]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliRun.cxx
Changes needed by the ZDC calibration (A.Colla)
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliRun.cxx
index 3fe32ef4d133ed1980bd43aa9999406c1241613e..086bf4610e783b88b02a26108aea198c7132f9a8 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
-/*
-$Log$
-Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
-Delete Particle Factory properly
-
-Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
-New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
-
-Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
-Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
-
-Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
-Changes in Lego for G4 compatibility
-
-Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
-Introduce variable Config.C function signature
-
-Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
-G4 compatibility changes
-
-Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
-Workaround for an HP compiler problem
-
-Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
-Rationalisation of the virtual MC interfaces
-
-Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
-SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
-
-Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
-AliVMC and AliGeant3 classes introduced
-ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
-
-Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
-Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
-
-Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
-Fixing previous wrong checking
-
-Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
-Fixing daughters information also in primary tracks
-
-Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
-Adding protection against inconsistent Euclid files
-
-Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
-Introduction of the Copyright and cvs Log
-
-*/
+/* $Id$ */
 
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 //                                                                           //
@@ -88,66 +40,111 @@ Introduction of the Copyright and cvs Log
 //                                                                           //
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
-#include <TFile.h>
-#include <TRandom.h>
 #include <TBRIK.h> 
-#include <TNode.h> 
 #include <TCint.h> 
+#include <TDatabasePDG.h>
+#include <TGeometry.h>
+#include <TNode.h>
+#include <TROOT.h>
+#include <TRandom3.h>
 #include <TSystem.h>
-#include <TObjectTable.h>
-
-#include "TParticle.h"
-#include "AliRun.h"
+#include <TVirtualMC.h>
+// 
+#include "AliLog.h"
+#include "AliDetector.h"
 #include "AliDisplay.h"
-#include "AliMC.h"
+#include "AliHeader.h"
 #include "AliLego.h"
+#include "AliLegoGenerator.h"
+#include "AliMC.h"
+#include "AliMagFC.h"
+#include "AliMagFCM.h"
+#include "AliMagFDM.h"
+#include "AliPDG.h"
+#include "AliRun.h"
+#include "AliStack.h"
+#ifdef __APPLE__
+#include "AliTPCTrackHitsInterfaces.h"
+#endif
 
-#include <stdlib.h>
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
 AliRun *gAlice;
 
-static AliHeader *header;
-
 ClassImp(AliRun)
 
-//_____________________________________________________________________________
-AliRun::AliRun()
+//_______________________________________________________________________
+AliRun::AliRun():
+  fRun(0),
+  fEvent(0),
+  fEventNrInRun(0),
+  fEventsPerRun(0),
+  fModules(0),
+  fGeometry(0),
+  fMCApp(0),
+  fDisplay(0),
+  fField(0),
+  fMC(0),
+  fNdets(0),
+  fInitDone(kFALSE),
+  fLego(0),
+  fPDGDB(0),  //Particle factory object
+  fConfigFunction("\0"),
+  fRandom(0),
+  fRunLoader(0x0)
 {
   //
   // Default constructor for AliRun
   //
-  header=&fHeader;
-  fRun       = 0;
-  fEvent     = 0;
-  fCurrent   = -1;
-  fModules = 0;
-  fGenerator = 0;
-  fTreeD     = 0;
-  fTreeK     = 0;
-  fTreeH     = 0;
-  fTreeE     = 0;
-  fTreeR     = 0;
-  fParticles = 0;
-  fGeometry  = 0;
-  fDisplay   = 0;
-  fField     = 0;
-  fMC       = 0;
-  fNdets     = 0;
-  fImedia    = 0;
-  fTrRmax    = 1.e10;
-  fTrZmax    = 1.e10;
-  fInitDone  = kFALSE;
-  fLego      = 0;
-  fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
-  fHitLists  = 0;
-  fConfigFunction    = "\0";
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
-  : TNamed(name,title)
+  AliConfig::Instance();//skowron 29 Feb 2002
+                        //ensures that the folder structure is build
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+AliRun::AliRun(const AliRun& arun):
+  TNamed(arun),
+  fRun(0),
+  fEvent(0),
+  fEventNrInRun(0),
+  fEventsPerRun(0),
+  fModules(0),
+  fGeometry(0),
+  fMCApp(0),
+  fDisplay(0),
+  fField(0),
+  fMC(0),
+  fNdets(0),
+  fInitDone(kFALSE),
+  fLego(0),
+  fPDGDB(0),  //Particle factory object
+  fConfigFunction("\0"),
+  fRandom(0),
+  fRunLoader(0x0)
+{
+  //
+  // Copy constructor for AliRun
+  //
+  arun.Copy(*this);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliRun::AliRun(const char *name, const char *title):
+  TNamed(name,title),
+  fRun(0),
+  fEvent(0),
+  fEventNrInRun(0),
+  fEventsPerRun(0),
+  fModules(new TObjArray(77)), // Support list for the Detectors
+  fGeometry(0),
+  fMCApp(0),
+  fDisplay(0),
+  fField(0),
+  fMC(gMC),
+  fNdets(0),
+  fInitDone(kFALSE),
+  fLego(0),
+  fPDGDB(TDatabasePDG::Instance()),        //Particle factory object!
+  fConfigFunction("Config();"),
+  fRandom(new TRandom3()),
+  fRunLoader(0x0)
 {
   //
   //  Constructor for the main processor.
@@ -155,132 +152,80 @@ AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
   //  Creates the list of Detectors.
   //  Creates the list of particles.
   //
-  Int_t i;
-  
+
   gAlice     = this;
-  fTreeD     = 0;
-  fTreeK     = 0;
-  fTreeH     = 0;
-  fTreeE     = 0;
-  fTreeR     = 0;
-  fTrRmax    = 1.e10;
-  fTrZmax    = 1.e10;
-  fGenerator = 0;
-  fInitDone  = kFALSE;
-  fLego      = 0;
-  fField     = 0;
-  fConfigFunction    = "Config();";
-  
+
+  // Set random number generator
+  gRandom = fRandom;
+
+  if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
+     gRandom->SetSeed(static_cast<UInt_t>(atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED"))));
+  }
+
+  // Add to list of browsable  
   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
-  //
-  // create the support list for the various Detectors
-  fModules = new TObjArray(77);
-  //
   // Create the TNode geometry for the event display
-  
   BuildSimpleGeometry();
   
-
-  fNtrack=0;
-  fHgwmk=0;
-  fCurrent=-1;
-  header=&fHeader;
-  fRun       = 0;
-  fEvent     = 0;
-  //
-  // Create the particle stack
-  fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
-  
-  fDisplay = 0;
-  //
   // Create default mag field
   SetField();
-  //
-  fMC      = gMC;
-  //
-  // Prepare the tracking medium lists
-  fImedia = new TArrayI(1000);
-  for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
-  //
-  // Make particles
-  fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
-  //
-  // Create HitLists list
-  fHitLists  = new TList();
+
+  // Add particle list to configuration
+  AliConfig::Instance()->Add(fPDGDB); 
+
+#ifdef __APPLE__
+  // Terrible hack to avoid problem with the initialisation of 
+  // static and globals on Mac OS X 
+  AliClassAliTrackHitsInfo p1=galiclass____AliClassAliTrackHitsInfo;
+  AliClassAliTrackHitsParam p2=galiclass____AliTrackHitsParam;
+  AliClassAliHitInfo p3=galiclass____AliHitInfo;
+#endif
+
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+
+//_______________________________________________________________________
 AliRun::~AliRun()
 {
   //
-  // Defaullt AliRun destructor
+  // Default AliRun destructor
   //
-  delete fImedia;
+  gROOT->GetListOfBrowsables()->Remove(this);
+
+  if (fRunLoader)
+   {
+    TFolder* evfold = fRunLoader->GetEventFolder();
+    TFolder* modfold = dynamic_cast<TFolder*>(evfold->FindObjectAny(AliConfig::GetModulesFolderName()));
+    TIter next(fModules);
+    AliModule *mod;
+    while((mod = (AliModule*)next()))
+     { 
+       modfold->Remove(mod);
+     }
+   }
+  
+  
   delete fField;
-  delete fMC;
+  delete fMCApp;
+  delete gMC; gMC=0;
   delete fGeometry;
   delete fDisplay;
-  delete fGenerator;
   delete fLego;
-  delete fTreeD;
-  delete fTreeK;
-  delete fTreeH;
-  delete fTreeE;
-  delete fTreeR;
   if (fModules) {
     fModules->Delete();
     delete fModules;
   }
-  if (fParticles) {
-    fParticles->Delete();
-    delete fParticles;
-  }
-  delete fHitLists;
+  
   delete fPDGDB;
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
-{
-  //
-  //  Add a hit to detector id
-  //
-  TObjArray &dets = *fModules;
-  if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
-{
-  //
-  // Add digit to detector id
-  //
-  TObjArray &dets = *fModules;
-  if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::Browse(TBrowser *b)
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::Copy(TObject &) const
 {
-  //
-  // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
-  // of the Root browser.
-  // It displays the Root Trees and all detectors.
-  //
-  if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
-  if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
-  if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
-  if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
-  if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
-  
-  TIter next(fModules);
-  AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-    b->Add(detector,detector->GetName());
-  }
+  AliFatal("Not implemented!");
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::Build()
 {
   //
@@ -289,7 +234,7 @@ void AliRun::Build()
   //
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 {
   //
@@ -304,79 +249,40 @@ void AliRun::BuildSimpleGeometry()
   new TNode("alice","alice","S_alice");
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::CleanDetectors()
 {
   //
   // Clean Detectors at the end of event
   //
-  TIter next(fModules);
-  AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-    detector->FinishEvent();
-  }
+   fRunLoader->CleanDetectors();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::CleanParents()
-{
-  //
-  // Clean Particles stack.
-  // Set parent/daughter relations
-  //
-  TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
-  TParticle *part;
-  int i;
-  for(i=0; i<fNtrack; i++) {
-    part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
-    if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
-      part->SetFirstDaughter(-1);
-      part->SetLastDaughter(-1);
-    }
-  }
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::ResetHits() 
 {
-  //
-  // Return the distance from the mouse to the AliRun object
-  // Dummy routine
-  //
-  return 9999;
+  fMCApp->ResetHits();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::DumpPart (Int_t i)
+//_______________________________________________________________________
+AliGenerator* AliRun::Generator() const 
 {
-  //
-  // Dumps particle i in the stack
-  //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  ((TParticle*) particles[i])->Print();
+  return fMCApp->Generator();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::DumpPStack ()
+//_______________________________________________________________________
+void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
 {
   //
-  // Dumps the particle stack
+  // Set Magnetic Field Map
   //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  printf(
-        "\n\n=======================================================================\n");
-  for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++) 
-    {
-      printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
-      printf("--------------------------------------------------------------\n");
-    }
-  printf(
-        "\n=======================================================================\n\n");
+  fField = magField;
+  fField->ReadField();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
-                     Float_t maxField, char* filename)
+                     Float_t maxField, const char* filename)
 {
   //
   //  Set magnetic field parameters
@@ -387,285 +293,121 @@ void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 
   //
   // --- Sanity check on mag field flags
-  if(type<0 || type > 2) {
-    Warning("SetField",
-           "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
-          ,type);
-    type=2;
-  }
   if(fField) delete fField;
   if(version==1) {
-    fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
-  } else if(version<=3) {
-    fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
+    fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
+  } else if(version<=2) {
+    fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
+    fField->ReadField();
+  } else if(version==3) {
+    fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
     fField->ReadField();
   } else {
-    Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
+    AliWarning(Form("Invalid map %d",version));
   }
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::FillTree()
-{
-  //
-  // Fills all AliRun TTrees
-  //
-  if (fTreeK) fTreeK->Fill();
-  if (fTreeH) fTreeH->Fill();
-  if (fTreeD) fTreeD->Fill();
-  if (fTreeR) fTreeR->Fill();
-}
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::FinishPrimary()
-{
-  //
-  // Called  at the end of each primary track
-  //
-  
-  //  static Int_t count=0;
-  //  const Int_t times=10;
-  // This primary is finished, purify stack
-  PurifyKine();
-
-  // Write out hits if any
-  if (gAlice->TreeH()) {
-    gAlice->TreeH()->Fill();
-  }
-  
-  // Reset Hits info
-  gAlice->ResetHits();
 
-  //
-  //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::FinishEvent()
+void AliRun::InitLoaders()
 {
-  //
-  // Called at the end of the event.
-  //
-  
-  //
-  if(fLego) fLego->FinishEvent();
-
-  //Update the energy deposit tables
-  Int_t i;
-  for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
-    fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
-    fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
-  }
-  fEventEnergy.Reset();
-  
-  // Clean detector information
-  CleanDetectors();
-  
-  // Write out the kinematics
-  if (fTreeK) {
-    CleanParents();
-    fTreeK->Fill();
-  }
-  
-  // Write out the digits
-  if (fTreeD) {
-    fTreeD->Fill();
-    ResetDigits();
-  }
-  
-  // Write out reconstructed clusters  
-  if (fTreeR) {
-    fTreeR->Fill();
-  }
-
-  // Write out the event Header information
-  if (fTreeE) fTreeE->Fill();
-  
-  // Reset stack info
-  ResetStack();
-  
-  // Write Tree headers
-  //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
-  //  char hname[30];
-  //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
-  if (fTreeK) fTreeK->Write();
-  //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
-  if (fTreeH) fTreeH->Write();
-  //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
-  if (fTreeD) fTreeD->Write();
-  //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
-  if (fTreeR) fTreeR->Write();
-
-  ++fEvent;
+  //creates list of getters
+  AliDebug(1, "");
+  TIter next(fModules);
+  AliModule *mod;
+  while((mod = (AliModule*)next()))
+   { 
+     mod->SetRunLoader(fRunLoader);
+     AliDetector *det = dynamic_cast<AliDetector*>(mod);
+     if (det) 
+      {
+        AliDebug(2, Form("Adding %s", det->GetName()));
+        fRunLoader->AddLoader(det);
+      }
+   }
+  AliDebug(1, "Done");
 }
-
 //_____________________________________________________________________________
+
 void AliRun::FinishRun()
 {
   //
   // Called at the end of the run.
   //
-
-  //
-  if(fLego) fLego->FinishRun();
-
+  
+  if(fLego) 
+   {
+    AliDebug(1, "Finish Lego");
+    fRunLoader->CdGAFile();
+    fLego->FinishRun();
+   }
+  
   // Clean detector information
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    AliDebug(2, Form("%s->FinishRun()", detector->GetName()));
     detector->FinishRun();
   }
   
-  //Output energy summary tables
-  EnergySummary();
-  
-  // file is retrieved from whatever tree
-  TFile *File = 0;
-  if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
-  if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
-  if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
-  if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
-  if( NULL==File ) {
-    Error("FinishRun","There isn't root file!");
-    exit(1);
-  }
-  File->cd();
-  fTreeE->Write();
-  
-  // Clean tree information
-  if (fTreeK) {
-    delete fTreeK; fTreeK = 0;
-  }
-  if (fTreeH) {
-    delete fTreeH; fTreeH = 0;
-  }
-  if (fTreeD) {
-    delete fTreeD; fTreeD = 0;
-  }
-  if (fTreeR) {
-    delete fTreeR; fTreeR = 0;
-  }
-  if (fTreeE) {
-    delete fTreeE; fTreeE = 0;
-  }
-  
+  AliDebug(1, "fRunLoader->WriteHeader(OVERWRITE)");
+  fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
+
   // Write AliRun info and all detectors parameters
-  Write();
+  fRunLoader->CdGAFile();
+  Write(0,TObject::kOverwrite);//write AliRun
+  fRunLoader->Write(0,TObject::kOverwrite);//write RunLoader itself
   
-  // Close output file
-  File->Write();
-}
+  // Clean tree information
+  AliDebug(1, "fRunLoader->Stack()->FinishRun()");
+  fRunLoader->Stack()->FinishRun();
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
-{
-  //
-  // Flags a track and all its family tree to be kept
-  //
-  int curr;
-  TParticle *particle;
+  if(fMCApp) fMCApp->FinishRun();
 
-  curr=track;
-  while(1) {
-    particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
-    
-    // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
-    if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
-    
-    // Save this particle
-    particle->SetBit(Keep_Bit);
-    
-    // Move to father if any
-    if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
-  }
+  fRunLoader->Synchronize();
 }
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::EnergySummary()
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::Announce() const
 {
   //
-  // Print summary of deposited energy
+  // Announce the current version of AliRoot
   //
+  printf("%70s",
+        "****************************************************************\n");
+  printf("%6s","*");printf("%64s","*\n");
 
-  Int_t ndep=0;
-  Float_t edtot=0;
-  Float_t ed, ed2;
-  Int_t kn, i, left, j, id;
-  const Float_t zero=0;
-  Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
-  //
-  // Energy loss information
-  if(ievent) {
-    printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
-    for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
-      ed=fSummEnergy[kn];
-      if(ed>0) {
-       fEventEnergy[ndep]=kn;
-       if(ievent>1) {
-         ed=ed/ievent;
-         ed2=fSum2Energy[kn];
-         ed2=ed2/ievent;
-         ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
-       } else 
-         ed2=99;
-       fSummEnergy[ndep]=ed;
-       fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
-       edtot+=ed;
-       ndep++;
-      }
-    }
-    for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
-      left=ndep-kn*3;
-      for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
-       j=kn*3+i;
-        id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
-       printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
-      }
-      printf("\n");
-    }
-    //
-    // Relative energy loss in different detectors
-    printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
-    printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
-    for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
-      left=ndep-kn*5;
-      for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
-       j=kn*5+i;
-        id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
-       printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
-      }
-      printf("\n");
-    }
-    for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*"); 
-    printf("\n");
-  }
-  //
-  // Reset the TArray's
-  //  fEventEnergy.Set(0);
-  //  fSummEnergy.Set(0);
-  //  fSum2Energy.Set(0);
+  printf("%6s","*");
+  printf("    You are running AliRoot version NewIO\n");
+
+  printf("%6s","*");
+  printf("    The cvs tag for the current program is $Name$\n");
+
+  printf("%6s","*");printf("%64s","*\n");
+  printf("%70s",
+        "****************************************************************\n");
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
+//_______________________________________________________________________
+AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 {
   //
   // Return pointer to detector from name
   //
-  return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
+  return dynamic_cast<AliModule*>(fModules->FindObject(name));
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
-AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
+//_______________________________________________________________________
+AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 {
   //
   // Return pointer to detector from name
   //
-  return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
+  return dynamic_cast<AliDetector*>(fModules->FindObject(name));
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
-Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
+//_______________________________________________________________________
+Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 {
   //
   // Return galice internal detector identifier from name
@@ -676,78 +418,56 @@ Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
   return i;
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 {
-  //
-  // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
-  // Set branch addresses
-  //
-
-  // Reset existing structures
-  ResetStack();
-  ResetHits();
+//
+// Reloads data containers in folders # event
+// Set branch addresses
+//
+  if (fRunLoader == 0x0)
+   {
+     AliError("RunLoader is not set. Can not load data.");
+     return -1;
+   }
+/*****************************************/ 
+/****   P R E    R E L O A D I N G    ****/
+/*****************************************/ 
+// Reset existing structures
+  fMCApp->ResetHits();
+  fMCApp->ResetTrackReferences();
   ResetDigits();
-  
-  // Delete Trees already connected
-  if (fTreeK) delete fTreeK;
-  if (fTreeH) delete fTreeH;
-  if (fTreeD) delete fTreeD;
-  if (fTreeR) delete fTreeR;
-
-  // Get header from file
-  if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
-  else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
-  
-  // Get Kine Tree from file
-  char treeName[20];
-  sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
-  fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-  if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
-  else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
-  
-  // Get Hits Tree header from file
-  sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
-  fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-  if (!fTreeH) {
-    Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
-  }
-  
-  // Get Digits Tree header from file
-  sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
-  fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-  if (!fTreeD) {
-    Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
-  }
-  
-  
-  // Get Reconstruct Tree header from file
-  sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
-  fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-  if (!fTreeR) {
-    //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
-  }
+  ResetSDigits();
+
+/*****************************************/ 
+/****       R  E  L  O  A  D          ****/
+/*****************************************/
+
+  fRunLoader->GetEvent(event);
+
+/*****************************************/ 
+/****  P O S T    R E L O A D I N G   ****/
+/*****************************************/ 
+
   // Set Trees branch addresses
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-    detector->SetTreeAddress();
-  }
-  
-  if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
-  fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
-  return fNtrack;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) 
+   {
+     detector->SetTreeAddress();
+   }
+  return fRunLoader->GetHeader()->GetNtrack();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 {
   //
   // Import Alice geometry from current file
   // Return pointer to geometry object
   //
-  if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
+  if (!fGeometry) fGeometry = dynamic_cast<TGeometry*>(gDirectory->Get("AliceGeom"));
   //
   // Unlink and relink nodes in detectors
   // This is bad and there must be a better way...
@@ -755,13 +475,12 @@ TGeometry *AliRun::GetGeometry()
   
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-    detector->SetTreeAddress();
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
     TList *dnodes=detector->Nodes();
     Int_t j;
     TNode *node, *node1;
     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
-      node = (TNode*) dnodes->At(j);
+      node = dynamic_cast<TNode*>(dnodes->At(j));
       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
       dnodes->Remove(node);
       dnodes->AddAt(node1,j);
@@ -770,562 +489,116 @@ TGeometry *AliRun::GetGeometry()
   return fGeometry;
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
-                         Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
-                         Float_t &tof)
-{
-  //
-  // Return next track from stack of particles
-  //
-  TVector3 pol;
-  fCurrent=-1;
-  TParticle *track;
-  for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
-    track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
-    if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
-      //
-      // The track has not yet been processed
-      fCurrent=i;
-      ipart=track->GetPdgCode();
-      pmom[0]=track->Px();
-      pmom[1]=track->Py(); 
-      pmom[2]=track->Pz();
-      e     =track->Energy();
-      vpos[0]=track->Vx();
-      vpos[1]=track->Vy();
-      vpos[2]=track->Vz();
-      track->GetPolarisation(pol);
-      polar[0]=pol.X();
-      polar[1]=pol.Y();
-      polar[2]=pol.Z();
-      tof=track->T();
-      track->SetBit(Done_Bit);
-      break;
-    }
-  }
-  mtrack=fCurrent;
-  //
-  // stop and start timer when we start a primary track
-  Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
-  if (fCurrent >= nprimaries) return;
-  if (fCurrent < nprimaries-1) {
-    fTimer.Stop();
-    track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
-    //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
-  }
-  fTimer.Start();
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::SetBaseFile(const char *filename)
 {
-  //
-  // return number of primary that has generated track
-  //
-  int current, parent;
-  TParticle *part;
-  //
-  parent=track;
-  while (1) {
-    current=parent;
-    part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
-    parent=part->GetFirstMother();
-    if(parent<0) return current;
-  }
+  fBaseFileName = filename;
 }
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::InitMC(const char *setup)
-{
-  //
-  // Initialize the Alice setup
-  //
 
-  gROOT->LoadMacro(setup);
-  gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
-
-  gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
-
-  TObject *objfirst, *objlast;
-
-  fNdets = fModules->GetLast()+1;
-
-  //
-  //=================Create Materials and geometry
-  gMC->Init();
-
-   TIter next(fModules);
-   AliModule *detector;
-   while((detector = (AliModule*)next())) {
-      detector->SetTreeAddress();
-      objlast = gDirectory->GetList()->Last();
-      
-      // Add Detector histograms in Detector list of histograms
-      if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
-      else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
-      while (objfirst) {
-       detector->Histograms()->Add(objfirst);
-       objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
-      }
-   }
-   SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
-   
-   MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
-   
-   //Initialise geometry deposition table
-   fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
-   fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
-   fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
-   
-   //Compute cross-sections
-   gMC->BuildPhysics();
-   
-   //Write Geometry object to current file.
-   fGeometry->Write();
-   
-   fInitDone = kTRUE;
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::MediaTable()
-{
-  //
-  // Built media table to get from the media number to
-  // the detector id
-  //
-  Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
-  //  Int_t ibeg;
-  TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
-  AliModule *det;
-  //
-  // For all detectors
-  for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
-    // If detector is defined
-    if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
-        TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed()); 
-        for(nz=0;nz<100;nz++) {
-       // Find max and min material number
-       if((idt=idtmed[nz])) {
-         det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
-         det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
-       }
-      }
-      if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
-       det->LoMedium() = 0;
-       det->HiMedium() = 0;
-      } else {
-       if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
-         Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
-               fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
-         return;
-       }
-       // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
-       for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
-         (*fImedia)[lz]=kz;
-       }
-      }
-    }
-  }
-  //
-  // Print summary table
-  printf(" Traking media ranges:\n");
-  for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
-    for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
-      ind=i*6+k;
-      det=(AliModule*)dets[ind];
-      if(det)
-       printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
-              det->HiMedium());
-      else
-       printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
-    }
-    printf("\n");
-  }
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
-{
-  //
-  // Load the event generator
-  //
-  if(!fGenerator) fGenerator = generator;
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
-{
-  //
-  // Load the event generator
-  //
-  if(fGenerator)
-    if(generator)
-      Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
-             fGenerator->GetName(),generator->GetName());
-    else
-      Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
-             fGenerator->GetName());
-  fGenerator = generator;
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliRun::SetTransPar(char* filename)
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::ResetDigits()
 {
   //
-  // Read filename to set the transport parameters
-  //
-
-
-  const Int_t ncuts=10;
-  const Int_t nflags=11;
-  const Int_t npars=ncuts+nflags;
-  const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
-                              "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
-                              "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
-                              "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
-  char line[256];
-  char detName[7];
-  char* filtmp;
-  Float_t cut[ncuts];
-  Int_t flag[nflags];
-  Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
-  FILE *lun;
-  //
-  // See whether the file is there
-  filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
-  lun=fopen(filtmp,"r");
-  delete [] filtmp;
-  if(!lun) {
-    Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
-    return;
-  }
-  //
-  printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
-  printf(" *%59s\n","*");
-  printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
-  printf(" *%59s\n","*");
+  //  Reset all Detectors digits
   //
-  while(1) {
-    // Initialise cuts and flags
-    for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
-    for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
-    itmed=0;
-    for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
-    // Read up to the end of line excluded
-    iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
-    if(iret<0) {
-      //End of file
-      fclose(lun);
-      printf(" *%59s\n","*");
-      printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
-      return;
-    }
-    // Read the end of line
-    fscanf(lun,"%*c");
-    if(!iret) continue;
-    if(line[0]=='*') continue;
-    // Read the numbers
-    iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
-               detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
-               &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
-               &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
-    if(!iret) continue;
-    if(iret<0) {
-      //reading error
-      Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
-      continue;
-    }
-    // Check that the module exist
-    AliModule *mod = GetModule(detName);
-    if(mod) {
-      // Get the array of media numbers
-      TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
-      // Check that the tracking medium code is valid
-      if(0<=itmed && itmed < 100) {
-       ktmed=idtmed[itmed];
-       if(!ktmed) {
-         Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
-         continue;
-       }
-       // Set energy thresholds
-       for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
-         if(cut[kz]>=0) {
-           printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
-                  pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
-           gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
-         }
-       }
-       // Set transport mechanisms
-       for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
-         if(flag[kz]>=0) {
-           printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
-                  pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
-           gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
-         }
-       }
-      } else {
-       Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
-       continue;
-      }
-    } else {
-      Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
-      continue;
-    }
+  TIter next(fModules);
+  AliModule *detector;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+     detector->ResetDigits();
   }
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::ResetSDigits()
 {
   //
-  //  Create the ROOT trees
-  //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
-  //
-
-  char hname[30];
-  //
-  // Analyse options
-  char *K = strstr(option,"K");
-  char *H = strstr(option,"H");
-  char *E = strstr(option,"E");
-  char *D = strstr(option,"D");
-  char *R = strstr(option,"R");
-  //
-  if (K && !fTreeK) {
-    sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
-    fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
-    //  Create a branch for particles
-    fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
-  }
-  if (H && !fTreeH) {
-    sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
-    fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
-    fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
-  }
-  if (D && !fTreeD) {
-    sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
-    fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
-  }
-  if (R && !fTreeR) {
-    sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
-    fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
-  }
-  if (E && !fTreeE) {
-    fTreeE = new TTree("TE","Header");
-    //  Create a branch for Header
-    fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
-  }
+  //  Reset all Detectors digits
   //
-  // Create a branch for hits/digits for each detector
-  // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
-  // will be in turn a subbranch of the detector master branch
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-     if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+     detector->ResetSDigits();
   }
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
-{
-  //
-  // PurifyKine with external parameters
-  //
-  fHgwmk = lastSavedTrack;
-  fNtrack = nofTracks;
-  PurifyKine();
-  return fHgwmk;
-}
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::PurifyKine()
+//_______________________________________________________________________
+
+void AliRun::ResetPoints()
 {
   //
-  // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
-  // and renaming the particle id's in all the hits
+  // Reset all Detectors points
   //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
-  TParticle *part, *partnew, *father;
-  int *map = new int[particles.GetEntries()];
-
-  // Save in Header total number of tracks before compression
-  fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
-
-  // First pass, invalid Daughter information
-  for(i=0; i<fNtrack; i++) {
-    // Preset map, to be removed later
-    if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99;
-    ((TParticle *)particles.UncheckedAt(i))->ResetBit(Daughters_Bit);
-  }
-  // Second pass, build map between old and new numbering
-  for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
-    part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
-    if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
-      
-      // This particle has to be kept
-      map[i]=nkeep;
-      if(i!=nkeep) {
-       
-       // Old and new are different, have to copy
-       partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
-       // Change due to a bug in the HP compiler
-       //      *partnew = *part;
-       memcpy(partnew,part,sizeof(TParticle));
-      } else partnew = part;
-      
-      // as the parent is always *before*, it must be already
-      // in place. This is what we are checking anyway!
-      if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
-       if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
-       partnew->SetFirstMother(map[parent]);
-      }
-      nkeep++;
-    }
-  }
-  fNtrack=nkeep;
-  
-  // Fix daughters information
-  for (i=0; i<fNtrack; i++) {
-    part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
-    parent = part->GetFirstMother();
-    if(parent>=0) {
-      father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
-      if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
-      
-       if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
-       if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
-      } else {
-       // Iitialise daughters info for first pass
-       father->SetFirstDaughter(i);
-       father->SetLastDaughter(i);
-       father->SetBit(Daughters_Bit);
-      }
-    }
-  }
-  
-#ifdef old
-  // Now loop on all detectors and reset the hits
-  AliHit *OneHit;
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-    if (!detector->Hits()) continue;
-    TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
-    if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
-      printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
-            vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
-    for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
-      OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
-      OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
-    }
-  }
-#else
-
-  // Now loop on all registered hit lists
-  TIter next(fHitLists);
-  TCollection *hitList;
-  while((hitList = (TCollection*)next())) {
-    TIter nexthit(hitList);
-    AliHit *hit;
-    while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
-      hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
-    }
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+     detector->ResetPoints();
   }
-#endif
-
-  fHgwmk=nkeep-1;
-  particles.SetLast(fHgwmk);
-  delete [] map;
 }
+//_______________________________________________________________________
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::BeginEvent()
+void AliRun::InitMC(const char *setup)
 {
   //
-  //  Reset all Detectors & kinematics & trees
-  //
-  char hname[30];
+  // Initialize ALICE Simulation run
   //
+  Announce();
 
-  //
-  if(fLego) {
-    fLego->BeginEvent();
+  if(fInitDone) {
+    AliWarning("Cannot initialise AliRun twice!");
     return;
   }
+    
+  if (!fMCApp)  
+    fMCApp=new AliMC(GetName(),GetTitle());
+    
+  gROOT->LoadMacro(setup);
+  gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
 
-  //
-  ResetStack();
-  ResetHits();
-  ResetDigits();
+  fRunLoader->CdGAFile();
 
-  // Initialise event header
-  fHeader.Reset(fRun,fEvent);
+  AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
 
-  if(fTreeK) {
-    fTreeK->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
-    fTreeK->SetName(hname);
-  }
-  if(fTreeH) {
-    fTreeH->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
-    fTreeH->SetName(hname);
-  }
-  if(fTreeD) {
-    fTreeD->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
-    fTreeD->SetName(hname);
-  }
-  if(fTreeR) {
-    fTreeR->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
-    fTreeR->SetName(hname);
-  }
-}
+  fNdets = fModules->GetLast()+1;
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::ResetDigits()
-{
-  //
-  //  Reset all Detectors digits
-  //
   TIter next(fModules);
-  AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-     detector->ResetDigits();
-  }
+  for(Int_t i=0; i<fNdets; ++i)
+   {
+     TObject *objfirst, *objlast;
+     AliModule *detector=dynamic_cast<AliModule*>(fModules->At(i));
+     objlast = gDirectory->GetList()->Last();
+      
+     // Add Detector histograms in Detector list of histograms
+     if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
+     else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
+     while (objfirst) 
+      {
+        detector->Histograms()->Add(objfirst);
+        objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
+      }
+   }
+   
+   fMCApp->Init();
+   
+   //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
+   InitLoaders();
+   fRunLoader->MakeTree("E");
+   if (fLego == 0x0)
+    {
+      fRunLoader->LoadKinematics("RECREATE");
+      fRunLoader->LoadTrackRefs("RECREATE");
+      fRunLoader->LoadHits("all","RECREATE");
+    }
+   fInitDone = kTRUE;
+   //
+   // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
+   fRunLoader->CdGAFile();
+   Write();
+   fEventNrInRun = -1; //important - we start Begin event from increasing current number in run
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::ResetHits()
-{
-  //
-  //  Reset all Detectors hits
-  //
-  TIter next(fModules);
-  AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-     detector->ResetHits();
-  }
-}
+//_______________________________________________________________________
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::ResetPoints()
-{
-  //
-  // Reset all Detectors points
-  //
-  TIter next(fModules);
-  AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-     detector->ResetPoints();
-  }
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
 {
   //
@@ -1335,12 +608,12 @@ void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
   // a positive number of events will cause the finish routine
   // to be called
   //
-
+  fEventsPerRun = nevent;
   // check if initialisation has been done
   if (!fInitDone) InitMC(setup);
   
   // Create the Root Tree with one branch per detector
-  MakeTree("KHDER");
+  //Hits moved to begin event -> now we are crating separate tree for each event
 
   gMC->ProcessRun(nevent);
 
@@ -1348,10 +621,116 @@ void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
   if(nevent>0) FinishRun();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
-                    Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
-                    Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::RunReco(const char *selected, Int_t first, Int_t last)
+{
+  //
+  // Main function to be called to reconstruct Alice event
+  // 
+   Int_t nev = fRunLoader->GetNumberOfEvents();
+   AliDebug(1, Form("Found %d events", nev));
+   Int_t nFirst = first;
+   Int_t nLast  = (last < 0)? nev : last;
+   
+   for (Int_t nevent = nFirst; nevent <= nLast; nevent++) {
+     AliDebug(1, Form("Processing event %d", nevent));
+     GetEvent(nevent);
+     Digits2Reco(selected);
+   }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+
+void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
+{
+
+   // Convert Hits to sumable digits
+   // 
+   for (Int_t nevent=0; nevent<gAlice->TreeE()->GetEntries(); nevent++) {
+     GetEvent(nevent);
+     Hits2SDigits(selected);
+     SDigits2Digits(selected);
+   }  
+}
+
+
+//_______________________________________________________________________
+
+void AliRun::Tree2Tree(Option_t *option, const char *selected)
+{
+  //
+  // Function to transform the content of
+  //  
+  // - TreeH to TreeS (option "S")
+  // - TreeS to TreeD (option "D")
+  // - TreeD to TreeR (option "R")
+  // 
+  // If multiple options are specified ("SDR"), transformation will be done in sequence for
+  // selected detector and for all detectors if none is selected (detector string 
+  // can contain blank separated list of detector names). 
+
+
+   const char *oS = strstr(option,"S");
+   const char *oD = strstr(option,"D");
+   const char *oR = strstr(option,"R");
+   
+   TObjArray *detectors = Detectors();
+
+   TIter next(detectors);
+
+   AliDetector *detector = 0;
+
+   while((detector = dynamic_cast<AliDetector*>(next()))) {
+     if (selected) 
+       if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
+     if (detector->IsActive())
+      { 
+       
+       AliLoader* loader = detector->GetLoader();
+       if (loader == 0x0) continue;
+       
+       if (oS) 
+        {
+          AliDebug(1, Form("Processing Hits2SDigits for %s ...", detector->GetName()));
+          loader->LoadHits("read");
+          if (loader->TreeS() == 0x0) loader->MakeTree("S");
+          detector->MakeBranch(option);
+          detector->SetTreeAddress();
+          detector->Hits2SDigits();
+          loader->UnloadHits();
+          loader->UnloadSDigits();
+        }  
+       if (oD) 
+        {
+          AliDebug(1, Form("Processing SDigits2Digits for %s ...", detector->GetName()));
+          loader->LoadSDigits("read");
+          if (loader->TreeD() == 0x0) loader->MakeTree("D");
+          detector->MakeBranch(option);
+          detector->SetTreeAddress();
+          detector->SDigits2Digits();
+          loader->UnloadSDigits();
+          loader->UnloadDigits();
+        } 
+       if (oR) 
+        {
+          AliDebug(1, Form("Processing Digits2Reco for %s ...", detector->GetName()));
+          loader->LoadDigits("read");
+          if (loader->TreeR() == 0x0) loader->MakeTree("R");
+          detector->MakeBranch(option);
+          detector->SetTreeAddress();
+          detector->Digits2Reco(); 
+          loader->UnloadDigits();
+          loader->UnloadRecPoints();
+
+        }
+     }   
+   }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
+                    Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
+                    Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
 {
   //
   // Generates lego plots of:
@@ -1392,196 +771,210 @@ void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
   //
 
   // check if initialisation has been done
-  if (!fInitDone) InitMC(setup);
-
-  //Save current generator
-  AliGenerator *gen=Generator();
+  // If runloader has been initialized, set the number of events per file to nc1 * nc2
 
+  // Set new generator
+  if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
+  //
+  // Configure Generator
+  gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
+  gener->SetZMax(zmax);
+  gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
+  gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
+  
+  
   //Create Lego object  
-  fLego = new AliLego("lego",ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
+  fLego = new AliLego("lego",gener);
 
+  if (!fInitDone) InitMC(setup);
+  //Save current generator
+  
+  AliGenerator *gen=fMCApp->Generator();
+  fMCApp->ResetGenerator(gener);
   //Prepare MC for Lego Run
   gMC->InitLego();
   
   //Run Lego Object
-  gMC->ProcessRun(ntheta*nphi+1);
-  
-  // Create only the Root event Tree
-  MakeTree("E");
+
+  if (fRunLoader) fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile(nc1 * nc2);
+  //gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
+  gMC->ProcessRun(nc1*nc2);
   
   // End of this run, close files
   FinishRun();
-
+  // Restore current generator
+  fMCApp->ResetGenerator(gen);
   // Delete Lego Object
   delete fLego; fLego=0;
-
-  // Restore current generator
-  SetGenerator(gen);
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
-{ 
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::SetConfigFunction(const char * config) 
+{
   //
-  // Set current track number
+  // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
+  // the run
   //
-  fCurrent = track; 
+  fConfigFunction=config;
 }
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
-                     Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
-                     const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight=1)
-{ 
-  //
-  // Load a track on the stack
-  //
-  // done     0 if the track has to be transported
-  //          1 if not
-  // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
-  // pdg    particle code
-  // pmom     momentum GeV/c
-  // vpos     position 
-  // polar    polarisation 
-  // tof      time of flight in seconds
-  // mecha    production mechanism
-  // ntr      on output the number of the track stored
-  //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  TParticle *particle;
-  Float_t mass;
-  const Int_t firstdaughter=-1;
-  const Int_t lastdaughter=-1;
-  const Int_t KS=0;
-  //  const Float_t tlife=0;
-  
+
+// 
+// MC Application
+// 
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::Field(const Double_t* x, Double_t *b) const
+{
   //
-  // Here we get the static mass
-  // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
-  // if the calculated mass is required
-  // also, this method is potentially dangerous if the mass
-  // used in the MC is not the same of the PDG database
+  // Return the value of the magnetic field
   //
-  mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
-  Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
-                       pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
-  
-  //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
-  //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
+  Float_t xfloat[3];
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) xfloat[i] = x[i]; 
   
-  particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
-                                            lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
-                                            e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
-  //                                        polar[0],polar[1],polar[2],tof,
-  //                                        mecha,weight);
-  ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
-  ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
-  if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
-  //Declare that the daughter information is valid
-  ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetBit(Daughters_Bit);
-  
-  if(parent>=0) {
-    particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
-    particle->SetLastDaughter(fNtrack);
-    if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
-  } else { 
-    //
-    // This is a primary track. Set high water mark for this event
-    fHgwmk=fNtrack;
-    //
-    // Set also number if primary tracks
-    fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
-    fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
+  if (Field()) {
+    Float_t bfloat[3];
+    Field()->Field(xfloat,bfloat);
+    for (Int_t j=0; j<3; j++) b[j] = bfloat[j]; 
+  } 
+  else {
+    AliError("No mag field defined!");
+    b[0]=b[1]=b[2]=0.;
+  }
+}      
+
+// 
+// End of MC Application
+// 
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
+{
+  // Stream an object of class AliRun.
+
+  if (R__b.IsReading()) {
+    if (!gAlice) gAlice = this;
+    AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
+    gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
+
+    gRandom = fRandom;
+  } else {
+    AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
   }
-  ntr = fNtrack++;
 }
+//_______________________________________________________________________
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
+void AliRun::SetGenEventHeader(AliGenEventHeader* header)
+{
+  fRunLoader->GetHeader()->SetGenEventHeader(header);
+}
+//_______________________________________________________________________
+
+Int_t AliRun::GetEvNumber() const
 { 
+//Returns number of current event  
+  if (fRunLoader == 0x0)
+   {
+     AliError("RunLoader is not set. Can not load data.");
+     return -1;
+   }
+
+  return fRunLoader->GetEventNumber();
+}
+//_______________________________________________________________________
+
+void AliRun::SetRunLoader(AliRunLoader* rloader)
+{
   //
-  // flags a track to be kept
+  // Set the loader of the run
   //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
+  fRunLoader = rloader;
+  if (fRunLoader == 0x0) return;
+  
+  TString evfoldname;
+  TFolder* evfold = fRunLoader->GetEventFolder();
+  if (evfold) evfoldname = evfold->GetName();
+  else AliWarning("Did not get Event Folder from Run Loader");
+  
+  if ( fRunLoader->GetAliRun() )
+   {//if alrun already exists in folder
+    if (fRunLoader->GetAliRun() != this )
+     {//and is different than this - crash
+       AliFatal("AliRun is already in Folder and it is not this object");
+       return;//pro forma
+     }//else do nothing
+   }
+  else
+   {
+     evfold->Add(this);//Post this AliRun to Folder
+   }
+  
+  TIter next(fModules);
+  AliModule *module;
+  while((module = (AliModule*)next())) 
+   {
+     if (evfold) AliConfig::Instance()->Add(module,evfoldname);
+     module->SetRunLoader(fRunLoader);
+     AliDetector* detector = dynamic_cast<AliDetector*>(module);
+     if (detector)
+      {
+        AliLoader* loader = fRunLoader->GetLoader(detector);
+        if (loader == 0x0)
+         {
+           AliError(Form("Can not get loader for detector %s", detector->GetName()));
+         }
+        else
+         {
+           AliDebug(1, Form("Setting loader for detector %s", detector->GetName()));
+           detector->SetLoader(loader);
+         }
+      }
+   }
 }
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::StepManager(Int_t id) 
+
+void AliRun::AddModule(AliModule* mod)
 {
   //
-  // Called at every step during transport
+  // Add a module to the module list
   //
+  if (mod == 0x0) return;
+  if (strlen(mod->GetName()) == 0) return;
+  if (GetModuleID(mod->GetName()) >= 0) return;
+  
+  AliDebug(1, mod->GetName());
+  if (fRunLoader == 0x0) AliConfig::Instance()->Add(mod);
+  else AliConfig::Instance()->Add(mod,fRunLoader->GetEventFolder()->GetName());
 
-  //
-  // --- If lego option, do it and leave 
-  if (fLego)
-    fLego->StepManager();
-  else {
-    Int_t copy;
-    //Update energy deposition tables
-    AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
+  Modules()->Add(mod);
   
-    //Call the appropriate stepping routine;
-    AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
-    if(det) det->StepManager();
-  }
+  fNdets++;
 }
 
+
+//_______________________________________________________________________
+Int_t AliRun::GetDebug() const
+{
+  AliWarning("Don't use this method any more, use AliDebug instead");
+  return AliDebugLevel();
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::SetDebug(Int_t level)
+{
+  AliWarning("Don't use this method any more, use AliLog instead");
+  AliLog::SetClassDebugLevel("AliRun", level);
+}
+
+
+// added by Alberto Colla
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
+/*inline*/ Bool_t AliRun::IsFileAccessible(const char* fnam, EAccessMode mode)
+{ return !gSystem->AccessPathName(fnam,mode);}
+
+//______________________________________________________
+/*inline*/ Bool_t AliRun::IsFileAccessible(Char_t* name,EAccessMode mode)
 {
-  //
-  // Stream an object of class AliRun.
-  //
-  if (R__b.IsReading()) {
-    Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
-    TNamed::Streamer(R__b);
-    if (!gAlice) gAlice = this;
-    gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
-    fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
-    if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
-    else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
-    R__b >> fNtrack;
-    R__b >> fHgwmk;
-    R__b >> fDebug;
-    fHeader.Streamer(R__b);
-    R__b >> fModules;
-    R__b >> fParticles;
-    R__b >> fField; 
-    //    R__b >> fMC;
-    R__b >> fNdets;
-    R__b >> fTrRmax;
-    R__b >> fTrZmax;
-    R__b >> fGenerator;
-    if(R__v>1) {
-      R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
-      fTreeE->GetEntry(0);
-    } else {
-      fHeader.SetEvent(0);
-      fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
-    }
-    if(R__v>2) {
-      fConfigFunction.Streamer(R__b);
-    } else {
-      fConfigFunction="Config();";
-    }
-  } else {
-    R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
-    TNamed::Streamer(R__b);
-    R__b << fNtrack;
-    R__b << fHgwmk;
-    R__b << fDebug;
-    fHeader.Streamer(R__b);
-    R__b << fModules;
-    R__b << fParticles;
-    R__b << fField;
-    //    R__b << fMC;
-    R__b << fNdets;
-    R__b << fTrRmax;
-    R__b << fTrZmax;
-    R__b << fGenerator;
-    R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
-    fConfigFunction.Streamer(R__b);
-  }
-} 
+  TString str = name; gSystem->ExpandPathName(str);
+  return !gSystem->AccessPathName(str.Data(),mode);
+}
+
+