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index c454870500e9b6b9b191840742d843f58bf2f55b..038c7486773b2d03fe57fb5d4dda48c1d9642b3f 100644 (file)
@@ -590,7 +590,11 @@ WARN_LOGFILE           =
 # directories like "/usr/src/myproject". Separate the files or directories 
 # with spaces.
 
-INPUT                  = ../analysis2
+INPUT                  = ../analysis2 \
+                         ../analysis2/scripts \
+                         ../analysis2/corrs \
+                         ../analysis2/qa \
+                         ../analysis2/trains
 
 # This tag can be used to specify the character encoding of the source files 
 # that doxygen parses. Internally doxygen uses the UTF-8 encoding, which is 
@@ -649,14 +653,21 @@ EXCLUDE_SYMBOLS        =
 # directories that contain example code fragments that are included (see 
 # the \include command).
 
-EXAMPLE_PATH           = ../analysis2
+EXAMPLE_PATH           = ../analysis2 \
+                         ../analysis2/scripts \
+                         ../analysis2/tests \
+                         ../analysis2/qa \
+                         ../analysis2/corrs \
+                         ../analysis2/trains
 
 # If the value of the EXAMPLE_PATH tag contains directories, you can use the 
 # EXAMPLE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
 # and *.h) to filter out the source-files in the directories. If left 
 # blank all files are included.
 
-EXAMPLE_PATTERNS       = *
+EXAMPLE_PATTERNS       = *.C \
+                         *.h \
+                         *.cxx
 
 # If the EXAMPLE_RECURSIVE tag is set to YES then subdirectories will be 
 # searched for input files to be used with the \include or \dontinclude 
@@ -749,7 +760,7 @@ USE_HTAGS              = NO
 # will generate a verbatim copy of the header file for each class for 
 # which an include is specified. Set to NO to disable this.
 
-VERBATIM_HEADERS       = YES
+VERBATIM_HEADERS       = NO
 
 #---------------------------------------------------------------------------
 # configuration options related to the alphabetical class index
@@ -834,7 +845,7 @@ HTML_ALIGN_MEMBERS     = YES
 # JavaScript and DHTML is required (for instance Mozilla 1.0+, Firefox 
 # Netscape 6.0+, Internet explorer 5.0+, Konqueror, or Safari).
 
-HTML_DYNAMIC_SECTIONS  = NO
+HTML_DYNAMIC_SECTIONS  = YES
 
 # If the GENERATE_DOCSET tag is set to YES, additional index files 
 # will be generated that can be used as input for Apple's Xcode 3