Bug fixes (M. Lunardon)
authormasera <masera@f7af4fe6-9843-0410-8265-dc069ae4e863>
Sun, 26 Jul 2009 21:34:48 +0000 (21:34 +0000)
committermasera <masera@f7af4fe6-9843-0410-8265-dc069ae4e863>
Sun, 26 Jul 2009 21:34:48 +0000 (21:34 +0000)
ITS/AliITSAlignMille.cxx
ITS/AliITSAlignMille2.cxx

index d587257..b3348da 100644 (file)
@@ -1607,8 +1607,8 @@ Int_t AliITSAlignMille::LoadSuperModuleFile(const Char_t *sfile)
   Int_t nsma=sma->GetEntriesFast();
   AliInfo(Form("Array of SuperModules with %d entries\n",nsma));
   
-  Char_t st[250];
-  char symname[150];
+  Char_t st[2048];
+  char symname[250];
   UShort_t volid;
   TGeoHMatrix m;
 
index 8bdce4f..b2b432f 100644 (file)
-/**************************************************************************
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- *                                                                        *
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- **************************************************************************/
-
-/* $Id$ */
-
-//-----------------------------------------------------------------------------
-//
-//  Interface to AliMillePede2 alignment class for the ALICE ITS detector
-// 
-//  ITS specific alignment class which interface to AliMillepede.   
-//  For each track ProcessTrack calculates the local and global derivatives
-//  at each hit and fill the corresponding local equations. Provide methods for
-//  fixing or constraining detection elements for best results. 
-// 
-//  author M. Lunardon (thanks to J. Castillo), ruben.shahoyan@cern.ch
-//-----------------------------------------------------------------------------
-
-#include <TFile.h>
-#include <TClonesArray.h>
-#include <TMath.h>
-#include <TVirtualFitter.h>
-#include <TGeoManager.h>
-#include <TArrayI.h>
-#include <TSystem.h>
-#include "AliITSAlignMille2.h"
-#include "AliITSgeomTGeo.h"
-#include "AliGeomManager.h"
-#include "AliMillePede2.h"
-#include "AliTrackPointArray.h"
-#include "AliAlignObjParams.h"
-#include "AliLog.h"
-#include "AliTrackFitterRieman.h"
-#include "AliITSAlignMille2Constraint.h"
-#include "AliITSAlignMille2ConstrArray.h"
-#include "AliITSresponseSDD.h"
-
-ClassImp(AliITSAlignMille2)
-
-const Char_t* AliITSAlignMille2::kRecKeys[] = {
-  "GEOMETRY_FILE",
-  "SUPERMODULE_FILE",
-  "CONSTRAINTS_REFERENCE_FILE",
-  "PREALIGNMENT_FILE",
-  "PRECALIBSDD_FILE",
-  "INITCALBSDD_FILE",
-  "SET_GLOBAL_DELTAS",
-  "CONSTRAINT_LOCAL",
-  "MODULE_VOLUID",
-  "MODULE_INDEX",
-  "SET_PSEUDO_PARENTS",
-  "SET_TRACK_FIT_METHOD",
-  "SET_MINPNT_TRA",
-  "SET_NSTDDEV",
-  "SET_RESCUT_INIT",
-  "SET_RESCUT_OTHER",
-  "SET_LOCALSIGMAFACTOR",
-  "SET_STARTFAC",
-  "SET_B_FIELD",
-  "SET_SPARSE_MATRIX",
-  "REQUIRE_POINT",
-  "CONSTRAINT_ORPHANS",
-  "CONSTRAINT_SUBUNITS",
-  "APPLY_CONSTRAINT"
-};
-
-
-//========================================================================================================
-
-AliITSAlignMille2* AliITSAlignMille2::fgInstance = 0;  
-Int_t              AliITSAlignMille2::fgInstanceID = 0;
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-AliITSAlignMille2::AliITSAlignMille2(const Char_t *configFilename  ) 
-: TObject(),
-  fMillepede(0),
-  fStartFac(16.), 
-  fResCutInitial(100.), 
-  fResCut(100.),
-  fNGlobal(0),
-  fNLocal(4),
-  fNStdDev(3),
-  fIsMilleInit(kFALSE),
-  fAllowPseudoParents(kFALSE),
-  //
-  fCurrentModule(0),
-  fTrack(0),
-  fTrackBuff(0),
-  fCluster(),
-  fGlobalDerivatives(0), 
-  //
-  fMinNPtsPerTrack(3),
-  fInitTrackParamsMeth(1),
-  fTotBadLocEqPoints(0),
-  fRieman(0),
-  //
-  fConstraints(0),
-  //
-  fUseGlobalDelta(kFALSE),
-  fRequirePoints(kFALSE),
-  fTempExcludedModule(-1),
-  //
-  fGeometryFileName("geometry.root"),
-  fPreAlignmentFileName(""),
-  fConstrRefFileName(""),
-  fGeoManager(0),
-  fIsConfigured(kFALSE),
-  fPreAlignQF(0),
-//
-  fCorrectSDD(0),
-  fInitialRecSDD(0),
-  fPrealignment(0),
-  fConstrRef(0),
-  fMilleModule(2),
-  fSuperModule(2),
-  fNModules(0),
-  fNSuperModules(0),
-  fUsePreAlignment(kFALSE),
-  fBOn(kFALSE),
-  fBField(0.0),
-  fBug(0),
-  fMilleVersion(2)
-{
-  /// main constructor that takes input from configuration file
-  for (int i=3;i--;) fSigmaFactor[i] = 1.0;
-  //
-  // new RS
-  for (Int_t i=0; i<6; i++) {
-    fNReqLayUp[i]=0;
-    fNReqLayDown[i]=0;
-    fNReqLay[i]=0;
-  }
-  for (Int_t i=0; i<3; i++) {
-    fNReqDetUp[i]=0;
-    fNReqDetDown[i]=0;
-    fNReqDet[i]=0;
-  }
-  //
-  Int_t lc=LoadConfig(configFilename);
-  if (lc) {
-    AliError(Form("Error %d loading configuration from %s",lc,configFilename));
-    exit(1);
-  }
-  //
-  fMillepede = new AliMillePede2();  
-  fgInstance = this;
-  fgInstanceID++;
-  //
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-AliITSAlignMille2::~AliITSAlignMille2()
-{
-  /// Destructor
-  if (fMillepede)         delete fMillepede;            fMillepede = 0;
-  if (fGlobalDerivatives) delete[] fGlobalDerivatives;  fGlobalDerivatives = 0;
-  if (fRieman)            delete fRieman;               fRieman = 0;
-  if (fPrealignment)      delete fPrealignment;         fPrealignment = 0;
-  if (fConstrRef)         delete fConstrRef;            fConstrRef = 0;
-  if (fCorrectSDD)        delete fCorrectSDD;           fCorrectSDD = 0;
-  if (fInitialRecSDD)     delete fInitialRecSDD;        fInitialRecSDD = 0;
-  fTrackBuff.Delete();
-  fConstraints.Delete();
-  fMilleModule.Delete();
-  fSuperModule.Delete();
-  if (--fgInstanceID==0) fgInstance = 0;
-}
-
-///////////////////////////////////////////////////////////////////////
-
-
-TObjArray* AliITSAlignMille2::GetConfigRecord(FILE* stream, TString& recTitle, TString& recOpt, Bool_t rew)
-{
-  // read new record from config file
-  TString record;
-  static TObjArray* recElems = 0;
-  if (recElems) {delete recElems; recElems = 0;}
-  //
-  TString keyws = recTitle;
-  if (!keyws.IsNull()) {
-    keyws.ToUpper();
-    //    keyws += " ";
-  }
-  while (record.Gets(stream)) {
-    int cmt=record.Index("#"); 
-    if (cmt>=0) record.Remove(cmt);  // skip comment
-    record.ReplaceAll("\t"," ");
-    record.ReplaceAll("\r"," ");
-    record.Remove(TString::kBoth,' '); 
-    if (record.IsNull()) continue;      // nothing to decode 
-    if (!keyws.IsNull() && !record.BeginsWith(keyws.Data())) continue; // specific record was requested
-    //
-    recElems = record.Tokenize(" ");
-    recTitle = recElems->At(0)->GetName();
-    recTitle.ToUpper();
-    recOpt = recElems->GetLast()>0 ? recElems->At(1)->GetName() : "";
-    break;
-  }
-  if (rew || !recElems) rewind(stream);
-  return recElems;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::CheckConfigRecords(FILE* stream)
-{  
-  TString record,recTitle;
-  int lineCnt = 0;
-  rewind(stream);
-  while (record.Gets(stream)) {
-    int cmt=record.Index("#"); 
-    lineCnt++;
-    if (cmt>=0) record.Remove(cmt);  // skip comment
-    record.ReplaceAll("\t"," ");
-    record.ReplaceAll("\r"," ");
-    record.Remove(TString::kBoth,' ');
-    if (record.IsNull()) continue;   // nothing to decode  
-    // extract keyword
-    int spc = record.Index(" ");
-    if (spc>0) recTitle = record(0,spc);
-    else     recTitle = record;
-    recTitle.ToUpper();
-    Bool_t strOK = kFALSE;
-    for (int ik=kNKeyWords;ik--;) if (recTitle == kRecKeys[ik]) {strOK = kTRUE; break;}
-    if (strOK) continue;
-    //
-    AliError(Form("Unknown keyword %s at line %d",
-                 recTitle.Data(),lineCnt));
-    return -1;
-    //
-  }
-  //
-  rewind(stream);
-  return 0;
-}
-
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::LoadConfig(const Char_t *cfile)
-{  
-  // return 0 if success
-  //        1 if error in module index or voluid
-  //
-  FILE *pfc=fopen(cfile,"r");
-  if (!pfc) return -1;
-  //
-  TString record,recTitle,recOpt,recExt;
-  Int_t nrecElems,irec;
-  TObjArray *recArr=0;
-  //
-  fNModules = 0;
-  Bool_t stopped = kFALSE;
-  //
-  if (CheckConfigRecords(pfc)<0) return -1;
-  //
-  while(1) { 
-    //
-    // ============= 1: we read some obligatory records in predefined order ================
-    //  
-    recTitle = kRecKeys[kGeomFile];
-    if ( !GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) || 
-        (fGeometryFileName=recOpt).IsNull()     || 
-        gSystem->AccessPathName(recOpt.Data())  ||
-        InitGeometry() )
-      { AliError("Failed to find/load Geometry"); stopped = kTRUE; break;}
-    //
-    recTitle = kRecKeys[kSuperModileFile];
-    if ( !GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) || 
-        recOpt.IsNull()                         || 
-        gSystem->AccessPathName(recOpt.Data())  ||
-        LoadSuperModuleFile(recOpt.Data()))
-      { AliError("Failed to find/load SuperModules"); stopped = kTRUE; break;}
-    //
-    recTitle = kRecKeys[kConstrRefFile];      // LOCAL_CONSTRAINTS are defined wrt these deltas
-    if ( GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) ) {
-      if (recOpt.IsNull() || recOpt=="IDEAL") SetConstraintWrtRef( "IDEAL" );
-      else if (gSystem->AccessPathName(recOpt.Data()) || SetConstraintWrtRef(recOpt.Data()) )
-       { AliError("Failed to load reference deltas for local constraints"); stopped = kTRUE; break;}
-    }
-    //  
-    recTitle = kRecKeys[kPrealignFile];
-    if ( GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) )
-      if ( (fPreAlignmentFileName=recOpt).IsNull() || 
-          gSystem->AccessPathName(recOpt.Data())   ||
-          ApplyToGeometry()) 
-       { AliError(Form("Failed to load Prealignment file %s",recOpt.Data())); stopped = kTRUE; break;}
-    //
-    recTitle = kRecKeys[kPreCalSDDFile];
-    if ( GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) ) {
-      if ( recOpt.IsNull() || gSystem->AccessPathName(recOpt.Data()) ) {stopped = kTRUE; break;}
-      AliInfo(Form("Using %s for SDD precalibration",recOpt.Data()));
-      TFile* precfi = TFile::Open(recOpt.Data());
-      if (!precfi->IsOpen()) {stopped = kTRUE; break;}
-      fCorrectSDD = (AliITSresponseSDD*)precfi->Get("AliITSresponseSDD");
-      precfi->Close();
-      delete precfi;
-      if (!fCorrectSDD) {AliError("Precalibration SDD object is not found"); stopped = kTRUE; break;}
-    }
-    //
-    recTitle = kRecKeys[ kInitCalSDDFile ];
-    if ( GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) ) {
-      if ( recOpt.IsNull() || gSystem->AccessPathName(recOpt.Data()) ) {stopped = kTRUE; break;}
-      AliInfo(Form("Using %s as SDD calibration used in TrackPoints",recOpt.Data()));
-      TFile* precf = TFile::Open(recOpt.Data());
-      if (!precf->IsOpen()) {stopped = kTRUE; break;}
-      fInitialRecSDD = (AliITSresponseSDD*)precf->Get("AliITSresponseSDD");
-      precf->Close();
-      delete precf;
-      if (!fInitialRecSDD) {AliError("Initial Calibration SDD object is not found"); stopped = kTRUE; break;}
-    }
-    //
-    recTitle = kRecKeys[ kGlobalDeltas ];
-    if ( GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) ) SetUseGlobalDelta(kTRUE);
-    //
-    // =========== 2: see if there are local gaussian constraints defined =====================
-    //            Note that they should be loaded before the modules declaration
-    //
-    recTitle = kRecKeys[ kConstrLocal ];
-    while( (recArr=GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,0)) ) {
-      nrecElems = recArr->GetLast()+1;
-      if (recOpt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;} // wrong name
-      if (GetConstraint(recOpt.Data())) {
-       AliError(Form("Existing constraint %s repeated",recOpt.Data()));
-       stopped = kTRUE; break;
-      }
-      recExt = recArr->At(2)->GetName();
-      if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}
-      double val = recExt.Atof();      
-      recExt = recArr->At(3)->GetName();
-      if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}
-      double err = recExt.Atof();      
-      int nwgh = nrecElems - 4;
-      double *wgh = new double[nwgh];
-      for (nwgh=0,irec=4;irec<nrecElems;irec++) {
-       recExt = recArr->At(irec)->GetName();
-       if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}
-       wgh[nwgh++] = recExt.Atof();
-      }
-      if (stopped) {delete[] wgh; break;}
-      //
-      ConstrainLocal(recOpt.Data(),wgh,nwgh,val,err);
-      delete[] wgh;
-      //
-    } // end while for loop over local constraints
-    if (stopped) break;
-    //
-    // =========== 3: now read modules to align ===================================
-    //
-    rewind(pfc);
-    while( (recArr=GetConfigRecord(pfc,recTitle="",recOpt,0)) ) {
-      if (!(recTitle==kRecKeys[ kModVolID ] || recTitle==kRecKeys[ kModIndex ])) continue;
-      // Expected format: MODULE id tolX tolY tolZ tolPsi tolTh tolPhi [[sigX sigY sigZ]  extra params]
-      // where tol* is the tolerance (sigma) for given DOF. 0 means fixed
-      // sig* is the scaling parameters for the errors of the clusters of this module
-      // extra params are defined for specific modules, e.g. t0 and vdrift corrections of SDD
-      //
-      nrecElems = recArr->GetLast()+1;
-      if (nrecElems<2 || !recOpt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}
-      int idx = recOpt.Atoi(); 
-      UShort_t voluid =  (idx<=kMaxITSSensID) ? GetModuleVolumeID(idx) : idx;
-      AliITSAlignMille2Module* mod = 0;
-      //
-      if (voluid>=kMinITSSupeModuleID) { // custom supermodule
-       for (int j=0; j<fNSuperModules; j++) {
-         if (voluid==GetSuperModule(j)->GetVolumeID()) {
-           mod = new AliITSAlignMille2Module(*GetSuperModule(j));
-           // the matrix might be updated in case some prealignment was applied, check 
-           TGeoHMatrix* mup = AliGeomManager::GetMatrix(mod->GetName());
-           if (mup) *(mod->GetMatrix()) = *mup;
-           fMilleModule.AddAtAndExpand(mod,fNModules);
-           break;
-         }     
-       }
-      }
-      else if (idx<=kMaxITSSensVID) {
-       mod = new AliITSAlignMille2Module(voluid);
-       fMilleModule.AddAtAndExpand(mod,fNModules);
-      }
-      if (!mod) {stopped = kTRUE; break;}  // bad volid
-      //
-      // geometry variation settings
-      for (int i=0;i<AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom;i++) {
-       irec = i+2;
-       if (irec >= nrecElems) break;
-       recExt = recArr->At(irec)->GetName();
-       if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}
-       mod->SetFreeDOF(i, recExt.Atof() );     
-      }
-      if (stopped) break;
-      //
-      // scaling factors for cluster errors
-      // first set default ones
-      for (int i=0;i<3;i++) mod->SetSigmaFactor(i, fSigmaFactor[i]);   
-      for (int i=0;i<3;i++) {
-       irec = i+8;
-       if (irec >= nrecElems) break;
-       recExt = recArr->At(irec)->GetName();
-       if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}
-       mod->SetSigmaFactor(i, recExt.Atof() ); 
-      }     
-      if (stopped) break;
-      //
-      mod->SetGeomParamsGlobal(fUseGlobalDelta);
-      // now comes special detectors treatment
-      if (mod->IsSDD()) {
-       double vl = 0;
-       if (nrecElems>11) {
-         recExt = recArr->At(11)->GetName();
-         if (recExt.IsFloat()) vl = recExt.Atof();
-         else {stopped = kTRUE; break;}
-         irec = 11;
-       }
-       mod->SetFreeDOF(AliITSAlignMille2Module::kDOFT0,vl);
-       //
-       vl = 0;
-       if (nrecElems>12) {
-         recExt = recArr->At(12)->GetName();
-         if (recExt.IsFloat()) vl = recExt.Atof();
-         else {stopped = kTRUE; break;}
-         irec = 12;
-       }
-       mod->SetFreeDOF(AliITSAlignMille2Module::kDOFDV,vl);
-      }
-      //
-      mod->SetUniqueID(fNModules);
-      mod->EvaluateDOF();
-      fNModules++;
-      //
-      // now check if there are local constraints on this module
-      for (++irec;irec<nrecElems;irec++) {
-       recExt = recArr->At(irec)->GetName();
-       if (recExt.IsFloat()) {stopped=kTRUE;break;}
-       AliITSAlignMille2ConstrArray* cstr = (AliITSAlignMille2ConstrArray*)GetConstraint(recExt.Data());
-       if (!cstr) {
-         AliInfo(Form("No Local constraint %s was declared",recExt.Data())); 
-         stopped=kTRUE; 
-         break;
-       }
-       cstr->AddModule(mod);
-      }
-      if (stopped) break;
-    } // end while for loop over modules
-    if (stopped) break;
-    //
-    if (fNModules==0) {AliError("Failed to find any MODULE"); stopped = kTRUE; break;}  
-    BuildHierarchy();  // preprocess loaded modules
-    //
-    // =========== 4: the rest may come in arbitrary order =======================================
-    rewind(pfc);
-    while ( (recArr=GetConfigRecord(pfc,recTitle="",recOpt,0))!=0 ) {
-      //
-      nrecElems = recArr->GetLast()+1;
-      //
-      // some simple flags -----------------------------------------------------------------------
-      //
-      if      (recTitle == kRecKeys[ kPseudoParents ])  SetAllowPseudoParents(kTRUE);
-      //
-      // some optional parameters ----------------------------------------------------------------
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kTrackFitMethod ]) {
-       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsDigit() ) {stopped = kTRUE; break;}
-       SetInitTrackParamsMeth(recOpt.Atoi());
-      }
-      //
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kMinPntTrack ]) {
-       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsDigit() ) {stopped = kTRUE; break;}
-       fMinNPtsPerTrack = recOpt.Atoi();
-      }
-      //
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kNStDev ]) {
-       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsFloat() ) {stopped = kTRUE; break;}
-       fNStdDev = (Int_t)recOpt.Atof();
-      }
-      //
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kResCutInit  ]) {
-       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsFloat() ) {stopped = kTRUE; break;}
-       fResCutInitial = recOpt.Atof();
-      }
-      //
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kResCutOther ]) {
-       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsFloat() ) {stopped = kTRUE; break;}
-       fResCut = recOpt.Atof();
-      }
-      //
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kLocalSigFactor ]) { //-------------------------
-       for (irec=0;irec<3;irec++) if (nrecElems>irec+1) {
-           fSigmaFactor[irec] = ((TObjString*)recArr->At(irec+1))->GetString().Atof();
-           if (fSigmaFactor[irec]<=0.) stopped = kTRUE;
-         }
-       if (stopped) break; 
-      }
-      //
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kStartFactor ]) {        //-------------------------
-       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsFloat() ) {stopped = kTRUE; break;}
-       fStartFac = recOpt.Atof();
-      }
-      //
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kBField ]) {         //-------------------------
-       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsFloat() ) {stopped = kTRUE; break;}
-       fBField = recOpt.Atof();
-       if (fBField>0) {
-         fBOn = kTRUE;
-         fNLocal = 5; // helices
-         fRieman = new AliTrackFitterRieman();
-       }  
-       else {
-         fBField = 0.0;
-         fBOn = kFALSE;
-         fNLocal = 4;
-       }
-      }
-      //
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kSparseMatrix ]) {   // matrix solver type
-       //
-       AliMillePede2::SetGlobalMatSparse(kTRUE);
-       if (recOpt.IsNull()) continue;
-       // solver type and settings
-       if      (recOpt == "MINRES") AliMillePede2::SetIterSolverType( AliMinResSolve::kSolMinRes );
-       else if (recOpt == "FGMRES") AliMillePede2::SetIterSolverType( AliMinResSolve::kSolFGMRes );
-       else {stopped = kTRUE; break;}
-       //
-       if (nrecElems>=3) { // preconditioner type
-         recExt = recArr->At(2)->GetName();
-         if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}
-         AliMillePede2::SetMinResPrecondType( recExt.Atoi() );
-       }
-       //
-       if (nrecElems>=4) { // tolerance
-         recExt = recArr->At(3)->GetName();
-         if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}
-         AliMillePede2::SetMinResTol( recExt.Atof() );
-       }
-       //
-       if (nrecElems>=5) { // maxIter
-         recExt = recArr->At(4)->GetName();
-         if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}
-         AliMillePede2::SetMinResMaxIter( recExt.Atoi() );
-       }       
-      }
-      //
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kRequirePoint ]) {       //-------------------------
-       // syntax:   REQUIRE_POINT where ndet updw nreqpts
-       //    where = LAYER or DETECTOR
-       //    ndet = detector number: 1-6 for LAYER and 1-3 for DETECTOR (SPD=1, SDD=2, SSD=3)
-       //    updw = 1 for Y>0, -1 for Y<0, 0 if not specified
-       //    nreqpts = minimum number of points of that type
-       if (nrecElems>=5) {
-         recOpt.ToUpper();
-         int lr = ((TObjString*)recArr->At(2))->GetString().Atoi() - 1;
-         int hb = ((TObjString*)recArr->At(3))->GetString().Atoi();
-         int np = ((TObjString*)recArr->At(4))->GetString().Atoi();
-         fRequirePoints = kTRUE;
-         if (recOpt == "LAYER") {
-           if (lr<0 || lr>5) {stopped = kTRUE; break;}
-           if (hb>0) fNReqLayUp[lr] = np;
-           else if (hb<0) fNReqLayDown[lr] = np;
-           else fNReqLay[lr] = np;
-         }
-         else if (recOpt == "DETECTOR") {
-           if (lr<0 || lr>2) {stopped = kTRUE; break;}
-           if (hb>0) fNReqDetUp[lr] = np;
-           else if (hb<0) fNReqDetDown[lr] = np;
-           else fNReqDet[lr] = np;
-         }
-         else {stopped = kTRUE; break;}
-       }
-       else {stopped = kTRUE; break;}
-      }
-      //
-      // global constraints on the subunits/orphans 
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kConstrOrphans ]) {    //------------------------
-       // expect CONSTRAINT_ORPHANS MEAN/MEDIAN Value parID0 ... parID1 ...
-       if (nrecElems<4) {stopped = kTRUE; break;}
-       recExt = recArr->At(2)->GetName();
-       if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}
-       double val = recExt.Atof();
-       UInt_t pattern = 0;
-       for (irec=3;irec<nrecElems;irec++) { // read params to constraint
-         recExt = recArr->At(irec)->GetName();
-         if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}
-         pattern |= 0x1 << recExt.Atoi();
-       }
-       if (stopped) break;
-       if      (recOpt == "MEAN")   ConstrainOrphansMean(val,pattern);
-       else if (recOpt == "MEDIAN") ConstrainOrphansMedian(val,pattern);
-       else {stopped = kTRUE; break;}
-      }
-      //
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kConstrSubunits ]) {    //------------------------
-       // expect ONSTRAINT_SUBUNITS MEAN/MEDIAN Value parID0 ... parID1 ... VolID1 ... VolIDn - VolIDm
-       if (nrecElems<5) {stopped = kTRUE; break;}
-       recExt = recArr->At(2)->GetName();
-       if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}
-       double val = recExt.Atof();
-       UInt_t pattern = 0;
-       for (irec=3;irec<nrecElems;irec++) { // read params to constraint
-         recExt = recArr->At(irec)->GetName();
-         if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}
-         int parid = recExt.Atoi();
-         if (parid<kMaxITSSensID) pattern |= 0x1 << recExt.Atoi();
-         else break;           // list of params is over 
-       }
-       if (stopped) break;
-       //
-       Bool_t meanC;
-       if      (recOpt == "MEAN")   meanC = kTRUE;
-       else if (recOpt == "MEDIAN") meanC = kFALSE;
-       else    {stopped = kTRUE; break;}
-       //
-       int curID = -1;
-       int rangeStart = -1;
-       for (;irec<nrecElems;irec++) { // read modules to apply this constraint
-         recExt = recArr->At(irec)->GetName();
-         if (recExt == "-") {rangeStart = curID; continue;}  // range is requested
-         else if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}
-         else curID = recExt.Atoi();
-         //
-         if (curID<=kMaxITSSensID) curID = GetModuleVolumeID(curID);
-         // this was a range start or single 
-         int start;
-         if (rangeStart>=0) {start = rangeStart+1; rangeStart=-1;} // continue the range
-         else start = curID;  // create constraint either for single module (or 1st in the range)
-         for (int id=start;id<=curID;id++) {
-           int id0 = IsVIDDefined(id);
-           if (id0<0) {AliDebug(3,Form("Undefined module %d requested in the SubUnits constraint, skipping",id)); continue;}
-           if (meanC) ConstrainModuleSubUnitsMean(id0,val,pattern);
-           else       ConstrainModuleSubUnitsMedian(id0,val,pattern);
-         }
-       }
-       if (rangeStart>=0) stopped = kTRUE; // unfinished range
-       if (stopped) break;
-      } 
-      // 
-      // association of modules with local constraints
-      else if (recTitle == kRecKeys[ kApplyConstr ]) {            //------------------------
-       // expect APPLY_CONSTRAINT NAME [NAME1...] [VolID1 ... VolIDn - VolIDm]
-       if (nrecElems<3) {stopped = kTRUE; break;}
-       int nmID0=-1,nmID1=-1;
-       for (irec=1;irec<nrecElems;irec++) { // find the range of constraint names
-         recExt = recArr->At(irec)->GetName();
-         if (recExt.IsFloat()) break;
-         // check if such a constraint was declared
-         if (!GetConstraint(recExt.Data())) {
-           AliInfo(Form("No Local constraint %s was declared",recExt.Data())); 
-           stopped=kTRUE; 
-           break;
-         }
-         if (nmID0<0) nmID0 = irec;
-         nmID1 = irec;
-       }
-       if (stopped) break;
-       //
-       if (irec>=nrecElems) {stopped = kTRUE; break;} // no modules provided
-       //
-       // now read the list of modules to constrain
-       int curID = -1;
-       int rangeStart = -1;
-       for (;irec<nrecElems;irec++) { // read modules to apply this constraint
-         recExt = recArr->At(irec)->GetName();
-         if (recExt == "-") {rangeStart = curID; continue;}  // range is requested
-         else if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}
-         else curID = recExt.Atoi();
-         //
-         if (curID<=kMaxITSSensID) curID = GetModuleVolumeID(curID);
-         //
-         // this was a range start or single 
-         int start;
-         if (rangeStart>=0) {start = rangeStart+1; rangeStart=-1;} // continue the range
-         else start = curID;  // create constraint either for single module (or 1st in the range)
-         for (int id=start;id<=curID;id++) {
-           AliITSAlignMille2Module *md = GetMilleModuleByVID(id);
-           if (!md) {AliDebug(3,Form("Undefined module %d requested in the Local constraint, skipping",id)); continue;}
-           for (int nmid=nmID0;nmid<=nmID1;nmid++) 
-             ((AliITSAlignMille2ConstrArray*)GetConstraint(recArr->At(nmid)->GetName()))->AddModule(md);
-         }
-       }
-       if (rangeStart>=0) stopped = kTRUE; // unfinished range
-       if (stopped) break;
-      }
-      //
-      else continue; // already processed record
-      //
-    } // end of while loop 4 over the various params 
-    //
-    break;
-  } // end of while(1) loop 
-  //
-  fclose(pfc);
-  if (stopped) {
-    AliError(Form("Failed on record %s %s ...\n",recTitle.Data(),recOpt.Data()));
-    return -1;
-  }
-  //
-  fIsConfigured = kTRUE;
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::BuildHierarchy()
-{
-  // build the hieararhy of the modules to align
-  //
-  if (!GetUseGlobalDelta() && PseudoParentsAllowed()) {
-    AliInfo("PseudoParents mode is allowed only when the deltas are global\n"
-           "Since Deltas are local, switching to NoPseudoParents");
-    SetAllowPseudoParents(kFALSE);
-  }
-  // set parent/child relationship for modules to align
-  AliInfo("Setting parent/child relationships\n");
-  //
-  // 1) child -> parent reference
-  for (int ipar=0;ipar<fNModules;ipar++) {
-    AliITSAlignMille2Module* parent = GetMilleModule(ipar);
-    if (parent->IsSensor()) continue; // sensor cannot be a parent
-    //
-    for (int icld=0;icld<fNModules;icld++) {
-      if (icld==ipar) continue;
-      AliITSAlignMille2Module* child = GetMilleModule(icld);
-      if (!child->BelongsTo(parent)) continue;
-      // child cannot have more sensors than the parent
-      if (child->GetNSensitiveVolumes() > parent->GetNSensitiveVolumes()) continue;
-      //
-      AliITSAlignMille2Module* parOld = child->GetParent();
-      // is this parent candidate closer than the old parent ? 
-      if (parOld && parOld->GetNSensitiveVolumes()<parent->GetNSensitiveVolumes()) continue; // parOld is closer
-      child->SetParent(parent);
-    }
-    //
-  }
-  //
-  // add parent -> children reference
-  for (int icld=0;icld<fNModules;icld++) {
-    AliITSAlignMille2Module* child = GetMilleModule(icld);
-    AliITSAlignMille2Module* parent = child->GetParent();
-    if (parent) parent->AddChild(child);
-  }  
-  //
-  // reorder the modules in such a way that parents come first
-  for (int icld=0;icld<fNModules;icld++) {
-    AliITSAlignMille2Module* child  = GetMilleModule(icld);
-    AliITSAlignMille2Module* parent; 
-    while ( (parent=child->GetParent()) &&  (parent->GetUniqueID()>child->GetUniqueID()) ) {
-      // swap
-      fMilleModule[icld] = parent;
-      fMilleModule[parent->GetUniqueID()] = child;
-      child->SetUniqueID(parent->GetUniqueID());
-      parent->SetUniqueID(icld);
-      child = parent;
-    }
-    //
-  }  
-  //
-  // Go over the child->parent chain and mark modules with explicitly provided sensors.
-  // If the sensors of the unit are explicitly declared, all undeclared sensors are 
-  // suppresed in this unit.
-  for (int icld=fNModules;icld--;) {
-    AliITSAlignMille2Module* child = GetMilleModule(icld);
-    AliITSAlignMille2Module* parent = child->GetParent();
-    if (!parent) continue;
-    //
-    // check if this parent was already processed
-    if (!parent->AreSensorsProvided()) {
-      parent->DelSensitiveVolumes();
-      parent->SetSensorsProvided(kTRUE);
-    }
-    // reattach sensors to parent
-    for (int isc=child->GetNSensitiveVolumes();isc--;) {
-      UShort_t senVID = child->GetSensVolVolumeID(isc);
-      if (!parent->IsIn(senVID)) parent->AddSensitiveVolume(senVID);
-    }
-  }
-  //
-}
-
-// pepo
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::SetCurrentModule(Int_t id)
-{
-  // set the current supermodule
-  // new meaning
-  if (fMilleVersion>=2) {
-    fCurrentModule = GetMilleModule(id);
-    return;
-  }
-  // old meaning
-  if (fMilleVersion<=1) {
-    Int_t index=id;
-    /// set as current the SuperModule that contains the 'index' sens.vol.
-    if (index<0 || index>2197) {
-      AliInfo("index does not correspond to a sensitive volume!");
-      return;
-    }
-    UShort_t voluid=AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromIndex(index);
-    Int_t k=IsContained(voluid);
-    if (k>=0){
-      fCluster.SetVolumeID(voluid);
-      fCluster.SetXYZ(0,0,0);
-      InitModuleParams();
-    }
-    else
-      AliInfo(Form("module %d not defined\n",index));    
-  }
-}
-// endpepo
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::SetRequiredPoint(Char_t* where, Int_t ndet, Int_t updw, Int_t nreqpts) 
-{
-  // set minimum number of points in specific detector or layer
-  // where = LAYER or DETECTOR
-  // ndet = detector number: 1-6 for LAYER and 1-3 for DETECTOR (SPD=1, SDD=2, SSD=3)
-  // updw = 1 for Y>0, -1 for Y<0, 0 if not specified
-  // nreqpts = minimum number of points of that type
-  ndet--;
-  if (strstr(where,"LAYER")) {
-    if (ndet<0 || ndet>5) return;
-    if (updw>0) fNReqLayUp[ndet]=nreqpts;
-    else if (updw<0) fNReqLayDown[ndet]=nreqpts;
-    else fNReqLay[ndet]=nreqpts;
-    fRequirePoints=kTRUE;
-  }
-  else if (strstr(where,"DETECTOR")) {
-    if (ndet<0 || ndet>2) return;
-    if (updw>0) fNReqDetUp[ndet]=nreqpts;
-    else if (updw<0) fNReqDetDown[ndet]=nreqpts;
-    else fNReqDet[ndet]=nreqpts;       
-    fRequirePoints=kTRUE;
-  }
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::GetModuleIndex(const Char_t *symname) 
-{
-  /// index from symname
-  if (!symname) return -1;
-  for (Int_t i=0;i<=kMaxITSSensID; i++) {
-    if (!strcmp(symname,AliITSgeomTGeo::GetSymName(i))) return i;
-  }
-  return -1;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::GetModuleIndex(UShort_t voluid) 
-{
-  /// index from volume ID
-  AliGeomManager::ELayerID lay = AliGeomManager::VolUIDToLayer(voluid);
-  if (lay<1|| lay>6) return -1;
-  Int_t idx=Int_t(voluid)-2048*lay;
-  if (idx>=AliGeomManager::LayerSize(lay)) return -1;
-  for (Int_t ilay=1; ilay<lay; ilay++) 
-    idx += AliGeomManager::LayerSize(ilay);
-  return idx;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-UShort_t AliITSAlignMille2::GetModuleVolumeID(const Char_t *symname) 
-{
-  /// volume ID from symname
-  /// works for sensitive volumes only
-  if (!symname) return 0;
-
-  for (UShort_t voluid=2000; voluid<13300; voluid++) {
-    Int_t modId;
-    AliGeomManager::ELayerID layerId = AliGeomManager::VolUIDToLayer(voluid,modId);
-    if (layerId>0 && layerId<7 && modId>=0 && modId<AliGeomManager::LayerSize(layerId)) {
-      if (!strcmp(symname,AliGeomManager::SymName(layerId,modId))) return voluid;
-    }
-  }
-
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-UShort_t AliITSAlignMille2::GetModuleVolumeID(Int_t index) 
-{
-  /// volume ID from index
-  if (index<0) return 0;
-  if (index<2198)
-    return GetModuleVolumeID(AliITSgeomTGeo::GetSymName(index));
-  else {
-    for (int i=0; i<fNSuperModules; i++) {
-      if (GetSuperModule(i)->GetIndex()==index) return GetSuperModule(i)->GetVolumeID();
-    }
-  }
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::InitGeometry() 
-{
-  /// initialize geometry
-  AliInfo("Loading initial geometry");
-  AliGeomManager::LoadGeometry(fGeometryFileName.Data());
-  fGeoManager = AliGeomManager::GetGeometry();
-  if (!fGeoManager) {
-    AliInfo("Couldn't initialize geometry");
-    return -1;
-  }
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::SetConstraintWrtRef(const char* reffname) 
-{
-  // Load the global deltas from this file. The local gaussian constraints on some modules 
-  // will be defined with respect to the deltas from this reference file, converted to local
-  // delta format. Note: conversion to local format requires reloading the geometry!
-  //
-  AliInfo(Form("Loading reference deltas for local constraints from %s",reffname));
-  if (!fGeoManager) return -1; 
-  fConstrRefFileName = reffname;
-  if (fConstrRefFileName == "IDEAL") { // the reference is the ideal geometry, just create dummy reference array
-    fConstrRef = new TClonesArray("AliAlignObjParams",1);
-    return 0;
-  }
-  TFile *pref = TFile::Open(fConstrRefFileName.Data());
-  if (!pref->IsOpen()) return -2;   
-  fConstrRef = (TClonesArray*)pref->Get("ITSAlignObjs");
-  pref->Close();
-  delete pref;
-  if (!fConstrRef) {
-    AliError(Form("Did not find reference prealignment deltas in %s",reffname));
-    return -1;
-  }
-  //
-  // we need ideal geometry to convert global deltas to local ones
-  if (fUsePreAlignment) {
-    AliError("The call of SetConstraintWrtRef must be done before application of the prealignment");
-    return -1;
-  }
-  //
-  AliInfo("Converting global reference deltas to local ones");
-  Int_t nprea = fConstrRef->GetEntriesFast();
-  for (int ix=0; ix<nprea; ix++) {
-    AliAlignObjParams *preo=(AliAlignObjParams*) fConstrRef->At(ix);
-    if (!preo->ApplyToGeometry()) return -1;
-  }
-  //
-  // now convert the global reference deltas to local ones
-  for (int i=fConstrRef->GetEntriesFast();i--;) {
-    AliAlignObjParams *preo = (AliAlignObjParams*)fConstrRef->At(i);
-    TGeoHMatrix * mupd = AliGeomManager::GetMatrix(preo->GetSymName());
-    if (!mupd) {  // this is not alignable entry, need to look in the supermodules
-      for (int im=fNSuperModules;im--;) {
-       AliITSAlignMille2Module* mod = GetSuperModule(im);
-       if ( strcmp(mod->GetName(), preo->GetSymName()) ) continue;
-       mupd = mod->GetMatrix();
-       break;
-      }
-      if (!mupd) {
-       AliError(Form("Failed to find the volume for reference %s",preo->GetSymName()));
-       return -1;
-      }
-    } 
-    TGeoHMatrix preMat;
-    preo->GetMatrix(preMat);                     //  Delta_Glob
-    TGeoHMatrix tmpMat    = *mupd;               //  Delta_Glob * Delta_Glob_Par * M
-    preMat.MultiplyLeft( &tmpMat.Inverse() );    //  M^-1 * Delta_Glob_Par^-1 = (Delta_Glob_Par * M)^-1
-    tmpMat.MultiplyLeft( &preMat );              //  (Delta_Glob_Par * M)^-1 * Delta_Glob * Delta_Glob_Par * M = Delta_loc
-    preo->SetMatrix(tmpMat);     // local corrections 
-  }
-  //
-  // we need to reload the geometry spoiled by this reference deltas...
-  delete fGeoManager;
-  AliInfo("Reloading initial geometry");
-  AliGeomManager::LoadGeometry(fGeometryFileName.Data());
-  fGeoManager = AliGeomManager::GetGeometry();
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::Init()
-{
-  // perform global initialization
-  //
-  if (fIsMilleInit) {
-    AliInfo("Millepede has been already initialized!");
-    return;
-  }
-  // range constraints in such a way that the childs are constrained before their parents
-  // orphan constraints come last
-  for (int ic=0;ic<GetNConstraints();ic++) {
-    for (int ic1=ic+1;ic1<GetNConstraints();ic1++) {
-      AliITSAlignMille2Constraint *cst0 = GetConstraint(ic);
-      AliITSAlignMille2Constraint *cst1 = GetConstraint(ic1);
-      if (cst0->GetModuleID()<cst1->GetModuleID()) {
-       // swap
-       fConstraints[ic] = cst1;
-       fConstraints[ic1] = cst0;
-      }
-    }
-  }
-  //
-  if (!GetUseGlobalDelta()) {
-    AliInfo("ATTENTION: The parameters are defined in the local frame, no check for degeneracy will be done");
-    for (int imd=fNModules;imd--;) {
-      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);
-      int npar = mod->GetNParTot();
-      // the parameter may have max 1 free instance, otherwise the equations are underdefined
-      for (int ipar=0;ipar<npar;ipar++) {
-       if (!mod->IsFreeDOF(ipar)) continue;
-       mod->SetParOffset(ipar,fNGlobal++);
-      }
-    }
-  }
-  else {
-    // init millepede, decide which parameters are to be fitted explicitly
-    for (int imd=fNModules;imd--;) {
-      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);
-      int npar = mod->GetNParTot();
-      // the parameter may have max 1 free instance, otherwise the equations are underdefined
-      for (int ipar=0;ipar<npar;ipar++) {
-       if (!mod->IsFreeDOF(ipar)) continue;  // fixed
-       //
-       int nFreeInstances = 0;
-       //
-       AliITSAlignMille2Module* parent = mod;
-       Bool_t cstMeanMed=kFALSE,cstGauss=kFALSE;
-       //
-       Bool_t addToFit = kFALSE;       
-       // the parameter may be ommitted from explicit fit (if PseudoParentsAllowed is true) if
-       // 1) it is not explicitly constrained or its does not participate in Gaussian constraint
-       // 2) the same applies to all of its parents
-       // 3) it has at least 1 unconstrained direct child
-       while(parent) {
-         if (!parent->IsFreeDOF(ipar)) {parent = parent->GetParent(); continue;}
-         nFreeInstances++;
-         if (IsParModConstrained(parent,ipar, cstMeanMed, cstGauss)) nFreeInstances--;
-         if (cstGauss) addToFit = kTRUE;
-         parent = parent->GetParent();
-       }
-       if (nFreeInstances>1) {
-         AliError(Form("Parameter#%d of module %s\nhas %d free instances in the "
-                       "unconstrained parents\nSystem is undefined",ipar,mod->GetName(),nFreeInstances));
-         exit(1);
-       }
-       //
-       // i) Are PseudoParents allowed?
-       if (!PseudoParentsAllowed()) addToFit = kTRUE;
-       // ii) check if this module has no child with such a free parameter. Since the order of this check 
-       // goes from child to parent, by this moment such a parameter must have been already added
-       else if (!IsParModFamilyVaried(mod,ipar))  addToFit = kTRUE;  // no varied children at all
-       else if (!IsParFamilyFree(mod,ipar,1))     addToFit = kTRUE;  // no unconstrained direct children
-       // otherwise the value of this parameter can be extracted from simple contraint and the values of 
-       // the relevant parameters of its children the fit is done. Hence it is not included
-       if (!addToFit) continue;
-       //
-       // shall add this parameter to explicit fit
-       //      printf("Adding %s %d -> %d\n",mod->GetName(), ipar, fNGlobal);
-       mod->SetParOffset(ipar,fNGlobal++);
-      }
-    }
-  }
-  //
-  AliInfo(Form("Initializing Millepede with %d gpar, %d lpar and %d stddev ...",fNGlobal, fNLocal, fNStdDev));
-  fGlobalDerivatives = new Double_t[fNGlobal];
-  memset(fGlobalDerivatives,0,fNGlobal*sizeof(Double_t));
-  //
-  fMillepede->InitMille(fNGlobal,fNLocal,fNStdDev,fResCut,fResCutInitial);
-  fIsMilleInit = kTRUE;
-  //
-  ResetLocalEquation();    
-  AliInfo("Parameters initialized to zero");
-  //
-  /// Fix non free parameters
-  for (Int_t i=0; i<fNModules; i++) {
-    AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(i);
-    for (Int_t j=0; j<mod->GetNParTot(); j++) {
-      if (mod->GetParOffset(j)<0) continue; // not varied
-      FixParameter(mod->GetParOffset(j),mod->GetParConstraint(j));
-      fMillepede->SetParamGrID(i, mod->GetParOffset(j));
-    }
-  }
-  //
-  // Set iterations
-  if (fStartFac>1) fMillepede->SetIterations(fStartFac);    
-  //
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::AddConstraint(Double_t *par, Double_t value, Double_t sigma) 
-{
-  /// Constrain equation defined by par to value
-  if (!fIsMilleInit) Init();
-  fMillepede->SetGlobalConstraint(par, value, sigma);
-  AliInfo("Adding constraint");
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::InitGlobalParameters(Double_t *par) 
-{
-  /// Initialize global parameters with par array
-  if (!fIsMilleInit) Init();
-  fMillepede->SetGlobalParameters(par);
-  AliInfo("Init Global Parameters");
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________ 
-void AliITSAlignMille2::FixParameter(Int_t iPar, Double_t value) 
-{
-  /// Parameter iPar is encourage to vary in [-value;value]. 
-  /// If value == 0, parameter is fixed
-  if (!fIsMilleInit) {
-    AliInfo("Millepede has not been initialized!");
-    return;
-  }
-  fMillepede->SetParSigma(iPar, value);
-  if (value==0) AliInfo(Form("Parameter %i Fixed", iPar));
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ResetLocalEquation()
-{
-  /// Reset the derivative vectors
-  for(int i=fNLocal;i--;)  fLocalDerivatives[i] = 0.0;
-  memset(fGlobalDerivatives, 0, fNGlobal*sizeof(double) );
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::ApplyToGeometry() 
-{
-  // apply starting realignment to ideal geometry
-  AliInfo(Form("Using %s for prealignment",fPreAlignmentFileName.Data()));
-  if (!fGeoManager) return -1; 
-  TFile *pref = TFile::Open(fPreAlignmentFileName.Data());
-  if (!pref->IsOpen()) return -2;
-  fPrealignment = (TClonesArray*)pref->Get("ITSAlignObjs");
-  if (!fPrealignment) return -3;  
-  Int_t nprea = fPrealignment->GetEntriesFast();
-  AliInfo(Form("Array of input misalignments with %d entries",nprea));
-  //
-  for (int ix=0; ix<nprea; ix++) {
-    AliAlignObjParams *preo=(AliAlignObjParams*) fPrealignment->At(ix);
-    Int_t index=AliITSAlignMille2Module::GetIndexFromVolumeID(preo->GetVolUID());
-    if (index>=0) {
-      if (index>=fPreAlignQF.GetSize()) fPreAlignQF.Set(index+10);
-      fPreAlignQF[index] = (int) preo->GetUniqueID()+1;
-    }
-    //TString nms = preo->GetSymName();
-    //if (!nms.Contains("Ladder")) continue; //RRR
-    //printf("Applying#%4d %s\n",ix,preo->GetSymName());
-    if (!preo->ApplyToGeometry()) return -4;
-  }
-  //
-  pref->Close();
-  delete pref;
-  //
-  fUsePreAlignment = kTRUE;
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::GetPreAlignmentQualityFactor(Int_t index) const
-{
-  // quality factors from prealignment
-  if (!fUsePreAlignment || index<0 || index>=fPreAlignQF.GetSize()) return -1;
-  return fPreAlignQF[index]-1;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-AliTrackPointArray *AliITSAlignMille2::PrepareTrack(const AliTrackPointArray *atp) 
-{
-  /// create a new AliTrackPointArray keeping only defined modules
-  /// move points according to a given prealignment, if any
-  /// sort alitrackpoints w.r.t. global Y direction, if selected
-  const double kTiny = 1E-12;
-  //
-  AliTrackPointArray *atps=NULL;
-  Int_t idx[20];
-  Int_t npts=atp->GetNPoints();
-
-  /// checks if AliTrackPoints belong to defined modules
-  Int_t ngoodpts=0;
-  Int_t intidx[20];
-  
-  for (int j=0; j<npts; j++) {
-    intidx[j] = IsVIDContained(atp->GetVolumeID()[j]);
-    if (intidx[j]>=0) ngoodpts++;
-  }
-  AliDebug(3,Form("Number of points in defined modules: %d out of %d",ngoodpts,npts));
-
-  // reject track if not enough points are left
-  if (ngoodpts<fMinNPtsPerTrack) {
-    AliInfo("Track with not enough points!");
-    return NULL;
-  }
-  // >> RS
-  AliTrackPoint p;
-  // check points in specific places
-  if (fRequirePoints) {
-    Int_t nlayup[6],nlaydown[6],nlay[6];
-    Int_t ndetup[3],ndetdown[3],ndet[3];
-    for (Int_t j=0; j<6; j++) {nlayup[j]=0; nlaydown[j]=0; nlay[j]=0;}
-    for (Int_t j=0; j<3; j++) {ndetup[j]=0; ndetdown[j]=0; ndet[j]=0;}
-    
-    for (int i=0; i<npts; i++) {
-      // skip not defined points
-      if (intidx[i]<0) continue;
-      Float_t xx=atp->GetX()[i];
-      Float_t yy=atp->GetY()[i];
-      Float_t r=TMath::Sqrt(xx*xx + yy*yy);
-      int lay=-1;
-      if (r<5) lay=0;
-      else if (r>5 && r<10) lay=1;
-      else if (r>10 && r<18) lay=2;
-      else if (r>18 && r<30) lay=3;
-      else if (r>30 && r<40) lay=4;
-      else if (r>40) lay=5;
-      if (lay<0) continue;
-      int det=lay/2;
-      //printf("Point %d - x=%f  y=%f  R=%f  lay=%d  det=%d\n",i,xx,yy,r,lay,det);
-
-      if (yy>=0.0) { // UP point
-       nlayup[lay]++;
-       nlay[lay]++;
-       ndetup[det]++;
-       ndet[det]++;
-      }
-      else {
-       nlaydown[lay]++;
-       nlay[lay]++;
-       ndetdown[det]++;
-       ndet[det]++;
-      }
-    }
-    
-    // checks minimum values
-    Bool_t isok=kTRUE;
-    for (Int_t j=0; j<6; j++) {
-      if (nlayup[j]<fNReqLayUp[j]) isok=kFALSE; 
-      if (nlaydown[j]<fNReqLayDown[j]) isok=kFALSE; 
-      if (nlay[j]<fNReqLay[j]) isok=kFALSE; 
-    }
-    for (Int_t j=0; j<3; j++) {
-      if (ndetup[j]<fNReqDetUp[j]) isok=kFALSE; 
-      if (ndetdown[j]<fNReqDetDown[j]) isok=kFALSE; 
-      if (ndet[j]<fNReqDet[j]) isok=kFALSE; 
-    }
-    if (!isok) {
-      AliDebug(2,Form("Track does not meet all location point requirements!"));
-      return NULL;
-    }
-  }
-  // build a new track with (sorted) (prealigned) good points
-  atps = (AliTrackPointArray*)fTrackBuff[ngoodpts-fMinNPtsPerTrack];
-  if (!atps) {
-    atps = new AliTrackPointArray(ngoodpts);
-    fTrackBuff.AddAtAndExpand(atps,ngoodpts-fMinNPtsPerTrack);
-  }
-  //
-  //
-  for (int i=0; i<npts; i++) idx[i]=i;
-  // sort track if required
-  TMath::Sort(npts,atp->GetY(),idx); // sort descending...
-  //
-  Int_t npto=0;
-  for (int i=0; i<npts; i++) {
-    // skip not defined points
-    if (intidx[idx[i]]<0) continue;
-    atp->GetPoint(p,idx[i]);
-
-    // prealign point if required
-    // get IDEAL matrix
-    AliITSAlignMille2Module *mod = GetMilleModule(intidx[idx[i]]);
-    TGeoHMatrix *svOrigMatrix = mod->GetSensitiveVolumeOrigGlobalMatrix(p.GetVolumeID());
-    // get back real local coordinates: use OriginalGlobalMatrix because AliTrackPoints were written
-    // with idel geometry  
-    Double_t pg[3],pl[3];
-    pg[0]=p.GetX();
-    pg[1]=p.GetY();
-    pg[2]=p.GetZ();
-    //    printf("Global coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pg[0],pg[1],pg[2]);
-    AliDebug(3,Form("Global coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pg[0],pg[1],pg[2]));
-    svOrigMatrix->MasterToLocal(pg,pl);
-
-    AliDebug(3,Form("Local coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pl[0],pl[1],pl[2]));
-    //
-    // this is a temporary code to extract the drift speed used for given point
-    if (p.GetDriftTime()>0) { // RRR
-      // calculate the drift speed
-      int sid = AliITSAlignMille2Module::GetIndexFromVolumeID(p.GetVolumeID());// - kSDDoffsID;
-      fDriftTime0[npto] = fInitialRecSDD ? fInitialRecSDD->GetTimeZero(sid) : 0.;
-      /*
-      AliGeomManager::ELayerID lay = AliGeomManager::VolUIDToLayer(p.GetVolumeID());
-      if      (lay==3) fDriftTime0[npto] = pg[2]<0 ? 169.5 : 140.1;
-      else if (lay==4) fDriftTime0[npto] = pg[2]<0 ? 158.3 : 139.0;
-      else {
-       AliError(Form("Strange layer %d for moduleID %d",lay,p.GetVolumeID()));
-       exit(1);
-      }
-      */
-      double tdif = p.GetDriftTime() - fDriftTime0[npto];
-      if (tdif<=0) tdif = 1;
-      double vdrift = (3.5085-TMath::Abs(pl[0]))/tdif;
-      if (vdrift<0) vdrift = 0;
-      //
-      // TEMPORARY CORRECTION (if provided) -------------->>>
-      if (fCorrectSDD) {
-       float t0Upd = fCorrectSDD->GetTimeZero(sid);
-       vdrift += fCorrectSDD->GetDeltaVDrift(sid);
-       tdif    = p.GetDriftTime() - t0Upd;
-       // correct Xlocal
-       pl[0] = TMath::Sign(3.5085 - vdrift*tdif,pl[0]);
-       fDriftTime0[npto] =  t0Upd;
-      }
-      // TEMPORARY CORRECTION (if provided) --------------<<<
-      fDriftSpeed[npto] = TMath::Sign(vdrift,pl[0]);
-      //
-      /*
-      printf("%d  %+6.2f %+6.2f %+6.2f  %+5.2f %+5.2f %+5.2f  %+6.1f  %+6.1f %+f %+f\n",
-            p.GetVolumeID(),pg[0],pg[1],pg[2],pl[0],pl[1],pl[2],p.GetDriftTime(), fDriftTime0[npto], fDriftSpeed[npto],tdif);
-      */
-    }
-
-    // update covariance matrix
-    TGeoHMatrix hcov;
-    Double_t hcovel[9];
-    hcovel[0]=double(p.GetCov()[0]);
-    hcovel[1]=double(p.GetCov()[1]);
-    hcovel[2]=double(p.GetCov()[2]);
-    hcovel[3]=double(p.GetCov()[1]);
-    hcovel[4]=double(p.GetCov()[3]);
-    hcovel[5]=double(p.GetCov()[4]);
-    hcovel[6]=double(p.GetCov()[2]);
-    hcovel[7]=double(p.GetCov()[4]);
-    hcovel[8]=double(p.GetCov()[5]);
-    hcov.SetRotation(hcovel);
-    // now rotate in local system
-    //    printf("\nErrMatGlob: before\n"); hcov.Print(""); //RRR
-    hcov.Multiply(svOrigMatrix);
-    hcov.MultiplyLeft(&svOrigMatrix->Inverse());
-    // now hcov is LOCAL COVARIANCE MATRIX
-    // apply sigma scaling
-    //    printf("\nErrMatLoc: before\n"); hcov.Print(""); //RRR
-    Double_t *hcovscl = hcov.GetRotationMatrix(); 
-    //    for (int ir=3;ir--;) for (int ic=3;ic--;) hcovscl[ir*3+ic] *= mod->GetSigmaFactor(ir)*mod->GetSigmaFactor(ic); //RRR
-    // RS TEMPORARY: nullify non-diagonal elements and sigY
-    hcovscl[5] = 0;
-    for (int ir=3;ir--;) for (int ic=3;ic--;) {
-       if (ir==ic) {
-         if (TMath::Abs(hcovscl[ir*3+ic])<kTiny) hcovscl[ir*3+ic] = 0.;
-         else hcovscl[ir*3+ic] *= mod->GetSigmaFactor(ir)*mod->GetSigmaFactor(ic); //RRR
-       }
-       else hcovscl[ir*3+ic]  = 0;
-      }
-    //
-    //    printf("\nErrMatLoc: after\n"); hcov.Print(""); //RRR
-    //
-    if (fBug==1) {
-      // correzione bug LAYER 5  SSD temporanea..
-      int ssdidx=AliITSAlignMille2Module::GetIndexFromVolumeID(p.GetVolumeID());
-      if (ssdidx>=500 && ssdidx<1248) {
-       int ladder=(ssdidx-500)%22;
-       if (ladder==18) p.SetVolumeID(AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromIndex(ssdidx+1));
-       if (ladder==19) p.SetVolumeID(AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromIndex(ssdidx-1));
-      }
-    }
-    /// get (evenctually prealigned) matrix of sens. vol.
-    TGeoHMatrix *svMatrix = mod->GetSensitiveVolumeMatrix(p.GetVolumeID());
-    // modify global coordinates according with pre-aligment
-    svMatrix->LocalToMaster(pl,pg);
-    // now rotate in local system
-    hcov.Multiply(&svMatrix->Inverse());
-    hcov.MultiplyLeft(svMatrix);
-    // hcov is back in GLOBAL RF
-    // cure once more
-    for (int ir=3;ir--;) for (int ic=3;ic--;) if (TMath::Abs(hcovscl[ir*3+ic])<kTiny) hcovscl[ir*3+ic] = 0.;
-    //    printf("\nErrMatGlob: after\n"); hcov.Print(""); //RRR
-    //
-    Float_t pcov[6];
-    pcov[0]=hcovscl[0];
-    pcov[1]=hcovscl[1];
-    pcov[2]=hcovscl[2];
-    pcov[3]=hcovscl[4];
-    pcov[4]=hcovscl[5];
-    pcov[5]=hcovscl[8];
-
-    p.SetXYZ(pg[0],pg[1],pg[2],pcov);
-    //    printf("New Gl coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pg[0],pg[1],pg[2]);
-    AliDebug(3,Form("New global coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pg[0],pg[1],pg[2]));
-    atps->AddPoint(npto,&p);
-    AliDebug(2,Form("Adding point[%d] = ( %f , %f , %f )     volid = %d",npto,atps->GetX()[npto],
-                   atps->GetY()[npto],atps->GetZ()[npto],atps->GetVolumeID()[npto] ));
-    //    printf("Adding %d %d %f\n",npto, p.GetVolumeID(), p.GetY()); 
-    npto++;
-  }
-
-  return atps;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-AliTrackPointArray *AliITSAlignMille2::SortTrack(const AliTrackPointArray *atp) 
-{
-  /// sort alitrackpoints w.r.t. global Y direction
-  AliTrackPointArray *atps=NULL;
-  Int_t idx[20];
-  Int_t npts=atp->GetNPoints();
-  AliTrackPoint p;
-  atps=new AliTrackPointArray(npts);
-
-  TMath::Sort(npts,atp->GetY(),idx);
-
-  for (int i=0; i<npts; i++) {
-    atp->GetPoint(p,idx[i]);
-    atps->AddPoint(i,&p);
-    AliDebug(2,Form("Point[%d] = ( %f , %f , %f )     volid = %d",i,atps->GetX()[i],atps->GetY()[i],atps->GetZ()[i],atps->GetVolumeID()[i] ));
-  }
-  return atps;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::GetCurrentLayer() const 
-{
-  // get current layer id
-  if (!fGeoManager) {
-    AliInfo("ITS geometry not initialized!");
-    return -1;
-  }
-  return (Int_t)AliGeomManager::VolUIDToLayer(fCluster.GetVolumeID());
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::InitModuleParams() 
-{
-  /// initialize geometry parameters for a given detector
-  /// for current cluster (fCluster)
-  /// fGlobalInitParam[] is set as:
-  ///    [tx,ty,tz,psi,theta,phi]
-  ///    (old was [tx,ty,tz,theta,psi,phi] ROOT's angles...)
-  /// *** At the moment: using Raffalele's angles definition ***
-  ///
-  /// return 0 if success
-  /// If module is found but has no parameters to vary, return 1
-
-  if (!fGeoManager) {
-    AliInfo("ITS geometry not initialized!");
-    return -1;
-  }
-
-  // now 'voluid' is the volumeID of a SENSITIVE VOLUME (coming from a cluster)
-
-  // set the internal index (index in module list)
-  UShort_t voluid=fCluster.GetVolumeID();
-  //
-  // IT IS VERY IMPORTANT: start from the end of the list, where the childs are located !!!
-  Int_t k=fNModules-1;
-  fCurrentModule = 0;
-  // VERY IMPORTANT: if the sensors were explicitly provided, don't look in the supermodules  
-  while (k>=0 && ! (fCurrentModule=GetMilleModule(k))->IsIn(voluid)) k--;
-  if (k<0) return -3;
-  //
-  /*
-  // Check if the module has free params. If not, go over the parents
-  AliITSAlignMille2Module* mdtmp = fCurrentModule;
-  while (mdtmp && mdtmp->GetNParFree()==0) mdtmp = mdtmp->GetParent();
-  if (!mdtmp) return 1; // nothing to vary here
-  fCurrentModule = mdtmp;
-  */
-  //
-  fModuleInitParam[0] = 0.0;
-  fModuleInitParam[1] = 0.0;
-  fModuleInitParam[2] = 0.0;
-  fModuleInitParam[3] = 0.0; // psi   (X)
-  fModuleInitParam[4] = 0.0; // theta (Y)
-  fModuleInitParam[5] = 0.0; // phi   (Z)
-  fModuleInitParam[6] = 0.0;
-  fModuleInitParam[7] = 0.0;
-  /// get (evenctually prealigned) matrix of sens. vol.
-  TGeoHMatrix *svMatrix = fCurrentModule->GetSensitiveVolumeMatrix(voluid);
-  
-  fMeasGlo[0] = fCluster.GetX();
-  fMeasGlo[1] = fCluster.GetY();
-  fMeasGlo[2] = fCluster.GetZ(); 
-  svMatrix->MasterToLocal(fMeasGlo,fMeasLoc);  
-  AliDebug(2,Form("Local coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",fMeasLoc[0] ,fMeasLoc[1] ,fMeasLoc[2] ));
-  
-  // set stdev from cluster
-  TGeoHMatrix hcov;
-  Double_t hcovel[9];
-  hcovel[0]=double(fCluster.GetCov()[0]);
-  hcovel[1]=double(fCluster.GetCov()[1]);
-  hcovel[2]=double(fCluster.GetCov()[2]);
-  hcovel[3]=double(fCluster.GetCov()[1]);
-  hcovel[4]=double(fCluster.GetCov()[3]);
-  hcovel[5]=double(fCluster.GetCov()[4]);
-  hcovel[6]=double(fCluster.GetCov()[2]);
-  hcovel[7]=double(fCluster.GetCov()[4]);
-  hcovel[8]=double(fCluster.GetCov()[5]);
-  hcov.SetRotation(hcovel);
-  // now rotate in local system
-  hcov.Multiply(svMatrix);
-  hcov.MultiplyLeft(&svMatrix->Inverse());
-  //
-  // set local sigmas
-  fSigmaLoc[0] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(hcov.GetRotationMatrix()[0]));
-  fSigmaLoc[1] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(hcov.GetRotationMatrix()[4])); // RS
-  fSigmaLoc[2] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(hcov.GetRotationMatrix()[8]));
-
-  // set minimum value for SigmaLoc to 10 micron 
-  if (fSigmaLoc[0]<0.0010) fSigmaLoc[0]=0.0010;
-  if (fSigmaLoc[2]<0.0010) fSigmaLoc[2]=0.0010;
-  //
-  /* RRR the rescaling is moved to PrepareTrack
-  // multiply local sigmas by global and module specific factor 
-  for (int i=3;i--;) fSigmaLoc[i] *= fSigmaFactor[i]*fCurrentModule->GetSigmaFactor(i);
-  //
-  */
-  AliDebug(2,Form("Setting StDev from CovMat : fSigmaLocX=%g  fSigmaLocY=%g fSigmaLocZ=%g \n",fSigmaLoc[0] ,fSigmaLoc[1] ,fSigmaLoc[2] ));
-   
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::Print(Option_t*) const 
-{
-  // print current status 
-  printf("*** AliMillepede for ITS ***\n");
-  printf("    Number of defined super modules: %d\n",fNModules);
-  printf("    Obtained parameters refer to %s Deltas\n",fUseGlobalDelta ? "GLOBAL":"LOCAL");
-  //
-  if (fGeoManager)
-    printf("    geometry loaded from %s\n",fGeometryFileName.Data());
-  else
-    printf("    geometry not loaded\n");
-  //  
-  if (fUsePreAlignment) 
-    printf("    using prealignment from %s \n",fPreAlignmentFileName.Data());
-  else
-    printf("    prealignment not used\n");    
-  //
-  //
-  if (fBOn) 
-    printf("    B Field set to %f T - using Riemann's helices\n",fBField);
-  else
-    printf("    B Field OFF - using straight lines \n");
-  //
-  if (fRequirePoints) printf("    Required points in tracks:\n");
-  for (Int_t i=0; i<6; i++) {
-    if (fNReqLayUp[i]>0) printf("        Layer %d : %d points with Y>0\n",i+1,fNReqLayUp[i]);
-    if (fNReqLayDown[i]>0) printf("        Layer %d : %d points with Y<0\n",i+1,fNReqLayDown[i]);
-    if (fNReqLay[i]>0) printf("        Layer %d : %d points \n",i+1,fNReqLay[i]);
-  }
-  for (Int_t i=0; i<3; i++) {
-    if (fNReqDetUp[i]>0) printf("        Detector %d : %d points with Y>0\n",i+1,fNReqDetUp[i]);
-    if (fNReqDetDown[i]>0) printf("        Detector %d : %d points with Y<0\n",i+1,fNReqDetDown[i]);
-    if (fNReqDet[i]>0) printf("        Detector %d : %d points \n",i+1,fNReqDet[i]);
-  }
-  //  
-  printf("\n    Millepede configuration parameters:\n");
-  printf("        init value for chi2 cut       : %.4f\n",fStartFac);
-  printf("        first iteration cut value     : %.4f\n",fResCutInitial);
-  printf("        other iterations cut value    : %.4f\n",fResCut);
-  printf("        number of stddev for chi2 cut : %d\n",fNStdDev);
-  printf("        def.scaling for local sigmas  : %.4f %.4f %.4f\n",fSigmaFactor[0],fSigmaFactor[1],fSigmaFactor[2]);
-
-  printf("List of defined modules:\n");
-  printf("  intidx\tindex\tvoluid\tname\n");
-  for (int i=0; i<fNModules; i++) {
-    AliITSAlignMille2Module* md = GetMilleModule(i); 
-    printf("  %d\t%d\t%d\t%s\n",i,md->GetIndex(),md->GetVolumeID(),md->GetName());
-  }
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-AliITSAlignMille2Module  *AliITSAlignMille2::GetMilleModuleByVID(UShort_t voluid) const
-{
-  // return pointer to a defined supermodule
-  // return NULL if error
-  Int_t i=IsVIDDefined(voluid);
-  if (i<0) return NULL;
-  return GetMilleModule(i);
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-AliITSAlignMille2Module  *AliITSAlignMille2::GetMilleModuleBySymName(const Char_t* symname) const
-{
-  // return pointer to a defined supermodule
-  // return NULL if error
-  UShort_t vid = AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromSymname(symname);
-  if (vid>0) return GetMilleModuleByVID(vid);
-  else {    // this is not alignable module, need to look within defined supermodules
-    int i = IsSymDefined(symname);
-    if (i>=0) return  GetMilleModule(i);
-  }
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-AliITSAlignMille2Module  *AliITSAlignMille2::GetMilleModuleIfContained(const Char_t* symname) const
-{
-  // return pointer to a defined/contained supermodule
-  // return NULL otherwise
-  int i = IsSymContained(symname);
-  return i<0 ? 0 : GetMilleModule(i);
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-AliAlignObjParams* AliITSAlignMille2::GetPrealignedObject(const Char_t* symname) const
-{
-  // get delta from prealignment for given volume
-  if (!fPrealignment) return 0;
-  for (int ipre=fPrealignment->GetEntriesFast();ipre--;) { // was the corresponding object prealigned?
-    AliAlignObjParams* preob = (AliAlignObjParams*)fPrealignment->At(ipre);
-    if (!strcmp(preob->GetSymName(),symname)) return preob;
-  }
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-AliAlignObjParams* AliITSAlignMille2::GetConstrRefObject(const Char_t* symname) const
-{
-  // get delta with respect to which the constraint is declared
-  if (!fConstrRef) return 0;
-  for (int ipre=fConstrRef->GetEntriesFast();ipre--;) { // was the corresponding object prealigned?
-    AliAlignObjParams* preob = (AliAlignObjParams*)fConstrRef->At(ipre);
-    if (!strcmp(preob->GetSymName(),symname)) return preob;
-  }
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Bool_t AliITSAlignMille2::InitRiemanFit() 
-{
-  // Initialize Riemann Fitter for current track
-  // return kFALSE if error
-
-  if (!fBOn) return kFALSE;
-
-  Int_t npts=0;
-  AliTrackPoint ap;
-  npts = fTrack->GetNPoints();
-  AliDebug(3,Form("Fitting track with %d points",npts));
-
-  fRieman->Reset();
-  fRieman->SetTrackPointArray(fTrack);
-
-  TArrayI ai(npts);
-  for (Int_t ipt=0; ipt<npts; ipt++) ai[ipt]=fTrack->GetVolumeID()[ipt];
-  
-  // fit track with 5 params in his own tracking-rotated reference system
-  // xc = -p[1]/p[0];
-  // yc = 1/p[0];
-  // R  = sqrt( x0*x0 + y0*y0 - y0*p[2]);
-  if (!fRieman->Fit(&ai,NULL,(AliGeomManager::ELayerID)1,(AliGeomManager::ELayerID)6)) {
-    return kFALSE;
-  }
-
-  for (int i=0; i<5; i++)
-    fLocalInitParam[i] = fRieman->GetParam()[i];
-  
-  return kTRUE;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void trackFit2D(Int_t &, Double_t *, double &chi2, double *par, int flag)
-{
-  // local function for minuit
-  const double kTiny = 1.e-14;
-  chi2 = 0;
-  static AliTrackPoint pnt;
-  static Bool_t fullErr2D;
-  //
-  if (flag==1) fullErr2D = kFALSE;//kTRUE;
-  enum {kAX,kAZ,kBX,kBZ};
-  enum {kXX=0,kXY=1,kXZ=2,kYX=kXY,kYY=3,kYZ=4,kZX=kXZ,kZY=kYZ,kZZ=5};
-  //
-  AliITSAlignMille2* alig = AliITSAlignMille2::GetInstance();
-  AliTrackPointArray* track = alig->GetCurrentTrack();
-  //
-  int npts = track->GetNPoints();
-  for (int ip=0;ip<npts;ip++) {
-    track->GetPoint(pnt,ip);
-    const float *cov = pnt.GetCov();
-    double y  = pnt.GetY();
-    double dx = pnt.GetX() - (par[kAX]+y*par[kBX]);
-    double dz = pnt.GetZ() - (par[kAZ]+y*par[kBZ]);
-    double xxe = cov[kXX];
-    double zze = cov[kZZ];
-    double xze = cov[kXZ];
-    //
-    if (fullErr2D) {
-      xxe += par[kBX]*par[kBX]*cov[kYY]-2.*par[kBX]*cov[kXY];
-      zze += par[kBZ]*par[kBZ]*cov[kYY]-2.*par[kBZ]*cov[kZY];
-      xze += par[kBX]*par[kBZ]*cov[kYY]-cov[kYZ]*par[kBZ]-cov[kXY]*par[kBX];
-    }
-    //
-    double det = xxe*zze - xze*xze;
-    if (det<kTiny) {
-      printf("Negative diag. error (det=%+e) |sxx:%+e szz:%+e sxz:%+e| bx:%+e bz:%+e|\n"
-            "Discarding correlation term\n",det,xxe,zze,xze,par[kBX],par[kBZ]);
-      xxe = cov[kXX];
-      zze = cov[kZZ];
-      xze = cov[kXZ];
-      fullErr2D = kFALSE;
-    }
-    double xxeI = zze/det;
-    double zzeI = xxe/det;
-    double xzeI =-xze/det;
-    //
-    chi2 += dx*dx*xxeI + dz*dz*zzeI + 2.*dx*dz*xzeI;
-    // 
-    //    printf("%d | %+e %+e %+e %+e %+e -> %+e\n",ip,dx,dz,xxeI,zzeI,xzeI,  chi2);
-  }
-  //
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::InitTrackParams(int meth) 
-{
-  /// initialize local parameters with different methods
-  /// for current track (fTrack)
-  Int_t npts=0;
-  AliTrackPoint ap;
-  double sX=0,sXY=0,sZ=0,sZY=0,sY=0,sYY=0,det=0;
-  // simple linear interpolation
-  // get local starting parameters (to be substituted by ESD track parms)
-  // local parms (fLocalInitParam[]) are:
-  //      [0] = global x coord. of straight line intersection at y=0 plane
-  //      [1] = global z coord. of straight line intersection at y=0 plane
-  //      [2] = px/py  
-  //      [3] = pz/py
-  // test #1: linear fit in x(y) and z(y)
-  npts = fTrack->GetNPoints();
-  AliDebug(3,Form("*** initializing track with %d points ***",npts));
-  for (int i=npts;i--;) {
-    sY  += fTrack->GetY()[i];
-    sYY += fTrack->GetY()[i]*fTrack->GetY()[i];
-    sX  += fTrack->GetX()[i];
-    sXY += fTrack->GetX()[i]*fTrack->GetY()[i];
-    sZ  += fTrack->GetZ()[i];
-    sZY += fTrack->GetZ()[i]*fTrack->GetY()[i];
-  }
-  det = sYY*npts-sY*sY;
-  if (det==0) det = 1E-20;
-  fLocalInitParam[0] = (sX*sYY-sY*sXY)/det;
-  fLocalInitParam[2] = (sXY*npts-sY*sX)/det;
-  //
-  fLocalInitParam[1] = (sZ*sYY-sY*sZY)/det;
-  fLocalInitParam[3] = (sZY*npts-sY*sZ)/det;
-  AliDebug(2,Form("X = p0gx + ugx*Y : p0gx = %f    ugx = %f\n",fLocalInitParam[0],fLocalInitParam[2]));
-  //
-  if (meth==1) return;
-  //
-  // perform full fit accounting for cov.matrix
-  static TVirtualFitter *minuit = 0;
-  static Double_t step[5]   = {1E-3,1E-3,1E-4,1E-4,1E-5};
-  static Double_t arglist[10];
-  //
-  if (!minuit) {
-    minuit = TVirtualFitter::Fitter(0,4);
-    minuit->SetFCN(trackFit2D);
-    arglist[0] = 1;
-    minuit->ExecuteCommand("SET ERR",arglist, 1);
-    //
-    arglist[0] = -1;
-    minuit->ExecuteCommand("SET PRINT",arglist,1);
-    //
-  }
-  //
-  minuit->SetParameter(0, "ax",   fLocalInitParam[0], step[0], 0,0);
-  minuit->SetParameter(1, "az",   fLocalInitParam[1], step[1], 0,0);
-  minuit->SetParameter(2, "bx",   fLocalInitParam[2], step[2], 0,0);
-  minuit->SetParameter(3, "bz",   fLocalInitParam[3], step[3], 0,0);
-  //
-  arglist[0] = 1000; // number of function calls 
-  arglist[1] = 0.001; // tolerance 
-  minuit->ExecuteCommand("MIGRAD",arglist,2);
-  //
-  for (int i=0;i<4;i++) fLocalInitParam[i] = minuit->GetParameter(i);
-  for (int i=0;i<4;i++) for (int j=0;j<4;j++) fLocalInitParEr[i][j] = minuit->GetCovarianceMatrixElement(i,j);
-  //
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::IsSymDefined(const Char_t* symname) const
-{
-  // checks if supermodule with this symname is defined and return the internal index
-  // return -1 if not.
-  for (int k=fNModules;k--;) if (!strcmp(symname,GetMilleModule(k)->GetName())) return k;
-  return -1; 
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::IsSymContained(const Char_t* symname) const
-{
-  // checks if module with this symname is defined and return the internal index
-  // return -1 if not.
-  UShort_t vid = AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromSymname(symname);
-  if (vid>0) return IsVIDContained(vid);
-  // only sensors have real vid, but maybe we have a supermodule with fake vid? 
-  // IMPORTANT: always start from the end to start from the sensors
-  return IsSymDefined(symname);
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::IsVIDDefined(UShort_t voluid) const
-{
-  // checks if supermodule 'voluid' is defined and return the internal index
-  // return -1 if not.
-  for (int k=fNModules;k--;) if (voluid==GetMilleModule(k)->GetVolumeID()) return k;
-  return -1; 
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::IsVIDContained(UShort_t voluid) const
-{
-  // checks if the sensitive module 'voluid' is contained inside a supermodule 
-  // and return the internal index of the last identified supermodule
-  // return -1 if error
-  // IMPORTANT: always start from the end to start from the sensors
-  if (AliITSAlignMille2Module::GetIndexFromVolumeID(voluid)<0) return -1;
-  for (int k=fNModules;k--;) if (GetMilleModule(k)->IsIn(voluid)) return k;
-  return -1; 
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::CheckCurrentTrack() 
-{
-  /// checks if AliTrackPoints belongs to defined modules
-  /// return number of good poins
-  /// return 0 if not enough points
-
-  Int_t npts = fTrack->GetNPoints();
-  Int_t ngoodpts=0;
-  // debug points
-  for (int j=0; j<npts; j++) if (IsVIDContained(fTrack->GetVolumeID()[j])>=0) ngoodpts++;
-  //
-  if (ngoodpts<fMinNPtsPerTrack) return 0;
-
-  return ngoodpts;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::ProcessTrack(const AliTrackPointArray *track) 
-{
-  /// Process track; Loop over hits and set local equations
-  /// here 'track' is a AliTrackPointArray
-  /// return 0 if success;
-  
-  if (!fIsMilleInit) Init();
-  //
-  Int_t npts = track->GetNPoints();
-  AliDebug(2,Form("*** Input track with %d points ***",npts));
-
-  // preprocessing of the input track: keep only points in defined volumes,
-  // move points if prealignment is set, sort by Yglo if required
-  
-  fTrack=PrepareTrack(track);
-  if (!fTrack) return -1;
-
-  npts = fTrack->GetNPoints();
-  if (npts>kMaxPoints) {
-    AliError(Form("Compiled with kMaxPoints=%d, current track has %d points",kMaxPoints,npts));
-  }
-  AliDebug(2,Form("*** Processing prepared track with %d points ***",npts));
-  
-  if (!fBOn) { // straight lines  
-    // set local starting parameters (to be substituted by ESD track parms)
-    // local parms (fLocalInitParam[]) are:
-    //      [0] = global x coord. of straight line intersection at y=0 plane
-    //      [1] = global z coord. of straight line intersection at y=0 plane
-    //      [2] = px/py  
-    //      [3] = pz/py
-    InitTrackParams(fInitTrackParamsMeth);  
-  } 
-  else {
-    // local parms (fLocalInitParam[]) are the Riemann Fitter params
-    if (!InitRiemanFit()) {
-      AliInfo("Riemann fit failed! skipping this track...");
-      fTrack=NULL;
-      return -5;
-    }
-  }
-  
-  Int_t nloceq=0;
-  Int_t ngloeq=0;
-  static Mille2Data md[kMaxPoints];
-  //
-  for (Int_t ipt=0; ipt<npts; ipt++) {
-    fTrack->GetPoint(fCluster,ipt);
-    fCluster.SetUniqueID(ipt);
-    AliDebug(2,Form("\n--- processing point %d --- \n",ipt));    
-
-    // set geometry parameters for the the current module
-    if (InitModuleParams()) continue;
-    AliDebug(2,Form("    VolID=%d  Index=%d  InternalIdx=%d  symname=%s\n", 
-                   track->GetVolumeID()[ipt], fCurrentModule->GetIndex(),
-                   fCurrentModule->GetUniqueID(), AliGeomManager::SymName(track->GetVolumeID()[ipt]) ));
-    AliDebug(2,Form("    Preprocessed Point = ( %f , %f , %f ) \n",fCluster.GetX(),fCluster.GetY(),fCluster.GetZ()));
-    int res = AddLocalEquation(md[nloceq]);
-    if (res<0) {fTotBadLocEqPoints++; nloceq = 0; break;}
-    else if (res==0) nloceq++;
-    else {nloceq++; ngloeq++;}
-  } // end loop over points
-  //
-  fTrack=NULL;
-  // not enough good points?
-  if (nloceq<fMinNPtsPerTrack || ngloeq<1) return -1;
-  //
-  // finally send local equations to millepede
-  SetLocalEquations(md,nloceq);
-  fMillepede->SaveRecordData(); // RRR
-  //
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::CalcIntersectionPoint(Double_t *lpar, Double_t *gpar) 
-{
-  /// calculate track intersection point in local coordinates
-  /// according with a given set of parameters (local(4) and global(6))
-  /// and fill fPintLoc/Glo
-  ///    local are:   pgx0, pgz0, ugx, ugz   OR   riemann fitters pars
-  ///    global are:  tx,ty,tz,psi,theta,phi (Raff's delta angles in deg.)
-  /// return 0 if success
-  
-  AliDebug(3,Form("lpar = %g %g %g %g %g\ngpar= %g %g %g %g %g %g\n",lpar[0],lpar[1],lpar[2],lpar[3],lpar[4],gpar[0],gpar[1],gpar[2],gpar[3],gpar[4],gpar[5]));
-  AliDebug(3,Form("deltalpar = %g %g %g %g %g\n",lpar[0]-fLocalInitParam[0],lpar[1]-fLocalInitParam[1],lpar[2]-fLocalInitParam[2],lpar[3]-fLocalInitParam[3],lpar[4]-fLocalInitParam[4]));
-
-  
-  // prepare the TGeoHMatrix
-  TGeoHMatrix *tempHMat = fCurrentModule->GetSensitiveVolumeModifiedMatrix(fCluster.GetVolumeID(),gpar,
-                                                                          !fUseGlobalDelta);
-  if (!tempHMat) return -1;
-  
-  Double_t v0g[3]; // vector with straight line direction in global coord.
-  Double_t p0g[3]; // point of the straight line (glo)
-  
-  if (fBOn) { // B FIELD!
-    AliTrackPoint prf; 
-    for (int ip=0; ip<5; ip++)
-      fRieman->SetParam(ip,lpar[ip]);
-
-    if (!fRieman->GetPCA(fCluster,prf))  {
-      AliInfo(Form("error in GetPCA for point %d",fCluster.GetVolumeID()));
-      return -3;
-    }
-    // now determine straight line passing tangent to fit curve at prf
-    // ugx = dX/dY_glo = DeltaX/DeltaY_glo
-    // mo' P1=(X,Y,Z)_glo_prf
-    //       => (x,y,Z)_trk_prf ruotando di alpha...
-    Double_t alpha=fRieman->GetAlpha();
-    Double_t x1g = prf.GetX();
-    Double_t y1g = prf.GetY();
-    Double_t z1g = prf.GetZ();
-    Double_t x1t =  x1g*TMath::Cos(alpha) + y1g*TMath::Sin(alpha);
-    Double_t y1t = -x1g*TMath::Sin(alpha) + y1g*TMath::Cos(alpha);
-    Double_t z1t =  z1g;    
-
-    Double_t x2t = x1t+1.0;
-    Double_t y2t = y1t+fRieman->GetDYat(x1t);
-    Double_t z2t = z1t+fRieman->GetDZat(x1t);
-    Double_t x2g =  x2t*TMath::Cos(alpha) - y2t*TMath::Sin(alpha);
-    Double_t y2g =  x2t*TMath::Sin(alpha) + y2t*TMath::Cos(alpha);
-    Double_t z2g =  z2t;  
-
-    AliDebug(3,Form("Riemann frame:  fAlpha = %f  =  %f  ",alpha,alpha*180./TMath::Pi()));
-    AliDebug(3,Form("   prf_glo=( %f , %f , %f )  prf_rf=( %f , %f , %f )\n", x1g,y1g,z1g, x1t,y1t,z1t));
-    AliDebug(3,Form("   mov_glo=( %f , %f , %f )      rf=( %f , %f , %f )\n",x2g,y2g,z2g, x2t,y2t,z2t));
-        
-    if (TMath::Abs(y2g-y1g)<1e-15) {
-      AliInfo("DeltaY=0! Cannot proceed...");
-      return -1;
-    }
-    // ugx,1,ugz
-    v0g[0] = (x2g-x1g)/(y2g-y1g);
-    v0g[1]=1.0;
-    v0g[2] = (z2g-z1g)/(y2g-y1g);
-    
-    // point: just keep prf
-    p0g[0]=x1g;
-    p0g[1]=y1g;
-    p0g[2]=z1g;
-  }  
-  else { // staight line
-    // vector of initial straight line direction in glob. coord
-    v0g[0]=lpar[2];
-    v0g[1]=1.0;
-    v0g[2]=lpar[3];
-    
-    // intercept in yg=0 plane in glob coord
-    p0g[0]=lpar[0];
-    p0g[1]=0.0;
-    p0g[2]=lpar[1];
-  }
-  AliDebug(3,Form("Line vector: ( %f , %f , %f )  point:( %f , %f , %f )\n",v0g[0],v0g[1],v0g[2],p0g[0],p0g[1],p0g[2]));
-  
-  // same in local coord.
-  Double_t p0l[3],v0l[3];
-  tempHMat->MasterToLocalVect(v0g,v0l);
-  tempHMat->MasterToLocal(p0g,p0l);
-  
-  if (TMath::Abs(v0l[1])<1e-15) {
-    AliInfo("Track Y direction in local frame is zero! Cannot proceed...");
-    return -1;
-  }
-  
-  // local intersection point
-  fPintLoc[0] = p0l[0] - (v0l[0]/v0l[1])*p0l[1];
-  fPintLoc[1] = 0;
-  fPintLoc[2] = p0l[2] - (v0l[2]/v0l[1])*p0l[1];
-  
-  // global intersection point
-  tempHMat->LocalToMaster(fPintLoc,fPintGlo);
-  AliDebug(3,Form("Intesect. point: L( %f , %f , %f )  G( %f , %f , %f )\n",fPintLoc[0],fPintLoc[1],fPintLoc[2],fPintGlo[0],fPintGlo[1],fPintGlo[2]));
-  
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::CalcDerivatives(Int_t paridx, Bool_t islpar) 
-{
-  /// calculate numerically (ROOT's style) the derivatives for
-  /// local X intersection  and local Z intersection
-  /// parlist: local  (islpar=kTRUE)  pgx0, pgz0, ugx0, ugz0  OR riemann's params
-  ///          global (islpar=kFALSE) tx, ty, tz, psi, theta, phi (Raf's angles in deg)
-  /// return 0 if success
-  
-  // copy initial parameters
-  Double_t lpar[kNLocal];
-  Double_t gpar[kNParCh];
-  Double_t *derivative;
-  for (Int_t i=0; i<kNLocal; i++) lpar[i]=fLocalInitParam[i];
-  for (Int_t i=0; i<kNParCh; i++) gpar[i]=fModuleInitParam[i];
-
-  // trial with fixed dpar...
-  Double_t dpar = 0.;
-
-  if (islpar) { // track parameters
-    //dpar=fLocalInitParam[paridx]*0.001;
-    // set minimum dpar
-    derivative = fDerivativeLoc[paridx];
-    if (!fBOn) {
-      if (paridx<3) dpar=1.0e-4; // translations
-      else dpar=1.0e-6; // direction
-    }
-    else { // B Field
-      // pepo: proviamo con 1/1000, poi evenctually 1/100...
-      Double_t dfrac=0.01;
-      switch(paridx) {
-      case 0:
-       // RMS cosmics: 1e-4
-       dpar = TMath::Max(1.0e-6,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac)); 
-       break;
-      case 1: 
-       // RMS cosmics: 0.2
-       dpar = TMath::Max(0.002,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac)); 
-       break;
-      case 2: 
-       // RMS cosmics: 9
-       dpar = TMath::Max(0.09,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac)); 
-       break;
-      case 3: 
-       // RMS cosmics: 7
-       dpar = TMath::Max(0.07,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac)); 
-       break;
-      case 4: 
-       // RMS cosmics: 0.3
-       dpar = TMath::Max(0.003,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac)); 
-       break;
-      }
-    }
-  }
-  else { // alignment global parameters
-    derivative = fDerivativeGlo[paridx];
-    //dpar=fModuleInitParam[paridx]*0.001;
-    if (paridx<3) dpar=1.0e-4; // translations
-    else dpar=1.0e-2; // angles    
-  }
-
-  AliDebug(3,Form("+++ using dpar=%g",dpar));
-  
-  // calculate derivative ROOT's like:
-  //  using f(x+h),f(x-h),f(x+h/2),f(x-h2)...
-  Double_t pintl1[3]; // f(x-h)
-  Double_t pintl2[3]; // f(x-h/2)
-  Double_t pintl3[3]; // f(x+h/2)
-  Double_t pintl4[3]; // f(x+h)
-    
-  // first values
-  if (islpar) lpar[paridx] -= dpar;
-  else gpar[paridx] -= dpar;
-  if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;
-  for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl1[i]=fPintLoc[i];
-
-  // second values
-  if (islpar) lpar[paridx] += dpar/2;
-  else gpar[paridx] += dpar/2;
-  if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;
-  for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl2[i]=fPintLoc[i];
-
-  // third values
-  if (islpar) lpar[paridx] += dpar;
-  else gpar[paridx] += dpar;
-  if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;
-  for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl3[i]=fPintLoc[i];
-
-  // fourth values
-  if (islpar) lpar[paridx] += dpar/2;
-  else gpar[paridx] += dpar/2;
-  if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;
-  for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl4[i]=fPintLoc[i];
-
-  Double_t h2 = 1./(2.*dpar);
-  Double_t d0 = pintl4[0]-pintl1[0];
-  Double_t d2 = 2.*(pintl3[0]-pintl2[0]);
-  derivative[0] = h2*(4*d2 - d0)/3.;
-  if (TMath::Abs(derivative[0]) < 1.0e-9) derivative[0] = 0.0;
-
-  d0 = pintl4[2]-pintl1[2];
-  d2 = 2.*(pintl3[2]-pintl2[2]);
-  derivative[2] = h2*(4*d2 - d0)/3.;
-  if (TMath::Abs(derivative[2]) < 1.0e-9) derivative[2]=0.0;
-
-  AliDebug(3,Form("\n+++ derivatives +++ \n"));
-  AliDebug(3,Form("+++ dXLoc/dpar = %g +++\n",derivative[0]));
-  AliDebug(3,Form("+++ dZLoc/dpar = %g +++\n\n",derivative[2]));
-  
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::AddLocalEquation(Mille2Data &m) 
-{
-  /// Define local equation for current cluster in X and Z coor.
-  /// and store them to memory
-  /// return -1 in case of failure to build some equation
-  ///         0 if no free global parameters were found but local eq is built
-  ///         1 if both local and global eqs are built
-  //
-  // store first intersection point
-  if (CalcIntersectionPoint(fLocalInitParam, fModuleInitParam)) return -1;  
-  for (Int_t i=0; i<3; i++) fPintLoc0[i]=fPintLoc[i];
-  AliDebug(2,Form("Intesect. point: L( %f , %f , %f )",fPintLoc[0],fPintLoc[1],fPintLoc[2]));
-  
-  // calculate local derivatives numerically
-  Bool_t zeroX = kTRUE;
-  Bool_t zeroZ = kTRUE;
-  //
-  for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++) {
-    if (CalcDerivatives(i,kTRUE)) return -1;
-    m.fDerLocX[i] = fDerivativeLoc[i][0];
-    m.fDerLocZ[i] = fDerivativeLoc[i][2];
-    if (zeroX) zeroX = fDerivativeLoc[i][0]==0;
-    if (zeroZ) zeroZ = fDerivativeLoc[i][2]==0;
-  }
-  //  for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++) AliDebug(2,Form("Local parameter %d - dXdpar = %g  - dZdpar = %g\n",i,dXdL[i],dZdL[i]));
-  //
-  if (zeroX) {AliInfo("Skipping: zero local X derivatives!"); return -1;}
-  if (zeroZ) {AliInfo("Skipping: zero local Z derivatives!"); return -1;}
-  //
-  int ifill = 0;
-  //
-  AliITSAlignMille2Module* endModule = fCurrentModule;
-  //
-  zeroX = zeroZ = kTRUE;
-  Bool_t dfDone[kNParCh];
-  for (int i=kNParCh;i--;) dfDone[i] = kFALSE;
-  m.fNModFilled = 0;
-  // 
-  // special block for SDD derivatives
-  Double_t jacobian[kNParChGeom];
-  Int_t nmodTested = 0;
-  //
-  do {
-    if (fCurrentModule->GetNParFree()==0) continue;
-    nmodTested++;
-    for (Int_t i=0; i<kNParChGeom; i++) {   // common for all sensors: derivatives over geom params 
-      //
-      if (!fUseGlobalDelta) dfDone[i] = kFALSE; // for global deltas the derivatives at diff. levels are different
-      if (fCurrentModule->GetParOffset(i)<0) continue; // this parameter is not explicitly fitted
-      if (!dfDone[i]) { 
-       if (CalcDerivatives(i,kFALSE)) return -1; 
-       else {
-         dfDone[i] = kTRUE;
-         if (zeroX) zeroX = fDerivativeGlo[i][0]==0;
-         if (zeroZ) zeroZ = fDerivativeGlo[i][2]==0;
-       }
-      }
-      //
-      m.fDerGloX[ifill] = fDerivativeGlo[i][0];
-      m.fDerGloZ[ifill] = fDerivativeGlo[i][2];
-      m.fParMilleID[ifill++] = fCurrentModule->GetParOffset(i);
-    }
-    //
-    // specific for special sensors
-    if ( fCurrentModule->IsSDD() && 
-        (fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFT0)>=0 ||
-         fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFDV)>=0) ) {
-      //
-      // assume for sensor local xloc = xloc0 + V0*dT0+dV*(T-T0)
-      // where V0 and T are the nominal drift velocity, time and time0
-      // and the dT0 and dV are the corrections:
-      // dX/dT0 = dX/dxloc * dxloc/dT0 = dX/dxloc * V0
-      // dX/dV  = dX/dxloc * dxloc/dV =  dX/dxloc * (T-T0)
-      // IMPORTANT: the geom derivatives are over the SENSOR LOCAL parameters
-      //
-      if (!dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0] || !dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV]) {
-       //
-       double dXdxlocsens=0., dZdxlocsens=0.;
-       //
-       // if the current module is the sensor itself and we work with local params, then 
-       // we can directly take dX/dxloc_sens dZ/dxloc_sens
-       if (!fUseGlobalDelta && fCurrentModule->GetVolumeID()==fCluster.GetVolumeID()) {
-         if (dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFTX]) {
-           CalcDerivatives(AliITSAlignMille2Module::kDOFTX,kFALSE); 
-           dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFTX] = kTRUE;
-         }
-         dXdxlocsens = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFTX][0];
-         dZdxlocsens = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFTX][2];
-       }
-       //
-       else { // need to perform some transformations
-         // fetch the jacobian of the transformation from the sensors local frame to the frame
-         // where the parameters are defined:
-         // Global: dX/dxloc_sens = dX/dxgl*dxgl/dxloc_sens + ...dX/dphigl*dphigl/dxloc_sens
-         if (fUseGlobalDelta) fCurrentModule->CalcDerivGloLoc(fCluster.GetVolumeID(),
-                                                              AliITSAlignMille2Module::kDOFTX, jacobian);
-         // Local:  dX/dxloc_sens = dX/dxcurr*dxcurr/dxloc_sens +..+dX/dphicurr * dphicurr/dxloc_sens 
-         else                 fCurrentModule->CalcDerivCurLoc(fCluster.GetVolumeID(),
-                                                              AliITSAlignMille2Module::kDOFTX, jacobian);
-         //
-         for (int j=0;j<kNParChGeom;j++) {
-           // need global derivative even if the j-th param is locked
-           if (!dfDone[j]) {CalcDerivatives(j,kFALSE); dfDone[j] = kTRUE;}
-           dXdxlocsens += fDerivativeGlo[j][0] * jacobian[j];
-           dZdxlocsens += fDerivativeGlo[j][2] * jacobian[j];
-         }
-       }
-       //
-       if (zeroX) zeroX = dXdxlocsens == 0;
-       if (zeroZ) zeroZ = dZdxlocsens == 0;
-       //
-       double vdrift = GetVDriftSDD();
-       double tdrift = GetTDriftSDD();
-       //
-       fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0][0] = dXdxlocsens*vdrift;
-       fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0][2] = dZdxlocsens*vdrift;
-       dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0] = kTRUE;
-       //
-       fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV][0] = -dXdxlocsens*TMath::Sign(tdrift,vdrift);
-       fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV][2] = -dZdxlocsens*TMath::Sign(tdrift,vdrift);
-       dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV] = kTRUE;
-       //
-      }
-      //
-      if (fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFT0)>=0) {
-       m.fDerGloX[ifill] = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0][0];
-       m.fDerGloZ[ifill] = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0][2];
-       m.fParMilleID[ifill++] = fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFT0);      
-      }
-      //
-      if (fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFDV)>=0) {
-       m.fDerGloX[ifill] = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV][0];
-       m.fDerGloZ[ifill] = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV][2];
-       m.fParMilleID[ifill++] = fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFDV);      
-      }
-    }
-    //
-    m.fModuleID[m.fNModFilled++] = fCurrentModule->GetUniqueID();
-  } while( (fCurrentModule=fCurrentModule->GetParent()) );
-  //
-  if (nmodTested>0 && zeroX) {AliInfo("Skipping: zero global X derivatives!");return -1;}
-  if (nmodTested>0 && zeroZ) {AliInfo("Skipping: zero global Z derivatives!");return -1;}
-  //
-  // ok, can copy to m
-  AliDebug(2,Form("Adding local equation X with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",(fMeasLoc[0]-fPintLoc0[0]), fSigmaLoc[0]));
-  m.fMeasX = fMeasLoc[0]-fPintLoc0[0];
-  m.fSigmaX = fSigmaLoc[0];
-  //
-  AliDebug(2,Form("Adding local equation Z with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",(fMeasLoc[2]-fPintLoc0[2]), fSigmaLoc[2]));
-  m.fMeasZ = fMeasLoc[2]-fPintLoc0[2];
-  m.fSigmaZ = fSigmaLoc[2];
-  //
-  m.fNGlobFilled = ifill;
-  fCurrentModule = endModule;
-  //
-  return Int_t(!zeroX && !zeroZ);
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::SetLocalEquations(const Mille2Data *marr, Int_t neq) 
-{
-  /// Set local equations with data stored in m
-  /// return 0 if success
-  //
-  for (Int_t j=0; j<neq; j++) {
-    //
-    const Mille2Data &m = marr[j];
-    //
-    // set equation for Xloc coordinate
-    AliDebug(2,Form("setting local equation X with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",m.fMeasX, m.fSigmaX));
-    for (int i=fNLocal; i--;) SetLocalDerivative( i, m.fDerLocX[i] );
-    for (int i=m.fNGlobFilled;i--;) SetGlobalDerivative( m.fParMilleID[i] , m.fDerGloX[i] );
-    fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, m.fMeasX, m.fSigmaX);  
-    //
-    // set equation for Zloc coordinate
-    AliDebug(2,Form("setting local equation Z with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",m.fMeasZ, m.fSigmaZ));
-    for (int i=fNLocal; i--;) SetLocalDerivative( i, m.fDerLocZ[i] );
-    for (int i=m.fNGlobFilled;i--;) SetGlobalDerivative( m.fParMilleID[i] , m.fDerGloZ[i] );
-    fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, m.fMeasZ, m.fSigmaZ);  
-    //
-    for (int i=m.fNModFilled;i--;) GetMilleModule(m.fModuleID[i])->IncNProcessedPoints();
-    //
-  }
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::GlobalFit()
-{
-  /// Call global fit; Global parameters are stored in parameters
-  if (!fIsMilleInit) Init();
-  //
-  ApplyPreConstraints();
-  int res = fMillepede->GlobalFit();
-  AliInfo(Form("%s fitting global parameters!",res ? "Done":"Failed"));
-  if (res) {
-    // fetch the parameters
-    for (int imd=fNModules;imd--;) {
-      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);
-      int nprocp = 0;
-      for (int ip=mod->GetNParTot();ip--;) {
-       int idp = mod->GetParOffset(ip);
-       if (idp<0) continue;    // was not in the explicit fit
-       mod->SetParVal(ip,fMillepede->GetFinalParam(idp));
-       mod->SetParErr(ip,fMillepede->GetFinalError(idp));
-       int np = fMillepede->GetProcessedPoints(idp);
-       if (TMath::Abs(np)>TMath::Abs(nprocp)) nprocp = np;
-      }
-      if (!mod->GetNProcessedPoints()) mod->SetNProcessedPoints(nprocp);
-    }
-
-  }
-  ApplyPostConstraints();
-  return res;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::PrintGlobalParameters() 
-{
-  /// Print global parameters
-  if (!fIsMilleInit) {
-    AliInfo("Millepede has not been initialized!");
-    return;
-  }
-  fMillepede->PrintGlobalParameters();
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Int_t AliITSAlignMille2::LoadSuperModuleFile(const Char_t *sfile)
-{ 
-  // load definitions of supermodules from a root file
-  // return 0 if success
-
-  TFile *smf=TFile::Open(sfile);
-  if (!smf->IsOpen()) {
-    AliInfo(Form("Cannot open supermodule file %s",sfile));
-    return -1;
-  }
-
-  TClonesArray *sma=(TClonesArray*)smf->Get("ITSMilleSuperModules");
-  if (!sma) {
-    AliInfo(Form("Cannot find ITSMilleSuperModules array in file"));
-    return -2;  
-  }  
-  Int_t nsma=sma->GetEntriesFast();
-  AliInfo(Form("Array of SuperModules with %d entries\n",nsma));
-  //
-  Char_t st[250];
-  char symname[150];
-  UShort_t volid;
-  TGeoHMatrix m;
-  //
-  for (Int_t i=0; i<nsma; i++) {
-    AliAlignObjParams *a = (AliAlignObjParams*)sma->UncheckedAt(i);
-    volid=a->GetVolUID();
-    strcpy(st,a->GetSymName());
-    a->GetMatrix(m);
-    //
-    sscanf(st,"%s",symname);
-    //
-    // decode module list
-    char *stp=strstr(st,"ModuleList:");
-    if (!stp) return -3;
-    stp += 11;
-    int idx[2200];
-    char spp[200]; int jp=0;
-    char cl[20];
-    strcpy(st,stp);
-    int l=strlen(st);
-    int j=0;
-    int n=0;
-    //
-    while (j<=l) {
-      if (st[j]==9 || st[j]==32 || st[j]==10 || st[j]==0) {
-       spp[jp]=0;
-       jp=0;
-       if (strlen(spp)) {
-         int k=strcspn(spp,"-");
-         if (k<int(strlen(spp))) { // c'e' il -
-           strcpy(cl,&(spp[k+1]));
-           spp[k]=0;
-           int ifrom=atoi(spp); int ito=atoi(cl);
-           for (int b=ifrom; b<=ito; b++) {
-             idx[n]=b;
-             n++;
-           }
-         }
-         else { // numerillo singolo
-           idx[n]=atoi(spp);
-           n++;
-         }
-       }
-      }
-      else {
-       spp[jp]=st[j];
-       jp++;
-      }
-      j++;
-    }
-    UShort_t volidsv[2198];
-    for (j=0;j<n;j++) {
-      volidsv[j]=AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromIndex(idx[j]);
-      if (!volidsv[j]) {
-       AliInfo(Form("Index %d not valid (range 0->%d)",idx[j],kMaxITSSensID));
-       return -5;
-      }
-    }
-    Int_t smindex=int(2198+volid-14336); // virtual index
-    //
-    fSuperModule.AddAtAndExpand(new AliITSAlignMille2Module(smindex,volid,symname,&m,n,volidsv),fNSuperModules);
-    //
-    fNSuperModules++;
-  }
-  //
-  smf->Close();
-  //
-  return 0;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ConstrainModuleSubUnitsMean(Int_t idm, Double_t val, UInt_t pattern)
-{
-  // require that sum of modifications for the childs of this module is = val, i.e.
-  // the internal corrections moves the module as a whole by fixed value (0 by default).
-  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain
-  //
-  if (fIsMilleInit) {
-    AliInfo("Millepede has been already initialized: no constrain may be added!");
-    return;
-  }
-  if (!GetMilleModule(idm)->GetNChildren()) return;
-  TString nm = "cstrSUMean";
-  nm += GetNConstraints();
-  AliITSAlignMille2Constraint *cstr = new AliITSAlignMille2Constraint(nm.Data(),AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean,
-                                                                     idm,val,pattern);
-  cstr->SetConstraintID(GetNConstraints());
-  fConstraints.Add(cstr);
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ConstrainModuleSubUnitsMedian(Int_t idm, Double_t val, UInt_t pattern)
-{
-  // require that median of the modifications for the childs of this module is = val, i.e.
-  // the internal corrections moves the module as a whole by fixed value (0 by default) 
-  // module the outliers.
-  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain
-  // The difference between the mean and the median will be transfered to the parent
-  if (fIsMilleInit) {
-    AliInfo("Millepede has been already initialized: no constrain may be added!");
-    return;
-  }
-  if (!GetMilleModule(idm)->GetNChildren()) return;
-  TString nm = "cstrSUMed";
-  nm += GetNConstraints();
-  AliITSAlignMille2Constraint *cstr = new AliITSAlignMille2Constraint(nm.Data(),AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMedian,
-                                                                     idm,val,pattern);
-  cstr->SetConstraintID(GetNConstraints());
-  fConstraints.Add(cstr);
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ConstrainOrphansMean(Double_t val, UInt_t pattern)
-{
-  // require that median of the modifications for the supermodules which have no parents is = val, i.e.
-  // the corrections moves the whole setup by fixed value (0 by default) modulo the outliers.
-  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain
-  //
-  if (fIsMilleInit) {
-    AliInfo("Millepede has been already initialized: no constrain may be added!");
-    return;
-  }
-  TString nm = "cstrOMean";
-  nm += GetNConstraints();
-  AliITSAlignMille2Constraint *cstr = new AliITSAlignMille2Constraint(nm.Data(),AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean,
-                                                                     -1,val,pattern);
-  cstr->SetConstraintID(GetNConstraints());
-  fConstraints.Add(cstr);
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ConstrainOrphansMedian(Double_t val, UInt_t pattern)
-{
-  // require that median of the modifications for the supermodules which have no parents is = val, i.e.
-  // the corrections moves the whole setup by fixed value (0 by default) modulo the outliers.
-  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain
-  //
-  if (fIsMilleInit) {
-    AliInfo("Millepede has been already initialized: no constrain may be added!");
-    return;
-  }
-  TString nm = "cstrOMed";
-  nm += GetNConstraints();
-  AliITSAlignMille2Constraint *cstr = new AliITSAlignMille2Constraint(nm.Data(),AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMedian,
-                                                                     -1,val,pattern);
-  cstr->SetConstraintID(GetNConstraints());
-  fConstraints.Add(cstr);
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ConstrainLocal(const Char_t* name,Double_t *parcf,Int_t npar,Double_t val,Double_t err)
-{
-  // apply constraint on parameters in the local frame
-  if (fIsMilleInit) {
-    AliInfo("Millepede has been already initialized: no constrain may be added!");
-    return;
-  }
-  AliITSAlignMille2ConstrArray *cstr = new AliITSAlignMille2ConstrArray(name,parcf,npar,val,err);
-  cstr->SetConstraintID(GetNConstraints());
-  fConstraints.Add(cstr);
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ApplyGaussianConstraint(const AliITSAlignMille2ConstrArray* cstr)
-{
-  // apply the constraint on the local corrections of a list of modules
-  int nmod = cstr->GetNModules();
-  double jacobian[AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom][AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom];
-  //
-  for (int imd=nmod;imd--;) {
-    int modID = cstr->GetModuleID(imd);
-    AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(modID);
-    ResetLocalEquation();
-    int nadded = 0;
-    double value = cstr->GetValue();
-    double sigma = cstr->GetError();
-    //
-    // in case the reference (survey) deltas were imposed for Gaussian constraints
-    // already accumulated corrections: they must be subtracted from the constraint value.
-    if (IsConstraintWrtRef()) {
-      //
-      Double_t precal[AliITSAlignMille2Module::kMaxParTot];
-      Double_t refcal[AliITSAlignMille2Module::kMaxParTot];
-      for (int ip=AliITSAlignMille2Module::kMaxParTot;ip--;) {precal[ip]=0; refcal[ip] = 0.;}
-      //
-      // check if there was a reference delta provided for this module
-      AliAlignObjParams* parref = GetConstrRefObject(mod->GetName());
-      if (parref) parref->GetPars(refcal, refcal+3);    // found reference delta
-      //
-      // extract already applied local corrections for this module
-      if (fPrealignment) {
-       //
-       AliAlignObjParams *preo = GetPrealignedObject(mod->GetName());
-       if (preo) {
-         TGeoHMatrix preMat,tmpMat = *mod->GetMatrix(); //  Delta_Glob * Delta_Glob_Par * M
-         preo->GetMatrix(preMat);                       //  Delta_Glob
-         preMat.MultiplyLeft( &tmpMat.Inverse() );      //  M^-1 * Delta_Glob_Par^-1 = (Delta_Glob_Par * M)^-1
-         tmpMat.MultiplyLeft( &preMat );                //  (Delta_Glob_Par * M)^-1 * Delta_Glob * Delta_Glob_Par * M = Delta_loc
-         AliAlignObjParams algob;
-         algob.SetMatrix(tmpMat);
-         algob.GetPars(precal,precal+3); // local corrections for geometry
-       }
-      }
-      //
-      // subtract the contribution to constraint from precalibration 
-      for (int ipar=cstr->GetNCoeffs();ipar--;) value += (refcal[ipar]-precal[ipar])*cstr->GetCoeff(ipar);
-      //
-    } 
-    //    
-    if (fUseGlobalDelta) mod->CalcDerivLocGlo(&jacobian[0][0]);
-    //
-    for (int ipar=cstr->GetNCoeffs();ipar--;) {
-      double coef = cstr->GetCoeff(ipar);
-      if (coef==0) continue;
-      //
-      if (!fUseGlobalDelta || ipar>= AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom) { // 
-       // we are working with local params or if the given param is not related to geometry, 
-       // apply the constraint directly
-       int parPos = mod->GetParOffset(ipar);
-       if (parPos<0) continue; // not in the fit
-       fGlobalDerivatives[parPos] += coef;
-       nadded++;
-      }
-      else { // we are working with global params, while the constraint is on local ones -> jacobian
-       for (int jpar=AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom;jpar--;) {
-         int parPos = mod->GetParOffset(jpar);
-         if (parPos<0) continue;
-         fGlobalDerivatives[parPos] += coef*jacobian[ipar][jpar];
-         nadded++;
-       }
-      }      
-    }
-    if (nadded) AddConstraint(fGlobalDerivatives, value, sigma);
-  }
-  //
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ApplyPreConstraints()
-{
-  // apply constriants which cannot be imposed after the fit
-  int nconstr = GetNConstraints();
-  for (int i=0;i<nconstr;i++) {
-    AliITSAlignMille2Constraint* cstr = GetConstraint(i);
-    //
-    if (cstr->GetType() == AliITSAlignMille2ConstrArray::kTypeGaussian) {
-      ApplyGaussianConstraint( (AliITSAlignMille2ConstrArray*)cstr);
-      continue;
-    } 
-    //
-    if (cstr->GetType() == AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMedian) continue; // post type constraint
-    //
-    if (!fUseGlobalDelta) continue; // mean/med constraints must be applied to global deltas
-    // apply constraint on the mean's before the fit
-    int imd = cstr->GetModuleID();
-    if (imd>=0) {
-      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);
-      UInt_t pattern = 0;
-      for (int ipar=mod->GetNParTot();ipar--;) {
-       if (!cstr->IncludesParam(ipar)) continue;
-       if (mod->GetParOffset(ipar)<0) continue; // parameter is not in the explicit fit -> post constraint
-       pattern |= 0x1<<ipar;
-       cstr->SetApplied(ipar);
-      }
-      ConstrainModuleSubUnits(imd,cstr->GetValue(),pattern);
-      //
-    }
-    else if (!PseudoParentsAllowed()) {
-      ConstrainOrphans(cstr->GetValue(),(UInt_t)cstr->GetPattern());
-      cstr->SetApplied(-1);
-    }
-  }
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ApplyPostConstraints()
-{
-  // apply constraints which can be imposed after the fit
-  int nconstr = GetNConstraints();
-  Bool_t convGlo      = kFALSE;
-  // check if there is something to do
-  int ntodo = 0;
-  for (int i=0;i<nconstr;i++) {
-    AliITSAlignMille2Constraint* cstr = GetConstraint(i);
-    if (cstr->GetType() == AliITSAlignMille2ConstrArray::kTypeGaussian) continue;
-    if (cstr->GetRemainingPattern() == 0) continue;
-    ntodo++;
-  }
-  if (!ntodo) return;
-  //
-  if (!fUseGlobalDelta) { // need to convert to global params
-    ConvertParamsToGlobal();
-    convGlo = kTRUE;
-  }
-  //
-  for (int i=0;i<nconstr;i++) {
-    AliITSAlignMille2Constraint* cstr = GetConstraint(i);
-    if (cstr->GetType() == AliITSAlignMille2ConstrArray::kTypeGaussian) continue;
-    //
-    int imd = cstr->GetModuleID();
-    //
-    if (imd>=0) {
-      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);
-      UInt_t pattern = 0;
-      for (int ipar=mod->GetNParTot();ipar--;) {
-       if (cstr->IsApplied(ipar))      continue;
-       if (!cstr->IncludesParam(ipar)) continue;
-       if (!mod->IsFreeDOF(ipar))      continue; // parameter is fixed, will not apply constraint
-       pattern |= 0x1<<ipar;
-       cstr->SetApplied(ipar);
-      }
-      if (pattern) PostConstrainModuleSubUnits(cstr->GetType(),cstr->GetModuleID(),cstr->GetValue(),pattern);
-      //
-    }
-    else if (PseudoParentsAllowed()) {
-      UInt_t pattern = (UInt_t)cstr->GetRemainingPattern();
-      PostConstrainOrphans(cstr->GetType(),cstr->GetValue(),pattern);
-      cstr->SetApplied(-1);
-    }
-  }
-  // if there was a conversion, rewind it
-  if (convGlo) ConvertParamsToLocal();
-  // 
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ConstrainModuleSubUnits(Int_t idm, Double_t val, UInt_t pattern)
-{
-  // require that sum of modifications for the childs of this module is = val, i.e.
-  // the internal corrections moves the module as a whole by fixed value (0 by default).
-  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain
-  //
-  //
-  AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(idm);
-  //
-  for (int ip=0;ip<kNParCh;ip++) {
-    if ( !((pattern>>ip)&0x1) /*|| !parent->IsFreeDOF(ip)*/) continue;
-    ResetLocalEquation();
-    int nadd = 0;
-    for (int ich=mod->GetNChildren();ich--;) {
-      int idpar = ((AliITSAlignMille2Module*)mod->GetChild(ich))->GetParOffset(ip);
-      if (idpar<0) continue;
-      fGlobalDerivatives[idpar] = 1.0;
-      nadd++;
-    }
-    //
-    if (nadd>0) {
-      AddConstraint(fGlobalDerivatives,val);
-      AliInfo(Form("Constrained param %d for %d submodules of module #%d: %s",ip,nadd,idm,mod->GetName()));
-    }
-  }
-  //
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ConstrainOrphans(Double_t val, UInt_t pattern)
-{
-  // require that median of the modifications for the supermodules which have no parents is = val, i.e.
-  // the corrections moves the whole setup by fixed value (0 by default) modulo the outliers.
-  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain
-  //
-  for (int ip=0;ip<kNParCh;ip++) {
-    //
-    if ( !((pattern>>ip)&0x1) ) continue;
-    ResetLocalEquation();
-    int nadd = 0;
-    for (int imd=fNModules;imd--;) {
-      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);
-      if (mod->GetParent()) continue; // this is not an orphan
-      int idpar = mod->GetParOffset(ip);
-      if (idpar<0) continue;
-      fGlobalDerivatives[idpar] = 1.0;
-      nadd++;
-    }
-    if (nadd>0) {
-      AddConstraint(fGlobalDerivatives,val);
-      AliInfo(Form("Constrained param %d for %d orphan modules",ip,nadd));
-    }
-  }
-  //
-  //
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::PostConstrainModuleSubUnits(Int_t type,Int_t idm, Double_t val, UInt_t pattern)
-{
-  // require that median or mean of the modifications for the childs of this module is = val, i.e.
-  // the internal corrections moves the module as a whole by fixed value (0 by default) 
-  // module the outliers.
-  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain
-  // The difference between the mean and the median will be transfered to the parent
-  //
-  AliITSAlignMille2Module* parent = GetMilleModule(idm);
-  int nc = parent->GetNChildren();
-  //
-  double *tmpArr = new double[nc]; 
-  //
-  for (int ip=0;ip<kNParCh;ip++) {
-    int npc = 0;
-    if ( !((pattern>>ip)&0x1) || !parent->IsFreeDOF(ip)) continue;
-    // compute the mean and median of the deltas
-    int nfree = 0;
-    for (int ich=nc;ich--;) {
-      AliITSAlignMille2Module* child = parent->GetChild(ich);
-      //      if (!child->IsFreeDOF(ip)) continue; 
-      tmpArr[nfree++] = child->GetParVal(ip);
-    }
-    double median=0,mean=0;
-    for (int ic0=0;ic0<nfree;ic0++) {// order the deltas 
-      mean += tmpArr[ic0];
-      for (int ic1=ic0+1;ic1<nfree;ic1++) 
-       if (tmpArr[ic0]>tmpArr[ic1]) {double tv=tmpArr[ic0]; tmpArr[ic0]=tmpArr[ic1]; tmpArr[ic1]=tv;}
-    }
-    //
-    int kmed = nfree/2;
-    median = (tmpArr[kmed]+tmpArr[nfree-kmed-1])/2.;
-    if (nfree>0) mean /= nfree;
-    //
-    double shift = val - (type==AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean ? mean : median);
-    //
-    for (int ich=nc;ich--;) {
-      AliITSAlignMille2Module* child = parent->GetChild(ich);
-      //    if (!child->IsFreeDOF(ip)) continue; 
-      child->SetParVal(ip, child->GetParVal(ip) + shift);
-      npc++;
-    }
-    //
-    parent->SetParVal(ip, parent->GetParVal(ip) - shift);
-    AliInfo(Form("%s constraint: added %f shift to param[%d] of %d children of module %d: %s",
-                type==AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean ? "MEAN" : "MEDIAN",shift,
-                ip,npc,idm,parent->GetName()));
-  }
-  delete[] tmpArr;  
-  //
-  //
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::PostConstrainOrphans(Int_t type,Double_t val, UInt_t pattern)
-{
-  // require that median or mean of modifications for the supermodules which have no parents is = val, i.e.
-  // the corrections moves the whole setup by fixed value (0 by default).
-  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain
-  //
-  int nc = fNModules;
-  //
-  int norph = 0;
-  for (int ich=nc;ich--;) if (!GetMilleModule(ich)->GetParent()) norph ++;
-  if (!norph) return;
-  double *tmpArr = new double[norph]; 
-  //
-  for (int ip=0;ip<kNParCh;ip++) {
-    int npc = 0;
-    if ( !((pattern>>ip)&0x1)) continue;
-    // compute the mean and median of the deltas
-    int nfree = 0;
-    for (int ich=nc;ich--;) {
-      AliITSAlignMille2Module* child = GetMilleModule(ich);
-      //      if (child->GetParent() || !child->IsFreeDOF(ip)) continue; 
-      if (child->GetParent()) continue; 
-      tmpArr[nfree++] = child->GetParVal(ip);
-    }
-    double median=0,mean=0;
-    for (int ic0=0;ic0<nfree;ic0++) {// order the deltas 
-      mean += tmpArr[ic0];
-      for (int ic1=ic0+1;ic1<nfree;ic1++) 
-       if (tmpArr[ic0]>tmpArr[ic1]) {double tv=tmpArr[ic0]; tmpArr[ic0]=tmpArr[ic1]; tmpArr[ic1]=tv;}
-    }
-    //
-    int kmed = nfree/2;
-    median = (tmpArr[kmed]+tmpArr[nfree-kmed-1])/2.;
-    if (nfree>0) mean /= nfree;
-    //
-    double shift = val - (type==AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean ? mean : median);
-    //
-    for (int ich=nc;ich--;) {
-      AliITSAlignMille2Module* child = GetMilleModule(ich);
-      //      if (child->GetParent() || !child->IsFreeDOF(ip)) continue; 
-      if (child->GetParent()) continue; 
-      child->SetParVal(ip, child->GetParVal(ip) + shift);
-      npc++;
-    }
-    //
-    AliInfo(Form("%s constraint: added %f shift to param[%d] of %d orphan modules",
-                type==AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean ? "MEAN" : "MEDIAN",shift,
-                ip,npc));
-  }
-  delete[] tmpArr;  
-  //
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Bool_t AliITSAlignMille2::IsParModConstrained(const AliITSAlignMille2Module* mod,Int_t par, Bool_t &meanmed, Bool_t &gaussian) const
-{
-  // check if par of the module participates in some constraint, and set the flag for their types
-  meanmed = gaussian = kFALSE;
-  //
-  if ( mod->IsParConstrained(par) ) gaussian = kTRUE;     // direct constraint on this param
-  //
-  for (int icstr=GetNConstraints();icstr--;) {
-    AliITSAlignMille2Constraint* cstr = GetConstraint(icstr);
-    //
-    if (!cstr->IncludesModPar(mod,par)) continue;
-    if (cstr->GetType()==AliITSAlignMille2ConstrArray::kTypeGaussian) gaussian = kTRUE;
-    else meanmed = kTRUE;
-    //
-    if (meanmed && gaussian) break; // no sense to check further
-  }
-  //
-  return meanmed||gaussian;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Bool_t AliITSAlignMille2::IsParModFamilyVaried(const AliITSAlignMille2Module* mod,Int_t par,Int_t depth) const
-{
-  // check if parameter par is varied for this module or its children up to the level depth
-  if (depth<0) return kFALSE;
-  if (mod->GetParOffset(par)>=0) return kTRUE;
-  for (int icld=mod->GetNChildren();icld--;) {
-    AliITSAlignMille2Module* child = mod->GetChild(icld);
-    if (IsParModFamilyVaried(child, par, depth-1)) return kTRUE;
-  }
-  return kFALSE;
-  //
-}
-
-/*
-//________________________________________________________________________________________________________
-Bool_t AliITSAlignMille2::IsParFamilyFree(AliITSAlignMille2Module* mod,Int_t par,Int_t depth) const
-{
-  // check if parameter par is varied and is not subjected to gaussian constraint for the children up to the level depth
-  if (depth<0) return kTRUE;
-  for (int icld=mod->GetNChildren();icld--;) {
-    AliITSAlignMille2Module* child = mod->GetChild(icld);
-    //if (child->GetParOffset(par)<0) continue;                  // fixed
-    Bool_t cstMM=kFALSE,cstGS=kFALSE;
-    // does this child have gaussian constraint ?
-    if (!IsParModConstrained(child,par,cstMM,cstGS) || !cstGS ) return kTRUE;
-    // check its children
-    if (!IsParFamilyFree(child,par,depth-1)) return kTRUE;
-  }
-  return kFALSE;
-  //
-}
-*/
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Bool_t AliITSAlignMille2::IsParFamilyFree(const AliITSAlignMille2Module* mod,Int_t par,Int_t depth) const
-{
-  // check if parameter par is varied and is not subjected to gaussian constraint for the children up to the level depth
-  if (depth<0) return kFALSE;
-  for (int icld=mod->GetNChildren();icld--;) {
-    AliITSAlignMille2Module* child = mod->GetChild(icld);
-    //if (child->GetParOffset(par)<0) continue;                  // fixed
-    Bool_t cstMM=kFALSE,cstGS=kFALSE;
-    // does this child have gaussian constraint ?
-    if (!IsParModConstrained(child,par,cstMM,cstGS) || !cstGS ) return kTRUE;
-    // check its children
-    if (IsParFamilyFree(child,par,depth-1)) return kTRUE;
-  }
-  return kFALSE;
-  //
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Double_t AliITSAlignMille2::GetTDriftSDD() const 
-{
-  // obtain drift time corrected for t0
-  double t = fCluster.GetDriftTime();
-  return t - fDriftTime0[ fCluster.GetUniqueID() ];
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Double_t AliITSAlignMille2::GetVDriftSDD() const 
-{
-  // obtain corrected drift speed
-  return fDriftSpeed[ fCluster.GetUniqueID() ];
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-Bool_t AliITSAlignMille2::FixedOrphans() const
-{
-  // are there fixed modules with no parent (normally in such a case 
-  // the constraints on the orphans should not be applied
-  if (!IsConfigured()) {
-    AliInfo("Still not configured");
-    return kFALSE;
-  }
-  for (int i=0;i<fNModules;i++) {
-    AliITSAlignMille2Module* md = GetMilleModule(i);
-    if (md->GetParent()==0 && md->GetNParFree()==0) return kTRUE;
-  }
-  return kFALSE;
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ConvertParamsToGlobal()
-{
-  // convert params in local frame to global one
-  double pars[AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom];
-  for (int imd=fNModules;imd--;) {
-    AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);
-    if (mod->GeomParamsGlobal()) continue;
-    mod->GetGeomParamsGlo(pars);
-    mod->SetParVals(pars,AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom);
-    mod->SetGeomParamsGlobal(kTRUE);
-  }
-}
-
-//________________________________________________________________________________________________________
-void AliITSAlignMille2::ConvertParamsToLocal()
-{
-  // convert params in global frame to local one
-  double pars[AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom];
-  for (int imd=fNModules;imd--;) {
-    AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);
-    if (!mod->GeomParamsGlobal()) continue;
-    mod->GetGeomParamsLoc(pars);
-    mod->SetParVals(pars,AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom);
-    mod->SetGeomParamsGlobal(kFALSE);
-  }
-}
-
+/**************************************************************************\r
+ * Copyright(c) 2007-2009, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *\r
+ *                                                                        *\r
+ * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *\r
+ * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *\r
+ *                                                                        *\r
+ * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *\r
+ * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *\r
+ * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *\r
+ * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *\r
+ * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *\r
+ * about the suitability of this software for any purpose. It is          *\r
+ * provided "as is" without express or implied warranty.                  *\r
+ **************************************************************************/\r
+\r
+/* $Id$ */\r
+\r
+//-----------------------------------------------------------------------------\r
+//\r
+//  Interface to AliMillePede2 alignment class for the ALICE ITS detector\r
+// \r
+//  ITS specific alignment class which interface to AliMillepede.   \r
+//  For each track ProcessTrack calculates the local and global derivatives\r
+//  at each hit and fill the corresponding local equations. Provide methods for\r
+//  fixing or constraining detection elements for best results. \r
+// \r
+//  author M. Lunardon (thanks to J. Castillo), ruben.shahoyan@cern.ch\r
+//-----------------------------------------------------------------------------\r
+\r
+#include <TFile.h>\r
+#include <TClonesArray.h>\r
+#include <TMath.h>\r
+#include <TVirtualFitter.h>\r
+#include <TGeoManager.h>\r
+#include <TArrayI.h>\r
+#include <TSystem.h>\r
+#include "AliITSAlignMille2.h"\r
+#include "AliITSgeomTGeo.h"\r
+#include "AliGeomManager.h"\r
+#include "AliMillePede2.h"\r
+#include "AliTrackPointArray.h"\r
+#include "AliAlignObjParams.h"\r
+#include "AliLog.h"\r
+#include "AliTrackFitterRieman.h"\r
+#include "AliITSAlignMille2Constraint.h"\r
+#include "AliITSAlignMille2ConstrArray.h"\r
+#include "AliITSresponseSDD.h"\r
+\r
+ClassImp(AliITSAlignMille2)\r
+\r
+const Char_t* AliITSAlignMille2::kRecKeys[] = {\r
+  "GEOMETRY_FILE",\r
+  "SUPERMODULE_FILE",\r
+  "CONSTRAINTS_REFERENCE_FILE",\r
+  "PREALIGNMENT_FILE",\r
+  "PRECALIBSDD_FILE",\r
+  "INITCALBSDD_FILE",\r
+  "SET_GLOBAL_DELTAS",\r
+  "CONSTRAINT_LOCAL",\r
+  "MODULE_VOLUID",\r
+  "MODULE_INDEX",\r
+  "SET_PSEUDO_PARENTS",\r
+  "SET_TRACK_FIT_METHOD",\r
+  "SET_MINPNT_TRA",\r
+  "SET_NSTDDEV",\r
+  "SET_RESCUT_INIT",\r
+  "SET_RESCUT_OTHER",\r
+  "SET_LOCALSIGMAFACTOR",\r
+  "SET_STARTFAC",\r
+  "SET_B_FIELD",\r
+  "SET_SPARSE_MATRIX",\r
+  "REQUIRE_POINT",\r
+  "CONSTRAINT_ORPHANS",\r
+  "CONSTRAINT_SUBUNITS",\r
+  "APPLY_CONSTRAINT"\r
+};\r
+\r
+\r
+//========================================================================================================\r
+\r
+AliITSAlignMille2* AliITSAlignMille2::fgInstance = 0;  \r
+Int_t              AliITSAlignMille2::fgInstanceID = 0;\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+AliITSAlignMille2::AliITSAlignMille2(const Char_t *configFilename  ) \r
+: TObject(),\r
+  fMillepede(0),\r
+  fStartFac(16.), \r
+  fResCutInitial(100.), \r
+  fResCut(100.),\r
+  fNGlobal(0),\r
+  fNLocal(4),\r
+  fNStdDev(3),\r
+  fIsMilleInit(kFALSE),\r
+  fAllowPseudoParents(kFALSE),\r
+  //\r
+  fCurrentModule(0),\r
+  fTrack(0),\r
+  fTrackBuff(0),\r
+  fCluster(),\r
+  fGlobalDerivatives(0), \r
+  //\r
+  fMinNPtsPerTrack(3),\r
+  fInitTrackParamsMeth(1),\r
+  fTotBadLocEqPoints(0),\r
+  fRieman(0),\r
+  //\r
+  fConstraints(0),\r
+  //\r
+  fUseGlobalDelta(kFALSE),\r
+  fRequirePoints(kFALSE),\r
+  fTempExcludedModule(-1),\r
+  //\r
+  fGeometryFileName("geometry.root"),\r
+  fPreAlignmentFileName(""),\r
+  fConstrRefFileName(""),\r
+  fGeoManager(0),\r
+  fIsConfigured(kFALSE),\r
+  fPreAlignQF(0),\r
+//\r
+  fCorrectSDD(0),\r
+  fInitialRecSDD(0),\r
+  fPrealignment(0),\r
+  fConstrRef(0),\r
+  fMilleModule(2),\r
+  fSuperModule(2),\r
+  fNModules(0),\r
+  fNSuperModules(0),\r
+  fUsePreAlignment(kFALSE),\r
+  fBOn(kFALSE),\r
+  fBField(0.0),\r
+  fBug(0),\r
+  fMilleVersion(2)\r
+{\r
+  /// main constructor that takes input from configuration file\r
+  for (int i=3;i--;) fSigmaFactor[i] = 1.0;\r
+  //\r
+  // new RS\r
+  for (Int_t i=0; i<6; i++) {\r
+    fNReqLayUp[i]=0;\r
+    fNReqLayDown[i]=0;\r
+    fNReqLay[i]=0;\r
+  }\r
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) {\r
+    fNReqDetUp[i]=0;\r
+    fNReqDetDown[i]=0;\r
+    fNReqDet[i]=0;\r
+  }\r
+  //\r
+  Int_t lc=LoadConfig(configFilename);\r
+  if (lc) {\r
+    AliError(Form("Error %d loading configuration from %s",lc,configFilename));\r
+    exit(1);\r
+  }\r
+  //\r
+  fMillepede = new AliMillePede2();  \r
+  fgInstance = this;\r
+  fgInstanceID++;\r
+  //\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+AliITSAlignMille2::~AliITSAlignMille2()\r
+{\r
+  /// Destructor\r
+  if (fMillepede)         delete fMillepede;            fMillepede = 0;\r
+  if (fGlobalDerivatives) delete[] fGlobalDerivatives;  fGlobalDerivatives = 0;\r
+  if (fRieman)            delete fRieman;               fRieman = 0;\r
+  if (fPrealignment)      delete fPrealignment;         fPrealignment = 0;\r
+  if (fConstrRef)         delete fConstrRef;            fConstrRef = 0;\r
+  if (fCorrectSDD)        delete fCorrectSDD;           fCorrectSDD = 0;\r
+  if (fInitialRecSDD)     delete fInitialRecSDD;        fInitialRecSDD = 0;\r
+  fTrackBuff.Delete();\r
+  fConstraints.Delete();\r
+  fMilleModule.Delete();\r
+  fSuperModule.Delete();\r
+  if (--fgInstanceID==0) fgInstance = 0;\r
+}\r
+\r
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
+\r
+\r
+TObjArray* AliITSAlignMille2::GetConfigRecord(FILE* stream, TString& recTitle, TString& recOpt, Bool_t rew)\r
+{\r
+  // read new record from config file\r
+  TString record;\r
+  static TObjArray* recElems = 0;\r
+  if (recElems) {delete recElems; recElems = 0;}\r
+  //\r
+  TString keyws = recTitle;\r
+  if (!keyws.IsNull()) {\r
+    keyws.ToUpper();\r
+    //    keyws += " ";\r
+  }\r
+  while (record.Gets(stream)) {\r
+    int cmt=record.Index("#"); \r
+    if (cmt>=0) record.Remove(cmt);  // skip comment\r
+    record.ReplaceAll("\t"," ");\r
+    record.ReplaceAll("\r"," ");\r
+    record.Remove(TString::kBoth,' '); \r
+    if (record.IsNull()) continue;      // nothing to decode \r
+    if (!keyws.IsNull() && !record.BeginsWith(keyws.Data())) continue; // specific record was requested\r
+    //\r
+    recElems = record.Tokenize(" ");\r
+    recTitle = recElems->At(0)->GetName();\r
+    recTitle.ToUpper();\r
+    recOpt = recElems->GetLast()>0 ? recElems->At(1)->GetName() : "";\r
+    break;\r
+  }\r
+  if (rew || !recElems) rewind(stream);\r
+  return recElems;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::CheckConfigRecords(FILE* stream)\r
+{  \r
+  TString record,recTitle;\r
+  int lineCnt = 0;\r
+  rewind(stream);\r
+  while (record.Gets(stream)) {\r
+    int cmt=record.Index("#"); \r
+    lineCnt++;\r
+    if (cmt>=0) record.Remove(cmt);  // skip comment\r
+    record.ReplaceAll("\t"," ");\r
+    record.ReplaceAll("\r"," ");\r
+    record.Remove(TString::kBoth,' ');\r
+    if (record.IsNull()) continue;   // nothing to decode  \r
+    // extract keyword\r
+    int spc = record.Index(" ");\r
+    if (spc>0) recTitle = record(0,spc);\r
+    else     recTitle = record;\r
+    recTitle.ToUpper();\r
+    Bool_t strOK = kFALSE;\r
+    for (int ik=kNKeyWords;ik--;) if (recTitle == kRecKeys[ik]) {strOK = kTRUE; break;}\r
+    if (strOK) continue;\r
+    //\r
+    AliError(Form("Unknown keyword %s at line %d",\r
+                 recTitle.Data(),lineCnt));\r
+    return -1;\r
+    //\r
+  }\r
+  //\r
+  rewind(stream);\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::LoadConfig(const Char_t *cfile)\r
+{  \r
+  // return 0 if success\r
+  //        1 if error in module index or voluid\r
+  //\r
+  FILE *pfc=fopen(cfile,"r");\r
+  if (!pfc) return -1;\r
+  //\r
+  TString record,recTitle,recOpt,recExt;\r
+  Int_t nrecElems,irec;\r
+  TObjArray *recArr=0;\r
+  //\r
+  fNModules = 0;\r
+  Bool_t stopped = kFALSE;\r
+  //\r
+  if (CheckConfigRecords(pfc)<0) return -1;\r
+  //\r
+  while(1) { \r
+    //\r
+    // ============= 1: we read some obligatory records in predefined order ================\r
+    //  \r
+    recTitle = kRecKeys[kGeomFile];\r
+    if ( !GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) || \r
+        (fGeometryFileName=recOpt).IsNull()     || \r
+        gSystem->AccessPathName(recOpt.Data())  ||\r
+        InitGeometry() )\r
+      { AliError("Failed to find/load Geometry"); stopped = kTRUE; break;}\r
+    //\r
+    recTitle = kRecKeys[kSuperModileFile];\r
+    if ( !GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) || \r
+        recOpt.IsNull()                         || \r
+        gSystem->AccessPathName(recOpt.Data())  ||\r
+        LoadSuperModuleFile(recOpt.Data()))\r
+      { AliError("Failed to find/load SuperModules"); stopped = kTRUE; break;}\r
+    //\r
+    recTitle = kRecKeys[kConstrRefFile];      // LOCAL_CONSTRAINTS are defined wrt these deltas\r
+    if ( GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) ) {\r
+      if (recOpt.IsNull() || recOpt=="IDEAL") SetConstraintWrtRef( "IDEAL" );\r
+      else if (gSystem->AccessPathName(recOpt.Data()) || SetConstraintWrtRef(recOpt.Data()) )\r
+       { AliError("Failed to load reference deltas for local constraints"); stopped = kTRUE; break;}\r
+    }\r
+    //  \r
+    recTitle = kRecKeys[kPrealignFile];\r
+    if ( GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) )\r
+      if ( (fPreAlignmentFileName=recOpt).IsNull() || \r
+          gSystem->AccessPathName(recOpt.Data())   ||\r
+          ApplyToGeometry()) \r
+       { AliError(Form("Failed to load Prealignment file %s",recOpt.Data())); stopped = kTRUE; break;}\r
+    //\r
+    recTitle = kRecKeys[kPreCalSDDFile];\r
+    if ( GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) ) {\r
+      if ( recOpt.IsNull() || gSystem->AccessPathName(recOpt.Data()) ) {stopped = kTRUE; break;}\r
+      AliInfo(Form("Using %s for SDD precalibration",recOpt.Data()));\r
+      TFile* precfi = TFile::Open(recOpt.Data());\r
+      if (!precfi->IsOpen()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+      fCorrectSDD = (AliITSresponseSDD*)precfi->Get("AliITSresponseSDD");\r
+      precfi->Close();\r
+      delete precfi;\r
+      if (!fCorrectSDD) {AliError("Precalibration SDD object is not found"); stopped = kTRUE; break;}\r
+    }\r
+    //\r
+    recTitle = kRecKeys[ kInitCalSDDFile ];\r
+    if ( GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) ) {\r
+      if ( recOpt.IsNull() || gSystem->AccessPathName(recOpt.Data()) ) {stopped = kTRUE; break;}\r
+      AliInfo(Form("Using %s as SDD calibration used in TrackPoints",recOpt.Data()));\r
+      TFile* precf = TFile::Open(recOpt.Data());\r
+      if (!precf->IsOpen()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+      fInitialRecSDD = (AliITSresponseSDD*)precf->Get("AliITSresponseSDD");\r
+      precf->Close();\r
+      delete precf;\r
+      if (!fInitialRecSDD) {AliError("Initial Calibration SDD object is not found"); stopped = kTRUE; break;}\r
+    }\r
+    //\r
+    recTitle = kRecKeys[ kGlobalDeltas ];\r
+    if ( GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,1) ) SetUseGlobalDelta(kTRUE);\r
+    //\r
+    // =========== 2: see if there are local gaussian constraints defined =====================\r
+    //            Note that they should be loaded before the modules declaration\r
+    //\r
+    recTitle = kRecKeys[ kConstrLocal ];\r
+    while( (recArr=GetConfigRecord(pfc,recTitle,recOpt,0)) ) {\r
+      nrecElems = recArr->GetLast()+1;\r
+      if (recOpt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;} // wrong name\r
+      if (GetConstraint(recOpt.Data())) {\r
+       AliError(Form("Existing constraint %s repeated",recOpt.Data()));\r
+       stopped = kTRUE; break;\r
+      }\r
+      recExt = recArr->At(2)->GetName();\r
+      if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+      double val = recExt.Atof();      \r
+      recExt = recArr->At(3)->GetName();\r
+      if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+      double err = recExt.Atof();      \r
+      int nwgh = nrecElems - 4;\r
+      double *wgh = new double[nwgh];\r
+      for (nwgh=0,irec=4;irec<nrecElems;irec++) {\r
+       recExt = recArr->At(irec)->GetName();\r
+       if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       wgh[nwgh++] = recExt.Atof();\r
+      }\r
+      if (stopped) {delete[] wgh; break;}\r
+      //\r
+      ConstrainLocal(recOpt.Data(),wgh,nwgh,val,err);\r
+      delete[] wgh;\r
+      //\r
+    } // end while for loop over local constraints\r
+    if (stopped) break;\r
+    //\r
+    // =========== 3: now read modules to align ===================================\r
+    //\r
+    rewind(pfc);\r
+    while( (recArr=GetConfigRecord(pfc,recTitle="",recOpt,0)) ) {\r
+      if (!(recTitle==kRecKeys[ kModVolID ] || recTitle==kRecKeys[ kModIndex ])) continue;\r
+      // Expected format: MODULE id tolX tolY tolZ tolPsi tolTh tolPhi [[sigX sigY sigZ]  extra params]\r
+      // where tol* is the tolerance (sigma) for given DOF. 0 means fixed\r
+      // sig* is the scaling parameters for the errors of the clusters of this module\r
+      // extra params are defined for specific modules, e.g. t0 and vdrift corrections of SDD\r
+      //\r
+      nrecElems = recArr->GetLast()+1;\r
+      if (nrecElems<2 || !recOpt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+      int idx = recOpt.Atoi(); \r
+      UShort_t voluid =  (idx<=kMaxITSSensID) ? GetModuleVolumeID(idx) : idx;\r
+      AliITSAlignMille2Module* mod = 0;\r
+      //\r
+      if (voluid>=kMinITSSupeModuleID) { // custom supermodule\r
+       for (int j=0; j<fNSuperModules; j++) {\r
+         if (voluid==GetSuperModule(j)->GetVolumeID()) {\r
+           mod = new AliITSAlignMille2Module(*GetSuperModule(j));\r
+           // the matrix might be updated in case some prealignment was applied, check \r
+           TGeoHMatrix* mup = AliGeomManager::GetMatrix(mod->GetName());\r
+           if (mup) *(mod->GetMatrix()) = *mup;\r
+           fMilleModule.AddAtAndExpand(mod,fNModules);\r
+           break;\r
+         }     \r
+       }\r
+      }\r
+      else if (idx<=kMaxITSSensVID) {\r
+       mod = new AliITSAlignMille2Module(voluid);\r
+       fMilleModule.AddAtAndExpand(mod,fNModules);\r
+      }\r
+      if (!mod) {stopped = kTRUE; break;}  // bad volid\r
+      //\r
+      // geometry variation settings\r
+      for (int i=0;i<AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom;i++) {\r
+       irec = i+2;\r
+       if (irec >= nrecElems) break;\r
+       recExt = recArr->At(irec)->GetName();\r
+       if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       mod->SetFreeDOF(i, recExt.Atof() );     \r
+      }\r
+      if (stopped) break;\r
+      //\r
+      // scaling factors for cluster errors\r
+      // first set default ones\r
+      for (int i=0;i<3;i++) mod->SetSigmaFactor(i, fSigmaFactor[i]);   \r
+      for (int i=0;i<3;i++) {\r
+       irec = i+8;\r
+       if (irec >= nrecElems) break;\r
+       recExt = recArr->At(irec)->GetName();\r
+       if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       mod->SetSigmaFactor(i, recExt.Atof() ); \r
+      }     \r
+      if (stopped) break;\r
+      //\r
+      mod->SetGeomParamsGlobal(fUseGlobalDelta);\r
+      // now comes special detectors treatment\r
+      if (mod->IsSDD()) {\r
+       double vl = 0;\r
+       if (nrecElems>11) {\r
+         recExt = recArr->At(11)->GetName();\r
+         if (recExt.IsFloat()) vl = recExt.Atof();\r
+         else {stopped = kTRUE; break;}\r
+         irec = 11;\r
+       }\r
+       mod->SetFreeDOF(AliITSAlignMille2Module::kDOFT0,vl);\r
+       //\r
+       vl = 0;\r
+       if (nrecElems>12) {\r
+         recExt = recArr->At(12)->GetName();\r
+         if (recExt.IsFloat()) vl = recExt.Atof();\r
+         else {stopped = kTRUE; break;}\r
+         irec = 12;\r
+       }\r
+       mod->SetFreeDOF(AliITSAlignMille2Module::kDOFDV,vl);\r
+      }\r
+      //\r
+      mod->SetUniqueID(fNModules);\r
+      mod->EvaluateDOF();\r
+      fNModules++;\r
+      //\r
+      // now check if there are local constraints on this module\r
+      for (++irec;irec<nrecElems;irec++) {\r
+       recExt = recArr->At(irec)->GetName();\r
+       if (recExt.IsFloat()) {stopped=kTRUE;break;}\r
+       AliITSAlignMille2ConstrArray* cstr = (AliITSAlignMille2ConstrArray*)GetConstraint(recExt.Data());\r
+       if (!cstr) {\r
+         AliInfo(Form("No Local constraint %s was declared",recExt.Data())); \r
+         stopped=kTRUE; \r
+         break;\r
+       }\r
+       cstr->AddModule(mod);\r
+      }\r
+      if (stopped) break;\r
+    } // end while for loop over modules\r
+    if (stopped) break;\r
+    //\r
+    if (fNModules==0) {AliError("Failed to find any MODULE"); stopped = kTRUE; break;}  \r
+    BuildHierarchy();  // preprocess loaded modules\r
+    //\r
+    // =========== 4: the rest may come in arbitrary order =======================================\r
+    rewind(pfc);\r
+    while ( (recArr=GetConfigRecord(pfc,recTitle="",recOpt,0))!=0 ) {\r
+      //\r
+      nrecElems = recArr->GetLast()+1;\r
+      //\r
+      // some simple flags -----------------------------------------------------------------------\r
+      //\r
+      if      (recTitle == kRecKeys[ kPseudoParents ])  SetAllowPseudoParents(kTRUE);\r
+      //\r
+      // some optional parameters ----------------------------------------------------------------\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kTrackFitMethod ]) {\r
+       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsDigit() ) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       SetInitTrackParamsMeth(recOpt.Atoi());\r
+      }\r
+      //\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kMinPntTrack ]) {\r
+       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsDigit() ) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       fMinNPtsPerTrack = recOpt.Atoi();\r
+      }\r
+      //\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kNStDev ]) {\r
+       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsFloat() ) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       fNStdDev = (Int_t)recOpt.Atof();\r
+      }\r
+      //\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kResCutInit  ]) {\r
+       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsFloat() ) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       fResCutInitial = recOpt.Atof();\r
+      }\r
+      //\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kResCutOther ]) {\r
+       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsFloat() ) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       fResCut = recOpt.Atof();\r
+      }\r
+      //\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kLocalSigFactor ]) { //-------------------------\r
+       for (irec=0;irec<3;irec++) if (nrecElems>irec+1) {\r
+           fSigmaFactor[irec] = ((TObjString*)recArr->At(irec+1))->GetString().Atof();\r
+           if (fSigmaFactor[irec]<=0.) stopped = kTRUE;\r
+         }\r
+       if (stopped) break; \r
+      }\r
+      //\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kStartFactor ]) {        //-------------------------\r
+       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsFloat() ) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       fStartFac = recOpt.Atof();\r
+      }\r
+      //\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kBField ]) {         //-------------------------\r
+       if (recOpt.IsNull() || !recOpt.IsFloat() ) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       fBField = recOpt.Atof();\r
+       if (fBField>0) {\r
+         fBOn = kTRUE;\r
+         fNLocal = 5; // helices\r
+         fRieman = new AliTrackFitterRieman();\r
+       }  \r
+       else {\r
+         fBField = 0.0;\r
+         fBOn = kFALSE;\r
+         fNLocal = 4;\r
+       }\r
+      }\r
+      //\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kSparseMatrix ]) {   // matrix solver type\r
+       //\r
+       AliMillePede2::SetGlobalMatSparse(kTRUE);\r
+       if (recOpt.IsNull()) continue;\r
+       // solver type and settings\r
+       if      (recOpt == "MINRES") AliMillePede2::SetIterSolverType( AliMinResSolve::kSolMinRes );\r
+       else if (recOpt == "FGMRES") AliMillePede2::SetIterSolverType( AliMinResSolve::kSolFGMRes );\r
+       else {stopped = kTRUE; break;}\r
+       //\r
+       if (nrecElems>=3) { // preconditioner type\r
+         recExt = recArr->At(2)->GetName();\r
+         if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+         AliMillePede2::SetMinResPrecondType( recExt.Atoi() );\r
+       }\r
+       //\r
+       if (nrecElems>=4) { // tolerance\r
+         recExt = recArr->At(3)->GetName();\r
+         if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+         AliMillePede2::SetMinResTol( recExt.Atof() );\r
+       }\r
+       //\r
+       if (nrecElems>=5) { // maxIter\r
+         recExt = recArr->At(4)->GetName();\r
+         if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+         AliMillePede2::SetMinResMaxIter( recExt.Atoi() );\r
+       }       \r
+      }\r
+      //\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kRequirePoint ]) {       //-------------------------\r
+       // syntax:   REQUIRE_POINT where ndet updw nreqpts\r
+       //    where = LAYER or DETECTOR\r
+       //    ndet = detector number: 1-6 for LAYER and 1-3 for DETECTOR (SPD=1, SDD=2, SSD=3)\r
+       //    updw = 1 for Y>0, -1 for Y<0, 0 if not specified\r
+       //    nreqpts = minimum number of points of that type\r
+       if (nrecElems>=5) {\r
+         recOpt.ToUpper();\r
+         int lr = ((TObjString*)recArr->At(2))->GetString().Atoi() - 1;\r
+         int hb = ((TObjString*)recArr->At(3))->GetString().Atoi();\r
+         int np = ((TObjString*)recArr->At(4))->GetString().Atoi();\r
+         fRequirePoints = kTRUE;\r
+         if (recOpt == "LAYER") {\r
+           if (lr<0 || lr>5) {stopped = kTRUE; break;}\r
+           if (hb>0) fNReqLayUp[lr] = np;\r
+           else if (hb<0) fNReqLayDown[lr] = np;\r
+           else fNReqLay[lr] = np;\r
+         }\r
+         else if (recOpt == "DETECTOR") {\r
+           if (lr<0 || lr>2) {stopped = kTRUE; break;}\r
+           if (hb>0) fNReqDetUp[lr] = np;\r
+           else if (hb<0) fNReqDetDown[lr] = np;\r
+           else fNReqDet[lr] = np;\r
+         }\r
+         else {stopped = kTRUE; break;}\r
+       }\r
+       else {stopped = kTRUE; break;}\r
+      }\r
+      //\r
+      // global constraints on the subunits/orphans \r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kConstrOrphans ]) {    //------------------------\r
+       // expect CONSTRAINT_ORPHANS MEAN/MEDIAN Value parID0 ... parID1 ...\r
+       if (nrecElems<4) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       recExt = recArr->At(2)->GetName();\r
+       if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       double val = recExt.Atof();\r
+       UInt_t pattern = 0;\r
+       for (irec=3;irec<nrecElems;irec++) { // read params to constraint\r
+         recExt = recArr->At(irec)->GetName();\r
+         if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+         pattern |= 0x1 << recExt.Atoi();\r
+       }\r
+       if (stopped) break;\r
+       if      (recOpt == "MEAN")   ConstrainOrphansMean(val,pattern);\r
+       else if (recOpt == "MEDIAN") ConstrainOrphansMedian(val,pattern);\r
+       else {stopped = kTRUE; break;}\r
+      }\r
+      //\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kConstrSubunits ]) {    //------------------------\r
+       // expect ONSTRAINT_SUBUNITS MEAN/MEDIAN Value parID0 ... parID1 ... VolID1 ... VolIDn - VolIDm\r
+       if (nrecElems<5) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       recExt = recArr->At(2)->GetName();\r
+       if (!recExt.IsFloat()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       double val = recExt.Atof();\r
+       UInt_t pattern = 0;\r
+       for (irec=3;irec<nrecElems;irec++) { // read params to constraint\r
+         recExt = recArr->At(irec)->GetName();\r
+         if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+         int parid = recExt.Atoi();\r
+         if (parid<kMaxITSSensID) pattern |= 0x1 << recExt.Atoi();\r
+         else break;           // list of params is over \r
+       }\r
+       if (stopped) break;\r
+       //\r
+       Bool_t meanC;\r
+       if      (recOpt == "MEAN")   meanC = kTRUE;\r
+       else if (recOpt == "MEDIAN") meanC = kFALSE;\r
+       else    {stopped = kTRUE; break;}\r
+       //\r
+       int curID = -1;\r
+       int rangeStart = -1;\r
+       for (;irec<nrecElems;irec++) { // read modules to apply this constraint\r
+         recExt = recArr->At(irec)->GetName();\r
+         if (recExt == "-") {rangeStart = curID; continue;}  // range is requested\r
+         else if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+         else curID = recExt.Atoi();\r
+         //\r
+         if (curID<=kMaxITSSensID) curID = GetModuleVolumeID(curID);\r
+         // this was a range start or single \r
+         int start;\r
+         if (rangeStart>=0) {start = rangeStart+1; rangeStart=-1;} // continue the range\r
+         else start = curID;  // create constraint either for single module (or 1st in the range)\r
+         for (int id=start;id<=curID;id++) {\r
+           int id0 = IsVIDDefined(id);\r
+           if (id0<0) {AliDebug(3,Form("Undefined module %d requested in the SubUnits constraint, skipping",id)); continue;}\r
+           if (meanC) ConstrainModuleSubUnitsMean(id0,val,pattern);\r
+           else       ConstrainModuleSubUnitsMedian(id0,val,pattern);\r
+         }\r
+       }\r
+       if (rangeStart>=0) stopped = kTRUE; // unfinished range\r
+       if (stopped) break;\r
+      } \r
+      // \r
+      // association of modules with local constraints\r
+      else if (recTitle == kRecKeys[ kApplyConstr ]) {            //------------------------\r
+       // expect APPLY_CONSTRAINT NAME [NAME1...] [VolID1 ... VolIDn - VolIDm]\r
+       if (nrecElems<3) {stopped = kTRUE; break;}\r
+       int nmID0=-1,nmID1=-1;\r
+       for (irec=1;irec<nrecElems;irec++) { // find the range of constraint names\r
+         recExt = recArr->At(irec)->GetName();\r
+         if (recExt.IsFloat()) break;\r
+         // check if such a constraint was declared\r
+         if (!GetConstraint(recExt.Data())) {\r
+           AliInfo(Form("No Local constraint %s was declared",recExt.Data())); \r
+           stopped=kTRUE; \r
+           break;\r
+         }\r
+         if (nmID0<0) nmID0 = irec;\r
+         nmID1 = irec;\r
+       }\r
+       if (stopped) break;\r
+       //\r
+       if (irec>=nrecElems) {stopped = kTRUE; break;} // no modules provided\r
+       //\r
+       // now read the list of modules to constrain\r
+       int curID = -1;\r
+       int rangeStart = -1;\r
+       for (;irec<nrecElems;irec++) { // read modules to apply this constraint\r
+         recExt = recArr->At(irec)->GetName();\r
+         if (recExt == "-") {rangeStart = curID; continue;}  // range is requested\r
+         else if (!recExt.IsDigit()) {stopped = kTRUE; break;}\r
+         else curID = recExt.Atoi();\r
+         //\r
+         if (curID<=kMaxITSSensID) curID = GetModuleVolumeID(curID);\r
+         //\r
+         // this was a range start or single \r
+         int start;\r
+         if (rangeStart>=0) {start = rangeStart+1; rangeStart=-1;} // continue the range\r
+         else start = curID;  // create constraint either for single module (or 1st in the range)\r
+         for (int id=start;id<=curID;id++) {\r
+           AliITSAlignMille2Module *md = GetMilleModuleByVID(id);\r
+           if (!md) {AliDebug(3,Form("Undefined module %d requested in the Local constraint, skipping",id)); continue;}\r
+           for (int nmid=nmID0;nmid<=nmID1;nmid++) \r
+             ((AliITSAlignMille2ConstrArray*)GetConstraint(recArr->At(nmid)->GetName()))->AddModule(md);\r
+         }\r
+       }\r
+       if (rangeStart>=0) stopped = kTRUE; // unfinished range\r
+       if (stopped) break;\r
+      }\r
+      //\r
+      else continue; // already processed record\r
+      //\r
+    } // end of while loop 4 over the various params \r
+    //\r
+    break;\r
+  } // end of while(1) loop \r
+  //\r
+  fclose(pfc);\r
+  if (stopped) {\r
+    AliError(Form("Failed on record %s %s ...\n",recTitle.Data(),recOpt.Data()));\r
+    return -1;\r
+  }\r
+  //\r
+  fIsConfigured = kTRUE;\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::BuildHierarchy()\r
+{\r
+  // build the hieararhy of the modules to align\r
+  //\r
+  if (!GetUseGlobalDelta() && PseudoParentsAllowed()) {\r
+    AliInfo("PseudoParents mode is allowed only when the deltas are global\n"\r
+           "Since Deltas are local, switching to NoPseudoParents");\r
+    SetAllowPseudoParents(kFALSE);\r
+  }\r
+  // set parent/child relationship for modules to align\r
+  AliInfo("Setting parent/child relationships\n");\r
+  //\r
+  // 1) child -> parent reference\r
+  for (int ipar=0;ipar<fNModules;ipar++) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* parent = GetMilleModule(ipar);\r
+    if (parent->IsSensor()) continue; // sensor cannot be a parent\r
+    //\r
+    for (int icld=0;icld<fNModules;icld++) {\r
+      if (icld==ipar) continue;\r
+      AliITSAlignMille2Module* child = GetMilleModule(icld);\r
+      if (!child->BelongsTo(parent)) continue;\r
+      // child cannot have more sensors than the parent\r
+      if (child->GetNSensitiveVolumes() > parent->GetNSensitiveVolumes()) continue;\r
+      //\r
+      AliITSAlignMille2Module* parOld = child->GetParent();\r
+      // is this parent candidate closer than the old parent ? \r
+      if (parOld && parOld->GetNSensitiveVolumes()<parent->GetNSensitiveVolumes()) continue; // parOld is closer\r
+      child->SetParent(parent);\r
+    }\r
+    //\r
+  }\r
+  //\r
+  // add parent -> children reference\r
+  for (int icld=0;icld<fNModules;icld++) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* child = GetMilleModule(icld);\r
+    AliITSAlignMille2Module* parent = child->GetParent();\r
+    if (parent) parent->AddChild(child);\r
+  }  \r
+  //\r
+  // reorder the modules in such a way that parents come first\r
+  for (int icld=0;icld<fNModules;icld++) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* child  = GetMilleModule(icld);\r
+    AliITSAlignMille2Module* parent; \r
+    while ( (parent=child->GetParent()) &&  (parent->GetUniqueID()>child->GetUniqueID()) ) {\r
+      // swap\r
+      fMilleModule[icld] = parent;\r
+      fMilleModule[parent->GetUniqueID()] = child;\r
+      child->SetUniqueID(parent->GetUniqueID());\r
+      parent->SetUniqueID(icld);\r
+      child = parent;\r
+    }\r
+    //\r
+  }  \r
+  //\r
+  // Go over the child->parent chain and mark modules with explicitly provided sensors.\r
+  // If the sensors of the unit are explicitly declared, all undeclared sensors are \r
+  // suppresed in this unit.\r
+  for (int icld=fNModules;icld--;) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* child = GetMilleModule(icld);\r
+    AliITSAlignMille2Module* parent = child->GetParent();\r
+    if (!parent) continue;\r
+    //\r
+    // check if this parent was already processed\r
+    if (!parent->AreSensorsProvided()) {\r
+      parent->DelSensitiveVolumes();\r
+      parent->SetSensorsProvided(kTRUE);\r
+    }\r
+    // reattach sensors to parent\r
+    for (int isc=child->GetNSensitiveVolumes();isc--;) {\r
+      UShort_t senVID = child->GetSensVolVolumeID(isc);\r
+      if (!parent->IsIn(senVID)) parent->AddSensitiveVolume(senVID);\r
+    }\r
+  }\r
+  //\r
+}\r
+\r
+// pepo\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::SetCurrentModule(Int_t id)\r
+{\r
+  // set the current supermodule\r
+  // new meaning\r
+  if (fMilleVersion>=2) {\r
+    fCurrentModule = GetMilleModule(id);\r
+    return;\r
+  }\r
+  // old meaning\r
+  if (fMilleVersion<=1) {\r
+    Int_t index=id;\r
+    /// set as current the SuperModule that contains the 'index' sens.vol.\r
+    if (index<0 || index>2197) {\r
+      AliInfo("index does not correspond to a sensitive volume!");\r
+      return;\r
+    }\r
+    UShort_t voluid=AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromIndex(index);\r
+    Int_t k=IsContained(voluid);\r
+    if (k>=0){\r
+      fCluster.SetVolumeID(voluid);\r
+      fCluster.SetXYZ(0,0,0);\r
+      InitModuleParams();\r
+    }\r
+    else\r
+      AliInfo(Form("module %d not defined\n",index));    \r
+  }\r
+}\r
+// endpepo\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::SetRequiredPoint(Char_t* where, Int_t ndet, Int_t updw, Int_t nreqpts) \r
+{\r
+  // set minimum number of points in specific detector or layer\r
+  // where = LAYER or DETECTOR\r
+  // ndet = detector number: 1-6 for LAYER and 1-3 for DETECTOR (SPD=1, SDD=2, SSD=3)\r
+  // updw = 1 for Y>0, -1 for Y<0, 0 if not specified\r
+  // nreqpts = minimum number of points of that type\r
+  ndet--;\r
+  if (strstr(where,"LAYER")) {\r
+    if (ndet<0 || ndet>5) return;\r
+    if (updw>0) fNReqLayUp[ndet]=nreqpts;\r
+    else if (updw<0) fNReqLayDown[ndet]=nreqpts;\r
+    else fNReqLay[ndet]=nreqpts;\r
+    fRequirePoints=kTRUE;\r
+  }\r
+  else if (strstr(where,"DETECTOR")) {\r
+    if (ndet<0 || ndet>2) return;\r
+    if (updw>0) fNReqDetUp[ndet]=nreqpts;\r
+    else if (updw<0) fNReqDetDown[ndet]=nreqpts;\r
+    else fNReqDet[ndet]=nreqpts;       \r
+    fRequirePoints=kTRUE;\r
+  }\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::GetModuleIndex(const Char_t *symname) \r
+{\r
+  /// index from symname\r
+  if (!symname) return -1;\r
+  for (Int_t i=0;i<=kMaxITSSensID; i++) {\r
+    if (!strcmp(symname,AliITSgeomTGeo::GetSymName(i))) return i;\r
+  }\r
+  return -1;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::GetModuleIndex(UShort_t voluid) \r
+{\r
+  /// index from volume ID\r
+  AliGeomManager::ELayerID lay = AliGeomManager::VolUIDToLayer(voluid);\r
+  if (lay<1|| lay>6) return -1;\r
+  Int_t idx=Int_t(voluid)-2048*lay;\r
+  if (idx>=AliGeomManager::LayerSize(lay)) return -1;\r
+  for (Int_t ilay=1; ilay<lay; ilay++) \r
+    idx += AliGeomManager::LayerSize(ilay);\r
+  return idx;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+UShort_t AliITSAlignMille2::GetModuleVolumeID(const Char_t *symname) \r
+{\r
+  /// volume ID from symname\r
+  /// works for sensitive volumes only\r
+  if (!symname) return 0;\r
+\r
+  for (UShort_t voluid=2000; voluid<13300; voluid++) {\r
+    Int_t modId;\r
+    AliGeomManager::ELayerID layerId = AliGeomManager::VolUIDToLayer(voluid,modId);\r
+    if (layerId>0 && layerId<7 && modId>=0 && modId<AliGeomManager::LayerSize(layerId)) {\r
+      if (!strcmp(symname,AliGeomManager::SymName(layerId,modId))) return voluid;\r
+    }\r
+  }\r
+\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+UShort_t AliITSAlignMille2::GetModuleVolumeID(Int_t index) \r
+{\r
+  /// volume ID from index\r
+  if (index<0) return 0;\r
+  if (index<2198)\r
+    return GetModuleVolumeID(AliITSgeomTGeo::GetSymName(index));\r
+  else {\r
+    for (int i=0; i<fNSuperModules; i++) {\r
+      if (GetSuperModule(i)->GetIndex()==index) return GetSuperModule(i)->GetVolumeID();\r
+    }\r
+  }\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::InitGeometry() \r
+{\r
+  /// initialize geometry\r
+  AliInfo("Loading initial geometry");\r
+  AliGeomManager::LoadGeometry(fGeometryFileName.Data());\r
+  fGeoManager = AliGeomManager::GetGeometry();\r
+  if (!fGeoManager) {\r
+    AliInfo("Couldn't initialize geometry");\r
+    return -1;\r
+  }\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::SetConstraintWrtRef(const char* reffname) \r
+{\r
+  // Load the global deltas from this file. The local gaussian constraints on some modules \r
+  // will be defined with respect to the deltas from this reference file, converted to local\r
+  // delta format. Note: conversion to local format requires reloading the geometry!\r
+  //\r
+  AliInfo(Form("Loading reference deltas for local constraints from %s",reffname));\r
+  if (!fGeoManager) return -1; \r
+  fConstrRefFileName = reffname;\r
+  if (fConstrRefFileName == "IDEAL") { // the reference is the ideal geometry, just create dummy reference array\r
+    fConstrRef = new TClonesArray("AliAlignObjParams",1);\r
+    return 0;\r
+  }\r
+  TFile *pref = TFile::Open(fConstrRefFileName.Data());\r
+  if (!pref->IsOpen()) return -2;   \r
+  fConstrRef = (TClonesArray*)pref->Get("ITSAlignObjs");\r
+  pref->Close();\r
+  delete pref;\r
+  if (!fConstrRef) {\r
+    AliError(Form("Did not find reference prealignment deltas in %s",reffname));\r
+    return -1;\r
+  }\r
+  //\r
+  // we need ideal geometry to convert global deltas to local ones\r
+  if (fUsePreAlignment) {\r
+    AliError("The call of SetConstraintWrtRef must be done before application of the prealignment");\r
+    return -1;\r
+  }\r
+  //\r
+  AliInfo("Converting global reference deltas to local ones");\r
+  Int_t nprea = fConstrRef->GetEntriesFast();\r
+  for (int ix=0; ix<nprea; ix++) {\r
+    AliAlignObjParams *preo=(AliAlignObjParams*) fConstrRef->At(ix);\r
+    if (!preo->ApplyToGeometry()) return -1;\r
+  }\r
+  //\r
+  // now convert the global reference deltas to local ones\r
+  for (int i=fConstrRef->GetEntriesFast();i--;) {\r
+    AliAlignObjParams *preo = (AliAlignObjParams*)fConstrRef->At(i);\r
+    TGeoHMatrix * mupd = AliGeomManager::GetMatrix(preo->GetSymName());\r
+    if (!mupd) {  // this is not alignable entry, need to look in the supermodules\r
+      for (int im=fNSuperModules;im--;) {\r
+       AliITSAlignMille2Module* mod = GetSuperModule(im);\r
+       if ( strcmp(mod->GetName(), preo->GetSymName()) ) continue;\r
+       mupd = mod->GetMatrix();\r
+       break;\r
+      }\r
+      if (!mupd) {\r
+       AliError(Form("Failed to find the volume for reference %s",preo->GetSymName()));\r
+       return -1;\r
+      }\r
+    } \r
+    TGeoHMatrix preMat;\r
+    preo->GetMatrix(preMat);                     //  Delta_Glob\r
+    TGeoHMatrix tmpMat    = *mupd;               //  Delta_Glob * Delta_Glob_Par * M\r
+    preMat.MultiplyLeft( &tmpMat.Inverse() );    //  M^-1 * Delta_Glob_Par^-1 = (Delta_Glob_Par * M)^-1\r
+    tmpMat.MultiplyLeft( &preMat );              //  (Delta_Glob_Par * M)^-1 * Delta_Glob * Delta_Glob_Par * M = Delta_loc\r
+    preo->SetMatrix(tmpMat);     // local corrections \r
+  }\r
+  //\r
+  // we need to reload the geometry spoiled by this reference deltas...\r
+  delete fGeoManager;\r
+  AliInfo("Reloading initial geometry");\r
+  AliGeomManager::LoadGeometry(fGeometryFileName.Data());\r
+  fGeoManager = AliGeomManager::GetGeometry();\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::Init()\r
+{\r
+  // perform global initialization\r
+  //\r
+  if (fIsMilleInit) {\r
+    AliInfo("Millepede has been already initialized!");\r
+    return;\r
+  }\r
+  // range constraints in such a way that the childs are constrained before their parents\r
+  // orphan constraints come last\r
+  for (int ic=0;ic<GetNConstraints();ic++) {\r
+    for (int ic1=ic+1;ic1<GetNConstraints();ic1++) {\r
+      AliITSAlignMille2Constraint *cst0 = GetConstraint(ic);\r
+      AliITSAlignMille2Constraint *cst1 = GetConstraint(ic1);\r
+      if (cst0->GetModuleID()<cst1->GetModuleID()) {\r
+       // swap\r
+       fConstraints[ic] = cst1;\r
+       fConstraints[ic1] = cst0;\r
+      }\r
+    }\r
+  }\r
+  //\r
+  if (!GetUseGlobalDelta()) {\r
+    AliInfo("ATTENTION: The parameters are defined in the local frame, no check for degeneracy will be done");\r
+    for (int imd=fNModules;imd--;) {\r
+      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);\r
+      int npar = mod->GetNParTot();\r
+      // the parameter may have max 1 free instance, otherwise the equations are underdefined\r
+      for (int ipar=0;ipar<npar;ipar++) {\r
+       if (!mod->IsFreeDOF(ipar)) continue;\r
+       mod->SetParOffset(ipar,fNGlobal++);\r
+      }\r
+    }\r
+  }\r
+  else {\r
+    // init millepede, decide which parameters are to be fitted explicitly\r
+    for (int imd=fNModules;imd--;) {\r
+      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);\r
+      int npar = mod->GetNParTot();\r
+      // the parameter may have max 1 free instance, otherwise the equations are underdefined\r
+      for (int ipar=0;ipar<npar;ipar++) {\r
+       if (!mod->IsFreeDOF(ipar)) continue;  // fixed\r
+       //\r
+       int nFreeInstances = 0;\r
+       //\r
+       AliITSAlignMille2Module* parent = mod;\r
+       Bool_t cstMeanMed=kFALSE,cstGauss=kFALSE;\r
+       //\r
+       Bool_t addToFit = kFALSE;       \r
+       // the parameter may be ommitted from explicit fit (if PseudoParentsAllowed is true) if\r
+       // 1) it is not explicitly constrained or its does not participate in Gaussian constraint\r
+       // 2) the same applies to all of its parents\r
+       // 3) it has at least 1 unconstrained direct child\r
+       while(parent) {\r
+         if (!parent->IsFreeDOF(ipar)) {parent = parent->GetParent(); continue;}\r
+         nFreeInstances++;\r
+         if (IsParModConstrained(parent,ipar, cstMeanMed, cstGauss)) nFreeInstances--;\r
+         if (cstGauss) addToFit = kTRUE;\r
+         parent = parent->GetParent();\r
+       }\r
+       if (nFreeInstances>1) {\r
+         AliError(Form("Parameter#%d of module %s\nhas %d free instances in the "\r
+                       "unconstrained parents\nSystem is undefined",ipar,mod->GetName(),nFreeInstances));\r
+         exit(1);\r
+       }\r
+       //\r
+       // i) Are PseudoParents allowed?\r
+       if (!PseudoParentsAllowed()) addToFit = kTRUE;\r
+       // ii) check if this module has no child with such a free parameter. Since the order of this check \r
+       // goes from child to parent, by this moment such a parameter must have been already added\r
+       else if (!IsParModFamilyVaried(mod,ipar))  addToFit = kTRUE;  // no varied children at all\r
+       else if (!IsParFamilyFree(mod,ipar,1))     addToFit = kTRUE;  // no unconstrained direct children\r
+       // otherwise the value of this parameter can be extracted from simple contraint and the values of \r
+       // the relevant parameters of its children the fit is done. Hence it is not included\r
+       if (!addToFit) continue;\r
+       //\r
+       // shall add this parameter to explicit fit\r
+       //      printf("Adding %s %d -> %d\n",mod->GetName(), ipar, fNGlobal);\r
+       mod->SetParOffset(ipar,fNGlobal++);\r
+      }\r
+    }\r
+  }\r
+  //\r
+  AliInfo(Form("Initializing Millepede with %d gpar, %d lpar and %d stddev ...",fNGlobal, fNLocal, fNStdDev));\r
+  fGlobalDerivatives = new Double_t[fNGlobal];\r
+  memset(fGlobalDerivatives,0,fNGlobal*sizeof(Double_t));\r
+  //\r
+  fMillepede->InitMille(fNGlobal,fNLocal,fNStdDev,fResCut,fResCutInitial);\r
+  fIsMilleInit = kTRUE;\r
+  //\r
+  ResetLocalEquation();    \r
+  AliInfo("Parameters initialized to zero");\r
+  //\r
+  /// Fix non free parameters\r
+  for (Int_t i=0; i<fNModules; i++) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(i);\r
+    for (Int_t j=0; j<mod->GetNParTot(); j++) {\r
+      if (mod->GetParOffset(j)<0) continue; // not varied\r
+      FixParameter(mod->GetParOffset(j),mod->GetParConstraint(j));\r
+      fMillepede->SetParamGrID(i, mod->GetParOffset(j));\r
+    }\r
+  }\r
+  //\r
+  // Set iterations\r
+  if (fStartFac>1) fMillepede->SetIterations(fStartFac);    \r
+  //\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::AddConstraint(Double_t *par, Double_t value, Double_t sigma) \r
+{\r
+  /// Constrain equation defined by par to value\r
+  if (!fIsMilleInit) Init();\r
+  fMillepede->SetGlobalConstraint(par, value, sigma);\r
+  AliInfo("Adding constraint");\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::InitGlobalParameters(Double_t *par) \r
+{\r
+  /// Initialize global parameters with par array\r
+  if (!fIsMilleInit) Init();\r
+  fMillepede->SetGlobalParameters(par);\r
+  AliInfo("Init Global Parameters");\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________ \r
+void AliITSAlignMille2::FixParameter(Int_t iPar, Double_t value) \r
+{\r
+  /// Parameter iPar is encourage to vary in [-value;value]. \r
+  /// If value == 0, parameter is fixed\r
+  if (!fIsMilleInit) {\r
+    AliInfo("Millepede has not been initialized!");\r
+    return;\r
+  }\r
+  fMillepede->SetParSigma(iPar, value);\r
+  if (value==0) AliInfo(Form("Parameter %i Fixed", iPar));\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ResetLocalEquation()\r
+{\r
+  /// Reset the derivative vectors\r
+  for(int i=fNLocal;i--;)  fLocalDerivatives[i] = 0.0;\r
+  memset(fGlobalDerivatives, 0, fNGlobal*sizeof(double) );\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::ApplyToGeometry() \r
+{\r
+  // apply starting realignment to ideal geometry\r
+  AliInfo(Form("Using %s for prealignment",fPreAlignmentFileName.Data()));\r
+  if (!fGeoManager) return -1; \r
+  TFile *pref = TFile::Open(fPreAlignmentFileName.Data());\r
+  if (!pref->IsOpen()) return -2;\r
+  fPrealignment = (TClonesArray*)pref->Get("ITSAlignObjs");\r
+  if (!fPrealignment) return -3;  \r
+  Int_t nprea = fPrealignment->GetEntriesFast();\r
+  AliInfo(Form("Array of input misalignments with %d entries",nprea));\r
+  //\r
+  for (int ix=0; ix<nprea; ix++) {\r
+    AliAlignObjParams *preo=(AliAlignObjParams*) fPrealignment->At(ix);\r
+    Int_t index=AliITSAlignMille2Module::GetIndexFromVolumeID(preo->GetVolUID());\r
+    if (index>=0) {\r
+      if (index>=fPreAlignQF.GetSize()) fPreAlignQF.Set(index+10);\r
+      fPreAlignQF[index] = (int) preo->GetUniqueID()+1;\r
+    }\r
+    //TString nms = preo->GetSymName();\r
+    //if (!nms.Contains("Ladder")) continue; //RRR\r
+    //printf("Applying#%4d %s\n",ix,preo->GetSymName());\r
+    if (!preo->ApplyToGeometry()) return -4;\r
+  }\r
+  //\r
+  pref->Close();\r
+  delete pref;\r
+  //\r
+  fUsePreAlignment = kTRUE;\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::GetPreAlignmentQualityFactor(Int_t index) const\r
+{\r
+  // quality factors from prealignment\r
+  if (!fUsePreAlignment || index<0 || index>=fPreAlignQF.GetSize()) return -1;\r
+  return fPreAlignQF[index]-1;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+AliTrackPointArray *AliITSAlignMille2::PrepareTrack(const AliTrackPointArray *atp) \r
+{\r
+  /// create a new AliTrackPointArray keeping only defined modules\r
+  /// move points according to a given prealignment, if any\r
+  /// sort alitrackpoints w.r.t. global Y direction, if selected\r
+  const double kTiny = 1E-12;\r
+  //\r
+  AliTrackPointArray *atps=NULL;\r
+  Int_t idx[20];\r
+  Int_t npts=atp->GetNPoints();\r
+\r
+  /// checks if AliTrackPoints belong to defined modules\r
+  Int_t ngoodpts=0;\r
+  Int_t intidx[20];\r
+  \r
+  for (int j=0; j<npts; j++) {\r
+    intidx[j] = IsVIDContained(atp->GetVolumeID()[j]);\r
+    if (intidx[j]>=0) ngoodpts++;\r
+  }\r
+  AliDebug(3,Form("Number of points in defined modules: %d out of %d",ngoodpts,npts));\r
+\r
+  // reject track if not enough points are left\r
+  if (ngoodpts<fMinNPtsPerTrack) {\r
+    AliInfo("Track with not enough points!");\r
+    return NULL;\r
+  }\r
+  // >> RS\r
+  AliTrackPoint p;\r
+  // check points in specific places\r
+  if (fRequirePoints) {\r
+    Int_t nlayup[6],nlaydown[6],nlay[6];\r
+    Int_t ndetup[3],ndetdown[3],ndet[3];\r
+    for (Int_t j=0; j<6; j++) {nlayup[j]=0; nlaydown[j]=0; nlay[j]=0;}\r
+    for (Int_t j=0; j<3; j++) {ndetup[j]=0; ndetdown[j]=0; ndet[j]=0;}\r
+    \r
+    for (int i=0; i<npts; i++) {\r
+      // skip not defined points\r
+      if (intidx[i]<0) continue;\r
+      Float_t xx=atp->GetX()[i];\r
+      Float_t yy=atp->GetY()[i];\r
+      Float_t r=TMath::Sqrt(xx*xx + yy*yy);\r
+      int lay=-1;\r
+      if (r<5) lay=0;\r
+      else if (r>5 && r<10) lay=1;\r
+      else if (r>10 && r<18) lay=2;\r
+      else if (r>18 && r<30) lay=3;\r
+      else if (r>30 && r<40) lay=4;\r
+      else if (r>40) lay=5;\r
+      if (lay<0) continue;\r
+      int det=lay/2;\r
+      //printf("Point %d - x=%f  y=%f  R=%f  lay=%d  det=%d\n",i,xx,yy,r,lay,det);\r
+\r
+      if (yy>=0.0) { // UP point\r
+       nlayup[lay]++;\r
+       nlay[lay]++;\r
+       ndetup[det]++;\r
+       ndet[det]++;\r
+      }\r
+      else {\r
+       nlaydown[lay]++;\r
+       nlay[lay]++;\r
+       ndetdown[det]++;\r
+       ndet[det]++;\r
+      }\r
+    }\r
+    \r
+    // checks minimum values\r
+    Bool_t isok=kTRUE;\r
+    for (Int_t j=0; j<6; j++) {\r
+      if (nlayup[j]<fNReqLayUp[j]) isok=kFALSE; \r
+      if (nlaydown[j]<fNReqLayDown[j]) isok=kFALSE; \r
+      if (nlay[j]<fNReqLay[j]) isok=kFALSE; \r
+    }\r
+    for (Int_t j=0; j<3; j++) {\r
+      if (ndetup[j]<fNReqDetUp[j]) isok=kFALSE; \r
+      if (ndetdown[j]<fNReqDetDown[j]) isok=kFALSE; \r
+      if (ndet[j]<fNReqDet[j]) isok=kFALSE; \r
+    }\r
+    if (!isok) {\r
+      AliDebug(2,Form("Track does not meet all location point requirements!"));\r
+      return NULL;\r
+    }\r
+  }\r
+  // build a new track with (sorted) (prealigned) good points\r
+  // pepo 200709\r
+//   atps = (AliTrackPointArray*)fTrackBuff[ngoodpts-fMinNPtsPerTrack];\r
+//   if (!atps) {\r
+//     atps = new AliTrackPointArray(ngoodpts);\r
+//     fTrackBuff.AddAtAndExpand(atps,ngoodpts-fMinNPtsPerTrack);\r
+//   }  \r
+  atps = new AliTrackPointArray(ngoodpts);\r
+  // endpepo200709\r
+  //\r
+  //\r
+  for (int i=0; i<npts; i++) idx[i]=i;\r
+  // sort track if required\r
+  TMath::Sort(npts,atp->GetY(),idx); // sort descending...\r
+  //\r
+  Int_t npto=0;\r
+  for (int i=0; i<npts; i++) {\r
+    // skip not defined points\r
+    if (intidx[idx[i]]<0) continue;\r
+    atp->GetPoint(p,idx[i]);\r
+\r
+    // prealign point if required\r
+    // get IDEAL matrix\r
+    AliITSAlignMille2Module *mod = GetMilleModule(intidx[idx[i]]);\r
+    TGeoHMatrix *svOrigMatrix = mod->GetSensitiveVolumeOrigGlobalMatrix(p.GetVolumeID());\r
+    // get back real local coordinates: use OriginalGlobalMatrix because AliTrackPoints were written\r
+    // with idel geometry  \r
+    Double_t pg[3],pl[3];\r
+    pg[0]=p.GetX();\r
+    pg[1]=p.GetY();\r
+    pg[2]=p.GetZ();\r
+    //    printf("Global coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pg[0],pg[1],pg[2]);\r
+    AliDebug(3,Form("Global coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pg[0],pg[1],pg[2]));\r
+    svOrigMatrix->MasterToLocal(pg,pl);\r
+\r
+    AliDebug(3,Form("Local coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pl[0],pl[1],pl[2]));\r
+    //\r
+    // this is a temporary code to extract the drift speed used for given point\r
+    if (p.GetDriftTime()>0) { // RRR\r
+      // calculate the drift speed\r
+      int sid = AliITSAlignMille2Module::GetIndexFromVolumeID(p.GetVolumeID());// - kSDDoffsID;\r
+      fDriftTime0[npto] = fInitialRecSDD ? fInitialRecSDD->GetTimeZero(sid) : 0.;\r
+      /*\r
+      AliGeomManager::ELayerID lay = AliGeomManager::VolUIDToLayer(p.GetVolumeID());\r
+      if      (lay==3) fDriftTime0[npto] = pg[2]<0 ? 169.5 : 140.1;\r
+      else if (lay==4) fDriftTime0[npto] = pg[2]<0 ? 158.3 : 139.0;\r
+      else {\r
+       AliError(Form("Strange layer %d for moduleID %d",lay,p.GetVolumeID()));\r
+       exit(1);\r
+      }\r
+      */\r
+      double tdif = p.GetDriftTime() - fDriftTime0[npto];\r
+      if (tdif<=0) tdif = 1;\r
+      double vdrift = (3.5085-TMath::Abs(pl[0]))/tdif;\r
+      if (vdrift<0) vdrift = 0;\r
+      //\r
+      // TEMPORARY CORRECTION (if provided) -------------->>>\r
+      if (fCorrectSDD) {\r
+       float t0Upd = fCorrectSDD->GetTimeZero(sid);\r
+       vdrift += fCorrectSDD->GetDeltaVDrift(sid);\r
+       tdif    = p.GetDriftTime() - t0Upd;\r
+       // correct Xlocal\r
+       pl[0] = TMath::Sign(3.5085 - vdrift*tdif,pl[0]);\r
+       fDriftTime0[npto] =  t0Upd;\r
+      }\r
+      // TEMPORARY CORRECTION (if provided) --------------<<<\r
+      fDriftSpeed[npto] = TMath::Sign(vdrift,pl[0]);\r
+      //\r
+      /*\r
+      printf("%d  %+6.2f %+6.2f %+6.2f  %+5.2f %+5.2f %+5.2f  %+6.1f  %+6.1f %+f %+f\n",\r
+            p.GetVolumeID(),pg[0],pg[1],pg[2],pl[0],pl[1],pl[2],p.GetDriftTime(), fDriftTime0[npto], fDriftSpeed[npto],tdif);\r
+      */\r
+    }\r
+\r
+    // update covariance matrix\r
+    TGeoHMatrix hcov;\r
+    Double_t hcovel[9];\r
+    hcovel[0]=double(p.GetCov()[0]);\r
+    hcovel[1]=double(p.GetCov()[1]);\r
+    hcovel[2]=double(p.GetCov()[2]);\r
+    hcovel[3]=double(p.GetCov()[1]);\r
+    hcovel[4]=double(p.GetCov()[3]);\r
+    hcovel[5]=double(p.GetCov()[4]);\r
+    hcovel[6]=double(p.GetCov()[2]);\r
+    hcovel[7]=double(p.GetCov()[4]);\r
+    hcovel[8]=double(p.GetCov()[5]);\r
+    hcov.SetRotation(hcovel);\r
+    // now rotate in local system\r
+    //    printf("\nErrMatGlob: before\n"); hcov.Print(""); //RRR\r
+    hcov.Multiply(svOrigMatrix);\r
+    hcov.MultiplyLeft(&svOrigMatrix->Inverse());\r
+    // now hcov is LOCAL COVARIANCE MATRIX\r
+    // apply sigma scaling\r
+    //    printf("\nErrMatLoc: before\n"); hcov.Print(""); //RRR\r
+    Double_t *hcovscl = hcov.GetRotationMatrix(); \r
+    //    for (int ir=3;ir--;) for (int ic=3;ic--;) hcovscl[ir*3+ic] *= mod->GetSigmaFactor(ir)*mod->GetSigmaFactor(ic); //RRR\r
+    // RS TEMPORARY: nullify non-diagonal elements and sigY\r
+    hcovscl[5] = 0;\r
+    for (int ir=3;ir--;) for (int ic=3;ic--;) {\r
+       if (ir==ic) {\r
+         if (TMath::Abs(hcovscl[ir*3+ic])<kTiny) hcovscl[ir*3+ic] = 0.;\r
+         else hcovscl[ir*3+ic] *= mod->GetSigmaFactor(ir)*mod->GetSigmaFactor(ic); //RRR\r
+       }\r
+       else hcovscl[ir*3+ic]  = 0;\r
+      }\r
+    //\r
+    //    printf("\nErrMatLoc: after\n"); hcov.Print(""); //RRR\r
+    //\r
+    if (fBug==1) {\r
+      // correzione bug LAYER 5  SSD temporanea..\r
+      int ssdidx=AliITSAlignMille2Module::GetIndexFromVolumeID(p.GetVolumeID());\r
+      if (ssdidx>=500 && ssdidx<1248) {\r
+       int ladder=(ssdidx-500)%22;\r
+       if (ladder==18) p.SetVolumeID(AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromIndex(ssdidx+1));\r
+       if (ladder==19) p.SetVolumeID(AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromIndex(ssdidx-1));\r
+      }\r
+    }\r
+    /// get (evenctually prealigned) matrix of sens. vol.\r
+    TGeoHMatrix *svMatrix = mod->GetSensitiveVolumeMatrix(p.GetVolumeID());\r
+    // modify global coordinates according with pre-aligment\r
+    svMatrix->LocalToMaster(pl,pg);\r
+    // now rotate in local system\r
+    hcov.Multiply(&svMatrix->Inverse());\r
+    hcov.MultiplyLeft(svMatrix);\r
+    // hcov is back in GLOBAL RF\r
+    // cure once more\r
+    for (int ir=3;ir--;) for (int ic=3;ic--;) if (TMath::Abs(hcovscl[ir*3+ic])<kTiny) hcovscl[ir*3+ic] = 0.;\r
+    //    printf("\nErrMatGlob: after\n"); hcov.Print(""); //RRR\r
+    //\r
+    Float_t pcov[6];\r
+    pcov[0]=hcovscl[0];\r
+    pcov[1]=hcovscl[1];\r
+    pcov[2]=hcovscl[2];\r
+    pcov[3]=hcovscl[4];\r
+    pcov[4]=hcovscl[5];\r
+    pcov[5]=hcovscl[8];\r
+\r
+    p.SetXYZ(pg[0],pg[1],pg[2],pcov);\r
+    //    printf("New Gl coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pg[0],pg[1],pg[2]);\r
+    AliDebug(3,Form("New global coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pg[0],pg[1],pg[2]));\r
+    atps->AddPoint(npto,&p);\r
+    AliDebug(2,Form("Adding point[%d] = ( %f , %f , %f )     volid = %d",npto,atps->GetX()[npto],\r
+                   atps->GetY()[npto],atps->GetZ()[npto],atps->GetVolumeID()[npto] ));\r
+    //    printf("Adding %d %d %f\n",npto, p.GetVolumeID(), p.GetY()); \r
+    npto++;\r
+  }\r
+\r
+  return atps;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+AliTrackPointArray *AliITSAlignMille2::SortTrack(const AliTrackPointArray *atp) \r
+{\r
+  /// sort alitrackpoints w.r.t. global Y direction\r
+  AliTrackPointArray *atps=NULL;\r
+  Int_t idx[20];\r
+  Int_t npts=atp->GetNPoints();\r
+  AliTrackPoint p;\r
+  atps=new AliTrackPointArray(npts);\r
+\r
+  TMath::Sort(npts,atp->GetY(),idx);\r
+\r
+  for (int i=0; i<npts; i++) {\r
+    atp->GetPoint(p,idx[i]);\r
+    atps->AddPoint(i,&p);\r
+    AliDebug(2,Form("Point[%d] = ( %f , %f , %f )     volid = %d",i,atps->GetX()[i],atps->GetY()[i],atps->GetZ()[i],atps->GetVolumeID()[i] ));\r
+  }\r
+  return atps;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::GetCurrentLayer() const \r
+{\r
+  // get current layer id\r
+  if (!fGeoManager) {\r
+    AliInfo("ITS geometry not initialized!");\r
+    return -1;\r
+  }\r
+  return (Int_t)AliGeomManager::VolUIDToLayer(fCluster.GetVolumeID());\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::InitModuleParams() \r
+{\r
+  /// initialize geometry parameters for a given detector\r
+  /// for current cluster (fCluster)\r
+  /// fGlobalInitParam[] is set as:\r
+  ///    [tx,ty,tz,psi,theta,phi]\r
+  ///    (old was [tx,ty,tz,theta,psi,phi] ROOT's angles...)\r
+  /// *** At the moment: using Raffalele's angles definition ***\r
+  ///\r
+  /// return 0 if success\r
+  /// If module is found but has no parameters to vary, return 1\r
+\r
+  if (!fGeoManager) {\r
+    AliInfo("ITS geometry not initialized!");\r
+    return -1;\r
+  }\r
+\r
+  // now 'voluid' is the volumeID of a SENSITIVE VOLUME (coming from a cluster)\r
+\r
+  // set the internal index (index in module list)\r
+  UShort_t voluid=fCluster.GetVolumeID();\r
+  //\r
+  // IT IS VERY IMPORTANT: start from the end of the list, where the childs are located !!!\r
+  Int_t k=fNModules-1;\r
+  fCurrentModule = 0;\r
+  // VERY IMPORTANT: if the sensors were explicitly provided, don't look in the supermodules  \r
+  while (k>=0 && ! (fCurrentModule=GetMilleModule(k))->IsIn(voluid)) k--;\r
+  if (k<0) return -3;\r
+  //\r
+  /*\r
+  // Check if the module has free params. If not, go over the parents\r
+  AliITSAlignMille2Module* mdtmp = fCurrentModule;\r
+  while (mdtmp && mdtmp->GetNParFree()==0) mdtmp = mdtmp->GetParent();\r
+  if (!mdtmp) return 1; // nothing to vary here\r
+  fCurrentModule = mdtmp;\r
+  */\r
+  //\r
+  fModuleInitParam[0] = 0.0;\r
+  fModuleInitParam[1] = 0.0;\r
+  fModuleInitParam[2] = 0.0;\r
+  fModuleInitParam[3] = 0.0; // psi   (X)\r
+  fModuleInitParam[4] = 0.0; // theta (Y)\r
+  fModuleInitParam[5] = 0.0; // phi   (Z)\r
+  fModuleInitParam[6] = 0.0;\r
+  fModuleInitParam[7] = 0.0;\r
+  /// get (evenctually prealigned) matrix of sens. vol.\r
+  TGeoHMatrix *svMatrix = fCurrentModule->GetSensitiveVolumeMatrix(voluid);\r
+  \r
+  fMeasGlo[0] = fCluster.GetX();\r
+  fMeasGlo[1] = fCluster.GetY();\r
+  fMeasGlo[2] = fCluster.GetZ(); \r
+  svMatrix->MasterToLocal(fMeasGlo,fMeasLoc);  \r
+  AliDebug(2,Form("Local coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",fMeasLoc[0] ,fMeasLoc[1] ,fMeasLoc[2] ));\r
+  \r
+  // set stdev from cluster\r
+  TGeoHMatrix hcov;\r
+  Double_t hcovel[9];\r
+  hcovel[0]=double(fCluster.GetCov()[0]);\r
+  hcovel[1]=double(fCluster.GetCov()[1]);\r
+  hcovel[2]=double(fCluster.GetCov()[2]);\r
+  hcovel[3]=double(fCluster.GetCov()[1]);\r
+  hcovel[4]=double(fCluster.GetCov()[3]);\r
+  hcovel[5]=double(fCluster.GetCov()[4]);\r
+  hcovel[6]=double(fCluster.GetCov()[2]);\r
+  hcovel[7]=double(fCluster.GetCov()[4]);\r
+  hcovel[8]=double(fCluster.GetCov()[5]);\r
+  hcov.SetRotation(hcovel);\r
+  // now rotate in local system\r
+  hcov.Multiply(svMatrix);\r
+  hcov.MultiplyLeft(&svMatrix->Inverse());\r
+  //\r
+  // set local sigmas\r
+  fSigmaLoc[0] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(hcov.GetRotationMatrix()[0]));\r
+  fSigmaLoc[1] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(hcov.GetRotationMatrix()[4])); // RS\r
+  fSigmaLoc[2] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(hcov.GetRotationMatrix()[8]));\r
+\r
+  // set minimum value for SigmaLoc to 10 micron \r
+  if (fSigmaLoc[0]<0.0010) fSigmaLoc[0]=0.0010;\r
+  if (fSigmaLoc[2]<0.0010) fSigmaLoc[2]=0.0010;\r
+  //\r
+  /* RRR the rescaling is moved to PrepareTrack\r
+  // multiply local sigmas by global and module specific factor \r
+  for (int i=3;i--;) fSigmaLoc[i] *= fSigmaFactor[i]*fCurrentModule->GetSigmaFactor(i);\r
+  //\r
+  */\r
+  AliDebug(2,Form("Setting StDev from CovMat : fSigmaLocX=%g  fSigmaLocY=%g fSigmaLocZ=%g \n",fSigmaLoc[0] ,fSigmaLoc[1] ,fSigmaLoc[2] ));\r
+   \r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::Print(Option_t*) const \r
+{\r
+  // print current status \r
+  printf("*** AliMillepede for ITS ***\n");\r
+  printf("    Number of defined super modules: %d\n",fNModules);\r
+  printf("    Obtained parameters refer to %s Deltas\n",fUseGlobalDelta ? "GLOBAL":"LOCAL");\r
+  //\r
+  if (fGeoManager)\r
+    printf("    geometry loaded from %s\n",fGeometryFileName.Data());\r
+  else\r
+    printf("    geometry not loaded\n");\r
+  //  \r
+  if (fUsePreAlignment) \r
+    printf("    using prealignment from %s \n",fPreAlignmentFileName.Data());\r
+  else\r
+    printf("    prealignment not used\n");    \r
+  //\r
+  //\r
+  if (fBOn) \r
+    printf("    B Field set to %f T - using Riemann's helices\n",fBField);\r
+  else\r
+    printf("    B Field OFF - using straight lines \n");\r
+  //\r
+  if (fRequirePoints) printf("    Required points in tracks:\n");\r
+  for (Int_t i=0; i<6; i++) {\r
+    if (fNReqLayUp[i]>0) printf("        Layer %d : %d points with Y>0\n",i+1,fNReqLayUp[i]);\r
+    if (fNReqLayDown[i]>0) printf("        Layer %d : %d points with Y<0\n",i+1,fNReqLayDown[i]);\r
+    if (fNReqLay[i]>0) printf("        Layer %d : %d points \n",i+1,fNReqLay[i]);\r
+  }\r
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) {\r
+    if (fNReqDetUp[i]>0) printf("        Detector %d : %d points with Y>0\n",i+1,fNReqDetUp[i]);\r
+    if (fNReqDetDown[i]>0) printf("        Detector %d : %d points with Y<0\n",i+1,fNReqDetDown[i]);\r
+    if (fNReqDet[i]>0) printf("        Detector %d : %d points \n",i+1,fNReqDet[i]);\r
+  }\r
+  //  \r
+  printf("\n    Millepede configuration parameters:\n");\r
+  printf("        init value for chi2 cut       : %.4f\n",fStartFac);\r
+  printf("        first iteration cut value     : %.4f\n",fResCutInitial);\r
+  printf("        other iterations cut value    : %.4f\n",fResCut);\r
+  printf("        number of stddev for chi2 cut : %d\n",fNStdDev);\r
+  printf("        def.scaling for local sigmas  : %.4f %.4f %.4f\n",fSigmaFactor[0],fSigmaFactor[1],fSigmaFactor[2]);\r
+\r
+  printf("List of defined modules:\n");\r
+  printf("  intidx\tindex\tvoluid\tname\n");\r
+  for (int i=0; i<fNModules; i++) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* md = GetMilleModule(i); \r
+    printf("  %d\t%d\t%d\t%s\n",i,md->GetIndex(),md->GetVolumeID(),md->GetName());\r
+  }\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+AliITSAlignMille2Module  *AliITSAlignMille2::GetMilleModuleByVID(UShort_t voluid) const\r
+{\r
+  // return pointer to a defined supermodule\r
+  // return NULL if error\r
+  Int_t i=IsVIDDefined(voluid);\r
+  if (i<0) return NULL;\r
+  return GetMilleModule(i);\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+AliITSAlignMille2Module  *AliITSAlignMille2::GetMilleModuleBySymName(const Char_t* symname) const\r
+{\r
+  // return pointer to a defined supermodule\r
+  // return NULL if error\r
+  UShort_t vid = AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromSymname(symname);\r
+  if (vid>0) return GetMilleModuleByVID(vid);\r
+  else {    // this is not alignable module, need to look within defined supermodules\r
+    int i = IsSymDefined(symname);\r
+    if (i>=0) return  GetMilleModule(i);\r
+  }\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+AliITSAlignMille2Module  *AliITSAlignMille2::GetMilleModuleIfContained(const Char_t* symname) const\r
+{\r
+  // return pointer to a defined/contained supermodule\r
+  // return NULL otherwise\r
+  int i = IsSymContained(symname);\r
+  return i<0 ? 0 : GetMilleModule(i);\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+AliAlignObjParams* AliITSAlignMille2::GetPrealignedObject(const Char_t* symname) const\r
+{\r
+  // get delta from prealignment for given volume\r
+  if (!fPrealignment) return 0;\r
+  for (int ipre=fPrealignment->GetEntriesFast();ipre--;) { // was the corresponding object prealigned?\r
+    AliAlignObjParams* preob = (AliAlignObjParams*)fPrealignment->At(ipre);\r
+    if (!strcmp(preob->GetSymName(),symname)) return preob;\r
+  }\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+AliAlignObjParams* AliITSAlignMille2::GetConstrRefObject(const Char_t* symname) const\r
+{\r
+  // get delta with respect to which the constraint is declared\r
+  if (!fConstrRef) return 0;\r
+  for (int ipre=fConstrRef->GetEntriesFast();ipre--;) { // was the corresponding object prealigned?\r
+    AliAlignObjParams* preob = (AliAlignObjParams*)fConstrRef->At(ipre);\r
+    if (!strcmp(preob->GetSymName(),symname)) return preob;\r
+  }\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Bool_t AliITSAlignMille2::InitRiemanFit() \r
+{\r
+  // Initialize Riemann Fitter for current track\r
+  // return kFALSE if error\r
+\r
+  if (!fBOn) return kFALSE;\r
+\r
+  Int_t npts=0;\r
+  AliTrackPoint ap;\r
+  npts = fTrack->GetNPoints();\r
+  AliDebug(3,Form("Fitting track with %d points",npts));\r
+\r
+  fRieman->Reset();\r
+  fRieman->SetTrackPointArray(fTrack);\r
+\r
+  TArrayI ai(npts);\r
+  for (Int_t ipt=0; ipt<npts; ipt++) ai[ipt]=fTrack->GetVolumeID()[ipt];\r
+  \r
+  // fit track with 5 params in his own tracking-rotated reference system\r
+  // xc = -p[1]/p[0];\r
+  // yc = 1/p[0];\r
+  // R  = sqrt( x0*x0 + y0*y0 - y0*p[2]);\r
+  if (!fRieman->Fit(&ai,NULL,(AliGeomManager::ELayerID)1,(AliGeomManager::ELayerID)6)) {\r
+    return kFALSE;\r
+  }\r
+\r
+  for (int i=0; i<5; i++)\r
+    fLocalInitParam[i] = fRieman->GetParam()[i];\r
+  \r
+  return kTRUE;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void trackFit2D(Int_t &, Double_t *, double &chi2, double *par, int flag)\r
+{\r
+  // local function for minuit\r
+  const double kTiny = 1.e-14;\r
+  chi2 = 0;\r
+  static AliTrackPoint pnt;\r
+  static Bool_t fullErr2D;\r
+  //\r
+  if (flag==1) fullErr2D = kFALSE;//kTRUE;\r
+  enum {kAX,kAZ,kBX,kBZ};\r
+  enum {kXX=0,kXY=1,kXZ=2,kYX=kXY,kYY=3,kYZ=4,kZX=kXZ,kZY=kYZ,kZZ=5};\r
+  //\r
+  AliITSAlignMille2* alig = AliITSAlignMille2::GetInstance();\r
+  AliTrackPointArray* track = alig->GetCurrentTrack();\r
+  //\r
+  int npts = track->GetNPoints();\r
+  for (int ip=0;ip<npts;ip++) {\r
+    track->GetPoint(pnt,ip);\r
+    const float *cov = pnt.GetCov();\r
+    double y  = pnt.GetY();\r
+    double dx = pnt.GetX() - (par[kAX]+y*par[kBX]);\r
+    double dz = pnt.GetZ() - (par[kAZ]+y*par[kBZ]);\r
+    double xxe = cov[kXX];\r
+    double zze = cov[kZZ];\r
+    double xze = cov[kXZ];\r
+    //\r
+    if (fullErr2D) {\r
+      xxe += par[kBX]*par[kBX]*cov[kYY]-2.*par[kBX]*cov[kXY];\r
+      zze += par[kBZ]*par[kBZ]*cov[kYY]-2.*par[kBZ]*cov[kZY];\r
+      xze += par[kBX]*par[kBZ]*cov[kYY]-cov[kYZ]*par[kBZ]-cov[kXY]*par[kBX];\r
+    }\r
+    //\r
+    double det = xxe*zze - xze*xze;\r
+    if (det<kTiny) {\r
+      printf("Negative diag. error (det=%+e) |sxx:%+e szz:%+e sxz:%+e| bx:%+e bz:%+e|\n"\r
+            "Discarding correlation term\n",det,xxe,zze,xze,par[kBX],par[kBZ]);\r
+      xxe = cov[kXX];\r
+      zze = cov[kZZ];\r
+      xze = cov[kXZ];\r
+      fullErr2D = kFALSE;\r
+    }\r
+    double xxeI = zze/det;\r
+    double zzeI = xxe/det;\r
+    double xzeI =-xze/det;\r
+    //\r
+    chi2 += dx*dx*xxeI + dz*dz*zzeI + 2.*dx*dz*xzeI;\r
+    // \r
+    //    printf("%d | %+e %+e %+e %+e %+e -> %+e\n",ip,dx,dz,xxeI,zzeI,xzeI,  chi2);\r
+  }\r
+  //\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::InitTrackParams(int meth) \r
+{\r
+  /// initialize local parameters with different methods\r
+  /// for current track (fTrack)\r
+  Int_t npts=0;\r
+  AliTrackPoint ap;\r
+  double sX=0,sXY=0,sZ=0,sZY=0,sY=0,sYY=0,det=0;\r
+  // simple linear interpolation\r
+  // get local starting parameters (to be substituted by ESD track parms)\r
+  // local parms (fLocalInitParam[]) are:\r
+  //      [0] = global x coord. of straight line intersection at y=0 plane\r
+  //      [1] = global z coord. of straight line intersection at y=0 plane\r
+  //      [2] = px/py  \r
+  //      [3] = pz/py\r
+  // test #1: linear fit in x(y) and z(y)\r
+  npts = fTrack->GetNPoints();\r
+  AliDebug(3,Form("*** initializing track with %d points ***",npts));\r
+  for (int i=npts;i--;) {\r
+    sY  += fTrack->GetY()[i];\r
+    sYY += fTrack->GetY()[i]*fTrack->GetY()[i];\r
+    sX  += fTrack->GetX()[i];\r
+    sXY += fTrack->GetX()[i]*fTrack->GetY()[i];\r
+    sZ  += fTrack->GetZ()[i];\r
+    sZY += fTrack->GetZ()[i]*fTrack->GetY()[i];\r
+  }\r
+  det = sYY*npts-sY*sY;\r
+  if (det==0) det = 1E-20;\r
+  fLocalInitParam[0] = (sX*sYY-sY*sXY)/det;\r
+  fLocalInitParam[2] = (sXY*npts-sY*sX)/det;\r
+  //\r
+  fLocalInitParam[1] = (sZ*sYY-sY*sZY)/det;\r
+  fLocalInitParam[3] = (sZY*npts-sY*sZ)/det;\r
+  // pepo200709\r
+  fLocalInitParam[4] = 0.0;\r
+  // endpepo200709\r
+\r
+  AliDebug(2,Form("X = p0gx + ugx*Y : p0gx = %f    ugx = %f\n",fLocalInitParam[0],fLocalInitParam[2]));\r
+  //\r
+  if (meth==1) return;\r
+  //\r
+  // perform full fit accounting for cov.matrix\r
+  static TVirtualFitter *minuit = 0;\r
+  static Double_t step[5]   = {1E-3,1E-3,1E-4,1E-4,1E-5};\r
+  static Double_t arglist[10];\r
+  //\r
+  if (!minuit) {\r
+    minuit = TVirtualFitter::Fitter(0,4);\r
+    minuit->SetFCN(trackFit2D);\r
+    arglist[0] = 1;\r
+    minuit->ExecuteCommand("SET ERR",arglist, 1);\r
+    //\r
+    arglist[0] = -1;\r
+    minuit->ExecuteCommand("SET PRINT",arglist,1);\r
+    //\r
+  }\r
+  //\r
+  minuit->SetParameter(0, "ax",   fLocalInitParam[0], step[0], 0,0);\r
+  minuit->SetParameter(1, "az",   fLocalInitParam[1], step[1], 0,0);\r
+  minuit->SetParameter(2, "bx",   fLocalInitParam[2], step[2], 0,0);\r
+  minuit->SetParameter(3, "bz",   fLocalInitParam[3], step[3], 0,0);\r
+  //\r
+  arglist[0] = 1000; // number of function calls \r
+  arglist[1] = 0.001; // tolerance \r
+  minuit->ExecuteCommand("MIGRAD",arglist,2);\r
+  //\r
+  for (int i=0;i<4;i++) fLocalInitParam[i] = minuit->GetParameter(i);\r
+  for (int i=0;i<4;i++) for (int j=0;j<4;j++) fLocalInitParEr[i][j] = minuit->GetCovarianceMatrixElement(i,j);\r
+  //\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::IsSymDefined(const Char_t* symname) const\r
+{\r
+  // checks if supermodule with this symname is defined and return the internal index\r
+  // return -1 if not.\r
+  for (int k=fNModules;k--;) if (!strcmp(symname,GetMilleModule(k)->GetName())) return k;\r
+  return -1; \r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::IsSymContained(const Char_t* symname) const\r
+{\r
+  // checks if module with this symname is defined and return the internal index\r
+  // return -1 if not.\r
+  UShort_t vid = AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromSymname(symname);\r
+  if (vid>0) return IsVIDContained(vid);\r
+  // only sensors have real vid, but maybe we have a supermodule with fake vid? \r
+  // IMPORTANT: always start from the end to start from the sensors\r
+  return IsSymDefined(symname);\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::IsVIDDefined(UShort_t voluid) const\r
+{\r
+  // checks if supermodule 'voluid' is defined and return the internal index\r
+  // return -1 if not.\r
+  for (int k=fNModules;k--;) if (voluid==GetMilleModule(k)->GetVolumeID()) return k;\r
+  return -1; \r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::IsVIDContained(UShort_t voluid) const\r
+{\r
+  // checks if the sensitive module 'voluid' is contained inside a supermodule \r
+  // and return the internal index of the last identified supermodule\r
+  // return -1 if error\r
+  // IMPORTANT: always start from the end to start from the sensors\r
+  if (AliITSAlignMille2Module::GetIndexFromVolumeID(voluid)<0) return -1;\r
+  for (int k=fNModules;k--;) if (GetMilleModule(k)->IsIn(voluid)) return k;\r
+  return -1; \r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::CheckCurrentTrack() \r
+{\r
+  /// checks if AliTrackPoints belongs to defined modules\r
+  /// return number of good poins\r
+  /// return 0 if not enough points\r
+\r
+  Int_t npts = fTrack->GetNPoints();\r
+  Int_t ngoodpts=0;\r
+  // debug points\r
+  for (int j=0; j<npts; j++) if (IsVIDContained(fTrack->GetVolumeID()[j])>=0) ngoodpts++;\r
+  //\r
+  if (ngoodpts<fMinNPtsPerTrack) return 0;\r
+\r
+  return ngoodpts;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::ProcessTrack(const AliTrackPointArray *track) \r
+{\r
+  /// Process track; Loop over hits and set local equations\r
+  /// here 'track' is a AliTrackPointArray\r
+  /// return 0 if success;\r
+  \r
+  if (!fIsMilleInit) Init();\r
+  //\r
+  Int_t npts = track->GetNPoints();\r
+  AliDebug(2,Form("*** Input track with %d points ***",npts));\r
+\r
+  // preprocessing of the input track: keep only points in defined volumes,\r
+  // move points if prealignment is set, sort by Yglo if required\r
+  \r
+  fTrack=PrepareTrack(track);\r
+  if (!fTrack) return -1;\r
+\r
+  npts = fTrack->GetNPoints();\r
+  if (npts>kMaxPoints) {\r
+    AliError(Form("Compiled with kMaxPoints=%d, current track has %d points",kMaxPoints,npts));\r
+  }\r
+  AliDebug(2,Form("*** Processing prepared track with %d points ***",npts));\r
+  \r
+  if (!fBOn) { // straight lines  \r
+    // set local starting parameters (to be substituted by ESD track parms)\r
+    // local parms (fLocalInitParam[]) are:\r
+    //      [0] = global x coord. of straight line intersection at y=0 plane\r
+    //      [1] = global z coord. of straight line intersection at y=0 plane\r
+    //      [2] = px/py  \r
+    //      [3] = pz/py\r
+    InitTrackParams(fInitTrackParamsMeth);  \r
+  } \r
+  else {\r
+    // local parms (fLocalInitParam[]) are the Riemann Fitter params\r
+    if (!InitRiemanFit()) {\r
+      AliInfo("Riemann fit failed! skipping this track...");\r
+      fTrack=NULL;\r
+      return -5;\r
+    }\r
+  }\r
+  \r
+  Int_t nloceq=0;\r
+  Int_t ngloeq=0;\r
+  static Mille2Data md[kMaxPoints];\r
+  //\r
+  for (Int_t ipt=0; ipt<npts; ipt++) {\r
+    fTrack->GetPoint(fCluster,ipt);\r
+    fCluster.SetUniqueID(ipt);\r
+    AliDebug(2,Form("\n--- processing point %d --- \n",ipt));    \r
+\r
+    // set geometry parameters for the the current module\r
+    if (InitModuleParams()) continue;\r
+    AliDebug(2,Form("    VolID=%d  Index=%d  InternalIdx=%d  symname=%s\n", \r
+                   track->GetVolumeID()[ipt], fCurrentModule->GetIndex(),\r
+                   fCurrentModule->GetUniqueID(), AliGeomManager::SymName(track->GetVolumeID()[ipt]) ));\r
+    AliDebug(2,Form("    Preprocessed Point = ( %f , %f , %f ) \n",fCluster.GetX(),fCluster.GetY(),fCluster.GetZ()));\r
+    int res = AddLocalEquation(md[nloceq]);\r
+    if (res<0) {fTotBadLocEqPoints++; nloceq = 0; break;}\r
+    else if (res==0) nloceq++;\r
+    else {nloceq++; ngloeq++;}\r
+  } // end loop over points\r
+  //\r
+  fTrack=NULL;\r
+  // not enough good points?\r
+  if (nloceq<fMinNPtsPerTrack || ngloeq<1) return -1;\r
+  //\r
+  // finally send local equations to millepede\r
+  SetLocalEquations(md,nloceq);\r
+  fMillepede->SaveRecordData(); // RRR\r
+  //\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::CalcIntersectionPoint(Double_t *lpar, Double_t *gpar) \r
+{\r
+  /// calculate track intersection point in local coordinates\r
+  /// according with a given set of parameters (local(4) and global(6))\r
+  /// and fill fPintLoc/Glo\r
+  ///    local are:   pgx0, pgz0, ugx, ugz   OR   riemann fitters pars\r
+  ///    global are:  tx,ty,tz,psi,theta,phi (Raff's delta angles in deg.)\r
+  /// return 0 if success\r
+  \r
+  AliDebug(3,Form("lpar = %g %g %g %g %g\ngpar= %g %g %g %g %g %g\n",lpar[0],lpar[1],lpar[2],lpar[3],lpar[4],gpar[0],gpar[1],gpar[2],gpar[3],gpar[4],gpar[5]));\r
+  AliDebug(3,Form("deltalpar = %g %g %g %g %g\n",lpar[0]-fLocalInitParam[0],lpar[1]-fLocalInitParam[1],lpar[2]-fLocalInitParam[2],lpar[3]-fLocalInitParam[3],lpar[4]-fLocalInitParam[4]));\r
+\r
+  \r
+  // prepare the TGeoHMatrix\r
+  TGeoHMatrix *tempHMat = fCurrentModule->GetSensitiveVolumeModifiedMatrix(fCluster.GetVolumeID(),gpar,\r
+                                                                          !fUseGlobalDelta);\r
+  if (!tempHMat) return -1;\r
+  \r
+  Double_t v0g[3]; // vector with straight line direction in global coord.\r
+  Double_t p0g[3]; // point of the straight line (glo)\r
+  \r
+  if (fBOn) { // B FIELD!\r
+    AliTrackPoint prf; \r
+    for (int ip=0; ip<5; ip++)\r
+      fRieman->SetParam(ip,lpar[ip]);\r
+\r
+    if (!fRieman->GetPCA(fCluster,prf))  {\r
+      AliInfo(Form("error in GetPCA for point %d",fCluster.GetVolumeID()));\r
+      return -3;\r
+    }\r
+    // now determine straight line passing tangent to fit curve at prf\r
+    // ugx = dX/dY_glo = DeltaX/DeltaY_glo\r
+    // mo' P1=(X,Y,Z)_glo_prf\r
+    //       => (x,y,Z)_trk_prf ruotando di alpha...\r
+    Double_t alpha=fRieman->GetAlpha();\r
+    Double_t x1g = prf.GetX();\r
+    Double_t y1g = prf.GetY();\r
+    Double_t z1g = prf.GetZ();\r
+    Double_t x1t =  x1g*TMath::Cos(alpha) + y1g*TMath::Sin(alpha);\r
+    Double_t y1t = -x1g*TMath::Sin(alpha) + y1g*TMath::Cos(alpha);\r
+    Double_t z1t =  z1g;    \r
+\r
+    Double_t x2t = x1t+1.0;\r
+    Double_t y2t = y1t+fRieman->GetDYat(x1t);\r
+    Double_t z2t = z1t+fRieman->GetDZat(x1t);\r
+    Double_t x2g =  x2t*TMath::Cos(alpha) - y2t*TMath::Sin(alpha);\r
+    Double_t y2g =  x2t*TMath::Sin(alpha) + y2t*TMath::Cos(alpha);\r
+    Double_t z2g =  z2t;  \r
+\r
+    AliDebug(3,Form("Riemann frame:  fAlpha = %f  =  %f  ",alpha,alpha*180./TMath::Pi()));\r
+    AliDebug(3,Form("   prf_glo=( %f , %f , %f )  prf_rf=( %f , %f , %f )\n", x1g,y1g,z1g, x1t,y1t,z1t));\r
+    AliDebug(3,Form("   mov_glo=( %f , %f , %f )      rf=( %f , %f , %f )\n",x2g,y2g,z2g, x2t,y2t,z2t));\r
+        \r
+    if (TMath::Abs(y2g-y1g)<1e-15) {\r
+      AliInfo("DeltaY=0! Cannot proceed...");\r
+      return -1;\r
+    }\r
+    // ugx,1,ugz\r
+    v0g[0] = (x2g-x1g)/(y2g-y1g);\r
+    v0g[1]=1.0;\r
+    v0g[2] = (z2g-z1g)/(y2g-y1g);\r
+    \r
+    // point: just keep prf\r
+    p0g[0]=x1g;\r
+    p0g[1]=y1g;\r
+    p0g[2]=z1g;\r
+  }  \r
+  else { // staight line\r
+    // vector of initial straight line direction in glob. coord\r
+    v0g[0]=lpar[2];\r
+    v0g[1]=1.0;\r
+    v0g[2]=lpar[3];\r
+    \r
+    // intercept in yg=0 plane in glob coord\r
+    p0g[0]=lpar[0];\r
+    p0g[1]=0.0;\r
+    p0g[2]=lpar[1];\r
+  }\r
+  AliDebug(3,Form("Line vector: ( %f , %f , %f )  point:( %f , %f , %f )\n",v0g[0],v0g[1],v0g[2],p0g[0],p0g[1],p0g[2]));\r
+  \r
+  // same in local coord.\r
+  Double_t p0l[3],v0l[3];\r
+  tempHMat->MasterToLocalVect(v0g,v0l);\r
+  tempHMat->MasterToLocal(p0g,p0l);\r
+  \r
+  if (TMath::Abs(v0l[1])<1e-15) {\r
+    AliInfo("Track Y direction in local frame is zero! Cannot proceed...");\r
+    return -1;\r
+  }\r
+  \r
+  // local intersection point\r
+  fPintLoc[0] = p0l[0] - (v0l[0]/v0l[1])*p0l[1];\r
+  fPintLoc[1] = 0;\r
+  fPintLoc[2] = p0l[2] - (v0l[2]/v0l[1])*p0l[1];\r
+  \r
+  // global intersection point\r
+  tempHMat->LocalToMaster(fPintLoc,fPintGlo);\r
+  AliDebug(3,Form("Intesect. point: L( %f , %f , %f )  G( %f , %f , %f )\n",fPintLoc[0],fPintLoc[1],fPintLoc[2],fPintGlo[0],fPintGlo[1],fPintGlo[2]));\r
+  \r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::CalcDerivatives(Int_t paridx, Bool_t islpar) \r
+{\r
+  /// calculate numerically (ROOT's style) the derivatives for\r
+  /// local X intersection  and local Z intersection\r
+  /// parlist: local  (islpar=kTRUE)  pgx0, pgz0, ugx0, ugz0  OR riemann's params\r
+  ///          global (islpar=kFALSE) tx, ty, tz, psi, theta, phi (Raf's angles in deg)\r
+  /// return 0 if success\r
+  \r
+  // copy initial parameters\r
+  Double_t lpar[kNLocal];\r
+  Double_t gpar[kNParCh];\r
+  Double_t *derivative;\r
+  for (Int_t i=0; i<kNLocal; i++) lpar[i]=fLocalInitParam[i];\r
+  for (Int_t i=0; i<kNParCh; i++) gpar[i]=fModuleInitParam[i];\r
+\r
+  // trial with fixed dpar...\r
+  Double_t dpar = 0.;\r
+\r
+  if (islpar) { // track parameters\r
+    //dpar=fLocalInitParam[paridx]*0.001;\r
+    // set minimum dpar\r
+    derivative = fDerivativeLoc[paridx];\r
+    if (!fBOn) {\r
+      if (paridx<3) dpar=1.0e-4; // translations\r
+      else dpar=1.0e-6; // direction\r
+    }\r
+    else { // B Field\r
+      // pepo: proviamo con 1/1000, poi evenctually 1/100...\r
+      Double_t dfrac=0.01;\r
+      switch(paridx) {\r
+      case 0:\r
+       // RMS cosmics: 1e-4\r
+       dpar = TMath::Max(1.0e-6,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac)); \r
+       break;\r
+      case 1: \r
+       // RMS cosmics: 0.2\r
+       dpar = TMath::Max(0.002,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac)); \r
+       break;\r
+      case 2: \r
+       // RMS cosmics: 9\r
+       dpar = TMath::Max(0.09,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac)); \r
+       break;\r
+      case 3: \r
+       // RMS cosmics: 7\r
+       dpar = TMath::Max(0.07,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac)); \r
+       break;\r
+      case 4: \r
+       // RMS cosmics: 0.3\r
+       dpar = TMath::Max(0.003,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac)); \r
+       break;\r
+      }\r
+    }\r
+  }\r
+  else { // alignment global parameters\r
+    derivative = fDerivativeGlo[paridx];\r
+    //dpar=fModuleInitParam[paridx]*0.001;\r
+    if (paridx<3) dpar=1.0e-4; // translations\r
+    else dpar=1.0e-2; // angles    \r
+  }\r
+\r
+  AliDebug(3,Form("+++ using dpar=%g",dpar));\r
+  \r
+  // calculate derivative ROOT's like:\r
+  //  using f(x+h),f(x-h),f(x+h/2),f(x-h2)...\r
+  Double_t pintl1[3]; // f(x-h)\r
+  Double_t pintl2[3]; // f(x-h/2)\r
+  Double_t pintl3[3]; // f(x+h/2)\r
+  Double_t pintl4[3]; // f(x+h)\r
+    \r
+  // first values\r
+  if (islpar) lpar[paridx] -= dpar;\r
+  else gpar[paridx] -= dpar;\r
+  if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;\r
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl1[i]=fPintLoc[i];\r
+\r
+  // second values\r
+  if (islpar) lpar[paridx] += dpar/2;\r
+  else gpar[paridx] += dpar/2;\r
+  if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;\r
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl2[i]=fPintLoc[i];\r
+\r
+  // third values\r
+  if (islpar) lpar[paridx] += dpar;\r
+  else gpar[paridx] += dpar;\r
+  if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;\r
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl3[i]=fPintLoc[i];\r
+\r
+  // fourth values\r
+  if (islpar) lpar[paridx] += dpar/2;\r
+  else gpar[paridx] += dpar/2;\r
+  if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;\r
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl4[i]=fPintLoc[i];\r
+\r
+  Double_t h2 = 1./(2.*dpar);\r
+  Double_t d0 = pintl4[0]-pintl1[0];\r
+  Double_t d2 = 2.*(pintl3[0]-pintl2[0]);\r
+  derivative[0] = h2*(4*d2 - d0)/3.;\r
+  if (TMath::Abs(derivative[0]) < 1.0e-9) derivative[0] = 0.0;\r
+\r
+  d0 = pintl4[2]-pintl1[2];\r
+  d2 = 2.*(pintl3[2]-pintl2[2]);\r
+  derivative[2] = h2*(4*d2 - d0)/3.;\r
+  if (TMath::Abs(derivative[2]) < 1.0e-9) derivative[2]=0.0;\r
+\r
+  AliDebug(3,Form("\n+++ derivatives +++ \n"));\r
+  AliDebug(3,Form("+++ dXLoc/dpar = %g +++\n",derivative[0]));\r
+  AliDebug(3,Form("+++ dZLoc/dpar = %g +++\n\n",derivative[2]));\r
+  \r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::AddLocalEquation(Mille2Data &m) \r
+{\r
+  /// Define local equation for current cluster in X and Z coor.\r
+  /// and store them to memory\r
+  /// return -1 in case of failure to build some equation\r
+  ///         0 if no free global parameters were found but local eq is built\r
+  ///         1 if both local and global eqs are built\r
+  //\r
+  // store first intersection point\r
+  if (CalcIntersectionPoint(fLocalInitParam, fModuleInitParam)) return -1;  \r
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) fPintLoc0[i]=fPintLoc[i];\r
+  AliDebug(2,Form("Intesect. point: L( %f , %f , %f )",fPintLoc[0],fPintLoc[1],fPintLoc[2]));\r
+  \r
+  // calculate local derivatives numerically\r
+  Bool_t zeroX = kTRUE;\r
+  Bool_t zeroZ = kTRUE;\r
+  //\r
+  for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++) {\r
+    if (CalcDerivatives(i,kTRUE)) return -1;\r
+    m.fDerLocX[i] = fDerivativeLoc[i][0];\r
+    m.fDerLocZ[i] = fDerivativeLoc[i][2];\r
+    if (zeroX) zeroX = fDerivativeLoc[i][0]==0;\r
+    if (zeroZ) zeroZ = fDerivativeLoc[i][2]==0;\r
+  }\r
+  //  for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++) AliDebug(2,Form("Local parameter %d - dXdpar = %g  - dZdpar = %g\n",i,dXdL[i],dZdL[i]));\r
+  //\r
+  if (zeroX) {AliInfo("Skipping: zero local X derivatives!"); return -1;}\r
+  if (zeroZ) {AliInfo("Skipping: zero local Z derivatives!"); return -1;}\r
+  //\r
+  int ifill = 0;\r
+  //\r
+  AliITSAlignMille2Module* endModule = fCurrentModule;\r
+  //\r
+  zeroX = zeroZ = kTRUE;\r
+  Bool_t dfDone[kNParCh];\r
+  for (int i=kNParCh;i--;) dfDone[i] = kFALSE;\r
+  m.fNModFilled = 0;\r
+  // \r
+  // special block for SDD derivatives\r
+  Double_t jacobian[kNParChGeom];\r
+  Int_t nmodTested = 0;\r
+  //\r
+  do {\r
+    if (fCurrentModule->GetNParFree()==0) continue;\r
+    nmodTested++;\r
+    for (Int_t i=0; i<kNParChGeom; i++) {   // common for all sensors: derivatives over geom params \r
+      //\r
+      if (!fUseGlobalDelta) dfDone[i] = kFALSE; // for global deltas the derivatives at diff. levels are different\r
+      if (fCurrentModule->GetParOffset(i)<0) continue; // this parameter is not explicitly fitted\r
+      if (!dfDone[i]) { \r
+       if (CalcDerivatives(i,kFALSE)) return -1; \r
+       else {\r
+         dfDone[i] = kTRUE;\r
+         if (zeroX) zeroX = fDerivativeGlo[i][0]==0;\r
+         if (zeroZ) zeroZ = fDerivativeGlo[i][2]==0;\r
+       }\r
+      }\r
+      //\r
+      m.fDerGloX[ifill] = fDerivativeGlo[i][0];\r
+      m.fDerGloZ[ifill] = fDerivativeGlo[i][2];\r
+      m.fParMilleID[ifill++] = fCurrentModule->GetParOffset(i);\r
+    }\r
+    //\r
+    // specific for special sensors\r
+    if ( fCurrentModule->IsSDD() && \r
+        (fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFT0)>=0 ||\r
+         fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFDV)>=0) ) {\r
+      //\r
+      // assume for sensor local xloc = xloc0 + V0*dT0+dV*(T-T0)\r
+      // where V0 and T are the nominal drift velocity, time and time0\r
+      // and the dT0 and dV are the corrections:\r
+      // dX/dT0 = dX/dxloc * dxloc/dT0 = dX/dxloc * V0\r
+      // dX/dV  = dX/dxloc * dxloc/dV =  dX/dxloc * (T-T0)\r
+      // IMPORTANT: the geom derivatives are over the SENSOR LOCAL parameters\r
+      //\r
+      if (!dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0] || !dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV]) {\r
+       //\r
+       double dXdxlocsens=0., dZdxlocsens=0.;\r
+       //\r
+       // if the current module is the sensor itself and we work with local params, then \r
+       // we can directly take dX/dxloc_sens dZ/dxloc_sens\r
+       if (!fUseGlobalDelta && fCurrentModule->GetVolumeID()==fCluster.GetVolumeID()) {\r
+         if (dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFTX]) {\r
+           CalcDerivatives(AliITSAlignMille2Module::kDOFTX,kFALSE); \r
+           dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFTX] = kTRUE;\r
+         }\r
+         dXdxlocsens = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFTX][0];\r
+         dZdxlocsens = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFTX][2];\r
+       }\r
+       //\r
+       else { // need to perform some transformations\r
+         // fetch the jacobian of the transformation from the sensors local frame to the frame\r
+         // where the parameters are defined:\r
+         // Global: dX/dxloc_sens = dX/dxgl*dxgl/dxloc_sens + ...dX/dphigl*dphigl/dxloc_sens\r
+         if (fUseGlobalDelta) fCurrentModule->CalcDerivGloLoc(fCluster.GetVolumeID(),\r
+                                                              AliITSAlignMille2Module::kDOFTX, jacobian);\r
+         // Local:  dX/dxloc_sens = dX/dxcurr*dxcurr/dxloc_sens +..+dX/dphicurr * dphicurr/dxloc_sens \r
+         else                 fCurrentModule->CalcDerivCurLoc(fCluster.GetVolumeID(),\r
+                                                              AliITSAlignMille2Module::kDOFTX, jacobian);\r
+         //\r
+         for (int j=0;j<kNParChGeom;j++) {\r
+           // need global derivative even if the j-th param is locked\r
+           if (!dfDone[j]) {CalcDerivatives(j,kFALSE); dfDone[j] = kTRUE;}\r
+           dXdxlocsens += fDerivativeGlo[j][0] * jacobian[j];\r
+           dZdxlocsens += fDerivativeGlo[j][2] * jacobian[j];\r
+         }\r
+       }\r
+       //\r
+       if (zeroX) zeroX = dXdxlocsens == 0;\r
+       if (zeroZ) zeroZ = dZdxlocsens == 0;\r
+       //\r
+       double vdrift = GetVDriftSDD();\r
+       double tdrift = GetTDriftSDD();\r
+       //\r
+       fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0][0] = dXdxlocsens*vdrift;\r
+       fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0][2] = dZdxlocsens*vdrift;\r
+       dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0] = kTRUE;\r
+       //\r
+       fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV][0] = -dXdxlocsens*TMath::Sign(tdrift,vdrift);\r
+       fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV][2] = -dZdxlocsens*TMath::Sign(tdrift,vdrift);\r
+       dfDone[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV] = kTRUE;\r
+       //\r
+      }\r
+      //\r
+      if (fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFT0)>=0) {\r
+       m.fDerGloX[ifill] = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0][0];\r
+       m.fDerGloZ[ifill] = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFT0][2];\r
+       m.fParMilleID[ifill++] = fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFT0);      \r
+      }\r
+      //\r
+      if (fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFDV)>=0) {\r
+       m.fDerGloX[ifill] = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV][0];\r
+       m.fDerGloZ[ifill] = fDerivativeGlo[AliITSAlignMille2Module::kDOFDV][2];\r
+       m.fParMilleID[ifill++] = fCurrentModule->GetParOffset(AliITSAlignMille2Module::kDOFDV);      \r
+      }\r
+    }\r
+    //\r
+    m.fModuleID[m.fNModFilled++] = fCurrentModule->GetUniqueID();\r
+  } while( (fCurrentModule=fCurrentModule->GetParent()) );\r
+  //\r
+  if (nmodTested>0 && zeroX) {AliInfo("Skipping: zero global X derivatives!");return -1;}\r
+  if (nmodTested>0 && zeroZ) {AliInfo("Skipping: zero global Z derivatives!");return -1;}\r
+  //\r
+  // ok, can copy to m\r
+  AliDebug(2,Form("Adding local equation X with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",(fMeasLoc[0]-fPintLoc0[0]), fSigmaLoc[0]));\r
+  m.fMeasX = fMeasLoc[0]-fPintLoc0[0];\r
+  m.fSigmaX = fSigmaLoc[0];\r
+  //\r
+  AliDebug(2,Form("Adding local equation Z with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",(fMeasLoc[2]-fPintLoc0[2]), fSigmaLoc[2]));\r
+  m.fMeasZ = fMeasLoc[2]-fPintLoc0[2];\r
+  m.fSigmaZ = fSigmaLoc[2];\r
+  //\r
+  m.fNGlobFilled = ifill;\r
+  fCurrentModule = endModule;\r
+  //\r
+  return Int_t(!zeroX && !zeroZ);\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::SetLocalEquations(const Mille2Data *marr, Int_t neq) \r
+{\r
+  /// Set local equations with data stored in m\r
+  /// return 0 if success\r
+  //\r
+  for (Int_t j=0; j<neq; j++) {\r
+    //\r
+    const Mille2Data &m = marr[j];\r
+    //\r
+    // set equation for Xloc coordinate\r
+    AliDebug(2,Form("setting local equation X with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",m.fMeasX, m.fSigmaX));\r
+    for (int i=fNLocal; i--;) SetLocalDerivative( i, m.fDerLocX[i] );\r
+    for (int i=m.fNGlobFilled;i--;) SetGlobalDerivative( m.fParMilleID[i] , m.fDerGloX[i] );\r
+    fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, m.fMeasX, m.fSigmaX);  \r
+    //\r
+    // set equation for Zloc coordinate\r
+    AliDebug(2,Form("setting local equation Z with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",m.fMeasZ, m.fSigmaZ));\r
+    for (int i=fNLocal; i--;) SetLocalDerivative( i, m.fDerLocZ[i] );\r
+    for (int i=m.fNGlobFilled;i--;) SetGlobalDerivative( m.fParMilleID[i] , m.fDerGloZ[i] );\r
+    fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, m.fMeasZ, m.fSigmaZ);  \r
+    //\r
+    for (int i=m.fNModFilled;i--;) GetMilleModule(m.fModuleID[i])->IncNProcessedPoints();\r
+    //\r
+  }\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::GlobalFit()\r
+{\r
+  /// Call global fit; Global parameters are stored in parameters\r
+  if (!fIsMilleInit) Init();\r
+  //\r
+  ApplyPreConstraints();\r
+  int res = fMillepede->GlobalFit();\r
+  AliInfo(Form("%s fitting global parameters!",res ? "Done":"Failed"));\r
+  if (res) {\r
+    // fetch the parameters\r
+    for (int imd=fNModules;imd--;) {\r
+      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);\r
+      int nprocp = 0;\r
+      for (int ip=mod->GetNParTot();ip--;) {\r
+       int idp = mod->GetParOffset(ip);\r
+       if (idp<0) continue;    // was not in the explicit fit\r
+       mod->SetParVal(ip,fMillepede->GetFinalParam(idp));\r
+       mod->SetParErr(ip,fMillepede->GetFinalError(idp));\r
+       int np = fMillepede->GetProcessedPoints(idp);\r
+       if (TMath::Abs(np)>TMath::Abs(nprocp)) nprocp = np;\r
+      }\r
+      if (!mod->GetNProcessedPoints()) mod->SetNProcessedPoints(nprocp);\r
+    }\r
+\r
+  }\r
+  ApplyPostConstraints();\r
+  return res;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::PrintGlobalParameters() \r
+{\r
+  /// Print global parameters\r
+  if (!fIsMilleInit) {\r
+    AliInfo("Millepede has not been initialized!");\r
+    return;\r
+  }\r
+  fMillepede->PrintGlobalParameters();\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Int_t AliITSAlignMille2::LoadSuperModuleFile(const Char_t *sfile)\r
+{ \r
+  // load definitions of supermodules from a root file\r
+  // return 0 if success\r
+\r
+  TFile *smf=TFile::Open(sfile);\r
+  if (!smf->IsOpen()) {\r
+    AliInfo(Form("Cannot open supermodule file %s",sfile));\r
+    return -1;\r
+  }\r
+\r
+  TClonesArray *sma=(TClonesArray*)smf->Get("ITSMilleSuperModules");\r
+  if (!sma) {\r
+    AliInfo(Form("Cannot find ITSMilleSuperModules array in file"));\r
+    return -2;  \r
+  }  \r
+  Int_t nsma=sma->GetEntriesFast();\r
+  AliInfo(Form("Array of SuperModules with %d entries\n",nsma));\r
+  //\r
+  // pepo200709\r
+  Char_t st[2048];\r
+  char symname[250];\r
+  // end pepo200709\r
+\r
+  UShort_t volid;\r
+  TGeoHMatrix m;\r
+  //\r
+  for (Int_t i=0; i<nsma; i++) {\r
+    AliAlignObjParams *a = (AliAlignObjParams*)sma->UncheckedAt(i);\r
+    volid=a->GetVolUID();\r
+    strcpy(st,a->GetSymName());\r
+    a->GetMatrix(m);\r
+    //\r
+    sscanf(st,"%s",symname);\r
+    //\r
+    // decode module list\r
+    char *stp=strstr(st,"ModuleList:");\r
+    if (!stp) return -3;\r
+    stp += 11;\r
+    int idx[2200];\r
+    char spp[200]; int jp=0;\r
+    char cl[20];\r
+    strcpy(st,stp);\r
+    int l=strlen(st);\r
+    int j=0;\r
+    int n=0;\r
+    //\r
+    while (j<=l) {\r
+      if (st[j]==9 || st[j]==32 || st[j]==10 || st[j]==0) {\r
+       spp[jp]=0;\r
+       jp=0;\r
+       if (strlen(spp)) {\r
+         int k=strcspn(spp,"-");\r
+         if (k<int(strlen(spp))) { // c'e' il -\r
+           strcpy(cl,&(spp[k+1]));\r
+           spp[k]=0;\r
+           int ifrom=atoi(spp); int ito=atoi(cl);\r
+           for (int b=ifrom; b<=ito; b++) {\r
+             idx[n]=b;\r
+             n++;\r
+           }\r
+         }\r
+         else { // numerillo singolo\r
+           idx[n]=atoi(spp);\r
+           n++;\r
+         }\r
+       }\r
+      }\r
+      else {\r
+       spp[jp]=st[j];\r
+       jp++;\r
+      }\r
+      j++;\r
+    }\r
+    UShort_t volidsv[2198];\r
+    for (j=0;j<n;j++) {\r
+      volidsv[j]=AliITSAlignMille2Module::GetVolumeIDFromIndex(idx[j]);\r
+      if (!volidsv[j]) {\r
+       AliInfo(Form("Index %d not valid (range 0->%d)",idx[j],kMaxITSSensID));\r
+       return -5;\r
+      }\r
+    }\r
+    Int_t smindex=int(2198+volid-14336); // virtual index\r
+    //\r
+    fSuperModule.AddAtAndExpand(new AliITSAlignMille2Module(smindex,volid,symname,&m,n,volidsv),fNSuperModules);\r
+    //\r
+    fNSuperModules++;\r
+  }\r
+  //\r
+  smf->Close();\r
+  //\r
+  return 0;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ConstrainModuleSubUnitsMean(Int_t idm, Double_t val, UInt_t pattern)\r
+{\r
+  // require that sum of modifications for the childs of this module is = val, i.e.\r
+  // the internal corrections moves the module as a whole by fixed value (0 by default).\r
+  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain\r
+  //\r
+  if (fIsMilleInit) {\r
+    AliInfo("Millepede has been already initialized: no constrain may be added!");\r
+    return;\r
+  }\r
+  if (!GetMilleModule(idm)->GetNChildren()) return;\r
+  TString nm = "cstrSUMean";\r
+  nm += GetNConstraints();\r
+  AliITSAlignMille2Constraint *cstr = new AliITSAlignMille2Constraint(nm.Data(),AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean,\r
+                                                                     idm,val,pattern);\r
+  cstr->SetConstraintID(GetNConstraints());\r
+  fConstraints.Add(cstr);\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ConstrainModuleSubUnitsMedian(Int_t idm, Double_t val, UInt_t pattern)\r
+{\r
+  // require that median of the modifications for the childs of this module is = val, i.e.\r
+  // the internal corrections moves the module as a whole by fixed value (0 by default) \r
+  // module the outliers.\r
+  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain\r
+  // The difference between the mean and the median will be transfered to the parent\r
+  if (fIsMilleInit) {\r
+    AliInfo("Millepede has been already initialized: no constrain may be added!");\r
+    return;\r
+  }\r
+  if (!GetMilleModule(idm)->GetNChildren()) return;\r
+  TString nm = "cstrSUMed";\r
+  nm += GetNConstraints();\r
+  AliITSAlignMille2Constraint *cstr = new AliITSAlignMille2Constraint(nm.Data(),AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMedian,\r
+                                                                     idm,val,pattern);\r
+  cstr->SetConstraintID(GetNConstraints());\r
+  fConstraints.Add(cstr);\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ConstrainOrphansMean(Double_t val, UInt_t pattern)\r
+{\r
+  // require that median of the modifications for the supermodules which have no parents is = val, i.e.\r
+  // the corrections moves the whole setup by fixed value (0 by default) modulo the outliers.\r
+  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain\r
+  //\r
+  if (fIsMilleInit) {\r
+    AliInfo("Millepede has been already initialized: no constrain may be added!");\r
+    return;\r
+  }\r
+  TString nm = "cstrOMean";\r
+  nm += GetNConstraints();\r
+  AliITSAlignMille2Constraint *cstr = new AliITSAlignMille2Constraint(nm.Data(),AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean,\r
+                                                                     -1,val,pattern);\r
+  cstr->SetConstraintID(GetNConstraints());\r
+  fConstraints.Add(cstr);\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ConstrainOrphansMedian(Double_t val, UInt_t pattern)\r
+{\r
+  // require that median of the modifications for the supermodules which have no parents is = val, i.e.\r
+  // the corrections moves the whole setup by fixed value (0 by default) modulo the outliers.\r
+  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain\r
+  //\r
+  if (fIsMilleInit) {\r
+    AliInfo("Millepede has been already initialized: no constrain may be added!");\r
+    return;\r
+  }\r
+  TString nm = "cstrOMed";\r
+  nm += GetNConstraints();\r
+  AliITSAlignMille2Constraint *cstr = new AliITSAlignMille2Constraint(nm.Data(),AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMedian,\r
+                                                                     -1,val,pattern);\r
+  cstr->SetConstraintID(GetNConstraints());\r
+  fConstraints.Add(cstr);\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ConstrainLocal(const Char_t* name,Double_t *parcf,Int_t npar,Double_t val,Double_t err)\r
+{\r
+  // apply constraint on parameters in the local frame\r
+  if (fIsMilleInit) {\r
+    AliInfo("Millepede has been already initialized: no constrain may be added!");\r
+    return;\r
+  }\r
+  AliITSAlignMille2ConstrArray *cstr = new AliITSAlignMille2ConstrArray(name,parcf,npar,val,err);\r
+  cstr->SetConstraintID(GetNConstraints());\r
+  fConstraints.Add(cstr);\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ApplyGaussianConstraint(const AliITSAlignMille2ConstrArray* cstr)\r
+{\r
+  // apply the constraint on the local corrections of a list of modules\r
+  int nmod = cstr->GetNModules();\r
+  double jacobian[AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom][AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom];\r
+  //\r
+  for (int imd=nmod;imd--;) {\r
+    int modID = cstr->GetModuleID(imd);\r
+    AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(modID);\r
+    ResetLocalEquation();\r
+    int nadded = 0;\r
+    double value = cstr->GetValue();\r
+    double sigma = cstr->GetError();\r
+    //\r
+    // in case the reference (survey) deltas were imposed for Gaussian constraints\r
+    // already accumulated corrections: they must be subtracted from the constraint value.\r
+    if (IsConstraintWrtRef()) {\r
+      //\r
+      Double_t precal[AliITSAlignMille2Module::kMaxParTot];\r
+      Double_t refcal[AliITSAlignMille2Module::kMaxParTot];\r
+      for (int ip=AliITSAlignMille2Module::kMaxParTot;ip--;) {precal[ip]=0; refcal[ip] = 0.;}\r
+      //\r
+      // check if there was a reference delta provided for this module\r
+      AliAlignObjParams* parref = GetConstrRefObject(mod->GetName());\r
+      if (parref) parref->GetPars(refcal, refcal+3);    // found reference delta\r
+      //\r
+      // extract already applied local corrections for this module\r
+      if (fPrealignment) {\r
+       //\r
+       AliAlignObjParams *preo = GetPrealignedObject(mod->GetName());\r
+       if (preo) {\r
+         TGeoHMatrix preMat,tmpMat = *mod->GetMatrix(); //  Delta_Glob * Delta_Glob_Par * M\r
+         preo->GetMatrix(preMat);                       //  Delta_Glob\r
+         preMat.MultiplyLeft( &tmpMat.Inverse() );      //  M^-1 * Delta_Glob_Par^-1 = (Delta_Glob_Par * M)^-1\r
+         tmpMat.MultiplyLeft( &preMat );                //  (Delta_Glob_Par * M)^-1 * Delta_Glob * Delta_Glob_Par * M = Delta_loc\r
+         AliAlignObjParams algob;\r
+         algob.SetMatrix(tmpMat);\r
+         algob.GetPars(precal,precal+3); // local corrections for geometry\r
+       }\r
+      }\r
+      //\r
+      // subtract the contribution to constraint from precalibration \r
+      for (int ipar=cstr->GetNCoeffs();ipar--;) value += (refcal[ipar]-precal[ipar])*cstr->GetCoeff(ipar);\r
+      //\r
+    } \r
+    //    \r
+    if (fUseGlobalDelta) mod->CalcDerivLocGlo(&jacobian[0][0]);\r
+    //\r
+    for (int ipar=cstr->GetNCoeffs();ipar--;) {\r
+      double coef = cstr->GetCoeff(ipar);\r
+      if (coef==0) continue;\r
+      //\r
+      if (!fUseGlobalDelta || ipar>= AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom) { // \r
+       // we are working with local params or if the given param is not related to geometry, \r
+       // apply the constraint directly\r
+       int parPos = mod->GetParOffset(ipar);\r
+       if (parPos<0) continue; // not in the fit\r
+       fGlobalDerivatives[parPos] += coef;\r
+       nadded++;\r
+      }\r
+      else { // we are working with global params, while the constraint is on local ones -> jacobian\r
+       for (int jpar=AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom;jpar--;) {\r
+         int parPos = mod->GetParOffset(jpar);\r
+         if (parPos<0) continue;\r
+         fGlobalDerivatives[parPos] += coef*jacobian[ipar][jpar];\r
+         nadded++;\r
+       }\r
+      }      \r
+    }\r
+    if (nadded) AddConstraint(fGlobalDerivatives, value, sigma);\r
+  }\r
+  //\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ApplyPreConstraints()\r
+{\r
+  // apply constriants which cannot be imposed after the fit\r
+  int nconstr = GetNConstraints();\r
+  for (int i=0;i<nconstr;i++) {\r
+    AliITSAlignMille2Constraint* cstr = GetConstraint(i);\r
+    //\r
+    if (cstr->GetType() == AliITSAlignMille2ConstrArray::kTypeGaussian) {\r
+      ApplyGaussianConstraint( (AliITSAlignMille2ConstrArray*)cstr);\r
+      continue;\r
+    } \r
+    //\r
+    if (cstr->GetType() == AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMedian) continue; // post type constraint\r
+    //\r
+    if (!fUseGlobalDelta) continue; // mean/med constraints must be applied to global deltas\r
+    // apply constraint on the mean's before the fit\r
+    int imd = cstr->GetModuleID();\r
+    if (imd>=0) {\r
+      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);\r
+      UInt_t pattern = 0;\r
+      for (int ipar=mod->GetNParTot();ipar--;) {\r
+       if (!cstr->IncludesParam(ipar)) continue;\r
+       if (mod->GetParOffset(ipar)<0) continue; // parameter is not in the explicit fit -> post constraint\r
+       pattern |= 0x1<<ipar;\r
+       cstr->SetApplied(ipar);\r
+      }\r
+      ConstrainModuleSubUnits(imd,cstr->GetValue(),pattern);\r
+      //\r
+    }\r
+    else if (!PseudoParentsAllowed()) {\r
+      ConstrainOrphans(cstr->GetValue(),(UInt_t)cstr->GetPattern());\r
+      cstr->SetApplied(-1);\r
+    }\r
+  }\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ApplyPostConstraints()\r
+{\r
+  // apply constraints which can be imposed after the fit\r
+  int nconstr = GetNConstraints();\r
+  Bool_t convGlo      = kFALSE;\r
+  // check if there is something to do\r
+  int ntodo = 0;\r
+  for (int i=0;i<nconstr;i++) {\r
+    AliITSAlignMille2Constraint* cstr = GetConstraint(i);\r
+    if (cstr->GetType() == AliITSAlignMille2ConstrArray::kTypeGaussian) continue;\r
+    if (cstr->GetRemainingPattern() == 0) continue;\r
+    ntodo++;\r
+  }\r
+  if (!ntodo) return;\r
+  //\r
+  if (!fUseGlobalDelta) { // need to convert to global params\r
+    ConvertParamsToGlobal();\r
+    convGlo = kTRUE;\r
+  }\r
+  //\r
+  for (int i=0;i<nconstr;i++) {\r
+    AliITSAlignMille2Constraint* cstr = GetConstraint(i);\r
+    if (cstr->GetType() == AliITSAlignMille2ConstrArray::kTypeGaussian) continue;\r
+    //\r
+    int imd = cstr->GetModuleID();\r
+    //\r
+    if (imd>=0) {\r
+      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);\r
+      UInt_t pattern = 0;\r
+      for (int ipar=mod->GetNParTot();ipar--;) {\r
+       if (cstr->IsApplied(ipar))      continue;\r
+       if (!cstr->IncludesParam(ipar)) continue;\r
+       if (!mod->IsFreeDOF(ipar))      continue; // parameter is fixed, will not apply constraint\r
+       pattern |= 0x1<<ipar;\r
+       cstr->SetApplied(ipar);\r
+      }\r
+      if (pattern) PostConstrainModuleSubUnits(cstr->GetType(),cstr->GetModuleID(),cstr->GetValue(),pattern);\r
+      //\r
+    }\r
+    else if (PseudoParentsAllowed()) {\r
+      UInt_t pattern = (UInt_t)cstr->GetRemainingPattern();\r
+      PostConstrainOrphans(cstr->GetType(),cstr->GetValue(),pattern);\r
+      cstr->SetApplied(-1);\r
+    }\r
+  }\r
+  // if there was a conversion, rewind it\r
+  if (convGlo) ConvertParamsToLocal();\r
+  // \r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ConstrainModuleSubUnits(Int_t idm, Double_t val, UInt_t pattern)\r
+{\r
+  // require that sum of modifications for the childs of this module is = val, i.e.\r
+  // the internal corrections moves the module as a whole by fixed value (0 by default).\r
+  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain\r
+  //\r
+  //\r
+  AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(idm);\r
+  //\r
+  for (int ip=0;ip<kNParCh;ip++) {\r
+    if ( !((pattern>>ip)&0x1) /*|| !parent->IsFreeDOF(ip)*/) continue;\r
+    ResetLocalEquation();\r
+    int nadd = 0;\r
+    for (int ich=mod->GetNChildren();ich--;) {\r
+      int idpar = ((AliITSAlignMille2Module*)mod->GetChild(ich))->GetParOffset(ip);\r
+      if (idpar<0) continue;\r
+      fGlobalDerivatives[idpar] = 1.0;\r
+      nadd++;\r
+    }\r
+    //\r
+    if (nadd>0) {\r
+      AddConstraint(fGlobalDerivatives,val);\r
+      AliInfo(Form("Constrained param %d for %d submodules of module #%d: %s",ip,nadd,idm,mod->GetName()));\r
+    }\r
+  }\r
+  //\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ConstrainOrphans(Double_t val, UInt_t pattern)\r
+{\r
+  // require that median of the modifications for the supermodules which have no parents is = val, i.e.\r
+  // the corrections moves the whole setup by fixed value (0 by default) modulo the outliers.\r
+  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain\r
+  //\r
+  for (int ip=0;ip<kNParCh;ip++) {\r
+    //\r
+    if ( !((pattern>>ip)&0x1) ) continue;\r
+    ResetLocalEquation();\r
+    int nadd = 0;\r
+    for (int imd=fNModules;imd--;) {\r
+      AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);\r
+      if (mod->GetParent()) continue; // this is not an orphan\r
+      int idpar = mod->GetParOffset(ip);\r
+      if (idpar<0) continue;\r
+      fGlobalDerivatives[idpar] = 1.0;\r
+      nadd++;\r
+    }\r
+    if (nadd>0) {\r
+      AddConstraint(fGlobalDerivatives,val);\r
+      AliInfo(Form("Constrained param %d for %d orphan modules",ip,nadd));\r
+    }\r
+  }\r
+  //\r
+  //\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::PostConstrainModuleSubUnits(Int_t type,Int_t idm, Double_t val, UInt_t pattern)\r
+{\r
+  // require that median or mean of the modifications for the childs of this module is = val, i.e.\r
+  // the internal corrections moves the module as a whole by fixed value (0 by default) \r
+  // module the outliers.\r
+  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain\r
+  // The difference between the mean and the median will be transfered to the parent\r
+  //\r
+  AliITSAlignMille2Module* parent = GetMilleModule(idm);\r
+  int nc = parent->GetNChildren();\r
+  //\r
+  double *tmpArr = new double[nc]; \r
+  //\r
+  for (int ip=0;ip<kNParCh;ip++) {\r
+    int npc = 0;\r
+    if ( !((pattern>>ip)&0x1) || !parent->IsFreeDOF(ip)) continue;\r
+    // compute the mean and median of the deltas\r
+    int nfree = 0;\r
+    for (int ich=nc;ich--;) {\r
+      AliITSAlignMille2Module* child = parent->GetChild(ich);\r
+      //      if (!child->IsFreeDOF(ip)) continue; \r
+      tmpArr[nfree++] = child->GetParVal(ip);\r
+    }\r
+    double median=0,mean=0;\r
+    for (int ic0=0;ic0<nfree;ic0++) {// order the deltas \r
+      mean += tmpArr[ic0];\r
+      for (int ic1=ic0+1;ic1<nfree;ic1++) \r
+       if (tmpArr[ic0]>tmpArr[ic1]) {double tv=tmpArr[ic0]; tmpArr[ic0]=tmpArr[ic1]; tmpArr[ic1]=tv;}\r
+    }\r
+    //\r
+    int kmed = nfree/2;\r
+    median = (tmpArr[kmed]+tmpArr[nfree-kmed-1])/2.;\r
+    if (nfree>0) mean /= nfree;\r
+    //\r
+    double shift = val - (type==AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean ? mean : median);\r
+    //\r
+    for (int ich=nc;ich--;) {\r
+      AliITSAlignMille2Module* child = parent->GetChild(ich);\r
+      //    if (!child->IsFreeDOF(ip)) continue; \r
+      child->SetParVal(ip, child->GetParVal(ip) + shift);\r
+      npc++;\r
+    }\r
+    //\r
+    parent->SetParVal(ip, parent->GetParVal(ip) - shift);\r
+    AliInfo(Form("%s constraint: added %f shift to param[%d] of %d children of module %d: %s",\r
+                type==AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean ? "MEAN" : "MEDIAN",shift,\r
+                ip,npc,idm,parent->GetName()));\r
+  }\r
+  delete[] tmpArr;  \r
+  //\r
+  //\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::PostConstrainOrphans(Int_t type,Double_t val, UInt_t pattern)\r
+{\r
+  // require that median or mean of modifications for the supermodules which have no parents is = val, i.e.\r
+  // the corrections moves the whole setup by fixed value (0 by default).\r
+  // pattern is the bit pattern for the parameters to constrain\r
+  //\r
+  int nc = fNModules;\r
+  //\r
+  int norph = 0;\r
+  for (int ich=nc;ich--;) if (!GetMilleModule(ich)->GetParent()) norph ++;\r
+  if (!norph) return;\r
+  double *tmpArr = new double[norph]; \r
+  //\r
+  for (int ip=0;ip<kNParCh;ip++) {\r
+    int npc = 0;\r
+    if ( !((pattern>>ip)&0x1)) continue;\r
+    // compute the mean and median of the deltas\r
+    int nfree = 0;\r
+    for (int ich=nc;ich--;) {\r
+      AliITSAlignMille2Module* child = GetMilleModule(ich);\r
+      //      if (child->GetParent() || !child->IsFreeDOF(ip)) continue; \r
+      if (child->GetParent()) continue; \r
+      tmpArr[nfree++] = child->GetParVal(ip);\r
+    }\r
+    double median=0,mean=0;\r
+    for (int ic0=0;ic0<nfree;ic0++) {// order the deltas \r
+      mean += tmpArr[ic0];\r
+      for (int ic1=ic0+1;ic1<nfree;ic1++) \r
+       if (tmpArr[ic0]>tmpArr[ic1]) {double tv=tmpArr[ic0]; tmpArr[ic0]=tmpArr[ic1]; tmpArr[ic1]=tv;}\r
+    }\r
+    //\r
+    int kmed = nfree/2;\r
+    median = (tmpArr[kmed]+tmpArr[nfree-kmed-1])/2.;\r
+    if (nfree>0) mean /= nfree;\r
+    //\r
+    double shift = val - (type==AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean ? mean : median);\r
+    //\r
+    for (int ich=nc;ich--;) {\r
+      AliITSAlignMille2Module* child = GetMilleModule(ich);\r
+      //      if (child->GetParent() || !child->IsFreeDOF(ip)) continue; \r
+      if (child->GetParent()) continue; \r
+      child->SetParVal(ip, child->GetParVal(ip) + shift);\r
+      npc++;\r
+    }\r
+    //\r
+    AliInfo(Form("%s constraint: added %f shift to param[%d] of %d orphan modules",\r
+                type==AliITSAlignMille2Constraint::kTypeMean ? "MEAN" : "MEDIAN",shift,\r
+                ip,npc));\r
+  }\r
+  delete[] tmpArr;  \r
+  //\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Bool_t AliITSAlignMille2::IsParModConstrained(const AliITSAlignMille2Module* mod,Int_t par, Bool_t &meanmed, Bool_t &gaussian) const\r
+{\r
+  // check if par of the module participates in some constraint, and set the flag for their types\r
+  meanmed = gaussian = kFALSE;\r
+  //\r
+  if ( mod->IsParConstrained(par) ) gaussian = kTRUE;     // direct constraint on this param\r
+  //\r
+  for (int icstr=GetNConstraints();icstr--;) {\r
+    AliITSAlignMille2Constraint* cstr = GetConstraint(icstr);\r
+    //\r
+    if (!cstr->IncludesModPar(mod,par)) continue;\r
+    if (cstr->GetType()==AliITSAlignMille2ConstrArray::kTypeGaussian) gaussian = kTRUE;\r
+    else meanmed = kTRUE;\r
+    //\r
+    if (meanmed && gaussian) break; // no sense to check further\r
+  }\r
+  //\r
+  return meanmed||gaussian;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Bool_t AliITSAlignMille2::IsParModFamilyVaried(const AliITSAlignMille2Module* mod,Int_t par,Int_t depth) const\r
+{\r
+  // check if parameter par is varied for this module or its children up to the level depth\r
+  if (depth<0) return kFALSE;\r
+  if (mod->GetParOffset(par)>=0) return kTRUE;\r
+  for (int icld=mod->GetNChildren();icld--;) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* child = mod->GetChild(icld);\r
+    if (IsParModFamilyVaried(child, par, depth-1)) return kTRUE;\r
+  }\r
+  return kFALSE;\r
+  //\r
+}\r
+\r
+/*\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Bool_t AliITSAlignMille2::IsParFamilyFree(AliITSAlignMille2Module* mod,Int_t par,Int_t depth) const\r
+{\r
+  // check if parameter par is varied and is not subjected to gaussian constraint for the children up to the level depth\r
+  if (depth<0) return kTRUE;\r
+  for (int icld=mod->GetNChildren();icld--;) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* child = mod->GetChild(icld);\r
+    //if (child->GetParOffset(par)<0) continue;                  // fixed\r
+    Bool_t cstMM=kFALSE,cstGS=kFALSE;\r
+    // does this child have gaussian constraint ?\r
+    if (!IsParModConstrained(child,par,cstMM,cstGS) || !cstGS ) return kTRUE;\r
+    // check its children\r
+    if (!IsParFamilyFree(child,par,depth-1)) return kTRUE;\r
+  }\r
+  return kFALSE;\r
+  //\r
+}\r
+*/\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Bool_t AliITSAlignMille2::IsParFamilyFree(const AliITSAlignMille2Module* mod,Int_t par,Int_t depth) const\r
+{\r
+  // check if parameter par is varied and is not subjected to gaussian constraint for the children up to the level depth\r
+  if (depth<0) return kFALSE;\r
+  for (int icld=mod->GetNChildren();icld--;) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* child = mod->GetChild(icld);\r
+    //if (child->GetParOffset(par)<0) continue;                  // fixed\r
+    Bool_t cstMM=kFALSE,cstGS=kFALSE;\r
+    // does this child have gaussian constraint ?\r
+    if (!IsParModConstrained(child,par,cstMM,cstGS) || !cstGS ) return kTRUE;\r
+    // check its children\r
+    if (IsParFamilyFree(child,par,depth-1)) return kTRUE;\r
+  }\r
+  return kFALSE;\r
+  //\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Double_t AliITSAlignMille2::GetTDriftSDD() const \r
+{\r
+  // obtain drift time corrected for t0\r
+  double t = fCluster.GetDriftTime();\r
+  return t - fDriftTime0[ fCluster.GetUniqueID() ];\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Double_t AliITSAlignMille2::GetVDriftSDD() const \r
+{\r
+  // obtain corrected drift speed\r
+  return fDriftSpeed[ fCluster.GetUniqueID() ];\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+Bool_t AliITSAlignMille2::FixedOrphans() const\r
+{\r
+  // are there fixed modules with no parent (normally in such a case \r
+  // the constraints on the orphans should not be applied\r
+  if (!IsConfigured()) {\r
+    AliInfo("Still not configured");\r
+    return kFALSE;\r
+  }\r
+  for (int i=0;i<fNModules;i++) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* md = GetMilleModule(i);\r
+    if (md->GetParent()==0 && md->GetNParFree()==0) return kTRUE;\r
+  }\r
+  return kFALSE;\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ConvertParamsToGlobal()\r
+{\r
+  // convert params in local frame to global one\r
+  double pars[AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom];\r
+  for (int imd=fNModules;imd--;) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);\r
+    if (mod->GeomParamsGlobal()) continue;\r
+    mod->GetGeomParamsGlo(pars);\r
+    mod->SetParVals(pars,AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom);\r
+    mod->SetGeomParamsGlobal(kTRUE);\r
+  }\r
+}\r
+\r
+//________________________________________________________________________________________________________\r
+void AliITSAlignMille2::ConvertParamsToLocal()\r
+{\r
+  // convert params in global frame to local one\r
+  double pars[AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom];\r
+  for (int imd=fNModules;imd--;) {\r
+    AliITSAlignMille2Module* mod = GetMilleModule(imd);\r
+    if (!mod->GeomParamsGlobal()) continue;\r
+    mod->GetGeomParamsLoc(pars);\r
+    mod->SetParVals(pars,AliITSAlignMille2Module::kMaxParGeom);\r
+    mod->SetGeomParamsGlobal(kFALSE);\r
+  }\r
+}\r
+\r