]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliReconstruction.cxx
Call to fRunLoader->LoadHeader(); added in InitRunLoader(). In this way the run header
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliReconstruction.cxx
index 24d80bb9de4a99f3bfaf5b70a26ccc28ec7c27e3..33ade2a548118c2535ea119c95d47a3bdd1b174f 100644 (file)
 #include <TPluginManager.h>
 #include <TGeoManager.h>
 #include <TLorentzVector.h>
+#include <TArrayS.h>
+#include <TArrayD.h>
 
 #include "AliReconstruction.h"
 #include "AliCodeTimer.h"
 #include "AliPID.h"
 #include "AliESDpid.h"
 #include "AliESDtrack.h"
+#include "AliESDPmdTrack.h"
 
 #include "AliESDTagCreator.h"
 #include "AliAODTagCreator.h"
 #include "AliAODHeader.h"
 #include "AliAODTrack.h"
 #include "AliAODVertex.h"
-#include "AliAODCluster.h"
+#include "AliAODv0.h"
+#include "AliAODJet.h"
+#include "AliAODCaloCells.h"
+#include "AliAODCaloCluster.h"
+#include "AliAODPmdCluster.h"
+#include "AliAODFmdCluster.h"
+#include "AliAODTracklets.h"
+
+#include "AliQADataMaker.h" 
+
+#include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
 
-#include "AliQualAssDataMaker.h" 
 
 ClassImp(AliReconstruction)
 
@@ -232,7 +244,7 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
     fReconstructor[iDet] = NULL;
     fLoader[iDet] = NULL;
     fTracker[iDet] = NULL;
-    fQualAssDataMaker[iDet] = NULL;
+    fQADataMaker[iDet] = NULL;
        fQACycles[iDet] = 999999;       
   }
   AliPID pid;
@@ -294,7 +306,7 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
     fReconstructor[iDet] = NULL;
     fLoader[iDet] = NULL;
     fTracker[iDet] = NULL;
-    fQualAssDataMaker[iDet] = NULL;
+    fQADataMaker[iDet] = NULL;
        fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];  
   }
   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
@@ -457,7 +469,7 @@ Bool_t AliReconstruction::SetRunNumber()
     }
     // read run number from gAlice
     if(fRunLoader->GetAliRun())
-      AliCDBManager::Instance()->SetRun(fRunLoader->GetAliRun()->GetRunNumber());
+      AliCDBManager::Instance()->SetRun(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
     else {
       if(fRawReader) {
        if(fRawReader->NextEvent()) {
@@ -567,12 +579,14 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
     fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
 
-
+   AliSysInfo::AddStamp("Start");
   // get the run loader
   if (!InitRunLoader()) return kFALSE;
+   AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
 
   // Initialize the CDB storage
   InitCDBStorage();
+   AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
 
   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
   if (!SetRunNumber()) if (fStopOnError) return kFALSE;
@@ -586,6 +600,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   }
 
   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) if (fStopOnError) return kFALSE;
+   AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
 
   // local reconstruction
   if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
@@ -603,6 +618,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
       return kFALSE;
     }
   }
+   AliSysInfo::AddStamp("Vertexer");
 
   // get trackers
   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
@@ -611,6 +627,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
       return kFALSE;
     }      
   }
+   AliSysInfo::AddStamp("LoadTrackers");
 
   // get the possibly already existing ESD file and tree
   AliESDEvent* esd = new AliESDEvent(); AliESDEvent* hltesd = new AliESDEvent();
@@ -683,6 +700,10 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   ProcInfo_t ProcInfo;
   gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
   AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
+  
+  // checking the QA of previous steps
+  CheckQA() ; 
+  
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
     if (fRawReader) fRawReader->NextEvent();
     if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
@@ -778,7 +799,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     }
   
     if (!fFillESD.IsNull()) 
-    RunQualAss(fFillESD.Data(), esd);
+    RunQA(fFillESD.Data(), esd);
 
     // fill Event header information from the RawEventHeader
     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(esd);}
@@ -868,12 +889,12 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
        if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
                continue;
-    AliQualAssDataMaker * qadm = GetQualAssDataMaker(iDet);
+    AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
     if (!qadm) continue;
-    qadm->EndOfCycle(AliQualAss::kRECPOINTS);
-    qadm->EndOfCycle(AliQualAss::kESDS);
-    qadm->Finish(AliQualAss::kRECPOINTS);
-    qadm->Finish(AliQualAss::kESDS) ; 
+    qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
+    qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
+    qadm->Finish(AliQA::kRECPOINTS);
+    qadm->Finish(AliQA::kESDS) ; 
   }
 
   tree->GetUserInfo()->Add(esd);
@@ -891,7 +912,8 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   file->cd();
   if (fWriteESDfriend)
     tree->SetBranchStatus("ESDfriend*",0);
-  tree->Write();
+  // we want to have only one tree version number
+  tree->Write(tree->GetName(),TObject::kOverwrite);
   hlttree->Write();
 
   if (fWriteAOD) {
@@ -920,7 +942,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
 Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
 {
 // run the local reconstruction
-
+  static Int_t eventNr=0;
   AliCodeTimerAuto("")
 
  //  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
@@ -953,6 +975,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
 //     }
      
 //      AliCodeTimerStop(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+    // AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr));
 
 //     // unload calibration data
 //     man->UnloadFromCache(calibPath);
@@ -967,6 +990,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
 //     if (fStopOnError) return kFALSE;
 //   }
 
+         eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -974,7 +998,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
 Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
 {
 // run the local reconstruction
-
+  static Int_t eventNr=0;
   AliCodeTimerAuto("")
 
   TString detStr = detectors;
@@ -1024,23 +1048,24 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
       loader->UnloadDigits();
     }
 
-    AliQualAssDataMaker * qadm = GetQualAssDataMaker(iDet);
+    AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
     if (qadm) {
       AliCodeTimerStart(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
       AliInfo(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
          
-    if (qadm->IsCycleDone() ) {
-      qadm->EndOfCycle(AliQualAss::kRECPOINTS) ; 
-         qadm->EndOfCycle(AliQualAss::kESDS) ; 
-      qadm->StartOfCycle(AliQualAss::kRECPOINTS) ; 
-         qadm->StartOfCycle(AliQualAss::kESDS, "same") ; 
-   }
-      qadm->Exec(AliQualAss::kRECPOINTS, clustersTree) ; 
+     if (qadm->IsCycleDone() ) {
+      qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS) ; 
+         qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS) ; 
+      qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS) ; 
+         qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, "same") ; 
+     }
+      qadm->Exec(AliQA::kRECPOINTS, clustersTree) ; 
       AliCodeTimerStop(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
     }
 
     loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
     loader->UnloadRecPoints();
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
   }
 
   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
@@ -1048,7 +1073,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
                   detStr.Data()));
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
-  
+  eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -1228,7 +1253,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
 {
 // run the barrel tracking
-
+  static Int_t eventNr=0;
   AliCodeTimerAuto("")
 
   AliInfo("running tracking");
@@ -1247,13 +1272,14 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
 
     // load clusters
     fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr),iDet,1, eventNr);
     TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
     if (!tree) {
       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
       return kFALSE;
     }
     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
-
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
     // run tracking
     if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
@@ -1266,7 +1292,8 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
     if (iDet == 1) {
       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
       AliESDpid::MakePID(esd);
-    }
+    } 
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
   }
 
   // pass 2: ALL backwards
@@ -1278,12 +1305,14 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
       TTree* tree = NULL;
       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1, eventNr);
       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
       if (!tree) {
        AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
        return kFALSE;
       }
-      fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
+      fTracker[iDet]->LoadClusters(tree); 
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
     }
 
     // run tracking
@@ -1305,6 +1334,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
       AliESDpid::MakePID(esd);
     }
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
   }
 
   // write space-points to the ESD in case alignment data output
@@ -1325,10 +1355,12 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
     if (fCheckPointLevel > 1) {
       WriteESD(esd, Form("%s.refit", fgkDetectorName[iDet]));
     }
-
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking2%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
     // unload clusters
     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("TUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4, eventNr);
     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("RUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,5, eventNr);
   }
   //
   // Propagate track to the vertex - if not done by ITS
@@ -1345,7 +1377,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
    AliTracker::PropagateTrackTo(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
     track->RelateToVertex(esd->GetVertex(),fieldZ, kMaxD);
   }
-  
+  eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -1374,7 +1406,7 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
 // fill the event summary data
 
   AliCodeTimerAuto("")
-
+    static Int_t eventNr=0; 
   TString detStr = detectors;
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
@@ -1422,7 +1454,8 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
                   detStr.Data()));
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
-
+  AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESD%d",eventNr), 0,1, eventNr);
+  eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -1573,6 +1606,7 @@ Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
 
     //PH This is a temporary fix to give access to the kinematics
     //PH that is needed for the labels of ITS clusters
+    fRunLoader->LoadHeader();
     fRunLoader->LoadKinematics();
 
   } else {               // galice.root does not exist
@@ -1741,6 +1775,7 @@ Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
       AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
       if (fStopOnError) return kFALSE;
     }
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("LTracker%s",fgkDetectorName[iDet]), iDet,0);
   }
 
   return kTRUE;
@@ -1757,8 +1792,8 @@ void AliReconstruction::CleanUp(TFile* file, TFile* fileOld)
     fLoader[iDet] = NULL;
     delete fTracker[iDet];
     fTracker[iDet] = NULL;
-    delete fQualAssDataMaker[iDet];
-    fQualAssDataMaker[iDet] = NULL;
+    delete fQADataMaker[iDet];
+    fQADataMaker[iDet] = NULL;
   }
   delete fVertexer;
   fVertexer = NULL;
@@ -1866,12 +1901,15 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
   Float_t posF[3];
   Double_t pos[3];
   Double_t p[3];
+  Double_t p_pos[3];
+  Double_t p_neg[3];
   Double_t covVtx[6];
   Double_t covTr[21];
   Double_t pid[10];
 
   // loop over events and fill them
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < nEvents; ++iEvent) {
+    //cout << "event: " << iEvent << endl;
     t->GetEntry(iEvent);
 
     // Multiplicity information needed by the header (to be revised!)
@@ -1906,10 +1944,13 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
     Int_t nV0s      = esd->GetNumberOfV0s();
     Int_t nCascades = esd->GetNumberOfCascades();
     Int_t nKinks    = esd->GetNumberOfKinks();
-    Int_t nVertices = nV0s + nCascades + nKinks;
-    
-    aod->ResetStd(nTracks, nVertices);
-    AliAODTrack *aodTrack;
+    Int_t nVertices = nV0s + nCascades + nKinks + 1 /* = prim. vtx*/;
+    Int_t nJets     = 0;
+    Int_t nCaloClus = esd->GetNumberOfCaloClusters();
+    Int_t nFmdClus  = 0;
+    Int_t nPmdClus  = esd->GetNumberOfPmdTracks();
+   
+    aod->ResetStd(nTracks, nVertices, nV0s+nCascades, nJets, nCaloClus, nFmdClus, nPmdClus);
     
     // Array to take into account the tracks already added to the AOD
     Bool_t * usedTrack = NULL;
@@ -1929,7 +1970,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       usedKink = new Bool_t[nKinks];
       for (Int_t iKink=0; iKink<nKinks; ++iKink) usedKink[iKink]=kFALSE;
     }
-
+    
     // Access to the AOD container of vertices
     TClonesArray &vertices = *(aod->GetVertices());
     Int_t jVertices=0;
@@ -1937,7 +1978,11 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
     // Access to the AOD container of tracks
     TClonesArray &tracks = *(aod->GetTracks());
     Int_t jTracks=0; 
-  
+   
+    // Access to the AOD container of V0s
+    TClonesArray &V0s = *(aod->GetV0s());
+    Int_t jV0s=0;
+    
     // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
     // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
     const AliESDVertex *vtx = esd->GetPrimaryVertex();
@@ -1948,13 +1993,16 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
     AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
       AliAODVertex(pos, covVtx, vtx->GetChi2toNDF(), NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
          
+
+    AliAODTrack *aodTrack = 0x0;
+    
     // Create vertices starting from the most complex objects
-      
+
     // Cascades
     for (Int_t nCascade = 0; nCascade < nCascades; ++nCascade) {
       AliESDcascade *cascade = esd->GetCascade(nCascade);
       
-      cascade->GetXYZcascade(pos[0], pos[1], pos[2]);  // Bo: bug correction
+      cascade->GetXYZ(pos[0], pos[1], pos[2]);
       cascade->GetPosCovXi(covVtx);
      
       // Add the cascade vertex
@@ -1965,7 +2013,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
                                                                        nCascade,
                                                                        AliAODVertex::kCascade);
 
-      primary->AddDaughter(vcascade);
+      primary->AddDaughter(vcascade); // the cascade 'particle' (represented by a vertex) is added as a daughter to the primary vertex
 
       // Add the V0 from the cascade. The ESD class have to be optimized...
       // Now we have to search for the corresponding V0 in the list of V0s
@@ -1974,6 +2022,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       Int_t posFromV0 = cascade->GetPindex();
       Int_t negFromV0 = cascade->GetNindex();
 
+
       AliESDv0 * v0 = 0x0;
       Int_t indV0 = -1;
 
@@ -1991,7 +2040,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
 
       AliAODVertex * vV0FromCascade = 0x0;
 
-      if (indV0>-1 && !usedV0[indV0] ) {
+      if (indV0>-1 && !usedV0[indV0]) {
        
        // the V0 exists in the array of V0s and is not used
 
@@ -2023,6 +2072,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
                                                                 indV0,
                                                                 AliAODVertex::kV0);
        vcascade->AddDaughter(vV0FromCascade);
+
       }
 
       // Add the positive tracks from the V0
@@ -2032,7 +2082,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        usedTrack[posFromV0] = kTRUE;
 
        AliESDtrack *esdTrack = esd->GetTrack(posFromV0);
-       esdTrack->GetPxPyPz(p);
+       esdTrack->GetPxPyPz(p_pos);
        esdTrack->GetXYZ(pos);
        esdTrack->GetCovarianceXYZPxPyPz(covTr);
        esdTrack->GetESDpid(pid);
@@ -2040,7 +2090,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        vV0FromCascade->AddDaughter(aodTrack =
                                    new(tracks[jTracks++]) AliAODTrack(esdTrack->GetID(),
                                           esdTrack->GetLabel(), 
-                                          p, 
+                                          p_pos
                                           kTRUE,
                                           pos,
                                           kFALSE,
@@ -2067,7 +2117,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        usedTrack[negFromV0] = kTRUE;
        
        AliESDtrack *esdTrack = esd->GetTrack(negFromV0);
-       esdTrack->GetPxPyPz(p);
+       esdTrack->GetPxPyPz(p_neg);
        esdTrack->GetXYZ(pos);
        esdTrack->GetCovarianceXYZPxPyPz(covTr);
        esdTrack->GetESDpid(pid);
@@ -2075,7 +2125,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        vV0FromCascade->AddDaughter(aodTrack =
                 new(tracks[jTracks++]) AliAODTrack(esdTrack->GetID(),
                                           esdTrack->GetLabel(),
-                                          p,
+                                          p_neg,
                                           kTRUE,
                                           pos,
                                           kFALSE,
@@ -2095,6 +2145,11 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
             << " track " << negFromV0 << " has already been used!" << endl;
       }
 
+      // add it to the V0 array as well
+      Double_t d0[2] = { -999., -99.};
+      // counting is probably wrong
+      new(V0s[jV0s++]) AliAODv0(vV0FromCascade, -999., -99., p_pos, p_neg, d0); // to be refined
+
       // Add the bachelor track from the cascade
 
       Int_t bachelor = cascade->GetBindex();
@@ -2131,19 +2186,19 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        cerr << "Error: event " << iEvent << " cascade " << nCascade
             << " track " << bachelor << " has already been used!" << endl;
       }
-
+      
       // Add the primary track of the cascade (if any)
-
+      
     } // end of the loop on cascades
-    
     // V0s
         
     for (Int_t nV0 = 0; nV0 < nV0s; ++nV0) {
 
       if (usedV0[nV0]) continue; // skip if aready added to the AOD
 
-      AliESDv0 *v0 = esd->GetV0(nV0);
-      
+      AliESDv0 *v0 = esd->GetV0(nV0); 
+     
       v0->GetXYZ(pos[0], pos[1], pos[2]);
       v0->GetPosCov(covVtx);
 
@@ -2166,7 +2221,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        usedTrack[posFromV0] = kTRUE;
 
        AliESDtrack *esdTrack = esd->GetTrack(posFromV0);
-       esdTrack->GetPxPyPz(p);
+       esdTrack->GetPxPyPz(p_pos);
        esdTrack->GetXYZ(pos);
        esdTrack->GetCovarianceXYZPxPyPz(covTr);
        esdTrack->GetESDpid(pid);
@@ -2174,7 +2229,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        vV0->AddDaughter(aodTrack =
                new(tracks[jTracks++]) AliAODTrack(esdTrack->GetID(),
                                           esdTrack->GetLabel(), 
-                                          p, 
+                                          p_pos
                                           kTRUE,
                                           pos,
                                           kFALSE,
@@ -2201,7 +2256,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        usedTrack[negFromV0] = kTRUE;
 
        AliESDtrack *esdTrack = esd->GetTrack(negFromV0);
-       esdTrack->GetPxPyPz(p);
+       esdTrack->GetPxPyPz(p_neg);
        esdTrack->GetXYZ(pos);
        esdTrack->GetCovarianceXYZPxPyPz(covTr);
        esdTrack->GetESDpid(pid);
@@ -2209,7 +2264,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        vV0->AddDaughter(aodTrack =
                 new(tracks[jTracks++]) AliAODTrack(esdTrack->GetID(),
                                           esdTrack->GetLabel(),
-                                          p,
+                                          p_neg,
                                           kTRUE,
                                           pos,
                                           kFALSE,
@@ -2229,6 +2284,9 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
             << " track " << negFromV0 << " has already been used!" << endl;
       }
 
+      // add it to the V0 array as well
+      Double_t d0[2] = { 999., 99.};
+      new(V0s[jV0s++]) AliAODv0(vV0, 999., 99., p_pos, p_neg, d0); // to be refined
     } // end of the loop on V0s
     
     // Kinks: it is a big mess the access to the information in the kinks
@@ -2237,7 +2295,6 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
 
     for (Int_t iTrack=0; iTrack<nTracks; ++iTrack) {
 
-
       AliESDtrack * esdTrack = esd->GetTrack(iTrack);
 
       Int_t ikink = esdTrack->GetKinkIndex(0);
@@ -2361,18 +2418,12 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
              cerr << "Error: event " << iEvent << " kink " << TMath::Abs(ikink)-1
              << " track " << idaughter << " has already been used!" << endl;
            }
-
-
          }
        }
-
-      }      
-
+      }
     }
 
-    
     // Tracks (primary and orphan)
-      
     for (Int_t nTrack = 0; nTrack < nTracks; ++nTrack) {
        
 
@@ -2388,7 +2439,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
 
       esdTrack->GetImpactParameters(impactXY,impactZ);
 
-      if (impactXY<3) {
+      if (impactXY<3.) {
        // track inside the beam pipe
       
        primary->AddDaughter(aodTrack =
@@ -2411,25 +2462,11 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       }
       else {
        // outside the beam pipe: orphan track
-           aodTrack =
-           new(tracks[jTracks++]) AliAODTrack(esdTrack->GetID(),
-                                        esdTrack->GetLabel(),
-                                        p,
-                                        kTRUE,
-                                        pos,
-                                        kFALSE,
-                                        covTr, 
-                                        (Short_t)esdTrack->Charge(),
-                                        esdTrack->GetITSClusterMap(), 
-                                        pid,
-                                        NULL,
-                                        kFALSE, // check if this is right
-                                        kFALSE, // check if this is right
-                                        AliAODTrack::kOrphan);
-           aodTrack->ConvertAliPIDtoAODPID();
+       // Don't write them anymore!
+       continue;
       }        
     } // end of loop on tracks
-
+    
     // muon tracks
     Int_t nMuTracks = esd->GetNumberOfMuonTracks();
     for (Int_t nMuTrack = 0; nMuTrack < nMuTracks; ++nMuTrack) {
@@ -2470,56 +2507,91 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       else 
        aodTrack->SetChi2MatchTrigger(0.);
     }
-    
+   
+    // Access to the AOD container of PMD clusters
+    TClonesArray &pmdClusters = *(aod->GetPmdClusters());
+    Int_t jPmdClusters=0;
+  
+    for (Int_t iPmd = 0; iPmd < nPmdClus; ++iPmd) {
+      // file pmd clusters, to be revised!
+      AliESDPmdTrack *pmdTrack = esd->GetPmdTrack(iPmd);
+      Int_t nLabel = 0;
+      Int_t *label = 0x0;
+      Double_t pos[3] = { pmdTrack->GetClusterX(), pmdTrack->GetClusterY(), pmdTrack->GetClusterZ() };
+      Double_t pid[9] = { 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0. }; // to be revised!
+      // type not set!
+      // assoc cluster not set
+      new(pmdClusters[jPmdClusters++]) AliAODPmdCluster(iPmd, nLabel, label, pmdTrack->GetClusterADC(), pos, pid);
+    }
+
     // Access to the AOD container of clusters
-    TClonesArray &clusters = *(aod->GetClusters());
+    TClonesArray &caloClusters = *(aod->GetCaloClusters());
     Int_t jClusters=0;
 
     // Calo Clusters
-    Int_t nClusters    = esd->GetNumberOfCaloClusters();
-
-    for (Int_t iClust=0; iClust<nClusters; ++iClust) {
+    TArrayS EMCCellNumber(15000);
+    TArrayD EMCCellAmplitude(15000);
+    Int_t nEMCCells = 0;
+    const Float_t fEMCAmpScale = 1./500;
+    for (Int_t iClust=0; iClust<nCaloClus; ++iClust) {
 
       AliESDCaloCluster * cluster = esd->GetCaloCluster(iClust);
 
       Int_t id = cluster->GetID();
-      Int_t label = -1;
+      Int_t nLabel = 0;
+      Int_t *label = 0x0;
       Float_t energy = cluster->E();
       cluster->GetPosition(posF);
-      AliAODVertex *prodVertex = primary;
-      AliAODTrack *primTrack = NULL;
       Char_t ttype=AliAODCluster::kUndef;
 
-      if (cluster->IsPHOS()) ttype=AliAODCluster::kPHOSNeutral;
-      else if (cluster->IsEMCAL()) {
-
-       if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kPseudoCluster)
-         ttype = AliAODCluster::kEMCALPseudoCluster;
-       else
-         ttype = AliAODCluster::kEMCALClusterv1;
-
+      if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kPHOSCluster) {
+       ttype=AliAODCluster::kPHOSNeutral;
+      } 
+      else if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1) {
+       ttype = AliAODCluster::kEMCALClusterv1;
       }
-
-      new(clusters[jClusters++]) AliAODCluster(id,
-                                              label,
-                                              energy,
-                                              pos,
-                                              NULL, // no covariance matrix provided
-                                              NULL, // no pid for clusters provided
-                                              prodVertex,
-                                              primTrack,
-                                              ttype);
+      else if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kEMCALPseudoCluster) {
+       // Collect raw tower info
+       for (Int_t iDig = 0; iDig < cluster->GetNumberOfDigits(); iDig++) {
+         EMCCellNumber[nEMCCells] = cluster->GetDigitIndex()->At(iDig);
+         EMCCellAmplitude[nEMCCells] = fEMCAmpScale*cluster->GetDigitAmplitude()->At(iDig);
+         nEMCCells++;
+       }
+       // don't write cluster data (it's just a pseudo cluster, holding the tower information)
+       continue; 
+      }
+      
+      AliAODCaloCluster *caloCluster = new(caloClusters[jClusters++]) AliAODCaloCluster(id,
+                                                                                       nLabel,
+                                                                                       label,
+                                                                                       energy,
+                                                                                       pos,
+                                                                                       NULL,
+                                                                                       ttype);
+      
+      caloCluster->SetCaloCluster(); // to be refined!
 
     } // end of loop on calo clusters
 
-    // tracklets
+    // fill EMC cell info
+    AliAODCaloCells &EMCCells = *(aod->GetCaloCells());
+    EMCCells.CreateContainer(nEMCCells);
+    EMCCells.SetType(AliAODCaloCells::kEMCAL);
+    for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMCCells; iCell++) {      
+      EMCCells.SetCell(iCell,EMCCellNumber[iCell],EMCCellAmplitude[iCell]);
+    }
+    EMCCells.Sort();
+
+    // tracklets    
+    AliAODTracklets &SPDTracklets = *(aod->GetTracklets());
     const AliMultiplicity *mult = esd->GetMultiplicity();
     if (mult) {
       if (mult->GetNumberOfTracklets()>0) {
-       aod->GetTracklets()->CreateContainer(mult->GetNumberOfTracklets());
+       SPDTracklets.CreateContainer(mult->GetNumberOfTracklets());
 
        for (Int_t n=0; n<mult->GetNumberOfTracklets(); n++) {
-         aod->GetTracklets()->SetTracklet(n, mult->GetTheta(n), mult->GetPhi(n), mult->GetDeltaPhi(n), mult->GetLabel(n));
+         SPDTracklets.SetTracklet(n, mult->GetTheta(n), mult->GetPhi(n), mult->GetDeltaPhi(n), mult->GetLabel(n));
        }
       }
     } else {
@@ -2672,55 +2744,58 @@ void AliReconstruction::TNamedToFile(TTree* fTree, TString fName){
   out.close();
 
 }
+  
+
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliQualAssDataMaker * AliReconstruction::GetQualAssDataMaker(Int_t iDet)
+AliQADataMaker * AliReconstruction::GetQADataMaker(Int_t iDet)
 {
 // get the quality assurance data maker object and the loader for a detector
 
-  if (fQualAssDataMaker[iDet]) 
-    return fQualAssDataMaker[iDet];
+  if (fQADataMaker[iDet]) 
+    return fQADataMaker[iDet];
 
   // load the QA data maker object
   TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-  TString qadmName = "Ali" + detName + "QualAssDataMaker";
+  TString qadmName = "Ali" + detName + "QADataMaker";
   if (gAlice && !gAlice->GetDetector(detName) && (detName != "HLT")) 
     return NULL;
 
-  AliQualAssDataMaker * qadm = NULL;
+  AliQADataMaker * qadm = NULL;
   // first check if a plugin is defined for the quality assurance data maker
-  TPluginHandler* pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQualAssDataMaker", detName);
+  TPluginHandler* pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQADataMaker", detName);
   // if not, add a plugin for it
   if (!pluginHandler) {
     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", qadmName.Data()));
     TString libs = gSystem->GetLibraries();
     if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
        (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
-      pluginManager->AddHandler("AliQualAssDataMaker", detName, 
+      pluginManager->AddHandler("AliQADataMaker", detName, 
                                qadmName, detName + "qadm", qadmName + "()");
     } else {
-      pluginManager->AddHandler("AliQualAssDataMaker", detName, 
+      pluginManager->AddHandler("AliQADataMaker", detName, 
                                qadmName, detName, qadmName + "()");
     }
-    pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQualAssDataMaker", detName);
+    pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQADataMaker", detName);
   }
   if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
-    qadm = (AliQualAssDataMaker *) pluginHandler->ExecPlugin(0);
+    qadm = (AliQADataMaker *) pluginHandler->ExecPlugin(0);
   }
   if (qadm) {
     AliInfo(Form("Initializing quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-    qadm->Init(AliQualAss::kRECPOINTS, fRunLoader->GetHeader()->GetRun(), GetQACycles(fgkDetectorName[iDet]));
-    qadm->StartOfCycle(AliQualAss::kRECPOINTS);
-    qadm->StartOfCycle(AliQualAss::kESDS, "same") ;    
-    fQualAssDataMaker[iDet] = qadm;
+    qadm->Init(AliQA::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), GetQACycles(fgkDetectorName[iDet]));
+    qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
+    qadm->Init(AliQA::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun());
+    qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, "same") ;         
+    fQADataMaker[iDet] = qadm;
   }
 
   return qadm;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::RunQualAss(const char* detectors, AliESDEvent *& esd)
+Bool_t AliReconstruction::RunQA(const char* detectors, AliESDEvent *& esd)
 {
   // run the Quality Assurance data producer
 
@@ -2729,13 +2804,13 @@ Bool_t AliReconstruction::RunQualAss(const char* detectors, AliESDEvent *& esd)
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
    if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
      continue;
-   AliQualAssDataMaker * qadm = GetQualAssDataMaker(iDet);
+   AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
    if (!qadm) 
      continue;
    AliCodeTimerStart(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
    AliInfo(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
     
-   qadm->Exec(AliQualAss::kESDS, esd) ; 
+   qadm->Exec(AliQA::kESDS, esd) ; 
    qadm->Increment() ; 
 
    AliCodeTimerStop(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
@@ -2748,6 +2823,43 @@ Bool_t AliReconstruction::RunQualAss(const char* detectors, AliESDEvent *& esd)
  }
  
  return kTRUE;
+  
+}
+
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::CheckQA()
+{
+// check the QA of SIM for this run and remove the detectors 
+// with status Fatal
+  
+       TString newDetList ; 
+       for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
+               TString detName(AliQA::GetDetName(iDet)) ;
+               if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
+                       fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
+                       AliQA * qa = AliQA::Instance(AliQA::DETECTORINDEX(iDet)) ; 
+                       if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kFATAL)) {
+                               AliInfo(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed", detName.Data())) ;
+                       } else if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kERROR)) {
+                               AliError(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was ERROR", detName.Data())) ;
+                               newDetList += detName ; 
+                               newDetList += " " ; 
+                       } else if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kWARNING) ) {
+                               AliWarning(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was WARNING", detName.Data())) ;
+                               newDetList += detName ; 
+                               newDetList += " " ; 
+                       } else if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kINFO) ) {
+                               AliInfo(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was INFO", detName.Data())) ;
+                               newDetList += detName ; 
+                               newDetList += " " ; 
+                       } else {
+                               newDetList += detName ; 
+                               newDetList += " " ;                     
+                       }
+               }
+       }
+       fRunLocalReconstruction = newDetList ; 
 }
 
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