Changes for #94138: Port update in Ali*CaloCells to trunk and release
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWGGA / EMCALTasks / AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx
index 07f81d7..7807335 100644 (file)
 //_________________________________________________________________________
 
 // --- Root ---
-#include "TString.h"
-#include "TRefArray.h"
-#include "TClonesArray.h"
-#include "TTree.h"
-#include "TGeoManager.h"
-#include "TROOT.h"
-#include "TInterpreter.h"
-#include "TFile.h"
+#include <TString.h>
+#include <TRefArray.h>
+#include <TClonesArray.h>
+#include <TTree.h>
+#include <TGeoManager.h>
+#include <TROOT.h>
+#include <TInterpreter.h>
+#include <TFile.h>
 
 // --- AliRoot Analysis Steering
 #include "AliAnalysisTask.h"
@@ -85,7 +85,8 @@ AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name)
 , fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("") 
 , fOADBSet(kFALSE),       fAccessOADB(kTRUE),         fOADBFilePath("")           
 {
-  //ctor
+  // Constructor
+  
   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  
   {
@@ -124,6 +125,7 @@ AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 
 {
   // Constructor
+  
   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  
   {
@@ -133,7 +135,7 @@ AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
     fCellMatchdEta[j]    = -999;
     fCellMatchdPhi[j]    = -999;
   }
-
+  
 }
 
 
@@ -142,17 +144,20 @@ AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 {
   //dtor 
   
-  if (fDigitsArr){
+  if (fDigitsArr)
+  {
     fDigitsArr->Clear("C");
     delete fDigitsArr; 
   }
   
-  if (fClusterArr){
+  if (fClusterArr)
+  {
     fClusterArr->Delete();
     delete fClusterArr;
   }
   
-  if (fCaloClusterArr){
+  if (fCaloClusterArr)
+  {
     fCaloClusterArr->Delete();
     delete fCaloClusterArr; 
   }
@@ -276,7 +281,7 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOADB()
   {
     AliOADBContainer *contTRF=new AliOADBContainer("");
     
-    contTRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALTimeRecalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALTimeRecalib");
+    contTRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALTimeCalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALTimeCalib");
     
     TObjArray *trecal=(TObjArray*)contTRF->GetObject(runnumber); 
     
@@ -286,33 +291,28 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOADB()
       
       if(trecalpass)
       {
-        TObjArray *trecalib=(TObjArray*)trecalpass->FindObject("TimeRecalib");
-        
-        if(trecalib)
+        printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Time Recalibrate EMCAL \n");
+        for (Int_t ibc = 0; ibc < 4; ++ibc) 
         {
-          printf("AliCalorimeterUtils::SetOADBParameters() - Time Recalibrate EMCAL \n");
-          for (Int_t ibc = 0; ibc < 4; ++ibc) 
+          TH1F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc);
+          
+          if (h)
+            delete h;
+          
+          h = (TH1F*)trecalpass->FindObject(Form("hAllTimeAvBC%d",ibc));
+          
+          if (!h) 
           {
-            TH1F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc);
-            
-            if (h)
-              delete h;
-            
-            h = (TH1F*)trecalib->FindObject(Form("hAllTimeAvBC%d",ibc));
-            
-            if (!h) 
-            {
-              AliError(Form("Could not load hAllTimeAvBC%d",ibc));
-              continue;
-            }
-            
-            h->SetDirectory(0);
-            
-            fRecoUtils->SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc,h);
-          } // bunch crossing loop
-        }else printf("AliCalorimeterUtils::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL 1\n"); // array ok
-      }else printf("AliCalorimeterUtils::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL 2\n"); // array pass ok
-    }else printf("AliCalorimeterUtils::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL 3\n");  // run number array ok
+            AliError(Form("Could not load hAllTimeAvBC%d",ibc));
+            continue;
+          }
+          
+          h->SetDirectory(0);
+          
+          fRecoUtils->SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc,h);
+        } // bunch crossing loop
+      }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL 1\n"); // array pass ok
+    }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL 2\n");  // run number array ok
     
   } // Time recalibration on    
   
@@ -339,11 +339,12 @@ Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
   
   if(DebugLevel() > 1 )
     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessODCD() - Begin");
-    
+  
   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
   
   
-  if (fOCDBpath.Length()){
+  if (fOCDBpath.Length())
+  {
     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessOCDB() - Default storage %s",fOCDBpath.Data());
   }
@@ -405,7 +406,7 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::CheckAndGetEvent()
     return ;
   
   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
-
+  
   //Check if input event are embedded events
   //If so, take output event
   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) 
@@ -471,7 +472,7 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
   //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array  
   Int_t nClusters     = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
   Int_t nClustersOrg  = 0;
-
+  
   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
   if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
     nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
@@ -486,13 +487,15 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
     
     if(!clus) return;
     
-    if(clus->IsEMCAL()){   
+    if(clus->IsEMCAL())
+    {   
       Int_t label = clus->GetLabel();
       Int_t label2 = -1 ;
       //printf("Org cluster E %f, Time  %e, Id = ", clus->E(), clus->GetTOF() );
       if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
       UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
-      for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ ){
+      for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ )
+      {
         fCellLabels[index[icell]]       = label;
         fCellSecondLabels[index[icell]] = label2;
         fCellTime[index[icell]]         = clus->GetTOF();    
@@ -502,11 +505,11 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
       }
       nClustersOrg++;
     }
-     // printf("\n");
+    // printf("\n");
   } 
   
   // Transform CaloCells into Digits
-
+  
   Int_t    idigit =  0;
   Int_t    id     = -1;
   Float_t  amp    = -1; 
@@ -514,14 +517,9 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
   
   AliVCaloCells *cells   = fEvent->GetEMCALCells();
   
-  TFile* file = new TFile("tmpTree.root","recreate"); // Trick to avoid annoying messages FIXME
-  TTree *digitsTree = new TTree("digitstree","digitstree");
-  digitsTree->Branch("EMCAL","TClonesArray", &fDigitsArr, 32000);
-
   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
   for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
   {
-    
     // Get cell values, recalibrate and not include bad channels found in analysis, nor cells with too low energy, nor exotic cell
     id = cells->GetCellNumber(icell);
     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(id,bc,amp,time,cells);
@@ -533,59 +531,50 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
     if (time*1e9 < 1.) 
     { 
       time = fCellTime[id];
-      //printf("cell %d time cluster %e\n",id, time);
+      //printf("cell %d time org %f - ",id, time*1.e9);
       fRecoUtils->RecalibrateCellTime(id,bc,time);
+      //printf("recal %f\n",time*1.e9);
     }
     
     if(  accept && fRecoUtils->IsExoticCell(id,cells,bc))
     {
       accept = kFALSE;
     }
-
-    if( !accept ){
+    
+    if( !accept )
+    {
       fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
       fCellSecondLabels[id]=-1; //reset the entry in the array for next event
       fCellTime[id]        = 0.; 
       fCellMatchdEta[id]   =-999;
       fCellMatchdPhi[id]   =-999;
-      if( DebugLevel() > 2 ) printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - Remove channel absId %d, index %d of %d, amp %f, time %f\n",
-                                    id,icell, cells->GetNumberOfCells(), amp, time*1.e9);
+      if( DebugLevel() > 2 )
+        printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - Remove channel absId %d, index %d of %d, amp %f, time %f\n",
+               id,icell, cells->GetNumberOfCells(), amp, time*1.e9);
       continue;
     }
-            
+    
     //Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer when checking the most likely primary
     new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( fCellLabels[id], fCellLabels[id],id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, 1); 
-    fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
+    
+    fCellLabels[id] =-1; //reset the entry in the array for next event
     
     idigit++;
   }
   
-  //Fill the tree with digits
-  digitsTree->Fill();
+  fDigitsArr->Sort();
   
   //-------------------------------------------------------------------------------------
   //Do the clusterization
   //-------------------------------------------------------------------------------------        
-  TTree *clustersTree = new TTree("clustertree","clustertree");
   
-  fClusterizer->SetInput(digitsTree);
-  fClusterizer->SetOutput(clustersTree);
   fClusterizer->Digits2Clusters("");
   
   //-------------------------------------------------------------------------------------
   //Transform the recpoints into AliVClusters
   //-------------------------------------------------------------------------------------
   
-  clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
-  clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
-  
-  TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
-  branch->SetAddress(&fClusterArr);
-
-  branch->GetEntry(0);
-
-  RecPoints2Clusters(fDigitsArr, fClusterArr, fCaloClusterArr);
+  RecPoints2Clusters();
   
   if(!fCaloClusterArr)
   { 
@@ -596,8 +585,9 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
   if( DebugLevel() > 0 )
   {
     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - N clusters: before recluster %d, after recluster %d\n",nClustersOrg, fCaloClusterArr->GetEntriesFast());
-
-    if(fCaloClusterArr->GetEntriesFast() != fClusterArr->GetEntriesFast()){
+    
+    if(fCaloClusterArr->GetEntriesFast() != fClusterArr->GetEntriesFast())
+    {
       printf("\t Some RecRoints not transformed into CaloClusters (clusterizer %d, unfold %d): Input entries %d - Output entries %d - %d (not fast)\n",
              fRecParam->GetClusterizerFlag(),fRecParam->GetUnfold(),
              fClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntries());
@@ -607,17 +597,6 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
   //Reset the array with second labels for this event
   memset(fCellSecondLabels, -1, sizeof(fCellSecondLabels));
   
-  //---CLEAN UP-----
-  fClusterizer->Clear();
-  fDigitsArr  ->Clear("C");
-  fClusterArr ->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
-  
-  clustersTree->Delete("all");  
-  digitsTree  ->Delete("all");  
-  
-  // Trick to avoid annoying messages FIXME
-  file->Close();
-  delete file;
 }
 
 //_____________________________________________________
@@ -629,28 +608,31 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterUnfolding()
   Double_t cellAmplitude = 0;
   Double_t cellTime      = 0;
   Short_t  cellNumber    = 0;
+  Short_t  cellMCLabel   = 0;
+  Double_t cellEFrac     = 0;
   Int_t    nClustersOrg  = 0;
   
   // Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
   for (Int_t i = 0; i < fEvent->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
   {
     AliVCluster *clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
-    if(clus->IsEMCAL()){        
-      
+    if(clus->IsEMCAL())
+    {        
       //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
-      if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells())){
+      if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells()))
+      {
         continue;
       } 
       
-      if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
-        
+      if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
+      {
         //Calibrate cluster
         fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
         
         //CalibrateCells
         for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
         {
-          if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime) != kTRUE)
+          if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime, cellMCLabel, cellEFrac) != kTRUE)
             break;
           
           Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
@@ -659,7 +641,8 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterUnfolding()
           
           //Do not include bad channels found in analysis?
           if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && 
-             fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){
+             fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
+          {
             fCellLabels[cellNumber]      =-1; //reset the entry in the array for next event
             fCellSecondLabels[cellNumber]=-1; //reset the entry in the array for next event
             fCellTime[cellNumber]        = 0.;   
@@ -676,14 +659,18 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterUnfolding()
       //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
       AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
       AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
-      if     (esdCluster){
+      
+      if     (esdCluster)
+      {
         fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );   
       }//ESD
-      else if(aodCluster){
+      else if(aodCluster)
+      {
         fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );   
       }//AOD
       else 
         Warning("UserExec()"," - Wrong CaloCluster type?");
+      
       nClustersOrg++;
     }
   }
@@ -707,20 +694,25 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells()
   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
   Double_t calibFactor = 1.;   
-  for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) { 
+  for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) 
+  { 
     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta); 
     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);    
     
-    if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){ 
+    if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
+    { 
       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
     }
     
-    if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){ //Channel is not declared as bad
-      aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor);
+    if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
+    { //Channel is not declared as bad
+      aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor,
+                         eventEMcells.GetTime(iCell),eventEMcells.GetMCLabel(iCell),eventEMcells.GetEFraction(iCell));
     }
-    else {
-      aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0);
+    else 
+    {
+      aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0,-1,-1,0);
     }
   }
   aodEMcells.Sort();
@@ -742,9 +734,11 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader()
   AliAODHeader* header = AODEvent()->GetHeader();
   header->SetRunNumber(fEvent->GetRunNumber());
   
-  if(esdevent){
+  if(esdevent)
+  {
     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
-    if (tree) {
+    if (tree) 
+    {
       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
     }
@@ -757,25 +751,27 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader()
   header->SetEventType(fEvent->GetEventType());
   
   //Centrality
-  if(fEvent->GetCentrality()){
+  if(fEvent->GetCentrality())
     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(fEvent->GetCentrality())));
-  }
-  else{
+  else
     header->SetCentrality(0);
-  }
   
   //Trigger  
   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
   if      (esdevent) header->SetFiredTriggerClasses(esdevent->GetFiredTriggerClasses());
   else if (aodevent) header->SetFiredTriggerClasses(aodevent->GetFiredTriggerClasses());
+  
   header->SetTriggerMask(fEvent->GetTriggerMask()); 
   header->SetTriggerCluster(fEvent->GetTriggerCluster());
-  if(esdevent){
+  
+  if      (esdevent)
+  {
     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());    
     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());    
     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());    
   }
-  else if (aodevent){
+  else if (aodevent)
+  {
     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());    
     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());    
     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());    
@@ -798,7 +794,6 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader()
   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
   
   //
-  //
   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
   Int_t nCaloClus = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
   
@@ -812,11 +807,13 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader()
   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
   fEvent->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
   Float_t chi = 0;
-  if      (esdevent){
+  if      (esdevent)
+  {
     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
   }
-  else if (aodevent){
+  else if (aodevent)
+  {
     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
   }
@@ -828,6 +825,69 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader()
   
 }
 
+//_________________________________________________________
+void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillCaloClusterInAOD()
+{
+  // Get the CaloClusters array, do some final calculations 
+  // and put the clusters in the AOD branch
+  
+  //First recalculate track-matching for the new clusters
+  if(fDoTrackMatching) 
+  {
+    fRecoUtils->FindMatches(fEvent,fCaloClusterArr,fGeom);
+  }
+  //Put the new clusters in the AOD list
+  
+  Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntriesFast();
+  for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++)
+  {
+    AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
+    
+    newCluster->SetID(i);
+    
+    //Add matched track
+    if(fDoTrackMatching)
+    {
+      Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
+      if(trackIndex >= 0)
+      {
+        newCluster->AddTrackMatched(fEvent->GetTrack(trackIndex));
+        if(DebugLevel() > 1) 
+          printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
+      }
+      
+      Float_t dR = 999., dZ = 999.;
+      fRecoUtils->GetMatchedResiduals(newCluster->GetID(),dR,dZ);
+      newCluster->SetTrackDistance(dR,dZ);
+      
+    }
+    else 
+    {// Assign previously assigned matched track in reco, very very rough
+      Int_t absId0 = newCluster->GetCellsAbsId()[0]; // Assign match of first cell in cluster
+      newCluster->SetTrackDistance(fCellMatchdPhi[absId0],fCellMatchdEta[absId0]);
+    }
+    
+    //printf("New cluster E %f, Time  %e, Id = ", newCluster->E(), newCluster->GetTOF() );
+    //for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ) printf(" %d,", newCluster->GetCellsAbsId() [icell] );
+    //printf("\n");
+    
+    // Calculate distance to bad channel for new cluster. Make sure you give the list of bad channels.
+    fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, fEvent->GetEMCALCells(), newCluster);
+    
+    new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
+    
+    if(DebugLevel() > 1 )    
+      printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - New cluster %d of %d, energy %f\n",newCluster->GetID(), kNumberOfCaloClusters, newCluster->E());
+    
+  } // cluster loop
+  
+  fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
+  
+  // Clean up
+  fCaloClusterArr->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
+  
+}
+
 //_______________________________________________
 TString AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass()
 {
@@ -864,8 +924,6 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
   fOADBSet           = kFALSE;
   if(fOADBFilePath == "") fOADBFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL" ;          
   
-  fDigitsArr         = new TClonesArray("AliEMCALDigit",12000);
-  fClusterArr        = new TObjArray(10000);
   fCaloClusterArr    = new TObjArray(10000);
   fBranchNames       = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
   
@@ -905,7 +963,7 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init() - Import %s\n",fImportGeometryFilePath.Data());
     TGeoManager::Import(fImportGeometryFilePath) ; 
   }
-
+  
 }  
 
 //_______________________________________________________
@@ -913,7 +971,8 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
 {
   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
   
-  if (fJustUnfold){
+  if (fJustUnfold)
+  {
     // init the unfolding afterburner 
     delete fUnfolder;
     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut(),fRecParam->GetMinECut());
@@ -926,11 +985,14 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2) 
     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
-  else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN){ 
+  else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
+  { 
     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
     fClusterizer->SetNRowDiff(fRecParam->GetNRowDiff());
     fClusterizer->SetNColDiff(fRecParam->GetNColDiff());
-  } else {
+  } 
+  else 
+  {
     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
   }
   
@@ -945,13 +1007,23 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );  
+  
+  // Initialize the cluster rec points and digits arrays and get them.
+  fClusterizer->SetOutput(0);
+  fClusterArr = const_cast<TObjArray *>(fClusterizer->GetRecPoints());
+  fDigitsArr  = fClusterizer->GetDigits();
+  
   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
-  if(fRecParam->GetUnfold()){
+  if(fRecParam->GetUnfold())
+  {
     Int_t i=0;
-    for (i = 0; i < 8; i++) {
+    for (i = 0; i < 8; i++) 
+    {
       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
     }//end of loop over parameters
-    for (i = 0; i < 3; i++) {
+    
+    for (i = 0; i < 3; i++) 
+    {
       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
     }//end of loop over parameters
@@ -1062,7 +1134,6 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry()
     }//ESD
   }//Load matrices from Data 
   
-  
 }
 
 //____________________________________________________
@@ -1078,7 +1149,8 @@ Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsExoticEvent()
   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
   Float_t totCellE = 0;
   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
-  for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++){
+  for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
+  {
     
     Float_t  ecell = 0 ;
     Double_t tcell = 0 ;
@@ -1144,17 +1216,17 @@ Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsLEDEvent(const Int_t run)
   
 } 
 
-//______________________________________________________________________________
-void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr, 
-                                                        TObjArray *recPoints, 
-                                                        TObjArray *clusArray)
+//_______________________________________________________
+void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters()
 {
   // Restore clusters from recPoints
-  // Cluster energy, global position, cells and their amplitude fractions are restored
+  // Cluster energy, global position, cells and their amplitude 
+  // fractions are restored
+  
   Int_t j = 0;
-  for(Int_t i = 0; i < recPoints->GetEntriesFast(); i++)
+  for(Int_t i = 0; i < fClusterArr->GetEntriesFast(); i++)
   {
-    AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) recPoints->At(i);
+    AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) fClusterArr->At(i);
     
     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
     Int_t ncellsTrue = 0;
@@ -1169,17 +1241,20 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr,
     AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
     
     Float_t clusterE = 0; 
-    for (Int_t c = 0; c < ncells; c++) {
-      AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) digitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
+    for (Int_t c = 0; c < ncells; c++) 
+    {
+      AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) fDigitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
       
       absIds[ncellsTrue] = digit->GetId();
       ratios[ncellsTrue] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
       
       // In case of unfolding, remove digits with unfolded energy too low      
-      if(fSelectCell){
-        if     (recPoint->GetEnergiesList()[c] < fSelectCellMinE || ratios[ncellsTrue] < fSelectCellMinFrac)  {
-          
-          if(DebugLevel() > 1)  {
+      if(fSelectCell)
+      {
+        if     (recPoint->GetEnergiesList()[c] < fSelectCellMinE || ratios[ncellsTrue] < fSelectCellMinFrac)  
+        {
+          if(DebugLevel() > 1)  
+          {
             printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Too small energy in cell of cluster: cluster cell %f, digit %f\n",
                    recPoint->GetEnergiesList()[c],digit->GetAmplitude());
           }
@@ -1194,8 +1269,8 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr,
       clusterE  +=recPoint->GetEnergiesList()[c];
       
       // In case of embedding, fill ratio with amount of signal, 
-      if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) {
-        
+      if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) 
+      {
         //AliVCaloCells* inEMCALCells = InputEvent()->GetEMCALCells();
         AliVCaloCells* meEMCALCells = aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells();
         AliVCaloCells* ouEMCALCells = AODEvent()->GetEMCALCells();
@@ -1212,7 +1287,8 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr,
       
     }// cluster cell loop
     
-    if (ncellsTrue < 1) {
+    if (ncellsTrue < 1) 
+    {
       if (DebugLevel() > 1) 
         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Skipping cluster with no cells avobe threshold E = %f, ncells %d\n",
                recPoint->GetEnergy(), ncells);
@@ -1221,7 +1297,8 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr,
     
     //if(ncellsTrue != ncells) printf("Old E %f, ncells %d; New E %f, ncells %d\n",recPoint->GetEnergy(),ncells,clusterE,ncellsTrue);
     
-    if(clusterE <  fRecParam->GetClusteringThreshold()) {
+    if(clusterE <  fRecParam->GetClusteringThreshold()) 
+    {
       if (DebugLevel()>1)
         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Remove cluster with energy below seed threshold %f\n",clusterE);
       continue;
@@ -1231,13 +1308,13 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr,
     Float_t g[3];
     
     // calculate new cluster position
-    recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), digitsArr);
+    recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), fDigitsArr);
     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
     gpos.GetXYZ(g);
     
     // create a new cluster
-    (*clusArray)[j] = new AliAODCaloCluster() ;
-    AliAODCaloCluster *clus = dynamic_cast<AliAODCaloCluster *>( clusArray->At(j) ) ;
+    (*fCaloClusterArr)[j] = new AliAODCaloCluster() ;
+    AliAODCaloCluster *clus = dynamic_cast<AliAODCaloCluster *>( fCaloClusterArr->At(j) ) ;
     j++;
     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
     clus->SetE(clusterE);
@@ -1249,20 +1326,26 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr,
     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower()); 
-
-    if(ncells == ncellsTrue){
+    
+    if(ncells == ncellsTrue)
+    {
       Float_t elipAxis[2];
       recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
       clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
       clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
       clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
     }
-    else if(fSelectCell){
+    else if(fSelectCell)
+    {
       // In case some cells rejected, in unfolding case, recalculate
       // shower shape parameters and position
+      if(DebugLevel() > 1) 
+        printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Cells removed from cluster (ncells %d, ncellsTrue %d), recalculate Shower Shape\n",ncells,ncellsTrue);
+      
       AliVCaloCells* cells = 0x0; 
       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) cells = AODEvent()  ->GetEMCALCells();
       else                                  cells = InputEvent()->GetEMCALCells();
+      
       fRecoUtils->RecalculateClusterShowerShapeParameters(fGeom,cells,clus);
       fRecoUtils->RecalculateClusterPID(clus);
       fRecoUtils->RecalculateClusterPosition(fGeom,cells,clus); 
@@ -1276,10 +1359,12 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr,
     
     //Write the second major contributor to each MC cluster.
     Int_t iNewLabel ;
-    for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ ){
+    for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ )
+    {
       
       Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
-      if(idCell>=0){
+      if(idCell>=0)
+      {
         iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
         for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
         {
@@ -1289,7 +1374,8 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr,
         if (iNewLabel == 1) 
         {
           Int_t * newLabelArray = new Int_t[clus->GetNLabels()+1] ;
-          for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ ){
+          for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ )
+          {
             newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
           }
           
@@ -1322,17 +1408,24 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
     AliFatal("fOutputAODBranchName not set\n");
   }
   
-  //PostData(0,fOutputAODBranch);
-  
 }
 
 //_______________________________________________________
 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *) 
 {
-  // Main loop
-  // Called for each event
-  
-  //Remove the contents of output list set in the previous event 
+  // Do clusterization event by event, execute different steps
+  // 1) Do some checks on the kind of events (ESD, AOD) or if some filtering is needed and initializations
+  // 2) Clusterize a) just unfolding existing clusters (fJustUnfold)
+  //               b) recluster cells
+  //                   +  convert cells into digits (calibrating them)
+  //                   +  recluster digits into recPoints with the chosen clusterizer (V1, V1+Unfold,V2, NxN) 
+  //                      with methods in AliEMCALClusterizer
+  //                   +  transform recPoints into CaloClusters
+  // 3) Do some final calculations in the found clusters (track-matching) and put them in an AOD branch
+  
+  // Step 1
+  
+  //Remove the contents of AOD branch output list set in the previous event 
   fOutputAODBranch->Clear("C");
   
   LoadBranches();
@@ -1352,66 +1445,18 @@ void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *)
   
   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
   if(fAccessOADB) AccessOADB(); // only once
-
+  
   InitClusterization();
   
+  // Step 2
+  
   // Make clusters
   if (fJustUnfold) ClusterUnfolding();
   else             ClusterizeCells() ;
-    
-  //Recalculate track-matching for the new clusters
-  if(fDoTrackMatching) 
-  {
-    fRecoUtils->FindMatches(fEvent,fCaloClusterArr,fGeom);
-  }
-  //Put the new clusters in the AOD list
   
-  Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntriesFast();
-  for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++){
-    AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
-    
-    newCluster->SetID(i);
-
-    //Add matched track
-    if(fDoTrackMatching)
-    {
-      Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
-      if(trackIndex >= 0)
-      {
-        newCluster->AddTrackMatched(fEvent->GetTrack(trackIndex));
-        if(DebugLevel() > 1) 
-          printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
-      }
-      
-      Float_t dR = 999., dZ = 999.;
-      fRecoUtils->GetMatchedResiduals(newCluster->GetID(),dR,dZ);
-      newCluster->SetTrackDistance(dR,dZ);
-      
-    }
-    else 
-    {// Assign previously assigned matched track in reco, very very rough
-      Int_t absId0 = newCluster->GetCellsAbsId()[0]; // Assign match of first cell in cluster
-      newCluster->SetTrackDistance(fCellMatchdPhi[absId0],fCellMatchdEta[absId0]);
-    }
-
-    //printf("New cluster E %f, Time  %e, Id = ", newCluster->E(), newCluster->GetTOF() );
-    //for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ) printf(" %d,", newCluster->GetCellsAbsId() [icell] );
-    //printf("\n");
-
-    // Calculate distance to bad channel for new cluster. Make sure you give the list of bad channels.
-    fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, fEvent->GetEMCALCells(), newCluster);
-    
-    new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
-        
-    if(DebugLevel() > 1 )    
-      printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - New cluster %d of %d, energy %f\n",newCluster->GetID(), kNumberOfCaloClusters, newCluster->E());
-    
-  } // cluster loop
+  // Step 3
   
-  fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
-  
-  // Clean up
-  fCaloClusterArr->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
+  FillCaloClusterInAOD();
   
 }