]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - TRD/AliTRDclusterizer.cxx
re-activate contrib code
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDclusterizer.cxx
index 6da43164a9c4f7f2372563160ae9eeb16d84cbe2..6d57608efaf734bce1852d807809700ea2f64c2a 100644 (file)
@@ -66,12 +66,11 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const AliTRDReconstructor *const rec)
   ,fRecPoints(NULL)
   ,fTracklets(NULL)
   ,fTracks(NULL)
-  ,fTrackletTree(NULL)
   ,fDigitsManager(new AliTRDdigitsManager())
-  ,fTrackletContainer(NULL)
   ,fRawVersion(2)
   ,fTransform(new AliTRDtransform(0))
   ,fDigits(NULL)
+  ,fDigitsRaw(NULL)
   ,fIndexes(NULL)
   ,fMaxThresh(0)
   ,fMaxThreshTest(0)
@@ -88,12 +87,13 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const AliTRDReconstructor *const rec)
   ,fCalNoiseROC(NULL)
   ,fCalNoiseDetValue(0)
   ,fCalPadStatusROC(NULL)
-  ,fCalOnGainROC(NULL)
+  ,fCalOnlGainROC(NULL)
   ,fClusterROC(0)
   ,firstClusterROC(0)
   ,fNoOfClusters(0)
   ,fBaseline(0)
   ,fRawStream(NULL)
+  ,fTrgFlags()
 {
   //
   // AliTRDclusterizer default constructor
@@ -126,12 +126,11 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const Text_t *name
   ,fRecPoints(NULL)
   ,fTracklets(NULL)
   ,fTracks(NULL)
-  ,fTrackletTree(NULL)
   ,fDigitsManager(new AliTRDdigitsManager())
-  ,fTrackletContainer(NULL)
   ,fRawVersion(2)
   ,fTransform(new AliTRDtransform(0))
   ,fDigits(NULL)
+  ,fDigitsRaw(NULL)
   ,fIndexes(NULL)
   ,fMaxThresh(0)
   ,fMaxThreshTest(0)
@@ -148,12 +147,13 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const Text_t *name
   ,fCalNoiseROC(NULL)
   ,fCalNoiseDetValue(0)
   ,fCalPadStatusROC(NULL)
-  ,fCalOnGainROC(NULL)
+  ,fCalOnlGainROC(NULL)
   ,fClusterROC(0)
   ,firstClusterROC(0)
   ,fNoOfClusters(0)
   ,fBaseline(0)
   ,fRawStream(NULL)
+  ,fTrgFlags()
 {
   //
   // AliTRDclusterizer constructor
@@ -179,12 +179,11 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const AliTRDclusterizer &c)
   ,fRecPoints(NULL)
   ,fTracklets(NULL)
   ,fTracks(NULL)
-  ,fTrackletTree(NULL)
   ,fDigitsManager(NULL)
-  ,fTrackletContainer(NULL)
   ,fRawVersion(2)
   ,fTransform(NULL)
   ,fDigits(NULL)
+  ,fDigitsRaw(NULL)
   ,fIndexes(NULL)
   ,fMaxThresh(0)
   ,fMaxThreshTest(0)
@@ -201,12 +200,13 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const AliTRDclusterizer &c)
   ,fCalNoiseROC(NULL)
   ,fCalNoiseDetValue(0)
   ,fCalPadStatusROC(NULL)
-  ,fCalOnGainROC(NULL)
+  ,fCalOnlGainROC(NULL)
   ,fClusterROC(0)
   ,firstClusterROC(0)
   ,fNoOfClusters(0)
   ,fBaseline(0)
   ,fRawStream(NULL)
+  ,fTrgFlags()
 {
   //
   // AliTRDclusterizer copy constructor
@@ -226,26 +226,16 @@ AliTRDclusterizer::~AliTRDclusterizer()
   // AliTRDclusterizer destructor
   //
 
-  if (fRecPoints/* && IsClustersOwner()*/){
-    fRecPoints->Delete();
-    delete fRecPoints;
-  }
-
-  if (fTracklets){
-    fTracklets->Delete();
-    delete fTracklets;
-  }
-
-  if (fTracks){
-    fTracks->Delete();
-    delete fTracks;
-  }
-
   if (fDigitsManager) {
     delete fDigitsManager;
     fDigitsManager = NULL;
   }
 
+  if (fDigitsRaw) {
+    delete fDigitsRaw;
+    fDigitsRaw = NULL;
+  }
+
   if (fTransform){
     delete fTransform;
     fTransform = NULL;
@@ -255,7 +245,6 @@ AliTRDclusterizer::~AliTRDclusterizer()
     delete fRawStream;
     fRawStream = NULL;
   }
-
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -283,11 +272,11 @@ void AliTRDclusterizer::Copy(TObject &c) const
 
   ((AliTRDclusterizer &) c).fClusterTree   = NULL;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fRecPoints     = NULL;  
-  ((AliTRDclusterizer &) c).fTrackletTree  = NULL;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fDigitsManager = NULL;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fRawVersion    = fRawVersion;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fTransform     = NULL;
-  ((AliTRDclusterizer &) c).fDigits      = NULL;
+  ((AliTRDclusterizer &) c).fDigits        = NULL;
+  ((AliTRDclusterizer &) c).fDigitsRaw     = NULL;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fIndexes       = NULL;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fMaxThresh     = 0;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fMaxThreshTest = 0;
@@ -402,6 +391,8 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::WriteClusters(Int_t det)
     AliError(Form("Unexpected detector index %d.\n",det));
     return kFALSE;
   }
+  Int_t nRecPoints = RecPoints()->GetEntriesFast();
+  if(!nRecPoints) return kTRUE;
 
   TObjArray *ioArray = new TObjArray(400);
   TBranch *branch = fClusterTree->GetBranch("TRDcluster");
@@ -409,21 +400,28 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::WriteClusters(Int_t det)
     fClusterTree->Branch("TRDcluster","TObjArray",&ioArray,32000,0);
   } else branch->SetAddress(&ioArray);
   
-  Int_t nRecPoints = RecPoints()->GetEntriesFast();
+  AliTRDcluster *c(NULL);
   if(det >= 0){
     for (Int_t i = 0; i < nRecPoints; i++) {
-      AliTRDcluster *c = (AliTRDcluster *) RecPoints()->UncheckedAt(i);
+      if(!(c = (AliTRDcluster *) RecPoints()->UncheckedAt(i))) continue;
       if(det != c->GetDetector()) continue;
       ioArray->AddLast(c);
     }
     fClusterTree->Fill();
     ioArray->Clear();
   } else {
-    Int_t detOld = -1, nw(0);
-    for (Int_t i = 0; i < nRecPoints; i++) {
-      AliTRDcluster *c = (AliTRDcluster *) RecPoints()->UncheckedAt(i);
+    if(!(c = (AliTRDcluster*)RecPoints()->UncheckedAt(0))){
+      AliError("Missing first cluster.");
+      delete ioArray;
+      return kFALSE;  
+    }
+    Int_t detOld(c->GetDetector()), nw(0);
+    ioArray->AddLast(c);
+    for (Int_t i(1); i<nRecPoints; i++) {
+      if(!(c = (AliTRDcluster *) RecPoints()->UncheckedAt(i))) continue;
       if(c->GetDetector() != detOld){
         nw += ioArray->GetEntriesFast();
+        // fill & clear previously detector set of clusters
         fClusterTree->Fill();
         ioArray->Clear();
         detOld = c->GetDetector();
@@ -432,10 +430,12 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::WriteClusters(Int_t det)
     }
     if(ioArray->GetEntriesFast()){
       nw += ioArray->GetEntriesFast();
+      // fill & clear last detector set of clusters (if any)
       fClusterTree->Fill();
       ioArray->Clear();
     }
     AliDebug(2, Form("Clusters FOUND[%d] WRITTEN[%d] STATUS[%s]", nRecPoints, nw, nw==nRecPoints?"OK":"FAILED"));
+    if(nw!=nRecPoints) AliWarning(Form("Clusters FOUND[%d] WRITTEN[%d]", nRecPoints, nw));
   }
   delete ioArray;
 
@@ -508,25 +508,57 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::ReadTracklets()
   if (!trackletLoader) {
       return kFALSE;
   }
-
-  // simulated tracklets
   trackletLoader->Load();
+
+  Bool_t loaded = kFALSE;
+  // look for simulated tracklets
   TTree *trackletTree = trackletLoader->Tree();
 
- if (trackletTree) {
-   TBranch *trklbranch = trackletTree->GetBranch("mcmtrklbranch");
-   TClonesArray *trklArray = TrackletsArray("AliTRDtrackletMCM");
-   if (trklbranch && trklArray) {
-     AliTRDtrackletMCM *trkl = 0x0;
-     trklbranch->SetAddress(&trkl);
-     for (Int_t iTracklet = 0; iTracklet < trklbranch->GetEntries(); iTracklet++) {
-       trklbranch->GetEntry(iTracklet);
-       new ((*trklArray)[trklArray->GetEntries()]) AliTRDtrackletMCM(*trkl);
-     }
-     return kTRUE;
-   }
- }
- return kFALSE;
+  if (trackletTree) {
+    TBranch *trklbranch = trackletTree->GetBranch("mcmtrklbranch");
+    TClonesArray *trklArray = TrackletsArray("AliTRDtrackletMCM");
+    if (trklbranch && trklArray) {
+      AliTRDtrackletMCM *trkl = 0x0;
+      trklbranch->SetAddress(&trkl);
+      Int_t nTracklets = trklbranch->GetEntries();
+      for (Int_t iTracklet = 0; iTracklet < nTracklets; iTracklet++) {
+        trklbranch->GetEntry(iTracklet);
+        new ((*trklArray)[trklArray->GetEntries()]) AliTRDtrackletMCM(*trkl);
+      }
+      loaded = kTRUE;
+    }
+  }
+  else {
+    // if no simulated tracklets found, look for raw tracklets
+    AliTreeLoader *treeLoader = (AliTreeLoader*) trackletLoader->GetBaseLoader("tracklets-raw");
+    trackletTree = treeLoader ? treeLoader->Load(), treeLoader->Tree() : 0x0;
+
+    if (trackletTree) {
+      TClonesArray *trklArray = TrackletsArray("AliTRDtrackletWord");
+
+      Int_t hc;
+      TClonesArray *ar = 0x0;
+      trackletTree->SetBranchAddress("hc", &hc);
+      trackletTree->SetBranchAddress("trkl", &ar);
+
+      Int_t nEntries = trackletTree->GetEntries();
+      for (Int_t iEntry = 0; iEntry < nEntries; iEntry++) {
+       trackletTree->GetEntry(iEntry);
+       Int_t nTracklets = ar->GetEntriesFast();
+       AliDebug(2, Form("%i tracklets in HC %i", nTracklets, hc));
+       for (Int_t iTracklet = 0; iTracklet < nTracklets; iTracklet++) {
+         AliTRDtrackletWord *trklWord = (AliTRDtrackletWord*) (*ar)[iTracklet];
+         new ((*trklArray)[trklArray->GetEntries()]) AliTRDtrackletWord(trklWord->GetTrackletWord(), hc);
+       }
+      }
+      loaded = kTRUE;
+    }
+  }
+
+  trackletLoader->UnloadAll();
+  trackletLoader->CloseFile();
+
+  return loaded;
 }
 
 Bool_t AliTRDclusterizer::ReadTracks()
@@ -543,28 +575,35 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::ReadTracks()
   }
 
   AliLoader* loader = runLoader->GetLoader("TRDLoader");
+  if (!loader) {
+    return kFALSE;
+  }
 
   AliDataLoader *trackLoader = loader->GetDataLoader("gtutracks");
   if (!trackLoader) {
       return kFALSE;
   }
 
+  Bool_t loaded = kFALSE;
+
   trackLoader->Load();
 
   TTree *trackTree = trackLoader->Tree();
-  if (!trackTree) {
-    return kFALSE;
+  if (trackTree) {
+    TClonesArray *trackArray = TracksArray();
+    AliTRDtrackGTU *trk = 0x0;
+    trackTree->SetBranchAddress("TRDtrackGTU", &trk);
+    for (Int_t iTrack = 0; iTrack < trackTree->GetEntries(); iTrack++) {
+      trackTree->GetEntry(iTrack);
+      new ((*trackArray)[trackArray->GetEntries()]) AliESDTrdTrack(*(trk->CreateTrdTrack()));
+    }
+    loaded = kTRUE;
   }
 
-  TClonesArray *trackArray = TracksArray();
-  AliTRDtrackGTU *trk = 0x0;
-  trackTree->SetBranchAddress("TRDtrackGTU", &trk);
-  for (Int_t iTrack = 0; iTrack < trackTree->GetEntries(); iTrack++) {
-    trackTree->GetEntry(iTrack);
-    new ((*trackArray)[trackArray->GetEntries()]) AliESDTrdTrack(*(trk->CreateTrdTrack()));
-  }
+  trackLoader->UnloadAll();
+  trackLoader->CloseFile();
 
-  return kTRUE;
+  return loaded;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -592,13 +631,20 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters()
       fDigitsManager->BuildIndexes(i);
     }
   
-    Bool_t fR = kFALSE;
+    Bool_t fR(kFALSE);
     if (indexes->HasEntry()){
       if (TestBit(kLabels)){
+        Int_t nDict(0);
         for (Int_t iDict = 0; iDict < AliTRDdigitsManager::kNDict; iDict++){
-          AliTRDarrayDictionary *tracksIn = 0; //mod
+          AliTRDarrayDictionary *tracksIn(NULL); //mod
           tracksIn = (AliTRDarrayDictionary *) fDigitsManager->GetDictionary(i,iDict);  //mod
-          tracksIn->Expand();
+          // This is to take care of data reconstruction
+          if (!tracksIn->GetDim()) continue;
+          tracksIn->Expand(); nDict++; 
+        }
+        if(!nDict){
+          AliDebug(1, "MC labels not available. Switch them off.");
+          SetUseLabels(kFALSE);
         }
       }
       fR = MakeClusters(i);
@@ -616,7 +662,10 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters()
   
   if(fReconstructor->IsWritingClusters()) WriteClusters(-1);
 
-  AliInfo(Form("Number of found clusters : %d", RecPoints()->GetEntriesFast())); 
+  AliInfo(Form("Found :: clusters[%d] tracklets[%d] tracks[%d]",
+    RecPoints()?RecPoints()->GetEntriesFast():0,
+    TrackletsArray()?TrackletsArray()->GetEntriesFast():0,
+    TracksArray()?TracksArray()->GetEntriesFast():0));
 
   return fReturn;
 
@@ -649,23 +698,6 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::Raw2ClustersChamber(AliRawReader *rawReader)
 
   fDigitsManager->SetUseDictionaries(TestBit(kLabels));
 
-  // ----- preparing tracklet output -----
-  if (fReconstructor->IsWritingTracklets()) {
-    AliDataLoader *trklLoader = AliRunLoader::Instance()->GetLoader("TRDLoader")->GetDataLoader("tracklets");
-    if (!trklLoader) {
-      //AliInfo("Could not get the tracklets data loader, adding it now!");
-      trklLoader = new AliDataLoader("TRD.Tracklets.root","tracklets", "tracklets");
-      AliRunLoader::Instance()->GetLoader("TRDLoader")->AddDataLoader(trklLoader);
-    }
-    AliTreeLoader *trklTreeLoader = dynamic_cast<AliTreeLoader*> (trklLoader->GetBaseLoader("tracklets-raw"));
-    if (!trklTreeLoader) {
-      trklTreeLoader = new AliTreeLoader("tracklets-raw", trklLoader);
-      trklLoader->AddBaseLoader(trklTreeLoader);
-    }
-    if (!trklTreeLoader->Tree())
-      trklTreeLoader->MakeTree();
-  }
-
   if(!fRawStream)
     fRawStream = new AliTRDrawStream(rawReader);
   else
@@ -676,7 +708,7 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::Raw2ClustersChamber(AliRawReader *rawReader)
   //}
 
   // register tracklet array for output
-  fRawStream->SetTrackletArray(TrackletsArray("AliTRDtrackletMCM"));
+  fRawStream->SetTrackletArray(TrackletsArray("AliTRDtrackletWord"));
   fRawStream->SetTrackArray(TracksArray());
 
   UInt_t det = 0;
@@ -687,14 +719,8 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::Raw2ClustersChamber(AliRawReader *rawReader)
     }
   }
 
-  if (fReconstructor->IsWritingTracklets()) {
-    if (AliDataLoader *trklLoader = AliRunLoader::Instance()->GetLoader("TRDLoader")->GetDataLoader("tracklets")) {
-      if (trklLoader) {
-       if (AliTreeLoader *trklTreeLoader = (AliTreeLoader*) trklLoader->GetBaseLoader("tracklets-raw"))
-         trklTreeLoader->WriteData("OVERWRITE");
-       trklLoader->UnloadAll();
-      }
-    }
+  for (Int_t iSector = 0; iSector < AliTRDgeometry::kNsector; iSector++) {
+    fTrgFlags[iSector] = fRawStream->GetTriggerFlags(iSector);
   }
 
   if(fReconstructor->IsWritingClusters()) WriteClusters(-1);
@@ -706,7 +732,10 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::Raw2ClustersChamber(AliRawReader *rawReader)
     fRawStream = NULL;
   }
 
-  AliInfo(Form("Number of found clusters : %d", fNoOfClusters)); 
+  AliInfo(Form("Found :: clusters[%d] tracklets[%d] tracks[%d]",
+    RecPoints()?RecPoints()->GetEntriesFast():0,
+    TrackletsArray()?TrackletsArray()->GetEntriesFast():0,
+    TracksArray()?TracksArray()->GetEntriesFast():0));
   return kTRUE;
 
 }
@@ -790,9 +819,9 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
 
   const AliTRDrecoParam *const recoParam = fReconstructor->GetRecoParam();
 
-  fMaxThresh            = (Short_t)recoParam->GetClusMaxThresh();
-  fMaxThreshTest        = (Short_t)(recoParam->GetClusMaxThresh()/2+fBaseline);
-  fSigThresh            = (Short_t)recoParam->GetClusSigThresh();
+  fMaxThresh            = recoParam->GetClusMaxThresh();
+  fMaxThreshTest        = (recoParam->GetClusMaxThresh()/2+fBaseline);
+  fSigThresh            = recoParam->GetClusSigThresh();
   fMinMaxCutSigma       = recoParam->GetMinMaxCutSigma();
   fMinLeftRightCutSigma = recoParam->GetMinLeftRightCutSigma();
   const Int_t iEveryNTB = recoParam->GetRecEveryNTB();
@@ -805,7 +834,7 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
 
   fDet  = AliTRDgeometry::GetDetector(fLayer,istack,isector);
   if (fDet != det) {
-    AliError("Strange Detector number Missmatch!");
+    AliError(Form("Detector number missmatch! Request[%03d] RAW[%03d]", det, fDet));
     return kFALSE;
   }
 
@@ -821,6 +850,14 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
   fColMax    = fDigits->GetNcol();
   fTimeTotal = fDigitsManager->GetDigitsParam()->GetNTimeBins(det);
 
+  // Check consistency between Geometry and raw data
+  AliTRDpadPlane *pp(fTransform->GetPadPlane());
+  Int_t ncols(pp->GetNcols()), nrows(pp->GetNrows());
+  if(ncols != fColMax) AliDebug(1, Form("N cols missmatch in Digits for Det[%3d] :: Geom[%3d] RAW[%3d]", fDet, ncols, fColMax));
+  if(nrows != fDigits->GetNrow()) AliDebug(1, Form("N rows missmatch in Digits for Det[%3d] :: Geom[%3d] RAW[%3d]", fDet, nrows, fDigits->GetNrow()));
+  if(ncols != fIndexes->GetNcol()) AliDebug(1, Form("N cols missmatch in Digits for Det[%3d] :: Geom[%3d] RAW[%3d]", fDet, ncols, fIndexes->GetNcol()));
+  if(nrows != fIndexes->GetNrow()) AliDebug(1, Form("N rows missmatch in Digits for Det[%3d] :: Geom[%3d] RAW[%3d]", fDet, nrows, fIndexes->GetNrow()));
+
   // Check consistency between OCDB and raw data
   Int_t nTimeOCDB = calibration->GetNumberOfTimeBinsDCS();
   if(fReconstructor->IsHLT()){
@@ -830,20 +867,21 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
     }
   }else{
     if(nTimeOCDB == -1){
-      AliWarning("Undefined number of timebins in OCDB, using value from raw data.");
-      if(!fTimeTotal>0){
-       AliError("Number of timebins in raw data is negative, skipping chamber!");
-       return kFALSE;
+      AliDebug(1, "Undefined number of timebins in OCDB, using value from raw data.");
+      if(!(fTimeTotal>0)){
+        AliError(Form("Number of timebins in raw data is negative, skipping chamber[%3d]!", fDet));
+        return kFALSE;
       }
     }else if(nTimeOCDB == -2){
       AliError("Mixed number of timebins in OCDB, no reconstruction of TRD data!"); 
       return kFALSE;
     }else if(fTimeTotal != nTimeOCDB){
-      AliError(Form("Number of timebins in raw data does not match OCDB value (RAW[%d] OCDB[%d]), skipping chamber!"
-                   ,fTimeTotal,nTimeOCDB));
+      AliError(Form("Number of timebins in raw data does not match OCDB value (RAW[%d] OCDB[%d]), skipping chamber[%3d]!"
+        ,fTimeTotal,nTimeOCDB, fDet));
       return kFALSE;
     }
   }
+  AliDebug(1, Form("Using %2d number of timebins for Det[%03d].", fTimeTotal, fDet));
 
   // Detector wise calibration object for the gain factors
   const AliTRDCalDet *calGainFactorDet = calibration->GetGainFactorDet();
@@ -862,7 +900,10 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
   // Calibration object with the pad status
   fCalPadStatusROC       = calibration->GetPadStatusROC(fDet);
   // Calibration object of the online gain
-  fCalOnGainROC          = calibration->GetOnlineGainTableROC(fDet);
+  fCalOnlGainROC          = 0x0;  
+  if (calibration->HasOnlineFilterGain()) {
+    fCalOnlGainROC        = calibration->GetOnlineGainTableROC(fDet);
+  }
 
   firstClusterROC = -1;
   fClusterROC     =  0;
@@ -873,7 +914,16 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
   // Apply the gain and the tail cancelation via digital filter
   // Use the configuration from the DCS to find out whether online 
   // tail cancellation was applied
-  if(!calibration->HasOnlineTailCancellation()) TailCancelation(recoParam);
+  if(!calibration->HasOnlineTailCancellation()){
+    // save a copy of raw data
+    if(TestBit(kRawSignal)){
+      if(fDigitsRaw){
+        fDigitsRaw->~AliTRDarrayADC();
+        new(fDigitsRaw) AliTRDarrayADC(*fDigits);
+      } else fDigitsRaw = new AliTRDarrayADC(*fDigits);
+    }
+    TailCancelation(recoParam);
+  }
 
   MaxStruct curr, last;
   Int_t nMaximas = 0, nCorrupted = 0;
@@ -902,14 +952,14 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
       << "NCorrupted=" << nCorrupted
       << "\n";
   }
-  // if (TestBit(kLabels)) AddLabels();
+  if (TestBit(kLabels)) AddLabels();
 
   return kTRUE;
 
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliTRDclusterizer::IsMaximum(const MaxStruct &Max, UChar_t &padStatus, Short_t *const Signals) 
+Bool_t AliTRDclusterizer::IsMaximum(const MaxStruct &Max, UChar_t &padStatus, Float_t *const Signals)
 {
   //
   // Returns true if this row,col,time combination is a maximum. 
@@ -917,16 +967,16 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::IsMaximum(const MaxStruct &Max, UChar_t &padStatus, Sh
   //
 
   Float_t gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(Max.col,Max.row);
-  Float_t ongain = fCalOnGainROC ? fCalOnGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,Max.col) : 1;
-  Signals[1] = (Short_t)((fDigits->GetData(Max.row, Max.col, Max.time) - fBaseline) * ongain / gain + 0.5f);
+  Float_t onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,Max.col) : 1;
+  Signals[1] = (fDigits->GetData(Max.row, Max.col, Max.time) - fBaseline) /(onlcf * gain) + 0.5f;
   if(Signals[1] <= fMaxThresh) return kFALSE;
 
   if(Max.col < 1 || Max.col + 1 >= fColMax) return kFALSE;
 
-  Short_t noiseMiddleThresh = (Short_t)(fMinMaxCutSigma*fCalNoiseDetValue*fCalNoiseROC->GetValue(Max.col, Max.row));
+  Float_t noiseMiddleThresh = fMinMaxCutSigma*fCalNoiseDetValue*fCalNoiseROC->GetValue(Max.col, Max.row);
   if (Signals[1] <= noiseMiddleThresh) return kFALSE;  
 
-  UChar_t status[3]={
+  Char_t status[3]={
     fCalPadStatusROC->GetStatus(Max.col-1, Max.row)
    ,fCalPadStatusROC->GetStatus(Max.col,   Max.row)
    ,fCalPadStatusROC->GetStatus(Max.col+1, Max.row)
@@ -935,22 +985,22 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::IsMaximum(const MaxStruct &Max, UChar_t &padStatus, Sh
   Short_t signal(0);
   if((signal = fDigits->GetData(Max.row, Max.col-1, Max.time))){
     gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(Max.col-1,Max.row);
-    ongain = fCalOnGainROC ? fCalOnGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,Max.col-1) : 1;
-    Signals[0] = (Short_t)((signal - fBaseline) * ongain / gain + 0.5f);
-  } else Signals[0] = 0;
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,Max.col-1) : 1;
+    Signals[0] = (signal - fBaseline) /( onlcf * gain) + 0.5f;
+  } else Signals[0] = 0.;
   if((signal = fDigits->GetData(Max.row, Max.col+1, Max.time))){
     gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(Max.col+1,Max.row);
-    ongain = fCalOnGainROC ? fCalOnGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,Max.col+1) : 1;
-    Signals[2] = (Short_t)((signal - fBaseline) * ongain / gain + 0.5f);
-  } else Signals[2] = 0;
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,Max.col+1) : 1;
+    Signals[2] = (signal - fBaseline) /( onlcf *  gain) + 0.5f;
+  } else Signals[2] = 0.;
 
   if(!(status[0] | status[1] | status[2])) {//all pads are good
     if ((Signals[2] <= Signals[1]) && (Signals[0] <  Signals[1])) {
       if ((Signals[2] > fSigThresh) || (Signals[0] > fSigThresh)) {
-       if(Signals[0]<0)Signals[0]=0;
-       if(Signals[2]<0)Signals[2]=0;
-        Short_t noiseSumThresh = (Short_t)(fMinLeftRightCutSigma * fCalNoiseDetValue
-                                          * fCalNoiseROC->GetValue(Max.col, Max.row));
+        if(Signals[0]<0) Signals[0]=0.;
+        if(Signals[2]<0) Signals[2]=0.;
+        Float_t noiseSumThresh = fMinLeftRightCutSigma * fCalNoiseDetValue
+                               * fCalNoiseROC->GetValue(Max.col, Max.row);
         if ((Signals[2]+Signals[0]+Signals[1]) <= noiseSumThresh) return kFALSE;
         padStatus = 0;
         return kTRUE;
@@ -988,14 +1038,17 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::FivePadCluster(MaxStruct &ThisMax, MaxStruct &Neighbou
   
   if (ThisMax.col >= fColMax - 3) return kFALSE;
   Float_t gain;
+  Float_t onlcf;
   if (ThisMax.col < fColMax - 5){
     gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(ThisMax.col+4,ThisMax.row);
-    if (fDigits->GetData(ThisMax.row, ThisMax.col+4, ThisMax.time) - fBaseline >= fSigThresh * gain)
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(ThisMax.row,ThisMax.col+4) : 1;
+    if (fDigits->GetData(ThisMax.row, ThisMax.col+4, ThisMax.time) - fBaseline >= fSigThresh * gain * onlcf)
       return kFALSE;
   }
   if (ThisMax.col > 1) {
     gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(ThisMax.col-2,ThisMax.row);
-    if (fDigits->GetData(ThisMax.row, ThisMax.col-2, ThisMax.time) - fBaseline >= fSigThresh * gain)
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(ThisMax.row,ThisMax.col-2) : 1;
+    if (fDigits->GetData(ThisMax.row, ThisMax.col-2, ThisMax.time) - fBaseline >= fSigThresh * gain * onlcf)
       return kFALSE;
   }
   
@@ -1006,8 +1059,8 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::FivePadCluster(MaxStruct &ThisMax, MaxStruct &Neighbou
   // Unfold the two maxima and set the signal on 
   // the overlapping pad to the ratio
   Float_t ratio = Unfold(kEpsilon,fLayer,padSignal);
-  ThisMax.signals[2] = (Short_t)(ThisMax.signals[2]*ratio + 0.5f);
-  NeighbourMax.signals[0] = (Short_t)(NeighbourMax.signals[0]*(1-ratio) + 0.5f);
+  ThisMax.signals[2] = ThisMax.signals[2]*ratio + 0.5f;
+  NeighbourMax.signals[0] = NeighbourMax.signals[0]*(1-ratio) + 0.5f;
   ThisMax.fivePad=kTRUE;
   NeighbourMax.fivePad=kTRUE;
   return kTRUE;
@@ -1018,15 +1071,16 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::FivePadCluster(MaxStruct &ThisMax, MaxStruct &Neighbou
 void AliTRDclusterizer::CreateCluster(const MaxStruct &Max)
 {
   //
-  // Creates a cluster at the given position and saves it in fRecPoints
+  // Creates a cluster at the given position and saves it in RecPoints
   //
 
   Int_t nPadCount = 1;
-  Short_t signals[7] = { 0, 0, Max.signals[0], Max.signals[1], Max.signals[2], 0, 0 };
+  Short_t signals[7] = { 0, 0, (Short_t)Max.signals[0], (Short_t)Max.signals[1], (Short_t)Max.signals[2], 0, 0 };
   if(!fReconstructor->IsHLT()) CalcAdditionalInfo(Max, signals, nPadCount);
 
   AliTRDcluster cluster(fDet, ((UChar_t) Max.col), ((UChar_t) Max.row), ((UChar_t) Max.time), signals, fVolid);
   cluster.SetNPads(nPadCount);
+  cluster.SetQ(Max.signals[0]+Max.signals[1]+Max.signals[2]);
   if(TestBit(kLUT)) cluster.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kLUT);
   else if(TestBit(kGAUS)) cluster.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kGAUS);
   else cluster.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
@@ -1044,7 +1098,24 @@ void AliTRDclusterizer::CreateCluster(const MaxStruct &Max)
   // space point positions defined in the local tracking system.
   // Here the calibration for T0, Vdrift and ExB is applied as well.
   if(!TestBit(kSkipTrafo)) if(!fTransform->Transform(&cluster)) return;
-
+  // Store raw signals in cluster. This MUST be called after position reconstruction !
+  // Xianguo Lu and Alex Bercuci 19.03.2012
+  if(TestBit(kRawSignal) && fDigitsRaw){
+    Float_t tmp(0.), kMaxShortVal(32767.); // protect against data overflow due to wrong gain calibration
+    Short_t rawSignal[7] = {0};
+    for(Int_t ipad(Max.col-3), iRawId(0); ipad<=Max.col+3; ipad++, iRawId++){
+      if(ipad<0 || ipad>=fColMax) continue;
+      if(!fCalOnlGainROC){
+        rawSignal[iRawId] = fDigitsRaw->GetData(Max.row, ipad, Max.time);
+        continue;
+      }
+      // Deconvolute online gain calibration when available
+      // Alex Bercuci 27.04.2012
+      tmp = (fDigitsRaw->GetData(Max.row, ipad, Max.time) - fBaseline)/fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row, ipad) + 0.5f;
+      rawSignal[iRawId] = (Short_t)TMath::Min(tmp, kMaxShortVal);
+    }
+    cluster.SetSignals(rawSignal, kTRUE);
+  }
   // Temporarily store the Max.Row, column and time bin of the center pad
   // Used to later on assign the track indices
   cluster.SetLabel(Max.row, 0);
@@ -1068,7 +1139,7 @@ void AliTRDclusterizer::CalcAdditionalInfo(const MaxStruct &Max, Short_t *const
 // ADC signals at position 0, 1, 5 and 6
 
   Float_t tmp(0.), kMaxShortVal(32767.); // protect against data overflow due to wrong gain calibration
-  Float_t gain(1.); Short_t signal(0);
+  Float_t gain(1.); Float_t onlcf(1.); Short_t signal(0);
   // Store the amplitudes of the pads in the cluster for later analysis
   // and check whether one of these pads is masked in the database
   signals[3]=Max.signals[1];
@@ -1077,7 +1148,8 @@ void AliTRDclusterizer::CalcAdditionalInfo(const MaxStruct &Max, Short_t *const
   while((jpad = Max.col-ipad)){
     if(!(signal = fDigits->GetData(Max.row, jpad, Max.time))) break; // empty digit !
     gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(jpad, Max.row);
-    tmp = (signal - fBaseline) / gain + 0.5f;
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,jpad) : 1;
+    tmp = (signal - fBaseline) / (onlcf * gain) + 0.5f;
     signal = (Short_t)TMath::Min(tmp, kMaxShortVal);
     if(signal<fSigThresh) break; // signal under threshold
     nPadCount++;
@@ -1089,7 +1161,8 @@ void AliTRDclusterizer::CalcAdditionalInfo(const MaxStruct &Max, Short_t *const
   while((jpad = Max.col+ipad)<fColMax){
     if(!(signal = fDigits->GetData(Max.row, jpad, Max.time))) break; // empty digit !
     gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(jpad, Max.row);
-    tmp = (signal - fBaseline) / gain + 0.5f;
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,jpad) : 1;
+    tmp = (signal - fBaseline) / (onlcf * gain) + 0.5f;
     signal = (Short_t)TMath::Min(tmp, kMaxShortVal);
     if(signal<fSigThresh) break; // signal under threshold
     nPadCount++;
@@ -1136,7 +1209,7 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::AddLabels()
 
   // Loop through the dictionary arrays one-by-one
   // to keep memory consumption low
-  AliTRDarrayDictionary *tracksIn = 0;  //mod
+  AliTRDarrayDictionary *tracksIn(NULL);  //mod
   for (Int_t iDict = 0; iDict < kNdict; iDict++) {
 
     // tracksIn should be expanded beforehand!
@@ -1230,8 +1303,11 @@ Float_t AliTRDclusterizer::Unfold(Double_t eps, Int_t layer, const Double_t *con
     irc = calibration->PadResponse(ampRight,maxRight,layer,newRightSignal);
 
     // Calculate new overlapping ratio
-    ratio = TMath::Min((Double_t) 1.0
-                      ,newLeftSignal[2] / (newLeftSignal[2] + newRightSignal[0]));
+    // Coverity
+    if (irc != 0) {
+      ratio = TMath::Min((Double_t) 1.0
+                        ,newLeftSignal[2] / (newLeftSignal[2] + newRightSignal[0]));
+    }
 
   }
 
@@ -1393,22 +1469,6 @@ void AliTRDclusterizer::DeConvExp(Short_t *const arr, const Int_t nTime, const I
     for (int k = 0; k < 2; k++) {
       correction += reminder[k] = rates[k] * (reminder[k] + coefficients[k] * result);
     }
-
-  }
-
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTRDclusterizer::ResetRecPoints() 
-{
-  //
-  // Resets the list of rec points
-  //
-
-  if (fRecPoints) {
-    fRecPoints->Clear();
-    fNoOfClusters = 0;
-    //    delete fRecPoints;
   }
 }
 
@@ -1419,18 +1479,9 @@ TClonesArray *AliTRDclusterizer::RecPoints()
   // Returns the list of rec points
   //
 
-  if (!fRecPoints) {
-    if(!(fRecPoints = AliTRDReconstructor::GetClusters())){
-      // determine number of clusters which has to be allocated
-      Float_t nclusters = fReconstructor->GetRecoParam()->GetNClusters();
-
-      fRecPoints = new TClonesArray("AliTRDcluster", Int_t(nclusters));
-    }
-    //SetClustersOwner(kTRUE);
-    AliTRDReconstructor::SetClusters(0x0);
-  }
+  fRecPoints = AliTRDReconstructor::GetClusters();
+  if (!fRecPoints) AliError("Missing cluster array");
   return fRecPoints;
-
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -1439,17 +1490,8 @@ TClonesArray *AliTRDclusterizer::TrackletsArray(const TString &trkltype)
   //
   // Returns the array of on-line tracklets
   //
-
-  if (trkltype.Length() != 0) {
-    if (!fTracklets) {
-      fTracklets = new TClonesArray(trkltype, 200);
-  }
-    else if (TClass::GetClass(trkltype.Data()) != fTracklets->GetClass()){
-      fTracklets->Delete();
-      delete fTracklets;
-      fTracklets = new TClonesArray(trkltype, 200);
-    }
-  }
+  fTracklets = AliTRDReconstructor::GetTracklets(trkltype.Data());
+  if (!fTracklets) AliError("Missing online tracklets array");
   return fTracklets;
 }
 
@@ -1458,8 +1500,7 @@ TClonesArray* AliTRDclusterizer::TracksArray()
 {
   // return array of GTU tracks (create TClonesArray if necessary)
 
-  if (!fTracks) {
-    fTracks = new TClonesArray("AliESDTrdTrack",100);
-  }
+  fTracks = AliTRDReconstructor::GetTracks();
+  if (!fTracks) AliError("Missing online tracks array");
   return fTracks;
 }