]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliReconstruction.cxx
"Cleaned" initialization and usage of the run number.
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliReconstruction.cxx
index 85b692fb9b71c0d179e5a3681f08a7fc2436c162..c34de491b99a04f301d01a759dec891efb8198cf 100644 (file)
 
 #include <TArrayF.h>
 #include <TFile.h>
+#include <TList.h>
 #include <TSystem.h>
 #include <TROOT.h>
 #include <TPluginManager.h>
 #include <TGeoManager.h>
 #include <TLorentzVector.h>
+#include <TArrayS.h>
+#include <TArrayD.h>
 
 #include "AliReconstruction.h"
 #include "AliCodeTimer.h"
 #include "AliPID.h"
 #include "AliESDpid.h"
 #include "AliESDtrack.h"
+#include "AliESDPmdTrack.h"
 
 #include "AliESDTagCreator.h"
 #include "AliAODTagCreator.h"
 #include "AliGeomManager.h"
 #include "AliTrackPointArray.h"
 #include "AliCDBManager.h"
+#include "AliCDBStorage.h"
 #include "AliCDBEntry.h"
 #include "AliAlignObj.h"
 
 #include "AliAODHeader.h"
 #include "AliAODTrack.h"
 #include "AliAODVertex.h"
-#include "AliAODCluster.h"
+#include "AliAODv0.h"
+#include "AliAODJet.h"
+#include "AliAODCaloCells.h"
+#include "AliAODCaloCluster.h"
+#include "AliAODPmdCluster.h"
+#include "AliAODFmdCluster.h"
+#include "AliAODTracklets.h"
+
+//#include "AliQADataMaker.h" 
+#include "AliQA.h"
+#include "AliQADataMakerSteer.h"
+
+#include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
 
-#include "AliQualAssDataMaker.h" 
 
 ClassImp(AliReconstruction)
 
@@ -179,7 +195,7 @@ ClassImp(AliReconstruction)
 const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdbUri,
+AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename,
                                     const char* name, const char* title) :
   TNamed(name, title),
 
@@ -196,6 +212,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
   fFillTriggerESD(kTRUE),
 
   fCleanESD(kTRUE),
+  fV0DCAmax(3.),
+  fV0CsPmin(0.),
   fDmax(50.),
   fZmax(50.),
 
@@ -221,10 +239,15 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
   fVertexer(NULL),
   fDiamondProfile(NULL),
 
+  fGRPList(NULL),
+
   fAlignObjArray(NULL),
-  fCDBUri(cdbUri),
-  fRemoteCDBUri(""),
-  fSpecCDBUri()
+  fCDBUri(),
+  fSpecCDBUri(), 
+  fInitCDBCalled(kFALSE),
+  fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
+  fRunQA(kTRUE) 
+
 {
 // create reconstruction object with default parameters
   
@@ -232,8 +255,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
     fReconstructor[iDet] = NULL;
     fLoader[iDet] = NULL;
     fTracker[iDet] = NULL;
-    fQualAssDataMaker[iDet] = NULL;
-       fQACycles[iDet] = 999999;       
+//    fQADataMaker[iDet] = NULL;
+//     fQACycles[iDet] = 999999;       
   }
   AliPID pid;
 }
@@ -255,6 +278,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
 
   fCleanESD(rec.fCleanESD),
+  fV0DCAmax(rec.fV0DCAmax),
+  fV0CsPmin(rec.fV0CsPmin),
   fDmax(rec.fDmax),
   fZmax(rec.fZmax),
 
@@ -280,10 +305,14 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fVertexer(NULL),
   fDiamondProfile(NULL),
 
+  fGRPList(NULL),
+
   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
   fCDBUri(rec.fCDBUri),
-  fRemoteCDBUri(rec.fRemoteCDBUri),
-  fSpecCDBUri()
+  fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
+  fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
+  fSpecCDBUri(), 
+  fRunQA(kTRUE)
 {
 // copy constructor
 
@@ -294,8 +323,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
     fReconstructor[iDet] = NULL;
     fLoader[iDet] = NULL;
     fTracker[iDet] = NULL;
-    fQualAssDataMaker[iDet] = NULL;
-       fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];  
+//    fQADataMaker[iDet] = NULL;
+//     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];  
   }
   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
@@ -325,12 +354,15 @@ AliReconstruction::~AliReconstruction()
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliReconstruction::InitCDBStorage()
+void AliReconstruction::InitCDB()
 {
 // activate a default CDB storage
 // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
 // to retrieve the calibration and alignment constants
 
+  if (fInitCDBCalled) return;
+  fInitCDBCalled = kTRUE;
+
   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
   if (man->IsDefaultStorageSet())
   {
@@ -338,33 +370,25 @@ void AliReconstruction::InitCDBStorage()
     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-    fCDBUri = "";
+    fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
   }
   else {
-    AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-    AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s",fCDBUri.Data()));
-    AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    if (fCDBUri.Length() > 0) 
+    {
+       AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+       AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
+       AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    } else {
+       fCDBUri="local://$ALICE_ROOT";
+       AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+       AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
+       AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
+       AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+               
+    }
     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
   }
 
-  // Remote storage (the Grid storage) is used if it is activated
-  // and if the object is not found in the default storage
-  // OBSOLETE: Removed
-  //  if (man->IsRemoteStorageSet())
-  //  {
-  //   AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-  //   AliWarning("Remote CDB storage has been already set !");
-  //   AliWarning(Form("Ignoring the remote storage declared in AliReconstruction: %s",fRemoteCDBUri.Data()));
-  //   AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-  //   fRemoteCDBUri = "";
-  //  }
-  //  else {
-  //   AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-  //   AliDebug(2, Form("Remote CDB storage is set to: %s",fRemoteCDBUri.Data()));
-  //   AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-  //   man->SetRemoteStorage(fRemoteCDBUri);
-  //  }
-
   // Now activate the detector specific CDB storage locations
   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
@@ -374,7 +398,7 @@ void AliReconstruction::InitCDBStorage()
     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
   }
-  man->Print();
+  
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -386,17 +410,6 @@ void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
 
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliReconstruction::SetRemoteStorage(const char* uri) {
-// Store the desired remote CDB storage location
-// Activate it later within the Run() method
-// Remote storage (the Grid storage) is used if it is activated
-// and if the object is not found in the default storage
-
-  fRemoteCDBUri = uri;
-
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
 // Store a detector-specific CDB storage location
@@ -439,25 +452,30 @@ void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* ur
 
 }
 
-
-
-
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::SetRunNumber()
+Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
 {
   // The method is called in Run() in order
   // to set a correct run number.
   // In case of raw data reconstruction the
   // run number is taken from the raw data header
 
-  if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() < 0) {
-    if (!fRunLoader) {
+  if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
+  fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;
+  
+  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
+  
+  if(man->GetRun() > 0) {
+       AliWarning("Run number is taken from event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
+  } 
+  
+  if (!fRunLoader) {
       AliError("No run loader is found !"); 
       return kFALSE;
     }
     // read run number from gAlice
     if(fRunLoader->GetAliRun())
-      AliCDBManager::Instance()->SetRun(fRunLoader->GetAliRun()->GetRunNumber());
+      AliCDBManager::Instance()->SetRun(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
     else {
       if(fRawReader) {
        if(fRawReader->NextEvent()) {
@@ -473,12 +491,21 @@ Bool_t AliReconstruction::SetRunNumber()
        AliError("Neither gAlice nor RawReader objects are found !");
        return kFALSE;
       }
-    }
-    AliInfo(Form("CDB Run number: %d",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
   }
+
+  man->Print();  
+  
   return kTRUE;
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::SetCDBLock() {
+  // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
+  // or the default storage or to activate any further storage!
+  
+  AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
 {
@@ -567,16 +594,23 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
     fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
 
-
+   AliSysInfo::AddStamp("Start");
   // get the run loader
   if (!InitRunLoader()) return kFALSE;
+   AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
 
   // Initialize the CDB storage
-  InitCDBStorage();
+  InitCDB();
+  
+  AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
 
   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
-  if (!SetRunNumber()) if (fStopOnError) return kFALSE;
-
+  if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
+  
+  // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
+  // or the default storage or to activate any further storage!
+  SetCDBLock();
+  
   // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
   if (!gGeoManager) {
     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
@@ -586,7 +620,16 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   }
 
   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) if (fStopOnError) return kFALSE;
+   AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
 
+  //QA 
+  AliQADataMakerSteer qas ; 
+  if ( fRunQA && fRawReader) 
+               qas.Run("ALL", fRawReader) ; 
+ // checking the QA of previous steps
+  CheckQA() ; 
   // local reconstruction
   if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
     if (!RunLocalReconstruction(fRunLocalReconstruction)) {
@@ -603,6 +646,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
       return kFALSE;
     }
   }
+   AliSysInfo::AddStamp("Vertexer");
 
   // get trackers
   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
@@ -611,6 +655,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
       return kFALSE;
     }      
   }
+   AliSysInfo::AddStamp("LoadTrackers");
 
   // get the possibly already existing ESD file and tree
   AliESDEvent* esd = new AliESDEvent(); AliESDEvent* hltesd = new AliESDEvent();
@@ -662,6 +707,15 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   }
 
   
+  // Get the GRP CDB entry
+  AliCDBEntry* entryGRP = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/Data");
+       
+  if(entryGRP) {
+       fGRPList = dynamic_cast<TList*> (entryGRP->GetObject());  
+  } else {
+       AliError("No GRP entry found in OCDB!");
+  }
+
   // Get the diamond profile from OCDB
   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()
        ->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
@@ -683,6 +737,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   ProcInfo_t ProcInfo;
   gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
   AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
+  
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
     if (fRawReader) fRawReader->NextEvent();
     if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
@@ -777,8 +832,8 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
       }
     }
   
-    if (!fFillESD.IsNull()) 
-    RunQualAss(fFillESD.Data(), esd);
+//    if (!fFillESD.IsNull()) 
+//    RunQA(fFillESD.Data(), esd);
 
     // fill Event header information from the RawEventHeader
     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(esd);}
@@ -864,21 +919,48 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   }
   
   detStr = fFillESD ; 
-  // write quality assurance ESDs data (one entry for all events)
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
-       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
-               continue;
-    AliQualAssDataMaker * qadm = GetQualAssDataMaker(iDet);
-    if (!qadm) continue;
-    qadm->EndOfCycle(AliQualAss::kRECPOINTS);
-    qadm->EndOfCycle(AliQualAss::kESDS);
-    qadm->Finish(AliQualAss::kRECPOINTS);
-    qadm->Finish(AliQualAss::kESDS) ; 
-  }
+//  // write quality assurance ESDs data (one entry for all events)
+//  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+//     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
+//             continue;
+//    AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
+//    if (!qadm) continue;
+//    qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
+//    qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
+//    qadm->Finish();
+//  }
 
   tree->GetUserInfo()->Add(esd);
   hlttree->GetUserInfo()->Add(hltesd);
-
+  
+  const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();      
+  const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();  
+                
+   TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());   
+   cdbMapCopy->SetOwner(1);     
+   cdbMapCopy->SetName("cdbMap");       
+   TIter iter(cdbMap->GetTable());      
+        
+   TPair* pair = 0;     
+   while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){  
+         TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());  
+         TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());        
+         cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));         
+   }    
+        
+   TList *cdbListCopy = new TList();    
+   cdbListCopy->SetOwner(1);    
+   cdbListCopy->SetName("cdbList");     
+        
+   TIter iter2(cdbList);        
+        
+   AliCDBId* id=0;      
+   while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){        
+         cdbListCopy->Add(id->Clone());         
+   }    
+        
+   tree->GetUserInfo()->Add(cdbMapCopy);        
+   tree->GetUserInfo()->Add(cdbListCopy);
 
 
   if(fESDPar.Contains("ESD.par")){
@@ -891,7 +973,8 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   file->cd();
   if (fWriteESDfriend)
     tree->SetBranchStatus("ESDfriend*",0);
-  tree->Write();
+  // we want to have only one tree version number
+  tree->Write(tree->GetName(),TObject::kOverwrite);
   hlttree->Write();
 
   if (fWriteAOD) {
@@ -902,16 +985,27 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
 
   gROOT->cd();
   CleanUp(file, fileOld);
-  
+    
   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
   // In case of empty events the tags will contain dummy values
   AliESDTagCreator *esdtagCreator = new AliESDTagCreator();
-  esdtagCreator->CreateESDTags(fFirstEvent,fLastEvent);
+  esdtagCreator->CreateESDTags(fFirstEvent,fLastEvent,fGRPList);
   if (fWriteAOD) {
     AliAODTagCreator *aodtagCreator = new AliAODTagCreator();
-    aodtagCreator->CreateAODTags(fFirstEvent,fLastEvent);
+    aodtagCreator->CreateAODTags(fFirstEvent,fLastEvent,fGRPList);
   }
 
+  //QA 
+  if ( fRunQA ) {
+       qas.Run(fRunLocalReconstruction.Data(), AliQA::kRECPOINTS) ;
+//     qas.Reset() ;
+       qas.Run(fRunTracking.Data(), AliQA::kESDS) ;
+  }
+  
+  // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
+  AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
+  
+  
   return kTRUE;
 }
 
@@ -920,7 +1014,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
 Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
 {
 // run the local reconstruction
-
+  static Int_t eventNr=0;
   AliCodeTimerAuto("")
 
  //  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
@@ -953,6 +1047,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
 //     }
      
 //      AliCodeTimerStop(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+    // AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr));
 
 //     // unload calibration data
 //     man->UnloadFromCache(calibPath);
@@ -967,6 +1062,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
 //     if (fStopOnError) return kFALSE;
 //   }
 
+         eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -974,7 +1070,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
 Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
 {
 // run the local reconstruction
-
+  static Int_t eventNr=0;
   AliCodeTimerAuto("")
 
   TString detStr = detectors;
@@ -1024,23 +1120,24 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
       loader->UnloadDigits();
     }
 
-    AliQualAssDataMaker * qadm = GetQualAssDataMaker(iDet);
-    if (qadm) {
-      AliCodeTimerStart(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-      AliInfo(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-         
-    if (qadm->IsCycleDone() ) {
-      qadm->EndOfCycle(AliQualAss::kRECPOINTS) ; 
-         qadm->EndOfCycle(AliQualAss::kESDS) ; 
-      qadm->StartOfCycle(AliQualAss::kRECPOINTS) ; 
-         qadm->StartOfCycle(AliQualAss::kESDS, "same") ; 
-   }
-      qadm->Exec(AliQualAss::kRECPOINTS, clustersTree) ; 
-      AliCodeTimerStop(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-    }
+//    AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
+//    if (qadm) {
+//      AliCodeTimerStart(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+//      AliInfo(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+//       
+//     if (qadm->IsCycleDone() ) {
+//      qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS) ; 
+//       qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS) ; 
+//      qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS) ; 
+//       qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, "same") ; 
+//     }
+//      qadm->Exec(AliQA::kRECPOINTS, clustersTree) ; 
+//      AliCodeTimerStop(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+//    }
 
     loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
     loader->UnloadRecPoints();
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
   }
 
   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
@@ -1048,7 +1145,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
                   detStr.Data()));
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
-  
+  eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -1228,7 +1325,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
 {
 // run the barrel tracking
-
+  static Int_t eventNr=0;
   AliCodeTimerAuto("")
 
   AliInfo("running tracking");
@@ -1247,13 +1344,14 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
 
     // load clusters
     fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr),iDet,1, eventNr);
     TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
     if (!tree) {
       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
       return kFALSE;
     }
     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
-
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
     // run tracking
     if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
@@ -1266,7 +1364,8 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
     if (iDet == 1) {
       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
       AliESDpid::MakePID(esd);
-    }
+    } 
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
   }
 
   // pass 2: ALL backwards
@@ -1278,12 +1377,14 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
       TTree* tree = NULL;
       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1, eventNr);
       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
       if (!tree) {
        AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
        return kFALSE;
       }
-      fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
+      fTracker[iDet]->LoadClusters(tree); 
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
     }
 
     // run tracking
@@ -1305,6 +1406,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
       AliESDpid::MakePID(esd);
     }
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
   }
 
   // write space-points to the ESD in case alignment data output
@@ -1325,10 +1427,12 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
     if (fCheckPointLevel > 1) {
       WriteESD(esd, Form("%s.refit", fgkDetectorName[iDet]));
     }
-
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking2%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
     // unload clusters
     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("TUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4, eventNr);
     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("RUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,5, eventNr);
   }
   //
   // Propagate track to the vertex - if not done by ITS
@@ -1345,7 +1449,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
    AliTracker::PropagateTrackTo(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
     track->RelateToVertex(esd->GetVertex(),fieldZ, kMaxD);
   }
-  
+  eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -1358,12 +1462,16 @@ Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
   AliInfo("Cleaning the ESD...");
   Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
   AliInfo(Form("Number of ESD tracks before cleaning %d",nTracks));
+  Int_t nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
+  AliInfo(Form("Number of ESD V0s before cleaning %d",nV0s));
 
-  Float_t cleanPars[]={fDmax,fZmax};
+  Float_t cleanPars[]={fV0DCAmax,fV0CsPmin,fDmax,fZmax};
   Bool_t rc=esd->Clean(cleanPars);
 
   nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
   AliInfo(Form("Number of ESD tracks after cleaning %d",nTracks));
+  nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
+  AliInfo(Form("Number of ESD V0s after cleaning %d",nV0s));
 
   return rc;
 }
@@ -1374,13 +1482,13 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
 // fill the event summary data
 
   AliCodeTimerAuto("")
-
+    static Int_t eventNr=0; 
   TString detStr = detectors;
+  
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
-    if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+  if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
     if (!reconstructor) continue;
-
     if (!ReadESD(esd, fgkDetectorName[iDet])) {
       AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
       TTree* clustersTree = NULL;
@@ -1422,7 +1530,8 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
                   detStr.Data()));
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
-
+  AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESD%d",eventNr), 0,1, eventNr);
+  eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -1573,6 +1682,7 @@ Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
 
     //PH This is a temporary fix to give access to the kinematics
     //PH that is needed for the labels of ITS clusters
+    fRunLoader->LoadHeader();
     fRunLoader->LoadKinematics();
 
   } else {               // galice.root does not exist
@@ -1627,15 +1737,6 @@ AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
   TString recName = "Ali" + detName + "Reconstructor";
   if (gAlice && !gAlice->GetDetector(detName) && (detName != "HLT")) return NULL;
 
-  if (detName == "HLT") {
-    if (!gROOT->GetClass("AliLevel3")) {
-      gSystem->Load("libAliHLTSrc.so");
-      gSystem->Load("libAliHLTMisc.so");
-      gSystem->Load("libAliHLTHough.so");
-      gSystem->Load("libAliHLTComp.so");
-    }
-  }
-
   AliReconstructor* reconstructor = NULL;
   // first check if a plugin is defined for the reconstructor
   TPluginHandler* pluginHandler = 
@@ -1750,6 +1851,7 @@ Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
       AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
       if (fStopOnError) return kFALSE;
     }
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("LTracker%s",fgkDetectorName[iDet]), iDet,0);
   }
 
   return kTRUE;
@@ -1766,13 +1868,19 @@ void AliReconstruction::CleanUp(TFile* file, TFile* fileOld)
     fLoader[iDet] = NULL;
     delete fTracker[iDet];
     fTracker[iDet] = NULL;
-    delete fQualAssDataMaker[iDet];
-    fQualAssDataMaker[iDet] = NULL;
+//    delete fQADataMaker[iDet];
+//    fQADataMaker[iDet] = NULL;
   }
   delete fVertexer;
   fVertexer = NULL;
-  delete fDiamondProfile;
-  fDiamondProfile = NULL;
+  
+  if(!(AliCDBManager::Instance()->GetCacheFlag())) {
+       delete fDiamondProfile;
+       fDiamondProfile = NULL;
+  }
+
+  delete fGRPList;
+  fGRPList = NULL;
 
   delete fRunLoader;
   fRunLoader = NULL;
@@ -1875,12 +1983,15 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
   Float_t posF[3];
   Double_t pos[3];
   Double_t p[3];
+  Double_t p_pos[3];
+  Double_t p_neg[3];
   Double_t covVtx[6];
   Double_t covTr[21];
   Double_t pid[10];
 
   // loop over events and fill them
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < nEvents; ++iEvent) {
+    //cout << "event: " << iEvent << endl;
     t->GetEntry(iEvent);
 
     // Multiplicity information needed by the header (to be revised!)
@@ -1915,10 +2026,13 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
     Int_t nV0s      = esd->GetNumberOfV0s();
     Int_t nCascades = esd->GetNumberOfCascades();
     Int_t nKinks    = esd->GetNumberOfKinks();
-    Int_t nVertices = nV0s + nCascades + nKinks;
-    
-    aod->ResetStd(nTracks, nVertices);
-    AliAODTrack *aodTrack;
+       Int_t nVertices = nV0s + 2*nCascades /*could lead to two vertices, one V0 and the Xi */+ nKinks + 1 /* = prim. vtx*/;    
+       Int_t nJets     = 0;
+    Int_t nCaloClus = esd->GetNumberOfCaloClusters();
+    Int_t nFmdClus  = 0;
+    Int_t nPmdClus  = esd->GetNumberOfPmdTracks();
+   
+    aod->ResetStd(nTracks, nVertices, nV0s+nCascades, nJets, nCaloClus, nFmdClus, nPmdClus);
     
     // Array to take into account the tracks already added to the AOD
     Bool_t * usedTrack = NULL;
@@ -1938,7 +2052,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       usedKink = new Bool_t[nKinks];
       for (Int_t iKink=0; iKink<nKinks; ++iKink) usedKink[iKink]=kFALSE;
     }
-
+    
     // Access to the AOD container of vertices
     TClonesArray &vertices = *(aod->GetVertices());
     Int_t jVertices=0;
@@ -1946,7 +2060,11 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
     // Access to the AOD container of tracks
     TClonesArray &tracks = *(aod->GetTracks());
     Int_t jTracks=0; 
-  
+   
+    // Access to the AOD container of V0s
+    TClonesArray &V0s = *(aod->GetV0s());
+    Int_t jV0s=0;
+    
     // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
     // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
     const AliESDVertex *vtx = esd->GetPrimaryVertex();
@@ -1957,13 +2075,16 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
     AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
       AliAODVertex(pos, covVtx, vtx->GetChi2toNDF(), NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
          
+
+    AliAODTrack *aodTrack = 0x0;
+    
     // Create vertices starting from the most complex objects
-      
+
     // Cascades
     for (Int_t nCascade = 0; nCascade < nCascades; ++nCascade) {
       AliESDcascade *cascade = esd->GetCascade(nCascade);
       
-      cascade->GetXYZcascade(pos[0], pos[1], pos[2]);  // Bo: bug correction
+      cascade->GetXYZ(pos[0], pos[1], pos[2]);
       cascade->GetPosCovXi(covVtx);
      
       // Add the cascade vertex
@@ -1974,7 +2095,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
                                                                        nCascade,
                                                                        AliAODVertex::kCascade);
 
-      primary->AddDaughter(vcascade);
+      primary->AddDaughter(vcascade); // the cascade 'particle' (represented by a vertex) is added as a daughter to the primary vertex
 
       // Add the V0 from the cascade. The ESD class have to be optimized...
       // Now we have to search for the corresponding V0 in the list of V0s
@@ -1983,6 +2104,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       Int_t posFromV0 = cascade->GetPindex();
       Int_t negFromV0 = cascade->GetNindex();
 
+
       AliESDv0 * v0 = 0x0;
       Int_t indV0 = -1;
 
@@ -2000,7 +2122,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
 
       AliAODVertex * vV0FromCascade = 0x0;
 
-      if (indV0>-1 && !usedV0[indV0] ) {
+      if (indV0>-1 && !usedV0[indV0]) {
        
        // the V0 exists in the array of V0s and is not used
 
@@ -2032,6 +2154,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
                                                                 indV0,
                                                                 AliAODVertex::kV0);
        vcascade->AddDaughter(vV0FromCascade);
+
       }
 
       // Add the positive tracks from the V0
@@ -2041,7 +2164,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        usedTrack[posFromV0] = kTRUE;
 
        AliESDtrack *esdTrack = esd->GetTrack(posFromV0);
-       esdTrack->GetPxPyPz(p);
+       esdTrack->GetPxPyPz(p_pos);
        esdTrack->GetXYZ(pos);
        esdTrack->GetCovarianceXYZPxPyPz(covTr);
        esdTrack->GetESDpid(pid);
@@ -2049,7 +2172,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        vV0FromCascade->AddDaughter(aodTrack =
                                    new(tracks[jTracks++]) AliAODTrack(esdTrack->GetID(),
                                           esdTrack->GetLabel(), 
-                                          p, 
+                                          p_pos
                                           kTRUE,
                                           pos,
                                           kFALSE,
@@ -2076,7 +2199,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        usedTrack[negFromV0] = kTRUE;
        
        AliESDtrack *esdTrack = esd->GetTrack(negFromV0);
-       esdTrack->GetPxPyPz(p);
+       esdTrack->GetPxPyPz(p_neg);
        esdTrack->GetXYZ(pos);
        esdTrack->GetCovarianceXYZPxPyPz(covTr);
        esdTrack->GetESDpid(pid);
@@ -2084,7 +2207,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        vV0FromCascade->AddDaughter(aodTrack =
                 new(tracks[jTracks++]) AliAODTrack(esdTrack->GetID(),
                                           esdTrack->GetLabel(),
-                                          p,
+                                          p_neg,
                                           kTRUE,
                                           pos,
                                           kFALSE,
@@ -2104,6 +2227,11 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
             << " track " << negFromV0 << " has already been used!" << endl;
       }
 
+      // add it to the V0 array as well
+      Double_t d0[2] = { -999., -99.};
+      // counting is probably wrong
+      new(V0s[jV0s++]) AliAODv0(vV0FromCascade, -999., -99., p_pos, p_neg, d0); // to be refined
+
       // Add the bachelor track from the cascade
 
       Int_t bachelor = cascade->GetBindex();
@@ -2140,19 +2268,19 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        cerr << "Error: event " << iEvent << " cascade " << nCascade
             << " track " << bachelor << " has already been used!" << endl;
       }
-
+      
       // Add the primary track of the cascade (if any)
-
+      
     } // end of the loop on cascades
-    
     // V0s
         
     for (Int_t nV0 = 0; nV0 < nV0s; ++nV0) {
 
       if (usedV0[nV0]) continue; // skip if aready added to the AOD
 
-      AliESDv0 *v0 = esd->GetV0(nV0);
-      
+      AliESDv0 *v0 = esd->GetV0(nV0); 
+     
       v0->GetXYZ(pos[0], pos[1], pos[2]);
       v0->GetPosCov(covVtx);
 
@@ -2175,7 +2303,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        usedTrack[posFromV0] = kTRUE;
 
        AliESDtrack *esdTrack = esd->GetTrack(posFromV0);
-       esdTrack->GetPxPyPz(p);
+       esdTrack->GetPxPyPz(p_pos);
        esdTrack->GetXYZ(pos);
        esdTrack->GetCovarianceXYZPxPyPz(covTr);
        esdTrack->GetESDpid(pid);
@@ -2183,7 +2311,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        vV0->AddDaughter(aodTrack =
                new(tracks[jTracks++]) AliAODTrack(esdTrack->GetID(),
                                           esdTrack->GetLabel(), 
-                                          p, 
+                                          p_pos
                                           kTRUE,
                                           pos,
                                           kFALSE,
@@ -2210,7 +2338,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        usedTrack[negFromV0] = kTRUE;
 
        AliESDtrack *esdTrack = esd->GetTrack(negFromV0);
-       esdTrack->GetPxPyPz(p);
+       esdTrack->GetPxPyPz(p_neg);
        esdTrack->GetXYZ(pos);
        esdTrack->GetCovarianceXYZPxPyPz(covTr);
        esdTrack->GetESDpid(pid);
@@ -2218,7 +2346,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        vV0->AddDaughter(aodTrack =
                 new(tracks[jTracks++]) AliAODTrack(esdTrack->GetID(),
                                           esdTrack->GetLabel(),
-                                          p,
+                                          p_neg,
                                           kTRUE,
                                           pos,
                                           kFALSE,
@@ -2238,7 +2366,12 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
             << " track " << negFromV0 << " has already been used!" << endl;
       }
 
-    } // end of the loop on V0s
+      // add it to the V0 array as well
+      Double_t d0[2] = { 999., 99.};
+      new(V0s[jV0s++]) AliAODv0(vV0, 999., 99., p_pos, p_neg, d0); // to be refined
+    }
+       V0s.Expand(jV0s);        
+    // end of the loop on V0s
     
     // Kinks: it is a big mess the access to the information in the kinks
     // The loop is on the tracks in order to find the mother and daugther of each kink
@@ -2246,7 +2379,6 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
 
     for (Int_t iTrack=0; iTrack<nTracks; ++iTrack) {
 
-
       AliESDtrack * esdTrack = esd->GetTrack(iTrack);
 
       Int_t ikink = esdTrack->GetKinkIndex(0);
@@ -2370,20 +2502,14 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
              cerr << "Error: event " << iEvent << " kink " << TMath::Abs(ikink)-1
              << " track " << idaughter << " has already been used!" << endl;
            }
-
-
          }
        }
-
-      }      
-
+      }
     }
+    vertices.Expand(jVertices);
 
-    
     // Tracks (primary and orphan)
-      
     for (Int_t nTrack = 0; nTrack < nTracks; ++nTrack) {
-       
 
       if (usedTrack[nTrack]) continue;
 
@@ -2397,7 +2523,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
 
       esdTrack->GetImpactParameters(impactXY,impactZ);
 
-      if (impactXY<3) {
+      if (impactXY<3.) {
        // track inside the beam pipe
       
        primary->AddDaughter(aodTrack =
@@ -2420,25 +2546,11 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       }
       else {
        // outside the beam pipe: orphan track
-           aodTrack =
-           new(tracks[jTracks++]) AliAODTrack(esdTrack->GetID(),
-                                        esdTrack->GetLabel(),
-                                        p,
-                                        kTRUE,
-                                        pos,
-                                        kFALSE,
-                                        covTr, 
-                                        (Short_t)esdTrack->Charge(),
-                                        esdTrack->GetITSClusterMap(), 
-                                        pid,
-                                        NULL,
-                                        kFALSE, // check if this is right
-                                        kFALSE, // check if this is right
-                                        AliAODTrack::kOrphan);
-           aodTrack->ConvertAliPIDtoAODPID();
+       // Don't write them anymore!
+       continue;
       }        
     } // end of loop on tracks
-
+    
     // muon tracks
     Int_t nMuTracks = esd->GetNumberOfMuonTracks();
     for (Int_t nMuTrack = 0; nMuTrack < nMuTracks; ++nMuTrack) {
@@ -2479,56 +2591,94 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       else 
        aodTrack->SetChi2MatchTrigger(0.);
     }
-    
+    tracks.Expand(jTracks); // remove 'empty slots' due to unwritten tracks
+       
+    // Access to the AOD container of PMD clusters
+    TClonesArray &pmdClusters = *(aod->GetPmdClusters());
+    Int_t jPmdClusters=0;
+  
+    for (Int_t iPmd = 0; iPmd < nPmdClus; ++iPmd) {
+      // file pmd clusters, to be revised!
+      AliESDPmdTrack *pmdTrack = esd->GetPmdTrack(iPmd);
+      Int_t nLabel = 0;
+      Int_t *label = 0x0;
+      Double_t pos[3] = { pmdTrack->GetClusterX(), pmdTrack->GetClusterY(), pmdTrack->GetClusterZ() };
+      Double_t pid[9] = { 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0. }; // to be revised!
+      // type not set!
+      // assoc cluster not set
+      new(pmdClusters[jPmdClusters++]) AliAODPmdCluster(iPmd, nLabel, label, pmdTrack->GetClusterADC(), pos, pid);
+    }
+
     // Access to the AOD container of clusters
-    TClonesArray &clusters = *(aod->GetClusters());
+    TClonesArray &caloClusters = *(aod->GetCaloClusters());
     Int_t jClusters=0;
 
     // Calo Clusters
-    Int_t nClusters    = esd->GetNumberOfCaloClusters();
-
-    for (Int_t iClust=0; iClust<nClusters; ++iClust) {
+    TArrayS EMCCellNumber(15000);
+    TArrayD EMCCellAmplitude(15000);
+    Int_t nEMCCells = 0;
+    const Float_t fEMCAmpScale = 1./500;
+    for (Int_t iClust=0; iClust<nCaloClus; ++iClust) {
 
       AliESDCaloCluster * cluster = esd->GetCaloCluster(iClust);
 
       Int_t id = cluster->GetID();
-      Int_t label = -1;
+      Int_t nLabel = 0;
+      Int_t *label = 0x0;
       Float_t energy = cluster->E();
       cluster->GetPosition(posF);
-      AliAODVertex *prodVertex = primary;
-      AliAODTrack *primTrack = NULL;
       Char_t ttype=AliAODCluster::kUndef;
 
-      if (cluster->IsPHOS()) ttype=AliAODCluster::kPHOSNeutral;
-      else if (cluster->IsEMCAL()) {
-
-       if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kPseudoCluster)
-         ttype = AliAODCluster::kEMCALPseudoCluster;
-       else
-         ttype = AliAODCluster::kEMCALClusterv1;
-
+      if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kPHOSCluster) {
+       ttype=AliAODCluster::kPHOSNeutral;
+      } 
+      else if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1) {
+       ttype = AliAODCluster::kEMCALClusterv1;
       }
+      else if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kEMCALPseudoCluster) {
+       // Collect raw tower info
+       for (Int_t iDig = 0; iDig < cluster->GetNumberOfDigits(); iDig++) {
+         EMCCellNumber[nEMCCells] = cluster->GetDigitIndex()->At(iDig);
+         EMCCellAmplitude[nEMCCells] = fEMCAmpScale*cluster->GetDigitAmplitude()->At(iDig);
+         nEMCCells++;
+       }
+       // don't write cluster data (it's just a pseudo cluster, holding the tower information)
+       continue; 
+      }
+      
+      AliAODCaloCluster *caloCluster = new(caloClusters[jClusters++]) AliAODCaloCluster(id,
+                                                                                       nLabel,
+                                                                                       label,
+                                                                                       energy,
+                                                                                       pos,
+                                                                                       NULL,
+                                                                                       ttype);
+      
+      caloCluster->SetCaloCluster(); // to be refined!
 
-      new(clusters[jClusters++]) AliAODCluster(id,
-                                              label,
-                                              energy,
-                                              pos,
-                                              NULL, // no covariance matrix provided
-                                              NULL, // no pid for clusters provided
-                                              prodVertex,
-                                              primTrack,
-                                              ttype);
+    } 
+       caloClusters.Expand(jClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots for pseudo clusters        
+       // end of loop on calo clusters
 
-    } // end of loop on calo clusters
+    // fill EMC cell info
+    AliAODCaloCells &EMCCells = *(aod->GetCaloCells());
+    EMCCells.CreateContainer(nEMCCells);
+    EMCCells.SetType(AliAODCaloCells::kEMCAL);
+    for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMCCells; iCell++) {      
+      EMCCells.SetCell(iCell,EMCCellNumber[iCell],EMCCellAmplitude[iCell]);
+    }
+    EMCCells.Sort();
 
-    // tracklets
+    // tracklets    
+    AliAODTracklets &SPDTracklets = *(aod->GetTracklets());
     const AliMultiplicity *mult = esd->GetMultiplicity();
     if (mult) {
       if (mult->GetNumberOfTracklets()>0) {
-       aod->GetTracklets()->CreateContainer(mult->GetNumberOfTracklets());
+       SPDTracklets.CreateContainer(mult->GetNumberOfTracklets());
 
        for (Int_t n=0; n<mult->GetNumberOfTracklets(); n++) {
-         aod->GetTracklets()->SetTracklet(n, mult->GetTheta(n), mult->GetPhi(n), mult->GetDeltaPhi(n), mult->GetLabel(n));
+         SPDTracklets.SetTracklet(n, mult->GetTheta(n), mult->GetPhi(n), mult->GetDeltaPhi(n), mult->GetLabel(n));
        }
       }
     } else {
@@ -2545,9 +2695,6 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
 
   aodTree->GetUserInfo()->Add(aod);
 
-  // close ESD file
-  esdFile->Close();
-
   // write the tree to the specified file
   aodFile = aodTree->GetCurrentFile();
   aodFile->cd();
@@ -2681,82 +2828,125 @@ void AliReconstruction::TNamedToFile(TTree* fTree, TString fName){
   out.close();
 
 }
+  
+
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliQualAssDataMaker * AliReconstruction::GetQualAssDataMaker(Int_t iDet)
-{
+//AliQADataMaker * AliReconstruction::GetQADataMaker(Int_t iDet)
+//{
 // get the quality assurance data maker object and the loader for a detector
-
-  if (fQualAssDataMaker[iDet]) 
-    return fQualAssDataMaker[iDet];
-
-  // load the QA data maker object
-  TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
-  TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-  TString qadmName = "Ali" + detName + "QualAssDataMaker";
-  if (gAlice && !gAlice->GetDetector(detName) && (detName != "HLT")) 
-    return NULL;
-
-  AliQualAssDataMaker * qadm = NULL;
-  // first check if a plugin is defined for the quality assurance data maker
-  TPluginHandler* pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQualAssDataMaker", detName);
-  // if not, add a plugin for it
-  if (!pluginHandler) {
-    AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", qadmName.Data()));
-    TString libs = gSystem->GetLibraries();
-    if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
-       (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
-      pluginManager->AddHandler("AliQualAssDataMaker", detName, 
-                               qadmName, detName + "qadm", qadmName + "()");
-    } else {
-      pluginManager->AddHandler("AliQualAssDataMaker", detName, 
-                               qadmName, detName, qadmName + "()");
-    }
-    pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQualAssDataMaker", detName);
-  }
-  if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
-    qadm = (AliQualAssDataMaker *) pluginHandler->ExecPlugin(0);
-  }
-  if (qadm) {
-    AliInfo(Form("Initializing quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-    qadm->Init(AliQualAss::kRECPOINTS, fRawReader->GetRunNumber(), GetQACycles(fgkDetectorName[iDet]));
-    qadm->StartOfCycle(AliQualAss::kRECPOINTS);
-    qadm->StartOfCycle(AliQualAss::kESDS, "same") ;    
-    fQualAssDataMaker[iDet] = qadm;
-  }
-
-  return qadm;
-}
+//
+//  if (fQADataMaker[iDet]) 
+//    return fQADataMaker[iDet];
+//
+//  // load the QA data maker object
+//  TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
+//  TString detName = fgkDetectorName[iDet];
+//  TString qadmName = "Ali" + detName + "QADataMaker";
+//  if (gAlice && !gAlice->GetDetector(detName) && (detName != "HLT")) 
+//    return NULL;
+//
+//  AliQADataMaker * qadm = NULL;
+//  // first check if a plugin is defined for the quality assurance data maker
+//  TPluginHandler* pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQADataMaker", detName);
+//  // if not, add a plugin for it
+//  if (!pluginHandler) {
+//    AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", qadmName.Data()));
+//    TString libs = gSystem->GetLibraries();
+//    if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
+//     (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
+//      pluginManager->AddHandler("AliQADataMaker", detName, 
+//                             qadmName, detName + "qadm", qadmName + "()");
+//    } else {
+//      pluginManager->AddHandler("AliQADataMaker", detName, 
+//                             qadmName, detName, qadmName + "()");
+//    }
+//    pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQADataMaker", detName);
+//  }
+//  if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
+//    qadm = (AliQADataMaker *) pluginHandler->ExecPlugin(0);
+//  }
+//  if (qadm) {
+//    AliInfo(Form("Initializing quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+//    qadm->Init(AliQA::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), GetQACycles(fgkDetectorName[iDet]));
+//    qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
+//    qadm->Init(AliQA::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun());
+//    qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, "same") ;       
+//    fQADataMaker[iDet] = qadm;
+//  }
+//
+//  return qadm;
+//}
+//
+//_____________________________________________________________________________
+//Bool_t AliReconstruction::RunQA(const char* detectors, AliESDEvent *& esd)
+//{
+//  // run the Quality Assurance data producer
+//
+//  AliCodeTimerAuto("")
+//  TString detStr = detectors;
+//  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+//   if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
+//     continue;
+//   AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
+//   if (!qadm) 
+//     continue;
+//   AliCodeTimerStart(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+//   AliInfo(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+//    
+//   qadm->Exec(AliQA::kESDS, esd) ; 
+//   qadm->Increment() ; 
+//
+//   AliCodeTimerStop(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+// }
+// if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
+//   AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
+//              detStr.Data()));
+//   if (fStopOnError) 
+//     return kFALSE;
+// }
+// 
+// return kTRUE;
+//  
+//}
+//
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::RunQualAss(const char* detectors, AliESDEvent *& esd)
+void AliReconstruction::CheckQA()
 {
-  // run the Quality Assurance data producer
-
-  AliCodeTimerAuto("")
-  TString detStr = detectors;
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
-   if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
-     continue;
-   AliQualAssDataMaker * qadm = GetQualAssDataMaker(iDet);
-   if (!qadm) 
-     continue;
-   AliCodeTimerStart(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-   AliInfo(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-    
-   qadm->Exec(AliQualAss::kESDS, esd) ; 
-   qadm->Increment() ; 
-
-   AliCodeTimerStop(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
- }
- if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
-   AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
-                detStr.Data()));
-   if (fStopOnError) 
-     return kFALSE;
- }
- return kTRUE;
+// check the QA of SIM for this run and remove the detectors 
+// with status Fatal
+  
+       TString newRunLocalReconstruction ; 
+       TString newRunTracking ;
+       TString newFillESD ;
+        
+       for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
+               TString detName(AliQA::GetDetName(iDet)) ;
+               AliQA * qa = AliQA::Instance(AliQA::DETECTORINDEX(iDet)) ; 
+               if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kFATAL)) {
+                               AliInfo(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed", detName.Data())) ;
+               } else {
+                       if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
+                                       fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
+                               newRunLocalReconstruction += detName ; 
+                               newRunLocalReconstruction += " " ;                      
+                       }
+                       if ( fRunTracking.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
+                                       fRunTracking.Contains("ALL") )  {
+                               newRunTracking += detName ; 
+                               newRunTracking += " " ;                         
+                       }
+                       if ( fFillESD.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
+                                       fFillESD.Contains("ALL") )  {
+                               newFillESD += detName ; 
+                               newFillESD += " " ;                     
+                       }
+               }
+       }
+       fRunLocalReconstruction = newRunLocalReconstruction ; 
+       fRunTracking            = newRunTracking ; 
+       fFillESD                = newFillESD ; 
 }
 
 //_____________________________________________________________________________