re-activate contrib code
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDtrackV1.cxx
index e18528e..4921d25 100644 (file)
@@ -1,3 +1,4 @@
+
 /**************************************************************************
  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
  *                                                                        *
@@ -15,6 +16,7 @@
 
 /* $Id$ */
 
+#include "TVectorT.h"
 #include "AliLog.h"
 #include "AliESDtrack.h"
 #include "AliTracker.h"
 #include "AliTRDcluster.h"
 #include "AliTRDcalibDB.h"
 #include "AliTRDReconstructor.h"
+#include "AliTRDPIDResponse.h"
 #include "AliTRDrecoParam.h"
+#include "AliTRDdEdxBaseUtils.h"
+#include "AliTRDdEdxCalibHistArray.h"
+#include "AliTRDdEdxCalibUtils.h"
+#include "AliTRDdEdxReconUtils.h"
 
 ClassImp(AliTRDtrackV1)
 
@@ -43,6 +50,10 @@ AliTRDtrackV1::AliTRDtrackV1() : AliKalmanTrack()
   ,fStatus(0)
   ,fESDid(0)
   ,fDE(0.)
+  ,fTruncatedMean(0)
+  ,fNchamberdEdx(0)
+  ,fNclusterdEdx(0)
+  ,fNdEdxSlices(0)
   ,fkReconstructor(NULL)
   ,fBackupTrack(NULL)
   ,fTrackLow(NULL)
@@ -62,6 +73,7 @@ AliTRDtrackV1::AliTRDtrackV1() : AliKalmanTrack()
     fTrackletIndex[ip] = -1;
     fTracklet[ip]      = NULL;
   }
+  SetLabel(-123456789); // reset label
 }
 
 //_______________________________________________________________
@@ -69,6 +81,10 @@ AliTRDtrackV1::AliTRDtrackV1(const AliTRDtrackV1 &ref) : AliKalmanTrack(ref)
   ,fStatus(ref.fStatus)
   ,fESDid(ref.fESDid)
   ,fDE(ref.fDE)
+  ,fTruncatedMean(ref.fTruncatedMean)
+  ,fNchamberdEdx(ref.fNchamberdEdx)
+  ,fNclusterdEdx(ref.fNclusterdEdx)
+  ,fNdEdxSlices(ref.fNdEdxSlices)
   ,fkReconstructor(ref.fkReconstructor)
   ,fBackupTrack(NULL)
   ,fTrackLow(NULL)
@@ -99,6 +115,10 @@ AliTRDtrackV1::AliTRDtrackV1(const AliESDtrack &t) : AliKalmanTrack()
   ,fStatus(0)
   ,fESDid(0)
   ,fDE(0.)
+  ,fTruncatedMean(0)
+  ,fNchamberdEdx(0)                                                 
+  ,fNclusterdEdx(0)
+  ,fNdEdxSlices(0)
   ,fkReconstructor(NULL)
   ,fBackupTrack(NULL)
   ,fTrackLow(NULL)
@@ -112,7 +132,7 @@ AliTRDtrackV1::AliTRDtrackV1(const AliESDtrack &t) : AliKalmanTrack()
   SetLabel(t.GetLabel());
   SetChi2(0.0);
 
-  SetMass(t.GetMass()/*0.000510*/);
+  SetMass(t.GetMassForTracking());
   AliKalmanTrack::SetNumberOfClusters(t.GetTRDncls()); 
   Int_t ti[]={-1, -1, -1, -1, -1, -1}; t.GetTRDtracklets(&ti[0]);
   for(int ip=0; ip<kNplane; ip++){ 
@@ -125,13 +145,15 @@ AliTRDtrackV1::AliTRDtrackV1(const AliESDtrack &t) : AliKalmanTrack()
   for(int is =0; is<AliPID::kSPECIES; is++) fPID[is] = pid;
 
   const AliExternalTrackParam *par = &t;
-  if (t.GetStatus() & AliESDtrack::kTRDbackup) { 
+  /* RS
+  if (t.GetStatus() & AliESDtrack::kTRDbackup) {
     par = t.GetOuterParam();
     if (!par) {
       AliError("No backup info!"); 
       par = &t;
     }
   }
+  */
   Set(par->GetX() 
      ,par->GetAlpha()
      ,par->GetParameter()
@@ -139,8 +161,8 @@ AliTRDtrackV1::AliTRDtrackV1(const AliESDtrack &t) : AliKalmanTrack()
 
   if(t.GetStatus() & AliESDtrack::kTIME) {
     StartTimeIntegral();
-    Double_t times[10]; 
-    t.GetIntegratedTimes(times); 
+    Double_t times[AliPID::kSPECIESC]; 
+    t.GetIntegratedTimes(times,AliPID::kSPECIESC); 
     SetIntegratedTimes(times);
     SetIntegratedLength(t.GetIntegratedLength());
   }
@@ -152,6 +174,10 @@ AliTRDtrackV1::AliTRDtrackV1(AliTRDseedV1 * const trklts, const Double_t p[5], c
   ,fStatus(0)
   ,fESDid(0)
   ,fDE(0.)
+  ,fTruncatedMean(0)
+  ,fNchamberdEdx(0)                                                 
+  ,fNclusterdEdx(0)
+  ,fNdEdxSlices(0)
   ,fkReconstructor(NULL)
   ,fBackupTrack(NULL)
   ,fTrackLow(NULL)
@@ -165,60 +191,58 @@ AliTRDtrackV1::AliTRDtrackV1(AliTRDseedV1 * const trklts, const Double_t p[5], c
   // 2. dQdl calculation
   //
 
-  Double_t cnv = GetBz() < 1.e-5 ? 1.e5 : 1.0 / (GetBz() * kB2C);
-  //  Double_t cnv   = 1.0 / (GetBz() * kB2C);
-
+  Double_t b(GetBz());
+  Double_t cnv = (TMath::Abs(b) < 1.e-5) ? 1.e5 : 1./GetBz()/kB2C;
+  
   Double_t pp[5] = { p[0]    
-                   , p[1]
-                   , p[2]
-                   , p[3]
-                   , p[4]*cnv      };
-
+                    , p[1]
+                    , p[2]
+                    , p[3]
+                    , p[4]*cnv      };
+  
   Double_t c22 = x*x*cov[14] - 2*x*cov[12] + cov[ 5];
   Double_t c32 =   x*cov[13] -     cov[ 8];
   Double_t c20 =   x*cov[10] -     cov[ 3];
   Double_t c21 =   x*cov[11] -     cov[ 4];
   Double_t c42 =   x*cov[14] -     cov[12];
-
+  
   Double_t cc[15] = { cov[ 0]
                     , cov[ 1],     cov[ 2]
                     , c20,         c21,         c22
                     , cov[ 6],     cov[ 7],     c32,     cov[ 9]
                     , cov[10]*cnv, cov[11]*cnv, c42*cnv, cov[13]*cnv, cov[14]*cnv*cnv };
-
+  
   Double_t mostProbablePt=AliExternalTrackParam::GetMostProbablePt();
   Double_t p0=TMath::Sign(1/mostProbablePt,pp[4]);
   Double_t w0=cc[14]/(cc[14] + p0*p0), w1=p0*p0/(cc[14] + p0*p0);
-  AliDebug(2, Form("Pt mixing : w0[%4.2f] pt0[%5.3f] w1[%4.2f] pt[%5.3f]", w0, 1./p0, w1, 1./pp[4]));
+  AliDebug(3, Form("Pt mixing : w0[%4.2f] pt0[%5.3f] w1[%4.2f] pt[%5.3f]", w0, 1./p0, w1, 1./pp[4]));
+  
   pp[4] = w0*p0 + w1*pp[4];
-
-
   cc[10]*=w1; cc[11]*=w1; cc[12]*=w1; cc[13]*=w1; cc[14]*=w1;
-
-       Set(x,alpha,pp,cc);
+  Set(x,alpha,pp,cc);
   AliDebug(2, Form("Init @ x[%6.2f] pt[%5.3f]", x, 1./pp[4]));
   Int_t ncls = 0;
-       for(int iplane=0; iplane<kNplane; iplane++){
+  for(int iplane=0; iplane<kNplane; iplane++){
     fTrackletIndex[iplane] = -1;
-               if(!trklts[iplane].IsOK()) fTracklet[iplane] = NULL;
+         if(!trklts[iplane].IsOK()) fTracklet[iplane] = NULL;
     else{ 
       fTracklet[iplane] = &trklts[iplane];
       ncls += fTracklet[iplane]->GetN();
     }
-       }
+  }
   AliKalmanTrack::SetNumberOfClusters(ncls);           
   for(int i =0; i<3; i++) fBudget[i] = 0.;
   
   Float_t pid = 1./AliPID::kSPECIES;
   for(int is =0; is<AliPID::kSPECIES; is++) fPID[is] = pid;
-
+  SetLabel(-123456789); // reset label
 }
 
 //_______________________________________________________________
 AliTRDtrackV1::~AliTRDtrackV1()
 {
-  //AliInfo("");
-  //printf("I-AliTRDtrackV1::~AliTRDtrackV1() : Owner[%s]\n", TestBit(kOwner)?"YES":"NO");
+  // Clean up all objects allocated by the track during its lifetime.
+  AliDebug(2, Form("Deleting track[%d]\n   fBackupTrack[%p] fTrackLow[%p] fTrackHigh[%p] Owner[%c].", fESDid, (void*)fBackupTrack, (void*)fTrackLow, (void*)fTrackHigh, TestBit(kOwner)?'y':'n'));
 
   if(fBackupTrack) delete fBackupTrack; fBackupTrack = NULL;
 
@@ -233,55 +257,113 @@ AliTRDtrackV1::~AliTRDtrackV1()
 }
        
 //_______________________________________________________________
-Bool_t AliTRDtrackV1::CookLabel(Float_t wrong)
+AliTRDtrackV1 &AliTRDtrackV1::operator=(const AliTRDtrackV1 &t)
 {
-  // set MC label for this track
-  if(!GetNumberOfClusters()) return kFALSE;
+  //
+  // Assignment operator
+  //
+
+  if (this != &t) {
+    AliKalmanTrack::operator=(t);
+    ((AliTRDtrackV1 &) t).Copy(*this);
+  }
 
-  Int_t s[kMAXCLUSTERSPERTRACK][2];
+  return *this;
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRDtrackV1::Copy(TObject &t) const
+{
+  //
+  // Copy function
+  //
+
+  ((AliTRDtrackV1 &) t).fStatus         = fStatus;
+  ((AliTRDtrackV1 &) t).fESDid          = fESDid;
+  ((AliTRDtrackV1 &) t).fDE             = fDE;
+  ((AliTRDtrackV1 &) t).fkReconstructor = fkReconstructor;
+  ((AliTRDtrackV1 &) t).fBackupTrack    = 0x0;
+  ((AliTRDtrackV1 &) t).fTrackLow       = 0x0;
+  ((AliTRDtrackV1 &) t).fTrackHigh      = 0x0;
+
+  for(Int_t ip = 0; ip < kNplane; ip++) { 
+    ((AliTRDtrackV1 &) t).fTrackletIndex[ip] = fTrackletIndex[ip];
+    ((AliTRDtrackV1 &) t).fTracklet[ip]      = fTracklet[ip];
+  }
+  if (fTrackLow) {
+    ((AliTRDtrackV1 &) t).fTrackLow  = new AliExternalTrackParam(*fTrackLow);
+  }
+  if (fTrackHigh){
+    ((AliTRDtrackV1 &) t).fTrackHigh = new AliExternalTrackParam(*fTrackHigh);
+  }
+  for (Int_t i = 0; i < 3; i++) {
+    ((AliTRDtrackV1 &) t).fBudget[i] = fBudget[i];
+  }
+  for (Int_t is = 0; is < AliPID::kSPECIES; is++) {
+    ((AliTRDtrackV1 &) t).fPID[is] = fPID[is];
+  }  
+
+}
+
+//_______________________________________________________________
+Int_t AliTRDtrackV1::CookLabel(Float_t wrong, Int_t *labs, Float_t *freq)
+{
+// Set MC label for this track
+// On demand i.e. if arrays "labs" and "freq" are allocated by user returns :
+//   nlabs = the no of distinct labels
+//   labs  = array of distinct labels in decreasing order of frequency
+//   freq  = frequency of each label  in decreasing order
+
+  Int_t ncl(0);
+  if(!(ncl = GetNumberOfClusters())) return 0;
+
+  Int_t s[2][kMAXCLUSTERSPERTRACK];
   for (Int_t i = 0; i < kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
-    s[i][0] = -1;
-    s[i][1] =  0;
+    s[0][i] = -1;
+    s[1][i] =  0;
   }
-  
-  Bool_t labelAdded;
-  Int_t label;
-  AliTRDcluster *c    = NULL;
-  for (Int_t ip = 0; ip < kNplane; ip++) {
-    if(fTrackletIndex[ip] == -1) continue;
-    for (Int_t ic = 0; ic < AliTRDseedV1::kNclusters; ic++) {
+
+  Int_t label(-123456789), nlabels(0);
+  AliTRDcluster *c(NULL);
+  for (Int_t ip(0); ip < AliTRDgeometry::kNlayer; ip++) {
+    if(fTrackletIndex[ip]<0 || !fTracklet[ip]) continue;
+    for (Int_t ic(0); ic < AliTRDseedV1::kNclusters; ic++) {
       if(!(c = fTracklet[ip]->GetClusters(ic))) continue;
-      for (Int_t k = 0; k < 3; k++) { 
-        label      = c->GetLabel(k);
-        labelAdded = kFALSE; 
-        Int_t j = 0;
-        if (label >= 0) {
-          while ((!labelAdded) && (j < kMAXCLUSTERSPERTRACK)) {
-            if ((s[j][0] == label) || 
-                (s[j][1] ==     0)) {
-              s[j][0] = label; 
-              s[j][1]++; 
-              labelAdded = kTRUE;
-            }
-            j++;
-          }
+      for (Int_t k(0); k < 3; k++) {
+        if ((label = c->GetLabel(k)) < 0) continue;
+        Int_t j(0);
+        while(j < kMAXCLUSTERSPERTRACK){
+          if(s[0][j]!=label && s[1][j]!=0){j++; continue;}
+          if(!s[1][j]) nlabels++;
+          s[0][j] = label; s[1][j]++;
+          break;
         }
       }
     }
   }
-  
-  Int_t max = 0;
-  label = -123456789;
-  for (Int_t i = 0; i < kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
-    if (s[i][1] <= max) continue;
-    max   = s[i][1]; 
-    label = s[i][0];
+  //printf("  Found %4d labels\n", nlabels);
+  Float_t prob(1.);
+  if(!nlabels){
+    AliError(Form("No MC labels found for track %d.", fESDid));
+    return 0;
+  } else if(nlabels==1) {
+    label = s[0][0];
+    if(labs && freq){labs[0]=label; freq[0]=1.;}
+  } else {
+    Int_t idx[kMAXCLUSTERSPERTRACK];
+    TMath::Sort(nlabels, s[1], idx);
+    label = s[0][idx[0]]; prob = s[1][idx[0]]/Float_t(ncl);
+    if(labs && freq){
+      for (Int_t i(0); i<nlabels; i++){
+        labs[i] = s[0][idx[i]];
+        freq[i] = s[1][idx[i]]/Float_t(ncl);
+      }
+    }
   }
-  if ((1. - Float_t(max)/GetNumberOfClusters()) > wrong) label = -label;
-  
-  SetLabel(label); 
-  
-  return kTRUE;
+  SetLabel((1.-prob > wrong)?-label:label);
+  return nlabels;
 }
 
 //_______________________________________________________________
@@ -299,29 +381,42 @@ Bool_t AliTRDtrackV1::CookPID()
 //<img src="TRD/trackPID.gif">
 //End_Html
 //
-  
-  /*Reset the a priori probabilities*/
-  Double_t pid = 1. / AliPID::kSPECIES;
-  for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fPID[ispec] = pid; 
-
-  UChar_t fPIDquality = SetNumberOfTrackletsPID(kTRUE);
-  // no tracklet found for PID calculations
-  if(!fPIDquality) return kFALSE;
-  
-  // slot for PID calculation @ track level for bremsstrahlung TODO
-  
-  // normalize probabilities
-  Double_t probTotal = 0.0;
-  for (Int_t is = 0; is < AliPID::kSPECIES; is++) probTotal += fPID[is];
-  
-  
-  if (probTotal <= 0.0) {
-    AliWarning("The total probability over all species <= 0. This may be caused by some error in the reference data.");
+  const AliTRDPIDResponse *pidResponse = AliTRDcalibDB::Instance()->GetPIDResponse(fkReconstructor->GetRecoParam()->GetPIDmethod());
+  if(!pidResponse){
+    AliError("PID Response not available");
     return kFALSE;
   }
-  
-  for (Int_t iSpecies = 0; iSpecies < AliPID::kSPECIES; iSpecies++) fPID[iSpecies] /= probTotal;
-  
+  Double_t dEdx[kNplane * (Int_t)AliTRDseedV1::kNdEdxSlices] = {0.};
+  Float_t trackletP[kNplane] = {0.};
+
+  fNdEdxSlices = pidResponse->GetNumberOfSlices();
+  for(Int_t iseed = 0; iseed < kNplane; iseed++){
+    if(!fTracklet[iseed]) continue;
+    trackletP[iseed] = fTracklet[iseed]->GetMomentum();
+//    if(pidResponse->GetPIDmethod() == AliTRDPIDResponse::kLQ1D){
+      dEdx[iseed] = fTracklet[iseed]->GetdQdl();
+/*    } else {
+      fTracklet[iseed]->CookdEdx(fNdEdxSlices);
+      const Float_t *trackletdEdx = fTracklet[iseed]->GetdEdx();
+      for(Int_t islice = 0; islice < fNdEdxSlices; islice++){
+        dEdx[iseed*fNdEdxSlices + islice] = trackletdEdx[islice];
+      }
+    }*/
+  }
+  pidResponse->GetResponse(fNdEdxSlices, dEdx, trackletP, fPID);
+
+  static Int_t nprint = 0;
+  if(!nprint){
+    AliTRDdEdxBaseUtils::PrintControl();
+    nprint++;
+  }
+
+  //do truncated mean
+  AliTRDdEdxCalibUtils::SetObjArray(AliTRDcalibDB::Instance()->GetPHQ());
+  const Double_t mag    = AliTRDdEdxBaseUtils::IsExBOn() ? GetBz()  : -1;
+  const Double_t charge = AliTRDdEdxBaseUtils::IsExBOn() ? Charge() : -1;
+  fTruncatedMean = CookTruncatedMean(0, mag, charge, kTRUE, fNchamberdEdx, fNclusterdEdx);
+
   return kTRUE;
 }
 
@@ -331,52 +426,15 @@ UChar_t AliTRDtrackV1::GetNumberOfTrackletsPID() const
 // Retrieve number of tracklets used for PID calculation. 
 
   UChar_t nPID = 0;
-  Float_t *prob = NULL;
   for(int ip=0; ip<kNplane; ip++){
-    if(fTrackletIndex[ip] == -1) continue;
+    if(fTrackletIndex[ip]<0 || !fTracklet[ip]) continue;
     if(!fTracklet[ip]->IsOK()) continue;
-    if(!(prob = fTracklet[ip]->GetProbability(kFALSE))) continue;
-    
-    Int_t nspec = 0; // quality check of tracklet dEdx
-    for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++){
-      if(prob[ispec] < 0.) continue;
-      nspec++;
-    }
-    if(!nspec) continue;
     
-    fTracklet[ip]->SetPID();
     nPID++;
   }
   return nPID;
 }
 
-//___________________________________________________________
-UChar_t AliTRDtrackV1::SetNumberOfTrackletsPID(Bool_t recalc)
-{
-// Retrieve number of tracklets used for PID calculation. // Recalculated PID at tracklet level by quering the PID DB.
-
-  UChar_t fPIDquality = 0;
-  
-  // steer PID calculation @ tracklet level
-  Float_t *prob = NULL;
-  for(int ip=0; ip<kNplane; ip++){
-    if(fTrackletIndex[ip] == -1) continue;
-    if(!fTracklet[ip]->IsOK()) continue;
-    if(!(prob = fTracklet[ip]->GetProbability(recalc))) return 0;
-    
-    Int_t nspec = 0; // quality check of tracklet dEdx
-    for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++){
-      if(prob[ispec] < 0.) continue;
-      fPID[ispec] *= prob[ispec];
-      nspec++;
-    }
-    if(!nspec) continue;
-    
-    fPIDquality++;
-  }
-  return fPIDquality;
-}
-
 //_______________________________________________________________
 AliTRDcluster* AliTRDtrackV1::GetCluster(Int_t id)
 {
@@ -410,10 +468,8 @@ Int_t  AliTRDtrackV1::GetClusterIndex(Int_t id) const
       n+=fTracklet[ip]->GetN();
       continue;
     }
-    AliTRDcluster *c = NULL;
     for(Int_t ic=AliTRDseedV1::kNclusters; ic--;){
-      if(!(c = fTracklet[ip]->GetClusters(ic))) continue;
-
+      if(!(fTracklet[ip]->GetClusters(ic))) continue;
       if(n<id){n++; continue;}
       return fTracklet[ip]->GetIndexes(ic);
     }
@@ -455,33 +511,23 @@ Bool_t AliTRDtrackV1::IsEqual(const TObject *o) const
   
   //if ( fPIDquality != inTrack->GetPIDquality() ) return kFALSE;
   
-  for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIES; i++){
-    if ( fPID[i] != inTrack->GetPID(i) ) return kFALSE;
-  }
-  
-  for (Int_t i = 0; i < 3; i++){
-    if ( fBudget[i] != inTrack->GetBudget(i) ) return kFALSE;
-  }
-  if ( fDE != inTrack->GetEdep() ) return kFALSE;
-  if ( fFakeRatio != inTrack->GetFakeRatio() ) return kFALSE;
-  if ( fChi2 != inTrack->GetChi2() ) return kFALSE;
-  if ( fMass != inTrack->GetMass() ) return kFALSE;
-  if ( fLab != inTrack->GetLabel() ) return kFALSE;
-  if ( fN != inTrack->GetNumberOfClusters() ) return kFALSE;
-  if ( AliKalmanTrack::GetIntegratedLength() != inTrack->GetIntegratedLength() ) return kFALSE;
-  
-  if ( GetX() != inTrack->GetX() ) return kFALSE;
-  if ( GetAlpha() != inTrack->GetAlpha() ) return kFALSE;
-  const Double_t *inP = inTrack->GetParameter();
-  const Double_t *curP = GetParameter();
-  for (Int_t i = 0; i < 5; i++){
-    if ( curP[i] != inP[i]) return kFALSE;
-  }
-  const Double_t *inC = inTrack->GetCovariance();
-  const Double_t *curC = GetCovariance();
-  for (Int_t i = 0; i < 15; i++){
-    if ( curC[i] != inC[i]) return kFALSE;
-  }
+  if(memcmp(fPID, inTrack->fPID, AliPID::kSPECIES*sizeof(Double32_t))) return kFALSE;
+  if(memcmp(fBudget, inTrack->fBudget, 3*sizeof(Double32_t))) return kFALSE;
+  if(memcmp(&fDE, &inTrack->fDE, sizeof(Double32_t))) return kFALSE;
+  if(memcmp(&fFakeRatio, &inTrack->fFakeRatio, sizeof(Double32_t))) return kFALSE;
+  if(memcmp(&fChi2, &inTrack->fChi2, sizeof(Double32_t))) return kFALSE;
+  if(memcmp(&fMass, &inTrack->fMass, sizeof(Double32_t))) return kFALSE;
+  if( fLab != inTrack->fLab ) return kFALSE;
+  if( fN != inTrack->fN ) return kFALSE;
+  Double32_t l(0.), in(0.);
+  l = GetIntegratedLength(); in = inTrack->GetIntegratedLength();
+  if(memcmp(&l, &in, sizeof(Double32_t))) return kFALSE;
+  l=GetX(); in=inTrack->GetX();
+  if(memcmp(&l, &in, sizeof(Double32_t))) return kFALSE;
+  l = GetAlpha(); in = inTrack->GetAlpha();
+  if(memcmp(&l, &in, sizeof(Double32_t))) return kFALSE;
+  if(memcmp(GetParameter(), inTrack->GetParameter(), 5*sizeof(Double32_t))) return kFALSE;
+  if(memcmp(GetCovariance(), inTrack->GetCovariance(), 15*sizeof(Double32_t))) return kFALSE;
   
   for (Int_t iTracklet = 0; iTracklet < kNplane; iTracklet++){
     AliTRDseedV1 *curTracklet = fTracklet[iTracklet];
@@ -522,7 +568,7 @@ Int_t AliTRDtrackV1::MakeBackupTrack()
   for(Int_t il(AliTRDgeometry::kNlayer); il--;){ 
     if(!fTracklet[il]) continue;
     n++; 
-    occupancy+=fTracklet[il]->GetOccupancyTB();
+    occupancy+=fTracklet[il]->GetTBoccupancy()/AliTRDseedV1::kNtb;
     ncls += fTracklet[il]->GetN();
   }
   if(!n) return -1;
@@ -565,7 +611,7 @@ Int_t AliTRDtrackV1::MakeBackupTrack()
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Int_t AliTRDtrackV1::GetProlongation(Double_t xk, Double_t &y, Double_t &z)
+Int_t AliTRDtrackV1::GetProlongation(Double_t xk, Double_t &y, Double_t &z) const
 {
   //
   // Find a prolongation at given x
@@ -591,7 +637,7 @@ Bool_t AliTRDtrackV1::PropagateTo(Double_t xk, Double_t xx0, Double_t xrho)
   // "xrho" - thickness*density    [g/cm^2] 
   // 
 
-  if (xk == GetX()) return kTRUE;
+  if (TMath::Abs(xk - GetX())<AliTRDReconstructor::GetEpsilon()*0.1) return kTRUE; // 10% of the tracker precision
 
   Double_t xyz0[3] = {GetX(), GetY(), GetZ()}, // track position BEFORE propagation 
            b[3];    // magnetic field 
@@ -600,6 +646,7 @@ Bool_t AliTRDtrackV1::PropagateTo(Double_t xk, Double_t xx0, Double_t xrho)
  
   // local track position AFTER propagation 
   Double_t xyz1[3] = {GetX(), GetY(), GetZ()};
+//  printf("x0[%6.2f] -> x1[%6.2f] dx[%6.2f] rho[%f]\n", xyz0[0], xyz1[0], xyz0[0]-xk, xrho/TMath::Abs(xyz0[0]-xk));
   if(xyz0[0] < xk) {
     xrho = -xrho;
     if (IsStartedTimeIntegral()) {
@@ -617,15 +664,15 @@ Bool_t AliTRDtrackV1::PropagateTo(Double_t xk, Double_t xx0, Double_t xrho)
       AddTimeStep(l2);
     }
   }
-
-  if (!AliExternalTrackParam::CorrectForMeanMaterial(xx0, xrho, GetMass())) return kFALSE;
+  if (!AliExternalTrackParam::CorrectForMeanMaterial(xx0, xrho, fMass)) return kFALSE;
 
 
   {
 
     // Energy losses
     Double_t p2    = (1.0 + GetTgl()*GetTgl()) / (GetSigned1Pt()*GetSigned1Pt());
-    Double_t beta2 = p2 / (p2 + GetMass()*GetMass());
+    if (fMass<0) p2 *= 4; // q=2
+    Double_t beta2 = p2 / (p2 + fMass*fMass);
     if ((beta2 < 1.0e-10) || 
         ((5940.0 * beta2/(1.0 - beta2 + 1.0e-10) - beta2) < 0.0)) {
       return kFALSE;
@@ -634,6 +681,7 @@ Bool_t AliTRDtrackV1::PropagateTo(Double_t xk, Double_t xx0, Double_t xrho)
     Double_t dE    = 0.153e-3 / beta2 
                    * (TMath::Log(5940.0 * beta2/(1.0 - beta2 + 1.0e-10)) - beta2)
                    * xrho;
+    if (fMass<0) dE *= 4; // q=2
     fBudget[0] += xrho;
 
     /*
@@ -648,7 +696,7 @@ Bool_t AliTRDtrackV1::PropagateTo(Double_t xk, Double_t xx0, Double_t xrho)
     /*
     // Suspicious ! I.B.
     Double_t sigmade = 0.07 * TMath::Sqrt(TMath::Abs(dE));   // Energy loss fluctuation 
-    Double_t sigmac2 = sigmade*sigmade*fC*fC*(p2+GetMass()*GetMass())/(p2*p2);
+    Double_t sigmac2 = sigmade*sigmade*fC*fC*(p2+fMass*fMass)/(p2*p2);
     fCcc += sigmac2;
     fCee += fX*fX * sigmac2;  
     */
@@ -769,7 +817,7 @@ void AliTRDtrackV1::SetNumberOfClusters()
        
   Int_t ncls = 0;
   for(int ip=0; ip<kNplane; ip++){
-    if(fTracklet[ip] && fTrackletIndex[ip] != -1) ncls += fTracklet[ip]->GetN();
+    if(fTracklet[ip] && fTrackletIndex[ip] >= 0) ncls += fTracklet[ip]->GetN();
   }
   AliKalmanTrack::SetNumberOfClusters(ncls);   
 }
@@ -784,7 +832,7 @@ void AliTRDtrackV1::SetOwner()
 
   if(TestBit(kOwner)) return;
   for (Int_t ip = 0; ip < kNplane; ip++) {
-    if(fTrackletIndex[ip] == -1) continue;
+    if(fTrackletIndex[ip]<0 || !fTracklet[ip]) continue;
     fTracklet[ip] = new AliTRDseedV1(*fTracklet[ip]);
     fTracklet[ip]->SetOwner();
   }
@@ -804,41 +852,47 @@ void AliTRDtrackV1::SetTracklet(AliTRDseedV1 *const trklt, Int_t index)
 }
 
 //_______________________________________________________________
-void AliTRDtrackV1::SetTrackLow()
+void AliTRDtrackV1::SetTrackIn()
 {
+//  Save location of birth for the TRD track
+//  If the pointer is not valid allocate memory
+//
   const AliExternalTrackParam *op = dynamic_cast<const AliExternalTrackParam*>(this);
-  fTrackLow = fTrackLow ? new(fTrackLow) AliExternalTrackParam(*op) : new AliExternalTrackParam(*op);
+
+  //printf("SetTrackIn() : fTrackLow[%p]\n", (void*)fTrackLow);
+  if(fTrackLow){
+    fTrackLow->~AliExternalTrackParam();
+    new(fTrackLow) AliExternalTrackParam(*op);
+  } else fTrackLow = new AliExternalTrackParam(*op);
 }
 
 //_______________________________________________________________
-void AliTRDtrackV1::SetTrackHigh(const AliExternalTrackParam *op)
+void AliTRDtrackV1::SetTrackOut(const AliExternalTrackParam *op)
 {
+//  Save location of death for the TRD track
+//  If the pointer is not valid allocate memory
+//
   if(!op) op = dynamic_cast<const AliExternalTrackParam*>(this);
-  fTrackHigh = fTrackHigh ? new(fTrackHigh) AliExternalTrackParam(*op) : new AliExternalTrackParam(*op);
+  if(fTrackHigh){
+    fTrackHigh->~AliExternalTrackParam();
+    new(fTrackHigh) AliExternalTrackParam(*op);
+  } else fTrackHigh = new AliExternalTrackParam(*op);
 }
 
 //_______________________________________________________________
 void AliTRDtrackV1::UnsetTracklet(Int_t plane)
 {
-  if(plane<0 && plane >= kNplane) return;
+  if(plane<0) return;
   fTrackletIndex[plane] = -1;
   fTracklet[plane] = NULL;
 }
 
 
 //_______________________________________________________________
-Bool_t  AliTRDtrackV1::Update(Double_t *p, Double_t *cov, Double_t chi2, Bool_t use)
+void AliTRDtrackV1::UpdateChi2(Float_t chi2)
 {
-  //
-  // Update track 
-  //
-  AliDebug(2, Form("Point:\n  p=[%6.2f %6.2f]\n  V=[%6.2f %6.2f]\n    [%6.2f %6.2f]", p[0], p[1], cov[0], cov[1], cov[1], cov[2]));
-  if(use && !AliExternalTrackParam::Update(p, cov)) return kFALSE;
-
-  // Register info to track
-  SetNumberOfClusters();
+// Update chi2/track with one tracklet contribution
   SetChi2(GetChi2() + chi2);
-  return kTRUE;
 }
 
 //_______________________________________________________________
@@ -848,7 +902,7 @@ void AliTRDtrackV1::UpdateESDtrack(AliESDtrack *track)
   // Update the TRD PID information in the ESD track
   //
 
-  Int_t nslices = fkReconstructor->GetRecoParam()->IsEightSlices() ? (Int_t)AliTRDpidUtil::kNNslices : (Int_t)AliTRDpidUtil::kLQslices;
+//   Int_t nslices = AliTRDcalibDB::Instance()->GetPIDResponse(fkReconstructor->GetRecoParam()->GetPIDmethod())->GetNumberOfSlices();
   // number of tracklets used for PID calculation
   UChar_t nPID = GetNumberOfTrackletsPID();
   // number of tracklets attached to the track
@@ -856,17 +910,93 @@ void AliTRDtrackV1::UpdateESDtrack(AliESDtrack *track)
   // pack the two numbers together and store them in the ESD
   track->SetTRDntracklets(nPID | (nTrk<<3));
   // allocate space to store raw PID signals dEdx & momentum
-  track->SetNumberOfTRDslices((nslices+2)*AliTRDgeometry::kNlayer);
+  // independent of the method used to calculate PID (see below AliTRDPIDResponse)
+  track->SetNumberOfTRDslices((AliTRDseedV1::kNdEdxSlices+2)*AliTRDgeometry::kNlayer);
   // store raw signals
   Float_t p, sp; Double_t spd;
   for (Int_t ip = 0; ip < kNplane; ip++) {
-    if(fTrackletIndex[ip] == -1) continue;
-    if(!fTracklet[ip]->HasPID()) continue;
+    if(fTrackletIndex[ip]<0 || !fTracklet[ip]) continue;
+    // Fill TRD dEdx info into ESD track
+    // a. Set Summed dEdx into the first slice
+    track->SetTRDslice(fTracklet[ip]->GetdQdl(), ip, 0); 
+    // b. Set NN dEdx slices
+    fTracklet[ip]->CookdEdx(AliTRDPIDResponse::kNslicesNN);
     const Float_t *dedx = fTracklet[ip]->GetdEdx();
-    for (Int_t js = 0; js < nslices; js++, dedx++) track->SetTRDslice(*dedx, ip, js);
+    for (Int_t js(0), ks(1); js < AliTRDPIDResponse::kNslicesNN; js++, ks++, dedx++){
+      if(ks>=AliTRDseedV1::kNdEdxSlices){
+        AliError(Form("Exceed allocated space for dEdx slices."));
+        break;
+      }
+      track->SetTRDslice(*dedx, ip, ks);
+    }
+    // fill TRD momentum info into ESD track
     p = fTracklet[ip]->GetMomentum(&sp); spd = sp;
     track->SetTRDmomentum(p, ip, &spd);
+    // store global quality per tracklet instead of momentum error
+    // 26.09.11 A.Bercuci
+    // first implementation store no. of time bins filled in tracklet (5bits  see "y" bits) and
+    // no. of double clusters in case of pad row cross (4bits see "x" bits)
+    // bit map for tracklet quality xxxxyyyyy
+    // 27.10.11 A.Bercuci
+    // add chamber status bit "z" bit
+    // bit map for tracklet quality zxxxxyyyyy
+    // 12.11.11 A.Bercuci
+    // fit tracklet quality into the field fTRDTimeBin [Char_t]
+    // bit map for tracklet quality zxxyyyyy
+    // The information should be retrieved by the following functions of AliESDtrack for each TRD layer
+    // GetTRDtrkltOccupancy(layer) -> no of TB filled in tracklet
+    // GetTRDtrkltClCross(layer)   -> no of TB filled in crossing pad rows
+    // IsTRDtrkltChmbGood(layer)   -> status of the chamber from which the tracklet is found
+    Int_t nCross(fTracklet[ip]->IsRowCross()?fTracklet[ip]->GetTBcross():0); if(nCross>3) nCross = 3;
+    Char_t trackletQ = Char_t(fTracklet[ip]->GetTBoccupancy() | (nCross<<5) | (fTracklet[ip]->IsChmbGood()<<7));
+    track->SetTRDTimBin(trackletQ, ip);
   }
   // store PID probabilities
   track->SetTRDpid(fPID);
+
+  //store truncated mean
+  track->SetTRDsignal(fTruncatedMean);
+  track->SetTRDNchamberdEdx(fNchamberdEdx);
+  track->SetTRDNclusterdEdx(fNclusterdEdx);
+}
+
+//_______________________________________________________________
+Double_t  AliTRDtrackV1::CookTruncatedMean(const Bool_t kinvq, const Double_t mag, const Int_t charge, const Int_t kcalib, Int_t &nch, Int_t &ncls, TVectorD *Qs, TVectorD *Xs, Int_t timeBin0, Int_t timeBin1, Int_t tstep) const
+{
+  //
+  //Origin: Xianguo Lu <xianguo.lu@cern.ch>, Marian Ivanov <marian.ivanov@cern.ch>
+  //
+
+  TVectorD arrayQ(200), arrayX(200);
+  ncls = AliTRDdEdxReconUtils::GetArrayClusterQ(kinvq, &arrayQ, &arrayX, this, timeBin0, timeBin1, tstep);
+
+  const TObjArray *cobj = kcalib ? AliTRDdEdxCalibUtils::GetObj(kinvq, mag, charge) : NULL;
+  
+  const Double_t tmean = AliTRDdEdxReconUtils::ToyCook(kinvq, ncls, &arrayQ, &arrayX, cobj);
+
+  nch = AliTRDdEdxReconUtils::UpdateArrayX(ncls, &arrayX);
+
+  if(Qs && Xs){
+    (*Qs)=arrayQ;
+    (*Xs)=arrayX;
+  }
+
+  //printf("\ntest %.10f %d %d\n", tmean, nch, ncls);
+
+  return tmean;
+}
+
+//_______________________________________________________________
+TObject* AliTRDtrackV1::Clone(const char* newname) const
+{
+  // temporary override TObject::Clone to avoid crashes in reco
+  AliTRDtrackV1* src = (AliTRDtrackV1*)this;
+  Bool_t isown = src->IsOwner();
+  AliInfo(Form("src_owner %d",isown));
+  AliTRDtrackV1* dst = new AliTRDtrackV1(*src);
+  if (isown) {
+    src->SetBit(kOwner);
+    dst->SetOwner();
+  }
+  return dst;
 }