]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - TRD/AliTRDclusterizer.cxx
Removing useless flag.
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDclusterizer.cxx
index 9a4da8d4a45f043aa56f40b6aa09a8074a567b18..6d57608efaf734bce1852d807809700ea2f64c2a 100644 (file)
@@ -26,6 +26,7 @@
 
 #include "AliRunLoader.h"
 #include "AliLoader.h"
+#include "AliTreeLoader.h"
 #include "AliAlignObj.h"
 
 #include "AliTRDclusterizer.h"
 #include "AliTRDcalibDB.h"
 #include "AliTRDtransform.h"
 #include "AliTRDSignalIndex.h"
-#include "AliTRDrawStreamBase.h"
+#include "AliTRDrawStream.h"
 #include "AliTRDfeeParam.h"
 #include "AliTRDtrackletWord.h"
+#include "AliTRDtrackletMCM.h"
+#include "AliTRDtrackGTU.h"
+#include "AliESDTrdTrack.h"
 
 #include "TTreeStream.h"
 
 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
 #include "Cal/AliTRDCalSingleChamberStatus.h"
+#include "Cal/AliTRDCalOnlineGainTableROC.h"
 
 ClassImp(AliTRDclusterizer)
 
@@ -60,14 +65,15 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const AliTRDReconstructor *const rec)
   ,fClusterTree(NULL)
   ,fRecPoints(NULL)
   ,fTracklets(NULL)
-  ,fTrackletTree(NULL)
+  ,fTracks(NULL)
   ,fDigitsManager(new AliTRDdigitsManager())
-  ,fTrackletContainer(NULL)
   ,fRawVersion(2)
   ,fTransform(new AliTRDtransform(0))
   ,fDigits(NULL)
+  ,fDigitsRaw(NULL)
   ,fIndexes(NULL)
   ,fMaxThresh(0)
+  ,fMaxThreshTest(0)
   ,fSigThresh(0)
   ,fMinMaxCutSigma(0)
   ,fMinLeftRightCutSigma(0)
@@ -81,11 +87,13 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const AliTRDReconstructor *const rec)
   ,fCalNoiseROC(NULL)
   ,fCalNoiseDetValue(0)
   ,fCalPadStatusROC(NULL)
+  ,fCalOnlGainROC(NULL)
   ,fClusterROC(0)
   ,firstClusterROC(0)
   ,fNoOfClusters(0)
   ,fBaseline(0)
   ,fRawStream(NULL)
+  ,fTrgFlags()
 {
   //
   // AliTRDclusterizer default constructor
@@ -94,11 +102,6 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const AliTRDReconstructor *const rec)
   SetBit(kLabels, kTRUE);
   SetBit(knewDM, kFALSE);
 
-  AliTRDcalibDB *trd = 0x0;
-  if (!(trd = AliTRDcalibDB::Instance())) {
-    AliFatal("Could not get calibration object");
-  }
-
   fRawVersion = AliTRDfeeParam::Instance()->GetRAWversion();
 
   // Initialize debug stream
@@ -113,21 +116,24 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const AliTRDReconstructor *const rec)
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const Text_t *name, const Text_t *title, const AliTRDReconstructor *const rec)
+AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const Text_t *name
+                                   , const Text_t *title
+                                   , const AliTRDReconstructor *const rec)
   :TNamed(name,title)
   ,fReconstructor(rec)
   ,fRunLoader(NULL)
   ,fClusterTree(NULL)
   ,fRecPoints(NULL)
   ,fTracklets(NULL)
-  ,fTrackletTree(NULL)
+  ,fTracks(NULL)
   ,fDigitsManager(new AliTRDdigitsManager())
-  ,fTrackletContainer(NULL)
   ,fRawVersion(2)
   ,fTransform(new AliTRDtransform(0))
   ,fDigits(NULL)
+  ,fDigitsRaw(NULL)
   ,fIndexes(NULL)
   ,fMaxThresh(0)
+  ,fMaxThreshTest(0)
   ,fSigThresh(0)
   ,fMinMaxCutSigma(0)
   ,fMinLeftRightCutSigma(0)
@@ -141,11 +147,13 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const Text_t *name, const Text_t *title, co
   ,fCalNoiseROC(NULL)
   ,fCalNoiseDetValue(0)
   ,fCalPadStatusROC(NULL)
+  ,fCalOnlGainROC(NULL)
   ,fClusterROC(0)
   ,firstClusterROC(0)
   ,fNoOfClusters(0)
   ,fBaseline(0)
   ,fRawStream(NULL)
+  ,fTrgFlags()
 {
   //
   // AliTRDclusterizer constructor
@@ -154,11 +162,6 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const Text_t *name, const Text_t *title, co
   SetBit(kLabels, kTRUE);
   SetBit(knewDM, kFALSE);
 
-  AliTRDcalibDB *trd = 0x0;
-  if (!(trd = AliTRDcalibDB::Instance())) {
-    AliFatal("Could not get calibration object");
-  }
-
   fDigitsManager->CreateArrays();
 
   fRawVersion = AliTRDfeeParam::Instance()->GetRAWversion();
@@ -175,14 +178,15 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const AliTRDclusterizer &c)
   ,fClusterTree(NULL)
   ,fRecPoints(NULL)
   ,fTracklets(NULL)
-  ,fTrackletTree(NULL)
+  ,fTracks(NULL)
   ,fDigitsManager(NULL)
-  ,fTrackletContainer(NULL)
   ,fRawVersion(2)
   ,fTransform(NULL)
   ,fDigits(NULL)
+  ,fDigitsRaw(NULL)
   ,fIndexes(NULL)
   ,fMaxThresh(0)
+  ,fMaxThreshTest(0)
   ,fSigThresh(0)
   ,fMinMaxCutSigma(0)
   ,fMinLeftRightCutSigma(0)
@@ -196,11 +200,13 @@ AliTRDclusterizer::AliTRDclusterizer(const AliTRDclusterizer &c)
   ,fCalNoiseROC(NULL)
   ,fCalNoiseDetValue(0)
   ,fCalPadStatusROC(NULL)
+  ,fCalOnlGainROC(NULL)
   ,fClusterROC(0)
   ,firstClusterROC(0)
   ,fNoOfClusters(0)
   ,fBaseline(0)
   ,fRawStream(NULL)
+  ,fTrgFlags()
 {
   //
   // AliTRDclusterizer copy constructor
@@ -220,26 +226,14 @@ AliTRDclusterizer::~AliTRDclusterizer()
   // AliTRDclusterizer destructor
   //
 
-  if (fRecPoints/* && IsClustersOwner()*/){
-    fRecPoints->Delete();
-    delete fRecPoints;
-  }
-
-  if (fTracklets){
-    fTracklets->Delete();
-    delete fTracklets;
-  }
-
   if (fDigitsManager) {
     delete fDigitsManager;
     fDigitsManager = NULL;
   }
 
-  if (fTrackletContainer){
-    delete [] fTrackletContainer[0];
-    delete [] fTrackletContainer[1];
-    delete [] fTrackletContainer;
-    fTrackletContainer = NULL;
+  if (fDigitsRaw) {
+    delete fDigitsRaw;
+    fDigitsRaw = NULL;
   }
 
   if (fTransform){
@@ -251,7 +245,6 @@ AliTRDclusterizer::~AliTRDclusterizer()
     delete fRawStream;
     fRawStream = NULL;
   }
-
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -279,14 +272,14 @@ void AliTRDclusterizer::Copy(TObject &c) const
 
   ((AliTRDclusterizer &) c).fClusterTree   = NULL;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fRecPoints     = NULL;  
-  ((AliTRDclusterizer &) c).fTrackletTree  = NULL;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fDigitsManager = NULL;
-  ((AliTRDclusterizer &) c).fTrackletContainer = NULL;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fRawVersion    = fRawVersion;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fTransform     = NULL;
-  ((AliTRDclusterizer &) c).fDigits      = NULL;
+  ((AliTRDclusterizer &) c).fDigits        = NULL;
+  ((AliTRDclusterizer &) c).fDigitsRaw     = NULL;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fIndexes       = NULL;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fMaxThresh     = 0;
+  ((AliTRDclusterizer &) c).fMaxThreshTest = 0;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fSigThresh     = 0;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fMinMaxCutSigma= 0;
   ((AliTRDclusterizer &) c).fMinLeftRightCutSigma = 0;
@@ -371,46 +364,6 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::OpenOutput(TTree *const clusterTree)
   return kTRUE;
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliTRDclusterizer::OpenTrackletOutput()
-{
-  //
-  // Tracklet writing
-  //
-
-  if (fReconstructor->IsWritingTracklets()){
-    TString evfoldname = AliConfig::GetDefaultEventFolderName();
-    fRunLoader         = AliRunLoader::GetRunLoader(evfoldname);
-
-    if (!fRunLoader) {
-      fRunLoader = AliRunLoader::Open("galice.root");
-    }
-    if (!fRunLoader) {
-      AliError(Form("Can not open session for file galice.root."));
-      return kFALSE;
-    }
-
-    UInt_t **leaves = new UInt_t *[2];
-    AliDataLoader *dl = fRunLoader->GetLoader("TRDLoader")->GetDataLoader("tracklets");
-    if (!dl) {
-      AliError("Could not get the tracklets data loader!");
-      dl = new AliDataLoader("TRD.Tracklets.root","tracklets", "tracklets");
-      fRunLoader->GetLoader("TRDLoader")->AddDataLoader(dl);
-    }
-    fTrackletTree = dl->Tree();
-    if (!fTrackletTree)
-      {
-       dl->MakeTree();
-       fTrackletTree = dl->Tree();
-      }
-    TBranch *trkbranch = fTrackletTree->GetBranch("trkbranch");
-    if (!trkbranch)
-      fTrackletTree->Branch("trkbranch",leaves[0],"det/i:side/i:tracklets[256]/i");
-  }
-
-  return kTRUE;
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliTRDclusterizer::OpenInput(Int_t nEvent)
 {
@@ -438,28 +391,37 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::WriteClusters(Int_t det)
     AliError(Form("Unexpected detector index %d.\n",det));
     return kFALSE;
   }
+  Int_t nRecPoints = RecPoints()->GetEntriesFast();
+  if(!nRecPoints) return kTRUE;
 
   TObjArray *ioArray = new TObjArray(400);
   TBranch *branch = fClusterTree->GetBranch("TRDcluster");
   if (!branch) {
-    branch = fClusterTree->Branch("TRDcluster","TObjArray",&ioArray,32000,0);
+    fClusterTree->Branch("TRDcluster","TObjArray",&ioArray,32000,0);
   } else branch->SetAddress(&ioArray);
   
-  Int_t nRecPoints = RecPoints()->GetEntriesFast();
+  AliTRDcluster *c(NULL);
   if(det >= 0){
     for (Int_t i = 0; i < nRecPoints; i++) {
-      AliTRDcluster *c = (AliTRDcluster *) RecPoints()->UncheckedAt(i);
+      if(!(c = (AliTRDcluster *) RecPoints()->UncheckedAt(i))) continue;
       if(det != c->GetDetector()) continue;
       ioArray->AddLast(c);
     }
     fClusterTree->Fill();
     ioArray->Clear();
   } else {
-    Int_t detOld = -1, nw(0);
-    for (Int_t i = 0; i < nRecPoints; i++) {
-      AliTRDcluster *c = (AliTRDcluster *) RecPoints()->UncheckedAt(i);
+    if(!(c = (AliTRDcluster*)RecPoints()->UncheckedAt(0))){
+      AliError("Missing first cluster.");
+      delete ioArray;
+      return kFALSE;  
+    }
+    Int_t detOld(c->GetDetector()), nw(0);
+    ioArray->AddLast(c);
+    for (Int_t i(1); i<nRecPoints; i++) {
+      if(!(c = (AliTRDcluster *) RecPoints()->UncheckedAt(i))) continue;
       if(c->GetDetector() != detOld){
         nw += ioArray->GetEntriesFast();
+        // fill & clear previously detector set of clusters
         fClusterTree->Fill();
         ioArray->Clear();
         detOld = c->GetDetector();
@@ -468,58 +430,18 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::WriteClusters(Int_t det)
     }
     if(ioArray->GetEntriesFast()){
       nw += ioArray->GetEntriesFast();
+      // fill & clear last detector set of clusters (if any)
       fClusterTree->Fill();
       ioArray->Clear();
     }
     AliDebug(2, Form("Clusters FOUND[%d] WRITTEN[%d] STATUS[%s]", nRecPoints, nw, nw==nRecPoints?"OK":"FAILED"));
+    if(nw!=nRecPoints) AliWarning(Form("Clusters FOUND[%d] WRITTEN[%d]", nRecPoints, nw));
   }
   delete ioArray;
 
   return kTRUE;  
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliTRDclusterizer::WriteTracklets(Int_t det)
-{
-  //
-  // Write the raw data tracklets into seperate file
-  //
-
-  UInt_t **leaves = new UInt_t *[2];
-  for (Int_t i=0; i<2 ;i++){
-    leaves[i] = new UInt_t[258];
-    leaves[i][0] = det; // det
-    leaves[i][1] = i;   // side
-    memcpy(leaves[i]+2, fTrackletContainer[i], sizeof(UInt_t) * 256);
-  }
-
-  if (!fTrackletTree){
-    AliDataLoader *dl = fRunLoader->GetLoader("TRDLoader")->GetDataLoader("tracklets");
-    dl->MakeTree();
-    fTrackletTree = dl->Tree();
-  }
-
-  TBranch *trkbranch = fTrackletTree->GetBranch("trkbranch");
-  if (!trkbranch) {
-    trkbranch = fTrackletTree->Branch("trkbranch",leaves[0],"det/i:side/i:tracklets[256]/i");
-  }
-
-  for (Int_t i=0; i<2; i++){
-    if (leaves[i][2]>0) {
-      trkbranch->SetAddress(leaves[i]);
-      fTrackletTree->Fill();
-    }
-  }
-
-  AliDataLoader *dl = fRunLoader->GetLoader("TRDLoader")->GetDataLoader("tracklets");
-  dl->WriteData("OVERWRITE");
-  //dl->Unload();
-  delete [] leaves;
-
-  return kTRUE;
-
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliTRDclusterizer::ReadDigits()
 {
@@ -568,6 +490,122 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::ReadDigits(AliRawReader *rawReader)
 
 }
 
+Bool_t AliTRDclusterizer::ReadTracklets()
+{
+  //
+  // Reads simulated tracklets from the input aliroot file
+  //
+
+  AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
+  if (!runLoader) {
+    AliError("No run loader available");
+    return kFALSE;
+  }
+
+  AliLoader* loader = runLoader->GetLoader("TRDLoader");
+
+  AliDataLoader *trackletLoader = loader->GetDataLoader("tracklets");
+  if (!trackletLoader) {
+      return kFALSE;
+  }
+  trackletLoader->Load();
+
+  Bool_t loaded = kFALSE;
+  // look for simulated tracklets
+  TTree *trackletTree = trackletLoader->Tree();
+
+  if (trackletTree) {
+    TBranch *trklbranch = trackletTree->GetBranch("mcmtrklbranch");
+    TClonesArray *trklArray = TrackletsArray("AliTRDtrackletMCM");
+    if (trklbranch && trklArray) {
+      AliTRDtrackletMCM *trkl = 0x0;
+      trklbranch->SetAddress(&trkl);
+      Int_t nTracklets = trklbranch->GetEntries();
+      for (Int_t iTracklet = 0; iTracklet < nTracklets; iTracklet++) {
+        trklbranch->GetEntry(iTracklet);
+        new ((*trklArray)[trklArray->GetEntries()]) AliTRDtrackletMCM(*trkl);
+      }
+      loaded = kTRUE;
+    }
+  }
+  else {
+    // if no simulated tracklets found, look for raw tracklets
+    AliTreeLoader *treeLoader = (AliTreeLoader*) trackletLoader->GetBaseLoader("tracklets-raw");
+    trackletTree = treeLoader ? treeLoader->Load(), treeLoader->Tree() : 0x0;
+
+    if (trackletTree) {
+      TClonesArray *trklArray = TrackletsArray("AliTRDtrackletWord");
+
+      Int_t hc;
+      TClonesArray *ar = 0x0;
+      trackletTree->SetBranchAddress("hc", &hc);
+      trackletTree->SetBranchAddress("trkl", &ar);
+
+      Int_t nEntries = trackletTree->GetEntries();
+      for (Int_t iEntry = 0; iEntry < nEntries; iEntry++) {
+       trackletTree->GetEntry(iEntry);
+       Int_t nTracklets = ar->GetEntriesFast();
+       AliDebug(2, Form("%i tracklets in HC %i", nTracklets, hc));
+       for (Int_t iTracklet = 0; iTracklet < nTracklets; iTracklet++) {
+         AliTRDtrackletWord *trklWord = (AliTRDtrackletWord*) (*ar)[iTracklet];
+         new ((*trklArray)[trklArray->GetEntries()]) AliTRDtrackletWord(trklWord->GetTrackletWord(), hc);
+       }
+      }
+      loaded = kTRUE;
+    }
+  }
+
+  trackletLoader->UnloadAll();
+  trackletLoader->CloseFile();
+
+  return loaded;
+}
+
+Bool_t AliTRDclusterizer::ReadTracks()
+{
+  //
+  // Reads simulated GTU tracks from the input aliroot file
+  //
+
+  AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
+
+  if (!runLoader) {
+    AliError("No run loader available");
+    return kFALSE;
+  }
+
+  AliLoader* loader = runLoader->GetLoader("TRDLoader");
+  if (!loader) {
+    return kFALSE;
+  }
+
+  AliDataLoader *trackLoader = loader->GetDataLoader("gtutracks");
+  if (!trackLoader) {
+      return kFALSE;
+  }
+
+  Bool_t loaded = kFALSE;
+
+  trackLoader->Load();
+
+  TTree *trackTree = trackLoader->Tree();
+  if (trackTree) {
+    TClonesArray *trackArray = TracksArray();
+    AliTRDtrackGTU *trk = 0x0;
+    trackTree->SetBranchAddress("TRDtrackGTU", &trk);
+    for (Int_t iTrack = 0; iTrack < trackTree->GetEntries(); iTrack++) {
+      trackTree->GetEntry(iTrack);
+      new ((*trackArray)[trackArray->GetEntries()]) AliESDTrdTrack(*(trk->CreateTrdTrack()));
+    }
+    loaded = kTRUE;
+  }
+
+  trackLoader->UnloadAll();
+  trackLoader->CloseFile();
+
+  return loaded;
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters()
 {
@@ -593,13 +631,20 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters()
       fDigitsManager->BuildIndexes(i);
     }
   
-    Bool_t fR = kFALSE;
+    Bool_t fR(kFALSE);
     if (indexes->HasEntry()){
       if (TestBit(kLabels)){
+        Int_t nDict(0);
         for (Int_t iDict = 0; iDict < AliTRDdigitsManager::kNDict; iDict++){
-          AliTRDarrayDictionary *tracksIn = 0; //mod
+          AliTRDarrayDictionary *tracksIn(NULL); //mod
           tracksIn = (AliTRDarrayDictionary *) fDigitsManager->GetDictionary(i,iDict);  //mod
-          tracksIn->Expand();
+          // This is to take care of data reconstruction
+          if (!tracksIn->GetDim()) continue;
+          tracksIn->Expand(); nDict++; 
+        }
+        if(!nDict){
+          AliDebug(1, "MC labels not available. Switch them off.");
+          SetUseLabels(kFALSE);
         }
       }
       fR = MakeClusters(i);
@@ -611,15 +656,16 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters()
     //  ResetRecPoints();
     //}
         
-    // No compress just remove
-    fDigitsManager->RemoveDigits(i);
-    fDigitsManager->RemoveDictionaries(i);      
-    fDigitsManager->ClearIndexes(i);  
+    // Clear arrays of this chamber, to prepare for next event
+    fDigitsManager->ClearArrays(i);
   }
   
   if(fReconstructor->IsWritingClusters()) WriteClusters(-1);
 
-  AliInfo(Form("Number of found clusters : %d", RecPoints()->GetEntriesFast())); 
+  AliInfo(Form("Found :: clusters[%d] tracklets[%d] tracks[%d]",
+    RecPoints()?RecPoints()->GetEntriesFast():0,
+    TrackletsArray()?TrackletsArray()->GetEntriesFast():0,
+    TracksArray()?TracksArray()->GetEntriesFast():0));
 
   return fReturn;
 
@@ -652,45 +698,29 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::Raw2ClustersChamber(AliRawReader *rawReader)
 
   fDigitsManager->SetUseDictionaries(TestBit(kLabels));
 
-  // tracklet container for raw tracklet writing
-  if (!fTrackletContainer && ( fReconstructor->IsWritingTracklets() || fReconstructor->IsProcessingTracklets() )) {
-    // maximum tracklets for one HC
-    const Int_t kTrackletChmb=256;
-    fTrackletContainer = new UInt_t *[2];
-    fTrackletContainer[0] = new UInt_t[kTrackletChmb]; 
-    fTrackletContainer[1] = new UInt_t[kTrackletChmb]; 
-  }
-
   if(!fRawStream)
-    fRawStream = AliTRDrawStreamBase::GetRawStream(rawReader);
+    fRawStream = new AliTRDrawStream(rawReader);
   else
     fRawStream->SetReader(rawReader);
 
-  if(fReconstructor->IsHLT()){
-    fRawStream->SetSharedPadReadout(kFALSE);
-    fRawStream->SetNoErrorWarning();
-  }
+  //if(fReconstructor->IsHLT()){
+    fRawStream->DisableErrorStorage();
+  //}
 
-  AliDebug(1,Form("Stream version: %s", fRawStream->IsA()->GetName()));
-  
-  Int_t det    = 0;
-  while ((det = fRawStream->NextChamber(fDigitsManager,fTrackletContainer)) >= 0){
-    Bool_t iclusterBranch = kFALSE;
+  // register tracklet array for output
+  fRawStream->SetTrackletArray(TrackletsArray("AliTRDtrackletWord"));
+  fRawStream->SetTrackArray(TracksArray());
+
+  UInt_t det = 0;
+  while ((det = fRawStream->NextChamber(fDigitsManager)) < AliTRDgeometry::kNdet){
     if (fDigitsManager->GetIndexes(det)->HasEntry()){
-      iclusterBranch = MakeClusters(det);
+      MakeClusters(det);
+      fDigitsManager->ClearArrays(det);
     }
-
-    fDigitsManager->ClearArrays(det);
-
-    if (!fReconstructor->IsWritingTracklets()) continue;
-    if (*(fTrackletContainer[0]) > 0 || *(fTrackletContainer[1]) > 0) WriteTracklets(det);
   }
-  
-  if (fTrackletContainer){
-    delete [] fTrackletContainer[0];
-    delete [] fTrackletContainer[1];
-    delete [] fTrackletContainer;
-    fTrackletContainer = NULL;
+
+  for (Int_t iSector = 0; iSector < AliTRDgeometry::kNsector; iSector++) {
+    fTrgFlags[iSector] = fRawStream->GetTriggerFlags(iSector);
   }
 
   if(fReconstructor->IsWritingClusters()) WriteClusters(-1);
@@ -698,9 +728,14 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::Raw2ClustersChamber(AliRawReader *rawReader)
   if(!TestBit(knewDM)){
     delete fDigitsManager;
     fDigitsManager = NULL;
+    delete fRawStream;
+    fRawStream = NULL;
   }
 
-  AliInfo(Form("Number of found clusters : %d", fNoOfClusters)); 
+  AliInfo(Form("Found :: clusters[%d] tracklets[%d] tracks[%d]",
+    RecPoints()?RecPoints()->GetEntriesFast():0,
+    TrackletsArray()?TrackletsArray()->GetEntriesFast():0,
+    TracksArray()?TracksArray()->GetEntriesFast():0));
   return kTRUE;
 
 }
@@ -760,7 +795,7 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
 
   // Get the digits
   fDigits = (AliTRDarrayADC *) fDigitsManager->GetDigits(det); //mod
-  fBaseline = fDigitsManager->GetDigitsParam()->GetADCbaseline();
+  fBaseline = fDigitsManager->GetDigitsParam()->GetADCbaseline(det);
   
   // This is to take care of switched off super modules
   if (!fDigits->HasData()) return kFALSE;
@@ -771,7 +806,7 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
     return kFALSE;      
   }
 
-  AliTRDcalibDB  *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
+  AliTRDcalibDB* const calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
   if (!calibration) {
     AliFatal("No AliTRDcalibDB instance available\n");
     return kFALSE;  
@@ -782,11 +817,14 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
     return kFALSE;
   }
 
+  const AliTRDrecoParam *const recoParam = fReconstructor->GetRecoParam();
 
-  fMaxThresh            = fReconstructor->GetRecoParam()->GetClusMaxThresh();
-  fSigThresh            = fReconstructor->GetRecoParam()->GetClusSigThresh();
-  fMinMaxCutSigma       = fReconstructor->GetRecoParam()->GetMinMaxCutSigma();
-  fMinLeftRightCutSigma = fReconstructor->GetRecoParam()->GetMinLeftRightCutSigma();
+  fMaxThresh            = recoParam->GetClusMaxThresh();
+  fMaxThreshTest        = (recoParam->GetClusMaxThresh()/2+fBaseline);
+  fSigThresh            = recoParam->GetClusSigThresh();
+  fMinMaxCutSigma       = recoParam->GetMinMaxCutSigma();
+  fMinLeftRightCutSigma = recoParam->GetMinLeftRightCutSigma();
+  const Int_t iEveryNTB = recoParam->GetRecEveryNTB();
 
   Int_t istack  = fIndexes->GetStack();
   fLayer  = fIndexes->GetLayer();
@@ -796,7 +834,7 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
 
   fDet  = AliTRDgeometry::GetDetector(fLayer,istack,isector);
   if (fDet != det) {
-    AliError("Strange Detector number Missmatch!");
+    AliError(Form("Detector number missmatch! Request[%03d] RAW[%03d]", det, fDet));
     return kFALSE;
   }
 
@@ -809,12 +847,41 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
   Int_t    iGeoModule = istack + AliTRDgeometry::Nstack() * isector;
   fVolid      = AliGeomManager::LayerToVolUID(iGeoLayer,iGeoModule); 
 
-  if(fReconstructor->IsProcessingTracklets() && fTrackletContainer)
-    AddTrackletsToArray();
-
   fColMax    = fDigits->GetNcol();
-  //Int_t nRowMax    = fDigits->GetNrow();
-  fTimeTotal = fDigits->GetNtime();
+  fTimeTotal = fDigitsManager->GetDigitsParam()->GetNTimeBins(det);
+
+  // Check consistency between Geometry and raw data
+  AliTRDpadPlane *pp(fTransform->GetPadPlane());
+  Int_t ncols(pp->GetNcols()), nrows(pp->GetNrows());
+  if(ncols != fColMax) AliDebug(1, Form("N cols missmatch in Digits for Det[%3d] :: Geom[%3d] RAW[%3d]", fDet, ncols, fColMax));
+  if(nrows != fDigits->GetNrow()) AliDebug(1, Form("N rows missmatch in Digits for Det[%3d] :: Geom[%3d] RAW[%3d]", fDet, nrows, fDigits->GetNrow()));
+  if(ncols != fIndexes->GetNcol()) AliDebug(1, Form("N cols missmatch in Digits for Det[%3d] :: Geom[%3d] RAW[%3d]", fDet, ncols, fIndexes->GetNcol()));
+  if(nrows != fIndexes->GetNrow()) AliDebug(1, Form("N rows missmatch in Digits for Det[%3d] :: Geom[%3d] RAW[%3d]", fDet, nrows, fIndexes->GetNrow()));
+
+  // Check consistency between OCDB and raw data
+  Int_t nTimeOCDB = calibration->GetNumberOfTimeBinsDCS();
+  if(fReconstructor->IsHLT()){
+    if((nTimeOCDB > -1) && (fTimeTotal != nTimeOCDB)){
+      AliWarning(Form("Number of timebins does not match OCDB value (RAW[%d] OCDB[%d]), using raw value"
+                     ,fTimeTotal,nTimeOCDB));
+    }
+  }else{
+    if(nTimeOCDB == -1){
+      AliDebug(1, "Undefined number of timebins in OCDB, using value from raw data.");
+      if(!(fTimeTotal>0)){
+        AliError(Form("Number of timebins in raw data is negative, skipping chamber[%3d]!", fDet));
+        return kFALSE;
+      }
+    }else if(nTimeOCDB == -2){
+      AliError("Mixed number of timebins in OCDB, no reconstruction of TRD data!"); 
+      return kFALSE;
+    }else if(fTimeTotal != nTimeOCDB){
+      AliError(Form("Number of timebins in raw data does not match OCDB value (RAW[%d] OCDB[%d]), skipping chamber[%3d]!"
+        ,fTimeTotal,nTimeOCDB, fDet));
+      return kFALSE;
+    }
+  }
+  AliDebug(1, Form("Using %2d number of timebins for Det[%03d].", fTimeTotal, fDet));
 
   // Detector wise calibration object for the gain factors
   const AliTRDCalDet *calGainFactorDet = calibration->GetGainFactorDet();
@@ -832,27 +899,42 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
   
   // Calibration object with the pad status
   fCalPadStatusROC       = calibration->GetPadStatusROC(fDet);
+  // Calibration object of the online gain
+  fCalOnlGainROC          = 0x0;  
+  if (calibration->HasOnlineFilterGain()) {
+    fCalOnlGainROC        = calibration->GetOnlineGainTableROC(fDet);
+  }
 
-  SetBit(kLUT, fReconstructor->GetRecoParam()->UseLUT());
-  SetBit(kGAUS, fReconstructor->GetRecoParam()->UseGAUS());
-  SetBit(kHLT, fReconstructor->IsHLT());
-  
   firstClusterROC = -1;
   fClusterROC     =  0;
 
+  SetBit(kLUT, recoParam->UseLUT());
+  SetBit(kGAUS, recoParam->UseGAUS());
+
   // Apply the gain and the tail cancelation via digital filter
-  if(fReconstructor->GetRecoParam()->UseTailCancelation()) TailCancelation();
+  // Use the configuration from the DCS to find out whether online 
+  // tail cancellation was applied
+  if(!calibration->HasOnlineTailCancellation()){
+    // save a copy of raw data
+    if(TestBit(kRawSignal)){
+      if(fDigitsRaw){
+        fDigitsRaw->~AliTRDarrayADC();
+        new(fDigitsRaw) AliTRDarrayADC(*fDigits);
+      } else fDigitsRaw = new AliTRDarrayADC(*fDigits);
+    }
+    TailCancelation(recoParam);
+  }
 
   MaxStruct curr, last;
   Int_t nMaximas = 0, nCorrupted = 0;
 
   // Here the clusterfining is happening
   
-  for(curr.time = 0; curr.time < fTimeTotal; curr.time++){
+  for(curr.time = 0; curr.time < fTimeTotal; curr.time+=iEveryNTB){
     while(fIndexes->NextRCIndex(curr.row, curr.col)){
-      if(IsMaximum(curr, curr.padStatus, &curr.signals[0])){
+      if(fDigits->GetData(curr.row, curr.col, curr.time) > fMaxThreshTest && IsMaximum(curr, curr.padStatus, &curr.signals[0])){
         if(last.row>-1){
-          if(curr.time==last.time && curr.row==last.row && curr.col==last.col+2) FivePadCluster(last, curr);
+          if(curr.col==last.col+2 && curr.row==last.row && curr.time==last.time) FivePadCluster(last, curr);
           CreateCluster(last);
         }
         last=curr; curr.fivePad=kFALSE;
@@ -861,7 +943,7 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
   }
   if(last.row>-1) CreateCluster(last);
 
-  if(fReconstructor->GetRecoParam()->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kClusterizer) > 2 && fReconstructor->IsDebugStreaming()){
+  if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kClusterizer) > 2 && fReconstructor->IsDebugStreaming()){
     TTreeSRedirector* fDebugStream = fReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kClusterizer);
     (*fDebugStream) << "MakeClusters"
       << "Detector="   << det
@@ -877,7 +959,7 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::MakeClusters(Int_t det)
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliTRDclusterizer::IsMaximum(const MaxStruct &Max, UChar_t &padStatus, Short_t *const Signals) 
+Bool_t AliTRDclusterizer::IsMaximum(const MaxStruct &Max, UChar_t &padStatus, Float_t *const Signals)
 {
   //
   // Returns true if this row,col,time combination is a maximum. 
@@ -885,34 +967,41 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::IsMaximum(const MaxStruct &Max, UChar_t &padStatus, Sh
   //
 
   Float_t gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(Max.col,Max.row);
-  Signals[1] = (Short_t)((fDigits->GetData(Max.row, Max.col, Max.time) - fBaseline) / gain + 0.5f);
-  if(Signals[1] < fMaxThresh) return kFALSE;
+  Float_t onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,Max.col) : 1;
+  Signals[1] = (fDigits->GetData(Max.row, Max.col, Max.time) - fBaseline) /(onlcf * gain) + 0.5f;
+  if(Signals[1] <= fMaxThresh) return kFALSE;
 
-  Float_t  noiseMiddleThresh = fMinMaxCutSigma*fCalNoiseDetValue*fCalNoiseROC->GetValue(Max.col, Max.row);
-  if (Signals[1] < noiseMiddleThresh) return kFALSE;
+  if(Max.col < 1 || Max.col + 1 >= fColMax) return kFALSE;
 
-  if (Max.col + 1 >= fColMax || Max.col < 1) return kFALSE;
+  Float_t noiseMiddleThresh = fMinMaxCutSigma*fCalNoiseDetValue*fCalNoiseROC->GetValue(Max.col, Max.row);
+  if (Signals[1] <= noiseMiddleThresh) return kFALSE;  
 
-  UChar_t status[3]={
+  Char_t status[3]={
     fCalPadStatusROC->GetStatus(Max.col-1, Max.row)
    ,fCalPadStatusROC->GetStatus(Max.col,   Max.row)
    ,fCalPadStatusROC->GetStatus(Max.col+1, Max.row)
   };
 
-  gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(Max.col-1,Max.row);
-  Signals[0] = (Short_t)((fDigits->GetData(Max.row, Max.col-1, Max.time) - fBaseline) / gain + 0.5f);
-  gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(Max.col+1,Max.row);
-  Signals[2] = (Short_t)((fDigits->GetData(Max.row, Max.col+1, Max.time) - fBaseline) / gain + 0.5f);
+  Short_t signal(0);
+  if((signal = fDigits->GetData(Max.row, Max.col-1, Max.time))){
+    gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(Max.col-1,Max.row);
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,Max.col-1) : 1;
+    Signals[0] = (signal - fBaseline) /( onlcf * gain) + 0.5f;
+  } else Signals[0] = 0.;
+  if((signal = fDigits->GetData(Max.row, Max.col+1, Max.time))){
+    gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(Max.col+1,Max.row);
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,Max.col+1) : 1;
+    Signals[2] = (signal - fBaseline) /( onlcf *  gain) + 0.5f;
+  } else Signals[2] = 0.;
 
   if(!(status[0] | status[1] | status[2])) {//all pads are good
     if ((Signals[2] <= Signals[1]) && (Signals[0] <  Signals[1])) {
-      if ((Signals[2] >= fSigThresh) || (Signals[0] >= fSigThresh)) {
-       if(Signals[0]<0)Signals[0]=0;
-       if(Signals[2]<0)Signals[2]=0;
-        Float_t  noiseSumThresh = fMinLeftRightCutSigma
-          * fCalNoiseDetValue
-          * fCalNoiseROC->GetValue(Max.col, Max.row);
-        if ((Signals[2]+Signals[0]+Signals[1]) < noiseSumThresh) return kFALSE;
+      if ((Signals[2] > fSigThresh) || (Signals[0] > fSigThresh)) {
+        if(Signals[0]<0) Signals[0]=0.;
+        if(Signals[2]<0) Signals[2]=0.;
+        Float_t noiseSumThresh = fMinLeftRightCutSigma * fCalNoiseDetValue
+                               * fCalNoiseROC->GetValue(Max.col, Max.row);
+        if ((Signals[2]+Signals[0]+Signals[1]) <= noiseSumThresh) return kFALSE;
         padStatus = 0;
         return kTRUE;
       }
@@ -920,18 +1009,18 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::IsMaximum(const MaxStruct &Max, UChar_t &padStatus, Sh
   } else { // at least one of the pads is bad, and reject candidates with more than 1 problematic pad
     if(Signals[0]<0)Signals[0]=0;
     if(Signals[2]<0)Signals[2]=0;
-    if (status[2] && (!(status[0] || status[1])) && Signals[1] > Signals[0] && Signals[0] >= fSigThresh) { 
+    if (status[2] && (!(status[0] || status[1])) && Signals[1] > Signals[0] && Signals[0] > fSigThresh) { 
       Signals[2]=0;
       SetPadStatus(status[2], padStatus);
       return kTRUE;
     } 
-    else if (status[0] && (!(status[1] || status[2])) && Signals[1] >= Signals[2] && Signals[2] >= fSigThresh) {
+    else if (status[0] && (!(status[1] || status[2])) && Signals[1] >= Signals[2] && Signals[2] > fSigThresh) {
       Signals[0]=0;
       SetPadStatus(status[0], padStatus);
       return kTRUE;
     }
-    else if (status[1] && (!(status[0] || status[2])) && ((Signals[2] >= fSigThresh) || (Signals[0] >= fSigThresh))) {
-      Signals[1] = (Short_t)(fMaxThresh + 0.5f);
+    else if (status[1] && (!(status[0] || status[2])) && ((Signals[2] > fSigThresh) || (Signals[0] > fSigThresh))) {
+      Signals[1] = fMaxThresh;
       SetPadStatus(status[1], padStatus);
       return kTRUE;
     }
@@ -949,14 +1038,17 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::FivePadCluster(MaxStruct &ThisMax, MaxStruct &Neighbou
   
   if (ThisMax.col >= fColMax - 3) return kFALSE;
   Float_t gain;
+  Float_t onlcf;
   if (ThisMax.col < fColMax - 5){
     gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(ThisMax.col+4,ThisMax.row);
-    if (fDigits->GetData(ThisMax.row, ThisMax.col+4, ThisMax.time) - fBaseline >= fSigThresh * gain)
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(ThisMax.row,ThisMax.col+4) : 1;
+    if (fDigits->GetData(ThisMax.row, ThisMax.col+4, ThisMax.time) - fBaseline >= fSigThresh * gain * onlcf)
       return kFALSE;
   }
   if (ThisMax.col > 1) {
     gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(ThisMax.col-2,ThisMax.row);
-    if (fDigits->GetData(ThisMax.row, ThisMax.col-2, ThisMax.time) - fBaseline >= fSigThresh * gain)
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(ThisMax.row,ThisMax.col-2) : 1;
+    if (fDigits->GetData(ThisMax.row, ThisMax.col-2, ThisMax.time) - fBaseline >= fSigThresh * gain * onlcf)
       return kFALSE;
   }
   
@@ -967,8 +1059,8 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::FivePadCluster(MaxStruct &ThisMax, MaxStruct &Neighbou
   // Unfold the two maxima and set the signal on 
   // the overlapping pad to the ratio
   Float_t ratio = Unfold(kEpsilon,fLayer,padSignal);
-  ThisMax.signals[2] = (Short_t)(ThisMax.signals[2]*ratio + 0.5f);
-  NeighbourMax.signals[0] = (Short_t)(NeighbourMax.signals[0]*(1-ratio) + 0.5f);
+  ThisMax.signals[2] = ThisMax.signals[2]*ratio + 0.5f;
+  NeighbourMax.signals[0] = NeighbourMax.signals[0]*(1-ratio) + 0.5f;
   ThisMax.fivePad=kTRUE;
   NeighbourMax.fivePad=kTRUE;
   return kTRUE;
@@ -979,15 +1071,16 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::FivePadCluster(MaxStruct &ThisMax, MaxStruct &Neighbou
 void AliTRDclusterizer::CreateCluster(const MaxStruct &Max)
 {
   //
-  // Creates a cluster at the given position and saves it in fRecPoints
+  // Creates a cluster at the given position and saves it in RecPoints
   //
 
   Int_t nPadCount = 1;
-  Short_t signals[7] = { 0, 0, Max.signals[0], Max.signals[1], Max.signals[2], 0, 0 };
-  if(!TestBit(kHLT)) CalcAdditionalInfo(Max, signals, nPadCount);
+  Short_t signals[7] = { 0, 0, (Short_t)Max.signals[0], (Short_t)Max.signals[1], (Short_t)Max.signals[2], 0, 0 };
+  if(!fReconstructor->IsHLT()) CalcAdditionalInfo(Max, signals, nPadCount);
 
   AliTRDcluster cluster(fDet, ((UChar_t) Max.col), ((UChar_t) Max.row), ((UChar_t) Max.time), signals, fVolid);
   cluster.SetNPads(nPadCount);
+  cluster.SetQ(Max.signals[0]+Max.signals[1]+Max.signals[2]);
   if(TestBit(kLUT)) cluster.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kLUT);
   else if(TestBit(kGAUS)) cluster.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kGAUS);
   else cluster.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
@@ -999,11 +1092,30 @@ void AliTRDclusterizer::CreateCluster(const MaxStruct &Max)
     cluster.SetPadMaskedPosition(maskPosition);
     cluster.SetPadMaskedStatus(GetPadStatus(Max.padStatus));
   }
+  cluster.SetXcorr(fReconstructor->UseClusterRadialCorrection());
 
   // Transform the local cluster coordinates into calibrated 
   // space point positions defined in the local tracking system.
   // Here the calibration for T0, Vdrift and ExB is applied as well.
-  if(!fTransform->Transform(&cluster)) return;
+  if(!TestBit(kSkipTrafo)) if(!fTransform->Transform(&cluster)) return;
+  // Store raw signals in cluster. This MUST be called after position reconstruction !
+  // Xianguo Lu and Alex Bercuci 19.03.2012
+  if(TestBit(kRawSignal) && fDigitsRaw){
+    Float_t tmp(0.), kMaxShortVal(32767.); // protect against data overflow due to wrong gain calibration
+    Short_t rawSignal[7] = {0};
+    for(Int_t ipad(Max.col-3), iRawId(0); ipad<=Max.col+3; ipad++, iRawId++){
+      if(ipad<0 || ipad>=fColMax) continue;
+      if(!fCalOnlGainROC){
+        rawSignal[iRawId] = fDigitsRaw->GetData(Max.row, ipad, Max.time);
+        continue;
+      }
+      // Deconvolute online gain calibration when available
+      // Alex Bercuci 27.04.2012
+      tmp = (fDigitsRaw->GetData(Max.row, ipad, Max.time) - fBaseline)/fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row, ipad) + 0.5f;
+      rawSignal[iRawId] = (Short_t)TMath::Min(tmp, kMaxShortVal);
+    }
+    cluster.SetSignals(rawSignal, kTRUE);
+  }
   // Temporarily store the Max.Row, column and time bin of the center pad
   // Used to later on assign the track indices
   cluster.SetLabel(Max.row, 0);
@@ -1011,7 +1123,7 @@ void AliTRDclusterizer::CreateCluster(const MaxStruct &Max)
   cluster.SetLabel(Max.time,2);
 
   //needed for HLT reconstruction
-  AddClusterToArray(&cluster); 
+  AddClusterToArray(&cluster);
 
   // Store the index of the first cluster in the current ROC
   if (firstClusterROC < 0) firstClusterROC = fNoOfClusters;
@@ -1023,42 +1135,43 @@ void AliTRDclusterizer::CreateCluster(const MaxStruct &Max)
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTRDclusterizer::CalcAdditionalInfo(const MaxStruct &Max, Short_t *const signals, Int_t &nPadCount)
 {
+// Calculate number of pads/cluster and
+// ADC signals at position 0, 1, 5 and 6
+
+  Float_t tmp(0.), kMaxShortVal(32767.); // protect against data overflow due to wrong gain calibration
+  Float_t gain(1.); Float_t onlcf(1.); Short_t signal(0);
+  // Store the amplitudes of the pads in the cluster for later analysis
+  // and check whether one of these pads is masked in the database
+  signals[3]=Max.signals[1];
+  Int_t ipad(1), jpad(0);
   // Look to the right
-  Int_t ii = 1;
-  while (fDigits->GetData(Max.row, Max.col-ii, Max.time) >= fSigThresh) {
+  while((jpad = Max.col-ipad)){
+    if(!(signal = fDigits->GetData(Max.row, jpad, Max.time))) break; // empty digit !
+    gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(jpad, Max.row);
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,jpad) : 1;
+    tmp = (signal - fBaseline) / (onlcf * gain) + 0.5f;
+    signal = (Short_t)TMath::Min(tmp, kMaxShortVal);
+    if(signal<fSigThresh) break; // signal under threshold
     nPadCount++;
-    ii++;
-    if (Max.col < ii) break;
+    if(ipad<=3) signals[3 - ipad] = signal;
+    ipad++;
   }
+  ipad=1;
   // Look to the left
-  ii = 1;
-  while (fDigits->GetData(Max.row, Max.col+ii, Max.time) >= fSigThresh) {
+  while((jpad = Max.col+ipad)<fColMax){
+    if(!(signal = fDigits->GetData(Max.row, jpad, Max.time))) break; // empty digit !
+    gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(jpad, Max.row);
+    onlcf = fCalOnlGainROC ? fCalOnlGainROC->GetGainCorrectionFactor(Max.row,jpad) : 1;
+    tmp = (signal - fBaseline) / (onlcf * gain) + 0.5f;
+    signal = (Short_t)TMath::Min(tmp, kMaxShortVal);
+    if(signal<fSigThresh) break; // signal under threshold
     nPadCount++;
-    ii++;
-    if (Max.col+ii >= fColMax) break;
+    if(ipad<=3) signals[3 + ipad] = signal;
+    ipad++;
   }
 
-  // Store the amplitudes of the pads in the cluster for later analysis
-  // and check whether one of these pads is masked in the database
-  signals[2]=Max.signals[0];
-  signals[3]=Max.signals[1];
-  signals[4]=Max.signals[2];
-  Float_t gain;
-  for(Int_t i = 0; i<2; i++)
-    {
-      if(Max.col+i >= 3){
-       gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(Max.col-3+i,Max.row);
-       signals[i] = (Short_t)((fDigits->GetData(Max.row, Max.col-3+i, Max.time) - fBaseline) / gain + 0.5f);
-      }
-      if(Max.col+3-i < fColMax){
-       gain = fCalGainFactorDetValue * fCalGainFactorROC->GetValue(Max.col+3-i,Max.row);
-       signals[6-i] = (Short_t)((fDigits->GetData(Max.row, Max.col+3-i, Max.time) - fBaseline) / gain + 0.5f);
-      }
-    }
-  /*for (Int_t jPad = Max.Col-3; jPad <= Max.Col+3; jPad++) {
-    if ((jPad >= 0) && (jPad < fColMax))
-      signals[jPad-Max.Col+3] = TMath::Nint(fDigits->GetData(Max.Row,jPad,Max.Time));
-      }*/
+  AliDebug(4, Form("Signals[%3d %3d %3d %3d %3d %3d %3d] Npads[%d]."
+    , signals[0], signals[1], signals[2], signals[3], signals[4], signals[5], signals[6], nPadCount));
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -1073,27 +1186,6 @@ void AliTRDclusterizer::AddClusterToArray(AliTRDcluster* cluster)
   new((*RecPoints())[n]) AliTRDcluster(*cluster);
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTRDclusterizer::AddTrackletsToArray()
-{
-  //
-  // Add the online tracklets of this chamber to the array
-  //
-
-  UInt_t* trackletword;
-  for(Int_t side=0; side<2; side++)
-    {
-      Int_t trkl=0;
-      trackletword=fTrackletContainer[side];
-      while(trackletword[trkl]>0){
-       Int_t n = TrackletsArray()->GetEntriesFast();
-       AliTRDtrackletWord tmp(trackletword[trkl]);
-       new((*TrackletsArray())[n]) AliTRDcluster(&tmp,fDet,fVolid);
-       trkl++;
-      }
-    }
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliTRDclusterizer::AddLabels()
 {
@@ -1117,7 +1209,7 @@ Bool_t AliTRDclusterizer::AddLabels()
 
   // Loop through the dictionary arrays one-by-one
   // to keep memory consumption low
-  AliTRDarrayDictionary *tracksIn = 0;  //mod
+  AliTRDarrayDictionary *tracksIn(NULL);  //mod
   for (Int_t iDict = 0; iDict < kNdict; iDict++) {
 
     // tracksIn should be expanded beforehand!
@@ -1211,8 +1303,11 @@ Float_t AliTRDclusterizer::Unfold(Double_t eps, Int_t layer, const Double_t *con
     irc = calibration->PadResponse(ampRight,maxRight,layer,newRightSignal);
 
     // Calculate new overlapping ratio
-    ratio = TMath::Min((Double_t) 1.0
-                      ,newLeftSignal[2] / (newLeftSignal[2] + newRightSignal[0]));
+    // Coverity
+    if (irc != 0) {
+      ratio = TMath::Min((Double_t) 1.0
+                        ,newLeftSignal[2] / (newLeftSignal[2] + newRightSignal[0]));
+    }
 
   }
 
@@ -1221,81 +1316,122 @@ Float_t AliTRDclusterizer::Unfold(Double_t eps, Int_t layer, const Double_t *con
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliTRDclusterizer::TailCancelation()
+void AliTRDclusterizer::TailCancelation(const AliTRDrecoParam* const recoParam)
 {
   //
-  // Applies the tail cancelation and gain factors: 
-  // Transform fDigits to fDigits
+  // Applies the tail cancelation
   //
 
+  Int_t nexp = recoParam->GetTCnexp();
+  if(!nexp) return;
+  
   Int_t iRow  = 0;
   Int_t iCol  = 0;
   Int_t iTime = 0;
 
-  Double_t *inADC = new Double_t[fTimeTotal];  // ADC data before tail cancellation
-  Double_t *outADC = new Double_t[fTimeTotal];  // ADC data after tail cancellation
-
   TTreeSRedirector *fDebugStream = fReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kClusterizer);
-  Bool_t debugStreaming = fReconstructor->GetRecoParam()->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kClusterizer) > 7 && fReconstructor->IsDebugStreaming();
+  Bool_t debugStreaming = recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kClusterizer) > 7 && fReconstructor->IsDebugStreaming();
   while(fIndexes->NextRCIndex(iRow, iCol))
     {
-      Bool_t corrupted = kFALSE;
-      if (fCalPadStatusROC->GetStatus(iCol, iRow)) corrupted = kTRUE;
-
-      // Save data into the temporary processing array and substract the baseline,
-      // since DeConvExp does not expect a baseline
-      for (iTime = 0; iTime < fTimeTotal; iTime++) 
-       inADC[iTime]   = fDigits->GetData(iRow,iCol,iTime)-fBaseline;
-          
+      // if corrupted then don't make the tail cancallation
+      if (fCalPadStatusROC->GetStatus(iCol, iRow)) continue;
+
       if(debugStreaming){
-       for (iTime = 0; iTime < fTimeTotal; iTime++) 
-         (*fDebugStream) << "TailCancellation"
-                         << "col="  << iCol
-                         << "row="  << iRow
-                         << "time=" << iTime
-                         << "inADC=" << inADC[iTime]
-                         << "outADC=" << outADC[iTime]
-                         << "corrupted=" << corrupted
-                         << "\n";
+       for (iTime = 0; iTime < fTimeTotal; iTime++) 
+         (*fDebugStream) << "TailCancellation"
+                         << "col="  << iCol
+                         << "row="  << iRow
+                         << "\n";
       }
       
-      if (!corrupted)
-        {
-          // Apply the tail cancelation via the digital filter
-          // (only for non-coorupted pads)
-         DeConvExp(&inADC[0],&outADC[0],fTimeTotal,fReconstructor->GetRecoParam() ->GetTCnexp());
-        }
-      else memcpy(&outADC[0],&inADC[0],fTimeTotal*sizeof(inADC[0]));
-
-      // Save tailcancalled data and add the baseline
-      for(iTime = 0; iTime < fTimeTotal; iTime++)
-       fDigits->SetData(iRow,iCol,iTime,(Short_t)(outADC[iTime] + fBaseline + 0.5));
-      
+      // Apply the tail cancelation via the digital filter
+      //DeConvExp(fDigits->GetDataAddress(iRow,iCol),fTimeTotal,nexp);
+      ApplyTCTM(fDigits->GetDataAddress(iRow,iCol),fTimeTotal,nexp);
     } // while irow icol
 
-  delete [] inADC;
-  delete [] outADC;
-
   return;
 
 }
 
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRDclusterizer::ApplyTCTM(Short_t *const arr, const Int_t nTime, const Int_t nexp) 
+{
+  //
+  // Steer tail cancellation
+  //
+
+
+  switch(nexp) {
+  case 1:
+  case 2:
+    DeConvExp(arr,nTime,nexp);
+    break;
+  case -1:
+    ConvExp(arr,nTime);
+    break;
+  case -2:
+    DeConvExp(arr,nTime,1);
+    ConvExp(arr,nTime);
+    break;
+  default:
+    break;
+  }
+}
+
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRDclusterizer::ConvExp(Short_t *const arr, const Int_t nTime)
+{
+  //
+  // Tail maker
+  //
+
+  // Initialization (coefficient = alpha, rates = lambda)
+  Float_t slope = 1.0;
+  Float_t coeff = 0.5;
+  Float_t rate;
+
+  Double_t par[4];
+  fReconstructor->GetRecoParam()->GetTCParams(par);
+  slope = par[1];
+  coeff = par[3];  
+
+  Double_t dt = 0.1;
+
+  rate = TMath::Exp(-dt/(slope));
+   
+  Float_t reminder =  .0;
+  Float_t correction = 0.0;
+  Float_t result     = 0.0;
+
+  for (int i = nTime-1; i >= 0; i--) {
+
+    result = arr[i] + correction - fBaseline;    // No rescaling
+    arr[i] = (Short_t)(result + fBaseline + 0.5f);
+
+    correction = 0.0;
+    
+    correction += reminder = rate * (reminder + coeff * result);
+  }
+}
+
+
 //_____________________________________________________________________________
-void AliTRDclusterizer::DeConvExp(const Double_t *const source, Double_t *const target
-                                 ,const Int_t n, const Int_t nexp) 
+void AliTRDclusterizer::DeConvExp(Short_t *const arr, const Int_t nTime, const Int_t nexp)
 {
   //
   // Tail cancellation by deconvolution for PASA v4 TRF
   //
 
-  Double_t rates[2];
-  Double_t coefficients[2];
+  Float_t rates[2];
+  Float_t coefficients[2];
 
   // Initialization (coefficient = alpha, rates = lambda)
-  Double_t r1 = 1.0;
-  Double_t r2 = 1.0;
-  Double_t c1 = 0.5;
-  Double_t c2 = 0.5;
+  Float_t r1 = 1.0;
+  Float_t r2 = 1.0;
+  Float_t c1 = 0.5;
+  Float_t c2 = 0.5;
 
   if (nexp == 1) {   // 1 Exponentials
     r1 = 1.156;
@@ -1318,48 +1454,21 @@ void AliTRDclusterizer::DeConvExp(const Double_t *const source, Double_t *const
   Double_t dt = 0.1;
 
   rates[0] = TMath::Exp(-dt/(r1));
-  rates[1] = TMath::Exp(-dt/(r2));
+  rates[1] = (nexp == 1) ? .0 : TMath::Exp(-dt/(r2));
   
-  Int_t i = 0;
-  Int_t k = 0;
-
-  Double_t reminder[2];
-  Double_t correction = 0.0;
-  Double_t result     = 0.0;
+  Float_t reminder[2] = { .0, .0 };
+  Float_t correction = 0.0;
+  Float_t result     = 0.0;
 
-  // Attention: computation order is important
-  for (k = 0; k < nexp; k++) {
-    reminder[k] = 0.0;
-  }
-
-  for (i = 0; i < n; i++) {
+  for (int i = 0; i < nTime; i++) {
 
-    result    = (source[i] - correction);    // No rescaling
-    target[i] = result;
-
-    for (k = 0; k < nexp; k++) {
-      reminder[k] = rates[k] * (reminder[k] + coefficients[k] * result);
-    }
+    result = arr[i] - correction - fBaseline;    // No rescaling
+    arr[i] = (Short_t)(result + fBaseline + 0.5f);
 
     correction = 0.0;
-    for (k = 0; k < nexp; k++) {
-      correction += reminder[k];
+    for (int k = 0; k < 2; k++) {
+      correction += reminder[k] = rates[k] * (reminder[k] + coefficients[k] * result);
     }
-
-  }
-
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTRDclusterizer::ResetRecPoints() 
-{
-  //
-  // Resets the list of rec points
-  //
-
-  if (fRecPoints) {
-    fRecPoints->Delete();
-    delete fRecPoints;
   }
 }
 
@@ -1370,33 +1479,28 @@ TClonesArray *AliTRDclusterizer::RecPoints()
   // Returns the list of rec points
   //
 
-  if (!fRecPoints) {
-    if(!(fRecPoints = AliTRDReconstructor::GetClusters())){
-      // determine number of clusters which has to be allocated
-      Float_t nclusters = fReconstructor->GetRecoParam()->GetNClusters();
-
-      fRecPoints = new TClonesArray("AliTRDcluster", Int_t(nclusters));
-    }
-    //SetClustersOwner(kTRUE);
-    AliTRDReconstructor::SetClusters(0x0);
-  }
+  fRecPoints = AliTRDReconstructor::GetClusters();
+  if (!fRecPoints) AliError("Missing cluster array");
   return fRecPoints;
-
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-TClonesArray *AliTRDclusterizer::TrackletsArray(
+TClonesArray *AliTRDclusterizer::TrackletsArray(const TString &trkltype)
 {
   //
-  // Returns the list of rec points
+  // Returns the array of on-line tracklets
   //
-
-  if (!fTracklets && fReconstructor->IsProcessingTracklets()) {
-    fTracklets = new TClonesArray("AliTRDcluster", 2*MAXTRACKLETSPERHC);
-    //SetClustersOwner(kTRUE);
-    //AliTRDReconstructor::SetTracklets(0x0);
-  }
+  fTracklets = AliTRDReconstructor::GetTracklets(trkltype.Data());
+  if (!fTracklets) AliError("Missing online tracklets array");
   return fTracklets;
-
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+TClonesArray* AliTRDclusterizer::TracksArray()
+{
+  // return array of GTU tracks (create TClonesArray if necessary)
+
+  fTracks = AliTRDReconstructor::GetTracks();
+  if (!fTracks) AliError("Missing online tracks array");
+  return fTracks;
+}