]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliReconstruction.cxx
New version of CDB framework. Proper initialization of CDB inside AliSimulation and...
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliReconstruction.cxx
index d36e33b8a7c241046eb1a1040ddcae9ab04d9e16..0595d5b9fca0fd2ab5bd7e6c8ca4db761539b0e7 100644 (file)
 // - raw data DATE file: DATE file name, any other non-empty string          //
 // - MC root files     : empty string, default                               //
 //                                                                           //
+// By default all events are reconstructed. The reconstruction can be        //
+// limited to a range of events by giving the index of the first and the     //
+// last event as an argument to the Run method or by calling                 //
+//                                                                           //
+//   rec.SetEventRange(..., ...);                                            //
+//                                                                           //
+// The index -1 (default) can be used for the last event to indicate no      //
+// upper limit of the event range.                                           //
+//                                                                           //
 // The name of the galice file can be changed from the default               //
 // "galice.root" by passing it as argument to the AliReconstruction          //
 // constructor or by                                                         //
 //                                                                           //
 //   rec.SetRunTracking("...");                                              //
 //                                                                           //
+// Uniform/nonuniform field tracking switches (default: uniform field)       //
+//                                                                           //
+//   rec.SetUniformFieldTracking();  ( rec.SetNonuniformFieldTracking(); )   //
+//                                                                           //
 // The filling of additional ESD information can be steered by               //
 //                                                                           //
 //   rec.SetFillESD("...");                                                  //
 #include <TROOT.h>
 #include <TPluginManager.h>
 #include <TStopwatch.h>
+#include <TGeoManager.h>
+#include <TLorentzVector.h>
 
 #include "AliReconstruction.h"
 #include "AliReconstructor.h"
 #include "AliRawReaderFile.h"
 #include "AliRawReaderDate.h"
 #include "AliRawReaderRoot.h"
-#include "AliTracker.h"
 #include "AliESD.h"
 #include "AliESDVertex.h"
+#include "AliTracker.h"
 #include "AliVertexer.h"
 #include "AliHeader.h"
 #include "AliGenEventHeader.h"
+#include "AliPID.h"
 #include "AliESDpid.h"
-#include "AliMagF.h"
+#include "AliESDtrack.h"
+
+#include "AliRunTag.h"
+//#include "AliLHCTag.h"
+#include "AliDetectorTag.h"
+#include "AliEventTag.h"
+
+#include "AliTrackPointArray.h"
+#include "AliCDBManager.h"
 
 ClassImp(AliReconstruction)
 
@@ -123,16 +147,20 @@ ClassImp(AliReconstruction)
 const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "RICH", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "START", "VZERO", "CRT", "HLT"};
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename,
+AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdbUri,
                                     const char* name, const char* title) :
   TNamed(name, title),
 
   fRunLocalReconstruction("ALL"),
+  fUniformField(kTRUE),
   fRunVertexFinder(kTRUE),
+  fRunHLTTracking(kFALSE),
   fRunTracking("ALL"),
   fFillESD("ALL"),
   fGAliceFileName(gAliceFilename),
   fInput(""),
+  fFirstEvent(0),
+  fLastEvent(-1),
   fStopOnError(kFALSE),
   fCheckPointLevel(0),
   fOptions(),
@@ -140,7 +168,10 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename,
   fRunLoader(NULL),
   fRawReader(NULL),
 
-  fVertexer(NULL)
+  fVertexer(NULL),
+
+  fWriteAlignmentData(kFALSE),
+  fCDBUri(cdbUri)
 {
 // create reconstruction object with default parameters
   
@@ -149,6 +180,11 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename,
     fLoader[iDet] = NULL;
     fTracker[iDet] = NULL;
   }
+  AliPID pid;
+  // Import TGeo geometry
+  TString geom(gSystem->DirName(gAliceFilename));
+  geom += "/geometry.root";
+  TGeoManager::Import(geom.Data());
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -156,11 +192,15 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   TNamed(rec),
 
   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
+  fUniformField(rec.fUniformField),
   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
+  fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
   fRunTracking(rec.fRunTracking),
   fFillESD(rec.fFillESD),
   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
   fInput(rec.fInput),
+  fFirstEvent(rec.fFirstEvent),
+  fLastEvent(rec.fLastEvent),
   fStopOnError(rec.fStopOnError),
   fCheckPointLevel(0),
   fOptions(),
@@ -168,7 +208,10 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fRunLoader(NULL),
   fRawReader(NULL),
 
-  fVertexer(NULL)
+  fVertexer(NULL),
+
+  fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
+  fCDBUri(rec.fCDBUri)
 {
 // copy constructor
 
@@ -201,6 +244,41 @@ AliReconstruction::~AliReconstruction()
   fOptions.Delete();
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::InitCDBStorage()
+{
+// activate a default CDB storage
+// First check if we have any CDB storage set, because it is used 
+// to retrieve the calibration and alignment constants
+
+  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
+  if (!man->IsDefaultStorageSet())
+  {
+    AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    AliWarning("Default CDB storage not yet set");
+    AliWarning(Form("Using default storage declared in AliSimulation: %s",fCDBUri.Data()));
+    AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    SetDefaultStorage(fCDBUri);
+  }  
+  
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
+// activate a default CDB storage 
+
+   AliCDBManager::Instance()->SetDefaultStorage(uri);
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* detName, const char* uri) {
+// activate a detector-specific CDB storage 
+
+   AliCDBManager::Instance()->SetSpecificStorage(detName, uri);
+
+}
+
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::SetGAliceFile(const char* fileName)
@@ -222,10 +300,13 @@ void AliReconstruction::SetOption(const char* detector, const char* option)
 
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
+Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input,
+                             Int_t firstEvent, Int_t lastEvent)
 {
 // run the reconstruction
 
+  InitCDBStorage();
+
   // set the input
   if (!input) input = fInput.Data();
   TString fileName(input);
@@ -247,8 +328,8 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
       if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
     }
   }
-  if (!fRunVertexFinder && fRunTracking.IsNull() && 
-      fFillESD.IsNull()) return kTRUE;
+//  if (!fRunVertexFinder && fRunTracking.IsNull() && 
+//      fFillESD.IsNull()) return kTRUE;
 
   // get vertexer
   if (fRunVertexFinder && !CreateVertexer()) {
@@ -266,25 +347,61 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     }      
   }
 
+
+  TStopwatch stopwatch;
+  stopwatch.Start();
+
+  // get the possibly already existing ESD file and tree
+  AliESD* esd = new AliESD; AliESD* hltesd = new AliESD;
+  TFile* fileOld = NULL;
+  TTree* treeOld = NULL; TTree *hlttreeOld = NULL;
+  if (!gSystem->AccessPathName("AliESDs.root")){
+    gSystem->CopyFile("AliESDs.root", "AliESDs.old.root", kTRUE);
+    fileOld = TFile::Open("AliESDs.old.root");
+    if (fileOld && fileOld->IsOpen()) {
+      treeOld = (TTree*) fileOld->Get("esdTree");
+      if (treeOld) treeOld->SetBranchAddress("ESD", &esd);
+      hlttreeOld = (TTree*) fileOld->Get("HLTesdTree");
+      if (hlttreeOld) hlttreeOld->SetBranchAddress("ESD", &hltesd);
+    }
+  }
+
   // create the ESD output file and tree
   TFile* file = TFile::Open("AliESDs.root", "RECREATE");
   if (!file->IsOpen()) {
     AliError("opening AliESDs.root failed");
-    if (fStopOnError) {CleanUp(file); return kFALSE;}    
+    if (fStopOnError) {CleanUp(file, fileOld); return kFALSE;}    
   }
-  AliESD* esd = new AliESD;
   TTree* tree = new TTree("esdTree", "Tree with ESD objects");
   tree->Branch("ESD", "AliESD", &esd);
-  delete esd;
+  TTree* hlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
+  hlttree->Branch("ESD", "AliESD", &hltesd);
+  delete esd; delete hltesd;
+  esd = NULL; hltesd = NULL;
   gROOT->cd();
 
   // loop over events
   if (fRawReader) fRawReader->RewindEvents();
   
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
+    if (fRawReader) fRawReader->NextEvent();
+    if ((iEvent < firstEvent) || ((lastEvent >= 0) && (iEvent > lastEvent))) {
+      // copy old ESD to the new one
+      if (treeOld) {
+       treeOld->SetBranchAddress("ESD", &esd);
+       treeOld->GetEntry(iEvent);
+      }
+      tree->Fill();
+      if (hlttreeOld) {
+       hlttreeOld->SetBranchAddress("ESD", &hltesd);
+       hlttreeOld->GetEntry(iEvent);
+      }
+      hlttree->Fill();
+      continue;
+    }
+
     AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
     fRunLoader->GetEvent(iEvent);
-    if (fRawReader) fRawReader->NextEvent();
 
     char fileName[256];
     sprintf(fileName, "ESD_%d.%d_final.root", 
@@ -292,11 +409,21 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
            fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
     if (!gSystem->AccessPathName(fileName)) continue;
 
-    esd = new AliESD;
+    // local reconstruction
+    if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
+      if (!RunLocalEventReconstruction(fRunLocalReconstruction)) {
+       if (fStopOnError) {CleanUp(file, fileOld); return kFALSE;}
+      }
+    }
+
+    esd = new AliESD; hltesd = new AliESD;
     esd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
+    hltesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
     esd->SetEventNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
+    hltesd->SetEventNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
     if (gAlice) {
-      esd->SetMagneticField(gAlice->Field()->SolenoidField());
+      esd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
+      hltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
     } else {
       // ???
     }
@@ -305,17 +432,27 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     if (fRunVertexFinder) {
       if (!ReadESD(esd, "vertex")) {
        if (!RunVertexFinder(esd)) {
-         if (fStopOnError) {CleanUp(file); return kFALSE;}
+         if (fStopOnError) {CleanUp(file, fileOld); return kFALSE;}
        }
        if (fCheckPointLevel > 0) WriteESD(esd, "vertex");
       }
     }
 
+    // HLT tracking
+    if (!fRunTracking.IsNull()) {
+      if (fRunHLTTracking) {
+       hltesd->SetVertex(esd->GetVertex());
+       if (!RunHLTTracking(hltesd)) {
+         if (fStopOnError) {CleanUp(file, fileOld); return kFALSE;}
+       }
+      }
+    }
+
     // barrel tracking
     if (!fRunTracking.IsNull()) {
       if (!ReadESD(esd, "tracking")) {
        if (!RunTracking(esd)) {
-         if (fStopOnError) {CleanUp(file); return kFALSE;}
+         if (fStopOnError) {CleanUp(file, fileOld); return kFALSE;}
        }
        if (fCheckPointLevel > 0) WriteESD(esd, "tracking");
       }
@@ -324,7 +461,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     // fill ESD
     if (!fFillESD.IsNull()) {
       if (!FillESD(esd, fFillESD)) {
-       if (fStopOnError) {CleanUp(file); return kFALSE;}
+       if (fStopOnError) {CleanUp(file, fileOld); return kFALSE;}
       }
     }
 
@@ -334,14 +471,26 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
 
     // write ESD
     tree->Fill();
+    // write HLT ESD
+    hlttree->Fill();
 
-    if (fCheckPointLevel > 0) WriteESD(esd, "final");
-    delete esd;
+    if (fCheckPointLevel > 0)  WriteESD(esd, "final"); 
+    delete esd; delete hltesd;
+    esd = NULL; hltesd = NULL;
   }
 
+  AliInfo(Form("Execution time for filling ESD : R:%.2fs C:%.2fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+
   file->cd();
   tree->Write();
-  CleanUp(file);
+  hlttree->Write();
+
+  // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
+  // In case of empty events the tags will contain dummy values
+  CreateTag(file);
+  CleanUp(file, fileOld);
 
   return kTRUE;
 }
@@ -360,6 +509,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
     if (!reconstructor) continue;
+    if (reconstructor->HasLocalReconstruction()) continue;
 
     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
     TStopwatch stopwatchDet;
@@ -370,8 +520,9 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
     } else {
       reconstructor->Reconstruct(fRunLoader);
     }
-    AliInfo(Form("execution time for %s:", fgkDetectorName[iDet]));
-    ToAliInfo(stopwatchDet.Print());
+    AliInfo(Form("Execution time for %s: R:%.2fs C:%.2fs",
+                fgkDetectorName[iDet],
+                stopwatchDet.RealTime(),stopwatchDet.CpuTime()));
   }
 
   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
@@ -380,8 +531,82 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
 
-  AliInfo("execution time:");
-  ToAliInfo(stopwatch.Print());
+  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+
+  return kTRUE;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
+{
+// run the local reconstruction
+
+  TStopwatch stopwatch;
+  stopwatch.Start();
+
+  TString detStr = detectors;
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+    if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+    AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
+    if (!reconstructor) continue;
+    AliLoader* loader = fLoader[iDet];
+
+    // conversion of digits
+    if (fRawReader && reconstructor->HasDigitConversion()) {
+      AliInfo(Form("converting raw data digits into root objects for %s", 
+                  fgkDetectorName[iDet]));
+      TStopwatch stopwatchDet;
+      stopwatchDet.Start();
+      loader->LoadDigits("update");
+      loader->CleanDigits();
+      loader->MakeDigitsContainer();
+      TTree* digitsTree = loader->TreeD();
+      reconstructor->ConvertDigits(fRawReader, digitsTree);
+      loader->WriteDigits("OVERWRITE");
+      loader->UnloadDigits();
+      AliInfo(Form("Execution time for %s: R:%.2fs C:%.2fs",
+                  fgkDetectorName[iDet],
+                  stopwatchDet.RealTime(),stopwatchDet.CpuTime()));
+    }
+
+    // local reconstruction
+    if (!reconstructor->HasLocalReconstruction()) continue;
+    AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+    TStopwatch stopwatchDet;
+    stopwatchDet.Start();
+    loader->LoadRecPoints("update");
+    loader->CleanRecPoints();
+    loader->MakeRecPointsContainer();
+    TTree* clustersTree = loader->TreeR();
+    if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
+      reconstructor->Reconstruct(fRawReader, clustersTree);
+    } else {
+      loader->LoadDigits("read");
+      TTree* digitsTree = loader->TreeD();
+      if (!digitsTree) {
+       AliError(Form("Can't get the %s digits tree", fgkDetectorName[iDet]));
+       if (fStopOnError) return kFALSE;
+      } else {
+       reconstructor->Reconstruct(digitsTree, clustersTree);
+      }
+      loader->UnloadDigits();
+    }
+    loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
+    loader->UnloadRecPoints();
+    AliDebug(1,Form("Execution time for %s: R:%.2fs C:%.2fs",
+                   fgkDetectorName[iDet],
+                   stopwatchDet.RealTime(),stopwatchDet.CpuTime()));
+  }
+
+  if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
+    AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
+                  detStr.Data()));
+    if (fStopOnError) return kFALSE;
+  }
+  
+  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 
   return kTRUE;
 }
@@ -405,7 +630,9 @@ Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESD*& esd)
 
   if (fVertexer) {
     AliInfo("running the ITS vertex finder");
+    if (fLoader[0]) fLoader[0]->LoadRecPoints();
     vertex = fVertexer->FindVertexForCurrentEvent(fRunLoader->GetEventNumber());
+    if (fLoader[0]) fLoader[0]->UnloadRecPoints();
     if(!vertex){
       AliWarning("Vertex not found");
       vertex = new AliESDVertex();
@@ -432,8 +659,68 @@ Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESD*& esd)
   }  
   delete vertex;
 
-  AliInfo("execution time:");
-  ToAliInfo(stopwatch.Print());
+  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+
+  return kTRUE;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESD*& esd)
+{
+// run the HLT barrel tracking
+
+  TStopwatch stopwatch;
+  stopwatch.Start();
+
+  if (!fRunLoader) {
+    AliError("Missing runLoader!");
+    return kFALSE;
+  }
+
+  AliInfo("running HLT tracking");
+
+  // Get a pointer to the HLT reconstructor
+  AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(fgkNDetectors-1);
+  if (!reconstructor) return kFALSE;
+
+  // TPC + ITS
+  for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
+    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
+    AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
+    reconstructor->SetOption(detName.Data());
+    AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker(fRunLoader);
+    if (!tracker) {
+      AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
+      if (fStopOnError) return kFALSE;
+      continue;
+    }
+    Double_t vtxPos[3];
+    Double_t vtxErr[3]={0.005,0.005,0.010};
+    const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
+    vertex->GetXYZ(vtxPos);
+    tracker->SetVertex(vtxPos,vtxErr);
+    if(iDet != 1) {
+      fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
+      TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
+      if (!tree) {
+       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", detName.Data()));
+       return kFALSE;
+      }
+      tracker->LoadClusters(tree);
+    }
+    if (tracker->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
+      AliError(Form("HLT %s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
+      return kFALSE;
+    }
+    if(iDet != 1) {
+      tracker->UnloadClusters();
+    }
+    delete tracker;
+  }
+
+  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 
   return kTRUE;
 }
@@ -473,6 +760,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESD*& esd)
     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
     if (iDet == 1) {
       GetReconstructor(1)->FillESD(fRunLoader, esd);
+      GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
       AliESDpid::MakePID(esd);
     }
   }
@@ -485,13 +773,8 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESD*& esd)
     // load clusters
     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
       TTree* tree = NULL;
-      if (iDet == 3) {   // TOF
-       fLoader[iDet]->LoadDigits("read");
-       tree = fLoader[iDet]->TreeD();
-      } else {
-       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
-       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
-      }
+      fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
+      tree = fLoader[iDet]->TreeR();
       if (!tree) {
        AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
        return kFALSE;
@@ -511,14 +794,21 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESD*& esd)
     // unload clusters
     if (iDet > 2) {     // all except ITS, TPC, TRD
       fTracker[iDet]->UnloadClusters();
-      if (iDet == 3) {   // TOF
-       fLoader[iDet]->UnloadDigits();
-      } else {
-       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
-      }
+      fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
+    }
+    // updated PID in TPC needed by the ITS tracker -MI
+    if (iDet == 1) {
+      GetReconstructor(1)->FillESD(fRunLoader, esd);
+      GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
+      AliESDpid::MakePID(esd);
     }
   }
 
+  // write space-points to the ESD in case alignment data output
+  // is switched on
+  if (fWriteAlignmentData)
+    WriteAlignmentData(esd);
+
   // pass 3: TRD + TPC + ITS refit inwards
   for (Int_t iDet = 2; iDet >= 0; iDet--) {
     if (!fTracker[iDet]) continue;
@@ -537,9 +827,24 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESD*& esd)
     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
   }
-
-  AliInfo("execution time:");
-  ToAliInfo(stopwatch.Print());
+  //
+  // Propagate track to the vertex - if not done by ITS
+  //
+  Int_t ntracks = esd->GetNumberOfTracks();
+  for (Int_t itrack=0; itrack<ntracks; itrack++){
+    const Double_t kRadius  = 3;   // beam pipe radius
+    const Double_t kMaxStep = 5;   // max step
+    const Double_t kMaxD    = 123456;  // max distance to prim vertex
+    Double_t       fieldZ   = AliTracker::GetBz();  //
+    AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack);
+    if (!track) continue;
+    if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
+    track->PropagateTo(kRadius, track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
+    track->RelateToVertex(esd->GetVertex(),fieldZ, kMaxD);
+  }
+  
+  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 
   return kTRUE;
 }
@@ -561,6 +866,36 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESD*& esd, const TString& detectors)
 
     if (!ReadESD(esd, fgkDetectorName[iDet])) {
       AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+      TTree* clustersTree = NULL;
+      if (reconstructor->HasLocalReconstruction() && fLoader[iDet]) {
+       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
+       clustersTree = fLoader[iDet]->TreeR();
+       if (!clustersTree) {
+         AliError(Form("Can't get the %s clusters tree", 
+                       fgkDetectorName[iDet]));
+         if (fStopOnError) return kFALSE;
+       }
+      }
+      if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
+        reconstructor->FillESD(fRawReader, clustersTree, esd);
+      } else {
+       TTree* digitsTree = NULL;
+       if (fLoader[iDet]) {
+         fLoader[iDet]->LoadDigits("read");
+         digitsTree = fLoader[iDet]->TreeD();
+         if (!digitsTree) {
+           AliError(Form("Can't get the %s digits tree", 
+                         fgkDetectorName[iDet]));
+           if (fStopOnError) return kFALSE;
+         }
+       }
+       reconstructor->FillESD(digitsTree, clustersTree, esd);
+       if (fLoader[iDet]) fLoader[iDet]->UnloadDigits();
+      }
+      if (reconstructor->HasLocalReconstruction() && fLoader[iDet]) {
+       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
+      }
+
       if (fRawReader) {
         reconstructor->FillESD(fRunLoader, fRawReader, esd);
       } else {
@@ -576,8 +911,8 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESD*& esd, const TString& detectors)
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
 
-  AliInfo("execution time:");
-  ToAliInfo(stopwatch.Print());
+  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 
   return kTRUE;
 }
@@ -624,16 +959,27 @@ Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
   if (gAlice) delete gAlice;
   gAlice = NULL;
 
-  if (!gSystem->AccessPathName(fGAliceFileName.Data())) {
+  if (!gSystem->AccessPathName(fGAliceFileName.Data())) { // galice.root exists
+    // load all base libraries to get the loader classes
+    TString libs = gSystem->GetLibraries();
+    for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+      TString detName = fgkDetectorName[iDet];
+      if (detName == "HLT") continue;
+      if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
+      gSystem->Load("lib" + detName + "base.so");
+    }
     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
     if (!fRunLoader) {
       AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
       CleanUp();
       return kFALSE;
     }
-    if (fRunLoader->LoadgAlice() == 0) {
-      gAlice = fRunLoader->GetAliRun();
-      AliTracker::SetFieldMap(gAlice->Field());
+    fRunLoader->CdGAFile();
+    if (gFile->GetKey(AliRunLoader::GetGAliceName())) {
+      if (fRunLoader->LoadgAlice() == 0) {
+       gAlice = fRunLoader->GetAliRun();
+       AliTracker::SetFieldMap(gAlice->Field(),fUniformField);
+      }
     }
     if (!gAlice && !fRawReader) {
       AliError(Form("no gAlice object found in file %s",
@@ -706,7 +1052,9 @@ AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
   // if not, add a plugin for it
   if (!pluginHandler) {
     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", recName.Data()));
-    if (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") == 0) {
+    TString libs = gSystem->GetLibraries();
+    if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
+       (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName, 
                                recName, detName + "rec", recName + "()");
     } else {
@@ -721,6 +1069,7 @@ AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
   if (reconstructor) {
     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
+    reconstructor->Init(fRunLoader);
     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
   }
 
@@ -795,7 +1144,10 @@ Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
     if (!reconstructor) continue;
     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-    if (detName == "HLT") continue;
+    if (detName == "HLT") {
+      fRunHLTTracking = kTRUE;
+      continue;
+    }
 
     fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker(fRunLoader);
     if (!fTracker[iDet] && (iDet < 7)) {
@@ -808,7 +1160,7 @@ Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliReconstruction::CleanUp(TFile* file)
+void AliReconstruction::CleanUp(TFile* file, TFile* fileOld)
 {
 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
 
@@ -831,6 +1183,12 @@ void AliReconstruction::CleanUp(TFile* file)
     file->Close();
     delete file;
   }
+
+  if (fileOld) {
+    fileOld->Close();
+    delete fileOld;
+    gSystem->Unlink("AliESDs.old.root");
+  }
 }
 
 
@@ -845,6 +1203,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ReadESD(AliESD*& esd, const char* recStep) const
          esd->GetRunNumber(), esd->GetEventNumber(), recStep);
   if (gSystem->AccessPathName(fileName)) return kFALSE;
 
+  AliInfo(Form("reading ESD from file %s", fileName));
   AliDebug(1, Form("reading ESD from file %s", fileName));
   TFile* file = TFile::Open(fileName);
   if (!file || !file->IsOpen()) {
@@ -881,3 +1240,323 @@ void AliReconstruction::WriteESD(AliESD* esd, const char* recStep) const
   }
   delete file;
 }
+
+
+
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::CreateTag(TFile* file)
+{
+  /////////////
+  //muon code//
+  ////////////
+  Double_t fMUONMASS = 0.105658369;
+  //Variables
+  Double_t fX,fY,fZ ;
+  Double_t fThetaX, fThetaY, fPyz, fChisquare;
+  Double_t fPxRec,fPyRec, fPzRec, fEnergy;
+  Int_t fCharge;
+  TLorentzVector fEPvector;
+
+  Float_t fZVertexCut = 10.0; 
+  Float_t fRhoVertexCut = 2.0; 
+
+  Float_t fLowPtCut = 1.0;
+  Float_t fHighPtCut = 3.0;
+  Float_t fVeryHighPtCut = 10.0;
+  ////////////
+
+  Double_t partFrac[5] = {0.01, 0.01, 0.85, 0.10, 0.05};
+
+  // Creates the tags for all the events in a given ESD file
+  Int_t ntrack;
+  Int_t nProtons, nKaons, nPions, nMuons, nElectrons;
+  Int_t nPos, nNeg, nNeutr;
+  Int_t nK0s, nNeutrons, nPi0s, nGamas;
+  Int_t nCh1GeV, nCh3GeV, nCh10GeV;
+  Int_t nMu1GeV, nMu3GeV, nMu10GeV;
+  Int_t nEl1GeV, nEl3GeV, nEl10GeV;
+  Float_t maxPt = .0, meanPt = .0, totalP = .0;
+
+  AliRunTag *tag = new AliRunTag();
+  AliEventTag *evTag = new AliEventTag();
+  TTree ttag("T","A Tree with event tags");
+  TBranch * btag = ttag.Branch("AliTAG", &tag);
+  btag->SetCompressionLevel(9);
+  
+  AliInfo(Form("Creating the tags......."));   
+  
+  if (!file || !file->IsOpen()) {
+    AliError(Form("opening failed"));
+    delete file;
+    return ;
+  }  
+  Int_t firstEvent = 0,lastEvent = 0;
+  TTree *t = (TTree*) file->Get("esdTree");
+  TBranch * b = t->GetBranch("ESD");
+  AliESD *esd = 0;
+  b->SetAddress(&esd);
+  
+  tag->SetRunId(esd->GetRunNumber());
+  
+  Int_t iNumberOfEvents = b->GetEntries();
+  for (Int_t iEventNumber = 0; iEventNumber < iNumberOfEvents; iEventNumber++) {
+    ntrack = 0;
+    nPos = 0;
+    nNeg = 0;
+    nNeutr =0;
+    nK0s = 0;
+    nNeutrons = 0;
+    nPi0s = 0;
+    nGamas = 0;
+    nProtons = 0;
+    nKaons = 0;
+    nPions = 0;
+    nMuons = 0;
+    nElectrons = 0;      
+    nCh1GeV = 0;
+    nCh3GeV = 0;
+    nCh10GeV = 0;
+    nMu1GeV = 0;
+    nMu3GeV = 0;
+    nMu10GeV = 0;
+    nEl1GeV = 0;
+    nEl3GeV = 0;
+    nEl10GeV = 0;
+    maxPt = .0;
+    meanPt = .0;
+    totalP = .0;
+    
+    b->GetEntry(iEventNumber);
+    const AliESDVertex * vertexIn = esd->GetVertex();
+    
+    for (Int_t iTrackNumber = 0; iTrackNumber < esd->GetNumberOfTracks(); iTrackNumber++) {
+      AliESDtrack * esdTrack = esd->GetTrack(iTrackNumber);
+      UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
+      
+      //select only tracks with ITS refit
+      if ((status&AliESDtrack::kITSrefit)==0) continue;
+      //select only tracks with TPC refit
+      if ((status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0) continue;
+      
+      //select only tracks with the "combined PID"
+      if ((status&AliESDtrack::kESDpid)==0) continue;
+      Double_t p[3];
+      esdTrack->GetPxPyPz(p);
+      Double_t momentum = sqrt(pow(p[0],2) + pow(p[1],2) + pow(p[2],2));
+      Double_t fPt = sqrt(pow(p[0],2) + pow(p[1],2));
+      totalP += momentum;
+      meanPt += fPt;
+      if(fPt > maxPt) maxPt = fPt;
+      
+      if(esdTrack->GetSign() > 0) {
+       nPos++;
+       if(fPt > fLowPtCut) nCh1GeV++;
+       if(fPt > fHighPtCut) nCh3GeV++;
+       if(fPt > fVeryHighPtCut) nCh10GeV++;
+      }
+      if(esdTrack->GetSign() < 0) {
+       nNeg++;
+       if(fPt > fLowPtCut) nCh1GeV++;
+       if(fPt > fHighPtCut) nCh3GeV++;
+       if(fPt > fVeryHighPtCut) nCh10GeV++;
+      }
+      if(esdTrack->GetSign() == 0) nNeutr++;
+      
+      //PID
+      Double_t prob[5];
+      esdTrack->GetESDpid(prob);
+      
+      Double_t rcc = 0.0;
+      for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIES; i++) rcc += prob[i]*partFrac[i];
+      if(rcc == 0.0) continue;
+      //Bayes' formula
+      Double_t w[5];
+      for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIES; i++) w[i] = prob[i]*partFrac[i]/rcc;
+      
+      //protons
+      if ((w[4]>w[3])&&(w[4]>w[2])&&(w[4]>w[1])&&(w[4]>w[0])) nProtons++;
+      //kaons
+      if ((w[3]>w[4])&&(w[3]>w[2])&&(w[3]>w[1])&&(w[3]>w[0])) nKaons++;
+      //pions
+      if ((w[2]>w[4])&&(w[2]>w[3])&&(w[2]>w[1])&&(w[2]>w[0])) nPions++; 
+      //electrons
+      if ((w[0]>w[4])&&(w[0]>w[3])&&(w[0]>w[2])&&(w[0]>w[1])) {
+       nElectrons++;
+       if(fPt > fLowPtCut) nEl1GeV++;
+       if(fPt > fHighPtCut) nEl3GeV++;
+       if(fPt > fVeryHighPtCut) nEl10GeV++;
+      }          
+      ntrack++;
+    }//track loop
+    
+    /////////////
+    //muon code//
+    ////////////
+    Int_t nMuonTracks = esd->GetNumberOfMuonTracks();
+    // loop over all reconstructed tracks (also first track of combination)
+    for (Int_t iTrack = 0; iTrack <  nMuonTracks;  iTrack++) {
+      AliESDMuonTrack* muonTrack = esd->GetMuonTrack(iTrack);
+      if (muonTrack == 0x0) continue;
+      
+      // Coordinates at vertex
+      fZ = muonTrack->GetZ(); 
+      fY = muonTrack->GetBendingCoor();
+      fX = muonTrack->GetNonBendingCoor(); 
+      
+      fThetaX = muonTrack->GetThetaX();
+      fThetaY = muonTrack->GetThetaY();
+      
+      fPyz = 1./TMath::Abs(muonTrack->GetInverseBendingMomentum());
+      fPzRec = - fPyz / TMath::Sqrt(1.0 + TMath::Tan(fThetaY)*TMath::Tan(fThetaY));
+      fPxRec = fPzRec * TMath::Tan(fThetaX);
+      fPyRec = fPzRec * TMath::Tan(fThetaY);
+      fCharge = Int_t(TMath::Sign(1.,muonTrack->GetInverseBendingMomentum()));
+      
+      //ChiSquare of the track if needed
+      fChisquare = muonTrack->GetChi2()/(2.0 * muonTrack->GetNHit() - 5);
+      fEnergy = TMath::Sqrt(fMUONMASS * fMUONMASS + fPxRec * fPxRec + fPyRec * fPyRec + fPzRec * fPzRec);
+      fEPvector.SetPxPyPzE(fPxRec, fPyRec, fPzRec, fEnergy);
+      
+      // total number of muons inside a vertex cut 
+      if((TMath::Abs(fZ)<fZVertexCut) && (TMath::Sqrt(fY*fY+fX*fX)<fRhoVertexCut)) {
+       nMuons++;
+       if(fEPvector.Pt() > fLowPtCut) {
+         nMu1GeV++; 
+         if(fEPvector.Pt() > fHighPtCut) {
+           nMu3GeV++; 
+           if (fEPvector.Pt() > fVeryHighPtCut) {
+             nMu10GeV++;
+           }
+         }
+       }
+      }
+    }//muon track loop
+    
+    // Fill the event tags 
+    if(ntrack != 0)
+      meanPt = meanPt/ntrack;
+    
+    evTag->SetEventId(iEventNumber+1);
+    evTag->SetVertexX(vertexIn->GetXv());
+    evTag->SetVertexY(vertexIn->GetYv());
+    evTag->SetVertexZ(vertexIn->GetZv());
+    
+    evTag->SetT0VertexZ(esd->GetT0zVertex());
+    
+    evTag->SetTrigger(esd->GetTrigger());
+    
+    evTag->SetZDCNeutronEnergy(esd->GetZDCNEnergy());
+    evTag->SetZDCProtonEnergy(esd->GetZDCPEnergy());
+    evTag->SetZDCEMEnergy(esd->GetZDCEMEnergy());
+    evTag->SetNumOfParticipants(esd->GetZDCParticipants());
+    
+    
+    evTag->SetNumOfTracks(esd->GetNumberOfTracks());
+    evTag->SetNumOfPosTracks(nPos);
+    evTag->SetNumOfNegTracks(nNeg);
+    evTag->SetNumOfNeutrTracks(nNeutr);
+    
+    evTag->SetNumOfV0s(esd->GetNumberOfV0s());
+    evTag->SetNumOfCascades(esd->GetNumberOfCascades());
+    evTag->SetNumOfKinks(esd->GetNumberOfKinks());
+    evTag->SetNumOfPMDTracks(esd->GetNumberOfPmdTracks());
+    
+    evTag->SetNumOfProtons(nProtons);
+    evTag->SetNumOfKaons(nKaons);
+    evTag->SetNumOfPions(nPions);
+    evTag->SetNumOfMuons(nMuons);
+    evTag->SetNumOfElectrons(nElectrons);
+    evTag->SetNumOfPhotons(nGamas);
+    evTag->SetNumOfPi0s(nPi0s);
+    evTag->SetNumOfNeutrons(nNeutrons);
+    evTag->SetNumOfKaon0s(nK0s);
+    
+    evTag->SetNumOfChargedAbove1GeV(nCh1GeV);
+    evTag->SetNumOfChargedAbove3GeV(nCh3GeV);
+    evTag->SetNumOfChargedAbove10GeV(nCh10GeV);
+    evTag->SetNumOfMuonsAbove1GeV(nMu1GeV);
+    evTag->SetNumOfMuonsAbove3GeV(nMu3GeV);
+    evTag->SetNumOfMuonsAbove10GeV(nMu10GeV);
+    evTag->SetNumOfElectronsAbove1GeV(nEl1GeV);
+    evTag->SetNumOfElectronsAbove3GeV(nEl3GeV);
+    evTag->SetNumOfElectronsAbove10GeV(nEl10GeV);
+    
+    evTag->SetNumOfPHOSClusters(esd->GetNumberOfPHOSClusters());
+    evTag->SetNumOfEMCALClusters(esd->GetNumberOfEMCALClusters());
+    
+    evTag->SetTotalMomentum(totalP);
+    evTag->SetMeanPt(meanPt);
+    evTag->SetMaxPt(maxPt);
+    
+    tag->AddEventTag(*evTag);
+  }
+  lastEvent = iNumberOfEvents;
+       
+  ttag.Fill();
+  tag->Clear();
+
+  char fileName[256];
+  sprintf(fileName, "Run%d.Event%d_%d.ESD.tag.root", 
+         tag->GetRunId(),firstEvent,lastEvent );
+  AliInfo(Form("writing tags to file %s", fileName));
+  AliDebug(1, Form("writing tags to file %s", fileName));
+  TFile* ftag = TFile::Open(fileName, "recreate");
+  ftag->cd();
+  ttag.Write();
+  ftag->Close();
+  file->cd();
+  delete tag;
+  delete evTag;
+}
+
+void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESD* esd)
+{
+  // Write space-points which are then used in the alignment procedures
+  // For the moment only ITS, TRD and TPC
+
+  // Load TOF clusters
+  if (fTracker[3]){
+    fLoader[3]->LoadRecPoints("read");
+    TTree* tree = fLoader[3]->TreeR();
+    if (!tree) {
+      AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[3]));
+      return;
+    }
+    fTracker[3]->LoadClusters(tree);
+  }
+  Int_t ntracks = esd->GetNumberOfTracks();
+  for (Int_t itrack = 0; itrack < ntracks; itrack++)
+    {
+      AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
+      Int_t nsp = 0;
+      UInt_t idx[200];
+      for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--)
+       nsp += track->GetNcls(iDet);
+      if (nsp) {
+       AliTrackPointArray *sp = new AliTrackPointArray(nsp);
+       track->SetTrackPointArray(sp);
+       Int_t isptrack = 0;
+       for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
+         AliTracker *tracker = fTracker[iDet];
+         if (!tracker) continue;
+         Int_t nspdet = track->GetNcls(iDet);
+         if (nspdet <= 0) continue;
+         track->GetClusters(iDet,idx);
+         AliTrackPoint p;
+         Int_t isp = 0;
+         Int_t isp2 = 0;
+         while (isp < nspdet) {
+           Bool_t isvalid = tracker->GetTrackPoint(idx[isp2],p); isp2++;
+           if (!isvalid) continue;
+           sp->AddPoint(isptrack,&p); isptrack++; isp++;
+         }
+       }       
+      }
+    }
+  if (fTracker[3]){
+    fTracker[3]->UnloadClusters();
+    fLoader[3]->UnloadRecPoints();
+  }
+}