New AliTRDcluster constructor
[u/mrichter/AliRoot.git] / TOF / AliTOFClusterFinder.cxx
index 8d71d48..58cd776 100644 (file)
  **************************************************************************/
 
 /* 
+$Log$
+Revision 1.27  2007/05/02 16:31:49  arcelli
+Add methods to handle single event reconstruction. retrieval of Calib info moved to AliTOFReconstructor ctor, and passed via a pointer to AliTOFcalib
+
+Revision 1.26  2007/04/30 19:02:24  arcelli
+hopefully the last refinements for correct type conversion in calibration
+
+Revision 1.25  2007/04/30 15:22:17  arcelli
+Change TOF digit Time, Tot etc to int type
+
+Revision 1.24  2007/04/27 11:19:31  arcelli
+updates for the new decoder
+
+Revision 1.23  2007/04/23 16:51:39  decaro
+Digits-to-raw_data conversion: correction for a more real description (A.De Caro, R.Preghenella)
+
+Revision 1.22  2007/04/19 17:26:32  arcelli
+Fix a bug (add some debug printout
+
+Revision 1.21  2007/04/18 17:28:12  arcelli
+Set the ToT bin width to the one actually used...
+
+Revision 1.20  2007/03/09 09:57:23  arcelli
+ Remove a forgotten include of Riostrem
+
+Revision 1.19  2007/03/08 15:41:20  arcelli
+set uncorrected times when filling RecPoints
+
+Revision 1.18  2007/03/06 16:31:20  arcelli
+Add Uncorrected TOF Time signal
+
+Revision 1.17  2007/02/28 18:09:11  arcelli
+Add protection against failed retrieval of the CDB cal object, now Reconstruction exits with AliFatal
+
+Revision 1.16  2007/02/20 15:57:00  decaro
+Raw data update: to read the TOF raw data defined in UNPACKED mode
+
 
 Revision 0.03  2005/07/28 A. De Caro
          Implement public method
@@ -50,62 +87,110 @@ Revision 0.01  2005/07/25 A. De Caro
 //                                                            //
 ////////////////////////////////////////////////////////////////
 
-#include <Riostream.h>
-#include <TTree.h>
-#include <TObjArray.h>
-#include <TClonesArray.h>
-#include <TFile.h>
 
+#include "TClonesArray.h"
+//#include "TFile.h"
+#include "TStopwatch.h"
+#include "TTree.h"
+
+#include "AliDAQ.h"
+#include "AliLoader.h"
 #include "AliLog.h"
+#include "AliRawReader.h"
 #include "AliRunLoader.h"
-#include "AliLoader.h"
 
-#include "AliTOFdigit.h"
+#include "AliTOFCal.h"
+#include "AliTOFcalib.h"
+#include "AliTOFChannel.h"
+#include "AliTOFClusterFinder.h"
 #include "AliTOFcluster.h"
+#include "AliTOFdigit.h"
 #include "AliTOFGeometry.h"
-#include "AliTOFGeometryV4.h"
 #include "AliTOFGeometryV5.h"
+#include "AliTOFrawData.h"
 #include "AliTOFRawStream.h"
+#include "Riostream.h"
 
-#include "AliTOFClusterFinder.h"
+//extern TFile *gFile;
 
 ClassImp(AliTOFClusterFinder)
 
-AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder():
+AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliTOFcalib *calib):
   fRunLoader(0),
   fTOFLoader(0),
   fTreeD(0),
   fTreeR(0),
+  fTOFGeometry(new AliTOFGeometryV5()),
   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
-  fNumberOfTofClusters(0)
+  fNumberOfTofClusters(0),
+  fVerbose(0),
+  fDecoderVersion(0),
+  fTOFcalib(calib)
 {
 //
 // Constructor
 //
 
-  fTOFGeometry = new AliTOFGeometry();
+  AliInfo("V5 TOF Geometry is taken as the default");
 
 }
 //______________________________________________________________________________
 
-AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader):
+AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader, AliTOFcalib *calib):
   fRunLoader(runLoader),
   fTOFLoader(runLoader->GetLoader("TOFLoader")),
   fTreeD(0),
   fTreeR(0),
+  fTOFGeometry(new AliTOFGeometryV5()),
   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
-  fNumberOfTofClusters(0)
+  fNumberOfTofClusters(0),
+  fVerbose(0),
+  fDecoderVersion(0),
+  fTOFcalib(calib)
 {
 //
 // Constructor
 //
 
-  runLoader->CdGAFile();
-  TFile *in=(TFile*)gFile;
-  in->cd();
-  fTOFGeometry = (AliTOFGeometry*)in->Get("TOFgeometry");
+}
+
+//------------------------------------------------------------------------
+AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(const AliTOFClusterFinder &source)
+  :TObject(),
+  fRunLoader(0),
+  fTOFLoader(0),
+  fTreeD(0),
+  fTreeR(0),
+  fTOFGeometry(new AliTOFGeometryV5()),
+  fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
+  fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
+  fNumberOfTofClusters(0),
+  fVerbose(0),
+  fDecoderVersion(0),
+  fTOFcalib(0)
+{
+  // copy constructor
+  this->fDigits=source.fDigits;
+  this->fRecPoints=source.fRecPoints;
+  this->fTOFGeometry=source.fTOFGeometry;
+  this->fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
+  this->fTOFcalib=source.fTOFcalib;
+
+}
+
+//------------------------------------------------------------------------
+AliTOFClusterFinder& AliTOFClusterFinder::operator=(const AliTOFClusterFinder &source)
+{
+  // ass. op.
+  this->fDigits=source.fDigits;
+  this->fRecPoints=source.fRecPoints;
+  this->fTOFGeometry=source.fTOFGeometry;
+  this->fVerbose=source.fVerbose;
+  this->fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
+  this->fTOFcalib=source.fTOFcalib;
+  return *this;
 
 }
 //______________________________________________________________________________
@@ -141,6 +226,9 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
   // Converts digits to recpoints for TOF
   //
 
+  TStopwatch stopwatch;
+  stopwatch.Start();
+
   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 
   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
@@ -155,7 +243,7 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
     return;
   }
 
-  TClonesArray dummy("AliTOFdigit",10000), *digits=&dummy;
+  TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliTOFdigit",10000);
   branch->SetAddress(&digits);
 
   ResetRecpoint();
@@ -175,9 +263,11 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 
   Int_t ii, jj;
-  Int_t dig[5];
-  Float_t g[3];
-  Double_t h[5];
+  Int_t dig[5]; //cluster detector indeces
+  Float_t g[3]; //cluster cartesian coord
+  Double_t h[3]; // the cluster spatial cyl. coordinates
+  Int_t  parTOF[5]; //The TOF signal parameters
+  Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)digits->UncheckedAt(ii);
     dig[0]=d->GetSector();
@@ -186,22 +276,28 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
     dig[3]=d->GetPadz();
     dig[4]=d->GetPadx();
 
+    //    AliDebug(2,Form(" %2i  %1i  %2i  %1i  %2i ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
+
     for (jj=0; jj<3; jj++) g[jj] = 0.;
     fTOFGeometry->GetPos(dig,g);
 
     h[0] = TMath::Sqrt(g[0]*g[0]+g[1]*g[1]);
     h[1] = TMath::ATan2(g[1],g[0]);
     h[2] = g[2];
-    h[3] = d->GetTdc();
-    h[4] = d->GetAdc();
 
-    AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(h,d->GetTracks(),dig,ii);
+    parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
+    parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
+    parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
+    parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
+    parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
+    AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(h,dig,parTOF,status,d->GetTracks(),ii);
     InsertCluster(tofCluster);
 
   }
 
-  AliInfo(Form("Number of found clusters: %i", fNumberOfTofClusters));
+  AliInfo(Form("Number of found clusters: %i for event: %i", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 
+  CalibrateRecPoint();
   FillRecPoint();
 
   fTreeR->Fill();
@@ -210,6 +306,96 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");  
   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 
+  AliInfo(Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+
+  digits->Delete();
+  delete digits;
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+
+void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree)
+{
+  //
+  // Converts digits to recpoints for TOF
+  //
+
+  TStopwatch stopwatch;
+  stopwatch.Start();
+
+  ///  fRunLoader->GetEvent(iEvent);
+
+  if (digitsTree == 0x0)
+    {
+      AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
+    }
+
+  TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("TOF");
+  if (!branch) { 
+    AliError("can't get the branch with the TOF digits !");
+    return;
+  }
+
+  TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliTOFdigit",10000);
+  branch->SetAddress(&digits);
+
+  ResetRecpoint();
+
+  fTreeR=clusterTree;
+  Int_t bufsize = 32000;
+  fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
+
+  digitsTree->GetEvent(0);
+  Int_t nDigits = digits->GetEntriesFast();
+  AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
+
+  Int_t ii, jj;
+  Int_t dig[5]; //cluster detector indeces
+  Float_t g[3]; //cluster cartesian coord
+  Double_t h[3]; // the cluster spatial cyl. coordinates
+  Int_t  parTOF[5]; //The TOF signal parameters
+  Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
+  for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
+    AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)digits->UncheckedAt(ii);
+    dig[0]=d->GetSector();
+    dig[1]=d->GetPlate();
+    dig[2]=d->GetStrip();
+    dig[3]=d->GetPadz();
+    dig[4]=d->GetPadx();
+
+    //    AliDebug(2,Form(" %2i  %1i  %2i  %1i  %2i ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
+
+    for (jj=0; jj<3; jj++) g[jj] = 0.;
+    fTOFGeometry->GetPos(dig,g);
+
+    h[0] = TMath::Sqrt(g[0]*g[0]+g[1]*g[1]);
+    h[1] = TMath::ATan2(g[1],g[0]);
+    h[2] = g[2];
+
+    parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
+    parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
+    parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
+    parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
+    parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
+    AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(h,dig,parTOF,status,d->GetTracks(),ii);
+    InsertCluster(tofCluster);
+
+  }
+
+  AliInfo(Form("Number of found clusters: %i", fNumberOfTofClusters));
+
+  CalibrateRecPoint();
+  FillRecPoint();
+
+  clusterTree->Fill();
+  ResetRecpoint();
+
+  AliInfo(Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+
+  digits->Delete();
+  delete digits;
 }
 //______________________________________________________________________________
 
@@ -220,58 +406,123 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
   // Converts RAW data to recpoints for TOF
   //
 
-  const Int_t kDDL = fTOFGeometry->NDDL()*fTOFGeometry->NSectors();
+  TStopwatch stopwatch;
+  stopwatch.Start();
+
+  //const Int_t kDDL = fTOFGeometry->NDDL()*fTOFGeometry->NSectors();
+  const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 
   ResetRecpoint();
 
   Int_t bufsize = 32000;
   clustersTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 
+  TClonesArray * clonesRawData;
+
   Int_t ii = 0;
-  Int_t indexDDL = 0;
+  Int_t dummy = -1;
 
   Int_t detectorIndex[5];
   Float_t position[3];
-  Double_t cylindricalPosition[5];
+  Double_t cylindricalPosition[3];
+  Int_t parTOF[5];
+
+  ofstream ftxt;
+  if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 
+  AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
+
+  Int_t indexDDL = 0;
   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 
     rawReader->Reset();
-    AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
-    rawReader->Select(5, indexDDL, indexDDL);
-
-    while(tofInput.Next()) {
+    if (fDecoderVersion) {
+      AliInfo("Using New Decoder \n"); 
+      tofInput.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
+    }
+    else tofInput.LoadRawData(indexDDL);
+
+    clonesRawData = (TClonesArray*)tofInput.GetRawData();
+
+    for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
+
+      AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
+
+      if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
+
+      if (fVerbose==2) {
+       if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
+       else         ftxt << " " << indexDDL;
+       if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
+       else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
+       ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
+       if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
+       else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
+       ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
+      }
+
+      tofInput.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
+                                   tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
+      dummy = detectorIndex[3];
+      detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
+      detectorIndex[4] = dummy;
+
+      if (fVerbose==2) {
+       if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
+       else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
+       ftxt << "  " << detectorIndex[1];
+       if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
+       else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
+       ftxt << "  " << detectorIndex[3];
+       if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
+       else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
+      }
 
-      detectorIndex[0] = tofInput.GetSector();
-      detectorIndex[1] = tofInput.GetPlate();
-      detectorIndex[2] = tofInput.GetStrip();
-      detectorIndex[3] = tofInput.GetPadZ();
-      detectorIndex[4] = tofInput.GetPadX();
-      
       for (ii=0; ii<3; ii++) position[ii] =  0.;
-
       fTOFGeometry->GetPos(detectorIndex, position);
 
       cylindricalPosition[0] = TMath::Sqrt(position[0]*position[0] + position[1]*position[1]);
       cylindricalPosition[1] = TMath::ATan2(position[1], position[0]);
       cylindricalPosition[2] = position[2];
-      cylindricalPosition[3] = tofInput.GetTofBin();
-      cylindricalPosition[4] = tofInput.GetADCbin();
 
-      AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(cylindricalPosition, detectorIndex);
+      parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); //TDC
+      parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
+      parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); //ADC==TOF
+      parTOF[3] = -1;//raw data: no track of undecalib sim time
+      parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // RAW time
+      AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(cylindricalPosition, detectorIndex, parTOF);
       InsertCluster(tofCluster);
 
-    } // while loop
+      if (fVerbose==2) {
+       if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
+       else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
+       else ftxt << "      " << parTOF[1];
+       if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
+       else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
+       else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
+       else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
+      }
+
+    } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 
-  } // loop on DDL files
+    clonesRawData->Clear();
+
+  } // closed loop on DDL index
+
+  if (fVerbose==2) ftxt.close();
 
   AliInfo(Form("Number of found clusters: %i", fNumberOfTofClusters));
 
+  CalibrateRecPoint();
   FillRecPoint();
 
   clustersTree->Fill();
+
   ResetRecpoint();
 
+  AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
+                  stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+
 }
 //______________________________________________________________________________
 
@@ -281,7 +532,11 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader
   // Converts RAW data to recpoints for TOF
   //
 
-  const Int_t kDDL = fTOFGeometry->NDDL()*fTOFGeometry->NSectors();
+  TStopwatch stopwatch;
+  stopwatch.Start();
+
+  //const Int_t kDDL = fTOFGeometry->NDDL()*fTOFGeometry->NSectors();
+  const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 
   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 
@@ -297,46 +552,101 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader
   Int_t bufsize = 32000;
   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 
+  TClonesArray * clonesRawData;
+
   Int_t ii = 0;
-  Int_t indexDDL = 0;
+  Int_t dummy = -1;
 
-  Int_t detectorIndex[5];
+  Int_t detectorIndex[5] = {-1, -1, -1, -1, -1};
   Float_t position[3];
   Double_t cylindricalPosition[5];
+  Int_t parTOF[5];
+  ofstream ftxt;
+  if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 
+  AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
+
+  Int_t indexDDL = 0;
   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 
     rawReader->Reset();
-    AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
-    rawReader->Select(5, indexDDL, indexDDL);
-
-    while(tofInput.Next()) {
-
-      detectorIndex[0] = (Int_t)tofInput.GetSector();
-      detectorIndex[1] = (Int_t)tofInput.GetPlate();
-      detectorIndex[2] = (Int_t)tofInput.GetStrip();
-      detectorIndex[3] = (Int_t)tofInput.GetPadZ();
-      detectorIndex[4] = (Int_t)tofInput.GetPadX();
+    if (fDecoderVersion) {
+      AliInfo("Using New Decoder \n"); 
+      tofInput.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
+    }
+    else tofInput.LoadRawData(indexDDL);
+
+    clonesRawData = (TClonesArray*)tofInput.GetRawData();
+
+    for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
+
+      AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
+
+      if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
+
+      if (fVerbose==2) {
+       if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
+       else         ftxt << " " << indexDDL;
+       if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
+       else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
+       ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
+       if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
+       else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
+       ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
+      }
+
+      tofInput.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
+                                   tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
+      dummy = detectorIndex[3];
+      detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
+      detectorIndex[4] = dummy;
+
+      if (fVerbose==2) {
+       if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
+       else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
+       ftxt << "  " << detectorIndex[1];
+       if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
+       else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
+       ftxt << "  " << detectorIndex[3];
+       if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
+       else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
+      }
 
       for (ii=0; ii<3; ii++) position[ii] =  0.;
-
       fTOFGeometry->GetPos(detectorIndex, position);
-      
-      cylindricalPosition[0] = (Double_t)TMath::Sqrt(position[0]*position[0] + position[1]*position[1]);
-      cylindricalPosition[1] = (Double_t)TMath::ATan2(position[1], position[0]);
-      cylindricalPosition[2] = (Double_t)position[2];
-      cylindricalPosition[3] = (Double_t)tofInput.GetTofBin();
-      cylindricalPosition[4] = (Double_t)tofInput.GetADCbin();
-
-      AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(cylindricalPosition, detectorIndex);
+
+      cylindricalPosition[0] = TMath::Sqrt(position[0]*position[0] + position[1]*position[1]);
+      cylindricalPosition[1] = TMath::ATan2(position[1], position[0]);
+      cylindricalPosition[2] = position[2];
+      parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); // TDC
+      parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
+      parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); // raw data have ADC=TOT
+      parTOF[3] = -1; //raw data: no track of the undecalib sim time
+      parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // Raw time == TDC
+      AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(cylindricalPosition, detectorIndex, parTOF);
       InsertCluster(tofCluster);
 
-    } // while loop
+      if (fVerbose==2) {
+       if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
+       else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
+       else ftxt << "      " << parTOF[1];
+       if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
+       else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
+       else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
+       else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
+      }
 
-  } // DDL Loop
+    } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 
-  AliInfo(Form("Number of found clusters: %i", fNumberOfTofClusters));
+    clonesRawData->Clear();
 
+  } // closed loop on DDL index
+
+  if (fVerbose==2) ftxt.close();
+
+  AliInfo(Form("Number of found clusters: %i for event: %i", fNumberOfTofClusters, iEvent));
+
+  CalibrateRecPoint();
   FillRecPoint();
 
   fTreeR->Fill();
@@ -345,6 +655,9 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader
   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
   
+  AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
+              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+
 }
 //______________________________________________________________________________
 
@@ -356,57 +669,68 @@ void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
   //             (temporary solution)
   //
 
+  TStopwatch stopwatch;
+  stopwatch.Start();
+
+  //const Int_t kDDL = fTOFGeometry->NDDL()*fTOFGeometry->NSectors();
+  const Int_t kDDL = fTOFGeometry->NDDL()*fTOFGeometry->NSectors();
+
   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 
   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
   if (fTreeD)
     {
-    AliInfo("AliTOFClusterFinder: TreeD re-creation");
+    AliInfo("TreeD re-creation");
     fTreeD = 0x0;
     fTOFLoader->MakeTree("D");
     fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
     }
 
-
-  fTreeR = fTOFLoader->TreeD();
-  if (fTreeD == 0x0)
-    {
-      fTOFLoader->MakeTree("D");
-      fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
-    }
-
-  TClonesArray dummy("AliTOFdigit",10000), *tofDigits=&dummy;
+  TClonesArray *tofDigits = new TClonesArray("AliTOFdigit",10000);
   Int_t bufsize = 32000;
   fTreeD->Branch("TOF", &tofDigits, bufsize);
 
-
-  const Int_t kDDL = fTOFGeometry->NDDL()*fTOFGeometry->NSectors();
-
   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 
   AliDebug(2,Form(" Event number %2i ", iEvent));
 
-  Int_t indexDDL = 0;
+  TClonesArray * clonesRawData;
+
+  Int_t dummy = -1;
 
   Int_t detectorIndex[5];
-  Float_t digit[2];
+  Int_t digit[4];
+
+  AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 
+  Int_t indexDDL = 0;
   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 
     rawReader->Reset();
-    AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
-    rawReader->Select(5, indexDDL, indexDDL);
+    if (fDecoderVersion) {
+      AliInfo("Using New Decoder \n"); 
+      tofInput.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
+    }
+    else tofInput.LoadRawData(indexDDL);
+
+    clonesRawData = (TClonesArray*)tofInput.GetRawData();
 
-    while(tofInput.Next()) {
+    for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 
-      detectorIndex[0] = tofInput.GetSector();
-      detectorIndex[1] = tofInput.GetPlate();
-      detectorIndex[2] = tofInput.GetStrip();
-      detectorIndex[3] = tofInput.GetPadX();
-      detectorIndex[4] = tofInput.GetPadZ();
-      
-      digit[0] = (Float_t)tofInput.GetTofBin();
-      digit[1] = (Float_t)tofInput.GetADCbin();
+      AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
+
+      if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
+
+      tofInput.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
+                                   tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
+      dummy = detectorIndex[3];
+      detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
+      detectorIndex[4] = dummy;
+
+      digit[0] = tofInput.GetTofBin();
+      digit[1] = tofInput.GetToTbin();
+      digit[2] = tofInput.GetToTbin();
+      digit[3] = -1;
 
       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 
@@ -416,6 +740,8 @@ void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 
     } // while loop
 
+    clonesRawData->Clear();
+
   } // DDL Loop
 
   fTreeD->Fill();
@@ -423,6 +749,95 @@ void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
   fTOFLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
   
+  AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.2fs C:%.2fs",
+                  stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+
+void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(AliRawReader *rawReader, TTree* digitsTree)
+{
+  //
+  // Converts RAW data to MC digits for TOF for the current event
+  //
+  //
+
+  TStopwatch stopwatch;
+  stopwatch.Start();
+
+  const Int_t kDDL = fTOFGeometry->NDDL()*fTOFGeometry->NSectors();
+
+  if (!digitsTree)
+    {
+    AliError("No input digits Tree");
+    return;
+    }
+
+  TClonesArray *tofDigits = new TClonesArray("AliTOFdigit",10000);
+  Int_t bufsize = 32000;
+  digitsTree->Branch("TOF", &tofDigits, bufsize);
+
+  ///  fRunLoader->GetEvent(iEvent);
+
+  ///  AliDebug(2,Form(" Event number %2i ", iEvent));
+
+  TClonesArray * clonesRawData;
+
+  Int_t dummy = -1;
+
+  Int_t detectorIndex[5];
+  Int_t digit[4];
+
+  AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
+
+  Int_t indexDDL = 0;
+  for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
+
+    rawReader->Reset();
+    if (fDecoderVersion) {
+      AliInfo("Using New Decoder \n"); 
+      tofInput.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
+    }
+    else tofInput.LoadRawData(indexDDL);
+
+    clonesRawData = (TClonesArray*)tofInput.GetRawData();
+
+    for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
+
+      AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
+
+      if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
+
+      tofInput.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
+                                   tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
+      dummy = detectorIndex[3];
+      detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
+      detectorIndex[4] = dummy;
+
+      digit[0] = tofInput.GetTofBin();
+      digit[1] = tofInput.GetToTbin();
+      digit[2] = tofInput.GetToTbin();
+      digit[3] = -1;
+
+      Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
+
+      TClonesArray &aDigits = *tofDigits;
+      Int_t last=tofDigits->GetEntriesFast();
+      new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
+
+    } // while loop
+
+    clonesRawData->Clear();
+
+  } // DDL Loop
+
+  digitsTree->Fill();
+
+  AliDebug(1, Form("Got %d digits: ", tofDigits->GetEntries()));
+  AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and fill TOF digit tree : R:%.2fs C:%.2fs",
+                  stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+
 }
 //______________________________________________________________________________
 
@@ -479,9 +894,11 @@ void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
   Int_t ii, jj;
 
   Int_t detectorIndex[5];
-  Double_t cylindricalPosition[5];
+  Double_t cylindricalPosition[3];
+  Int_t parTOF[5];
   Int_t trackLabels[3];
   Int_t digitIndex = -1;
+  Bool_t status=kTRUE;
 
   TClonesArray &lRecPoints = *fRecPoints;
   
@@ -493,12 +910,69 @@ void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
     cylindricalPosition[0] = fTofClusters[ii]->GetR();
     cylindricalPosition[1] = fTofClusters[ii]->GetPhi();
     cylindricalPosition[2] = fTofClusters[ii]->GetZ();
-    cylindricalPosition[3] = fTofClusters[ii]->GetTDC();
-    cylindricalPosition[4] = fTofClusters[ii]->GetADC();
+    parTOF[0] = fTofClusters[ii]->GetTDC(); // TDC
+    parTOF[1] = fTofClusters[ii]->GetToT(); // TOT
+    parTOF[2] = fTofClusters[ii]->GetADC(); // ADC=TOT
+    parTOF[3] = fTofClusters[ii]->GetTDCND(); // TDCND
+    parTOF[4] = fTofClusters[ii]->GetTDCRAW();//RAW
+    status=fTofClusters[ii]->GetStatus();
+    new(lRecPoints[ii]) AliTOFcluster(cylindricalPosition, detectorIndex, parTOF,status,trackLabels,digitIndex);
+
+  } // loop on clusters
+
+}
+
+//_________________________________________________________________________
+void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint()
+{
+  //
+  // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
+  // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
+  // i.e. fRecPoints.
+  //
+
+  Int_t ii, jj;
 
-    new(lRecPoints[ii]) AliTOFcluster(cylindricalPosition, trackLabels, detectorIndex, digitIndex);
+  Int_t detectorIndex[5];
+  Int_t digitIndex = -1;
+  Double_t tToT;
+  Double_t timeCorr;
+  Int_t   tdcCorr;
+  AliInfo(" Calibrating TOF Clusters: ")
+  
+  AliTOFCal *calTOFArray = fTOFcalib->GetTOFCalArray();  
+
+  for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
+    digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
+    for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
 
-    //AliInfo(Form("%3i  %3i  %f %f %f %f %f  %2i %2i %2i %1i %2i",ii,digitIndex, cylindricalPosition[2],cylindricalPosition[0],cylindricalPosition[1],cylindricalPosition[3],cylindricalPosition[4],detectorIndex[0],detectorIndex[1],detectorIndex[2],detectorIndex[3],detectorIndex[4]));
+    Int_t index = fTOFcalib->GetIndex(detectorIndex);
+     
+    AliTOFChannel * calChannel = calTOFArray->GetChannel(index);
+
+    // Get channel status 
+    Bool_t status=calChannel->GetStatus();
+    if(status)fTofClusters[ii]->SetStatus(!status); //odd convention, to avoid conflict with calibration objects currently in the db (temporary solution).
+    // Get Rough channel online equalization 
+    Float_t roughDelay=calChannel->GetDelay();
+    AliDebug(2,Form(" channel delay = %f", roughDelay));
+    // Get Refined channel offline calibration parameters
+    Float_t par[6];
+    for (Int_t j = 0; j<6; j++){
+      par[j]=calChannel->GetSlewPar(j);
+      AliDebug(2,Form(" Calib Pars = %f, %f, %f, %f, %f, %f ",par[0],par[1],par[2],par[3],par[4],par[5]));
+     }
+    AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (counts) = %i , %i", fTofClusters[ii]->GetToT(),fTofClusters[ii]->GetTDC()));
+    tToT = (Double_t)(fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth());    tToT*=1.E-3; //ToT in ns
+    AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,tToT));
+    timeCorr=par[0]+par[1]*tToT+par[2]*tToT*tToT+par[3]*tToT*tToT*tToT+par[4]*tToT*tToT*tToT*tToT+par[5]*tToT*tToT*tToT*tToT*tToT+roughDelay; // the time correction
+    AliDebug(2,Form(" The time correction (ns) = %f", timeCorr));
+    timeCorr=(Double_t)(fTofClusters[ii]->GetTDC())*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3-timeCorr;//redefine the time
+    timeCorr*=1.E3;
+    AliDebug(2,Form(" The channel time, corr (ps)= %e",timeCorr ));
+    tdcCorr=(Int_t)(timeCorr/AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
+    fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcCorr);
+    AliDebug(2,Form(" The channel time, corr (counts) = %i",fTofClusters[ii]->GetTDC()));
 
   } // loop on clusters