]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliReconstruction.cxx
Create the verxer inside the event loop. In this way we can handle correctly the...
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliReconstruction.cxx
index 02dac7816a0cf85721c233c30a37ce808fa974bd..be791a873a6d12d4eb5b0ea1f08bf04f43b23ce9 100644 (file)
 #include <TMap.h>
 #include <TChain.h>
 #include <TProof.h>
+#include <TProofOutputFile.h>
 #include <TParameter.h>
 
 #include "AliReconstruction.h"
 #include "AliMagWrapCheb.h"
 
 #include "AliDetectorRecoParam.h"
+#include "AliGRPRecoParam.h"
 #include "AliRunInfo.h"
 #include "AliEventInfo.h"
 
 #include "AliDAQ.h"
 
+#include "AliGRPObject.h"
+
 ClassImp(AliReconstruction)
 
 //_____________________________________________________________________________
-const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
+const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::kNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
 
 //_____________________________________________________________________________
 AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
@@ -220,17 +224,17 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
   fRunLocalReconstruction("ALL"),
   fRunTracking("ALL"),
   fFillESD("ALL"),
+  fLoadCDB(""),
   fUseTrackingErrorsForAlignment(""),
   fGAliceFileName(gAliceFilename),
   fRawInput(""),
   fEquipIdMap(""),
   fFirstEvent(0),
   fLastEvent(-1),
-  fNumberOfEventsPerFile(1),
+  fNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1),
   fOptions(),
   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
   fLoadAlignData("ALL"),
-  fESDPar(""),
   fUseHLTData(),
   fRunInfo(NULL),
   fEventInfo(),
@@ -241,11 +245,10 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
 
   fRecoParam(),
 
-  fVertexer(NULL),
+  fDiamondProfileSPD(NULL),
   fDiamondProfile(NULL),
   fDiamondProfileTPC(NULL),
-  fMeanVertexConstraint(kTRUE),
-
+  
   fGRPData(NULL),
 
   fAlignObjArray(NULL),
@@ -258,7 +261,6 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
   fQATasks("ALL"), 
   fRunQA(kTRUE),  
   fRunGlobalQA(kTRUE),
-  fInLoopQA(kFALSE),
   fSameQACycle(kFALSE),
 
   fRunPlaneEff(kFALSE),
@@ -277,13 +279,16 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
 // create reconstruction object with default parameters
   gGeoManager = NULL;
   
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     fReconstructor[iDet] = NULL;
     fLoader[iDet] = NULL;
     fTracker[iDet] = NULL;
-    fQACycles[iDet] = 999999;  
   }
-  fQATasks = Form("%d %d %d", AliQA::kRAWS, AliQA::kRECPOINTS, AliQA::kESDS) ; 
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
+    fQACycles[iDet] = 999999 ;
+    fQAWriteExpert[iDet] = kFALSE ; 
+  }
+    
   AliPID pid;
 }
 
@@ -312,6 +317,7 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
   fRunTracking(rec.fRunTracking),
   fFillESD(rec.fFillESD),
+  fLoadCDB(rec.fLoadCDB),
   fUseTrackingErrorsForAlignment(rec.fUseTrackingErrorsForAlignment),
   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
   fRawInput(rec.fRawInput),
@@ -322,7 +328,6 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fOptions(),
   fLoadAlignFromCDB(rec.fLoadAlignFromCDB),
   fLoadAlignData(rec.fLoadAlignData),
-  fESDPar(rec.fESDPar),
   fUseHLTData(rec.fUseHLTData),
   fRunInfo(NULL),
   fEventInfo(),
@@ -333,11 +338,10 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
 
   fRecoParam(rec.fRecoParam),
 
-  fVertexer(NULL),
+  fDiamondProfileSPD(rec.fDiamondProfileSPD),
   fDiamondProfile(rec.fDiamondProfile),
   fDiamondProfileTPC(rec.fDiamondProfileTPC),
-  fMeanVertexConstraint(rec.fMeanVertexConstraint),
-
+  
   fGRPData(NULL),
 
   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
@@ -350,7 +354,6 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fQATasks(rec.fQATasks), 
   fRunQA(rec.fRunQA),  
   fRunGlobalQA(rec.fRunGlobalQA),
-  fInLoopQA(rec.fInLoopQA),
   fSameQACycle(rec.fSameQACycle),
   fRunPlaneEff(rec.fRunPlaneEff),
 
@@ -370,16 +373,20 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
   }
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     fReconstructor[iDet] = NULL;
     fLoader[iDet] = NULL;
     fTracker[iDet] = NULL;
-    fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];     
+  }  
+  
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
+    fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
+    fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ; 
   }
+
   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
   }
-
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -416,6 +423,7 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
   fRunLocalReconstruction        = rec.fRunLocalReconstruction;
   fRunTracking                   = rec.fRunTracking;
   fFillESD                       = rec.fFillESD;
+  fLoadCDB                       = rec.fLoadCDB;
   fUseTrackingErrorsForAlignment = rec.fUseTrackingErrorsForAlignment;
   fGAliceFileName                = rec.fGAliceFileName;
   fRawInput                      = rec.fRawInput;
@@ -430,7 +438,6 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
 
   fLoadAlignFromCDB              = rec.fLoadAlignFromCDB;
   fLoadAlignData                 = rec.fLoadAlignData;
-  fESDPar                        = rec.fESDPar;
   fUseHLTData                    = rec.fUseHLTData;
 
   delete fRunInfo; fRunInfo = NULL;
@@ -444,22 +451,27 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
 
   fRecoParam = rec.fRecoParam;
 
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     delete fReconstructor[iDet]; fReconstructor[iDet] = NULL;
     delete fLoader[iDet]; fLoader[iDet] = NULL;
     delete fTracker[iDet]; fTracker[iDet] = NULL;
-    fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];     
   }
-
-  fVertexer             = NULL;
+  
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
+    fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
+    fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
+  } 
+    
+  delete fDiamondProfileSPD; fDiamondProfileSPD = NULL;
+  if (rec.fDiamondProfileSPD) fDiamondProfileSPD = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileSPD);
   delete fDiamondProfile; fDiamondProfile = NULL;
   if (rec.fDiamondProfile) fDiamondProfile = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfile);
   delete fDiamondProfileTPC; fDiamondProfileTPC = NULL;
   if (rec.fDiamondProfileTPC) fDiamondProfileTPC = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileTPC);
-  fMeanVertexConstraint = rec.fMeanVertexConstraint;
 
   delete fGRPData; fGRPData = NULL;
-  if (rec.fGRPData) fGRPData = (TMap*)((rec.fGRPData)->Clone());
+  //  if (rec.fGRPData) fGRPData = (TMap*)((rec.fGRPData)->Clone());
+  if (rec.fGRPData) fGRPData = (AliGRPObject*)((rec.fGRPData)->Clone());
 
   delete fAlignObjArray; fAlignObjArray = NULL;
 
@@ -472,7 +484,6 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
   fQATasks                     = rec.fQATasks; 
   fRunQA                       = rec.fRunQA;  
   fRunGlobalQA                 = rec.fRunGlobalQA;
-  fInLoopQA                    = rec.fInLoopQA;
   fSameQACycle                 = rec.fSameQACycle;
   fRunPlaneEff                 = rec.fRunPlaneEff;
 
@@ -496,6 +507,7 @@ AliReconstruction::~AliReconstruction()
 // clean up
 
   CleanUp();
+  delete fGRPData;
   delete fForcedFieldMap;
   fOptions.Delete();
   if (fAlignObjArray) {
@@ -573,7 +585,7 @@ void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* ur
   AliCDBPath aPath(calibType);
   if(!aPath.IsValid()){
        // if calibType is not wildcard but it is a valid detector, add "/*" to make it a valid path
-       for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+       for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
                if(!strcmp(calibType, fgkDetectorName[iDet])) {
                        aPath.SetPath(Form("%s/*", calibType));
                        AliInfo(Form("Path for specific storage set to %s", aPath.GetPath().Data()));
@@ -588,7 +600,7 @@ void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* ur
 
 //  // check that calibType refers to a "valid" detector name
 //  Bool_t isDetector = kFALSE;
-//  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+//  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 //    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
 //    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
 //     isDetector = kTRUE;
@@ -690,13 +702,21 @@ Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
     TString detStr = detectors;
     TString loadAlObjsListOfDets = "";
     
-    for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
-      if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
-      loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
-      loadAlObjsListOfDets += " ";
+    for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
+      if(!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+      if(!strcmp(fgkDetectorName[iDet],"HLT")) continue;
+      
+      if(AliGeomManager::GetNalignable(fgkDetectorName[iDet]) != 0)
+      {
+       loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
+       loadAlObjsListOfDets += " ";
+      }
     } // end loop over detectors
-    loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
+    
+    if(AliGeomManager::GetNalignable("GRP") != 0)
+      loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
+    AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
   }else{
     // Check if the array with alignment objects was
     // provided by the user. If yes, apply the objects
@@ -759,7 +779,15 @@ void AliReconstruction::SetRecoParam(const char* detector, AliDetectorRecoParam
 {
   // Set custom reconstruction parameters for a given detector
   // Single set of parameters for all the events
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+
+  // First check if the reco-params are global
+  if(!strcmp(detector, "GRP")) {
+    par->SetAsDefault();
+    fRecoParam.AddDetRecoParam(kNDetectors,par);
+    return;
+  }
+
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     if(!strcmp(detector, fgkDetectorName[iDet])) {
       par->SetAsDefault();
       fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,par);
@@ -842,8 +870,22 @@ Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/Data");
 
   if (entry) {
-    fGRPData = dynamic_cast<TMap*>(entry->GetObject());
-    entry->SetOwner(0);
+
+    TMap* m = dynamic_cast<TMap*>(entry->GetObject());  // old GRP entry
+
+    if (m) {
+       AliInfo("Found a TMap in GRP/GRP/Data, converting it into an AliGRPObject");
+       m->Print();
+       fGRPData = new AliGRPObject();
+       fGRPData->ReadValuesFromMap(m);
+    }
+
+    else {
+       AliInfo("Found an AliGRPObject in GRP/GRP/Data, reading it");
+       fGRPData = dynamic_cast<AliGRPObject*>(entry->GetObject());  // new GRP entry
+       entry->SetOwner(0);
+    }
+
     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/GRP/Data");
   }
 
@@ -852,49 +894,66 @@ Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
      return kFALSE;
   }
 
-  TObjString *lhcState=
-    dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fLHCState"));
-  if (!lhcState) {
+  TString lhcState = fGRPData->GetLHCState();
+  if (lhcState==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the LHC state ! Using UNKNOWN");
+    lhcState = "UNKNOWN";
   }
 
-  TObjString *beamType=
-    dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fAliceBeamType"));
-  if (!beamType) {
+  TString beamType = fGRPData->GetBeamType();
+  if (beamType==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam type ! Using UNKNOWN");
+    beamType = "UNKNOWN";
   }
 
-  TObjString *beamEnergyStr=
-    dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fAliceBeamEnergy"));
-  if (!beamEnergyStr) {
+  Float_t beamEnergy = fGRPData->GetBeamEnergy();
+  if (beamEnergy==AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam energy ! Using 0");
+    beamEnergy = 0;
   }
 
-  TObjString *runType=
-    dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fRunType"));
-  if (!runType) {
+  TString runType = fGRPData->GetRunType();
+  if (runType==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the run type ! Using UNKNOWN");
+    runType = "UNKNOWN";
   }
 
-  TObjString *activeDetectors=
-    dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDetectorMask"));
-  if (!activeDetectors) {
+  Int_t activeDetectors = fGRPData->GetDetectorMask();
+  if (activeDetectors==AliGRPObject::GetInvalidUInt()) {
     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the detector mask ! Using 1074790399");
+    activeDetectors = 1074790399;
   }
 
-  fRunInfo = new AliRunInfo(lhcState ? lhcState->GetString().Data() : "UNKNOWN",
-                           beamType ? beamType->GetString().Data() : "UNKNOWN",
-                           beamEnergyStr ? beamEnergyStr->GetString().Atof() : 0,
-                           runType  ? runType->GetString().Data()  : "UNKNOWN",
-                           activeDetectors ? activeDetectors->GetString().Atoi() : 1074790399);
+  fRunInfo = new AliRunInfo(lhcState, beamType, beamEnergy, runType, activeDetectors);
+
+  fRunInfo->Dump();
+
 
   // Process the list of active detectors
-  if (activeDetectors && activeDetectors->GetString().IsDigit()) {
-    UInt_t detMask = activeDetectors->GetString().Atoi();
+  if (activeDetectors) {
+    UInt_t detMask = activeDetectors;
     fRunLocalReconstruction = MatchDetectorList(fRunLocalReconstruction,detMask);
     fRunTracking = MatchDetectorList(fRunTracking,detMask);
     fFillESD = MatchDetectorList(fFillESD,detMask);
     fQADetectors = MatchDetectorList(fQADetectors,detMask);
+    fLoadCDB.Form("%s %s %s %s",
+                 fRunLocalReconstruction.Data(),
+                 fRunTracking.Data(),
+                 fFillESD.Data(),
+                 fQADetectors.Data());
+    fLoadCDB = MatchDetectorList(fLoadCDB,detMask);
+    if (!((detMask >> AliDAQ::DetectorID("ITSSPD")) & 0x1)) {
+      // switch off the vertexer
+      AliInfo("SPD is not in the list of active detectors. Vertexer switched off.");
+      fRunVertexFinder = kFALSE;
+    }
+    if (!((detMask >> AliDAQ::DetectorID("TRG")) & 0x1)) {
+      // switch off the reading of CTP raw-data payload
+      if (fFillTriggerESD) {
+       AliInfo("CTP is not in the list of active detectors. CTP data reading switched off.");
+       fFillTriggerESD = kFALSE;
+      }
+    }
   }
 
   AliInfo("===================================================================================");
@@ -902,6 +961,7 @@ Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
   AliInfo(Form("Running tracking for detectors: %s",fRunTracking.Data()));
   AliInfo(Form("Filling ESD for detectors: %s",fFillESD.Data()));
   AliInfo(Form("Quality assurance is active for detectors: %s",fQADetectors.Data()));
+  AliInfo(Form("CDB and reconstruction parameters are loaded for detectors: %s",fLoadCDB.Data()));
   AliInfo("===================================================================================");
 
   //*** Dealing with the magnetic field map
@@ -913,6 +973,32 @@ Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
     Bool_t ok = kTRUE;
 
     // L3
+    Float_t l3Current = fGRPData->GetL3Current((AliGRPObject::Stats)0);
+    if (l3Current == AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
+      AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 current !");
+      ok = kFALSE;
+    }
+
+    Char_t l3Polarity = fGRPData->GetL3Polarity();
+    if (l3Polarity == AliGRPObject::GetInvalidChar()) {
+      AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 polarity !");
+      ok = kFALSE;
+    }
+
+    // Dipole
+    Float_t diCurrent = fGRPData->GetDipoleCurrent((AliGRPObject::Stats)0);
+    if (diCurrent == AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
+      AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole current !");
+      ok = kFALSE;
+    }
+
+    Char_t diPolarity = fGRPData->GetDipolePolarity();
+    if (diPolarity == AliGRPObject::GetInvalidChar()) {
+      AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole polarity !");
+      ok = kFALSE;
+    }
+
+    /*
     TObjString *l3Current=
        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fL3Current"));
     if (!l3Current) {
@@ -925,7 +1011,7 @@ Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 polarity !");
       ok = kFALSE;
     }
-
+    
     // Dipole
     TObjString *diCurrent=
        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDipoleCurrent"));
@@ -939,11 +1025,15 @@ Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole polarity !");
       ok = kFALSE;
     }
+    */
 
     if (ok) { 
-       Float_t l3Cur=TMath::Abs(atof(l3Current->GetName()));
-       Float_t diCur=TMath::Abs(atof(diCurrent->GetName()));
-       Float_t l3Pol=atof(l3Polarity->GetName());
+       Float_t l3Cur=TMath::Abs(l3Current);
+       Float_t diCur=TMath::Abs(diCurrent);
+       Float_t l3Pol=l3Polarity;
+       //       Float_t l3Cur=TMath::Abs(atof(l3Current->GetName()));
+       //Float_t diCur=TMath::Abs(atof(diCurrent->GetName()));
+       //Float_t l3Pol=atof(l3Polarity->GetName());
        Float_t factor=1.;
        if (l3Pol != 0.) factor=-1.;
     
@@ -959,21 +1049,26 @@ Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
 
   }
 
-  //*** Get the diamond profile from OCDB
+  //*** Get the diamond profiles from OCDB
+  entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexSPD");
+  if (entry) {
+    fDiamondProfileSPD = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());  
+  } else {
+     AliError("No SPD diamond profile found in OCDB!");
+  }
+
   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
   if (entry) {
-    if (fMeanVertexConstraint)
-      fDiamondProfile = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());  
+    fDiamondProfile = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());  
   } else {
      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
   }
 
   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexTPC");
   if (entry) {
-    if (fMeanVertexConstraint)
-      fDiamondProfileTPC = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());  
+    fDiamondProfileTPC = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());  
   } else {
-     AliError("No diamond profile found in OCDB!");
+     AliError("No TPC diamond profile found in OCDB!");
   }
 
   return kTRUE;
@@ -986,8 +1081,8 @@ Bool_t AliReconstruction::LoadCDB()
 
   AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Config");
 
-  TString detStr = fRunLocalReconstruction;
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+  TString detStr = fLoadCDB;
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
     AliCDBManager::Instance()->GetAll(Form("%s/Calib/*",fgkDetectorName[iDet]));
   }
@@ -1008,6 +1103,12 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     // Proof mode
     if (gProof) {
       gProof->AddInput(this);
+      TUrl outputFile;
+      outputFile.SetProtocol("root",kTRUE);
+      outputFile.SetHost(gSystem->HostName());
+      outputFile.SetFile(Form("%s/AliESDs.root",gSystem->pwd()));
+      AliInfo(Form("Output file with ESDs is %s",outputFile.GetUrl()));
+      gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",outputFile.GetUrl()));
       chain->SetProof();
       chain->Process("AliReconstruction");
     }
@@ -1021,12 +1122,13 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     SlaveBegin(NULL);
     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
     //******* The loop over events
+    AliInfo("Starting looping over events");
     Int_t iEvent = 0;
     while ((iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents()) ||
           (fRawReader && fRawReader->NextEvent())) {
       if (!ProcessEvent(iEvent)) {
-       Abort("ProcessEvent",TSelector::kAbortFile);
-       return kFALSE;
+        Abort("ProcessEvent",TSelector::kAbortFile);
+        return kFALSE;
       }
       iEvent++;
     }
@@ -1101,10 +1203,12 @@ void AliReconstruction::Begin(TTree *)
   // going into the event loop
   // Should follow the TSelector convention
   // i.e. initialize only the object on the client side
+  AliCodeTimerAuto("");
+
+  AliReconstruction *reco = NULL;
   if (fInput) {
-    if (AliReconstruction *reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction")) {
+    if ((reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction"))) {
       *this = *reco;
-      fInput->Remove(reco);
     }
     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInBegin");
   }
@@ -1153,12 +1257,14 @@ void AliReconstruction::Begin(TTree *)
   AliSysInfo::AddStamp("InitRecoParams");
 
   if (fInput) {
+    if (reco) *reco = *this;
     fInput->Add(gGeoManager);
     gGeoManager = NULL;
     fInput->Add(const_cast<TMap*>(AliCDBManager::Instance()->GetEntryCache()));
     fInput->Add(new TParameter<Int_t>("RunNumber",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
-    fInput->Add((AliMagF*)AliTracker::GetFieldMap());
-    fInput->Add(this);
+    AliMagF *magFieldMap = (AliMagF*)AliTracker::GetFieldMap();
+    magFieldMap->SetName("MagneticFieldMap");
+    fInput->Add(magFieldMap);
   }
 
 }
@@ -1171,7 +1277,11 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
   // In proof mode it is executed on the slave
   AliCodeTimerAuto("");
 
-  if (fInput) {
+  TProofOutputFile *outProofFile = NULL;
+  if (fInput) { 
+    if (AliReconstruction *reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction")) {
+      *this = *reco;
+    }
     if (TGeoManager *tgeo = (TGeoManager*)fInput->FindObject("Geometry")) {
       gGeoManager = tgeo;
       AliGeomManager::SetGeometry(tgeo);
@@ -1185,11 +1295,13 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
        man->Print();
       }
     }
-    if (AliMagF *map = (AliMagF*)fInput->FindObject("Maps")) {
+    if (AliMagF *map = (AliMagF*)fInput->FindObject("MagneticFieldMap")) {
       AliTracker::SetFieldMap(map,fUniformField);
     }
-    if (AliReconstruction *reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction")) {
-      *this = *reco;
+    if (TNamed *outputFileName = (TNamed *) fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE")) {
+      outProofFile = new TProofOutputFile(gSystem->BaseName(TUrl(outputFileName->GetTitle()).GetFile()));
+      outProofFile->SetOutputFileName(outputFileName->GetTitle());
+      fOutput->Add(outProofFile);
     }
     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInSlaveBegin");
   }
@@ -1202,14 +1314,6 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
   AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
  
   ftVertexer = new AliVertexerTracks(AliTracker::GetBz());
-  if(fDiamondProfile && fMeanVertexConstraint) ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
-
-  // get vertexer
-  if (fRunVertexFinder && !CreateVertexer()) {
-    Abort("CreateVertexer", TSelector::kAbortProcess);
-    return;
-  }
-  AliSysInfo::AddStamp("CreateVertexer");
 
   // get trackers
   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
@@ -1219,70 +1323,111 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
   AliSysInfo::AddStamp("CreateTrackers");
 
   // create the ESD output file and tree
-  ffile = TFile::Open("AliESDs.root", "RECREATE");
-  ffile->SetCompressionLevel(2);
-  if (!ffile->IsOpen()) {
-    Abort("OpenESDFile", TSelector::kAbortProcess);
-    return;
+  if (!outProofFile) {
+    ffile = TFile::Open("AliESDs.root", "RECREATE");
+    ffile->SetCompressionLevel(2);
+    if (!ffile->IsOpen()) {
+      Abort("OpenESDFile", TSelector::kAbortProcess);
+      return;
+    }
+  }
+  else {
+    if (!(ffile = outProofFile->OpenFile("RECREATE"))) {
+      Abort(Form("Problems opening output PROOF file: %s/%s",
+                outProofFile->GetDir(), outProofFile->GetFileName()),
+           TSelector::kAbortProcess);
+      return;
+    }
   }
 
   ftree = new TTree("esdTree", "Tree with ESD objects");
   fesd = new AliESDEvent();
   fesd->CreateStdContent();
-  fesd->WriteToTree(ftree);
-
-  fhlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
-  fhltesd = new AliESDEvent();
-  fhltesd->CreateStdContent();
-  fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
-
 
+  fesd->WriteToTree(ftree);
   if (fWriteESDfriend) {
+    // careful:
+    // Since we add the branch manually we must 
+    // book and add it after WriteToTree
+    // otherwise it is created twice,
+    // once via writetotree and once here.
+    // The case for AliESDfriend is now 
+    // caught also in AlIESDEvent::WriteToTree but 
+    // be careful when changing the name (AliESDfriend is not 
+    // a TNamed so we had to hardwire it)
     fesdf = new AliESDfriend();
     TBranch *br=ftree->Branch("ESDfriend.","AliESDfriend", &fesdf);
     br->SetFile("AliESDfriends.root");
     fesd->AddObject(fesdf);
   }
+  ftree->GetUserInfo()->Add(fesd);
 
-  ProcInfo_t ProcInfo;
-  gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
-  AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
-  
-  //QA
-  fQASteer = new AliQADataMakerSteer("rec") ; 
-  fQASteer->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
-  fQASteer->SetTasks(fQATasks) ; 
+  fhlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
+  fhltesd = new AliESDEvent();
+  fhltesd->CreateStdContent();
 
-  if ( !fInLoopQA ) {
-    if (fRunQA && fRawReader && fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRAWS))) { 
-      fQASteer->Run(fQADetectors, fRawReader) ; 
-      fSameQACycle = kTRUE ; 
+  // read the ESD template from CDB
+  // HLT is allowed to put non-std content to its ESD, the non-std
+  // objects need to be created before invocation of WriteToTree in
+  // order to create all branches. Initialization is done from an
+  // ESD layout template in CDB
+  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
+  AliCDBPath hltESDConfigPath("HLT/ConfigHLT/esdLayout");
+  AliCDBEntry* hltESDConfig=NULL;
+  if (man->GetId(hltESDConfigPath)!=NULL &&
+      (hltESDConfig=man->Get(hltESDConfigPath))!=NULL) {
+    AliESDEvent* pESDLayout=dynamic_cast<AliESDEvent*>(hltESDConfig->GetObject());
+    if (pESDLayout) {
+      // init all internal variables from the list of objects
+      pESDLayout->GetStdContent();
+
+      // copy content and create non-std objects
+      *fhltesd=*pESDLayout;
+      fhltesd->Reset();
+    } else {
+      AliError(Form("error setting hltEsd layout from %s: invalid object type",
+                   hltESDConfigPath.GetPath().Data()));
     }
   }
-       
-  //Initialize the QA and start of cycle for out-of-loop QA
+
+  fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
+  fhlttree->GetUserInfo()->Add(fhltesd);
+
+  ProcInfo_t procInfo;
+  gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
+  AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
+  
+  //QA
+  //Initialize the QA and start of cycle 
   if (fRunQA) {
-    fQASteer->InitQADataMaker(AliCDBManager::Instance()->GetRun(), fRecoParam, fSameQACycle, !fInLoopQA) ;
+    fQASteer = new AliQADataMakerSteer("rec") ; 
+    fQASteer->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
+    for (Int_t det = 0 ; det < AliQA::kNDET ; det++) {
+      fQASteer->SetCycleLength(AliQA::DETECTORINDEX_t(det), fQACycles[det]) ;  
+      if (fQAWriteExpert[det])
+        fQASteer->SetWriteExpert(AliQA::DETECTORINDEX_t(det)) ;
+    }
+    
+    if (!fRawReader && fQATasks.Contains(AliQA::kRAWS))
+      fQATasks.ReplaceAll(Form("%d",AliQA::kRAWS), "") ;
+    fQASteer->SetTasks(fQATasks) ; 
+    fQASteer->InitQADataMaker(AliCDBManager::Instance()->GetRun(), fRecoParam) ; 
   }
-       
+  
   if (fRunGlobalQA) {
-    fSameQACycle = kFALSE;
+    Bool_t sameCycle = kFALSE ;
+    if (!fQASteer) fQASteer = new AliQADataMakerSteer("rec") ; 
     AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
     AliInfo(Form("Initializing the global QA data maker"));
     if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) {
-      TObjArray *arr=qadm->Init(AliQA::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun());
+      qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ; 
+      TObjArray *arr=qadm->Init(AliQA::kRECPOINTS);
       AliTracker::SetResidualsArray(arr);
-      if (!fInLoopQA) {
-       qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS, fSameQACycle);
-       fSameQACycle = kTRUE;
-      }
+      sameCycle = kTRUE ; 
     }
     if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) {
-      qadm->Init(AliQA::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun());
-      if (!fInLoopQA) {
-       qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, fSameQACycle);
-       fSameQACycle = kTRUE;   
-      }
+      qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ; 
+      qadm->Init(AliQA::kESDS);
     }
   }
 
@@ -1354,28 +1499,25 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
   // Fill Event-info object
   GetEventInfo();
   fRecoParam.SetEventSpecie(fRunInfo,fEventInfo);
+  AliInfo(Form("Current event specie: %s",fRecoParam.PrintEventSpecie()));
 
-  //Start of cycle for the in-loop QA
-  if (fInLoopQA && fRunQA) {
-    fQASteer->InitQADataMaker(AliCDBManager::Instance()->GetRun(), fRecoParam, fSameQACycle, fInLoopQA) ;
-  }
-  if (fInLoopQA && fRunGlobalQA) {
-    fSameQACycle = kFALSE;
-    AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
-    if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) {
-      qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS, fSameQACycle);
-      fSameQACycle = kTRUE;
-    }
-    if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) {
-      qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, fSameQACycle);
-      fSameQACycle = kTRUE;
+  // Set the reco-params
+  {
+    TString detStr = fLoadCDB;
+    for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
+      if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+      AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
+      if (reconstructor && fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
+       const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
+       reconstructor->SetRecoParam(par);
+      }
     }
-  }               
+  }
 
   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 
     // QA on single raw 
-    if (fInLoopQA && fRunQA) 
+    if (fRunQA) 
                        fQASteer->RunOneEvent(fRawReader) ;  
 
     // local single event reconstruction
@@ -1403,7 +1545,10 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
     fesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
     fhltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
 
-    
+    // Set most probable pt, for B=0 tracking
+    // Get the global reco-params. They are atposition 16 inside the array of detectors in fRecoParam
+    const AliGRPRecoParam *grpRecoParam = dynamic_cast<const AliGRPRecoParam*>(fRecoParam.GetDetRecoParam(kNDetectors));
+    if (grpRecoParam) AliExternalTrackParam::SetMostProbablePt(grpRecoParam->GetMostProbablePt());
     
     // Fill raw-data error log into the ESD
     if (fRawReader) FillRawDataErrorLog(iEvent,fesd);
@@ -1444,7 +1589,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       // Temporary fix to avoid problems with HLT that overwrites the offline ESDs
       if (detectors.Contains("ALL")) {
        detectors="";
-       for (Int_t idet=0; idet<fgkNDetectors; ++idet){
+       for (Int_t idet=0; idet<kNDetectors; ++idet){
          detectors += fgkDetectorName[idet];
          detectors += " ";
        }
@@ -1491,7 +1636,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       ok = kFALSE;
       if (tpcTrack)
        ok = AliTracker::
-         PropagateTrackTo(tpcTrack,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
+         PropagateTrackTo(tpcTrack,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
 
       if (ok) {
        Int_t n=trkArray.GetEntriesFast();
@@ -1503,7 +1648,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
 
       AliTracker::
-         PropagateTrackTo(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
+         PropagateTrackTo(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
       track->RelateToVertex(fesd->GetPrimaryVertexSPD(), kBz, kVeryBig);
 
     }
@@ -1511,24 +1656,32 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
     //
     // Improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
     //
-    TObject *obj = fOptions.FindObject("ITS");
-    if (obj) {
-      TString optITS = obj->GetTitle();
-      if (optITS.Contains("cosmics") || optITS.Contains("COSMICS")) 
-       fRunVertexFinderTracks=kFALSE;
+    Bool_t runVertexFinderTracks = fRunVertexFinderTracks;
+    if(fesd->GetPrimaryVertexSPD()) {
+      TString vtitle = fesd->GetPrimaryVertexSPD()->GetTitle();
+      if(vtitle.Contains("cosmics")) {
+       runVertexFinderTracks=kFALSE;
+      }
     }
-    if (fRunVertexFinderTracks) {
+
+    if (runVertexFinderTracks) {
        // TPC + ITS primary vertex
-       ftVertexer->SetITSrefitRequired();
-       if(fDiamondProfile && fMeanVertexConstraint) {
-        ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
-       } else {
-        ftVertexer->SetConstraintOff();
+       ftVertexer->SetITSMode();
+       ftVertexer->SetConstraintOff();
+       // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
+       if (grpRecoParam) {
+        Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
+        Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
+        grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsITS(cutsVertexer);
+        ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer);
+        delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL; 
+        if(fDiamondProfile && grpRecoParam->GetVertexerTracksConstraintITS())
+          ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
        }
        AliESDVertex *pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(fesd);
        if (pvtx) {
           if (pvtx->GetStatus()) {
-             fesd->SetPrimaryVertex(pvtx);
+             fesd->SetPrimaryVertexTracks(pvtx);
              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
                 AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
                  t->RelateToVertex(pvtx, kBz, kVeryBig);
@@ -1537,11 +1690,17 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
        }
 
        // TPC-only primary vertex
-       ftVertexer->SetITSrefitNotRequired();
-       if(fDiamondProfileTPC && fMeanVertexConstraint) {
-        ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileTPC);
-       } else {
-        ftVertexer->SetConstraintOff();
+       ftVertexer->SetTPCMode();
+       ftVertexer->SetConstraintOff();
+       // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
+       if (grpRecoParam) {
+        Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
+        Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
+        grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsTPC(cutsVertexer);
+        ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer);
+        delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL; 
+        if(fDiamondProfileTPC && grpRecoParam->GetVertexerTracksConstraintTPC())
+          ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileTPC);
        }
        pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(&trkArray,selectedIdx);
        if (pvtx) {
@@ -1575,22 +1734,28 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
     // write ESD
     if (fCleanESD) CleanESD(fesd);
 
-    if (fRunGlobalQA) {
+  if (fRunQA) 
+    fQASteer->RunOneEvent(fesd) ; 
+
+  if (fRunGlobalQA) {
       AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
       if (qadm && fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS)))
-       qadm->Exec(AliQA::kESDS, fesd);
+        qadm->Exec(AliQA::kESDS, fesd);
     }
 
     if (fWriteESDfriend) {
-      fesdf->~AliESDfriend();
-      new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
+      //      fesdf->~AliESDfriend();
+      //  new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
       fesd->GetESDfriend(fesdf);
     }
     ftree->Fill();
 
     // Auto-save the ESD tree in case of prompt reco @P2
-    if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD())
+    if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD()) {
       ftree->AutoSave("SaveSelf");
+      TFile *friendfile = (TFile *)(gROOT->GetListOfFiles()->FindObject("AliESDfriends.root"));
+      if (friendfile) friendfile->Save();
+    }
 
     // write HLT ESD
     fhlttree->Fill();
@@ -1605,33 +1770,19 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
     }
  
-    ProcInfo_t ProcInfo;
-    gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
-    AliInfo(Form("Event %d -> Current memory usage %d %d",iEvent, ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
+    ProcInfo_t procInfo;
+    gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
+    AliInfo(Form("Event %d -> Current memory usage %d %d",iEvent, procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
   
-
-  // End of cycle for the in-loop  
-    if (fInLoopQA && fRunQA) {
-      fQASteer->RunOneEvent(fesd) ; 
-      fQASteer->EndOfCycle() ;
-    }
-    if (fInLoopQA && fRunGlobalQA) {
-      AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
-      if (qadm) {
-       if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) 
-         qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
-       if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) 
-         qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
-       qadm->Finish();
-      }
-    }
-
     fEventInfo.Reset();
-    for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+    for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
       if (fReconstructor[iDet])
-                               fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(NULL);
+       fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(NULL);
     }
        
+  if (fRunQA || fRunGlobalQA) 
+      fQASteer->Increment() ; 
+  
     return kTRUE;
 }
 
@@ -1649,9 +1800,6 @@ void AliReconstruction::SlaveTerminate()
     fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
   }
 
-  ftree->GetUserInfo()->Add(fesd);
-  fhlttree->GetUserInfo()->Add(fhltesd);
-  
   const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();      
   const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();  
                 
@@ -1682,13 +1830,6 @@ void AliReconstruction::SlaveTerminate()
    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbListCopy);
 
 
-  if(fESDPar.Contains("ESD.par")){
-    AliInfo("Attaching ESD.par to Tree");
-    TNamed *fn = CopyFileToTNamed(fESDPar.Data(),"ESD.par");
-    ftree->GetUserInfo()->Add(fn);
-  }
-
-
   ffile->cd();
 
   if (fWriteESDfriend)
@@ -1702,20 +1843,20 @@ void AliReconstruction::SlaveTerminate()
    AliWarning("Finish PlaneEff evaluation failed");
   }
 
-  //Finish QA and end of cycle for out-of-loop QA
-  if (!fInLoopQA && fRunQA) 
-    fQASteer->Run(fRunLocalReconstruction.Data(), AliQA::kNULLTASKINDEX, fSameQACycle) ; 
-  if (!fInLoopQA && fRunGlobalQA) {
+  // End of cycle for the in-loop  
+  if (fRunQA) {
+    fQASteer->EndOfCycle() ;
+  }
+  if (fRunGlobalQA) {
     AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
     if (qadm) {
       if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) 
-       qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
+        qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
       if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) 
-       qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
+        qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
       qadm->Finish();
     }
   }
-
   gROOT->cd();
   CleanUp();
 }
@@ -1743,7 +1884,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
   AliCodeTimerAuto("")
 
   TString detStr = detectors;
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
     if (!reconstructor) continue;
@@ -1798,16 +1939,15 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
       loader->UnloadDigits();
     }
 
-    // In-loop QA for local reconstrucion 
                TString detQAStr(fQADetectors) ; 
-               if (fRunQA && fInLoopQA
+               if (fRunQA) 
                        fQASteer->RunOneEventInOneDetector(iDet, clustersTree) ; 
     
        loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
        loader->UnloadRecPoints();
        AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
-       }
-       if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
+  }
+  if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
                   detStr.Data()));
     if (fStopOnError) return kFALSE;
@@ -1823,63 +1963,52 @@ Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESDEvent*& esd)
 
   AliCodeTimerAuto("")
 
+  AliVertexer *vertexer = CreateVertexer();
+  if (!vertexer) return kFALSE;
+
+  AliInfo("running the ITS vertex finder");
   AliESDVertex* vertex = NULL;
-  Double_t vtxPos[3] = {0, 0, 0};
-  Double_t vtxErr[3] = {0.07, 0.07, 0.1};
-  TArrayF mcVertex(3); 
-  if (fRunLoader->GetHeader() && fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()) {
-    fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()->PrimaryVertex(mcVertex);
-    for (Int_t i = 0; i < 3; i++) vtxPos[i] = mcVertex[i];
-  }
-
-  if (fVertexer) {
-    AliInfo("running the ITS vertex finder");
-    if (fLoader[0]) {
-      fLoader[0]->LoadRecPoints();
-      TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
-      if (cltree) {
-       if(fDiamondProfile) fVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
-       vertex = fVertexer->FindVertexForCurrentEvent(cltree);
-      }
-      else {
-       AliError("Can't get the ITS cluster tree");
-      }
-      fLoader[0]->UnloadRecPoints();
-    }
-    else {
-      AliError("Can't get the ITS loader");
-    }
-    if(!vertex){
-      AliWarning("Vertex not found");
-      vertex = new AliESDVertex();
-      vertex->SetName("default");
+  if (fLoader[0]) {
+    fLoader[0]->LoadRecPoints();
+    TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
+    if (cltree) {
+      if(fDiamondProfileSPD) vertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileSPD);
+      vertex = vertexer->FindVertexForCurrentEvent(cltree);
     }
     else {
-      vertex->SetName("reconstructed");
+      AliError("Can't get the ITS cluster tree");
     }
-
-  } else {
-    AliInfo("getting the primary vertex from MC");
-    vertex = new AliESDVertex(vtxPos, vtxErr);
+    fLoader[0]->UnloadRecPoints();
   }
-
-  if (vertex) {
-    vertex->GetXYZ(vtxPos);
-    vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
-  } else {
-    AliWarning("no vertex reconstructed");
-    vertex = new AliESDVertex(vtxPos, vtxErr);
+  else {
+    AliError("Can't get the ITS loader");
+  }
+  if(!vertex){
+    AliWarning("Vertex not found");
+    vertex = new AliESDVertex();
+    vertex->SetName("default");
   }
+  else {
+    vertex->SetName("reconstructed");
+  }
+
+  Double_t vtxPos[3];
+  Double_t vtxErr[3];
+  vertex->GetXYZ(vtxPos);
+  vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
+
   esd->SetPrimaryVertexSPD(vertex);
   // if SPD multiplicity has been determined, it is stored in the ESD
-  AliMultiplicity *mult = fVertexer->GetMultiplicity();
+  AliMultiplicity *mult = vertexer->GetMultiplicity();
   if(mult)esd->SetMultiplicity(mult);
 
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
   }  
   delete vertex;
 
+  delete vertexer;
+
   return kTRUE;
 }
 
@@ -1898,7 +2027,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
   AliInfo("running HLT tracking");
 
   // Get a pointer to the HLT reconstructor
-  AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(fgkNDetectors-1);
+  AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(kNDetectors-1);
   if (!reconstructor) return kFALSE;
 
   // TPC + ITS
@@ -2003,7 +2132,9 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
   if (fReconstructor[11] && fLoader[11]) {
     fLoader[11]->LoadRecPoints("READ");
     TTree *treeR = fLoader[11]->TreeR();
-    GetReconstructor(11)->FillESD((TTree *)NULL,treeR,esd);
+    if (treeR) {
+      GetReconstructor(11)->FillESD((TTree *)NULL,treeR,esd);
+    }
   }
 
   // pass 1: TPC + ITS inwards
@@ -2036,7 +2167,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
 
   // pass 2: ALL backwards
 
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     if (!fTracker[iDet]) continue;
     AliDebug(1, Form("%s back propagation", fgkDetectorName[iDet]));
 
@@ -2151,7 +2282,7 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
     static Int_t eventNr=0; 
   TString detStr = detectors;
   
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
   if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
     if (!reconstructor) continue;
@@ -2302,7 +2433,7 @@ Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
   if (!gSystem->AccessPathName(fGAliceFileName.Data())) { // galice.root exists
     // load all base libraries to get the loader classes
     TString libs = gSystem->GetLibraries();
-    for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+    for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
       TString detName = fgkDetectorName[iDet];
       if (detName == "HLT") continue;
       if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
@@ -2443,30 +2574,32 @@ AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::CreateVertexer()
+AliVertexer* AliReconstruction::CreateVertexer()
 {
 // create the vertexer
+// Please note that the caller is the owner of the
+// vertexer
 
-  fVertexer = NULL;
+  AliVertexer* vertexer = NULL;
   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
   if (itsReconstructor) {
-    fVertexer = itsReconstructor->CreateVertexer();
+    vertexer = itsReconstructor->CreateVertexer();
   }
-  if (!fVertexer) {
+  if (!vertexer) {
     AliWarning("couldn't create a vertexer for ITS");
-    if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
 
-  return kTRUE;
+  return vertexer;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
 {
 // create the trackers
+       AliInfo("Creating trackers");
 
   TString detStr = detectors;
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
     if (!reconstructor) continue;
@@ -2497,7 +2630,7 @@ void AliReconstruction::CleanUp()
 {
 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
 
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     delete fReconstructor[iDet];
     fReconstructor[iDet] = NULL;
     fLoader[iDet] = NULL;
@@ -2507,21 +2640,17 @@ void AliReconstruction::CleanUp()
   delete fRunInfo;
   fRunInfo = NULL;
 
-  delete fVertexer;
-  fVertexer = NULL;
-
   delete ftVertexer;
   ftVertexer = NULL;
   
   if(!(AliCDBManager::Instance()->GetCacheFlag())) {
+    delete fDiamondProfileSPD;
+    fDiamondProfileSPD = NULL;
     delete fDiamondProfile;
     fDiamondProfile = NULL;
     delete fDiamondProfileTPC;
     fDiamondProfileTPC = NULL;
   }
-  delete fGRPData;
-  fGRPData = NULL;
-
   delete fRunLoader;
   fRunLoader = NULL;
   delete fRawReader;
@@ -2547,7 +2676,7 @@ void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
       AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
       Int_t nsp = 0;
       Int_t idx[200];
-      for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {// TOF, TRD, TPC, ITS clusters
+      for (Int_t iDet = 5; iDet >= 0; iDet--) {// TOF, TRD, TPC, ITS clusters
           nsp += track->GetNcls(iDet);
 
           if (iDet==0) { // ITS "extra" clusters
@@ -2560,7 +2689,7 @@ void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
        AliTrackPointArray *sp = new AliTrackPointArray(nsp);
        track->SetTrackPointArray(sp);
        Int_t isptrack = 0;
-       for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
+       for (Int_t iDet = 5; iDet >= 0; iDet--) {
          AliTracker *tracker = fTracker[iDet];
          if (!tracker) continue;
          Int_t nspdet = track->GetClusters(iDet,idx);
@@ -2618,52 +2747,6 @@ void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESDEvent* esd)
 
 }
 
-TNamed* AliReconstruction::CopyFileToTNamed(TString fPath,TString pName){
-  // Dump a file content into a char in TNamed
-  ifstream in;
-  in.open(fPath.Data(),ios::in | ios::binary|ios::ate);
-  Int_t kBytes = (Int_t)in.tellg();
-  printf("Size: %d \n",kBytes);
-  TNamed *fn = 0;
-  if(in.good()){
-    char* memblock = new char [kBytes];
-    in.seekg (0, ios::beg);
-    in.read (memblock, kBytes);
-    in.close();
-    TString fData(memblock,kBytes);
-    fn = new TNamed(pName,fData);
-    printf("fData Size: %d \n",fData.Sizeof());
-    printf("pName Size: %d \n",pName.Sizeof());
-    printf("fn    Size: %d \n",fn->Sizeof());
-    delete[] memblock;
-  }
-  else{
-    AliInfo(Form("Could not Open %s\n",fPath.Data()));
-  }
-
-  return fn;
-}
-
-void AliReconstruction::TNamedToFile(TTree* fTree, TString pName){
-  // This is not really needed in AliReconstruction at the moment
-  // but can serve as a template
-
-  TList *fList = fTree->GetUserInfo();
-  TNamed *fn = (TNamed*)fList->FindObject(pName.Data());
-  printf("fn Size: %d \n",fn->Sizeof());
-
-  TString fTmp(fn->GetName()); // to be 100% sure in principle pName also works
-  const char* cdata = fn->GetTitle();
-  printf("fTmp Size %d\n",fTmp.Sizeof());
-
-  int size = fn->Sizeof()-fTmp.Sizeof()-sizeof(UChar_t)-sizeof(Int_t); // see dfinition of TString::SizeOf()...
-  printf("calculated size %d\n",size);
-  ofstream out(pName.Data(),ios::out | ios::binary);
-  out.write(cdata,size);
-  out.close();
-
-}
-  
 //_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::CheckQA()
 {
@@ -2707,7 +2790,7 @@ Int_t AliReconstruction::GetDetIndex(const char* detector)
 {
   // return the detector index corresponding to detector
   Int_t index = -1 ; 
-  for (index = 0; index < fgkNDetectors ; index++) {
+  for (index = 0; index < kNDetectors ; index++) {
     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
        break ; 
   }    
@@ -2727,7 +2810,7 @@ Bool_t AliReconstruction::FinishPlaneEff() {
  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
  //
  Bool_t ret=kFALSE;
- //for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+ //for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
  for (Int_t iDet = 0; iDet < 1; iDet++) { // for the time being only ITS
    //if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
    if(fTracker[iDet]) {
@@ -2781,7 +2864,7 @@ Bool_t AliReconstruction::InitAliEVE()
   AliInfo(Form("Loading AliEVE macro: %s",macroStr.Data()));
   if (gROOT->LoadMacro(macroStr.Data()) != 0) return kFALSE;
 
-  gROOT->ProcessLine("if (!gAliEveEvent) {gAliEveEvent = new AliEveEventManager();gAliEveEvent->SetAutoLoad(kTRUE);gAliEveEvent->AddNewEventCommand(\"alieve_online_on_new_event()\");gEve->AddEvent(gAliEveEvent);};");
+  gROOT->ProcessLine("if (!AliEveEventManager::GetMaster()){new AliEveEventManager();AliEveEventManager::GetMaster()->AddNewEventCommand(\"alieve_online_on_new_event()\");gEve->AddEvent(AliEveEventManager::GetMaster());};");
   gROOT->ProcessLine("alieve_online_init()");
 
   return kTRUE;
@@ -2796,8 +2879,7 @@ void AliReconstruction::RunAliEVE()
   // successful initialization of AliEVE.
 
   AliInfo("Running AliEVE...");
-  gROOT->ProcessLine(Form("gAliEveEvent->SetEvent((AliRunLoader*)%p,(AliRawReader*)%p,(AliESDEvent*)%p);",fRunLoader,fRawReader,fesd));
-  gROOT->ProcessLine("gAliEveEvent->StartStopAutoLoadTimer();");
+  gROOT->ProcessLine(Form("AliEveEventManager::GetMaster()->SetEvent((AliRunLoader*)%p,(AliRawReader*)%p,(AliESDEvent*)%p);",fRunLoader,fRawReader,fesd));
   gSystem->Run();
 }
 
@@ -2853,7 +2935,10 @@ Bool_t AliReconstruction::InitRecoParams()
 
   Bool_t isOK = kTRUE;
 
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+  TString detStr = fLoadCDB;
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
+
+    if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
 
     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
       AliInfo(Form("Using custom reconstruction parameters for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
@@ -2891,7 +2976,7 @@ Bool_t AliReconstruction::InitRecoParams()
     }
   }
 
-  fRecoParam.Print();
+  if (AliDebugLevel() > 0) fRecoParam.Print();
 
   return isOK;
 }
@@ -2951,8 +3036,9 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
   for( Int_t iclass=0; iclass < nclasses; iclass++ ) {
     AliTriggerClass* trclass = (AliTriggerClass*)classesArray.At(iclass);
     if (trclass) {
-      Int_t trindex = (Int_t)TMath::Log2(trclass->GetMask());
+      Int_t trindex = TMath::Nint(TMath::Log2(trclass->GetMask()));
       fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
+      if (fRawReader) fRawReader->LoadTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
       if (trmask & (1 << trindex)) {
        trclasses += " ";
        trclasses += trclass->GetName();
@@ -2994,12 +3080,15 @@ const char *AliReconstruction::MatchDetectorList(const char *detectorList, UInt_
     if ((detectorMask >> iDet) & 0x1) {
       TString det = AliDAQ::OfflineModuleName(iDet);
       if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
-         detList.BeginsWith("ALL ") ||
-         detList.EndsWith(" ALL") ||
-         detList.Contains(" ALL ") ||
+         ((detList.BeginsWith("ALL ") ||
+           detList.EndsWith(" ALL") ||
+           detList.Contains(" ALL ")) &&
+          !(detList.BeginsWith("-"+det+" ") ||
+            detList.EndsWith(" -"+det) ||
+            detList.Contains(" -"+det+" "))) ||
          (detList.CompareTo(det) == 0) ||
-         detList.BeginsWith(det) ||
-         detList.EndsWith(det) ||
+         detList.BeginsWith(det+" ") ||
+         detList.EndsWith(" "+det) ||
          detList.Contains( " "+det+" " )) {
        if (!resultList.EndsWith(det + " ")) {
          resultList += det;
@@ -3013,12 +3102,15 @@ const char *AliReconstruction::MatchDetectorList(const char *detectorList, UInt_
   if ((detectorMask >> AliDAQ::kHLTId) & 0x1) {
     TString hltDet = AliDAQ::OfflineModuleName(AliDAQ::kNDetectors-1);
     if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
-       detList.BeginsWith("ALL ") ||
-       detList.EndsWith(" ALL") ||
-       detList.Contains(" ALL ") ||
+       ((detList.BeginsWith("ALL ") ||
+         detList.EndsWith(" ALL") ||
+         detList.Contains(" ALL ")) &&
+        !(detList.BeginsWith("-"+hltDet+" ") ||
+          detList.EndsWith(" -"+hltDet) ||
+          detList.Contains(" -"+hltDet+" "))) ||
        (detList.CompareTo(hltDet) == 0) ||
-       detList.BeginsWith(hltDet) ||
-       detList.EndsWith(hltDet) ||
+       detList.BeginsWith(hltDet+" ") ||
+       detList.EndsWith(" "+hltDet) ||
        detList.Contains( " "+hltDet+" " )) {
       resultList += hltDet;
     }