray * amptrus   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
+//   TClonesArray * ampmods   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
+//   TClonesArray * timeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
+  FillTRU(fDigitsList,geom) ;
+
+  //Do Crystal Sliding and select Trigger
+  //Initialize varible that will contain maximum amplitudes and 
+  //its corresponding cell position in eta and phi, and time.
+  TMatrixD   ampmax2(4,fNTRU) ;
+  TMatrixD   ampmaxn(4,fNTRU) ;
+
+  for(Int_t imod = 0 ; imod < nModules ; imod++) {
+
+    //Do 2x2 and nxn sums, select maximums. 
+    MakeSlidingCell(imod, ampmax2, ampmaxn);
+    //Set the trigger
+    SetTriggers(imod,ampmax2,ampmaxn) ;
+  }
+
+  fAmptrus->Delete();
+//   delete amptrus; amptrus=0;
+  fAmpmods->Delete();
+//   delete ampmods; ampmods=0;
+  fTimeRtrus->Delete();
+//   delete timeRtrus; timeRtrus=0;
+  //Print();
+
 }