Fixes for coverity.
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / STEER / AliReconstruction.cxx
index be07199..c21aa1e 100644 (file)
@@ -13,7 +13,7 @@
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
-/* $Id$ */
+/* $Id: AliReconstruction.cxx 63911 2013-08-19 16:46:41Z hristov $ */
 
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 //                                                                           //
 #include <TMessage.h>
 #include <TUrl.h>
 #include <TRandom.h>
+#include <THashList.h>
 
 #include "AliAlignObj.h"
 #include "AliAnalysisManager.h"
 #include "AliLHCData.h"
 #include "ARVersion.h"
 #include <RVersion.h>
+#include <stdlib.h>
 #include <unistd.h>
 #include <sys/resource.h>
 ClassImp(AliReconstruction)
 
+using std::endl;
+
 //_____________________________________________________________________________
 const char* AliReconstruction::fgkStopEvFName = "_stopEvent_";
-const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::kNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE"
-// #ifdef MFT_UPGRADE
-//                                                                                   , "MFT"
-// #endif 
-                                                                                  , "MFT"    // AU
-                                                                                 , "HLT"
-};
+const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::kNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD",
+"TOF", "PHOS", 
+"HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE","AD","FIT","MFT", "HLT"};
 
 //_____________________________________________________________________________
 AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
   TSelector(),
   fRunVertexFinder(kTRUE),
   fRunVertexFinderTracks(kTRUE),
-  fRunHLTTracking(kFALSE),
   fRunMuonTracking(kFALSE),
+  fRunMFTTrackingMU(kFALSE),
   fRunV0Finder(kTRUE),
   fRunCascadeFinder(kTRUE),
   fRunMultFinder(kTRUE),
   fStopOnError(kTRUE),
+  fStopOnMissingTriggerFile(kTRUE),
   fWriteAlignmentData(kFALSE),
   fWriteESDfriend(kFALSE),
   fFillTriggerESD(kTRUE),
@@ -285,9 +286,9 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
   fCDBUri(),
   fQARefUri(),
   fSpecCDBUri(), 
+  fCheckRecoCDBvsSimuCDB(),
   fInitCDBCalled(kFALSE),
-  fFromCDBSnapshot(kFALSE),
-  fSnapshotFileName(""),
+  fCDBSnapshotMode(kFALSE),
   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
   fQADetectors("ALL"), 
   fQATasks("ALL"), 
@@ -298,6 +299,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
   fWriteQAExpertData(kTRUE), 
   fRunPlaneEff(kFALSE),
 
+  fESDpid(NULL),
+
   fesd(NULL),
   fhltesd(NULL),
   fesdf(NULL),
@@ -315,6 +318,12 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
   fSspecie(0),
   fNhighPt(0),
   fShighPt(0),
+  //
+  fTreeBuffSize(30000000),
+  fMemCountESD(0),
+  fMemCountESDF(0),
+  fMemCountESDHLT(0),
+  //
   fUpgradeModule(""),
   fAnalysisMacro(),
   fAnalysis(0),
@@ -338,7 +347,9 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
     fQAWriteExpert[iDet] = kFALSE ; 
   }
   fBeamInt[0][0]=fBeamInt[0][1]=fBeamInt[1][0]=fBeamInt[1][1] = -1;
-
+  //
+  AddCheckRecoCDBvsSimuCDB("TPC/Calib/RecoParam"); // check for similarity in the sim and rec
+  //
   AliPID pid;
 }
 
@@ -347,12 +358,13 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   TSelector(),
   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
   fRunVertexFinderTracks(rec.fRunVertexFinderTracks),
-  fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
+  fRunMFTTrackingMU(rec.fRunMFTTrackingMU),
   fRunV0Finder(rec.fRunV0Finder),
   fRunCascadeFinder(rec.fRunCascadeFinder),
   fRunMultFinder(rec.fRunMultFinder),
   fStopOnError(rec.fStopOnError),
+  fStopOnMissingTriggerFile(rec.fStopOnMissingTriggerFile),
   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
@@ -411,9 +423,9 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fCDBUri(rec.fCDBUri),
   fQARefUri(rec.fQARefUri),
   fSpecCDBUri(), 
+  fCheckRecoCDBvsSimuCDB(),
   fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
-  fFromCDBSnapshot(rec.fFromCDBSnapshot),
-  fSnapshotFileName(rec.fSnapshotFileName),
+  fCDBSnapshotMode(rec.fCDBSnapshotMode),
   fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
   fQADetectors(rec.fQADetectors), 
   fQATasks(rec.fQATasks), 
@@ -424,6 +436,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fWriteQAExpertData(rec.fWriteQAExpertData), 
   fRunPlaneEff(rec.fRunPlaneEff),
 
+  fESDpid(NULL),
+
   fesd(NULL),
   fhltesd(NULL),
   fesdf(NULL),
@@ -441,6 +455,12 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fSspecie(0),
   fNhighPt(0),
   fShighPt(0),
+  //
+  fTreeBuffSize(rec.fTreeBuffSize),
+  fMemCountESD(0),
+  fMemCountESDF(0),
+  fMemCountESDHLT(0),
+  //
   fUpgradeModule(""),
   fAnalysisMacro(rec.fAnalysisMacro),
   fAnalysis(0),
@@ -471,6 +491,10 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
   }
 
+  for (Int_t i = 0; i < rec.fCheckRecoCDBvsSimuCDB.GetEntriesFast(); i++) {
+    if (rec.fCheckRecoCDBvsSimuCDB[i]) fCheckRecoCDBvsSimuCDB.AddLast(rec.fCheckRecoCDBvsSimuCDB[i]->Clone());
+  }
+
   for (int i=2;i--;) for (int j=2;j--;) fBeamInt[i][j] = rec.fBeamInt[i][j];
 
 }
@@ -489,12 +513,13 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
 
   fRunVertexFinder       = rec.fRunVertexFinder;
   fRunVertexFinderTracks = rec.fRunVertexFinderTracks;
-  fRunHLTTracking        = rec.fRunHLTTracking;
   fRunMuonTracking       = rec.fRunMuonTracking;
+  fRunMFTTrackingMU      = rec.fRunMFTTrackingMU;
   fRunV0Finder           = rec.fRunV0Finder;
   fRunCascadeFinder      = rec.fRunCascadeFinder;
   fRunMultFinder         = rec.fRunMultFinder;
   fStopOnError           = rec.fStopOnError;
+  fStopOnMissingTriggerFile = rec.fStopOnMissingTriggerFile;
   fWriteAlignmentData    = rec.fWriteAlignmentData;
   fWriteESDfriend        = rec.fWriteESDfriend;
   fFillTriggerESD        = rec.fFillTriggerESD;
@@ -585,9 +610,14 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
   fCDBUri        = "";
   fQARefUri      = rec.fQARefUri;
   fSpecCDBUri.Delete();
+  fCheckRecoCDBvsSimuCDB.Delete();
+  //
+  for (Int_t i = 0; i < rec.fCheckRecoCDBvsSimuCDB.GetEntriesFast(); i++) {
+    if (rec.fCheckRecoCDBvsSimuCDB[i]) fCheckRecoCDBvsSimuCDB.AddLast(rec.fCheckRecoCDBvsSimuCDB[i]->Clone());
+  }
+  //
   fInitCDBCalled               = rec.fInitCDBCalled;
-  fFromCDBSnapshot             = rec.fFromCDBSnapshot;
-  fSnapshotFileName            = rec.fSnapshotFileName;
+  fCDBSnapshotMode             = rec.fCDBSnapshotMode;
   fSetRunNumberFromDataCalled  = rec.fSetRunNumberFromDataCalled;
   fQADetectors                 = rec.fQADetectors;
   fQATasks                     = rec.fQATasks; 
@@ -598,6 +628,7 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
   fWriteQAExpertData           = rec.fWriteQAExpertData;
   fRunPlaneEff                 = rec.fRunPlaneEff;
   for (int i=2;i--;) for (int j=2;j--;) fBeamInt[i][j] = rec.fBeamInt[i][j];
+  fESDpid  = NULL;
   fesd     = NULL;
   fhltesd  = NULL;
   fesdf    = NULL;
@@ -615,6 +646,12 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
   fSspecie = 0;
   fNhighPt = 0;
   fShighPt = 0;
+  //
+  fTreeBuffSize = rec.fTreeBuffSize;
+  fMemCountESD = 0;
+  fMemCountESDF = 0;
+  fMemCountESDHLT = 0;
+  //
   fUpgradeModule="";
   fAnalysisMacro = rec.fAnalysisMacro;
   fAnalysis = 0;
@@ -644,7 +681,7 @@ AliReconstruction::~AliReconstruction()
     delete fAlignObjArray;
   }
   fSpecCDBUri.Delete();
-
+  fCheckRecoCDBvsSimuCDB.Delete();
   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 }
 
@@ -661,6 +698,8 @@ void AliReconstruction::InitQA()
 
 
   AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kRECMODE) ; 
+  qam->SetSaveData(kTRUE); 
+  qam->SetCycleLength(AliQAv1::kITS, 5) ; 
   if (fWriteQAExpertData)
     qam->SetWriteExpert() ; 
  
@@ -687,7 +726,9 @@ void AliReconstruction::InitQA()
   }
   
   if (fRunQA) {
-  qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
+  qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ;
+  qam->SetActiveOnlineDetectors(fRunInfo->GetActiveDetectors());
+    
   for (Int_t det = 0 ; det < AliQAv1::kNDET ; det++) {
     qam->SetCycleLength(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det), fQACycles[det]) ;  
     qam->SetWriteExpert(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det)) ;
@@ -780,6 +821,12 @@ void AliReconstruction::InitCDB()
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::SetCDBSnapshotMode(const char* snapshotFileName) {
+    fCDBSnapshotMode = kTRUE;
+    AliCDBManager::Instance()->SetSnapshotMode(snapshotFileName);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
 // Store the desired default CDB storage location
 // Activate it later within the Run() method
@@ -797,6 +844,7 @@ void AliReconstruction::SetQARefDefaultStorage(const char* uri) {
   AliQAv1::SetQARefStorage(fQARefUri.Data()) ;
   
 }
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
 // Store a detector-specific CDB storage location
@@ -840,6 +888,48 @@ void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* ur
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::AddCheckRecoCDBvsSimuCDB(const char* cdbpath,const char* comment) 
+{
+  // require the cdb item to be the same in the rec as in the sim
+  // Activate it later within the Run() method
+  TString newent = cdbpath;
+  if (newent.IsNull()) return;
+  TIter nextit(&fCheckRecoCDBvsSimuCDB);
+  TNamed* cdbent=0;
+  while ((cdbent=(TNamed*)nextit())) {
+    TString str = cdbent->GetName();
+    if (str==newent) {
+      AliInfo(Form("%s is already in the list to check",cdbpath));
+      return;
+    }
+  }
+  fCheckRecoCDBvsSimuCDB.AddLast(new TNamed(cdbpath,comment));
+  //
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::RemCheckRecoCDBvsSimuCDB(const char* cdbpath) 
+{
+  // require the cdb item to be the same in the rec as in the sim
+  // Activate it later within the Run() method
+  TString newent = cdbpath;
+  if (newent.IsNull()) return;
+  TIter nextit(&fCheckRecoCDBvsSimuCDB);
+  TNamed* cdbent=0;
+  while ((cdbent=(TNamed*)nextit())) {
+    TString str = cdbent->GetName();
+    if (str==newent) {
+      AliInfo(Form("Removing %s from the list to check",cdbpath));
+      delete fCheckRecoCDBvsSimuCDB.Remove(cdbent);
+      fCheckRecoCDBvsSimuCDB.Compress();
+      return;
+    }
+  }
+  AliInfo(Form("%s is not in the list to check",cdbpath));
+  //
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
 {
   // The method is called in Run() in order
@@ -858,6 +948,7 @@ Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
        AliWarning("Run number is taken from raw-event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
       } 
       man->SetRun(fRawReader->GetRunNumber());
+      GetEventInfo();
       fRawReader->RewindEvents();
     }
     else {
@@ -1114,6 +1205,7 @@ Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
     fRunTracking = MatchDetectorList(fRunTracking,detMask);
     fFillESD = MatchDetectorList(fFillESD,detMask);
     fQADetectors = MatchDetectorList(fQADetectors,detMask);
+    AliInfo(Form("fQADetectors=%s",fQADetectors.Data()));
     fDeleteRecPoints = MatchDetectorList(fDeleteRecPoints,detMask);
     fDeleteDigits    = MatchDetectorList(fDeleteDigits,detMask);
     fLoadCDB.Form("%s %s %s %s",
@@ -1265,6 +1357,7 @@ Bool_t AliReconstruction::LoadCDB()
   // in the trigger or that are needed in order to put correct
   // information in ESD
   AliCDBManager::Instance()->GetAll("TRIGGER/*/*");
+  AliCDBManager::Instance()->GetAll("HLT/*/*");
 
   return kTRUE;
 }
@@ -1425,8 +1518,10 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
         Abort("ProcessEvent",TSelector::kAbortFile);
         return kFALSE;
       }
+      CleanProcessedEvent();
       iEvent++;
     }
+    if (!iEvent) AliWarning("No events passed trigger selection");
     SlaveTerminate();
     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
     Terminate();
@@ -1516,7 +1611,7 @@ void AliReconstruction::Begin(TTree *)
   }
 
   // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
-  if (!gGeoManager) {
+  if (!AliGeomManager::GetGeometry()) {
     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
     geom += "/geometry.root";
     AliGeomManager::LoadGeometry(geom.Data());
@@ -1533,29 +1628,27 @@ void AliReconstruction::Begin(TTree *)
     AliSysInfo::AddStamp("CheckGeom");
   }
 
-  Bool_t loadedFromSnapshot=kFALSE;
   Bool_t toCDBSnapshot=kFALSE;
   TString snapshotFileOut(""); // we could use fSnapshotFileName if we are not interested
   // in reading from and writing to a snapshot file at the same time
-  if(TString(gSystem->Getenv("OCDB_SNAPSHOT_CREATE")) == TString("kTRUE")){
+  if(TString(getenv("OCDB_SNAPSHOT_CREATE")) == TString("kTRUE")){
       toCDBSnapshot=kTRUE;
       //fFromCDBSnapshot=kFALSE;
-      TString snapshotFile(gSystem->Getenv("OCDB_SNAPSHOT_FILENAME"));
+      TString snapshotFile(getenv("OCDB_SNAPSHOT_FILENAME"));
       if(!(snapshotFile.IsNull() || snapshotFile.IsWhitespace()))
          snapshotFileOut = snapshotFile;
       else
          snapshotFileOut="OCDB.root";
   }
-  if(fFromCDBSnapshot){
-      AliDebug(2,"Initializing from a CDB snapshot");
-      loadedFromSnapshot = AliCDBManager::Instance()->InitFromSnapshot(fSnapshotFileName.Data());
-  }
 
   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) {
     Abort("MisalignGeometry", TSelector::kAbortProcess);
     return;
   }
-  AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Geometry/Data");
+
+  const TMap* cdbCache = AliCDBManager::Instance()->GetEntryCache();
+  if(cdbCache->Contains("GRP/Geometry/Data"))
+         AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Geometry/Data");
   if(!toCDBSnapshot) AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
   AliSysInfo::AddStamp("MisalignGeom");
 
@@ -1564,14 +1657,16 @@ void AliReconstruction::Begin(TTree *)
     return;
   }
   AliSysInfo::AddStamp("InitGRP");
-  if(!toCDBSnapshot) AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Calib/CosmicTriggers");
+  if(!toCDBSnapshot)
+      if(cdbCache->Contains("GRP/Calib/CosmicTriggers"))
+         AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Calib/CosmicTriggers");
 
-  if(!loadedFromSnapshot){
+  if(!fCDBSnapshotMode || toCDBSnapshot){
       if (!LoadCDB()) {
          Abort("LoadCDB", TSelector::kAbortProcess);
          return;
       }
-      AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
+      AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB"); 
   }
 
   if (!LoadTriggerScalersCDB()) {
@@ -1599,9 +1694,10 @@ void AliReconstruction::Begin(TTree *)
   AliSysInfo::AddStamp("InitRecoParams");
 
   if(toCDBSnapshot)
-      AliCDBManager::Instance()->DumpToSnapshotFile(snapshotFileOut.Data());
-  AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
-  AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Calib/CosmicTriggers");
+  {
+      AliCDBManager::Instance()->DumpToSnapshotFile(snapshotFileOut.Data(),kFALSE);
+      exit(0);
+  }
 
   if (fInput && gProof) {
     if (reco) *reco = *this;
@@ -1710,6 +1806,8 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
   }
   AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
  
+  CheckRecoCDBvsSimuCDB();
+
   ftVertexer = new AliVertexerTracks(AliTracker::GetBz());
 
   // get trackers
@@ -1766,22 +1864,21 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
   // order to create all branches. Initialization is done from an
   // ESD layout template in CDB
   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
-  AliCDBPath hltESDConfigPath("HLT/ConfigHLT/esdLayout");
-  AliCDBEntry* hltESDConfig=NULL;
-  if (man->GetId(hltESDConfigPath)!=NULL &&
-      (hltESDConfig=man->Get(hltESDConfigPath))!=NULL) {
-    AliESDEvent* pESDLayout=dynamic_cast<AliESDEvent*>(hltESDConfig->GetObject());
-    if (pESDLayout) {
+  AliCDBEntry* hltESDConfig = man->Get("HLT/Calib/esdLayout");
+  if(!hltESDConfig){
+      AliError(Form("Error getting \"HLT/Calib/esdLayout\""));
+      return;
+  }
+  AliESDEvent* pESDLayout=dynamic_cast<AliESDEvent*>(hltESDConfig->GetObject());
+  if (pESDLayout) {
       // init all internal variables from the list of objects
       pESDLayout->GetStdContent();
 
       // copy content and create non-std objects
       *fhltesd=*pESDLayout;
       fhltesd->Reset();
-    } else {
-      AliError(Form("error setting hltEsd layout from %s: invalid object type",
-                   hltESDConfigPath.GetPath().Data()));
-    }
+  } else {
+      AliError(Form("error setting hltEsd layout from \"HLT/Calib/esdLayout\": invalid object type"));
   }
 
   fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
@@ -1791,6 +1888,9 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
   AliInfo(Form("Current memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
   
+  // PID
+  fESDpid = new AliESDpid();
+
   //QA
   //Initialize the QA and start of cycle 
   if (fRunQA || fRunGlobalQA) 
@@ -1813,7 +1913,7 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
     }
     // Set the event and other data pointers
     fRecoHandler = new AliRecoInputHandler();
-    fRecoHandler->Init(ftree, "LOCAL");
+//    fRecoHandler->Init(ftree, "LOCAL");
     fRecoHandler->SetEvent(fesd);
     fRecoHandler->SetESDfriend(fesdf);
     fRecoHandler->SetHLTEvent(fhltesd);
@@ -1822,6 +1922,7 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
     // Enter external loop mode
     fAnalysis->SetExternalLoop(kTRUE);
     // Initialize analysis
+    fAnalysis->SlaveBegin(ftree);
     fAnalysis->StartAnalysis("local", (TTree*)0);
     // Connect ESD tree with the input container
     fAnalysis->GetCommonInputContainer()->SetData(ftree);
@@ -1873,14 +1974,12 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
   static Long_t oldMres=0;
   static Long_t oldMvir=0;
   static Float_t oldCPU=0;
-  static Long_t aveDMres=0;
-  static Long_t aveDMvir=0;
-  static Float_t aveDCPU=0;
+  // static Long_t aveDMres=0;
+  // static Long_t aveDMvir=0;
+  // static Float_t aveDCPU=0;
 
   AliCodeTimerAuto("",0);
 
-  AliESDpid pid;
-
   AliSysInfo::AddStamp(Form("StartEv_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
 
   if (iEvent >= fRunLoader->GetNumberOfEvents()) {
@@ -1925,7 +2024,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       if (reconstructor && fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
         const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
         reconstructor->SetRecoParam(par);
-       reconstructor->GetPidSettings(&pid);
+       reconstructor->GetPidSettings(fESDpid);
        reconstructor->SetEventInfo(&fEventInfo);
         if (fRunQA) {
           AliQAManager::QAManager()->SetEventInfo(&fEventInfo) ;
@@ -1950,29 +2049,15 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
     AliQAManager::QAManager()->RunOneEvent(fRawReader) ;  
     AliSysInfo::AddStamp(Form("RawQA_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
   }
-    // local single event reconstruction
-    if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
-      TString detectors=fRunLocalReconstruction;
-      // run HLT event reconstruction first
-      // ;-( IsSelected changes the string
-      if (IsSelected("HLT", detectors) &&
-         !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
-       if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
-      }
-      detectors=fRunLocalReconstruction;
-      detectors.ReplaceAll("HLT", "");
-      if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
-        if (fStopOnError) {
-          CleanUp(); 
-          return kFALSE;
-        }
-      }
-    }
 
-  
     // fill Event header information from the RawEventHeader
     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fesd);}
     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fhltesd);}
+    if (fRawReader){
+      // Store DAQ detector pattern and attributes
+      fesd->SetDAQDetectorPattern(fRawReader->GetDetectorPattern()[0]);
+      fesd->SetDAQAttributes(fRawReader->GetAttributes()[2]);
+    }
 
     fesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
     fhltesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
@@ -2024,6 +2109,43 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       fhltesd->SetUniformBMap(fld->IsUniform());
       fhltesd->SetBInfoStored();
     }
+
+    //
+    // run full HLT reconstruction first
+    //
+    {
+      TString detectors=fRunLocalReconstruction;
+      if (IsSelected("HLT", detectors) &&
+         !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
+       if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
+      }
+      detectors=fFillESD;
+      // run HLT on hltesd
+      if (IsSelected("HLT", detectors) &&
+         !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
+       if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
+      }
+    }
+
+    // local single event reconstruction
+    if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
+      TString detectors=fRunLocalReconstruction;
+      // the logic for selection and correct sequence of reconstruction relies on the
+      // full list of detectors. Keyword 'ALL' should have been replaced at this point.
+      if (detectors.Contains("ALL")) {
+       AliFatal("Keyword 'ALL' needs to be replaced by the full list of detectors in "
+                "fRunLocalReconstruction. This should have been done by the framework");
+      }
+      detectors.ReplaceAll("HLT", "");
+      if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
+        if (fStopOnError) {
+          CleanUp(); 
+          return kFALSE;
+        }
+      }
+    }
+
+  
     //
     // Set most probable pt, for B=0 tracking
     // Get the global reco-params. They are atposition 16 inside the array of detectors in fRecoParam
@@ -2061,9 +2183,23 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       AliSysInfo::AddStamp(Form("TrackingMUON_%d",iEvent), 0,0,iEvent);      
     }
 
+    //---------------- AU From here...
+
+    // MFT tracking of MUON tracks
+    if (!fRunTracking.IsNull()) {
+      if (fRunMFTTrackingMU && fRunMuonTracking) {
+       if (!RunMFTTrackingMU(fesd)) {
+         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
+       }
+      }
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("TrackingMFT_MUON_%d",iEvent), 0,0,iEvent);      
+    }
+
+    //---------------- ...to here
+
     // barrel tracking
     if (!fRunTracking.IsNull()) {
-      if (!RunTracking(fesd,pid)) {
+      if (!RunTracking(fesd,*fESDpid)) {
        if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
       }
     }
@@ -2071,27 +2207,18 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
     // fill ESD
     if (!fFillESD.IsNull()) {
       TString detectors=fFillESD;
-      // run HLT first and on hltesd
-      // ;-( IsSelected changes the string
-      if (IsSelected("HLT", detectors) &&
-         !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
-       if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
-      }
-      detectors=fFillESD;
-      // Temporary fix to avoid problems with HLT that overwrites the offline ESDs
+      // the logic for selection and correct sequence of reconstruction relies on the
+      // full list of detectors. Keyword 'ALL' should have been replaced at this point.
       if (detectors.Contains("ALL")) {
-       detectors="";
-       for (Int_t idet=0; idet<kNDetectors; ++idet){
-         detectors += fgkDetectorName[idet];
-         detectors += " ";
-       }
+       AliFatal("Keyword 'ALL' needs to be replaced by the full list of detectors in "
+                "fFillESD. This should have been done by the framework");
       }
+      // remove HLT as this has been executed at the beginning of the event reconstruction
       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
       if (!FillESD(fesd, detectors)) {
        if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
       }
     }
-    
 
     ffile->cd();
 
@@ -2116,7 +2243,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       ok = kFALSE;
       if (tpcTrack)
        ok = AliTracker::
-         PropagateTrackToBxByBz(tpcTrack,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
+         PropagateTrackToBxByBz(tpcTrack,kRadius,track->GetMassForTracking(),kMaxStep,kFALSE);
 
       if (ok) {
        Int_t n=trkArray.GetEntriesFast();
@@ -2128,7 +2255,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
 
       AliTracker::
-         PropagateTrackToBxByBz(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
+         PropagateTrackToBxByBz(track,kRadius,track->GetMassForTracking(),kMaxStep,kFALSE);
       Double_t x[3]; track->GetXYZ(x);
       Double_t b[3]; AliTracker::GetBxByBz(x,b);
       track->RelateToVertexBxByBz(fesd->GetPrimaryVertexSPD(), b, kVeryBig);
@@ -2253,10 +2380,10 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
 
     // AdC+FN
     if (fReconstructor[3])
-      GetReconstructor(3)->FillEventTimeWithTOF(fesd,&pid);
+      GetReconstructor(3)->FillEventTimeWithTOF(fesd,fESDpid);
 
     // combined PID
-    pid.MakePID(fesd);
+    //    fESDpid->MakePID(fesd);
 
     if (fFillTriggerESD) {
       if (!FillTriggerESD(fesd)) {
@@ -2271,7 +2398,9 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
     AliSysInfo::AddStamp(Form("FillVaria_%d",iEvent), 0,0,iEvent); 
 
     // write ESD
-    if (fCleanESD) {
+    UInt_t specie = fesd->GetEventSpecie();
+    Bool_t keepAll = (specie==AliRecoParam::kCosmic || specie==AliRecoParam::kCalib);
+    if (fCleanESD && (!keepAll) ) {
       CleanESD(fesd);
       AliSysInfo::AddStamp(Form("CleanESD_%d",iEvent), 0,0,iEvent); 
     }
@@ -2325,7 +2454,16 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
   
   }
   //
-  ftree->Fill();
+  Long64_t nbf;
+  nbf = ftree->Fill();
+  if (fTreeBuffSize>0 && ftree->GetAutoFlush()<0 && (fMemCountESD += nbf)>fTreeBuffSize ) { // default limit is still not reached
+    nbf = ftree->GetZipBytes();
+    if (nbf>0) nbf = -nbf;
+    else       nbf = ftree->GetEntries();
+    ftree->SetAutoFlush(nbf);
+    AliInfo(Form("Calling ftree->SetAutoFlush(%lld) | W:%lld T:%lld Z:%lld",
+                nbf,fMemCountESD,ftree->GetTotBytes(),ftree->GetZipBytes()));        
+  }
   AliSysInfo::AddStamp(Form("ESDFill_%d",iEvent), 0,0,iEvent);     
   //
   if (fWriteESDfriend) {
@@ -2339,11 +2477,24 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
     ftree->AutoSave("SaveSelf");
     if (fWriteESDfriend) ftreeF->AutoSave("SaveSelf");
   }
-    // write HLT ESD
-    fhlttree->Fill();
+  // write HLT ESD
+  
+  nbf = fhlttree->Fill();
+  if (fTreeBuffSize>0 && fhlttree->GetAutoFlush()<0 && (fMemCountESDHLT += nbf)>fTreeBuffSize ) { // default limit is still not reached
+    nbf = fhlttree->GetZipBytes();
+    if (nbf>0) nbf = -nbf;
+    else       nbf = fhlttree->GetEntries();
+    fhlttree->SetAutoFlush(nbf);
+    AliInfo(Form("Calling fhlttree->SetAutoFlush(%lld) | W:%lld T:%lld Z:%lld",
+                nbf,fMemCountESDHLT,fhlttree->GetTotBytes(),fhlttree->GetZipBytes()));        
+  }
+    
+    
+  return kTRUE;
+}
 
-    // call AliEVE
-    if (fRunAliEVE) RunAliEVE();
+void AliReconstruction::CleanProcessedEvent()
+{
     //
     fesd->Reset();
     fhltesd->Reset();
@@ -2351,20 +2502,13 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       fesdf->~AliESDfriend();
       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
     }
+
+    for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
+      if (fReconstructor[iDet]) fReconstructor[iDet]->FinishEvent();
+    }
  
-    gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
-    Long_t dMres=(procInfo.fMemResident-oldMres)/1024;
-    Long_t dMvir=(procInfo.fMemVirtual-oldMvir)/1024;
-    Float_t dCPU=procInfo.fCpuUser+procInfo.fCpuSys-oldCPU;
-    aveDMres+=(dMres-aveDMres)/(iEvent-fFirstEvent+1);
-    aveDMvir+=(dMvir-aveDMvir)/(iEvent-fFirstEvent+1);
-    aveDCPU+=(dCPU-aveDCPU)/(iEvent-fFirstEvent+1);
-    AliInfo(Form("======================= End Event %d: Res %ld(%3ld <%3ld>) Vir %ld(%3ld <%3ld>) CPU %5.2f <%5.2f> ===================",
-                iEvent, procInfo.fMemResident/1024, dMres, aveDMres, procInfo.fMemVirtual/1024, dMvir, aveDMvir, dCPU, aveDCPU));
-    oldMres=procInfo.fMemResident;
-    oldMvir=procInfo.fMemVirtual;
-    oldCPU=procInfo.fCpuUser+procInfo.fCpuSys;
-  
+    AliInfo("======================= End Event ===================");
+    
     fEventInfo.Reset();
     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
       if (fReconstructor[iDet]) {
@@ -2380,7 +2524,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
   DeleteRecPoints(fDeleteRecPoints);
   DeleteDigits(fDeleteDigits);
   //
-  return kTRUE;
+
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -2436,15 +2580,27 @@ void AliReconstruction::SlaveTerminate()
 
    // Add the AliRoot version that created this file
    TString sVersion("aliroot ");
-   sVersion += ALIROOT_SVN_BRANCH;
+   sVersion += ALIROOT_BRANCH;
    sVersion += ":";
-   sVersion += ALIROOT_SVN_REVISION;
+   sVersion += ALIROOT_REVISION;
    sVersion += "; root ";
+#ifdef ROOT_SVN_BRANCH
    sVersion += ROOT_SVN_BRANCH;
+#elif defined(ROOT_GIT_BRANCH)
+   sVersion += ROOT_GIT_BRANCH;
+#else
+   sVersion += "?";
+#endif
    sVersion += ":";
+#ifdef ROOT_SVN_REVSION
    sVersion += ROOT_SVN_REVISION;
+#elif defined(ROOT_GIT_COMMIT)
+   sVersion += ROOT_GIT_COMMIT;
+#else 
+   sVersion += "?";
+#endif
    sVersion += "; metadata ";
-   sVersion += gSystem->Getenv("PRODUCTION_METADATA");
+   sVersion += getenv("PRODUCTION_METADATA");
                    
 
    TNamed * alirootVersion = new TNamed("alirootVersion",sVersion.Data());
@@ -2549,7 +2705,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
   // execute HLT reconstruction first since other detector reconstruction
   // might depend on HLT data
   // key 'HLT' is removed from detStr by IsSelected
-  if (!IsSelected("HLT", detStr)) {
+  if (IsSelected("HLT", detStr)) {
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(kNDetectors-1);
     if (reconstructor) {
       // there is no AliLoader for HLT, see
@@ -2795,9 +2951,9 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMultFinder(AliESDEvent*& esd)
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
+Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
 {
-// run the HLT barrel tracking
+// run the muon spectrometer tracking
 
   AliCodeTimerAuto("",0)
 
@@ -2805,55 +2961,48 @@ Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
     AliError("Missing runLoader!");
     return kFALSE;
   }
+  Int_t iDet =  GetDetIndex("MUON"); // for MUON
 
-  AliInfo("running HLT tracking");
-
-  // Get a pointer to the HLT reconstructor
-  AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(kNDetectors-1);
+  // Get a pointer to the MUON reconstructor
+  AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
   if (!reconstructor) return kFALSE;
 
-  // TPC + ITS
-  for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
-    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-    AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
-    reconstructor->SetOption(detName.Data());
-    AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
-    if (!tracker) {
-      AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
-      if (fStopOnError) return kFALSE;
-      continue;
-    }
-    Double_t vtxPos[3];
-    Double_t vtxErr[3]={0.005,0.005,0.010};
-    const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
-    vertex->GetXYZ(vtxPos);
-    tracker->SetVertex(vtxPos,vtxErr);
-    if(iDet != 1) {
-      fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
-      TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
-      if (!tree) {
-       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", detName.Data()));
-       return kFALSE;
-      }
-      tracker->LoadClusters(tree);
-    }
-    if (tracker->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
-      AliError(Form("HLT %s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
-      return kFALSE;
-    }
-    if(iDet != 1) {
-      tracker->UnloadClusters();
-    }
-    delete tracker;
+  
+  TString detName = fgkDetectorName[iDet];
+  AliDebug(1, Form("%s tracking", detName.Data()));
+  AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker();
+  if (!tracker) {
+    AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
+    return kFALSE;
   }
+     
+  // read RecPoints
+  fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");  
 
+  tracker->LoadClusters(fLoader[iDet]->TreeR());
+  
+  Int_t rv = tracker->Clusters2Tracks(esd);
+  
+  fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
+
+  tracker->UnloadClusters();
+  
+  if ( rv )
+  {
+    AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
+    return kFALSE;
+  }
+  
   return kTRUE;
 }
 
+
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
-{
-// run the muon spectrometer tracking
+Bool_t AliReconstruction::RunMFTTrackingMU(AliESDEvent*& esd) {
+
+  // AU
+
+  // run the global muon tracking: matching the MUON tracks with the MFT clusters
 
   AliCodeTimerAuto("",0)
 
@@ -2861,18 +3010,17 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
     AliError("Missing runLoader!");
     return kFALSE;
   }
-  Int_t iDet =  GetDetIndex("MUON"); // for MUON
+  Int_t iDet = GetDetIndex("MFT"); // for MFT
 
-  // Get a pointer to the MUON reconstructor
+  // Get a pointer to the MFT reconstructor
   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
   if (!reconstructor) return kFALSE;
-
   
   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-  AliDebug(1, Form("%s tracking", detName.Data()));
-  AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker();
+  AliDebug(1, Form("%s tracking for muon tracks", detName.Data()));
+  AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
   if (!tracker) {
-    AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
+    AliWarning(Form("couldn't create a Muon tracker for %s", detName.Data()));
     return kFALSE;
   }
      
@@ -2887,15 +3035,14 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
 
   tracker->UnloadClusters();
   
-  if ( rv )
-  {
+  if (rv) {
     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
     return kFALSE;
   }
   
   return kTRUE;
-}
 
+}
 
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd,AliESDpid &PID)
@@ -2941,7 +3088,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd,AliESDpid &PID)
     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
     AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
     // run tracking
-    if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
+    if (fTracker[iDet]->Clusters2TracksHLT(esd, fhltesd) != 0) {
       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
       return kFALSE;
     }
@@ -2949,7 +3096,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd,AliESDpid &PID)
     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
     if (iDet == 1) {
       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
-      PID.MakePID(esd,kTRUE);
+      PID.MakePIDForTracking(esd);
       AliSysInfo::AddStamp(Form("MakePID0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4,eventNr);
     } 
   }
@@ -3004,7 +3151,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd,AliESDpid &PID)
     if (iDet == 1) {
       //GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
       //AliESDpid::MakePID(esd);
-      PID.MakePID(esd,kTRUE);
+      PID.MakePIDForTracking(esd);
       AliSysInfo::AddStamp(Form("MakePID1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4,eventNr);
     }
 
@@ -3182,9 +3329,11 @@ Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESDEvent*& esd)
        esdheader->AddTriggerIR(input.GetIR(i));
       }
        AliCentralTrigger* rlCTP = fRunLoader->GetTrigger();
-       rlCTP->SetL0TriggerInputs(input.GetL0Inputs());
-       rlCTP->SetL1TriggerInputs(input.GetL1Inputs());
-       rlCTP->SetL2TriggerInputs(input.GetL2Inputs());
+       if (rlCTP) {
+        rlCTP->SetL0TriggerInputs(input.GetL0Inputs());
+        rlCTP->SetL1TriggerInputs(input.GetL1Inputs());
+        rlCTP->SetL2TriggerInputs(input.GetL2Inputs());
+       }
     }
     if (fIsNewRunLoader) fRunLoader->TreeCT()->Fill();
   }
@@ -3285,7 +3434,6 @@ Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
     TString libs = gSystem->GetLibraries();
     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
       TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-      if (detName == "HLT") continue;
       if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
       gSystem->Load("lib" + detName + "base.so");
     }
@@ -3384,6 +3532,7 @@ AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
     reconstructor->SetRunInfo(fRunInfo);
+    reconstructor->SetHLTESD(fhltesd);
     reconstructor->Init();
     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
   }
@@ -3490,14 +3639,14 @@ Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
     if (!reconstructor) continue;
     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-    if (detName == "HLT") {
-      fRunHLTTracking = kTRUE;
-      continue;
-    }
     if (detName == "MUON") {
       fRunMuonTracking = kTRUE;
       continue;
     }
+    if (detName == "MFT") {           // AU    
+      fRunMFTTrackingMU = kTRUE;      // AU
+      continue;                              // AU
+    }                                 // AU
 
     fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker();
     if (!fTracker[iDet] && (iDet < 7)) {
@@ -3514,7 +3663,6 @@ Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
 void AliReconstruction::CleanUp()
 {
 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
-/*
   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     delete fReconstructor[iDet];
     fReconstructor[iDet] = NULL;
@@ -3522,7 +3670,6 @@ void AliReconstruction::CleanUp()
     delete fTracker[iDet];
     fTracker[iDet] = NULL;
   }
-*/
 
   delete fRunInfo;
   fRunInfo = NULL;
@@ -3540,6 +3687,9 @@ void AliReconstruction::CleanUp()
   delete fParentRawReader;
   fParentRawReader=NULL;
 
+  delete fESDpid;
+  fESDpid = NULL;
+
   if (ffile) {
     ffile->Close();
     delete ffile;
@@ -3771,7 +3921,7 @@ Bool_t AliReconstruction::InitAliEVE()
   // The return flag shows whenever the
   // AliEVE initialization was successful or not.
 
-  TString macroStr(gSystem->Getenv("ALIEVE_ONLINE_MACRO"));
+  TString macroStr(getenv("ALIEVE_ONLINE_MACRO"));
 
   if (macroStr.IsNull())
     macroStr.Form("%s/EVE/macros/alieve_online.C",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT"));
@@ -3962,9 +4112,13 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
     aCTP->SetClassMask(mask);
     aCTP->SetClusterMask(clmask);
 
-    AliCentralTrigger* rlCTP = fRunLoader->GetTrigger();
-    rlCTP->SetClassMask(mask);
-    rlCTP->SetClusterMask(clmask);
+    if (fRunLoader) {
+      AliCentralTrigger* rlCTP = fRunLoader->GetTrigger();
+      if (rlCTP) {
+       rlCTP->SetClassMask(mask);
+       rlCTP->SetClusterMask(clmask);
+      }
+    }
   }
   else {
     fEventInfo.SetEventType(AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent);
@@ -3980,6 +4134,7 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
       fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(aCTP->GetClusterMask()));
     }
     else {
+      if (fStopOnMissingTriggerFile) AliFatal("No trigger can be loaded! Stopping reconstruction!");
       AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information will not be used!");
       return kFALSE;
     }
@@ -3992,6 +4147,32 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
     return kFALSE;
   }
 
+  // Load trigger aliases and declare the trigger classes included in aliases
+  //PH Why do we do it in each event and not only once in the beginning of the chunk??
+  //PH Temporary fix for #99725: AliReconstruction::GetEventInfo bug
+  fDeclTriggerClasses.Clear();
+  AliCDBEntry * entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Aliases");
+  if (entry) {
+    THashList * lst = dynamic_cast<THashList*>(entry->GetObject());
+    if (lst) {
+      lst->Sort(kSortDescending); // to avoid problems with substrungs
+      if (fRawReader) fRawReader->LoadTriggerAlias(lst);
+      // Now declare all the triggers present in the aliases
+      TIter iter(lst);
+      TNamed *nmd = 0;
+      while((nmd = dynamic_cast<TNamed*>(iter.Next()))){
+       fDeclTriggerClasses += " ";
+       fDeclTriggerClasses += nmd->GetName();
+      }
+    }
+    else {
+      AliError("Cannot cast the object with trigger aliases to THashList!");
+    }
+  }
+  else {
+    AliError("No OCDB ebtry for the trigger aliases!");
+  }
+  // Load trigger classes for this run
   UChar_t clustmask = 0;
   TString trclasses;
   ULong64_t trmask = fEventInfo.GetTriggerMask();
@@ -4001,7 +4182,7 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
     AliTriggerClass* trclass = (AliTriggerClass*)classesArray.At(iclass);
     if (trclass && trclass->GetMask()>0) {
       Int_t trindex = TMath::Nint(TMath::Log2(trclass->GetMask()));
-      fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
+      if (fesd) fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
       if (fRawReader) fRawReader->LoadTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
       if (trmask & (1ull << trindex)) {
        trclasses += " ";
@@ -4030,17 +4211,22 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
     AliTriggerInput* trginput = (AliTriggerInput*)inputsArray.At(iinput);
     if (trginput && trginput->GetMask()>0) {
       Int_t inputIndex = (Int_t)TMath::Nint(TMath::Log2(trginput->GetMask()));
-      AliESDHeader* headeresd = fesd->GetHeader();
-      Int_t trglevel = (Int_t)trginput->GetLevel();
-      if (trglevel == 0) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex);
-      if (trglevel == 1) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+24);
-      if (trglevel == 2) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+48);
+      AliESDHeader* headeresd = 0x0;
+      if (fesd) headeresd = fesd->GetHeader();
+      if (headeresd) {
+       Int_t trglevel = (Int_t)trginput->GetLevel();
+       if (trglevel == 0) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex);
+       if (trglevel == 1) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+24);
+       if (trglevel == 2) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+48);
+      }
     }
   }
 
   // Set the information in ESD
-  fesd->SetTriggerMask(trmask);
-  fesd->SetTriggerCluster(clustmask);
+  if (fesd) {
+    fesd->SetTriggerMask(trmask);
+    fesd->SetTriggerCluster(clustmask);
+  }
 
   if (!aCTP->CheckTriggeredDetectors()) {
     if (fRawReader) delete aCTP;
@@ -4342,7 +4528,16 @@ void AliReconstruction::WriteESDfriend() {
     fesdf->SetSkipBit(kTRUE);
   }
   //
-  ftreeF->Fill();
+  Long64_t nbf = ftreeF->Fill();
+  if (fTreeBuffSize>0 && ftreeF->GetAutoFlush()<0 && (fMemCountESDF += nbf)>fTreeBuffSize ) { // default limit is still not reached
+    nbf = ftreeF->GetZipBytes();
+    if (nbf>0) nbf = -nbf;
+    else       nbf = ftreeF->GetEntries();
+    ftreeF->SetAutoFlush(nbf);
+    AliInfo(Form("Calling ftreeF->SetAutoFlush(%lld) | W:%lld T:%lld Z:%lld",
+                nbf,fMemCountESDF,ftreeF->GetTotBytes(),ftreeF->GetZipBytes()));        
+  }
+  
 }
 
 //_________________________________________________________________
@@ -4355,8 +4550,8 @@ void AliReconstruction::DeleteDigits(const TString& detectors)
   AliInfo(Form("Deleting Digits: %s",detectors.Data()));
 
   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
-    gSystem->Exec(Form("if [ -e %s.Digits.root ]; then\nrm %s.Digits.root\nfi",
-                      fgkDetectorName[iDet],fgkDetectorName[iDet]));
+    if(!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+    unlink(Form("%s.Digits.root",fgkDetectorName[iDet]));
   }
   AliSysInfo::AddStamp(Form("DelDigits_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
   iEvent++;
@@ -4372,8 +4567,8 @@ void AliReconstruction::DeleteRecPoints(const TString& detectors)
   AliInfo(Form("Deleting Recpoints: %s",detectors.Data()));
   //
   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
-    gSystem->Exec(Form("if [ -e %s.RecPoints.root ]; then\nrm %s.RecPoints.root\nfi",
-                      fgkDetectorName[iDet],fgkDetectorName[iDet]));
+    if(!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+    unlink(Form("%s.RecPoints.root",fgkDetectorName[iDet]));
   }
   AliSysInfo::AddStamp(Form("DelRecPoints_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
   iEvent++;
@@ -4435,8 +4630,133 @@ Bool_t AliReconstruction::HasEnoughResources(int ev)
                 int(procInfo.fMemResident/kKB2MB),fMaxRSS,
                 int(procInfo.fMemVirtual/kKB2MB) ,fMaxVMEM));
     //
-    gSystem->Exec(Form("if [ -e %s ]; then\nrm %s\nfi\necho %d > %s",fgkStopEvFName,fgkStopEvFName,ev,fgkStopEvFName));
+    unlink(Form("%s",fgkStopEvFName));
+    ofstream outfile(fgkStopEvFName);
+    outfile << ev << std::endl;
+    outfile.close();
     fStopped = kTRUE;
   }
   return res;
 }
+
+Bool_t AliReconstruction::HasNextEventAfter(Int_t eventId)
+{
+        return ( (eventId < fRunLoader->GetNumberOfEvents()) ||
+          (fRawReader && fRawReader->NextEvent()) );
+}
+
+//_________________________________________________________________
+void AliReconstruction::CheckRecoCDBvsSimuCDB()
+{
+  // if some CDB entries must be the same in the simulation
+  // and reconstruction, check here
+  int nent = fCheckRecoCDBvsSimuCDB.GetEntriesFast();
+  AliInfo(Form("Check %d entries for matching between sim and rec",nent));
+  //
+  // get simulation CDB
+  fRunLoader->CdGAFile();
+  TMap*  cdbMapSim  = (TMap*)gDirectory->Get("cdbMap");
+  TList* cdbListSim = (TList*)gDirectory->Get("cdbList");
+  if (!(cdbMapSim && cdbListSim)) {
+    AliInfo(Form("No CDBMap/List found in %s, nothing to check",fGAliceFileName.Data()));
+    return;
+  }
+  // read the requested objects to make sure they will appear in the reco list
+  for (Int_t i=0;i<nent;i++) {
+    TNamed* cdbent = (TNamed*) fCheckRecoCDBvsSimuCDB[i];
+    if (!cdbent) continue;
+    AliCDBManager::Instance()->Get(cdbent->GetName());
+  }
+  // get default path for simulation
+  TPair* pair;
+  TObjString* stro;
+  pair = (TPair*)cdbMapSim->FindObject("default");
+  if (!pair) {AliFatal("Did not find default storage used for simulations"); return;}
+  TString defSimStore = ((TObjString*)pair->Value())->GetString();
+  RectifyCDBurl(defSimStore);
+  //
+  // get reconstruction CDB
+  const TMap *cdbMapRec = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();   
+  const TList *cdbListRec = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();
+  //
+  // get default path for reconstruction
+  pair = (TPair*)cdbMapRec->FindObject("default");
+  if (!pair) {AliFatal("Did not find default storage used for reconstruction"); return;}
+  TString defRecStore = ((TObjString*)pair->Value())->GetString();
+  RectifyCDBurl(defRecStore);
+  //
+  for (Int_t i=0;i<nent;i++) {
+    TNamed* cdbent = (TNamed*) fCheckRecoCDBvsSimuCDB[i];
+    if (!cdbent) continue;
+    //
+    AliInfo(Form("#%d Checking %s",i,cdbent->GetName()));
+    //
+    // find cdbID used for sim
+    TString idSim="",storSim="";
+    TIter nextSim(cdbListSim);
+    while ((stro=(TObjString*)nextSim())) {
+      if (stro->GetString().Contains(cdbent->GetName())) {
+       idSim = stro->GetString();
+       break;
+      }
+    }    
+    // find the storage used for sim
+    // check in the simuCDB special paths
+    pair = (TPair*)cdbMapSim->FindObject(cdbent->GetName());
+    if (pair) { // specific path is used
+      storSim = ((TObjString*)pair->Value())->GetString();
+      RectifyCDBurl(storSim);
+    }
+    else storSim = defSimStore;  // default storage list is used
+    //
+    if (!idSim.IsNull()) AliInfo(Form("Sim. used %s from %s",idSim.Data(), storSim.Data()));
+    else                 AliInfo("Sim. did not use this object");
+    //
+    // find cdbID used for rec
+    TString idRec="",storRec="";
+    TIter nextRec(cdbListRec);
+    AliCDBId* id=0;
+    while ((id=(AliCDBId*)nextRec())) {
+      idRec = id->ToString();
+      if (idRec.Contains(cdbent->GetName())) break;
+      idRec="";
+    }
+    //
+    // find storage used for the rec
+    pair = (TPair*)cdbMapRec->FindObject(cdbent->GetName());
+    if (pair) {  // specific path is used
+      storRec = ((TObjString*)pair->Value())->GetString();
+      RectifyCDBurl(storRec);
+    }
+    else storRec = defRecStore; // default storage list is used
+    //
+    if (!idRec.IsNull()) AliInfo(Form("Rec. used %s from %s",idRec.Data(), storRec.Data()));
+    else                 AliInfo("Rec. did not use this object");
+    //
+    if (!idSim.IsNull() && !idRec.IsNull() && ((idSim!=idRec) || (storSim!=storRec)) ) 
+      AliFatal("Different objects were used in sim and rec");
+  }
+  
+}
+
+//_________________________________________________________
+void AliReconstruction::RectifyCDBurl(TString& url)
+{
+  // TBD RS
+  // remove everything but the url
+  TString sbs;
+  if (!(sbs=url("\\?User=[^?]*")).IsNull())                url.ReplaceAll(sbs,"");
+  if (!(sbs=url("\\?DBFolder=[^?]*")).IsNull())            url.ReplaceAll("?DB","");
+  if (!(sbs=url("\\?SE=[^?]*")).IsNull())                  url.ReplaceAll(sbs,"");
+  if (!(sbs=url("\\?CacheFolder=[^?]*")).IsNull())         url.ReplaceAll(sbs,"");
+  if (!(sbs=url("\\?OperateDisconnected=[^?]*")).IsNull()) url.ReplaceAll(sbs,"");
+  if (!(sbs=url("\\?CacheSize=[^?]*")).IsNull())           url.ReplaceAll(sbs,"");  
+  if (!(sbs=url("\\?CleanupInterval=[^?]*")).IsNull())     url.ReplaceAll(sbs,"");  
+  Bool_t slash=kFALSE,space=kFALSE;
+  while ( (slash=url.EndsWith("/")) || (space=url.EndsWith(" ")) ) {
+    if (slash) url = url.Strip(TString::kTrailing,'/');
+    if (space) url = url.Strip(TString::kTrailing,' ');
+  }
+  //url.ToLower();
+  //
+}