]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliAlignObj.cxx
Introducing the getters (setters) for local covariance matrix from (to) the global...
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliAlignObj.cxx
index 8db6e34d80fec52dd808bef7e31668c74d9e8717..3a651213b599a241238e3d58f6815bb6360b5754 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
+/* $Id$ */
+
 //-----------------------------------------------------------------
-//   Implementation of the alignment object class through the abstract
-//  class AliAlignObj. From it two derived concrete representation of
-//  alignment object class (AliAlignObjAngles, AliAlignObjMatrix) are
-//  derived in separate files.
+//  Implementation of the alignment object class, holding the alignment
+//  constants for a single volume, through the abstract class AliAlignObj.
+//  From it two derived concrete representation of alignment object class
+//  (AliAlignObjParams, AliAlignObjMatrix) are derived in separate files.
 //-----------------------------------------------------------------
-/*****************************************************************************
- * AliAlignObjAngles: derived alignment class storing alignment information  *
- *   for a single volume in form of three doubles for the translation        *
- *   and three doubles for the rotation expressed with the euler angles      *
- *   in the xyz-convention (http://mathworld.wolfram.com/EulerAngles.html),  *
- *   also known as roll, pitch, yaw. PLEASE NOTE THE ANGLES SIGNS ARE        *
- *   INVERSE WITH RESPECT TO THIS REFERENCE!!! In this way the representation*
- *   is fully consistent with the TGeo Rotation methods.                     *
- *****************************************************************************/
 
 #include <TGeoManager.h>
+#include <TGeoMatrix.h>
 #include <TGeoPhysicalNode.h>
+#include <TGeoOverlap.h>
+#include <TMath.h>
 
 #include "AliAlignObj.h"
 #include "AliTrackPointArray.h"
 #include "AliLog.h"
-#include "AliAlignObjAngles.h"
  
 ClassImp(AliAlignObj)
 
-Int_t AliAlignObj::fgLayerSize[kLastLayer - kFirstLayer] = {
-  80, 160,  // ITS SPD
-  84, 176,  // ITS SDD
-  748, 950, // ITS SSD
-  36, 36,   // TPC
-  90, 90, 90, 90, 90, 90,  // TRD
-  1638,     // TOF
-  1, 1,     // PHOS ??
-  7,        // RICH ??
-  1         // MUON ??
-};
-
-const char* AliAlignObj::fgLayerName[kLastLayer - kFirstLayer] = {
-  "ITS inner pixels layer", "ITS outer pixels layer",
-  "ITS inner drifts layer", "ITS outer drifts layer",
-  "ITS inner strips layer", "ITS outer strips layer",
-  "TPC inner chambers layer", "TPC outer chambers layer",
-  "TRD chambers layer 1", "TRD chambers layer 2", "TRD chambers layer 3",
-  "TRD chambers layer 4", "TRD chambers layer 5", "TRD chambers layer 6",
-  "TOF layer",
-  "?","?",
-  "RICH layer",
-  "?"
-};
-
-TString* AliAlignObj::fgVolPath[kLastLayer - kFirstLayer] = {
-  0x0,0x0,
-  0x0,0x0,
-  0x0,0x0,
-  0x0,0x0,
-  0x0,0x0,0x0,
-  0x0,0x0,0x0,
-  0x0,
-  0x0,0x0,
-  0x0,
-  0x0
-};
-
-AliAlignObj** AliAlignObj::fgAlignObjs[kLastLayer - kFirstLayer] = {
-  0x0,0x0,
-  0x0,0x0,
-  0x0,0x0,
-  0x0,0x0,
-  0x0,0x0,0x0,
-  0x0,0x0,0x0,
-  0x0,
-  0x0,0x0,
-  0x0,
-  0x0
-};
-
 //_____________________________________________________________________________
 AliAlignObj::AliAlignObj():
+  fVolPath(),
   fVolUID(0)
 {
   // default constructor
-  InitVolPaths();
+  for(Int_t i=0; i<6; i++) fDiag[i]=-999.;
+  for(Int_t i=0; i<15; i++) fODia[i]=-999.;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliAlignObj::AliAlignObj(const char* volpath, UShort_t voluid) : TObject()
+AliAlignObj::AliAlignObj(const char* symname, UShort_t voluid) :
+  TObject(),
+  fVolPath(symname),
+  fVolUID(voluid)
 {
   // standard constructor
   //
-  fVolPath=volpath;
-  fVolUID=voluid;
+  for(Int_t i=0; i<6; i++) fDiag[i]=-999.;
+  for(Int_t i=0; i<15; i++) fODia[i]=-999.;
 }
 
-AliAlignObj::AliAlignObj(const char* volpath, ELayerID detId, Int_t volId) : TObject()
+//_____________________________________________________________________________
+AliAlignObj::AliAlignObj(const char* symname, UShort_t voluid, Double_t* cmat) :
+  TObject(),
+  fVolPath(symname),
+  fVolUID(voluid)
 {
   // standard constructor
-  // 
-  fVolPath=volpath;
-  SetVolUID(detId,volId); 
+  //
+  SetCorrMatrix(cmat);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 AliAlignObj::AliAlignObj(const AliAlignObj& theAlignObj) :
-  TObject(theAlignObj)
+  TObject(theAlignObj),
+  fVolPath(theAlignObj.GetSymName()),
+  fVolUID(theAlignObj.GetVolUID())
 {
   //copy constructor
-  fVolPath = theAlignObj.GetVolPath();
-  fVolUID = theAlignObj.GetVolUID();
+  for(Int_t i=0; i<6; i++) fDiag[i]=theAlignObj.fDiag[i];
+  for(Int_t i=0; i<15; i++) fODia[i]=theAlignObj.fODia[i];
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -129,8 +83,10 @@ AliAlignObj &AliAlignObj::operator =(const AliAlignObj& theAlignObj)
 {
   // assignment operator
   if(this==&theAlignObj) return *this;
-  fVolPath = theAlignObj.GetVolPath();
+  fVolPath = theAlignObj.GetSymName();
   fVolUID = theAlignObj.GetVolUID();
+  for(Int_t i=0; i<6; i++) fDiag[i]=theAlignObj.fDiag[i];
+  for(Int_t i=0; i<15; i++) fODia[i]=theAlignObj.fODia[i];
   return *this;
 }
 
@@ -146,6 +102,11 @@ AliAlignObj &AliAlignObj::operator*=(const AliAlignObj& theAlignObj)
   theAlignObj.GetMatrix(m2);
   m1.MultiplyLeft(&m2);
   SetMatrix(m1);
+  // temporary solution: the covariance matrix of the resulting combined object
+  // is set equal to the covariance matrix of the right operand
+  // (not to be used for combining alignment objects for different levels)
+  for(Int_t i=0; i<6; i++)  fDiag[i] = theAlignObj.fDiag[i];
+  for(Int_t i=0; i<15; i++)  fODia[i] = theAlignObj.fODia[i];  
   return *this;
 }
 
@@ -156,35 +117,59 @@ AliAlignObj::~AliAlignObj()
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliAlignObj::SetVolUID(ELayerID detId, Int_t modId)
+void AliAlignObj::SetVolUID(AliGeomManager::ELayerID detId, Int_t modId)
 {
   // From detector name and module number (according to detector numbering)
   // build fVolUID, unique numerical identity of that volume inside ALICE
   // fVolUID is 16 bits, first 5 reserved for detID (32 possible values),
   // remaining 11 for module ID inside det (2048 possible values).
   //
-  fVolUID = LayerToVolUID(detId,modId);
+  fVolUID = AliGeomManager::LayerToVolUID(detId,modId);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliAlignObj::GetVolUID(ELayerID &layerId, Int_t &modId) const
+void AliAlignObj::GetVolUID(AliGeomManager::ELayerID &layerId, Int_t &modId) const
 {
-  // From detector name and module number (according to detector numbering)
-  // build fVolUID, unique numerical identity of that volume inside ALICE
-  // fVolUID is 16 bits, first 5 reserved for detID (32 possible values),
-  // remaining 11 for module ID inside det (2048 possible values).
+  // From the fVolUID, unique numerical identity of that volume inside ALICE,
+  // (voluid is 16 bits, first 5 reserved for layerID (32 possible values),
+  // remaining 11 for module ID inside det (2048 possible values)), sets
+  // the argument layerId to the identity of the layer to which that volume
+  // belongs and sets the argument modId to the identity of that volume
+  // internally to the layer.
   //
-  layerId = VolUIDToLayer(fVolUID,modId);
+  layerId = AliGeomManager::VolUIDToLayer(fVolUID,modId);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliAlignObj::GetPars(Double_t tr[], Double_t angles[]) const
+{
+  GetTranslation(tr);
+  return GetAngles(angles);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 Int_t AliAlignObj::GetLevel() const
 {
-  // Return the geometry level of
-  // the alignable volume to which
-  // the alignment object is associated
-  TString volpath = fVolPath;
-  return (volpath.CountChar('/')+1);
+  // Return the geometry level of the alignable volume to which
+  // the alignment object is associated; this is the number of
+  // slashes in the corresponding volume path
+  //
+  if(!gGeoManager){
+    AliWarning("gGeoManager doesn't exist or it is still open: unable to return meaningful level value.");
+    return (-1);
+  }
+  const char* symname = GetSymName();
+  const char* path;
+  TGeoPNEntry* pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(symname);
+  if(pne){
+    path = pne->GetTitle();
+  }else{
+    path = symname;
+  }
+
+  TString pathStr = path;
+  if(pathStr[0]!='/') pathStr.Prepend('/');
+  return pathStr.CountChar('/');
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -195,6 +180,7 @@ Int_t AliAlignObj::Compare(const TObject *obj) const
   // Used in the sorting during
   // the application of alignment
   // objects to the geometry
+  //
   Int_t level = GetLevel();
   Int_t level2 = ((AliAlignObj *)obj)->GetLevel();
   if (level == level2)
@@ -203,11 +189,316 @@ Int_t AliAlignObj::Compare(const TObject *obj) const
     return ((level > level2) ? 1 : -1);
 }
 
+//______________________________________________________________________________
+void AliAlignObj::GetCovMatrix(Double_t *cmat) const
+{
+  // Fills the cmat argument with the coefficients of the external cov matrix (21 elements)
+  // calculating them from the correlation matrix data member
+  //
+
+  for(Int_t i=0; i<6; ++i) {
+    // Off diagonal elements
+    for(Int_t j=0; j<i; ++j) {
+      cmat[i*(i+1)/2+j] = (fDiag[j] >= 0. && fDiag[i] >= 0.) ? fODia[(i-1)*i/2+j]*fDiag[j]*fDiag[i]: -999.;
+    }
+
+    // Diagonal elements
+    cmat[i*(i+1)/2+i] = (fDiag[i] >= 0.) ? fDiag[i]*fDiag[i] : -999.;
+  }
+
+  return;
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+void AliAlignObj::GetCovMatrix(TMatrixDSym& mcov) const
+{
+  // Fills the matrix m passed as argument as the covariance matrix calculated
+  // from the coefficients of the reduced covariance matrix data members
+  //
+
+  for(Int_t i=0; i<6; ++i) {
+    // Off diagonal elements
+    for(Int_t j=0; j<i; ++j) {
+      mcov(j,i) = mcov(i,j) = (fDiag[j] >= 0. && fDiag[i] >= 0.) ? fODia[(i-1)*i/2+j]*fDiag[j]*fDiag[i]: -999.;
+    }
+
+    // Diagonal elements
+    mcov(i,i) = (fDiag[i] >= 0.) ? fDiag[i]*fDiag[i] : -999.;
+  }
+
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Bool_t AliAlignObj::GetLocalCovMatrix(TMatrixDSym& lCov) const
+{
+  // Calculates the covariance matrix (6x6) associated to the six parameters
+  // defining the current alignment in the global coordinates system (and sets
+  // in the internal data members) from the covariance matrix (6x6) for the six
+  // parameters defining the alignment transformation in the local coordinates
+  // system, passed as an argument.
+  //
+  TMatrixD mJ(6,6);// the jacobian of the transformation from local to global parameters
+  if(!GetJacobian(mJ)) return kFALSE;
+  TMatrixD invJ = mJ.Invert(); // the inverse of the jacobian matrix
+  
+  TMatrixDSym gCov(6);
+  GetCovMatrix(gCov);
+  
+  // Compute the global covariance matrix gcov = mJ lcov mJ-1
+  TMatrixD lCovM = invJ * gCov * mJ;
+  // To be done: somehow check that lCovM is close enough to be symmetric
+  for(Int_t i=0; i<6; i++)
+  {
+    lCov(i,i) = lCovM(i,i);
+    for(Int_t j=i+1; j<6; j++)
+    {
+      lCov(i,j)=lCovM(i,j);
+      lCov(j,i)=lCovM(i,j);
+    }
+  }
+  
+  return kTRUE;
+  
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Bool_t AliAlignObj::GetLocalCovMatrix(Double_t *lCov) const
+{
+  // Calculates the covariance matrix (6x6) associated to the six parameters
+  // defining the current alignment in the global coordinates system (and sets
+  // in the internal data members) from the covariance matrix (6x6) for the six
+  // parameters defining the alignment transformation in the local coordinates
+  // system, passed as an argument.
+  //
+  TMatrixDSym lCovMatrix(6);
+  GetLocalCovMatrix(lCovMatrix);
+  
+  Int_t k=0;
+  for(Int_t i=0; i<6; i++)
+    for(Int_t j=i; j<6; j++)
+    {
+       lCov[k++] = lCovMatrix(i,j);
+    }
+                       
+  return kTRUE;
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Bool_t AliAlignObj::GetJacobian(TMatrixD& mJ) const
+{
+  // Compute the jacobian J of the transformation of the six local to the six global delta parameters
+  //
+  // R00 R01 R02 | (R01Rk2 - R02Rk1)Tk  (R02Rk0 - R00Rk2)Tk  (R00Rk1 - R01Rk0)Tk
+  // R00 R01 R02 | (R11Rk2 - R12Rk1)Tk  (R12Rk0 - R10Rk2)Tk  (R10Rk1 - R11Rk0)Tk
+  // R00 R01 R02 | (R21Rk2 - R22Rk1)Tk  (R22Rk0 - R20Rk2)Tk  (R20Rk1 - R21Rk0)Tk
+  //  -  -   -   -   -   -   -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -
+  //  0   0   0  |   R11R22 - R12R21      R12R20 - R10R22      R10R21 - R11R20
+  //  0   0   0  |   R21R02 - R22R01      R22R00 - R20R02      R20R01 - R21R00
+  //  0   0   0  |   R01R12 - R02R11      R02R10 - R00R12      R00R11 - R01R10
+  //
+  if (!gGeoManager || !gGeoManager->IsClosed()) {
+    AliError("Can't compute the global covariance matrix from the local one without an open geometry!");
+    return kFALSE;
+  }
+
+  const char* symname = GetSymName();
+  TGeoPhysicalNode* node;
+  TGeoPNEntry* pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(symname);
+  if(pne){
+    if(!pne->GetPhysicalNode()){
+      node = gGeoManager->MakeAlignablePN(pne);
+    }else{
+      node = pne->GetPhysicalNode();
+    }
+  }else{
+    AliWarning(Form("The symbolic volume name %s does not correspond to a physical entry. Using it as volume path!",symname));
+    node = (TGeoPhysicalNode*) gGeoManager->MakePhysicalNode(symname);
+  }
+
+  if (!node) {
+    AliError(Form("Volume name or path %s not valid!",symname));
+    return kFALSE;
+  }
+
+  TGeoHMatrix gm; //global matrix
+  gm = *node->GetMatrix();
+  Double_t *tr  = gm.GetTranslation();
+  Double_t *rot = gm.GetRotationMatrix();
+  
+  TGeoHMatrix m; // global delta transformation matrix
+  GetMatrix(m);
+  // We should probably check that it's sufficinetly close to identity
+  // if it's not return because the "small angles" approximation cannot hold
+
+  // 3x3 upper left part (global shifts derived w.r.t. local shifts)
+  for(Int_t i=0; i<3; i++)
+  {
+    for(Int_t j=0; j<3; j++)
+    {
+      mJ(i,j) = rot[i+3*j];
+    }
+  }
+  
+  // 3x3 lower left part (global angles derived w.r.t. local shifts)
+  for(Int_t i=0; i<3; i++)
+  {
+    for(Int_t j=0; j<3; j++)
+    {
+      mJ(i+3,j) = 0.;
+    }
+  }
+  
+  // 3x3 upper right part (global shifts derived w.r.t. local angles)
+  for(Int_t i=0; i<3; i++)
+  {
+    for(Int_t j=0; j<3; j++)
+    {
+      Double_t mEl = 0.;
+      Int_t b = (j+1)%3;
+      Int_t d = (j+2)%3;
+      for(Int_t k=0; k<3; k++)
+      {
+       mEl += (rot[3*i+b]*rot[3*k+d])*tr[k]-(rot[3*i+d]*rot[3*k+b])*tr[k];
+      }
+      mJ(i,j+3) = mEl;
+    }
+  }
+  
+  // 3x3 lower right part (global angles derived w.r.t. local angles)
+  for(Int_t i=0; i<3; i++)
+    for(Int_t j=0; j<3; j++)
+    {
+      Int_t a = (i+1)%3;
+      Int_t b = (j+1)%3;
+      Int_t c = (i+2)%3;
+      Int_t d = (j+2)%3;
+      mJ(i+3,j+3) = rot[3*a+b]*rot[3*c+d]-rot[3*a+d]*rot[3*c+b];
+    }
+
+  return kTRUE;
+
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Bool_t AliAlignObj::SetFromLocalCov(TMatrixDSym& lCov)
+{
+  // Calculates the covariance matrix (6x6) associated to the six parameters
+  // defining the current alignment in the global coordinates system (and sets
+  // in the internal data members) from the covariance matrix (6x6) for the six
+  // parameters defining the alignment transformation in the local coordinates
+  // system, passed as an argument.
+  //
+  TMatrixD mJ(6,6);// the jacobian of the transformation from local to global parameters
+  if(!GetJacobian(mJ)) return kFALSE;
+  TMatrixD invJ = mJ.Invert(); // the inverse of the jacobian matrix
+  
+  // Compute the global covariance matrix gcov = mJ lcov mJ-1
+  TMatrixD gCovM = mJ * lCov * invJ;
+  // To be done: somehow check that gCovM is close enough to be symmetric
+  TMatrixDSym gCov(6);
+  for(Int_t i=0; i<6; i++)
+  {
+    gCov(i,i) = gCovM(i,i);
+    for(Int_t j=i+1; j<6; j++)
+    {
+      gCov(i,j)=gCovM(i,j);
+      gCov(j,i)=gCovM(i,j);
+    }
+  }
+  SetCorrMatrix(gCov);
+
+  return kTRUE;
+  
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Bool_t AliAlignObj::SetFromLocalCov(Double_t *lCov)
+{
+  // Calculates the covariance matrix (6x6) associated to the six parameters
+  // defining the current alignment in the global coordinates system, and sets
+  // in the internal data members, from the 21 coefficients, passed as argument,
+  // of the covariance matrix (6x6) for the six parameters defining the
+  // alignment transformation in the local coordinates system.
+  //
+  TMatrixDSym lCovMatrix(6);
+  
+  Int_t k=0;
+  for(Int_t i=0; i<6; i++)
+    for(Int_t j=i; j<6; j++)
+    {
+      lCovMatrix(i,j) = lCov[k++];
+      if(j!=i) lCovMatrix(j,i) = lCovMatrix(i,j);
+    }
+                       
+  return SetFromLocalCov(lCovMatrix);
+
+}
+  
+
+//______________________________________________________________________________
+void AliAlignObj::SetCorrMatrix(Double_t *cmat)
+{
+  // Sets the correlation matrix data member from the coefficients of the external covariance
+  // matrix (21 elements passed as argument). 
+  //
+  if(cmat) {
+
+    // Diagonal elements first
+    for(Int_t i=0; i<6; ++i) {
+      fDiag[i] = (cmat[i*(i+1)/2+i] >= 0.) ? TMath::Sqrt(cmat[i*(i+1)/2+i]) : -999.;
+    }
+
+    // ... then the ones off diagonal
+    for(Int_t i=0; i<6; ++i)
+      // Off diagonal elements
+      for(Int_t j=0; j<i; ++j) {
+       fODia[(i-1)*i/2+j] = (fDiag[i] > 0. && fDiag[j] > 0.) ? cmat[i*(i+1)/2+j]/(fDiag[j]*fDiag[i]) : 0.;       // check for division by zero (due to diagonal element of 0) and for fDiag != -999. (due to negative input diagonal element).
+       if (fODia[(i-1)*i/2+j]>1.)  fODia[(i-1)*i/2+j] =  1.; // check upper boundary
+       if (fODia[(i-1)*i/2+j]<-1.) fODia[(i-1)*i/2+j] = -1.; // check lower boundary
+      }
+  } else {
+    for(Int_t i=0; i< 6; ++i) fDiag[i]=-999.;
+    for(Int_t i=0; i< 6*(6-1)/2; ++i) fODia[i]=0.;
+  }
+
+  return;
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+void AliAlignObj::SetCorrMatrix(TMatrixDSym& mcov)
+{
+  // Sets the correlation matrix data member from the covariance matrix mcov passed
+  // passed as argument. 
+  //
+  if(mcov.IsValid()) {
+
+    // Diagonal elements first
+    for(Int_t i=0; i<6; ++i) {
+      fDiag[i] = (mcov(i,i) >= 0.) ? TMath::Sqrt(mcov(i,i)) : -999.;
+    }
+
+    // ... then the ones off diagonal
+    for(Int_t i=0; i<6; ++i)
+      // Off diagonal elements
+      for(Int_t j=0; j<i; ++j) {
+       fODia[(i-1)*i/2+j] = (fDiag[i] > 0. && fDiag[j] > 0.) ? mcov(i,j)/(fDiag[j]*fDiag[i]) : 0.;       // check for division by zero (due to diagonal element of 0) and for fDiag != -999. (due to negative input diagonal element).
+       if (fODia[(i-1)*i/2+j]>1.)  fODia[(i-1)*i/2+j] =  1.; // check upper boundary
+       if (fODia[(i-1)*i/2+j]<-1.) fODia[(i-1)*i/2+j] = -1.; // check lower boundary
+      }
+  } else {
+    for(Int_t i=0; i< 6; ++i) fDiag[i]=-999.;
+    for(Int_t i=0; i< 6*(6-1)/2; ++i) fODia[i]=0.;
+  }
+
+  return;
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliAlignObj::AnglesToMatrix(const Double_t *angles, Double_t *rot) const
 {
   // Calculates the rotation matrix using the 
   // Euler angles in "x y z" notation
+  //
   Double_t degrad = TMath::DegToRad();
   Double_t sinpsi = TMath::Sin(degrad*angles[0]);
   Double_t cospsi = TMath::Cos(degrad*angles[0]);
@@ -232,7 +523,13 @@ Bool_t AliAlignObj::MatrixToAngles(const Double_t *rot, Double_t *angles) const
 {
   // Calculates the Euler angles in "x y z" notation
   // using the rotation matrix
-  if(TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) return kFALSE;
+  // Returns false in case the rotation angles can not be
+  // extracted from the matrix
+  //
+  if(TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) {
+    AliError("Failed to extract roll-pitch-yall angles!");
+    return kFALSE;
+  }
   Double_t raddeg = TMath::RadToDeg();
   angles[0]=raddeg*TMath::ATan2(-rot[5],rot[8]);
   angles[1]=raddeg*TMath::ASin(rot[2]);
@@ -241,13 +538,13 @@ Bool_t AliAlignObj::MatrixToAngles(const Double_t *rot, Double_t *angles) const
 }
 
 //______________________________________________________________________________
-void AliAlignObj::Transform(AliTrackPoint &p) const
+void AliAlignObj::Transform(AliTrackPoint &p, Bool_t copycov) const
 {
   // The method transforms the space-point coordinates using the
   // transformation matrix provided by the AliAlignObj
-  // The covariance matrix is not affected since we assume
-  // that the transformations are sufficiently small
-
+  // In case the copycov flag is set to kTRUE, the covariance matrix 
+  // of the alignment object is copied into the space-point
+  //
   if (fVolUID != p.GetVolumeID())
     AliWarning(Form("Alignment object ID is not equal to the space-point ID (%d != %d)",fVolUID,p.GetVolumeID())); 
 
@@ -264,6 +561,12 @@ void AliAlignObj::Transform(AliTrackPoint &p) const
                 xyzin[1]*rot[3*i+1]+
                 xyzin[2]*rot[3*i+2];
   p.SetXYZ(xyzout);
+
+  if(copycov){
+    TMatrixDSym covmat(6);
+    GetCovMatrix(covmat); 
+    p.SetAlignCovMatrix(covmat);
+  }
   
 }
 
@@ -272,6 +575,7 @@ void AliAlignObj::Transform(AliTrackPointArray &array) const
 {
   // This method is used to transform all the track points
   // from the input AliTrackPointArray
+  // 
   AliTrackPoint p;
   for (Int_t i = 0; i < array.GetNPoints(); i++) {
     array.GetPoint(p,i);
@@ -286,6 +590,7 @@ void AliAlignObj::Print(Option_t *) const
   // Print the contents of the
   // alignment object in angles and
   // matrix representations
+  //
   Double_t tr[3];
   GetTranslation(tr);
   Double_t angles[3];
@@ -294,12 +599,12 @@ void AliAlignObj::Print(Option_t *) const
   GetMatrix(m);
   const Double_t *rot = m.GetRotationMatrix();
 
-  printf("Volume=%s\n",GetVolPath());
+  printf("Volume=%s\n",GetSymName());
   if (GetVolUID() != 0) {
-    ELayerID layerId;
+    AliGeomManager::ELayerID layerId;
     Int_t modId;
     GetVolUID(layerId,modId);
-    printf("VolumeID=%d LayerID=%d ( %s ) ModuleID=%d\n", GetVolUID(),layerId,LayerName(layerId),modId);
+    printf("VolumeID=%d LayerID=%d ( %s ) ModuleID=%d\n", GetVolUID(),layerId,AliGeomManager::LayerName(layerId),modId);
   }
   printf("%12.8f%12.8f%12.8f    Tx = %12.8f    Psi   = %12.8f\n", rot[0], rot[1], rot[2], tr[0], angles[0]);
   printf("%12.8f%12.8f%12.8f    Ty = %12.8f    Theta = %12.8f\n", rot[3], rot[4], rot[5], tr[1], angles[1]);
@@ -308,577 +613,326 @@ void AliAlignObj::Print(Option_t *) const
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Int_t AliAlignObj::LayerSize(Int_t layerId)
+void AliAlignObj::SetPars(Double_t x, Double_t y, Double_t z,
+                         Double_t psi, Double_t theta, Double_t phi)
 {
-  // Get the corresponding layer size.
-  // Implemented only for ITS,TPC,TRD,TOF and RICH
-  if (layerId < kFirstLayer || layerId >= kLastLayer) {
-    AliErrorClass(Form("Invalid layer index %d ! Layer range is (%d -> %d) !",layerId,kFirstLayer,kLastLayer));
-    return 0;
-  }
-  else {
-    return fgLayerSize[layerId - kFirstLayer];
- }
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-const char* AliAlignObj::LayerName(Int_t layerId)
-{
-  // Get the corresponding layer name.
-  // Implemented only for ITS,TPC,TRD,TOF and RICH
-  if (layerId < kFirstLayer || layerId >= kLastLayer) {
-    AliErrorClass(Form("Invalid layer index %d ! Layer range is (%d -> %d) !",layerId,kFirstLayer,kLastLayer));
-    return "Invalid Layer!";
-  }
-  else {
-    return fgLayerName[layerId - kFirstLayer];
- }
+  // Set the global delta transformation by passing 3 angles (expressed in
+  // degrees) and 3 shifts (in centimeters)
+  // 
+  SetTranslation(x,y,z);
+  SetRotation(psi,theta,phi);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-UShort_t AliAlignObj::LayerToVolUID(ELayerID layerId, Int_t modId)
+Bool_t AliAlignObj::SetLocalPars(Double_t x, Double_t y, Double_t z,
+                                Double_t psi, Double_t theta, Double_t phi)
 {
-  // From detector (layer) name and module number (according to detector numbering)
-  // build fVolUID, unique numerical identity of that volume inside ALICE
-  // fVolUID is 16 bits, first 5 reserved for layerID (32 possible values),
-  // remaining 11 for module ID inside det (2048 possible values).
+  // Set the global delta transformation by passing the parameters
+  // for the local delta transformation (3 shifts and 3 angles).
+  // In case that the TGeo was not initialized or not closed,
+  // returns false and the object parameters are not set.
   //
-  return ((UShort_t(layerId) << 11) | UShort_t(modId));
-}
+  TGeoHMatrix m;
+  Double_t tr[3] = {x, y, z};
+  m.SetTranslation(tr);
+  Double_t angles[3] = {psi, theta, phi};
+  Double_t rot[9];
+  AnglesToMatrix(angles,rot);
+  m.SetRotation(rot);
+
+  return SetLocalMatrix(m);
 
-//_____________________________________________________________________________
-UShort_t AliAlignObj::LayerToVolUID(Int_t   layerId, Int_t modId)
-{
-  // From detector (layer) index and module number (according to detector numbering)
-  // build fVolUID, unique numerical identity of that volume inside ALICE
-  // fVolUID is 16 bits, first 5 reserved for layerID (32 possible values),
-  // remaining 11 for module ID inside det (2048 possible values).
-  //
-  return ((UShort_t(layerId) << 11) | UShort_t(modId));
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliAlignObj::ELayerID AliAlignObj::VolUIDToLayer(UShort_t voluid, Int_t &modId)
+Bool_t AliAlignObj::SetLocalTranslation(Double_t x, Double_t y, Double_t z)
 {
-  // From detector (layer) name and module number (according to detector numbering)
-  // build fVolUID, unique numerical identity of that volume inside ALICE
-  // fVolUID is 16 bits, first 5 reserved for layerID (32 possible values),
-  // remaining 11 for module ID inside det (2048 possible values).
+  // Set the global delta transformation by passing the three shifts giving
+  // the translation in the local reference system of the alignable
+  // volume (known by TGeo geometry).
+  // In case that the TGeo was not initialized or not closed,
+  // returns false and the object parameters are not set.
   //
-  modId = voluid & 0x7ff;
+  TGeoHMatrix m;
+  Double_t tr[3] = {x, y, z};
+  m.SetTranslation(tr);
+
+  return SetLocalMatrix(m);
 
-  return VolUIDToLayer(voluid);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliAlignObj::ELayerID AliAlignObj::VolUIDToLayer(UShort_t voluid)
+Bool_t AliAlignObj::SetLocalTranslation(const TGeoMatrix& m)
 {
-  // From detector (layer) name and module number (according to detector numbering)
-  // build fVolUID, unique numerical identity of that volume inside ALICE
-  // fVolUID is 16 bits, first 5 reserved for layerID (32 possible values),
-  // remaining 11 for module ID inside det (2048 possible values).
+  // Set the global delta transformation by passing the matrix of
+  // the local delta transformation and taking its translational part
+  // In case that the TGeo was not initialized or not closed,
+  // returns false and the object parameters are not set.
   //
-  return ELayerID((voluid >> 11) & 0x1f);
+  const Double_t* tr = m.GetTranslation();
+  TGeoHMatrix mtr;
+  mtr.SetTranslation(tr);
+
+  return SetLocalMatrix(mtr);
+
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliAlignObj::SetLocalPars(Double_t x, Double_t y, Double_t z,
-                                Double_t psi, Double_t theta, Double_t phi)
+Bool_t AliAlignObj::SetLocalRotation(Double_t psi, Double_t theta, Double_t phi)
 {
-  // Set the translations and angles by using parameters
-  // defined in the local (in TGeo means) coordinate system
-  // of the alignable volume. In case that the TGeo was
-  // initialized, returns false and the object parameters are
-  // not set.
-  if (!gGeoManager || !gGeoManager->IsClosed()) {
-    AliError("Can't set the alignment object parameters! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
-    return kFALSE;
-  }
-
-  const char* volpath = GetVolPath();
-  TGeoPhysicalNode* node = (TGeoPhysicalNode*) gGeoManager->MakePhysicalNode(volpath);
-  if (!node) {
-    AliError(Form("Volume path %s not valid!",volpath));
-    return kFALSE;
-  }
-  if (node->IsAligned())
-    AliWarning(Form("Volume %s has been already misaligned!",volpath));
-
+  // Set the global delta transformation by passing the three angles giving
+  // the rotation in the local reference system of the alignable
+  // volume (known by TGeo geometry).
+  // In case that the TGeo was not initialized or not closed,
+  // returns false and the object parameters are not set.
+  //
   TGeoHMatrix m;
-  Double_t tr[3];
-  tr[0]=x; tr[1]=y; tr[2]=z;
-  m.SetTranslation(tr);
   Double_t angles[3] = {psi, theta, phi};
   Double_t rot[9];
   AnglesToMatrix(angles,rot);
   m.SetRotation(rot);
 
-  TGeoHMatrix align,gprime,gprimeinv;
-  gprime = *node->GetMatrix();
-  gprimeinv = gprime.Inverse();
-  m.Multiply(&gprimeinv);
-  m.MultiplyLeft(&gprime);
-
-  SetMatrix(m);
+  return SetLocalMatrix(m);
 
-  return kTRUE;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliAlignObj::ApplyToGeometry()
+Bool_t AliAlignObj::SetLocalRotation(const TGeoMatrix& m)
 {
-  // Apply the current alignment object
-  // to the TGeo geometry
-
-  if (!gGeoManager || !gGeoManager->IsClosed()) {
-    AliError("Can't apply the alignment object! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
-    return kFALSE;
-  }
-  
-  const char* volpath = GetVolPath();
-
-  if (gGeoManager->GetListOfPhysicalNodes()->FindObject(volpath)) {
-    AliError(Form("Volume %s has been already misaligned!",volpath));
-    return kFALSE;
-  }
+  // Set the global delta transformation by passing the matrix of
+  // the local delta transformation and taking its rotational part
+  // In case that the TGeo was not initialized or not closed,
+  // returns false and the object parameters are not set.
+  //
+  TGeoHMatrix rotm;
+  const Double_t* rot = m.GetRotationMatrix();
+  rotm.SetRotation(rot);
 
-  if (!gGeoManager->cd(volpath)) {
-    AliError(Form("Volume path %s not valid!",volpath));
-    return kFALSE;
-  }
+  return SetLocalMatrix(rotm);
 
-  TGeoPhysicalNode* node = (TGeoPhysicalNode*) gGeoManager->MakePhysicalNode(volpath);
-  if (!node) {
-    AliError(Form("Volume path %s not valid!",volpath));
-    return kFALSE;
-  }
-
-  TGeoHMatrix align,gprime;
-  gprime = *node->GetMatrix();
-  GetMatrix(align);
-  gprime.MultiplyLeft(&align);
-  TGeoHMatrix *ginv = new TGeoHMatrix;
-  TGeoHMatrix *g = node->GetMatrix(node->GetLevel()-1);
-  *ginv = g->Inverse();
-  *ginv *= gprime;
-  AliAlignObj::ELayerID layerId; // unique identity for volume in the alobj
-  Int_t modId; // unique identity for volume in the alobj
-  GetVolUID(layerId, modId);
-  AliDebug(2,Form("Aligning volume %s of detector layer %d with local ID %d",volpath,layerId,modId));
-  node->Align(ginv);
-
-  return kTRUE;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliAlignObj::GetFromGeometry(const char *path, AliAlignObj &alobj)
+Bool_t AliAlignObj::SetLocalMatrix(const TGeoMatrix& m)
 {
-  // Get the alignment object which correspond
-  // to the TGeo volume defined by the 'path'.
-  // The method is extremely slow due to the
-  // searching by string. Therefore it should
-  // be used with great care!!
-
-  // Reset the alignment object
-  alobj.SetPars(0,0,0,0,0,0);
-  alobj.SetVolPath(path);
-
+  // Set the global delta transformation by passing the TGeo matrix
+  // for the local delta transformation.
+  // In case that the TGeo was not initialized or not closed,
+  // returns false and the object parameters are not set.
+  //
   if (!gGeoManager || !gGeoManager->IsClosed()) {
-    AliErrorClass("Can't get the alignment object! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
+    AliError("Can't set the local alignment object parameters! gGeoManager doesn't exist or it is still open!");
     return kFALSE;
   }
 
-  if (!gGeoManager->GetListOfPhysicalNodes()) {
-    AliErrorClass("Can't get the alignment object! gGeoManager doesn't contain any aligned nodes!");
-    return kFALSE;
+  const char* symname = GetSymName();
+  TGeoPhysicalNode* node;
+  TGeoPNEntry* pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(symname);
+  if(pne){
+    if(!pne->GetPhysicalNode()){
+      node = gGeoManager->MakeAlignablePN(pne);
+    }else{
+      node = pne->GetPhysicalNode();
+    }
+  }else{
+    AliWarning(Form("The symbolic volume name %s does not correspond to a physical entry. Using it as volume path!",symname));
+    node = (TGeoPhysicalNode*) gGeoManager->MakePhysicalNode(symname);
   }
 
-  TObjArray* nodesArr = gGeoManager->GetListOfPhysicalNodes();
-  TGeoPhysicalNode* node = NULL;
-  for (Int_t iNode = 0; iNode < nodesArr->GetEntriesFast(); iNode++) {
-    node = (TGeoPhysicalNode*) nodesArr->UncheckedAt(iNode);
-    const char *nodePath = node->GetName();
-    if (strcmp(path,nodePath) == 0) break;
-  }
   if (!node) {
-    if (!gGeoManager->cd(path)) {
-      AliErrorClass(Form("Volume path %s not found!",path));
-      return kFALSE;
-    }
-    else {
-      AliWarningClass(Form("Volume (%s) has not been misaligned!",path));
-      return kTRUE;
-    }
+    AliError(Form("Volume name or path %s not valid!",symname));
+    return kFALSE;
   }
+  if (node->IsAligned())
+    AliWarning(Form("Volume %s has been already misaligned!",symname));
 
-  TGeoHMatrix align,gprime,g,ginv,l;
+  TGeoHMatrix m1;
+  const Double_t *tr = m.GetTranslation();
+  m1.SetTranslation(tr);
+  const Double_t* rot = m.GetRotationMatrix();
+  m1.SetRotation(rot);
+
+  TGeoHMatrix align,gprime,gprimeinv;
   gprime = *node->GetMatrix();
-  l = *node->GetOriginalMatrix();
-  g = *node->GetMatrix(node->GetLevel()-1);
-  g *= l;
-  ginv = g.Inverse();
-  align = gprime * ginv;
-  alobj.SetMatrix(align);
+  gprimeinv = gprime.Inverse();
+  m1.Multiply(&gprimeinv);
+  m1.MultiplyLeft(&gprime);
 
-  return kTRUE;
+  return SetMatrix(m1);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void  AliAlignObj::InitAlignObjFromGeometry()
+Bool_t AliAlignObj::SetMatrix(const TGeoMatrix& m)
 {
-  // Loop over all alignable volumes and extract
-  // the corresponding alignment objects from
-  // the TGeo geometry
-
-  if(fgAlignObjs[0]) return;
-  
-  InitVolPaths();
-
-  for (Int_t iLayer = kFirstLayer; iLayer < AliAlignObj::kLastLayer; iLayer++) {
-    fgAlignObjs[iLayer-kFirstLayer] = new AliAlignObj*[AliAlignObj::LayerSize(iLayer)];
-    for (Int_t iModule = 0; iModule < AliAlignObj::LayerSize(iLayer); iModule++) {
-      UShort_t volid = AliAlignObj::LayerToVolUID(iLayer,iModule);
-      fgAlignObjs[iLayer-kFirstLayer][iModule] = new AliAlignObjAngles("",volid,0,0,0,0,0,0);
-      const char *path = GetVolPath(volid);
-      if (!GetFromGeometry(path, *fgAlignObjs[iLayer-kFirstLayer][iModule]))
-       AliErrorClass(Form("Failed to extract the alignment object for the volume (ID=%d and path=%s) !",volid,path));
-    }
-  }
-  
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-AliAlignObj* AliAlignObj::GetAlignObj(UShort_t voluid) {
-  // Returns the alignment object for given volume ID
-  Int_t modId;
-  ELayerID layerId = VolUIDToLayer(voluid,modId);
-  return GetAlignObj(layerId,modId);
+  // Set the global delta transformation by passing the TGeoMatrix
+  // for it
+  //
+  SetTranslation(m);
+  return SetRotation(m);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliAlignObj* AliAlignObj::GetAlignObj(ELayerID layerId, Int_t modId)
+Bool_t AliAlignObj::GetLocalPars(Double_t transl[], Double_t angles[]) const
 {
-  // Returns pointer to alignment object givent its layer and module ID
-  if(modId<0 || modId>=fgLayerSize[layerId-kFirstLayer]){
-    AliWarningClass(Form("Module number %d not in the valid range (0->%d) !",modId,fgLayerSize[layerId-kFirstLayer]-1));
-    return NULL;
-  }
-  return fgAlignObjs[layerId-kFirstLayer][modId];
+  // Get the translations and angles (in degrees) expressing the
+  // local delta transformation.
+  // In case that the TGeo was not initialized or not closed,
+  // returns false and the object parameters are not set.
+  //
+  if(!GetLocalTranslation(transl)) return kFALSE;
+  return GetLocalAngles(angles);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-const char* AliAlignObj::GetVolPath(UShort_t voluid) {
-  // Returns the volume path for given volume ID
-  Int_t modId;
-  ELayerID layerId = VolUIDToLayer(voluid,modId);
-  return GetVolPath(layerId,modId);
+Bool_t AliAlignObj::GetLocalTranslation(Double_t* tr) const
+{
+  // Get the 3 shifts giving the translational part of the local
+  // delta transformation.
+  // In case that the TGeo was not initialized or not closed,
+  // returns false and the object parameters are not set.
+  //
+  TGeoHMatrix ml;
+  if(!GetLocalMatrix(ml)) return kFALSE;
+  const Double_t* transl;
+  transl = ml.GetTranslation();
+  tr[0]=transl[0];
+  tr[1]=transl[1];
+  tr[2]=transl[2];
+  return kTRUE;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-const char* AliAlignObj::GetVolPath(ELayerID layerId, Int_t modId)
+Bool_t AliAlignObj::GetLocalAngles(Double_t* angles) const
 {
-  // Returns volume path to alignment object givent its layer and module ID
-  if(modId<0 || modId>=fgLayerSize[layerId-kFirstLayer]){
-    AliWarningClass(Form("Module number %d not in the valid range (0->%d) !",modId,fgLayerSize[layerId-kFirstLayer]-1));
-    return NULL;
-  }
-  return fgVolPath[layerId-kFirstLayer][modId].Data();
+  // Get the 3 angles giving the rotational part of the local
+  // delta transformation.
+  // In case that the TGeo was not initialized or not closed,
+  // returns false and the object parameters are not set.
+  //
+  TGeoHMatrix ml;
+  if(!GetLocalMatrix(ml)) return kFALSE;
+  const Double_t *rot = ml.GetRotationMatrix();
+  return MatrixToAngles(rot,angles);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliAlignObj::InitVolPaths()
+Bool_t AliAlignObj::GetLocalMatrix(TGeoHMatrix& m) const
 {
-  // Initialize the LUTs which contain
-  // the TGeo volume paths for each
-  // alignable volume. The LUTs are
-  // static, so they are created during
-  // the creation of the first intance
-  // of AliAlignObj
-
-  if (fgVolPath[0]) return;
-
-  for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (kLastLayer - kFirstLayer); iLayer++)
-    fgVolPath[iLayer] = new TString[fgLayerSize[iLayer]];
-
-  /*********************       SPD layer1  ***********************/
-  {
-    Int_t modnum = 0;
-    TString str0 = "ALIC_1/ITSV_1/ITSD_1/IT12_1/I12B_"; //".../I12A_"
-    TString str1 = "/I10B_";    //"/I10A_";
-    TString str2 = "/I107_";    //"/I103_"
-    //    TString str3 = "/I101_1/ITS1_1";
-    TString volpath, volpath1, volpath2;
-
-    for(Int_t c1 = 1; c1<=10; c1++){
-      volpath = str0;
-      volpath += c1;
-      volpath += str1;
-      for(Int_t c2 =1; c2<=2; c2++){
-       volpath1 = volpath;
-       volpath1 += c2;
-       volpath1 += str2;
-       for(Int_t c3 =1; c3<=4; c3++){
-         volpath2 = volpath1;
-         volpath2 += c3;
-         //      volpath2 += str3;
-         fgVolPath[kSPD1-kFirstLayer][modnum] = volpath2.Data();
-         modnum++;
-       }
-      }
-    }
-  }
-  
-  /*********************       SPD layer2  ***********************/
-  {
-    Int_t modnum = 0;
-    TString str0 = "ALIC_1/ITSV_1/ITSD_1/IT12_1/I12B_";  //".../I12A_"
-    TString str1 = "/I20B_";  //"/I20A"
-    TString str2 = "/I1D7_";  //"/I1D3"
-    //    TString str3 = "/I1D1_1/ITS2_1";
-    TString volpath, volpath1, volpath2;
-
-    for(Int_t c1 = 1; c1<=10; c1++){
-      volpath = str0;
-      volpath += c1;
-      volpath += str1;
-      for(Int_t c2 =1; c2<=4; c2++){
-       volpath1 = volpath;
-       volpath1 += c2;
-       volpath1 += str2;
-       for(Int_t c3 =1; c3<=4; c3++){
-         volpath2 = volpath1;
-         volpath2 += c3;
-         //      volpath2 += str3;
-         fgVolPath[kSPD2-kFirstLayer][modnum] = volpath2.Data();
-         modnum++;
-       }
-      }
-    }
+  // Get the matrix for the local delta transformation.
+  // In case that the TGeo was not initialized or not closed,
+  // returns false and the object parameters are not set.
+  //
+  if (!gGeoManager || !gGeoManager->IsClosed()) {
+    AliError("Can't get the local alignment object parameters! gGeoManager doesn't exist or it is still open!");
+    return kFALSE;
   }
 
-  /*********************       SDD layer1  ***********************/
-  {
-    Int_t modnum=0;
-    TString str0 = "ALIC_1/ITSV_1/ITSD_1/IT34_1/I004_";
-    TString str1 = "/I302_";
-    //    TString str2 = "/ITS3_1";
-    TString volpath, volpath1;
-
-    for(Int_t c1 = 1; c1<=14; c1++){
-      volpath = str0;
-      volpath += c1;
-      volpath += str1;
-      for(Int_t c2 =1; c2<=6; c2++){
-       volpath1 = volpath;
-       volpath1 += c2;
-       //      volpath1 += str2;
-       fgVolPath[kSDD1-kFirstLayer][modnum] = volpath1.Data();
-       modnum++;
-      }
+  const char* symname = GetSymName();
+  TGeoPhysicalNode* node;
+  TGeoPNEntry* pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(symname);
+  if(pne){
+    if(!pne->GetPhysicalNode()){
+      node = gGeoManager->MakeAlignablePN(pne);
+    }else{
+      node = pne->GetPhysicalNode();
     }
+  }else{
+    AliWarning(Form("The symbolic volume name %s does not correspond to a physical entry. Using it as volume path!",symname));
+    node = (TGeoPhysicalNode*) gGeoManager->MakePhysicalNode(symname);
   }
 
-  /*********************       SDD layer2  ***********************/
-  {
-    Int_t modnum=0;
-    TString str0 = "ALIC_1/ITSV_1/ITSD_1/IT34_1/I005_";
-    TString str1 = "/I402_";
-    //    TString str2 = "/ITS4_1";
-    TString volpath, volpath1;
-
-    for(Int_t c1 = 1; c1<=22; c1++){
-      volpath = str0;
-      volpath += c1;
-      volpath += str1;
-      for(Int_t c2 = 1; c2<=8; c2++){
-       volpath1 = volpath;
-       volpath1 += c2;
-       //      volpath1 += str2;
-       fgVolPath[kSDD2-kFirstLayer][modnum] = volpath1.Data();
-       modnum++;
-      }
-    }
+  if (!node) {
+    AliError(Form("Volume name or path %s not valid!",symname));
+    return kFALSE;
   }
+  if (node->IsAligned())
+    AliWarning(Form("Volume %s has been already misaligned!",symname));
 
-  /*********************       SSD layer1  ***********************/
-  {
-    Int_t modnum=0;
-    TString str0 = "ALIC_1/ITSV_1/ITSD_1/IT56_1/I565_";
-    TString str1 = "/I562_";
-    //    TString str2 = "/ITS5_1";
-    TString volpath, volpath1;
-
-    for(Int_t c1 = 1; c1<=34; c1++){
-      volpath = str0;
-      volpath += c1;
-      volpath += str1;
-      for(Int_t c2 = 1; c2<=22; c2++){
-       volpath1 = volpath;
-       volpath1 += c2;
-       //      volpath1 += str2;
-       fgVolPath[kSSD1-kFirstLayer][modnum] = volpath1.Data();
-       modnum++;
-      }
-    }
-  }
+  GetMatrix(m);
+  TGeoHMatrix gprime,gprimeinv;
+  gprime = *node->GetMatrix();
+  gprimeinv = gprime.Inverse();
+  m.Multiply(&gprime);
+  m.MultiplyLeft(&gprimeinv);
 
-  /*********************       SSD layer1  ***********************/
-  {
-    Int_t modnum=0;
-    TString str0 = "ALIC_1/ITSV_1/ITSD_1/IT56_1/I569_";
-    TString str1 = "/I566_";
-    //    TString str2 = "/ITS6_1";
-    TString volpath, volpath1;
-
-    for(Int_t c1 = 1; c1<=38; c1++){
-      volpath = str0;
-      volpath += c1;
-      volpath += str1;
-      for(Int_t c2 = 1; c2<=25; c2++){
-       volpath1 = volpath;
-       volpath1 += c2;
-       //      volpath1 += str2;
-       fgVolPath[kSSD2-kFirstLayer][modnum] = volpath1.Data();
-       modnum++;
-      }
-    }
+  return kTRUE;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliAlignObj::ApplyToGeometry(Bool_t ovlpcheck)
+{
+  // Apply the current alignment object to the TGeo geometry
+  // This method returns FALSE if the symname of the object was not
+  // valid neither to get a TGeoPEntry nor as a volume path
+  //
+  if (!gGeoManager || !gGeoManager->IsClosed()) {
+    AliError("Can't apply the alignment object! gGeoManager doesn't exist or it is still open!");
+    return kFALSE;
   }
 
-  /***************    TPC inner chambers' layer    ****************/
-  {
-    Int_t modnum = 0;
-    TString str1 = "ALIC_1/TPC_M_1/TPC_Drift_1/TPC_ENDCAP_1/TPC_SECT_";
-    TString str2 = "ALIC_1/TPC_M_1/TPC_Drift_1/TPC_ENDCAP_2/TPC_SECT_";
-    TString strIn = "/TPC_IROC_1";
-    TString volpath;
-    
-    for(Int_t cnt=1; cnt<=18; cnt++){
-      volpath = str1;
-      volpath += cnt;
-      volpath += strIn;
-      fgVolPath[kTPC1-kFirstLayer][modnum] = volpath.Data();
-      modnum++;
-    }
-    for(Int_t cnt=1; cnt<=18; cnt++){
-      volpath = str2;
-      volpath += cnt;
-      volpath += strIn;
-      fgVolPath[kTPC1-kFirstLayer][modnum] = volpath.Data();
-      modnum++;
-    }
+  if (gGeoManager->IsLocked()){
+    AliError("Can't apply the alignment object! Geometry is locked!");
+    return kFALSE;
   }
 
-  /***************    TPC outer chambers' layer    ****************/
-  {
-    Int_t modnum = 0;
-    TString str1 = "ALIC_1/TPC_M_1/TPC_Drift_1/TPC_ENDCAP_1/TPC_SECT_";
-    TString str2 = "ALIC_1/TPC_M_1/TPC_Drift_1/TPC_ENDCAP_2/TPC_SECT_";
-    TString strOut = "/TPC_OROC_1";
-    TString volpath;
-    
-    for(Int_t cnt=1; cnt<=18; cnt++){
-      volpath = str1;
-      volpath += cnt;
-      volpath += strOut;
-      fgVolPath[kTPC2-kFirstLayer][modnum] = volpath.Data();
-      modnum++;
-    }
-    for(Int_t cnt=1; cnt<=18; cnt++){
-      volpath = str2;
-      volpath += cnt;
-      volpath += strOut;
-      fgVolPath[kTPC2-kFirstLayer][modnum] = volpath.Data();
-      modnum++;
+  const char* symname = GetSymName();
+  const char* path;
+  TGeoPhysicalNode* node;
+  TGeoPNEntry* pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(symname);
+  if(pne){
+    path = pne->GetTitle();
+    node = gGeoManager->MakeAlignablePN(pne);
+  }else{
+    AliDebug(1,Form("The symbolic volume name %s does not correspond to a physical entry. Using it as a volume path!",symname));
+    path=symname;
+    if (!gGeoManager->CheckPath(path)) {
+      AliDebug(1,Form("Volume path %s not valid!",path));
+      return kFALSE;
     }
-  }    
-
-  /*********************       TOF layer   ***********************/
-  {
-    Int_t nstrA=15;
-    Int_t nstrB=19;
-    Int_t nstrC=19;
-    Int_t nsec=18;
-    Int_t nStripSec=nstrA+2*nstrB+2*nstrC;
-    Int_t nStrip=nStripSec*nsec;
-
-    for (Int_t modnum=0; modnum < nStrip; modnum++) {
-
-      Int_t sector = modnum/nStripSec;
-      Char_t  string1[100];
-      Char_t  string2[100];
-      Int_t icopy=-1;
-      icopy=sector; 
-
-      // Old 6h convention
-      // if(sector<13){
-      //       icopy=sector+5;}  
-      // else{ icopy=sector-13;}
-
-      sprintf(string1,"/ALIC_1/B077_1/BSEGMO%i_1/BTOF%i_1/FTOA_0/FLTA_0",sector,sector);
-      
-      Int_t strInSec=modnum%nStripSec;
-      icopy= strInSec;
-      icopy++;
-      sprintf(string2,"FSTR_%i",icopy);      
-      Char_t  path[100];
-      sprintf(path,"%s/%s",string1,string2); 
-      //      printf("%d  %s\n",modnum,path);
-      fgVolPath[kTOF-kFirstLayer][modnum] = path;
+    if (gGeoManager->GetListOfPhysicalNodes()->FindObject(path)) {
+      AliError(Form("Volume %s has already been misaligned!",path));
+      return kFALSE;
     }
-  } 
-
-  /*********************      RICH layer   ***********************/
-  {
-    TString str = "ALIC_1/RICH_";
-    TString volpath;
+    node = (TGeoPhysicalNode*) gGeoManager->MakePhysicalNode(path);
+  }
 
-    for (Int_t modnum=0; modnum < 7; modnum++) {
-      volpath = str;
-      volpath += (modnum+1);
-      fgVolPath[kRICH-kFirstLayer][modnum] = volpath.Data();
-    }
+  if (!node) {
+    AliError(Form("Volume path %s not valid!",path));
+    return kFALSE;
   }
 
-  /*********************      TRD layers 0-6   *******************/
+  //  Double_t threshold = 0.001;
+  
+  TGeoHMatrix align,gprime;
+  gprime = *node->GetMatrix();
+  GetMatrix(align);
+  gprime.MultiplyLeft(&align);
+  TGeoHMatrix *ginv = new TGeoHMatrix;
+  TGeoHMatrix *g = node->GetMatrix(node->GetLevel()-1);
+  *ginv = g->Inverse();
+  *ginv *= gprime;
+  AliGeomManager::ELayerID layerId; // unique identity for layer in the alobj
+  Int_t modId; // unique identity for volume inside layer in the alobj
+  GetVolUID(layerId, modId);
+  AliDebug(2,Form("Aligning volume %s of detector layer %d with local ID %d",symname,layerId,modId));
+  if(ovlpcheck){
+    node->Align(ginv,0,kTRUE); //(trunk of root takes threshold as additional argument)
+  }else{
+    node->Align(ginv,0,kFALSE);
+  }
+  if(ovlpcheck)
   {
-    TString strSM[18]={"ALIC_1/B077_1/BSEGMO0_1/BTRD0_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO1_1/BTRD1_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO2_1/BTRD2_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO3_1/BTRD3_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO4_1/BTRD4_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO5_1/BTRD5_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO6_1/BTRD6_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO7_1/BTRD7_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO8_1/BTRD8_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO9_1/BTRD9_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO10_1/BTRD10_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO11_1/BTRD11_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO12_1/BTRD12_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO13_1/BTRD13_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO14_1/BTRD14_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO15_1/BTRD15_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO16_1/BTRD16_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT",
-                      "ALIC_1/B077_1/BSEGMO17_1/BTRD17_1/UTR1_1/UTS1_1/UTI1_1/UT"};
-    TString strPost = "_1";
-    TString zeroStr = "0";
-    TString volpath;
-
-    Int_t arTRDlayId[6] = {kTRD1, kTRD2, kTRD3, kTRD4, kTRD5, kTRD6};
-
-    for(Int_t layer=0; layer<6; layer++){
-      Int_t modnum=0;
-      for(Int_t sm = 0; sm < 18; sm++){
-       for(Int_t stacknum = 0; stacknum < 5; stacknum++){
-         Int_t chnum = layer + stacknum*6;
-         volpath = strSM[sm];
-         if(chnum<10) volpath += zeroStr;
-         volpath += chnum;
-         volpath += strPost;
-         fgVolPath[arTRDlayId[layer]-kFirstLayer][modnum] = volpath.Data();
-         modnum++;
-       }
-      }
+    TObjArray* ovlpArray =  gGeoManager->GetListOfOverlaps();
+    Int_t nOvlp = ovlpArray->GetEntriesFast();
+    if(nOvlp)
+    {
+      AliInfo(Form("Misalignment of node %s generated the following overlaps/extrusions:",node->GetName()));
+      for(Int_t i=0; i<nOvlp; i++)
+       ((TGeoOverlap*)ovlpArray->UncheckedAt(i))->PrintInfo();
     }
   }
-
+      
+  return kTRUE;
 }
+
+