]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliReconstruction.cxx
Introduction of equipment id map. The map is taken from simple ascii formatted file...
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliReconstruction.cxx
index 0595d5b9fca0fd2ab5bd7e6c8ca4db761539b0e7..7d07674fe47b355bda07573429a0dcb7a589b0bf 100644 (file)
@@ -73,7 +73,7 @@
 //                                                                           //
 // Uniform/nonuniform field tracking switches (default: uniform field)       //
 //                                                                           //
-//   rec.SetUniformFieldTracking();  ( rec.SetNonuniformFieldTracking(); )   //
+//   rec.SetUniformFieldTracking(); ( rec.SetUniformFieldTracking(kFALSE); ) //
 //                                                                           //
 // The filling of additional ESD information can be steered by               //
 //                                                                           //
 #include "AliRawReaderDate.h"
 #include "AliRawReaderRoot.h"
 #include "AliESD.h"
+#include "AliESDfriend.h"
 #include "AliESDVertex.h"
 #include "AliTracker.h"
 #include "AliVertexer.h"
+#include "AliVertexerTracks.h"
 #include "AliHeader.h"
 #include "AliGenEventHeader.h"
 #include "AliPID.h"
 #include "AliESDtrack.h"
 
 #include "AliRunTag.h"
-//#include "AliLHCTag.h"
 #include "AliDetectorTag.h"
 #include "AliEventTag.h"
 
 #include "AliTrackPointArray.h"
 #include "AliCDBManager.h"
+#include "AliCDBEntry.h"
+#include "AliAlignObj.h"
+
+#include "AliCentralTrigger.h"
+#include "AliCTPRawStream.h"
 
 ClassImp(AliReconstruction)
 
@@ -151,26 +157,33 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
                                     const char* name, const char* title) :
   TNamed(name, title),
 
-  fRunLocalReconstruction("ALL"),
   fUniformField(kTRUE),
   fRunVertexFinder(kTRUE),
   fRunHLTTracking(kFALSE),
+  fStopOnError(kFALSE),
+  fWriteAlignmentData(kFALSE),
+  fWriteESDfriend(kFALSE),
+  fFillTriggerESD(kTRUE),
+
+  fRunLocalReconstruction("ALL"),
   fRunTracking("ALL"),
   fFillESD("ALL"),
   fGAliceFileName(gAliceFilename),
   fInput(""),
+  fEquipIdMap(""),
   fFirstEvent(0),
   fLastEvent(-1),
-  fStopOnError(kFALSE),
   fCheckPointLevel(0),
   fOptions(),
+  fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
+  fLoadAlignData("ALL"),
 
   fRunLoader(NULL),
   fRawReader(NULL),
 
   fVertexer(NULL),
 
-  fWriteAlignmentData(kFALSE),
+  fAlignObjArray(NULL),
   fCDBUri(cdbUri)
 {
 // create reconstruction object with default parameters
@@ -181,36 +194,39 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
     fTracker[iDet] = NULL;
   }
   AliPID pid;
-  // Import TGeo geometry
-  TString geom(gSystem->DirName(gAliceFilename));
-  geom += "/geometry.root";
-  TGeoManager::Import(geom.Data());
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   TNamed(rec),
 
-  fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
   fUniformField(rec.fUniformField),
   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
   fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
+  fStopOnError(rec.fStopOnError),
+  fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
+  fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
+  fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
+
+  fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
   fRunTracking(rec.fRunTracking),
   fFillESD(rec.fFillESD),
   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
   fInput(rec.fInput),
+  fEquipIdMap(rec.fEquipIdMap),
   fFirstEvent(rec.fFirstEvent),
   fLastEvent(rec.fLastEvent),
-  fStopOnError(rec.fStopOnError),
   fCheckPointLevel(0),
   fOptions(),
+  fLoadAlignFromCDB(rec.fLoadAlignFromCDB),
+  fLoadAlignData(rec.fLoadAlignData),
 
   fRunLoader(NULL),
   fRawReader(NULL),
 
   fVertexer(NULL),
 
-  fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
+  fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
   fCDBUri(rec.fCDBUri)
 {
 // copy constructor
@@ -259,6 +275,12 @@ void AliReconstruction::InitCDBStorage()
     AliWarning(Form("Using default storage declared in AliSimulation: %s",fCDBUri.Data()));
     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
     SetDefaultStorage(fCDBUri);
+    
+    Int_t cdbRun = AliCDBManager::Instance()->GetRun();
+    if(cdbRun == -1){
+       AliWarning("AliCDBManager's run number temporarily set to 0!!");
+       AliCDBManager::Instance()->SetRun(0);
+    }
   }  
   
 }
@@ -279,6 +301,153 @@ void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* detName, const char* uri)
 
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::SetRunNumber()
+{
+  // The method is called in Run() in order
+  // to set a correct run number.
+  // In case of raw data reconstruction the
+  // run number is taken from the raw data header
+
+  if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() < 0) {
+    if (!fRunLoader) {
+      AliError("No run loader is found !"); 
+      return kFALSE;
+    }
+    // read run number from gAlice
+    AliCDBManager::Instance()->SetRun(fRunLoader->GetAliRun()->GetRunNumber());
+    AliInfo(Form("Run number: %d",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
+  }
+  return kTRUE;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::ApplyAlignObjsToGeom(TObjArray* alObjArray)
+{
+  // Read collection of alignment objects (AliAlignObj derived) saved
+  // in the TClonesArray ClArrayName and apply them to the geometry
+  // manager singleton.
+  //
+  alObjArray->Sort();
+  Int_t nvols = alObjArray->GetEntriesFast();
+
+  Bool_t flag = kTRUE;
+
+  for(Int_t j=0; j<nvols; j++)
+    {
+      AliAlignObj* alobj = (AliAlignObj*) alObjArray->UncheckedAt(j);
+      if (alobj->ApplyToGeometry() == kFALSE) flag = kFALSE;
+    }
+
+  if (AliDebugLevelClass() >= 1) {
+    gGeoManager->CheckOverlaps(20);
+    TObjArray* ovexlist = gGeoManager->GetListOfOverlaps();
+    if(ovexlist->GetEntriesFast()){  
+      AliError("The application of alignment objects to the geometry caused huge overlaps/extrusions!");
+   }
+  }
+
+  return flag;
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::SetAlignObjArraySingleDet(const char* detName)
+{
+  // Fills array of single detector's alignable objects from CDB
+  
+  AliDebug(2, Form("Loading alignment data for detector: %s",detName));
+  
+  AliCDBEntry *entry;
+       
+  AliCDBPath path(detName,"Align","Data");
+       
+  entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
+  if(!entry){ 
+       AliDebug(2,Form("Couldn't load alignment data for detector %s",detName));
+       return kFALSE;
+  }
+  entry->SetOwner(1);
+  TClonesArray *alignArray = (TClonesArray*) entry->GetObject();       
+  alignArray->SetOwner(0);
+  AliDebug(2,Form("Found %d alignment objects for %s",
+                       alignArray->GetEntries(),detName));
+
+  AliAlignObj *alignObj=0;
+  TIter iter(alignArray);
+       
+  // loop over align objects in detector
+  while( ( alignObj=(AliAlignObj *) iter.Next() ) ){
+       fAlignObjArray->Add(alignObj);
+  }
+  // delete entry --- Don't delete, it is cached!
+       
+  AliDebug(2, Form("fAlignObjArray entries: %d",fAlignObjArray->GetEntries() ));
+  return kTRUE;
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
+{
+  // Read the alignment objects from CDB.
+  // Each detector is supposed to have the
+  // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
+  // All the detector objects are then collected,
+  // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
+  // then applied to the TGeo geometry.
+  // Finally an overlaps check is performed.
+
+  // Load alignment data from CDB and fill fAlignObjArray 
+  if(fLoadAlignFromCDB){
+       if(!fAlignObjArray) fAlignObjArray = new TObjArray();
+       
+       //fAlignObjArray->RemoveAll(); 
+       fAlignObjArray->Clear();        
+       fAlignObjArray->SetOwner(0);
+       TString detStr = detectors;
+       TString dataNotLoaded="";
+       TString dataLoaded="";
+  
+       for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+         if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+         if(!SetAlignObjArraySingleDet(fgkDetectorName[iDet])){
+           dataNotLoaded += fgkDetectorName[iDet];
+           dataNotLoaded += " ";
+         } else {
+           dataLoaded += fgkDetectorName[iDet];
+           dataLoaded += " ";
+         }
+       } // end loop over detectors
+  
+       if ((detStr.CompareTo("ALL") == 0)) detStr = "";
+       dataNotLoaded += detStr;
+       AliInfo(Form("Alignment data loaded for: %s",
+                         dataLoaded.Data()));
+       AliInfo(Form("Didn't/couldn't load alignment data for: %s",
+                         dataNotLoaded.Data()));
+  } // fLoadAlignFromCDB flag
+  // Check if the array with alignment objects was
+  // provided by the user. If yes, apply the objects
+  // to the present TGeo geometry
+  if (fAlignObjArray) {
+    if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
+      if (ApplyAlignObjsToGeom(fAlignObjArray) == kFALSE) {
+       AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
+                "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
+       return kFALSE;
+      }
+    }
+    else {
+      AliError("Can't apply the misalignment! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
+      return kFALSE;
+    }
+  }
+
+  return kTRUE;
+}
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::SetGAliceFile(const char* fileName)
@@ -318,10 +487,40 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input,
     fRawReader = new AliRawReaderDate(fileName);
     fRawReader->SelectEvents(7);
   }
+  if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
+    fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
+
 
   // get the run loader
   if (!InitRunLoader()) return kFALSE;
 
+  // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
+  if (!SetRunNumber()) if (fStopOnError) return kFALSE;
+
+  // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
+  if (!gGeoManager) {
+    TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
+    geom += "/geometry.root";
+    TGeoManager::Import(geom.Data());
+    if (!gGeoManager) if (fStopOnError) return kFALSE;
+  }
+  if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) if (fStopOnError) return kFALSE;
+
+  // Temporary fix by A.Gheata
+  // Could be removed with the next Root version (>5.11)
+  if (gGeoManager) {
+    TIter next(gGeoManager->GetListOfVolumes());
+    TGeoVolume *vol;
+    while ((vol = (TGeoVolume *)next())) {
+      if (vol->GetVoxels()) {
+       if (vol->GetVoxels()->NeedRebuild()) {
+         vol->GetVoxels()->Voxelize();
+         vol->FindOverlaps();
+       }
+      }
+    }
+  }
+
   // local reconstruction
   if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
     if (!RunLocalReconstruction(fRunLocalReconstruction)) {
@@ -378,8 +577,22 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input,
   hlttree->Branch("ESD", "AliESD", &hltesd);
   delete esd; delete hltesd;
   esd = NULL; hltesd = NULL;
+
+  // create the file and tree with ESD additions
+  TFile *filef=0; TTree *treef=0; AliESDfriend *esdf=0;
+  if (fWriteESDfriend) {
+     filef = TFile::Open("AliESDfriends.root", "RECREATE");
+     if (!filef->IsOpen()) {
+        AliError("opening AliESDfriends.root failed");
+     }
+     treef = new TTree("esdFriendTree", "Tree with ESD friends");
+     treef->Branch("ESDfriend", "AliESDfriend", &esdf);
+  }
+
   gROOT->cd();
 
+  AliVertexerTracks tVertexer;
+
   // loop over events
   if (fRawReader) fRawReader->RewindEvents();
   
@@ -469,11 +682,29 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input,
     AliESDpid::MakePID(esd);
     if (fCheckPointLevel > 1) WriteESD(esd, "PID");
 
+    if (fFillTriggerESD) {
+      if (!ReadESD(esd, "trigger")) {
+       if (!FillTriggerESD(esd)) {
+         if (fStopOnError) {CleanUp(file, fileOld); return kFALSE;}
+       }
+       if (fCheckPointLevel > 1) WriteESD(esd, "trigger");
+      }
+    }
+
+    esd->SetPrimaryVertex(tVertexer.FindPrimaryVertex(esd));
+
     // write ESD
     tree->Fill();
     // write HLT ESD
     hlttree->Fill();
 
+    // write ESD friend
+    if (fWriteESDfriend) {
+       esdf=new AliESDfriend();
+       esd->GetESDfriend(esdf);
+       treef->Fill();  
+    }
+
     if (fCheckPointLevel > 0)  WriteESD(esd, "final"); 
  
     delete esd; delete hltesd;
@@ -487,6 +718,11 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input,
   tree->Write();
   hlttree->Write();
 
+  if (fWriteESDfriend) {
+     filef->cd();
+     treef->Write(); delete treef; filef->Close(); delete filef; 
+  }
+
   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
   // In case of empty events the tags will contain dummy values
   CreateTag(file);
@@ -636,9 +872,11 @@ Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESD*& esd)
     if(!vertex){
       AliWarning("Vertex not found");
       vertex = new AliESDVertex();
+      vertex->SetName("default");
     }
     else {
       vertex->SetTruePos(vtxPos);  // store also the vertex from MC
+      vertex->SetName("reconstructed");
     }
 
   } else {
@@ -839,7 +1077,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESD*& esd)
     AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack);
     if (!track) continue;
     if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
-    track->PropagateTo(kRadius, track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
+    track->PropagateTo(kRadius, fieldZ, track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
     track->RelateToVertex(esd->GetVertex(),fieldZ, kMaxD);
   }
   
@@ -917,6 +1155,45 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESD*& esd, const TString& detectors)
   return kTRUE;
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESD*& esd)
+{
+  // Reads the trigger decision which is
+  // stored in Trigger.root file and fills
+  // the corresponding esd entries
+
+  AliInfo("Filling trigger information into the ESD");
+
+  if (fRawReader) {
+    AliCTPRawStream input(fRawReader);
+    if (!input.Next()) {
+      AliError("No valid CTP (trigger) DDL raw data is found ! The trigger information is not stored in the ESD !");
+      return kFALSE;
+    }
+    esd->SetTriggerMask(input.GetClassMask());
+    esd->SetTriggerCluster(input.GetClusterMask());
+  }
+  else {
+    AliRunLoader *runloader = AliRunLoader::GetRunLoader();
+    if (runloader) {
+      if (!runloader->LoadTrigger()) {
+       AliCentralTrigger *aCTP = runloader->GetTrigger();
+       esd->SetTriggerMask(aCTP->GetClassMask());
+       esd->SetTriggerCluster(aCTP->GetClusterMask());
+      }
+      else {
+       AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information is not stored in the ESD !");
+       return kFALSE;
+      }
+    }
+    else {
+      AliError("No run loader is available! The trigger information is not stored in the ESD !");
+      return kFALSE;
+    }
+  }
+
+  return kTRUE;
+}
 
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliReconstruction::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
@@ -1277,6 +1554,8 @@ void AliReconstruction::CreateTag(TFile* file)
   Int_t nMu1GeV, nMu3GeV, nMu10GeV;
   Int_t nEl1GeV, nEl3GeV, nEl10GeV;
   Float_t maxPt = .0, meanPt = .0, totalP = .0;
+  Int_t fVertexflag;
+  TString fVertexName("default");
 
   AliRunTag *tag = new AliRunTag();
   AliEventTag *evTag = new AliEventTag();
@@ -1326,10 +1605,13 @@ void AliReconstruction::CreateTag(TFile* file)
     maxPt = .0;
     meanPt = .0;
     totalP = .0;
-    
+    fVertexflag = 0;
+
     b->GetEntry(iEventNumber);
     const AliESDVertex * vertexIn = esd->GetVertex();
-    
+    if (!vertexIn) AliError("ESD has not defined vertex.");
+    if (vertexIn) fVertexName = vertexIn->GetName();
+    if(fVertexName != "default") fVertexflag = 1;
     for (Int_t iTrackNumber = 0; iTrackNumber < esd->GetNumberOfTracks(); iTrackNumber++) {
       AliESDtrack * esdTrack = esd->GetTrack(iTrackNumber);
       UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
@@ -1438,16 +1720,22 @@ void AliReconstruction::CreateTag(TFile* file)
       meanPt = meanPt/ntrack;
     
     evTag->SetEventId(iEventNumber+1);
-    evTag->SetVertexX(vertexIn->GetXv());
-    evTag->SetVertexY(vertexIn->GetYv());
-    evTag->SetVertexZ(vertexIn->GetZv());
-    
+    if (vertexIn) {
+      evTag->SetVertexX(vertexIn->GetXv());
+      evTag->SetVertexY(vertexIn->GetYv());
+      evTag->SetVertexZ(vertexIn->GetZv());
+      evTag->SetVertexZError(vertexIn->GetZRes());
+    }  
+    evTag->SetVertexFlag(fVertexflag);
+
     evTag->SetT0VertexZ(esd->GetT0zVertex());
     
-    evTag->SetTrigger(esd->GetTrigger());
+    evTag->SetTrigger(esd->GetTriggerMask());
     
-    evTag->SetZDCNeutronEnergy(esd->GetZDCNEnergy());
-    evTag->SetZDCProtonEnergy(esd->GetZDCPEnergy());
+    evTag->SetZDCNeutron1Energy(esd->GetZDCN1Energy());
+    evTag->SetZDCProton1Energy(esd->GetZDCP1Energy());
+    evTag->SetZDCNeutron2Energy(esd->GetZDCN2Energy());
+    evTag->SetZDCProton2Energy(esd->GetZDCP2Energy());
     evTag->SetZDCEMEnergy(esd->GetZDCEMEnergy());
     evTag->SetNumOfParticipants(esd->GetZDCParticipants());
     
@@ -1531,7 +1819,7 @@ void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESD* esd)
     {
       AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
       Int_t nsp = 0;
-      UInt_t idx[200];
+      Int_t idx[200];
       for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--)
        nsp += track->GetNcls(iDet);
       if (nsp) {
@@ -1549,6 +1837,8 @@ void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESD* esd)
          Int_t isp2 = 0;
          while (isp < nspdet) {
            Bool_t isvalid = tracker->GetTrackPoint(idx[isp2],p); isp2++;
+           const Int_t kNTPCmax = 159;
+           if (iDet==1 && isp2>kNTPCmax) break;   // to be fixed
            if (!isvalid) continue;
            sp->AddPoint(isptrack,&p); isptrack++; isp++;
          }