]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliSimulation.cxx
Calling MisalignGeometry in case of old Root versions (Andrei)
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliSimulation.cxx
index 9813e6f3b856c73c5f6d86ef894789f5be19046b..f7a3a0cc27c29b60e5fa2ba4d3c63a2677337f9a 100644 (file)
 //                                                                           //
 //   sim.SetWriteRawData("MUON");   // write raw data for MUON               //
 //                                                                           //
+// The default output format of the raw data are DDL files. They are         //
+// converted to a DATE file, if a file name is given as second argument.     //
+// For this conversion the program "dateStream" is required. If the file     //
+// name has the extension ".root", the DATE file is converted to a root      //
+// file. The program "alimdc" is used for this purpose. For the conversion   //
+// to DATE and root format the two conversion programs have to be installed. //
+// Only the raw data in the final format is kept if the third argument is    //
+// kTRUE.                                                                    //
+//                                                                           //
 // The methods RunSimulation, RunSDigitization, RunDigitization,             //
 // RunHitsDigitization and WriteRawData can be used to run only parts of     //
-// the full simulation chain.                                                //
+// the full simulation chain. The creation of raw data DDL files and their   //
+// conversion to the DATE or root format can be run directly by calling      //
+// the methods WriteRawFiles, ConvertRawFilesToDate and ConvertDateToRoot.   //
+//                                                                           //
+// The default number of events per file, which is usually set in the        //
+// config file, can be changed for individual detectors and data types       //
+// by calling                                                                //
+//                                                                           //
+//   sim.SetEventsPerFile("PHOS", "Reconstructed Points", 3);                //
+//                                                                           //
+// The first argument is the detector, the second one the data type and the  //
+// last one the number of events per file. Valid data types are "Hits",      //
+// "Summable Digits", "Digits", "Reconstructed Points" and "Tracks".         //
+// The number of events per file has to be set before the simulation of      //
+// hits. Otherwise it has no effect.                                         //
 //                                                                           //
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
-
-#include "AliSimulation.h"
-#include "AliRunLoader.h"
-#include "AliRun.h"
-#include "AliModule.h"
-#include "AliGenerator.h"
-#include "AliVertexGenFile.h"
-#include "AliRunDigitizer.h"
-#include "AliDigitizer.h"
+#include <TVirtualMCApplication.h>
+#include <TGeoManager.h>
 #include <TObjString.h>
+#include <TStopwatch.h>
 #include <TSystem.h>
-
+#include <TFile.h>
+
+#include "AliCDBStorage.h"
+#include "AliCDBEntry.h"
+#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliGeomManager.h"
+#include "AliAlignObj.h"
+#include "AliCentralTrigger.h"
+#include "AliDAQ.h"
+#include "AliDigitizer.h"
+#include "AliGenerator.h"
+#include "AliLog.h"
+#include "AliModule.h"
+#include "AliRun.h"
+#include "AliRunDigitizer.h"
+#include "AliRunLoader.h"
+#include "AliSimulation.h"
+#include "AliVertexGenFile.h"
+#include "AliCentralTrigger.h"
+#include "AliCTPRawData.h"
+#include "AliRawReaderFile.h"
+#include "AliESD.h"
+#include "AliHeader.h"
+#include "AliGenEventHeader.h"
+#include "AliMC.h"
 
 ClassImp(AliSimulation)
 
+AliSimulation *AliSimulation::fgInstance = 0;
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliSimulation::AliSimulation(const char* configFileName,
+AliSimulation::AliSimulation(const char* configFileName, const char* cdbUri,
                             const char* name, const char* title) :
   TNamed(name, title),
 
   fRunGeneration(kTRUE),
   fRunSimulation(kTRUE),
+  fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
+  fLoadAlObjsListOfDets("ALL"),
   fMakeSDigits("ALL"),
   fMakeDigits("ALL"),
+  fMakeTrigger(""),
   fMakeDigitsFromHits(""),
   fWriteRawData(""),
+  fRawDataFileName(""),
+  fDeleteIntermediateFiles(kFALSE),
   fStopOnError(kFALSE),
 
   fNEvents(1),
   fConfigFileName(configFileName),
   fGAliceFileName("galice.root"),
+  fEventsPerFile(),
   fBkgrdFileNames(NULL),
+  fAlignObjArray(NULL),
   fUseBkgrdVertex(kTRUE),
-  fRegionOfInterest(kTRUE)
+  fRegionOfInterest(kFALSE),
+  fCDBUri(cdbUri),
+  fSpecCDBUri(),
+  fEmbeddingFlag(kFALSE)
 {
 // create simulation object with default parameters
-
+  fgInstance = this;
   SetGAliceFile("galice.root");
 }
 
@@ -129,26 +181,46 @@ AliSimulation::AliSimulation(const AliSimulation& sim) :
 
   fRunGeneration(sim.fRunGeneration),
   fRunSimulation(sim.fRunSimulation),
+  fLoadAlignFromCDB(sim.fLoadAlignFromCDB),
+  fLoadAlObjsListOfDets(sim.fLoadAlObjsListOfDets),
   fMakeSDigits(sim.fMakeSDigits),
   fMakeDigits(sim.fMakeDigits),
+  fMakeTrigger(sim.fMakeTrigger),
   fMakeDigitsFromHits(sim.fMakeDigitsFromHits),
   fWriteRawData(sim.fWriteRawData),
+  fRawDataFileName(""),
+  fDeleteIntermediateFiles(kFALSE),
   fStopOnError(sim.fStopOnError),
 
   fNEvents(sim.fNEvents),
   fConfigFileName(sim.fConfigFileName),
   fGAliceFileName(sim.fGAliceFileName),
+  fEventsPerFile(),
   fBkgrdFileNames(NULL),
+  fAlignObjArray(NULL),
   fUseBkgrdVertex(sim.fUseBkgrdVertex),
-  fRegionOfInterest(sim.fRegionOfInterest)
+  fRegionOfInterest(sim.fRegionOfInterest),
+  fCDBUri(sim.fCDBUri),
+  fSpecCDBUri(),
+  fEmbeddingFlag(sim.fEmbeddingFlag)
 {
 // copy constructor
 
+  for (Int_t i = 0; i < sim.fEventsPerFile.GetEntriesFast(); i++) {
+    if (!sim.fEventsPerFile[i]) continue;
+    fEventsPerFile.Add(sim.fEventsPerFile[i]->Clone());
+  }
+
   fBkgrdFileNames = new TObjArray;
   for (Int_t i = 0; i < sim.fBkgrdFileNames->GetEntriesFast(); i++) {
     if (!sim.fBkgrdFileNames->At(i)) continue;
     fBkgrdFileNames->Add(sim.fBkgrdFileNames->At(i)->Clone());
   }
+
+  for (Int_t i = 0; i < sim.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
+    if (sim.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(sim.fSpecCDBUri[i]->Clone());
+  }
+  fgInstance = this;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -166,10 +238,17 @@ AliSimulation::~AliSimulation()
 {
 // clean up
 
+  fEventsPerFile.Delete();
+//  if(fAlignObjArray) fAlignObjArray->Delete(); // fAlignObjArray->RemoveAll() ???
+//  delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=0;
+
   if (fBkgrdFileNames) {
     fBkgrdFileNames->Delete();
     delete fBkgrdFileNames;
   }
+
+  fSpecCDBUri.Delete();
+  if (fgInstance==this) fgInstance = 0;
 }
 
 
@@ -181,6 +260,67 @@ void AliSimulation::SetNumberOfEvents(Int_t nEvents)
   fNEvents = nEvents;
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+void AliSimulation::InitCDBStorage()
+{
+// activate a default CDB storage
+// First check if we have any CDB storage set, because it is used 
+// to retrieve the calibration and alignment constants
+
+  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
+  if (man->IsDefaultStorageSet())
+  {
+    AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
+    AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
+    AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    fCDBUri = "";
+  }
+  else {
+    AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s",fCDBUri.Data()));
+    AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
+  }
+
+  // Now activate the detector specific CDB storage locations
+  for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
+    TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
+    if (!obj) continue;
+    AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
+    AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
+  }
+  man->Print();
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliSimulation::SetDefaultStorage(const char* uri) {
+// Store the desired default CDB storage location
+// Activate it later within the Run() method
+
+  fCDBUri = uri;
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliSimulation::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
+// Store a detector-specific CDB storage location
+// Activate it later within the Run() method
+
+  AliCDBPath aPath(calibType);
+  if(!aPath.IsValid()){
+       AliError(Form("Not a valid path: %s", calibType));
+       return;
+  }
+
+  TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(calibType);
+  if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
+  fSpecCDBUri.Add(new TNamed(calibType, uri));
+
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliSimulation::SetConfigFile(const char* fileName)
 {
@@ -202,6 +342,119 @@ void AliSimulation::SetGAliceFile(const char* fileName)
     fGAliceFileName = absFileName;
     delete[] absFileName;
   }
+
+  AliDebug(2, Form("galice file name set to %s", fileName));
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliSimulation::SetEventsPerFile(const char* detector, const char* type, 
+                                    Int_t nEvents)
+{
+// set the number of events per file for the given detector and data type
+// ("Hits", "Summable Digits", "Digits", "Reconstructed Points" or "Tracks")
+
+  TNamed* obj = new TNamed(detector, type);
+  obj->SetUniqueID(nEvents);
+  fEventsPerFile.Add(obj);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliSimulation::MisalignGeometry(AliRunLoader *runLoader)
+{
+  // Read the alignment objects from CDB.
+  // Each detector is supposed to have the
+  // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
+  // All the detector objects are then collected,
+  // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
+  // then applied to the TGeo geometry.
+  // Finally an overlaps check is performed.
+
+  Bool_t delRunLoader = kFALSE;
+  if (!runLoader) {
+    runLoader = LoadRun("READ");
+    if (!runLoader) return kFALSE;
+    delRunLoader = kTRUE;
+  }
+
+  // Export ideal geometry 
+  if (gGeoManager) gGeoManager->Export("geometry.root");
+
+  // Load alignment data from CDB and apply to geometry through AliGeomManager
+  if(fLoadAlignFromCDB){
+    
+    TString detStr = fLoadAlObjsListOfDets;
+    TString loadAlObjsListOfDets = "";
+    
+    TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
+    for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
+      AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
+      if (!det || !det->IsActive()) continue;
+      if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
+       //add det to list of dets to be aligned from CDB
+       loadAlObjsListOfDets += det->GetName();
+       loadAlObjsListOfDets += " ";
+      }
+    } // end loop over detectors
+    (AliGeomManager::Instance())->ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
+  }else{
+    // Check if the array with alignment objects was
+    // provided by the user. If yes, apply the objects
+    // to the present TGeo geometry
+    if (fAlignObjArray) {
+      if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
+       if ((AliGeomManager::Instance())->ApplyAlignObjsToGeom(fAlignObjArray) == kFALSE) {
+         AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
+                  "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
+         if (delRunLoader) delete runLoader;
+         return kFALSE;
+       }
+      }
+      else {
+       AliError("Can't apply the misalignment! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
+       if (delRunLoader) delete runLoader;
+       return kFALSE;
+      }
+    }
+  }
+
+  // Update the internal geometry of modules (ITS needs it)
+  TString detStr = fLoadAlObjsListOfDets;
+  TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
+
+    AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
+    if (!det || !det->IsActive()) continue;
+    if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
+      det->UpdateInternalGeometry();
+    }
+  } // end loop over detectors
+
+
+  if (delRunLoader) delete runLoader;
+
+  // Update the TGeoPhysicalNodes
+  gGeoManager->RefreshPhysicalNodes();
+
+  return kTRUE;
+}
+
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliSimulation::SetRunNumber()
+{
+  // Set the CDB manager run number
+  // The run number is retrieved from gAlice
+
+  if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() < 0) {
+    AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
+    if (!runLoader) return kFALSE;
+    else {
+      AliCDBManager::Instance()->SetRun(runLoader->GetAliRun()->GetRunNumber());
+      AliInfo(Form("Run number: %d",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
+      delete runLoader;
+    }
+  }
+  return kTRUE;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -215,12 +468,20 @@ void AliSimulation::MergeWith(const char* fileName, Int_t nSignalPerBkgrd)
   fBkgrdFileNames->Add(fileNameStr);
 }
 
+void AliSimulation::EmbedInto(const char* fileName, Int_t nSignalPerBkgrd)
+{
+// add a file with background events for embeddin
+  MergeWith(fileName, nSignalPerBkgrd);
+  fEmbeddingFlag = kTRUE;
+}
 
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliSimulation::Run(Int_t nEvents)
 {
 // run the generation, simulation and digitization
 
+  InitCDBStorage();
+
   if (nEvents > 0) fNEvents = nEvents;
 
   // generation and simulation -> hits
@@ -228,6 +489,17 @@ Bool_t AliSimulation::Run(Int_t nEvents)
     if (!RunSimulation()) if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
 
+  // Set run number in CDBManager (if it is not already set in RunSimulation)
+  if (!SetRunNumber()) if (fStopOnError) return kFALSE;
+
+  // If RunSimulation was not called, load the geometry and misalign it
+  if (!gGeoManager) {
+    TGeoManager::Import("geometry.root");
+    if (!gGeoManager) if (fStopOnError) return kFALSE;
+    // Initialize the geometry manager (if not already done)
+    if(!MisalignGeometry()) if (fStopOnError) return kFALSE;
+  }
+
   // hits -> summable digits
   if (!fMakeSDigits.IsNull()) {
     if (!RunSDigitization(fMakeSDigits)) if (fStopOnError) return kFALSE;
@@ -243,19 +515,25 @@ Bool_t AliSimulation::Run(Int_t nEvents)
   // hits -> digits
   if (!fMakeDigitsFromHits.IsNull()) {
     if (fBkgrdFileNames && (fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() > 0)) {
-      Warning("Run", "Merging and direct creation of digits from hits " 
-             "was selected for some detectors. "
-             "No merging will be done for the following detectors: %s",
-             fMakeDigitsFromHits.Data());
+      AliWarning(Form("Merging and direct creation of digits from hits " 
+                 "was selected for some detectors. "
+                 "No merging will be done for the following detectors: %s",
+                 fMakeDigitsFromHits.Data()));
     }
     if (!RunHitsDigitization(fMakeDigitsFromHits)) {
       if (fStopOnError) return kFALSE;
     }
   }
 
+  // digits -> trigger
+  if (!RunTrigger(fMakeTrigger)) {
+    if (fStopOnError) return kFALSE;
+  }
+
   // digits -> raw data
   if (!fWriteRawData.IsNull()) {
-    if (!WriteRawData(fWriteRawData)) {
+    if (!WriteRawData(fWriteRawData, fRawDataFileName, 
+                     fDeleteIntermediateFiles)) {
       if (fStopOnError) return kFALSE;
     }
   }
@@ -263,6 +541,61 @@ Bool_t AliSimulation::Run(Int_t nEvents)
   return kTRUE;
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliSimulation::RunTrigger(const char* descriptors)
+{
+  // run the trigger
+
+   TStopwatch stopwatch;
+   stopwatch.Start();
+
+   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
+   if (!runLoader) return kFALSE;
+   TString des = descriptors;
+
+   if (des.IsNull()) {
+     if (gAlice->GetTriggerDescriptor() != "") {
+       des = gAlice->GetTriggerDescriptor();
+     }
+     else {
+       AliWarning("No trigger descriptor is specified. Skipping the trigger simulation...");
+       return kTRUE;
+     }
+   }
+
+   runLoader->MakeTree( "GG" );
+   AliCentralTrigger* aCTP = runLoader->GetTrigger();
+  // Load Descriptors
+   aCTP->LoadDescriptor( des );
+
+  // digits -> trigger
+   if( !aCTP->RunTrigger( runLoader ) ) {
+      if (fStopOnError) {
+    //  delete aCTP;
+         return kFALSE;
+      }
+   }
+
+   AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+           stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+
+   delete runLoader;
+
+   return kTRUE;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliSimulation::WriteTriggerRawData()
+{
+  // Writes the CTP (trigger) DDL raw data
+  // Details of the format are given in the
+  // trigger TDR - pages 134 and 135.
+  AliCTPRawData writer;
+  writer.RawData();
+
+  return kTRUE;
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliSimulation::RunSimulation(Int_t nEvents)
 {
@@ -272,29 +605,61 @@ Bool_t AliSimulation::RunSimulation(Int_t nEvents)
   stopwatch.Start();
 
   if (!gAlice) {
-    Error("RunSimulation", "no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
+    AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
     return kFALSE;
   }
   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
-    Error("RunSimulation", 
-         "gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
+    AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
     return kFALSE;
   }
 
-  Info("RunSimulation", "initializing gAlice with config file %s",
-       fConfigFileName.Data());
-  gAlice->Init(fConfigFileName.Data());
+  AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",
+          fConfigFileName.Data()));
+  StdoutToAliInfo(StderrToAliError(
+    gAlice->Init(fConfigFileName.Data());
+  ););
+
+  // Get the trigger descriptor string
+  // Either from AliSimulation or from
+  // gAlice
+  if (fMakeTrigger.IsNull()) {
+    if (gAlice->GetTriggerDescriptor() != "")
+      fMakeTrigger = gAlice->GetTriggerDescriptor();
+  }
+  else
+    gAlice->SetTriggerDescriptor(fMakeTrigger.Data());
+
+  // Set run number in CDBManager
+  AliCDBManager::Instance()->SetRun(gAlice->GetRunNumber());
+  AliInfo(Form("Run number: %d",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
+
   AliRunLoader* runLoader = gAlice->GetRunLoader();
   if (!runLoader) {
-    Error("RunSimulation", "gAlice has no run loader object. "
-         "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data());
-    return kFALSE;
+             AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
+                            "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
+             return kFALSE;
   }
   SetGAliceFile(runLoader->GetFileName());
+  // Misalign geometry
+#if ROOT_VERSION_CODE < 331527
+  MisalignGeometry(runLoader);
+#endif
+
+  // Export (mis)aligned geometry 
+  if (gGeoManager) gGeoManager->Export("misaligned_geometry.root");
+
+//   AliRunLoader* runLoader = gAlice->GetRunLoader();
+//   if (!runLoader) {
+//     AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
+//                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
+//     return kFALSE;
+//   }
+//   SetGAliceFile(runLoader->GetFileName());
 
   if (!gAlice->Generator()) {
-    Error("RunSimulation", "gAlice has no generator object. "
-         "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data());
+    AliError(Form("gAlice has no generator object. "
+                  "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
     return kFALSE;
   }
   if (nEvents <= 0) nEvents = fNEvents;
@@ -305,9 +670,9 @@ Bool_t AliSimulation::RunSimulation(Int_t nEvents)
     Int_t signalPerBkgrd = GetNSignalPerBkgrd(nEvents);
     const char* fileName = ((TObjString*)
                            (fBkgrdFileNames->At(0)))->GetName();
-    Info("RunSimulation", "The vertex will be taken from the background "
-        "file %s with nSignalPerBackground = %d", 
-        fileName, signalPerBkgrd);
+    AliInfo(Form("The vertex will be taken from the background "
+                 "file %s with nSignalPerBackground = %d", 
+                 fileName, signalPerBkgrd));
     AliVertexGenFile* vtxGen = new AliVertexGenFile(fileName, signalPerBkgrd);
     gAlice->Generator()->SetVertexGenerator(vtxGen);
   }
@@ -316,13 +681,42 @@ Bool_t AliSimulation::RunSimulation(Int_t nEvents)
     gAlice->Generator()->SetTrackingFlag(0);
   }
 
-  Info("RunSimulation", "running gAlice");
-  gAlice->Run(nEvents);
+  // set the number of events per file for given detectors and data types
+  for (Int_t i = 0; i < fEventsPerFile.GetEntriesFast(); i++) {
+    if (!fEventsPerFile[i]) continue;
+    const char* detName = fEventsPerFile[i]->GetName();
+    const char* typeName = fEventsPerFile[i]->GetTitle();
+    TString loaderName(detName);
+    loaderName += "Loader";
+    AliLoader* loader = runLoader->GetLoader(loaderName);
+    if (!loader) {
+      AliError(Form("RunSimulation", "no loader for %s found\n"
+                    "Number of events per file not set for %s %s", 
+                    detName, typeName, detName));
+      continue;
+    }
+    AliDataLoader* dataLoader = 
+      loader->GetDataLoader(typeName);
+    if (!dataLoader) {
+      AliError(Form("no data loader for %s found\n"
+                    "Number of events per file not set for %s %s", 
+                    typeName, detName, typeName));
+      continue;
+    }
+    dataLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fEventsPerFile[i]->GetUniqueID());
+    AliDebug(1, Form("number of events per file set to %d for %s %s",
+                     fEventsPerFile[i]->GetUniqueID(), detName, typeName));
+  }
+
+  AliInfo("running gAlice");
+  StdoutToAliInfo(StderrToAliError(
+    gAlice->Run(nEvents);
+  ););
 
   delete runLoader;
 
-  Info("RunSimulation", "execution time:");
-  stopwatch.Print();
+  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 
   return kTRUE;
 }
@@ -344,26 +738,25 @@ Bool_t AliSimulation::RunSDigitization(const char* detectors)
     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
     if (!det || !det->IsActive()) continue;
     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
-      Info("RunSDigitization", "creating summable digits for %s", 
-          det->GetName());
+      AliInfo(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
       TStopwatch stopwatchDet;
       stopwatchDet.Start();
       det->Hits2SDigits();
-      Info("RunSDigitization", "execution time for %s:", det->GetName());
-      stopwatchDet.Print();
+      AliInfo(Form("Execution time for %s: R:%.2fs C:%.2fs",
+          det->GetName(),stopwatchDet.RealTime(),stopwatchDet.CpuTime()));
     }
   }
 
   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
-    Error("RunSDigitization", "the following detectors were not found: %s", 
-         detStr.Data());
+    AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
+                  detStr.Data()));
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
 
   delete runLoader;
 
-  Info("RunSDigitization", "execution time:");
-  stopwatch.Print();
+  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+          stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 
   return kTRUE;
 }
@@ -386,6 +779,7 @@ Bool_t AliSimulation::RunDigitization(const char* detectors,
   if (fBkgrdFileNames) nStreams = fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() + 1;
   Int_t signalPerBkgrd = GetNSignalPerBkgrd();
   AliRunDigitizer* manager = new AliRunDigitizer(nStreams, signalPerBkgrd);
+  // manager->SetEmbeddingFlag(fEmbeddingFlag);
   manager->SetInputStream(0, fGAliceFileName.Data());
   for (Int_t iStream = 1; iStream < nStreams; iStream++) {
     const char* fileName = ((TObjString*)
@@ -405,8 +799,9 @@ Bool_t AliSimulation::RunDigitization(const char* detectors,
     if (IsSelected(det->GetName(), detStr) && 
        !IsSelected(det->GetName(), detExcl)) {
       AliDigitizer* digitizer = det->CreateDigitizer(manager);
+      
       if (!digitizer) {
-       Error("RunDigitization", "no digitizer for %s", det->GetName());
+       AliError(Form("no digitizer for %s", det->GetName()));
        if (fStopOnError) return kFALSE;
       } else {
        digitizer->SetRegionOfInterest(fRegionOfInterest);
@@ -415,21 +810,21 @@ Bool_t AliSimulation::RunDigitization(const char* detectors,
   }
 
   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
-    Error("RunDigitization", "the following detectors were not found: %s", 
-         detStr.Data());
+    AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
+                  detStr.Data()));
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
 
   if (!manager->GetListOfTasks()->IsEmpty()) {
-    Info("RunDigitization", "executing digitization");
+    AliInfo("executing digitization");
     manager->Exec("");
   }
 
   delete manager;
 
-  Info("RunDigitization", "execution time:");
-  stopwatch.Print();
-
+  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+  
   return kTRUE;
 }
 
@@ -441,7 +836,7 @@ Bool_t AliSimulation::RunHitsDigitization(const char* detectors)
   TStopwatch stopwatch;
   stopwatch.Start();
 
-  AliRunLoader* runLoader = LoadRun();
+  AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
   if (!runLoader) return kFALSE;
 
   TString detStr = detectors;
@@ -450,46 +845,99 @@ Bool_t AliSimulation::RunHitsDigitization(const char* detectors)
     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
     if (!det || !det->IsActive()) continue;
     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
-      Info("RunHitsDigitization", "creating digits from hits for %s", 
-          det->GetName());
+      AliInfo(Form("creating digits from hits for %s", det->GetName()));
       det->Hits2Digits();
     }
   }
 
   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
-    Error("RunHitsDigitization", "the following detectors were not found: %s", 
-         detStr.Data());
+    AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
+                  detStr.Data()));
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
 
   delete runLoader;
+  //PH Temporary fix to avoid interference with the PHOS loder/getter
+  //PH The problem has to be solved in more general way 09/06/05
 
-  Info("RunHitsDigitization", "execution time:");
-  stopwatch.Print();
+  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 
   return kTRUE;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliSimulation::WriteRawData(const char* detectors)
+Bool_t AliSimulation::WriteRawData(const char* detectors, 
+                                  const char* fileName,
+                                  Bool_t deleteIntermediateFiles)
 {
 // convert the digits to raw data
+// First DDL raw data files for the given detectors are created.
+// If a file name is given, the DDL files are then converted to a DATE file.
+// If deleteIntermediateFiles is true, the DDL raw files are deleted 
+// afterwards.
+// If the file name has the extension ".root", the DATE file is converted
+// to a root file.
+// If deleteIntermediateFiles is true, the DATE file is deleted afterwards.
 
   TStopwatch stopwatch;
   stopwatch.Start();
 
-  AliRunLoader* runLoader = LoadRun();
+  if (!WriteRawFiles(detectors)) {
+    if (fStopOnError) return kFALSE;
+  }
+
+  TString dateFileName(fileName);
+  if (!dateFileName.IsNull()) {
+    Bool_t rootOutput = dateFileName.EndsWith(".root");
+    if (rootOutput) dateFileName += ".date";
+    if (!ConvertRawFilesToDate(dateFileName)) {
+      if (fStopOnError) return kFALSE;
+    }
+    if (deleteIntermediateFiles) {
+      AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
+      if (runLoader) for (Int_t iEvent = 0; 
+                         iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
+       char command[256];
+       sprintf(command, "rm -r raw%d", iEvent);
+       gSystem->Exec(command);
+      }
+    }
+
+    if (rootOutput) {
+      if (!ConvertDateToRoot(dateFileName, fileName)) {
+       if (fStopOnError) return kFALSE;
+      }
+      if (deleteIntermediateFiles) {
+       gSystem->Unlink(dateFileName);
+      }
+    }
+  }
+
+  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+
+  return kTRUE;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliSimulation::WriteRawFiles(const char* detectors)
+{
+// convert the digits to raw data DDL files
+
+  AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
   if (!runLoader) return kFALSE;
 
+  // write raw data to DDL files
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
-    Info("WriteRawData", "processing event %d", iEvent);
+    AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
     runLoader->GetEvent(iEvent);
     TString baseDir = gSystem->WorkingDirectory();
     char dirName[256];
     sprintf(dirName, "raw%d", iEvent);
     gSystem->MakeDirectory(dirName);
     if (!gSystem->ChangeDirectory(dirName)) {
-      Error("WriteRawData", "couldn't change to directory %s", dirName);
+      AliError(Form("couldn't change to directory %s", dirName));
       if (fStopOnError) return kFALSE; else continue;
     }
 
@@ -499,48 +947,162 @@ Bool_t AliSimulation::WriteRawData(const char* detectors)
       AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
       if (!det || !det->IsActive()) continue;
       if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
-       Info("WriteRawData", "creating raw data from digits for %s", 
-            det->GetName());
+       AliInfo(Form("creating raw data from digits for %s", det->GetName()));
        det->Digits2Raw();
       }
     }
 
+    if (!WriteTriggerRawData())
+      if (fStopOnError) return kFALSE;
+
     gSystem->ChangeDirectory(baseDir);
     if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
-      Error("WriteRawData", "the following detectors were not found: %s", 
-           detStr.Data());
+      AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
+                    detStr.Data()));
       if (fStopOnError) return kFALSE;
     }
   }
 
   delete runLoader;
+  return kTRUE;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliSimulation::ConvertRawFilesToDate(const char* dateFileName)
+{
+// convert raw data DDL files to a DATE file with the program "dateStream"
 
-  Info("WriteRawData", "execution time:");
-  stopwatch.Print();
+  char* path = gSystem->Which(gSystem->Getenv("PATH"), "dateStream");
+  if (!path) {
+    AliError("the program dateStream was not found");
+    if (fStopOnError) return kFALSE;
+  } else {
+    delete[] path;
+  }
 
-  return kTRUE;
+  AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
+  if (!runLoader) return kFALSE;
+
+  AliInfo(Form("converting raw data DDL files to DATE file %s", dateFileName));
+  char command[256];
+  // Note the option -s. It is used in order to avoid
+  // the generation of SOR/EOR events.
+  sprintf(command, "dateStream -s -D -o %s -# %d -C", 
+         dateFileName, runLoader->GetNumberOfEvents());
+  FILE* pipe = gSystem->OpenPipe(command, "w");
+
+  for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
+    fprintf(pipe, "GDC\n");
+    Float_t ldc = 0;
+    Int_t prevLDC = -1;
+
+    // loop over detectors and DDLs
+    for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors; iDet++) {
+      for (Int_t iDDL = 0; iDDL < AliDAQ::NumberOfDdls(iDet); iDDL++) {
+
+        Int_t ddlID = AliDAQ::DdlID(iDet,iDDL);
+        Int_t ldcID = Int_t(ldc + 0.0001);
+        ldc += AliDAQ::NumberOfLdcs(iDet) / AliDAQ::NumberOfDdls(iDet);
+
+        char rawFileName[256];
+        sprintf(rawFileName, "raw%d/%s", 
+                iEvent, AliDAQ::DdlFileName(iDet,iDDL));
+
+       // check existence and size of raw data file
+        FILE* file = fopen(rawFileName, "rb");
+        if (!file) continue;
+        fseek(file, 0, SEEK_END);
+        unsigned long size = ftell(file);
+       fclose(file);
+        if (!size) continue;
+
+        if (ldcID != prevLDC) {
+          fprintf(pipe, " LDC Id %d\n", ldcID);
+          prevLDC = ldcID;
+        }
+        fprintf(pipe, "  Equipment Id %d Payload %s\n", ddlID, rawFileName);
+      }
+    }
+  }
+
+  Int_t result = gSystem->ClosePipe(pipe);
+
+  delete runLoader;
+  return (result == 0);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliSimulation::ConvertDateToRoot(const char* dateFileName,
+                                       const char* rootFileName)
+{
+// convert a DATE file to a root file with the program "alimdc"
+
+  // ALIMDC setup
+  const Int_t kDBSize = 2000000000;
+  const Int_t kTagDBSize = 1000000000;
+  const Bool_t kFilter = kFALSE;
+  const Int_t kCompression = 0;
+
+  char* path = gSystem->Which(gSystem->Getenv("PATH"), "alimdc");
+  if (!path) {
+    AliError("the program alimdc was not found");
+    if (fStopOnError) return kFALSE;
+  } else {
+    delete[] path;
+  }
+
+  AliInfo(Form("converting DATE file %s to root file %s", 
+               dateFileName, rootFileName));
+
+  const char* rawDBFS[2] = { "/tmp/mdc1", "/tmp/mdc2" };
+  const char* tagDBFS    = "/tmp/mdc1/tags";
+
+  // User defined file system locations
+  if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1")) 
+    rawDBFS[0] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1");
+  if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2")) 
+    rawDBFS[1] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2");
+  if (gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB")) 
+    tagDBFS = gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB");
+
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
+
+  gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[0]));
+  gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[1]));
+  gSystem->Exec(Form("mkdir %s",tagDBFS));
+
+  Int_t result = gSystem->Exec(Form("alimdc %d %d %d %d %s", 
+                                   kDBSize, kTagDBSize, kFilter, kCompression, dateFileName));
+  gSystem->Exec(Form("mv %s/*.root %s", rawDBFS[0], rootFileName));
+
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
+
+  return (result == 0);
 }
 
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliRunLoader* AliSimulation::LoadRun() const
+AliRunLoader* AliSimulation::LoadRun(const char* mode) const
 {
 // delete existing run loaders, open a new one and load gAlice
 
   while (AliRunLoader::GetRunLoader()) delete AliRunLoader::GetRunLoader();
   AliRunLoader* runLoader = 
     AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(), 
-                      AliConfig::GetDefaultEventFolderName(), "UPDATE");
+                      AliConfig::GetDefaultEventFolderName(), mode);
   if (!runLoader) {
-    Error("LoadRun", "no run loader found in file %s", 
-         fGAliceFileName.Data());
+    AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
     return NULL;
   }
   runLoader->LoadgAlice();
   gAlice = runLoader->GetAliRun();
   if (!gAlice) {
-    Error("LoadRun", "no gAlice object found in file %s", 
-         fGAliceFileName.Data());
+    AliError(Form("no gAlice object found in file %s", 
+                  fGAliceFileName.Data()));
     return NULL;
   }
   return runLoader;
@@ -558,8 +1120,9 @@ Int_t AliSimulation::GetNSignalPerBkgrd(Int_t nEvents) const
   // get the number of signal events
   if (nEvents <= 0) {
     AliRunLoader* runLoader = 
-      AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(), "SIGNAL");
+       AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(), "SIGNAL");
     if (!runLoader) return 1;
+    
     nEvents = runLoader->GetNumberOfEvents();
     delete runLoader;
   }
@@ -569,29 +1132,28 @@ Int_t AliSimulation::GetNSignalPerBkgrd(Int_t nEvents) const
     // get the number of background events
     const char* fileName = ((TObjString*)
                            (fBkgrdFileNames->At(iBkgrdFile)))->GetName();
-    AliRunLoader* runLoader = 
+    AliRunLoader* runLoader =
       AliRunLoader::Open(fileName, "BKGRD");
     if (!runLoader) continue;
     Int_t nBkgrdEvents = runLoader->GetNumberOfEvents();
     delete runLoader;
-
+  
     // get or calculate the number of signal per background events
     Int_t nSignalPerBkgrd = fBkgrdFileNames->At(iBkgrdFile)->GetUniqueID();
     if (nSignalPerBkgrd <= 0) {
       nSignalPerBkgrd = (nEvents-1) / nBkgrdEvents + 1;
     } else if (result && (result != nSignalPerBkgrd)) {
-      Info("GetNSignalPerBkgrd", "the number of signal events per "
-          "background event will be changed from %d to %d for stream %d", 
-          nSignalPerBkgrd, result, iBkgrdFile+1);
+      AliInfo(Form("the number of signal events per background event "
+                   "will be changed from %d to %d for stream %d", 
+                   nSignalPerBkgrd, result, iBkgrdFile+1));
       nSignalPerBkgrd = result;
     }
 
     if (!result) result = nSignalPerBkgrd;
     if (nSignalPerBkgrd * nBkgrdEvents < nEvents) {
-      Warning("GetNSignalPerBkgrd", "not enough background events (%d) for "
-             "%d signal events using %d signal per background events for "
-             "stream %d", 
-             nBkgrdEvents, nEvents, nSignalPerBkgrd, iBkgrdFile+1);
+      AliWarning(Form("not enough background events (%d) for %d signal events "
+                      "using %d signal per background events for stream %d",
+                      nBkgrdEvents, nEvents, nSignalPerBkgrd, iBkgrdFile+1));
     }
   }
 
@@ -630,3 +1192,104 @@ Bool_t AliSimulation::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
 
   return result;
 }
+
+Bool_t AliSimulation::ConvertRaw2SDigits(const char* rawDirectory, const char* esdFileName) 
+{
+//
+// Steering routine  to convert raw data in directory rawDirectory/ to fake SDigits. 
+// These can be used for embedding of MC tracks into RAW data using the standard 
+// merging procedure.
+//
+// If an ESD file is given the reconstructed vertex is taken from it and stored in the event header.
+//
+    if (!gAlice) {
+       AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
+       return kFALSE;
+    }
+    if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
+       AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
+       return kFALSE;
+    }
+    
+    AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",fConfigFileName.Data()));
+    StdoutToAliInfo(StderrToAliError(gAlice->Init(fConfigFileName.Data());););
+//
+//  Initialize CDB     
+    InitCDBStorage();
+    AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
+    man->SetRun(0); // Should this come from rawdata header ?
+    
+    Int_t iDet;
+    //
+    // Get the runloader
+    AliRunLoader* runLoader = gAlice->GetRunLoader();
+    //
+    // Open esd file if available
+    TFile* esdFile = TFile::Open(esdFileName);
+    Bool_t esdOK = (esdFile != 0);
+    AliESD* esd = new AliESD;
+    TTree* treeESD = 0;
+    if (esdOK) {
+       treeESD = (TTree*) esdFile->Get("esdTree");
+       if (!treeESD) {
+           AliWarning("No ESD tree found");
+           esdOK = kFALSE;
+       } else {
+           treeESD->SetBranchAddress("ESD", &esd);
+       }
+    }
+    //
+    // Create the RawReader
+    AliRawReaderFile* rawReader = new AliRawReaderFile(rawDirectory);
+    //
+    // Get list of detectors
+    TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
+    //
+    // Get Header
+    AliHeader* header = runLoader->GetHeader();
+    //
+    // Event loop
+    Int_t nev = 0;
+    while(kTRUE) {
+       if (!(rawReader->NextEvent())) break;
+       //
+       // Detector loop
+       for (iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
+           AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
+           AliInfo(Form("Calling Raw2SDigits for %s\n", det->GetName()));
+           det->Raw2SDigits(rawReader);
+           rawReader->Reset();
+       } // detectors
+
+       //
+       //  If ESD information available obtain reconstructed vertex and store in header.
+       if (esdOK) {
+           treeESD->GetEvent(nev);
+           const AliESDVertex* esdVertex = esd->GetPrimaryVertex();
+           Double_t position[3];
+           esdVertex->GetXYZ(position);
+           AliGenEventHeader* mcHeader = new  AliGenEventHeader("ESD");
+           TArrayF mcV;
+           mcV.Set(3);
+           for (Int_t i = 0; i < 3; i++) mcV[i] = position[i];
+           mcHeader->SetPrimaryVertex(mcV);
+           header->Reset(0,nev);
+           header->SetGenEventHeader(mcHeader);
+           printf("***** Saved vertex %f %f %f \n", position[0], position[1], position[2]);
+       }
+       nev++;
+//
+//      Finish the event
+       runLoader->TreeE()->Fill();
+       runLoader->SetNextEvent();
+    } // events
+    delete rawReader;
+//
+//  Finish the run 
+    runLoader->CdGAFile();
+    runLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
+    runLoader->WriteRunLoader();
+
+    return kTRUE;
+}