doxy: all TPC/Attic converted
authordberzano <dario.berzano@cern.ch>
Mon, 12 Jan 2015 10:31:03 +0000 (11:31 +0100)
committerdberzano <dario.berzano@cern.ch>
Tue, 10 Feb 2015 15:21:09 +0000 (16:21 +0100)
14 files changed:
TPC/Attic/AliTPCCalibTCF.cxx
TPC/Attic/AliTPCCalibTCF.h
TPC/Attic/AliTPCHits2Clusters.C
TPC/Attic/AliTPCPid.cxx
TPC/Attic/AliTPCPid.h
TPC/Attic/AliTPCTransformation.cxx
TPC/Attic/AliTPCTransformation.h
TPC/Attic/AliTPCkalmanFit.cxx
TPC/Attic/AliTPCkalmanFit.h
TPC/Attic/AliTPCtrackPid.cxx
TPC/Attic/AliTPCtrackPid.h
TPC/Attic/AliTPCv1.cxx
TPC/Attic/AliTPCv1.h
doxygen/Doxyfile.in

index 07cc02b..9ec6b7c 100644 (file)
  **************************************************************************/
 
 
-///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//                                                                           //
-// Class for Evaluation and Validation of the ALTRO Tail Cancelation Filter  //
-// (TCF) parameters out of TPC Raw data                                      //
-//                                                                           //
-// Author: Stefan Rossegger, Simon Feigl                                     //
-//                                                                           //
-///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/// \class AliTPCCalibTCF
+///
+/// Class for Evaluation and Validation of the ALTRO Tail Cancelation Filter
+/// (TCF) parameters out of TPC Raw data
+///
+/// \author Stefan Rossegger, Simon Feigl
 
 #include "AliTPCCalibTCF.h"
 
@@ -48,7 +46,9 @@
 #include "AliTPCmapper.h"
 #include <fstream>
 
+/// \cond CLASSIMP
 ClassImp(AliTPCCalibTCF)
+/// \endcond
   
 AliTPCCalibTCF::AliTPCCalibTCF() :
   TNamed(),
@@ -77,9 +77,8 @@ AliTPCCalibTCF::AliTPCCalibTCF(Int_t gateWidth, Int_t sample, Int_t pulseLength,
   fRMSLim(rmsLim),
   fRatioIntLim(ratioIntLim)
 {
-  //
-  //  AliTPCCalibTCF constructor with specific (non-standard) thresholds
-  //
+  ///  AliTPCCalibTCF constructor with specific (non-standard) thresholds
+
 }
   
 //_____________________________________________________________________________
@@ -93,19 +92,16 @@ AliTPCCalibTCF::AliTPCCalibTCF(const AliTPCCalibTCF &tcf) :
   fRMSLim(tcf.fRMSLim),
   fRatioIntLim(tcf.fRatioIntLim)
 {
-  //
-  //  AliTPCCalibTCF copy constructor
-  //
+  ///  AliTPCCalibTCF copy constructor
+
 }
 
 
 //_____________________________________________________________________________
 AliTPCCalibTCF& AliTPCCalibTCF::operator = (const AliTPCCalibTCF &source)
 {
-  //
-  // AliTPCCalibTCF assignment operator
-  //
+  /// AliTPCCalibTCF assignment operator
+
   if (&source == this) return *this;
   new (this) AliTPCCalibTCF(source);
 
@@ -116,22 +112,19 @@ AliTPCCalibTCF& AliTPCCalibTCF::operator = (const AliTPCCalibTCF &source)
 //_____________________________________________________________________________
 AliTPCCalibTCF::~AliTPCCalibTCF()
 {
-  //
-  // AliTPCCalibTCF destructor
-  //
+  /// AliTPCCalibTCF destructor
+
 }
 
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::ProcessRawFileV3(const char *nameRawFile, const char *nameFileOut) {
-  //
-  // New RCU data format!: Standard middle of 2009 
-  //
-  // Loops over all events within one RawData file and collects proper pulses 
-  // (according to given tresholds) per pad
-  // Histograms per pad are stored in 'nameFileOut'
-  //
-  
+  /// New RCU data format!: Standard middle of 2009
+  ///
+  /// Loops over all events within one RawData file and collects proper pulses
+  /// (according to given tresholds) per pad
+  /// Histograms per pad are stored in 'nameFileOut'
+
   AliRawReader *rawReader = AliRawReader::Create(nameRawFile);
   if (!rawReader) {
     printf("Could not create a raw reader for %s\n",nameRawFile);
@@ -167,17 +160,15 @@ void AliTPCCalibTCF::ProcessRawFileV3(const char *nameRawFile, const char *nameF
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::ProcessRawEventV3( AliRawReader *rawReader, AliTPCRawStreamV3 *rawStream, const char *nameFileOut) {
-  //
-  // New RCU data format!: Standard middle of 2009 
-  //
-  // Extracts proper pulses (according the given tresholds) within one event
-  // and accumulates them into one histogram per pad. All histograms are
-  // saved in the file 'nameFileOut'. 
-  // The first bins of the histograms contain the following information:
-  //   bin 1: Number of accumulated pulses
-  //   bin 2;3;4: Sector; Row; Pad; 
-  // 
-  
+  /// New RCU data format!: Standard middle of 2009
+  ///
+  /// Extracts proper pulses (according the given tresholds) within one event
+  /// and accumulates them into one histogram per pad. All histograms are
+  /// saved in the file 'nameFileOut'.
+  /// The first bins of the histograms contain the following information:
+  ///   bin 1: Number of accumulated pulses
+  ///   bin 2;3;4: Sector; Row; Pad;
+
   TFile fileOut(nameFileOut,"UPDATE");
   fileOut.cd();  
   
@@ -339,19 +330,17 @@ void AliTPCCalibTCF::ProcessRawEventV3( AliRawReader *rawReader, AliTPCRawStream
 
 //____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::MergeHistoPerSector(const char *nameFileIn) {
-  //
-  // Merges all histograms within one sector, calculates the TCF parameters
-  // of the 'histogram-per-sector' and stores (histo and parameters) into 
-  // seperated files ...
-  //
-  // note: first 4 timebins of a histogram hold specific informations
-  //       about number of collected pulses, sector, row and pad
-  //
-  // 'nameFileIn':  root file produced with Process function which holds
-  //                one histogram per pad (sum of signals of proper pulses)
-  // 'Sec+nameFileIn': root file with one histogram per sector
-  //                   (information of row and pad are set to -1)
-  //
+  /// Merges all histograms within one sector, calculates the TCF parameters
+  /// of the 'histogram-per-sector' and stores (histo and parameters) into
+  /// seperated files ...
+  ///
+  /// note: first 4 timebins of a histogram hold specific informations
+  ///       about number of collected pulses, sector, row and pad
+  ///
+  /// 'nameFileIn':  root file produced with Process function which holds
+  ///                one histogram per pad (sum of signals of proper pulses)
+  /// 'Sec+nameFileIn': root file with one histogram per sector
+  ///                   (information of row and pad are set to -1)
 
   TFile fileIn(nameFileIn,"READ");
   TH1F *hisPad = 0;
@@ -418,15 +407,13 @@ void AliTPCCalibTCF::MergeHistoPerSector(const char *nameFileIn) {
 
 //____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::AnalyzeRootFile(const char *nameFileIn, Int_t minNumPulse, Int_t histStart, Int_t histEnd) {
-  //
-  // This function takes a prepeared root file (accumulated histograms: output
-  // of process function) and performs an analysis (fit and equalization) in 
-  // order to get the TCF parameters. These are stored in an TNtuple along with 
-  // the pad and creation infos. The tuple is written to the output file 
-  // "TCFparam+nameFileIn"
-  // To reduce the analysis time, the minimum number of accumulated pulses within 
-  // one histogram 'minNumPulse' (to perform the analysis on) can be set
-  //
+  /// This function takes a prepeared root file (accumulated histograms: output
+  /// of process function) and performs an analysis (fit and equalization) in
+  /// order to get the TCF parameters. These are stored in an TNtuple along with
+  /// the pad and creation infos. The tuple is written to the output file
+  /// "TCFparam+nameFileIn"
+  /// To reduce the analysis time, the minimum number of accumulated pulses within
+  /// one histogram 'minNumPulse' (to perform the analysis on) can be set
 
   TFile fileIn(nameFileIn,"READ");
   TH1F *hisIn;
@@ -487,11 +474,9 @@ void AliTPCCalibTCF::AnalyzeRootFile(const char *nameFileIn, Int_t minNumPulse,
 
 //____________________________________________________________________________
 Int_t AliTPCCalibTCF::AnalyzePulse(TH1F * const hisIn, Double_t *coefZ, Double_t *coefP) {
-  //
-  // Performs the analysis on one specific pulse (histogram) by means of fitting
-  // the pulse and equalization of the pulseheight. The found TCF parameters 
-  // are stored in the arrays coefZ and coefP
-  //
+  /// Performs the analysis on one specific pulse (histogram) by means of fitting
+  /// the pulse and equalization of the pulseheight. The found TCF parameters
+  /// are stored in the arrays coefZ and coefP
 
   Int_t pulseLength = hisIn->GetNbinsX() -4; 
   // -4 because the first four timebins usually contain pad specific informations
@@ -556,15 +541,13 @@ Int_t AliTPCCalibTCF::AnalyzePulse(TH1F * const hisIn, Double_t *coefZ, Double_t
 //____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::TestTCFonRootFile(const char *nameFileIn, const char *nameFileTCF,  Int_t minNumPulse, Int_t plotFlag, Int_t lowKey, Int_t upKey)
 {
-  //
-  // Performs quality parameters evaluation of the calculated TCF parameters in 
-  // the file 'nameFileTCF' for every (accumulated) histogram within the 
-  // prepeared root file 'nameFileIn'. 
-  // The found quality parameters are stored in an TNtuple which will be saved
-  // in a Root file 'Quality-*'. 
-  // If the parameter for the given pulse (given pad) was not found, the pulse 
-  // is rejected.
-  //
+  /// Performs quality parameters evaluation of the calculated TCF parameters in
+  /// the file 'nameFileTCF' for every (accumulated) histogram within the
+  /// prepeared root file 'nameFileIn'.
+  /// The found quality parameters are stored in an TNtuple which will be saved
+  /// in a Root file 'Quality-*'.
+  /// If the parameter for the given pulse (given pad) was not found, the pulse
+  /// is rejected.
 
   TFile fileIn(nameFileIn,"READ");
 
@@ -629,14 +612,12 @@ void AliTPCCalibTCF::TestTCFonRootFile(const char *nameFileIn, const char *nameF
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::TestTCFonRawFile(const char *nameRawFile, const char *nameFileOut, const char *nameFileTCF, Int_t minNumPulse, Int_t plotFlag, bool bUseHLTOUT) {
-  //
-  // Performs quality parameters evaluation of the calculated TCF parameters in 
-  // the file 'nameFileTCF' for every proper pulse (according to given thresholds)
-  // within the RAW file 'nameRawFile'. 
-  // The found quality parameters are stored in a TNtuple which will be saved
-  // in the Root file 'nameFileOut'. If the parameter for the given pulse 
-  // (given pad) was not found, the pulse is rejected.
-  //
+  /// Performs quality parameters evaluation of the calculated TCF parameters in
+  /// the file 'nameFileTCF' for every proper pulse (according to given thresholds)
+  /// within the RAW file 'nameRawFile'.
+  /// The found quality parameters are stored in a TNtuple which will be saved
+  /// in the Root file 'nameFileOut'. If the parameter for the given pulse
+  /// (given pad) was not found, the pulse is rejected.
 
   //
   // Reads a RAW data file, extracts Pulses (according the given tresholds)
@@ -833,10 +814,8 @@ void AliTPCCalibTCF::TestTCFonRawFile(const char *nameRawFile, const char *nameF
 
 //____________________________________________________________________________
 TH2F *AliTPCCalibTCF::PlotOccupSummary2Dhist(const char *nameFileIn, Int_t side) {
-  //
-  // Plots the number of summed pulses per pad on a given TPC side
-  // 'nameFileIn': root-file created with the Process function
-  //
+  /// Plots the number of summed pulses per pad on a given TPC side
+  /// 'nameFileIn': root-file created with the Process function
 
   TFile fileIn(nameFileIn,"READ");
   TH1F *his;
@@ -914,11 +893,9 @@ TH2F *AliTPCCalibTCF::PlotOccupSummary2Dhist(const char *nameFileIn, Int_t side)
 
 //____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::PlotOccupSummary(const char *nameFile, Int_t side, Int_t nPulseMin) {
-  //
-  // Plots the number of summed pulses per pad above a given minimum at the 
-  // pad position at a given TPC side
-  // 'nameFile': root-file created with the Process function
-  //
+  /// Plots the number of summed pulses per pad above a given minimum at the
+  /// pad position at a given TPC side
+  /// 'nameFile': root-file created with the Process function
 
   TFile *file = new TFile(nameFile,"READ");
   TH1F *his;
@@ -998,21 +975,19 @@ void AliTPCCalibTCF::PlotOccupSummary(const char *nameFile, Int_t side, Int_t nP
 //____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::PlotQualitySummary(const char *nameFileQuality, const char *plotSpec, const char *cut, const char *pOpt)
 {
-  // 
-  // This function is an easy interface to load the QualityTuple (produced with
-  // the function 'TestOn%File' and plots them according to the plot specifications
-  // 'plotSpec' e.g. "widthRed:maxUndershot"
-  // One may also set cut and plot options ("cut","pOpt") 
-  //
-  // The stored quality parameters are ...
-  //   sec:row:pad:npulse: ... usual pad info
-  //   heightDev ... height deviation in percent
-  //   areaRed ... area reduction in percent
-  //   widthRed ... width reduction in percent
-  //   undershot ... mean undershot after the pulse in ADC
-  //   maxUndershot ... maximum of the undershot after the pulse in ADC
-  //   pulseRMS ... RMS of the pulse used to calculate the Quality parameters in ADC
-  //
+  /// This function is an easy interface to load the QualityTuple (produced with
+  /// the function 'TestOn%File' and plots them according to the plot specifications
+  /// 'plotSpec' e.g. "widthRed:maxUndershot"
+  /// One may also set cut and plot options ("cut","pOpt")
+  ///
+  /// The stored quality parameters are ...
+  ///   sec:row:pad:npulse: ... usual pad info
+  ///   heightDev ... height deviation in percent
+  ///   areaRed ... area reduction in percent
+  ///   widthRed ... width reduction in percent
+  ///   undershot ... mean undershot after the pulse in ADC
+  ///   maxUndershot ... maximum of the undershot after the pulse in ADC
+  ///   pulseRMS ... RMS of the pulse used to calculate the Quality parameters in ADC
 
   TFile file(nameFileQuality,"READ");
   TNtuple *qualityTuple = (TNtuple*)file.Get("TCFquality");
@@ -1043,10 +1018,8 @@ void AliTPCCalibTCF::PlotQualitySummary(const char *nameFileQuality, const char
 
 //_____________________________________________________________________________
 Int_t AliTPCCalibTCF::FitPulse(TNtuple *dataTuple, Double_t *coefZ, Double_t *coefP) {
-  //
-  // function to fit one pulse and to calculate the according pole-zero parameters
-  //
+  /// function to fit one pulse and to calculate the according pole-zero parameters
+
   // initialize TMinuit with a maximum of 8 params
   TMinuit *minuitFit = new TMinuit(8);
   minuitFit->mncler();                    // Reset Minuit's list of paramters
@@ -1130,10 +1103,8 @@ Int_t AliTPCCalibTCF::FitPulse(TNtuple *dataTuple, Double_t *coefZ, Double_t *co
 //____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::FitFcn(Int_t &/*nPar*/, Double_t */*grad*/, Double_t &f, Double_t * const par, Int_t /*iflag*/)
 {
-  //
-  // Minimization function needed for TMinuit with FitFunction included 
-  // Fit function: Sum of three convolution terms (IRF conv. with Exp.)
-  //
+  /// Minimization function needed for TMinuit with FitFunction included
+  /// Fit function: Sum of three convolution terms (IRF conv. with Exp.)
 
   // Get Data ...
   TNtuple *dataTuple = (TNtuple *) gMinuit->GetObjectFit();
@@ -1179,9 +1150,7 @@ void AliTPCCalibTCF::FitFcn(Int_t &/*nPar*/, Double_t */*grad*/, Double_t &f, Do
 
 //____________________________________________________________________________
 Double_t* AliTPCCalibTCF::ExtractPZValues(Double_t *param) {
-  //
-  // Calculation of Pole and Zero values out of fit parameters
-  //
+  /// Calculation of Pole and Zero values out of fit parameters
 
   Double_t vA1, vA2, vA3, vTT1, vTT2, vTT3, vTa, vTb;
   vA1 = 0;  vA2 = 0;  vA3 = 0;
@@ -1250,10 +1219,8 @@ Double_t* AliTPCCalibTCF::ExtractPZValues(Double_t *param) {
 
 //____________________________________________________________________________
 Int_t AliTPCCalibTCF::Equalization(TNtuple *dataTuple, Double_t *coefZ, Double_t *coefP) {
-  //
-  // calculates the 3rd set of TCF parameters (remaining 2 PZ values) in 
-  // order to restore the original pulse height and adds them to the passed arrays
-  //
+  /// calculates the 3rd set of TCF parameters (remaining 2 PZ values) in
+  /// order to restore the original pulse height and adds them to the passed arrays
 
   const Int_t kPulseLength = dataTuple->GetEntries();
 
@@ -1327,11 +1294,10 @@ Int_t AliTPCCalibTCF::Equalization(TNtuple *dataTuple, Double_t *coefZ, Double_t
 
 //____________________________________________________________________________
 Int_t AliTPCCalibTCF::FindCorTCFparam(TH1F * const hisIn, const char *nameFileTCF, Double_t *coefZ, Double_t *coefP) {
-  //
-  // This function searches for the correct TCF parameters to the given
-  // histogram 'hisIn' within the file 'nameFileTCF' 
-  // If no parameters for this pad (padinfo within the histogram!) where found
-  // the function returns 0
+  /// This function searches for the correct TCF parameters to the given
+  /// histogram 'hisIn' within the file 'nameFileTCF'
+  /// If no parameters for this pad (padinfo within the histogram!) where found
+  /// the function returns 0
 
   //  Int_t numPulse = (Int_t)hisIn->GetBinContent(1); // number of pulses
   Int_t sector = (Int_t)hisIn->GetBinContent(2);
@@ -1393,16 +1359,15 @@ Int_t AliTPCCalibTCF::FindCorTCFparam(TH1F * const hisIn, const char *nameFileTC
 
 //____________________________________________________________________________
 Double_t *AliTPCCalibTCF::GetQualityOfTCF(TH1F *hisIn, Double_t *coefZ, Double_t *coefP, Int_t plotFlag) {
-  //
-  // This function evaluates the quality parameters of the given TCF parameters
-  // tested on the passed pulse (hisIn)
-  // The quality parameters are stored in an array. They are ...
-  //    height deviation [ADC]
-  //    area reduction [percent]
-  //    width reduction [percent]
-  //    mean undershot [ADC]
-  //    maximum of undershot after pulse [ADC]
-  //    Pulse RMS [ADC]
+  /// This function evaluates the quality parameters of the given TCF parameters
+  /// tested on the passed pulse (hisIn)
+  /// The quality parameters are stored in an array. They are ...
+  ///    height deviation [ADC]
+  ///    area reduction [percent]
+  ///    width reduction [percent]
+  ///    mean undershot [ADC]
+  ///    maximum of undershot after pulse [ADC]
+  ///    Pulse RMS [ADC]
 
   // perform ALTRO emulator
   TNtuple *pulseTuple = ApplyTCFilter(hisIn, coefZ, coefP, plotFlag); 
@@ -1552,10 +1517,8 @@ Double_t *AliTPCCalibTCF::GetQualityOfTCF(TH1F *hisIn, Double_t *coefZ, Double_t
 
 //____________________________________________________________________________
 TNtuple *AliTPCCalibTCF::ApplyTCFilter(TH1F * const hisIn, Double_t * const coefZ, Double_t * const coefP, Int_t plotFlag) {
-  //
-  // Applies the given TCF parameters on the given pulse via the ALTRO emulator 
-  // class (discret values) and stores both pulses into a returned TNtuple
-  //
+  /// Applies the given TCF parameters on the given pulse via the ALTRO emulator
+  /// class (discret values) and stores both pulses into a returned TNtuple
 
   Int_t nbins = hisIn->GetNbinsX() -4; 
   // -1 because the first four timebins usually contain pad specific informations  
@@ -1640,9 +1603,7 @@ TNtuple *AliTPCCalibTCF::ApplyTCFilter(TH1F * const hisIn, Double_t * const coef
 
 //____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::PrintPulseThresholds() {
-  //
-  // Prints the pulse threshold settings
-  //
+  /// Prints the pulse threshold settings
 
   printf("   %4.0d [ADC] ... expected Gate fluctuation length \n", fGateWidth);
   printf("   %4.0d [ADC] ... expected usefull signal length \n",  fSample);
@@ -1658,16 +1619,16 @@ void AliTPCCalibTCF::PrintPulseThresholds() {
 //____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::MergeHistoPerFile(const char *fileNameIn, const char *fileNameSum, Int_t mode)
 {
-  // Gets histograms from fileNameIn and adds contents to fileSum
-  //
-  // If fileSum doesn't exist, fileSum is created
-  //   mode = 0, just ONE BIG FILE ('fileSum') will be used
-  //   mode = 1, one file per sector ('fileSum-Sec#.root') will be used 
-  // mode=1 is much faster, but the additional function 'MergeToOneFile' has to be used in order to  
-  // get one big and complete collection file again ...
-  //
-  // !Make sure not to add the same file more than once!
-  
+  /// Gets histograms from fileNameIn and adds contents to fileSum
+  ///
+  /// If fileSum doesn't exist, fileSum is created
+  ///   mode = 0, just ONE BIG FILE ('fileSum') will be used
+  ///   mode = 1, one file per sector ('fileSum-Sec#.root') will be used
+  /// mode=1 is much faster, but the additional function 'MergeToOneFile' has to be used in order to
+  /// get one big and complete collection file again ...
+  ///
+  /// !Make sure not to add the same file more than once!
+
   TFile fileIn(fileNameIn,"READ");
   TH1F *hisIn;                             
   TKey *key;                                          
@@ -1742,9 +1703,9 @@ void AliTPCCalibTCF::MergeHistoPerFile(const char *fileNameIn, const char *fileN
 //____________________________________________________________________________
 void AliTPCCalibTCF::MergeToOneFile(const char *nameFileSum) {
 
-  // Merges all Sec-files together ...
-  // this is an additional functionality for the function MergeHistsPerFile
-  // if for example mode=1
+  /// Merges all Sec-files together ...
+  /// this is an additional functionality for the function MergeHistsPerFile
+  /// if for example mode=1
 
   TH1F *hisIn;
   TKey *key;
@@ -1798,19 +1759,18 @@ void AliTPCCalibTCF::MergeToOneFile(const char *nameFileSum) {
 
 //____________________________________________________________________________
 Int_t AliTPCCalibTCF::DumpTCFparamToFilePerPad(const char *nameFileTCFPerPad,const char *nameFileTCFPerSec, const char *nameMappingFile) {
-  //
-  // Writes TCF parameters per PAD to .data file
-  //
-  // from now on: "roc" refers to the offline sector numbering
-  //              "sector" refers to the 18 sectors per side
-  //
-  // Gets TCF parameters of single pads from nameFileTCFPerPad and writes them to
-  // the file 'tpcTCFparamPAD.data'
-  //
-  // If there are parameters for a pad missing, then the parameters of the roc,
-  // in which the pad is located, are used as the pad parameters. The parameters for
-  // the roc are retreived from nameFileTCFPerSec. If there are parameters for
-  // a roc missing, then the parameters are set to -1.  
+  /// Writes TCF parameters per PAD to .data file
+  ///
+  /// from now on: "roc" refers to the offline sector numbering
+  ///              "sector" refers to the 18 sectors per side
+  ///
+  /// Gets TCF parameters of single pads from nameFileTCFPerPad and writes them to
+  /// the file 'tpcTCFparamPAD.data'
+  ///
+  /// If there are parameters for a pad missing, then the parameters of the roc,
+  /// in which the pad is located, are used as the pad parameters. The parameters for
+  /// the roc are retreived from nameFileTCFPerSec. If there are parameters for
+  /// a roc missing, then the parameters are set to -1.
 
   Float_t k0 = -1, k1 = -1, k2 = -1, l0 = -1, l1 = -1, l2 = -1;
   Int_t roc, row, pad, side, sector, rcu, hwAddr; 
@@ -1952,17 +1912,16 @@ Int_t AliTPCCalibTCF::DumpTCFparamToFilePerPad(const char *nameFileTCFPerPad,con
 
 //____________________________________________________________________________
 Int_t AliTPCCalibTCF::DumpTCFparamToFilePerSector(const char *nameFileTCFPerSec, const char *nameMappingFile) {
-  //
-  // Writes TCF parameters per SECTOR (=ROC) to .data file
-  //
-  // from now on: "roc" refers to the offline sector numbering
-  //              "sector" refers to the 18 sectors per side
-  //
-  // Gets TCF parameters of a roc from nameFileTCFPerSec and writes them to
-  // the file 'tpcTCFparamSector.data'
-  //
-  // If there are parameters for a roc missing, then the parameters are set to -1
-  
+  /// Writes TCF parameters per SECTOR (=ROC) to .data file
+  ///
+  /// from now on: "roc" refers to the offline sector numbering
+  ///              "sector" refers to the 18 sectors per side
+  ///
+  /// Gets TCF parameters of a roc from nameFileTCFPerSec and writes them to
+  /// the file 'tpcTCFparamSector.data'
+  ///
+  /// If there are parameters for a roc missing, then the parameters are set to -1
+
   Float_t k0 = -1, k1 = -1, k2 = -1, l0 = -1, l1 = -1, l2 = -1;
   Int_t entryNum = 0;
   Int_t validFlag = 0; // 1 if parameters for roc exist
index 7853cd6..487e403 100644 (file)
@@ -5,10 +5,8 @@
 /* Copyright(c) 2007-08, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
  * See cxx source for full Copyright notice                             */
 
-///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//                        Class AliTPCCalibTCF                               //
-// Class for Extraction and test of TCF parameters needed by the ALTRO chip  //
-///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/// \class AliTPCCalibTCF
+/// \brief Extraction and test of TCF parameters needed by the ALTRO chip
 
 #include "TSystem.h"
 #include <exception>
@@ -61,13 +59,13 @@ public:
 private:
   
   // tresholds for proper pulse finder (Analyze functions)
-  Int_t fGateWidth;     // expected Gate fluctuation length
-  Int_t fSample;        // expected usefull signal length
-  Int_t fPulseLength;   // needed pulselength for TC characterisation
-  Int_t fLowPulseLim;   // lower pulse height limit
-  Int_t fUpPulseLim;    // upper pulse height limit
-  Double_t fRMSLim;     // signal RMS limit
-  Double_t fRatioIntLim;// ratio of signal-integral/pulse-integral limit
+  Int_t fGateWidth;     ///< expected Gate fluctuation length
+  Int_t fSample;        ///< expected usefull signal length
+  Int_t fPulseLength;   ///< needed pulselength for TC characterisation
+  Int_t fLowPulseLim;   ///< lower pulse height limit
+  Int_t fUpPulseLim;    ///< upper pulse height limit
+  Double_t fRMSLim;     ///< signal RMS limit
+  Double_t fRatioIntLim;///< ratio of signal-integral/pulse-integral limit
 
   Int_t FitPulse(TNtuple *dataTuple, Double_t *coefZ, Double_t *coefP);
   static void FitFcn(Int_t &nPar, Double_t *grad, Double_t &f, Double_t * const par, Int_t iflag);
index a4fa591..b24c1c8 100644 (file)
@@ -1,8 +1,9 @@
-/*
-  .L AliTPCHits2Clusters.C+
-  Hits2ExactClusters();
-
-*/
+/// \file AliTPCHits2Clusters.C
+///
+/// ~~~
+/// .L AliTPCHits2Clusters.C+
+/// Hits2ExactClusters();
+/// ~~~
 
 #include "AliRun.h"
 #include "AliRunLoader.h"
@@ -29,9 +30,8 @@ void Hits2ExactClusters(){
 
 
 AliRunLoader* Init(){
-  //
-  // initialization
-  //
+  /// initialization
+
   if (gAlice) {
     delete AliRunLoader::Instance();
     delete gAlice;//if everything was OK here it is already NULL
index ba47b3e..db97d77 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
-/* $Id$ */
+/// \class AliTPCPid
 
 #include "AliTPCPid.h"
 #include "TMath.h"
 //#include <TVector.h>
+
 #include <TF1.h>
 #include <TClonesArray.h>
 //#include "AliITSIOTrack.h"
@@ -27,7 +28,9 @@
 
 using std::cout;
 using std::endl;
+/// \cond CLASSIMP
 ClassImp(AliTPCPid)
+/// \endcond
 // Correction 13.01.2003 Z.S.,Dubna
 //            22.01.2003
 //------------------------------------------------------------
@@ -59,9 +62,8 @@ AliTPCPid::AliTPCPid( const AliTPCPid& r):TObject(r),
 }
 Float_t AliTPCPid::Qcorr(Float_t xc)
 {
-  //
-  // charge correction
-  //
+  /// charge correction
+
     assert(0);
   Float_t fcorr;
   fcorr=( 0.766 +0.9692*xc -1.267*xc*xc )*( 1.-TMath::Exp(-xc*64.75) );
@@ -71,9 +73,8 @@ return fqtot/fcorr;
 //__________________________________________________________
 AliTPCPid & AliTPCPid::operator =(const AliTPCPid & param)
 {
-  //
-  // assignment operator - dummy
-  //
+  /// assignment operator - dummy
+
   if(this!=&param){
      fSigmin=param.fSigmin;
   }
@@ -82,9 +83,8 @@ AliTPCPid & AliTPCPid::operator =(const AliTPCPid & param)
 //-----------------------------------------------------------
 Float_t AliTPCPid::Qtrm(Int_t track) const
 {
-  //
-  // dummy comment (Boris!!!)
-  //
+  /// dummy comment (Boris!!!)
+
     TVector q(*( this->GetVec(track)  ));
     Int_t ml=(Int_t)q(0);
     if(ml<1)return 0.;
@@ -112,7 +112,8 @@ Float_t AliTPCPid::Qtrm(Int_t track) const
 
 Float_t AliTPCPid::Qtrm(Float_t qarr[6],Int_t narr)
 {
-  //..................
+  /// ..................
+
   Float_t q[6],qm,qmin;
   Int_t nl,ml;
   if(narr>0&&narr<7){ml=narr;}else{return 0;};
@@ -137,9 +138,8 @@ Float_t AliTPCPid::Qtrm(Float_t qarr[6],Int_t narr)
 
 Int_t  AliTPCPid::Wpik(Int_t nc,Float_t q)
 {
-  //
-  //  pi-k
-  //
+  ///  pi-k
+
     Float_t qmpi,qmk,sigpi,sigk,dpi,dk,ppi,pk;
     Float_t appi,apk;
     qmpi =fcut[nc][1];
@@ -172,9 +172,8 @@ Int_t       AliTPCPid::Wpik(Int_t nc,Float_t q)
 //-----------------------------------------------------------
 Int_t  AliTPCPid::Wpikp(Int_t nc,Float_t q)
 {
-  //
-  // pi-k-p
-  //
+  /// pi-k-p
+
    Float_t qmpi,qmk,qmp,sigpi,sigk,sigp,ppi,pk,pp;
    Float_t appi,apk,app;
 
@@ -211,17 +210,15 @@ cout<<" ppi,pk,pp="<<ppi<<"  "<<pk<<"  "<<pp<<endl;
 //-----------------------------------------------------------
 Int_t  AliTPCPid::GetPcode(TClonesArray* /*rps*/,Float_t /*pm*/) const
 {
-  //
-  // dummy ???
-  //
+  /// dummy ???
+
     return 0;    
 }
 //-----------------------------------------------------------
 Int_t   AliTPCPid::GetPcode(AliTPCtrack *track)
 {
-  //
-  // get particle code
-  //
+  /// get particle code
+
       Double_t xk,par[5]; track->GetExternalParameters(xk,par);
       Float_t phi=TMath::ASin(par[2]) + track->GetAlpha();
       if (phi<-TMath::Pi()) phi+=2*TMath::Pi();
@@ -260,9 +257,8 @@ return pcode?pcode:211;
 //-----------------------------------------------------------
 Int_t  AliTPCPid::GetPcode(Float_t q,Float_t pm)
 {
-  //
-  // get particle code
-  //
+  /// get particle code
+
     fWpi=fWk=fWp=0.;     fPcode=0;
 //1)---------------------- 0-120 MeV/c --------------
     if ( pm<=fcut[1][0] )
@@ -324,9 +320,8 @@ Int_t       AliTPCPid::GetPcode(Float_t q,Float_t pm)
 void   AliTPCPid::SetCut(Int_t n,Float_t pm,Float_t pilo,Float_t pihi,
                        Float_t klo,Float_t khi,Float_t plo,Float_t phi)
 {
-  //
-  // set cuts
-  //
+  /// set cuts
+
     fcut[n][0]=pm;
     fcut[n][1]=pilo;
     fcut[n][2]=pihi;
@@ -339,27 +334,24 @@ void      AliTPCPid::SetCut(Int_t n,Float_t pm,Float_t pilo,Float_t pihi,
 //------------------------------------------------------------
 void AliTPCPid::SetVec(Int_t ntrack,TVector info) const
 {
-  //
-  // new track vector
-  //
+  /// new track vector
+
 TClonesArray& arr=*trs;
     new( arr[ntrack] ) TVector(info);
 }
 //-----------------------------------------------------------
 TVector* AliTPCPid::GetVec(Int_t ntrack) const
 {
-  //
-  // get track vector
-  //
+  /// get track vector
+
 TClonesArray& arr=*trs;
     return (TVector*)arr[ntrack];
 }
 //-----------------------------------------------------------
 void AliTPCPid::SetEdep(Int_t track,Float_t Edep)
 {
-  //
-  // energy deposit
-  //
+  /// energy deposit
+
     TVector xx(0,11);
     if( ((TVector*)trs->At(track))->IsValid() )
        {TVector yy( *((TVector*)trs->At(track)) );xx=yy; }
@@ -371,9 +363,8 @@ void AliTPCPid::SetEdep(Int_t track,Float_t Edep)
 //-----------------------------------------------------------
 void AliTPCPid::SetPmom(Int_t track,Float_t Pmom)
 {
-  //
-  // set part. momentum
-  //
+  /// set part. momentum
+
     TVector xx(0,11);
     if( ((TVector*)trs->At(track))->IsValid() )
        {TVector yy( *((TVector*)trs->At(track)) );xx=yy; }
@@ -384,9 +375,8 @@ void AliTPCPid::SetPmom(Int_t track,Float_t Pmom)
 //-----------------------------------------------------------
 void AliTPCPid::SetPcod(Int_t track,Int_t partcode)
 {
-  //
-  // set part. code
-  //
+  /// set part. code
+
     TVector xx(0,11);
     if( ((TVector*)trs->At(track))->IsValid() )
        {TVector yy( *((TVector*)trs->At(track)) );xx=yy; }
@@ -399,9 +389,8 @@ void AliTPCPid::SetPcod(Int_t track,Int_t partcode)
 //-----------------------------------------------------------
 void AliTPCPid::PrintPID(Int_t track)
 {
-  //
-  // control print
-  //
+  /// control print
+
 cout<<fmxtrs<<" tracks in AliITSPid obj."<<endl;
     if( ((TVector*)trs->At(track))->IsValid() )
        {TVector xx( *((TVector*)trs->At(track)) );
@@ -413,9 +402,8 @@ cout<<fmxtrs<<" tracks in AliITSPid obj."<<endl;
 //-----------------------------------------------------------
 void AliTPCPid::Tab(void)
 {
-  //
-  // fill table
-  //
+  /// fill table
+
 if(trs->GetEntries()==0){cout<<"No entries in TAB"<<endl;return;}
 cout<<"------------------------------------------------------------------------"<<endl;
 cout<<"Nq"<<"   q1  "<<"   q2  "<<"   q3  "<<"   q4  "<<"   q5   "<<
@@ -457,9 +445,8 @@ for(Int_t i=0;i<trs->GetEntries();i++)
 }
 void AliTPCPid::Reset(void)
 {
-  //
-  // reset
-  //
+  /// reset
+
   for(Int_t i=0;i<trs->GetEntries();i++){
     TVector xx(0,11);
     TClonesArray &arr=*trs;
index 12fb311..611c9a2 100644 (file)
@@ -4,7 +4,7 @@
 /* Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
  * See cxx source for full Copyright notice                               */
 
-/* $Id$ */
+/// \class AliTPCPid
 
 #include <TObject.h>
 #include <TVector.h>
@@ -13,7 +13,7 @@
 
 class TF1;
 class TClonesArray;
-//___________________________________________________________________________
+
 class  AliTPCPid :
   public TObject {
 
@@ -53,18 +53,18 @@ public:
        Int_t   Kaon(){return /*fWk=1.,*/fPcode=321;}
        Int_t   Proton(){return /*fWp=1.,*/fPcode=2212;}
 private:
-       TF1 *fCutKa; // function
-       TF1 *fCutPr; // function
-       Float_t fCutKaTune,fCutPrTune; // tune cuts
-       Float_t fSigmin; // sigma min
-        Int_t   fSilent; // flag
-       Float_t fcut[13][7],faprob[3][8]; //cuts
-       Int_t       fmxtrs; // fmxtrs
-       TClonesArray *trs; //pointer
-       Float_t fqtot; // tot q
-       Float_t fWpi,fWk,fWp; // weights
-       Float_t fRpik,fRppi,fRpka,fRp; // ratios
-       Int_t   fPcode; //p-code
+       TF1 *fCutKa; ///< function
+       TF1 *fCutPr; ///< function
+       Float_t fCutKaTune,fCutPrTune; ///< tune cuts
+       Float_t fSigmin; ///< sigma min
+        Int_t   fSilent; ///< flag
+       Float_t fcut[13][7],faprob[3][8]; ///< cuts
+       Int_t       fmxtrs; ///< fmxtrs
+       TClonesArray *trs; ///< pointer
+       Float_t fqtot; ///< tot q
+       Float_t fWpi,fWk,fWp; ///< weights
+       Float_t fRpik,fRppi,fRpka,fRp; ///< ratios
+       Int_t   fPcode; ///< p-code
 
   ClassDef(AliTPCPid,1) // Class for TPC PID
 
index ba19231..c72fb2a 100644 (file)
@@ -1,33 +1,31 @@
-/*
-  
- Class AliTPCtransformation:
- Should represent general non linear transformation. Currently tune for TPConly.
- To be used:
- 1. Simulation-Digitization
- 2. Reconstruction - AliTPCTransform
- 3. Calibration/Alignment (KalmanFilter, Milipedde)
- 4. Set of transformation to be stored/retrieved as OCDB entry 
-
- Base functionality:
- 1. Double_t GetDeltaXYZ(Int_t coord, Int_t volID, Double_t param, Double_t x, Double_t y, Double_t z)
- Get correction - return the delta of coordinate coord dx or dy or dz for given volID for point at point (x,y,z)
- All coordinates are global
-
- 2. The transformation should work only for given volIDs and detector IDs
-    Currently Bitmask is used for filtering 
-
-
- Transformation - naming convention:
- //
- XXX(local)YYYZZZ
- TPClocaldLxdGX
- XXX   - detector if detector specific
- local - if local transforamtion
- YYY   - type of transformation
- ZZZ   - return type of transformation
-
-*/
+/// \class AliTPCTransformation
+/// \brief Should represent general non linear transformation.
+///
+/// Currently tune for TPConly.
+///
+/// To be used:
+/// 1. Simulation-Digitization
+/// 2. Reconstruction - AliTPCTransform
+/// 3. Calibration/Alignment (KalmanFilter, Milipedde)
+/// 4. Set of transformation to be stored/retrieved as OCDB entry
+///
+/// Base functionality:
+///
+/// 1. Double_t GetDeltaXYZ(Int_t coord, Int_t volID, Double_t param, Double_t x, Double_t y, Double_t z)
+/// Get correction - return the delta of coordinate coord dx or dy or dz for given volID for point at point (x,y,z)
+/// All coordinates are global
+///
+/// 2. The transformation should work only for given volIDs and detector IDs
+///    Currently Bitmask is used for filtering
+///
+/// Transformation - naming convention:
+///
+/// XXX(local)YYYZZZ
+/// TPClocaldLxdGX
+/// XXX   - detector if detector specific
+/// local - if local transforamtion
+/// YYY   - type of transformation
+/// ZZZ   - return type of transformation
 
 #include <string.h>
 #include "TRandom.h"
 #include "AliLog.h"
 #include "AliTPCTransformation.h"
 
+/// \cond CLASSIMP
 ClassImp(AliTPCTransformation)
-
+/// \endcond
 
 AliTPCTransformation::GenFuncG    AliTPCTransformation::fgFormulas[10000];
 TObjArray*  AliTPCTransformation::fgFormulasName = new TObjArray(10000);
 
 
 void AliTPCTransformation::RegisterFormula(const char * name, GenFuncG formula){
-  //
-  // Add Formula to the list of formulas
-  //
+  /// Add Formula to the list of formulas
+
   Int_t last= fgFormulasName->GetEntries();
   fgFormulasName->AddLast(new TObjString(name));
   fgFormulas[last]=formula;
 }
 
 Int_t  AliTPCTransformation::BuildBasicFormulas(){
-  //
+  ///
 
   //
   //build list of basic TPC formulas - corrections
@@ -98,9 +96,8 @@ Int_t  AliTPCTransformation::BuildBasicFormulas(){
 }
 
 AliTPCTransformation::GenFuncG  AliTPCTransformation::FindFormula(const char * name){
-  //
-  // find formula - if registered
-  //
+  /// find formula - if registered
+
   if (fgFormulasName->FindObject(name)==0) return 0;
   Int_t entries = fgFormulasName->GetEntries();
   for (Int_t i=0;i<entries;i++){
@@ -112,9 +109,8 @@ AliTPCTransformation::GenFuncG  AliTPCTransformation::FindFormula(const char * n
 }
 
 Double_t AliTPCTransformation::Eval(const char * name, const Double_t*x,const Double_t*par){
-  //
-  // Only for test purposes - very slow
-  //
+  /// Only for test purposes - very slow
+
   GenFuncG fun = FindFormula(name);
   if (!fun) return 0;
   return fun(x,par);
@@ -142,9 +138,8 @@ AliTPCTransformation::AliTPCTransformation():
   fFormulaZ(0)       // z formula - pointer to the function
   //
 {
-  //
-  // default constructor
-  //
+  /// default constructor
+
 }
 
 
@@ -168,9 +163,8 @@ AliTPCTransformation::AliTPCTransformation(const char *name, TBits *mask, const
   fFormulaY(0),       // y formula - pointer to the function
   fFormulaZ(0)       // z formula - pointer to the function
 {
-  //
-  // non default constructor
-  //
+  /// non default constructor
+
   if (fx) fNameX= new TString(fx);
   if (fy) fNameY= new TString(fy);
   if (fz) fNameZ= new TString(fz);
@@ -197,9 +191,8 @@ AliTPCTransformation::AliTPCTransformation(const AliTPCTransformation&trafo):
   fFormulaY(0),       // y formula - pointer to the function
   fFormulaZ(0)       // z formula - pointer to the function
 {
-  //
-  // comment are above
-  //
+  /// comment are above
+
   if (trafo.fNameX) fNameX = new TString(*(trafo.fNameX)); 
   if (trafo.fNameY) fNameY = new TString(*(trafo.fNameY)); 
   if (trafo.fNameZ) fNameZ = new TString(*(trafo.fNameZ)); 
@@ -207,9 +200,8 @@ AliTPCTransformation::AliTPCTransformation(const AliTPCTransformation&trafo):
 }
 
 AliTPCTransformation::~AliTPCTransformation(){
-  //
-  // destructor
-  //
+  /// destructor
+
   delete fNameX;
   delete fNameY;
   delete fNameZ;
@@ -217,9 +209,8 @@ AliTPCTransformation::~AliTPCTransformation(){
   delete fFixedParam;
 }
 void AliTPCTransformation::SetParams(Double_t param, Double_t sigma, Double_t sigma2Time, const TVectorD *const fixedParams){
-  //
-  // Set parameters of transformation
-  //
+  /// Set parameters of transformation
+
   fParam = param;
   fSigma = sigma;
   fSigmaMax = sigma;
@@ -231,9 +222,8 @@ void AliTPCTransformation::SetParams(Double_t param, Double_t sigma, Double_t si
 
 
 Bool_t AliTPCTransformation::Init(){
-  //
-  // associate formulas with pointer to the function
-  //
+  /// associate formulas with pointer to the function
+
   Bool_t isOK=kTRUE;
   if (fNameX) {
     fFormulaX=FindFormula(fNameX->Data());
@@ -253,9 +243,8 @@ Bool_t AliTPCTransformation::Init(){
 
 
 TBits * AliTPCTransformation::BitsSide(Bool_t aside){
-  //
-  // Set bits for given side
-  //
+  /// Set bits for given side
+
   TBits * bits = new TBits(72);
   for (Int_t i=0; i<72;i++){
     if (i%36<18 && aside) (*bits)[i]=kTRUE;
@@ -267,9 +256,8 @@ TBits * AliTPCTransformation::BitsSide(Bool_t aside){
 }
 
 TBits * AliTPCTransformation::BitsAll(){
-  //
-  // Set all bits to kTRUE
-  //
+  /// Set all bits to kTRUE
+
   TBits * bits = new TBits(72);
   for (Int_t i=0; i<72;i++){
     (*bits)[i]=kTRUE;
@@ -315,15 +303,14 @@ TBits * AliTPCTransformation::BitsAll(){
 
 
 Double_t AliTPCTransformation::GetDeltaXYZ(Int_t coord, Int_t volID, Double_t param, Double_t x, Double_t y, Double_t z){
-  //
-  //
-  // coord - type of coordinate
-  //       - 0 -X
-  //         1 -Y
-  //         2 -Z
-  //         3 -R
-  //         4 -RPhi
-  //         5 -Z
+  /// coord - type of coordinate
+  ///       - 0 -X
+  ///         1 -Y
+  ///         2 -Z
+  ///         3 -R
+  ///         4 -RPhi
+  ///         5 -Z
+
   if (!fIsActive) return 0;
   if (fBitMask && (!(*fBitMask)[volID])) return 0;
   Double_t xyz[5]={x,y,z, param,volID};
@@ -368,14 +355,13 @@ Double_t AliTPCTransformation::GetDeltaXYZ(Int_t coord, Int_t volID, Double_t pa
 
 
 Double_t  AliTPCTransformation::TPCscalingRPol(Double_t *xyz, const Double_t * const param){
-  //
-  // Scaling and shift of TPC radius
-  // xyz[0..2] - global xyz of point 
-  // xyz[3]    - scale parameter
-  // param[0]  - radial scaling power
-  // param[1]  - drift  scaling power
-  // radius  from -1(at rInner)   to 1 (rOuter)
-  // driftM  from -1(at 0 drift)  to 1 (250 cm drift)
+  /// Scaling and shift of TPC radius
+  /// xyz[0..2] - global xyz of point
+  /// xyz[3]    - scale parameter
+  /// param[0]  - radial scaling power
+  /// param[1]  - drift  scaling power
+  /// radius  from -1(at rInner)   to 1 (rOuter)
+  /// driftM  from -1(at 0 drift)  to 1 (250 cm drift)
 
   Double_t rInner=78.8;
   Double_t rOuter=258.0; 
@@ -388,11 +374,10 @@ Double_t  AliTPCTransformation::TPCscalingRPol(Double_t *xyz, const Double_t * c
 
 
 Double_t  AliTPCTransformation::TPCscalingZDrift(Double_t *xyz, const Double_t * const param){
-  //
-  //
-  // Scaling and shift of TPC radius
-  // xyz[0..2] - global xyz of point 
-  // xyz[3]    - scale parameter
+  /// Scaling and shift of TPC radius
+  /// xyz[0..2] - global xyz of point
+  /// xyz[3]    - scale parameter
+
   Double_t driftP  = TMath::Power(1. - TMath::Abs(xyz[2]/250.), param[0]);
   Int_t    sector = TMath::Nint(xyz[4]);
   Double_t deltaZ  = (sector%36<18) ? -driftP : driftP;
@@ -400,13 +385,12 @@ Double_t  AliTPCTransformation::TPCscalingZDrift(Double_t *xyz, const Double_t *
 }
 
 Double_t  AliTPCTransformation::TPCscalingZDriftT0(Double_t *xyz, const Double_t * const /*param*/){
-  //
-  //
-  // Z shift because time 0 offset
-  // opposite on A and C side
-  //
-  // xyz[0..2] - global xyz of point 
-  // xyz[3]    - scale parameter
+  /// Z shift because time 0 offset
+  /// opposite on A and C side
+  ///
+  /// xyz[0..2] - global xyz of point
+  /// xyz[3]    - scale parameter
+
   Int_t    sector = TMath::Nint(xyz[4]);
   Double_t sign  = (sector%36<18) ? -1 : 1;
   return sign*xyz[3];
@@ -414,11 +398,10 @@ Double_t  AliTPCTransformation::TPCscalingZDriftT0(Double_t *xyz, const Double_t
 
 
 Double_t  AliTPCTransformation::TPCscalingZDriftGy(Double_t *xyz, const Double_t * const param){
-  //
-  //
-  // Scaling and shift of TPC radius
-  // xyz[0..2] - global xyz of point 
-  // xyz[3]    - scale parameter
+  /// Scaling and shift of TPC radius
+  /// xyz[0..2] - global xyz of point
+  /// xyz[3]    - scale parameter
+
   Double_t driftP  = TMath::Power(1. - TMath::Abs(xyz[2]/250.), param[0]);
   Double_t gy      = xyz[1]/250.;
   Int_t    sector = TMath::Nint(xyz[4]);
@@ -429,12 +412,11 @@ Double_t  AliTPCTransformation::TPCscalingZDriftGy(Double_t *xyz, const Double_t
 
 
 Double_t  AliTPCTransformation::TPCscalingPhiLocal(Double_t *xyz, const Double_t * const param){
-  //
-  //
-  // Scaling if the local y -phi
-  // xyz[0..2] - global xyz of point 
-  // xyz[3]    - scale parameter
-  // value = 1 for ful drift length and parameter 1
+  /// Scaling if the local y -phi
+  /// xyz[0..2] - global xyz of point
+  /// xyz[3]    - scale parameter
+  /// value = 1 for ful drift length and parameter 1
+
   Double_t alpha       = TMath::ATan2(xyz[1],xyz[0]);
   Double_t sector      = TMath::Nint(9*alpha/TMath::Pi()-0.5);
   Double_t localAlpha  = (alpha-(sector+0.5)*TMath::Pi()/9.);
@@ -445,13 +427,12 @@ Double_t  AliTPCTransformation::TPCscalingPhiLocal(Double_t *xyz, const Double_t
 }
 
 Double_t  AliTPCTransformation::TPClocalRPhiEdge(Double_t *xyz, const Double_t *const param){
-  //
-  //
-  // Scaling if the local y -phi
-  // xyz[0..2] - global xyz of point 
-  // xyz[3]    - scale parameter
-  // param[0]  - dedge offset - should be around gap size/2.
-  // param[1]  - dedge factor - should be around gap size/2.
+  /// Scaling if the local y -phi
+  /// xyz[0..2] - global xyz of point
+  /// xyz[3]    - scale parameter
+  /// param[0]  - dedge offset - should be around gap size/2.
+  /// param[1]  - dedge factor - should be around gap size/2.
+
   Double_t alpha       = TMath::ATan2(xyz[1],xyz[0]);
   Double_t sector      = TMath::Nint(9*alpha/TMath::Pi()-0.5);
   Double_t localAlpha  = (alpha-(sector+0.5)*TMath::Pi()/9.);
@@ -464,10 +445,10 @@ Double_t  AliTPCTransformation::TPClocalRPhiEdge(Double_t *xyz, const Double_t *
 
 
 Double_t       AliTPCTransformation::TPCscalingRIFC(Double_t *xyz, const Double_t * const param){
-  //
-  // inner field cage r distorion - proportinal to 1 over distance to the IFC
-  // param[0] - drift polynom order
-  // distortion at first pad row - is normalized to 
+  /// inner field cage r distorion - proportinal to 1 over distance to the IFC
+  /// param[0] - drift polynom order
+  /// distortion at first pad row - is normalized to
+
   Double_t rInner=78.8;
   Double_t rFirst=85.2; 
   Double_t deltaR  = rFirst-rInner;
@@ -478,11 +459,10 @@ Double_t       AliTPCTransformation::TPCscalingRIFC(Double_t *xyz, const Double_
 }
 
 Double_t       AliTPCTransformation::TPCscalingROFC(Double_t *xyz, const Double_t * const param){
-  //
-  // outer field cage r distorion - proportinal to 1 over distance to the OFC
-  // param[0] - drift polynom order
-  // driftM   - from -1 to 1 
-  //
+  /// outer field cage r distorion - proportinal to 1 over distance to the OFC
+  /// param[0] - drift polynom order
+  /// driftM   - from -1 to 1
+
   Double_t rLast=245.8;
   Double_t rOuter=258.0;  
   Double_t deltaR  = rOuter-rLast;
@@ -494,14 +474,13 @@ Double_t       AliTPCTransformation::TPCscalingROFC(Double_t *xyz, const Double_
 
 
 Double_t       AliTPCTransformation::TPCdeltaFCROC(Double_t *xyz, const Double_t *const param){
-  // 
-  // delta R(Z) ROC induced
-  // param[0] - switch  0 - use distance to IFC - 1 - distance to IFC
-  // param[1] - kFC scaling factor  (multiplication factor  of (OFC-IFC))
-  // param[2] - kROC scaling factor 
-  // parameters [1] and [2] should be obtained from the electric field
-  //            simulation
-  //
+  /// delta R(Z) ROC induced
+  /// param[0] - switch  0 - use distance to IFC - 1 - distance to IFC
+  /// param[1] - kFC scaling factor  (multiplication factor  of (OFC-IFC))
+  /// param[2] - kROC scaling factor
+  /// parameters [1] and [2] should be obtained from the electric field
+  ///            simulation
+
   Double_t rInner=78.8;
   Double_t rFirst=85.2; 
   Double_t rLast=245.8;
@@ -521,13 +500,13 @@ Double_t       AliTPCTransformation::TPCdeltaFCROC(Double_t *xyz, const Double_t
 
 
 Double_t       AliTPCTransformation::TPCdeltaFCCE(Double_t *xyz, const Double_t *const param){
-  // 
-  // delta R(Z) CE (central electrode) induced
-  // param[0] - switch  0 - use distance to IFC - 1 - distance to IFC
-  // param[1] - kFC scaling factor  (multiplication factor  of (OFC-IFC))
-  // param[2] - kCE scaling factor 
-  // parameters [1] and [2] should be obtained from the electric field
-  //            simulation
+  /// delta R(Z) CE (central electrode) induced
+  /// param[0] - switch  0 - use distance to IFC - 1 - distance to IFC
+  /// param[1] - kFC scaling factor  (multiplication factor  of (OFC-IFC))
+  /// param[2] - kCE scaling factor
+  /// parameters [1] and [2] should be obtained from the electric field
+  ///            simulation
+
   Double_t rInner=78.8;
   Double_t rFirst=85.2; 
   Double_t rLast =245.8;
@@ -557,15 +536,14 @@ Double_t       AliTPCTransformation::TPCdeltaFCCE(Double_t *xyz, const Double_t
 //
 //
 Double_t AliTPCTransformation:: TPClocaldLxdGX(Double_t *xyz, const Double_t *const param){
-  //
-  // xyz - [0..2] - position 
-  //       [3]    - scale parameter
-  //       [4]    - volID
-  // param[0]= n  - cos(n *alpha)
-  // param[1]= n  - sin(n *alpha)
-  // param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite
-  // return delta in global coordiante system
-  //
+  /// xyz - [0..2] - position
+  ///       [3]    - scale parameter
+  ///       [4]    - volID
+  /// param[0]= n  - cos(n *alpha)
+  /// param[1]= n  - sin(n *alpha)
+  /// param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite
+  /// return delta in global coordiante system
+
   Int_t    sector = TMath::Nint(xyz[4]);
   Double_t alpha  = TMath::Pi()*(sector+0.5)/9;
   Double_t ca     = TMath::Cos(alpha);
@@ -579,15 +557,14 @@ Double_t AliTPCTransformation:: TPClocaldLxdGX(Double_t *xyz, const Double_t *co
 }
 
 Double_t AliTPCTransformation::TPClocaldLxdGY(Double_t *xyz, const Double_t *const param){
-  //
-  // xyz - [0..2] - position 
-  //       [3]    - scale parameter
-  //       [4]    - volID
-  // param[0]= n  - cos(n *alpha)
-  // param[1]= n  - sin(n *alpha)
-  // param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite
-  // return delta in global coordiante system
-  //
+  /// xyz - [0..2] - position
+  ///       [3]    - scale parameter
+  ///       [4]    - volID
+  /// param[0]= n  - cos(n *alpha)
+  /// param[1]= n  - sin(n *alpha)
+  /// param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite
+  /// return delta in global coordiante system
+
   Int_t    sector = TMath::Nint(xyz[4]);
   Double_t alpha  = TMath::Pi()*(sector+0.5)/9;
   //Double_t ca     = TMath::Cos(alpha);
@@ -601,15 +578,14 @@ Double_t AliTPCTransformation::TPClocaldLxdGY(Double_t *xyz, const Double_t *con
 }
 
 Double_t AliTPCTransformation:: TPClocaldLydGX(Double_t *xyz, const Double_t *const param){
-  //
-  // xyz - [0..2] - position 
-  //       [3]    - scale parameter
-  //       [4]    - volID
-  // param[0]= n  - cos(n *alpha)
-  // param[1]= n  - sin(n *alpha)
-  // param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite
-  // return delta in global coordiante system
-  //
+  /// xyz - [0..2] - position
+  ///       [3]    - scale parameter
+  ///       [4]    - volID
+  /// param[0]= n  - cos(n *alpha)
+  /// param[1]= n  - sin(n *alpha)
+  /// param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite
+  /// return delta in global coordiante system
+
   Int_t    sector = TMath::Nint(xyz[4]);
   Double_t alpha  = TMath::Pi()*(sector+0.5)/9;
   //Double_t ca     = TMath::Cos(alpha);
@@ -623,15 +599,14 @@ Double_t AliTPCTransformation:: TPClocaldLydGX(Double_t *xyz, const Double_t *co
 }
 
 Double_t AliTPCTransformation::TPClocaldLydGY(Double_t *xyz, const Double_t *const param){
-  //
-  // xyz - [0..2] - position 
-  //       [3]    - scale parameter
-  //       [4]    - volID
-  // param[0]= n  - cos(n *alpha)
-  // param[1]= n  - sin(n *alpha)
-  // param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite
-  // return delta in global coordiante system
-  //
+  /// xyz - [0..2] - position
+  ///       [3]    - scale parameter
+  ///       [4]    - volID
+  /// param[0]= n  - cos(n *alpha)
+  /// param[1]= n  - sin(n *alpha)
+  /// param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite
+  /// return delta in global coordiante system
+
   Int_t    sector = TMath::Nint(xyz[4]);
   Double_t alpha  = TMath::Pi()*(sector+0.5)/9;
   Double_t ca     = TMath::Cos(alpha);
@@ -646,15 +621,14 @@ Double_t AliTPCTransformation::TPClocaldLydGY(Double_t *xyz, const Double_t *con
 
 
 Double_t AliTPCTransformation::TPClocaldRzdGX(Double_t *xyz, const Double_t *const param){
-  //
-  // xyz - [0..2] - position 
-  //       [3]    - scale parameter - rotation angle in mrad
-  //       [4]    - volID
-  // param[0]= n  - cos(n *alpha)
-  // param[1]= n  - sin(n *alpha)
-  // param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite  
-  // return delta in global coordiante system
-  //
+  /// xyz - [0..2] - position
+  ///       [3]    - scale parameter - rotation angle in mrad
+  ///       [4]    - volID
+  /// param[0]= n  - cos(n *alpha)
+  /// param[1]= n  - sin(n *alpha)
+  /// param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite
+  /// return delta in global coordiante system
+
   Int_t    sector = TMath::Nint(xyz[4]);
   Double_t alpha  = TMath::Pi()*(sector+0.5)/9;
   Double_t ca     = TMath::Cos(alpha);  
@@ -677,15 +651,14 @@ Double_t AliTPCTransformation::TPClocaldRzdGX(Double_t *xyz, const Double_t *con
 }
 
 Double_t AliTPCTransformation::TPClocaldRzdGY(Double_t *xyz, const Double_t *const param){
-  //
-  // xyz - [0..2] - position 
-  //       [3]    - scale parameter - rotation angle in mrad
-  //       [4]    - volID
-  // param[0]= n  - cos(n *alpha)
-  // param[1]= n  - sin(n *alpha)
-  // param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite
-  // return delta in global coordiante system
-  //
+  /// xyz - [0..2] - position
+  ///       [3]    - scale parameter - rotation angle in mrad
+  ///       [4]    - volID
+  /// param[0]= n  - cos(n *alpha)
+  /// param[1]= n  - sin(n *alpha)
+  /// param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite
+  /// return delta in global coordiante system
+
   Int_t    sector = TMath::Nint(xyz[4]);
   Double_t alpha  = TMath::Pi()*(sector+0.5)/9;
   Double_t ca     = TMath::Cos(alpha);  
@@ -709,12 +682,11 @@ Double_t AliTPCTransformation::TPClocaldRzdGY(Double_t *xyz, const Double_t *con
 
 
 Double_t        AliTPCTransformation::TPCDeltaZMediumLong(Double_t *xyz, Double_t * /*param*/){
-  //
-  // xyz - [0..2] - position 
-  //        [3]    - scale parameter
-  //        [4]    - volID
-  // return delta in global coordinate system 
-  //
+  /// xyz - [0..2] - position
+  ///        [3]    - scale parameter
+  ///        [4]    - volID
+  /// return delta in global coordinate system
+
   Int_t    sector = TMath::Nint(xyz[4]);
   Double_t signZ  = (sector%36<18) ? 1: -1;  // drift direction
   if    (sector<36) return 0;     
@@ -730,12 +702,11 @@ Double_t        AliTPCTransformation::TPCDeltaZMediumLong(Double_t *xyz, Double_
 }
 
 Double_t        AliTPCTransformation::TPCDeltaZ(Double_t *xyz, const Double_t *const param){
-  //
-  // xyz - [0..2] - position 
-  //        [3]    - scale parameter
-  //        [4]    - volID
-  // return delta in global coordiante system
-  //
+  /// xyz - [0..2] - position
+  ///        [3]    - scale parameter
+  ///        [4]    - volID
+  /// return delta in global coordiante system
+
   Int_t    sector = TMath::Nint(xyz[4]);
   Double_t delta  = (sector%36<18) ? 1: -1;  // drift direction
   Double_t alpha  = TMath::Pi()*(sector+0.5)/9;
@@ -752,13 +723,14 @@ Double_t        AliTPCTransformation::TPCDeltaZ(Double_t *xyz, const Double_t *c
 
 
 Double_t       AliTPCTransformation::TPCTiltingZ(Double_t *xyz, const Double_t *const param){
-  // xyz - [0..2] - position 
-  //        [3]    - scale parameter
-  //        [4]    - volID
-  // param[0]      - n for cos
-  // param[1]      - n for sin
-  // param[2]      - IROC-ORC relative (if >0.5 )
-  // return delta in global coordinate system 
+  /// xyz - [0..2] - position
+  ///        [3]    - scale parameter
+  ///        [4]    - volID
+  /// param[0]      - n for cos
+  /// param[1]      - n for sin
+  /// param[2]      - IROC-ORC relative (if >0.5 )
+  /// return delta in global coordinate system
+
   const Double_t rFirst=85.2; 
   const Double_t rLast =245.8;
   const Double_t xIROCOROC = 133.4;  
index cb19422..8efe1ba 100644 (file)
@@ -1,16 +1,12 @@
 #ifndef ALITPCTRANSFORMATION_H
 #define ALITPCTRANSFORMATION_H
 
-//-------------------------------------------------------
-//                       TPC transformations
-//   
-//
-//   Origin: marian.ivanov@cern.ch
-//           Code is not used anymore for the TPC corrections
-//           Obsolete - will be removed soon 
-// 
-//-------------------------------------------------------
-
+/// \class AliTPCTransformation
+/// \brief TPC transformations
+///
+/// \deprecated Code is not used anymore for the TPC corrections. Obsolete - will be removed soon
+///
+/// \author Marian Ivanov <marian.ivanov@cern.ch>
 
 #include "TNamed.h"
 #include "TMatrixD.h"
@@ -51,18 +47,18 @@ public:
 
  private:
   //
-  TString  * fNameX;         // x formula
-  TString  * fNameY;         // y formula
-  TString  * fNameZ;         // z formula  
+  TString  * fNameX;         ///< x formula
+  TString  * fNameY;         ///< y formula
+  TString  * fNameZ;         ///< z formula
   //  
-  TBits    * fBitMask;       // bitmaps - transformation only for specified volID
-  Int_t      fCoordSystem;   // coord system of  output deltas 
-  Double_t   fParam;         // free parameter of transformation
-  Double_t   fSigma;         // error of the parameter
-  Double_t   fSigmaMax;      // maximal sigma (Not allowed to increase in propagate time by bigger factor)
-  Double_t   fSigma2Time;    // change of the error in time (per hour) - (For kalman filter) 
-  TVectorD  *fFixedParam;    // fixed parameters of tranformation
-  Bool_t     fIsActive;      // switch - is transformation active
+  TBits    * fBitMask;       ///< bitmaps - transformation only for specified volID
+  Int_t      fCoordSystem;   ///< coord system of  output deltas
+  Double_t   fParam;         ///< free parameter of transformation
+  Double_t   fSigma;         ///< error of the parameter
+  Double_t   fSigmaMax;      ///< maximal sigma (Not allowed to increase in propagate time by bigger factor)
+  Double_t   fSigma2Time;    ///< change of the error in time (per hour) - (For kalman filter)
+  TVectorD  *fFixedParam;    ///< fixed parameters of tranformation
+  Bool_t     fIsActive;      ///< switch - is transformation active
   //
   // predefined formulas
   //
@@ -106,12 +102,12 @@ public:
   static  Double_t       TPCDeltaZMediumLong(Double_t *xyz, Double_t * param);
   static  Double_t       TPCTiltingZ(Double_t *xyz, const Double_t *const param);
   //
-  Bool_t    fInit;          // initialization flag
-  GenFuncG  fFormulaX;      //! x formula
-  GenFuncG  fFormulaY;      //! y formula
-  GenFuncG  fFormulaZ;      //! z formula
-  static  GenFuncG    fgFormulas[10000];   //! array of pointers to formula
-  static  TObjArray*  fgFormulasName;      //! array of formalas name
+  Bool_t    fInit;          ///< initialization flag
+  GenFuncG  fFormulaX;      //!< x formula
+  GenFuncG  fFormulaY;      //!< y formula
+  GenFuncG  fFormulaZ;      //!< z formula
+  static  GenFuncG    fgFormulas[10000];   //!< array of pointers to formula
+  static  TObjArray*  fgFormulasName;      //!< array of formalas name
 
   AliTPCTransformation &operator=(const AliTPCTransformation&);    // not implemented
 
index 5e2f5e4..085b1fa 100644 (file)
@@ -1,47 +1,47 @@
-/*
-  marian.ivanov@cern.ch 
-  
-  AliTPCkalmanFit:
-
-  Kalman filter(s) for fitting of the tracks together with calibration/transformation 
-  parameters.
-
-  Correction/Transformation are currently described by set (TObjArray) of primitive 
-  correction/transformatio - AliTPCTransformation.  Currently we assume that transformation 
-  comute (in first order). AliTPCTransformation describe general non linear transformation.   
-  
-  Current calibration parameters and covariance stored (fCalibParam, fCalibCovar).
-  
-  Currenly only linear track model implemented.
-  Fits to be implemented:
-   0. Plane fitting (Laser CE)
-   1. Primary vertex fitting.
-   2. Propagation in magnetic field and fit of planes
-
-
-  
-  How to use it - see  AliTPCkalmanFit::Test function
-
-  Simple test (see AliTPCkalmanFit::Test)  
-  AliTPCTransformation::BuildBasicFormulas();
-  AliTPCkalmanFit *kalmanFit0 = AliTPCkalmanFit::Test(2000);
-  TFile f("kalmanfitTest.root");
-  Transformation visualization:
-  Transforamtion can be visualized using TFn (TF1,TF2 ...) and using tree->Draw()
-  e.g:
-  kalmanFit0->SetInstance(kalmanFit0);   // 
-  kalmanFit0->InitTransformation();      //
-  //
-  TF2 fxRZdz("fxRZdz","sign(y)*1000*(AliTPCkalmanFit::SGetTPCDeltaXYZ(0,-1,0,x,0,y)-AliTPCkalmanFit::SGetTPCDeltaXYZ(0,-1,0,x,0,y-1))",85,245,-250,250);
-  fxRZdz->Draw("");
-
-  TF2 fxRZ("fxRZ","sign(y)*10*(AliTPCkalmanFit::SGetTPCDeltaXYZ(0,-1,x,0,y))",85,245,-250,250);
-  fxRZ->Draw("");
-
-
-
-*/
+/// \class AliTPCkalmanFit
+///
+///  AliTPCkalmanFit:
+///
+///  Kalman filter(s) for fitting of the tracks together with calibration/transformation
+///  parameters.
+///
+///  Correction/Transformation are currently described by set (TObjArray) of primitive
+///  correction/transformatio - AliTPCTransformation.  Currently we assume that transformation
+///  comute (in first order). AliTPCTransformation describe general non linear transformation.
+///
+///  Current calibration parameters and covariance stored (fCalibParam, fCalibCovar).
+///
+///  Currenly only linear track model implemented.
+///  Fits to be implemented:
+///   0. Plane fitting (Laser CE)
+///   1. Primary vertex fitting.
+///   2. Propagation in magnetic field and fit of planes
+///
+///  How to use it - see  AliTPCkalmanFit::Test function
+///
+///  Simple test (see AliTPCkalmanFit::Test)
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// AliTPCTransformation::BuildBasicFormulas();
+/// AliTPCkalmanFit *kalmanFit0 = AliTPCkalmanFit::Test(2000);
+/// TFile f("kalmanfitTest.root");
+/// ~~~
+///
+/// Transformation visualization:
+/// Transforamtion can be visualized using TFn (TF1,TF2 ...) and using tree->Draw()
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// kalmanFit0->SetInstance(kalmanFit0);
+/// kalmanFit0->InitTransformation();
+///
+/// TF2 fxRZdz("fxRZdz","sign(y)*1000*(AliTPCkalmanFit::SGetTPCDeltaXYZ(0,-1,0,x,0,y)-AliTPCkalmanFit::SGetTPCDeltaXYZ(0,-1,0,x,0,y-1))",85,245,-250,250);
+/// fxRZdz->Draw("");
+///
+/// TF2 fxRZ("fxRZ","sign(y)*10*(AliTPCkalmanFit::SGetTPCDeltaXYZ(0,-1,x,0,y))",85,245,-250,250);
+/// fxRZ->Draw("");
+/// ~~~
+///
+/// \author Marian Ivanov <marian.ivanov@cern.ch>
 
 #include "TRandom.h"
 #include "TMath.h"
@@ -60,7 +60,9 @@
 #include "AliTPCTransformation.h"
 #include "AliTPCkalmanFit.h"
 
+/// \cond CLASSIMP
 ClassImp(AliTPCkalmanFit)
+/// \endcond
 
 AliTPCkalmanFit* AliTPCkalmanFit::fgInstance = 0;
 
@@ -76,9 +78,8 @@ AliTPCkalmanFit::AliTPCkalmanFit():
   fCA(0),            //! cosine of current angle
   fSA(0)            //! sinus of current angle    
 {
-  //
-  // Default constructor
-  //  
+  /// Default constructor
+
   for (Int_t ihis=0; ihis<12; ihis++){
     fLinearTrackDelta[ihis]=0;
     fLinearTrackPull[ihis]=0;
@@ -86,10 +87,8 @@ AliTPCkalmanFit::AliTPCkalmanFit():
 }
 
 void AliTPCkalmanFit::InitTransformation(){
-  //
-  // Initialize pointers to the transforamtion functions
-  //
-  //
+  /// Initialize pointers to the transforamtion functions
+
   Int_t ncalibs = fCalibration->GetEntries();
   for (Int_t icalib=0;icalib<ncalibs; icalib++){
     AliTPCTransformation * transform = (AliTPCTransformation *)fCalibration->At(icalib);
@@ -98,9 +97,8 @@ void AliTPCkalmanFit::InitTransformation(){
 }
 
 void AliTPCkalmanFit::Add(const AliTPCkalmanFit * kalman){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   Update(kalman);
   for (Int_t i=0;i<12;i++){
     if (fLinearTrackDelta[i] && kalman->fLinearTrackDelta[i]){
@@ -115,11 +113,9 @@ void AliTPCkalmanFit::Add(const AliTPCkalmanFit * kalman){
 
 
 void AliTPCkalmanFit::Init(){
-  //
-  // Initialize parameter vector and covariance matrix
-  // To be called after initialization of all of the transformations
-  //
-  //
+  /// Initialize parameter vector and covariance matrix
+  /// To be called after initialization of all of the transformations
+
   Int_t ncalibs = fCalibration->GetEntries();
   fCalibParam = new TMatrixD(ncalibs,1);
   fCalibCovar = new TMatrixD(ncalibs,ncalibs);
@@ -198,10 +194,10 @@ void AliTPCkalmanFit::Init(){
 }
 
 void AliTPCkalmanFit::SetStatus(const char * mask, Bool_t setOn, Bool_t isOr){
-  //
-  // 0. To activate all transforamtion call SetStatus(0,kTRUE)
-  // 1. To disable everything               SetStatus(0,kFALSE)
-  // 2. To activate/desactivate             SetStatus("xxx",kTRUE/kFALSE,kFALSE)
+  /// 0. To activate all transforamtion call SetStatus(0,kTRUE)
+  /// 1. To disable everything               SetStatus(0,kFALSE)
+  /// 2. To activate/desactivate             SetStatus("xxx",kTRUE/kFALSE,kFALSE)
+
   Int_t ncalibs = fCalibration->GetEntries();
   if (mask==0) {
     for (Int_t i=0; i<ncalibs;i++){
@@ -223,22 +219,21 @@ void AliTPCkalmanFit::SetStatus(const char * mask, Bool_t setOn, Bool_t isOr){
 
 
 void AliTPCkalmanFit::Update(const AliTPCkalmanFit * kalman){
-  //
-  // Update Kalman filter
-  //
+  /// Update Kalman filter
+
   Int_t ncalibs = fCalibration->GetEntries();
-  TMatrixD vecXk=*fCalibParam;       // X vector
-  TMatrixD covXk=*fCalibCovar;       // X covariance
+  TMatrixD vecXk=*fCalibParam;       ///< X vector
+  TMatrixD covXk=*fCalibCovar;       ///< X covariance
   TMatrixD &vecZk = *(kalman->fCalibParam);
   TMatrixD &measR = *(kalman->fCalibCovar);
 
-  TMatrixD matHk(ncalibs,ncalibs);   // vector to mesurement
-  TMatrixD vecYk(ncalibs,1);         // Innovation or measurement residual
-  TMatrixD matHkT(ncalibs,ncalibs);  // helper matrix Hk transpose
-  TMatrixD matSk(ncalibs,ncalibs);   // Innovation (or residual) covariance
-  TMatrixD matKk(ncalibs,ncalibs);   // Optimal Kalman gain
-  TMatrixD covXk2(ncalibs,ncalibs);  // helper matrix
-  TMatrixD covXk3(ncalibs,ncalibs);  // helper matrix
+  TMatrixD matHk(ncalibs,ncalibs);   ///< vector to mesurement
+  TMatrixD vecYk(ncalibs,1);         ///< Innovation or measurement residual
+  TMatrixD matHkT(ncalibs,ncalibs);  ///< helper matrix Hk transpose
+  TMatrixD matSk(ncalibs,ncalibs);   ///< Innovation (or residual) covariance
+  TMatrixD matKk(ncalibs,ncalibs);   ///< Optimal Kalman gain
+  TMatrixD covXk2(ncalibs,ncalibs);  ///< helper matrix
+  TMatrixD covXk3(ncalibs,ncalibs);  ///< helper matrix
   //
   for (Int_t i=0;i<ncalibs;i++){
     for (Int_t j=0;j<ncalibs;j++) matHk(i,j)=0;
@@ -262,8 +257,7 @@ void AliTPCkalmanFit::Update(const AliTPCkalmanFit * kalman){
 
 
 void AliTPCkalmanFit::FitTrackLinear(AliTrackPointArray &points, TTreeSRedirector *debug,  Float_t scalingRMSY, Float_t scalingRMSZ){
-  //
-  //
+  ///
 
   if (!fCalibParam) {
     AliError("Kalman Fit not initialized");
@@ -385,12 +379,10 @@ void AliTPCkalmanFit::FitTrackLinear(AliTrackPointArray &points, TTreeSRedirecto
 }
 
 void AliTPCkalmanFit::DumpTrackLinear(AliTrackPointArray &points, TTreeSRedirector *debug){
-  //
-  // Dump the track parameters before and after current calibration
-  //
-  // Track is divided to two parts - 
-  // X mean is defined as middle point 
-  //
+  /// Dump the track parameters before and after current calibration
+  ///
+  /// Track is divided to two parts -
+  /// X mean is defined as middle point
 
   if (!fCalibParam) {
     AliError("Kalman Fit not initialized");
@@ -595,16 +587,14 @@ void AliTPCkalmanFit::DumpTrackLinear(AliTrackPointArray &points, TTreeSRedirect
 }
 
 
-void AliTPCkalmanFit::Propagate(TTreeSRedirector */*debug*/){
-  //
-  // Propagate the Kalman
-  //
+void AliTPCkalmanFit::Propagate(TTreeSRedirector * /*debug*/){
+  /// Propagate the Kalman
+
 }
 
 void AliTPCkalmanFit::AddCovariance(const char * varName, Double_t sigma){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   if (!fCalibCovar) return;
   if (!fCalibration) return;
   if (!fCalibration->FindObject(varName)) return;
@@ -620,10 +610,9 @@ void AliTPCkalmanFit::AddCovariance(const char * varName, Double_t sigma){
 
 
 void AliTPCkalmanFit::PropagateTime(Int_t time){
-  //
-  // Propagate the calibration in time
-  // - Increase covariance matrix
-  //
+  /// Propagate the calibration in time
+  /// - Increase covariance matrix
+
   if (!fCalibCovar) return;
   Int_t ncalibs = fCalibration->GetEntries();
   Double_t deltaT = 0;
@@ -638,25 +627,23 @@ void AliTPCkalmanFit::PropagateTime(Int_t time){
 
 
 void  AliTPCkalmanFit::UpdateLinear(AliTrackPoint &point, TTreeSRedirector *debug){
-  //
-  // Update Kalman
-  //
-  //
+  /// Update Kalman
+
   Int_t ncalibs = fCalibration->GetEntries();
   Int_t kNmeas  = 2; 
   Int_t nelem   = ncalibs+4;
-  TMatrixD &vecXk=*fLinearParam;     // X vector
-  TMatrixD &covXk=*fLinearCovar;     // X covariance
+  TMatrixD &vecXk=*fLinearParam;     ///< X vector
+  TMatrixD &covXk=*fLinearCovar;     ///< X covariance
   //
-  TMatrixD matHk(kNmeas,nelem);     // vector to mesurement
-  TMatrixD vecYk(kNmeas,1);         // Innovation or measurement residual
-  TMatrixD vecZk(kNmeas,1);         // Innovation or measurement residual
+  TMatrixD matHk(kNmeas,nelem);     ///< vector to mesurement
+  TMatrixD vecYk(kNmeas,1);         ///< Innovation or measurement residual
+  TMatrixD vecZk(kNmeas,1);         ///< Innovation or measurement residual
   TMatrixD measR(kNmeas,kNmeas);
-  TMatrixD matHkT(nelem,kNmeas);    // helper matrix Hk transpose
-  TMatrixD matSk(kNmeas,kNmeas);    // Innovation (or residual) covariance
-  TMatrixD matKk(nelem,kNmeas);     // Optimal Kalman gain
-  TMatrixD covXk2(nelem,nelem);     // helper matrix
-  TMatrixD covXk3(nelem,nelem);     // helper matrix
+  TMatrixD matHkT(nelem,kNmeas);    ///< helper matrix Hk transpose
+  TMatrixD matSk(kNmeas,kNmeas);    ///< Innovation (or residual) covariance
+  TMatrixD matKk(nelem,kNmeas);     ///< Optimal Kalman gain
+  TMatrixD covXk2(nelem,nelem);     ///< helper matrix
+  TMatrixD covXk3(nelem,nelem);     ///< helper matrix
   TMatrixD mat1(nelem,nelem);
   //
   // reset matHk
@@ -736,12 +723,10 @@ void  AliTPCkalmanFit::UpdateLinear(AliTrackPoint &point, TTreeSRedirector *debu
 
 
 AliTrackPointArray * AliTPCkalmanFit::SortPoints(AliTrackPointArray &points){
-  //
-  //Creates the array  - points sorted according radius - neccessay for kalman fit
-  // 
-  //
-  // 0. choose the frame - rotation angle
-  //
+  /// Creates the array  - points sorted according radius - neccessay for kalman fit
+  ///
+  /// 0. choose the frame - rotation angle
+
   Int_t npoints = points.GetNPoints();
   if (npoints<1) return 0;
   Double_t currentAlpha = TMath::ATan2(points.GetY()[npoints-1]-points.GetY()[0], points.GetX()[npoints-1]-points.GetX()[0]);  
@@ -770,11 +755,10 @@ AliTrackPointArray * AliTPCkalmanFit::SortPoints(AliTrackPointArray &points){
 
 
 AliTrackPointArray * AliTPCkalmanFit::MakePointArrayLinear(Double_t alpha, Double_t y0, Double_t z0, Double_t ky, Double_t kz, Double_t err){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   AliTrackPointArray array(500);
-  Float_t cov[10];  // dummy covariance
+  Float_t cov[10];  ///< dummy covariance
   Int_t npoints=0;
   for (Int_t i=0;i<6;i++) cov[i]=0.001;
   for (Int_t i=0;i<500;i++){    
@@ -816,17 +800,15 @@ AliTrackPointArray * AliTPCkalmanFit::MakePointArrayLinear(Double_t alpha, Doubl
 }
 
 void AliTPCkalmanFit::AddCalibration(AliTPCTransformation * calib){
-  //
-  // Add calibration
-  //
+  /// Add calibration
+
   if (!fCalibration) fCalibration = new TObjArray(2000);
   fCalibration->AddLast(calib);
 }
 
 Int_t AliTPCkalmanFit::GetTransformationIndex(const char * trName){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   if (!fCalibration) return -1;
   if (!fCalibration->FindObject(trName)) return -1;
   //
@@ -844,9 +826,8 @@ Int_t AliTPCkalmanFit::GetTransformationIndex(const char * trName){
 
 
 void AliTPCkalmanFit::ApplyCalibration(AliTrackPointArray *array, Double_t csign){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   if (!fCalibration) return;
   Int_t ncalibs = fCalibration->GetEntries();
   if (ncalibs==0) return;
@@ -868,9 +849,8 @@ void AliTPCkalmanFit::ApplyCalibration(AliTrackPointArray *array, Double_t csign
 }
 
 Bool_t AliTPCkalmanFit::DumpCorelation(Double_t threshold,  const char *mask0, const char *mask1){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   TMatrixD &mat = *fCalibCovar;
   Int_t nrow= mat.GetNrows();
   for (Int_t irow=0; irow<nrow; irow++){
@@ -902,9 +882,8 @@ Bool_t AliTPCkalmanFit::DumpCorelation(Double_t threshold,  const char *mask0, c
 }
 
 Bool_t AliTPCkalmanFit::DumpCalib(const char *mask, Float_t correlationCut){
-  //
-  // Print calibration entries - name, value, error
-  //
+  /// Print calibration entries - name, value, error
+
   TMatrixD &mat = *fCalibCovar;
   Int_t nrow= mat.GetNrows();
   TString  strMask(mask);
@@ -938,9 +917,9 @@ Bool_t AliTPCkalmanFit::DumpCalib(const char *mask, Float_t correlationCut){
 
 
 Bool_t  AliTPCkalmanFit::CheckCovariance(TMatrixD &mat, Float_t /*maxEl*/){
-  //
-  // Check consistency of covariance matrix
-  // + symetrize coavariance matrix
+  /// Check consistency of covariance matrix
+  /// + symetrize coavariance matrix
+
   Bool_t isOK=kTRUE;
   Int_t nrow= mat.GetNrows();
   for (Int_t irow=0; irow<nrow; irow++){
@@ -983,9 +962,7 @@ Bool_t  AliTPCkalmanFit::CheckCovariance(TMatrixD &mat, Float_t /*maxEl*/){
 
 
 AliTPCkalmanFit *  AliTPCkalmanFit::Test(Int_t ntracks){
-  //
-  // This is test example
-  //
+  /// This is test example
 
   //
   // 1. Setup transformation
@@ -1005,7 +982,7 @@ AliTPCkalmanFit *  AliTPCkalmanFit::Test(Int_t ntracks){
        fpar[0]=ipar0; 
        fpar[1]=ipar1;
        if (ipar0+ipar1==0) continue;
-       Double_t param = (gRandom->Rndm()-0.5)*0.5;  // generate random parameters
+       Double_t param = (gRandom->Rndm()-0.5)*0.5;  ///< generate random parameters
        char tname[100];
        snprintf(tname,100,"tscalingR%d%dSide%d",ipar0,ipar1,iside);
        transformation = new AliTPCTransformation(tname,AliTPCTransformation::BitsSide(iside),"TPCscalingRPol",0,0,1);
@@ -1038,7 +1015,7 @@ AliTPCkalmanFit *  AliTPCkalmanFit::Test(Int_t ntracks){
      Double_t   kz  = (gRandom->Rndm()-0.5)*1;
      //generate random TPC track
      AliTrackPointArray * array  = AliTPCkalmanFit::MakePointArrayLinear(alpha,y0,z0, ky, kz,0.04);
-     AliTrackPointArray * arrayB = new AliTrackPointArray(*array);  // backup
+     AliTrackPointArray * arrayB = new AliTrackPointArray(*array);  ///< backup
      kalmanFit2->ApplyCalibration(array,1.);  // misalign ideal track
      for (Int_t icalib=0; icalib<ncalibs; icalib++){
        err[icalib] = TMath::Sqrt((*kalmanFit0->fCalibCovar)(icalib,icalib));
@@ -1110,21 +1087,20 @@ AliTPCkalmanFit *  AliTPCkalmanFit::Test(Int_t ntracks){
 
 
 Double_t AliTPCkalmanFit::GetTPCDeltaXYZ(Int_t coord, Int_t volID, Int_t icoordsys, Double_t x, Double_t y, Double_t z){
-  //
-  // function for visualization purposes
-  //
-  // coord - coordinate for output
-  //       - 0 -X
-  //         1 -Y
-  //         2 -Z
-  //         3 -R
-  //         4 -RPhi
-  //         5 -Z
-  //
-  //icoordsys - type of coordinate system for input
-  //         - 0  - x,y,z
-  //         - 1  - r,phi,z
-  //
+  /// function for visualization purposes
+  ///
+  /// coord - coordinate for output
+  ///       - 0 -X
+  ///         1 -Y
+  ///         2 -Z
+  ///         3 -R
+  ///         4 -RPhi
+  ///         5 -Z
+  ///
+  /// icoordsys - type of coordinate system for input
+  ///         - 0  - x,y,z
+  ///         - 1  - r,phi,z
+
   if (!fCalibration) return 0;
   Int_t ncalibs = fCalibration->GetEntries();
   if (ncalibs==0) return 0;
@@ -1160,9 +1136,8 @@ Double_t AliTPCkalmanFit::GetTPCDeltaXYZ(Int_t coord, Int_t volID, Int_t icoords
 
 
 Double_t AliTPCkalmanFit::SGetTPCDeltaXYZ(Int_t coord, Int_t volID, Int_t icoordsys, Double_t x, Double_t y, Double_t z){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   if (AliTPCkalmanFit::fgInstance==0) return 0;
   return AliTPCkalmanFit::fgInstance->GetTPCDeltaXYZ(coord, volID, icoordsys,x,y,z);
 }
@@ -1205,18 +1180,16 @@ Double_t AliTPCkalmanFit::GetTPCtransXYZ(Int_t coord, Int_t volID, Int_t calibID
 }
 
 Double_t AliTPCkalmanFit::SGetTPCtransXYZ(Int_t coord, Int_t volID, Int_t calibID, Int_t icoordsys, Double_t x, Double_t y, Double_t z){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   if (AliTPCkalmanFit::fgInstance==0) return 0;
   return AliTPCkalmanFit::fgInstance->GetTPCtransXYZ(coord, volID, calibID,icoordsys,x,y,z);
 }
 
 
 void AliTPCkalmanFit::MakeTreeTrans(TTreeSRedirector *debug, const char *treeName){
-  //
-  // Make the Tree before and after current calibration
-  //
+  /// Make the Tree before and after current calibration
+
   if (!fCalibParam) {
     AliError("Kalman Fit not initialized");
     return;
index 59176ce..7d0988e 100644 (file)
@@ -13,7 +13,7 @@ class AliTrackPoint;
 class TFormula;
 class TBits;
 class THnSparse;
-//
+/// \class AliTPCkalmanFit
 
 class AliTPCkalmanFit: public TNamed{
 public:
@@ -59,27 +59,27 @@ public:
   //
   // Calibration parameters
   //
-  TObjArray *fCalibration;  // array of calibrations
-  TMatrixD  *fCalibParam;   // calibration parameters 
-  TMatrixD  *fCalibCovar;   // calibration parameters 
+  TObjArray *fCalibration;  ///< array of calibrations
+  TMatrixD  *fCalibParam;   ///< calibration parameters
+  TMatrixD  *fCalibCovar;   ///< calibration parameters
   //
   // Linear track
   //
-  TMatrixD  *fLinearParam;      // linear parameters
-  TMatrixD  *fLinearCovar;      // linear covariance
-  THnSparse *fLinearTrackDelta[12];   // linear tracks matching residuals - delta 
-  THnSparse *fLinearTrackPull[12];    // linear tracks matching residuals  - pull
+  TMatrixD  *fLinearParam;      ///< linear parameters
+  TMatrixD  *fLinearCovar;      ///< linear covariance
+  THnSparse *fLinearTrackDelta[12];   ///< linear tracks matching residuals - delta
+  THnSparse *fLinearTrackPull[12];    ///< linear tracks matching residuals  - pull
   //
   //
   //
-  Int_t      fLastTimeStamp; // last time stamp - used for propagation of parameters
+  Int_t      fLastTimeStamp; ///< last time stamp - used for propagation of parameters
   //static AliTPCkalmanFit* Instance();
   void SetInstance(AliTPCkalmanFit*param){fgInstance = param;}
-  static AliTPCkalmanFit*   fgInstance; //! Instance of this class (singleton implementation)
+  static AliTPCkalmanFit*   fgInstance; //!< Instance of this class (singleton implementation)
  private:  
-  Double_t   fCurrentAlpha; //! current rotation frame
-  Double_t   fCA;           //! cosine of current angle
-  Double_t   fSA;           //! sinus of current angle  
+  Double_t   fCurrentAlpha; //!< current rotation frame
+  Double_t   fCA;           //!< cosine of current angle
+  Double_t   fSA;           //!< sinus of current angle
   AliTPCkalmanFit&  operator=(const AliTPCkalmanFit&);// not implemented
   AliTPCkalmanFit(const AliTPCkalmanFit&):TNamed(),
                                   fCalibration(0),
index 5a01514..21f46bf 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
-/* $Id$ */
-
-//
-// Class to determine the particle ID for TPC tracks
-// More comments and a description of the class will be added here
-// missing description
-// as above
-// as above
+/// \class AliTPCtrackPid
+/// \brief Class to determine the particle ID for TPC tracks
+///
+/// More comments and a description of the class will be added here.
 
 #include "AliTPCtrackPid.h"
 
+/// \cond CLASSIMP
 ClassImp(AliTPCtrackPid)
+/// \endcond
 
 AliTPCtrackPid::AliTPCtrackPid()
   :TObject(),
index e1ab0fc..21484c4 100644 (file)
@@ -4,11 +4,8 @@
 /* Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
  * See cxx source for full Copyright notice                               */
 
-/* $Id$ */
-
-//
-// Class to determine the particle ID for TPC tracks
-//
+/// \class AliTPCtrackPid
+/// \brief Class to determine the particle ID for TPC tracks
 
 #include <TMath.h>
 #include <TObject.h>
@@ -21,27 +18,26 @@ public:
     virtual ~AliTPCtrackPid(){}
 
 private:
-    Float_t fWpi;     // Particle ID
-    Float_t fWk;      // Particle k
-    Float_t fWp;      // Particle momentum
-    Float_t fSignal;  // Signal
-    Float_t fMom;     // Momentum
-    Float_t fPhi;     // Phi
-    Float_t fLam;     // Lambda
-    Int_t   fPcode;   // Particle code
-    Int_t   fLabel;   // Particle Label
+    Float_t fWpi;     ///< Particle ID
+    Float_t fWk;      ///< Particle k
+    Float_t fWp;      ///< Particle momentum
+    Float_t fSignal;  ///< Signal
+    Float_t fMom;     ///< Momentum
+    Float_t fPhi;     ///< Phi
+    Float_t fLam;     ///< Lambda
+    Int_t   fPcode;   ///< Particle code
+    Int_t   fLabel;   ///< Particle Label
     
-    Float_t fGSignal; // Signal G
-    Float_t fGMom;    // Moment G
-    Float_t fGpx;     // px G
-    Float_t fGpy;     // py G
-    Float_t fGpz;     // pz G
-    Float_t fGx;      // x G
-    Float_t fGy;      // y G
-    Float_t fGz;      // z G
-    Int_t   fGcode;   // Code G
-    Int_t   fGlab;    // Lab G
-    //
+    Float_t fGSignal; ///< Signal G
+    Float_t fGMom;    ///< Moment G
+    Float_t fGpx;     ///< px G
+    Float_t fGpy;     ///< py G
+    Float_t fGpz;     ///< pz G
+    Float_t fGx;      ///< x G
+    Float_t fGy;      ///< y G
+    Float_t fGz;      ///< z G
+    Int_t   fGcode;   ///< Code G
+    Int_t   fGlab;    ///< Lab G
 
   ClassDef(AliTPCtrackPid,1)  // TPC track PID
 };
index 4bc8d13..17f254f 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
-/* $Id$ */
-
-//
-///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//                                                                           //
-//  Time Projection Chamber version 1 -- detailed TPC and fast simulation    //
-//                                                                           // 
-//Begin_Html
-/*
-<img src="picts/AliTPCv1Class.gif">
-*/
-//End_Html
-//                                                                           //
-//                                                                           //
-///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+/// \class AliTPCv1
+///
+/// Time Projection Chamber version 1 -- detailed TPC and fast simulation
+///
+/// ![](picts/AliTPCv1Class.gif)
 
 #include <Riostream.h>
 #include <stdlib.h>
@@ -61,7 +51,9 @@
 
 using std::ifstream;
 using std::ios_base;
+/// \cond CLASSIMP
 ClassImp(AliTPCv1)
+/// \endcond
 
 //_____________________________________________________________________________
 
@@ -76,9 +68,7 @@ ClassImp(AliTPCv1)
 AliTPCv1::AliTPCv1(const char *name, const char *title) 
   :AliTPC(name, title),fIdSens(0)
  {
-  //
-  // Standard constructor for Time Projection Chamber
-  //
+  /// Standard constructor for Time Projection Chamber
 
 
   if (fTPCParam)
@@ -90,12 +80,12 @@ AliTPCv1::AliTPCv1(const char *name, const char *title)
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTPCv1::CreateGeometry()
 {
-  //-------------------------------------------------------------
-  // Creates geometry for Time Projection Chamber version 1
-  // Detailed geometry -- Fast simulation - space points
-  // at the pad-rows centers
-  // Origin M.Kowalski, INP Cracow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
-  //-----------------------------------------------------------
+  /// -------------------------------------------------------------
+  /// Creates geometry for Time Projection Chamber version 1
+  /// Detailed geometry -- Fast simulation - space points
+  /// at the pad-rows centers
+  /// Origin M.Kowalski, INP Cracow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
+  /// -----------------------------------------------------------
 
   //Begin_Html
   /*
@@ -120,7 +110,7 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   // here I define a volume TPC
   // retrive the medium name with "TPC_" as a leading string
   //
-  TGeoPcon *tpc = new TGeoPcon(0.,360.,30); //30 sections
+  TGeoPcon *tpc = new TGeoPcon(0.,360.,30); ///< 30 sections
   //
   tpc->DefineSection(0,-289.6,77.,278.);
   tpc->DefineSection(1,-262.1,77.,278.);
@@ -193,7 +183,7 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   //
   // outer insulator
   //
-  TGeoPcon *tpco = new TGeoPcon(0.,360.,6); //insulator
+  TGeoPcon *tpco = new TGeoPcon(0.,360.,6); ///< insulator
   //
   tpco->DefineSection(0,-256.6,264.8,278.);
   tpco->DefineSection(1,-253.6,264.8,278.);
@@ -209,7 +199,7 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   //
   // outer containment vessel
   //
-  TGeoPcon *tocv = new TGeoPcon(0.,360.,6);  // containment vessel
+  TGeoPcon *tocv = new TGeoPcon(0.,360.,6);  ///< containment vessel
   //
   tocv->DefineSection(0,-256.6,264.8,278.);
   tocv->DefineSection(1,-253.6,264.8,278.);
@@ -223,10 +213,10 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   TGeoMedium *m3 = gGeoManager->GetMedium("TPC_Al");
   TGeoVolume *v3 = new TGeoVolume("TPC_OCV",tocv,m3); 
   //
-  TGeoTube *to1 = new TGeoTube(274.8174,277.995,252.1); //epoxy
-  TGeoTube *to2 = new TGeoTube(274.8274,277.985,252.1); //tedlar
-  TGeoTube *to3 = new TGeoTube(274.8312,277.9812,252.1);//prepreg2
-  TGeoTube *to4 = new TGeoTube(274.9062,277.9062,252.1);//nomex
+  TGeoTube *to1 = new TGeoTube(274.8174,277.995,252.1); ///< epoxy
+  TGeoTube *to2 = new TGeoTube(274.8274,277.985,252.1); ///< tedlar
+  TGeoTube *to3 = new TGeoTube(274.8312,277.9812,252.1);///< prepreg2
+  TGeoTube *to4 = new TGeoTube(274.9062,277.9062,252.1);///< nomex
   //
   TGeoMedium *sm1 = gGeoManager->GetMedium("TPC_Epoxy");
   TGeoMedium *sm2 = gGeoManager->GetMedium("TPC_Tedlar");
@@ -257,9 +247,9 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   //
   TGeoVolume *v4 = new TGeoVolume("TPC_TOFC",tofc,m3); 
   //sandwich
-  TGeoTube *tf1 = new TGeoTube(258.0,260.0676,252.1); //tedlar
-  TGeoTube *tf2 = new TGeoTube(258.0038,260.0638,252.1); //prepreg3
-  TGeoTube *tf3 = new TGeoTube(258.0338,260.0338,252.1);//nomex
+  TGeoTube *tf1 = new TGeoTube(258.0,260.0676,252.1); ///< tedlar
+  TGeoTube *tf2 = new TGeoTube(258.0038,260.0638,252.1); ///< prepreg3
+  TGeoTube *tf3 = new TGeoTube(258.0338,260.0338,252.1);///< nomex
   //
   TGeoMedium *sm5 = gGeoManager->GetMedium("TPC_Prepreg3");
   //
@@ -326,8 +316,8 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
  
   TGeoCone *thsm = new TGeoCone(89.8,67.88,68.1,60.68,60.9);
   TGeoCone *thsmw = new TGeoCone(89.8,67.94,68.04,60.74,60.84);
-  TGeoVolume *hvsm = new TGeoVolume("TPC_HSM",thsm,mhs); //steel
-  TGeoVolume *hvsmw = new TGeoVolume("TPC_HSMW",thsmw,m12); //water 
+  TGeoVolume *hvsm = new TGeoVolume("TPC_HSM",thsm,mhs); ///< steel
+  TGeoVolume *hvsmw = new TGeoVolume("TPC_HSMW",thsmw,m12); ///< water
   // assembly heat screen muon
   hvsm->AddNode(hvsmw,1);
   //-----------------------------------------------
@@ -356,8 +346,8 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   //--------------------------------------------------
   TGeoCone *thss = new TGeoCone(89.8,60.68,60.9,65.38,65.6);       
   TGeoCone *thssw = new TGeoCone(89.8,60.74,60.84,65.44,65.54);     
-  TGeoVolume *hvss = new TGeoVolume("TPC_HSS",thss,mhs); //steel
-  TGeoVolume *hvssw = new TGeoVolume("TPC_HSSW",thssw,m12); //water 
+  TGeoVolume *hvss = new TGeoVolume("TPC_HSS",thss,mhs); ///< steel
+  TGeoVolume *hvssw = new TGeoVolume("TPC_HSSW",thssw,m12); ///< water
   //assembly heat screen shaft
   hvss->AddNode(hvssw,1);
   //-----------------------------------------------
@@ -368,10 +358,10 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   TGeoTube *t1 = new TGeoTube(76.6774,78.845,0.75);
   TGeoVolume *tv1 = new TGeoVolume("TPC_IFC2",t1,m3);
   // sandwich - outermost parts - 2 copies
-  TGeoTube *t2 = new TGeoTube(76.6774,78.845,74.175); // tedlar 38 microns
-  TGeoTube *t3 = new TGeoTube(76.6812,78.8412,74.175); // prepreg2 500 microns
-  TGeoTube *t4 = new TGeoTube(76.7312,78.7912,74.175); // prepreg3 300 microns
-  TGeoTube *t5 = new TGeoTube(76.7612,78.7612,74.175); // nomex 2 cm
+  TGeoTube *t2 = new TGeoTube(76.6774,78.845,74.175); ///< tedlar 38 microns
+  TGeoTube *t3 = new TGeoTube(76.6812,78.8412,74.175); ///< prepreg2 500 microns
+  TGeoTube *t4 = new TGeoTube(76.7312,78.7912,74.175); ///< prepreg3 300 microns
+  TGeoTube *t5 = new TGeoTube(76.7612,78.7612,74.175); ///< nomex 2 cm
   //
   TGeoVolume *tv2 = new TGeoVolume("TPC_IFC3",t2,sm2);
   TGeoVolume *tv3 = new TGeoVolume("TPC_IFC4",t3,sm3);
@@ -379,19 +369,19 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   TGeoVolume *tv5 = new TGeoVolume("TPC_IFC6",t5,sm4);
   //
   // middle parts - 2 copies
-  TGeoTube *t6 = new TGeoTube(76.6774,78.795,5.); // tedlar 38 microns
-  TGeoTube *t7 = new TGeoTube(76.6812,78.7912,5.); // prepreg2 250 microns
-  TGeoTube *t8 = new TGeoTube(76.7062,78.7662,5.); // prepreg3 300 microns
-  TGeoTube *t9 = new TGeoTube(76.7362,78.7362,5.); // nomex 2 cm
+  TGeoTube *t6 = new TGeoTube(76.6774,78.795,5.); ///< tedlar 38 microns
+  TGeoTube *t7 = new TGeoTube(76.6812,78.7912,5.); ///< prepreg2 250 microns
+  TGeoTube *t8 = new TGeoTube(76.7062,78.7662,5.); ///< prepreg3 300 microns
+  TGeoTube *t9 = new TGeoTube(76.7362,78.7362,5.); ///< nomex 2 cm
   //
   TGeoVolume *tv6 = new TGeoVolume("TPC_IFC7",t6,sm2);
   TGeoVolume *tv7 = new TGeoVolume("TPC_IFC8",t7,sm3);
   TGeoVolume *tv8 = new TGeoVolume("TPC_IFC9",t8,sm5);
   TGeoVolume *tv9 = new TGeoVolume("TPC_IFC10",t9,sm4);
   // central part - 1 copy
-  TGeoTube *t10 = new TGeoTube(76.6774,78.745,93.75); // tedlar 38 microns 
-  TGeoTube *t11 = new TGeoTube(76.6812,78.7412,93.75); // prepreg3 300 microns
-  TGeoTube *t12 = new TGeoTube(76.7112,78.7112,93.75); // nomex 2 cm
+  TGeoTube *t10 = new TGeoTube(76.6774,78.745,93.75); ///< tedlar 38 microns
+  TGeoTube *t11 = new TGeoTube(76.6812,78.7412,93.75); ///< prepreg3 300 microns
+  TGeoTube *t12 = new TGeoTube(76.7112,78.7112,93.75); ///< nomex 2 cm
   //
   TGeoVolume *tv10 = new TGeoVolume("TPC_IFC11",t10,sm2);
   TGeoVolume *tv11 = new TGeoVolume("TPC_IFC12",t11,sm5);
@@ -444,9 +434,9 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   TGeoTube *cd3 = new TGeoTube(60.6662,61.1662,71.1);  
   //
   TGeoMedium *sm6 = gGeoManager->GetMedium("TPC_Prepreg1");
-  TGeoVolume *cd1v = new TGeoVolume("TPC_CDR1",cd1,sm2); //tedlar
-  TGeoVolume *cd2v = new TGeoVolume("TPC_CDR2",cd2,sm6);// prepreg1
-  TGeoVolume *cd3v = new TGeoVolume("TPC_CDR3",cd3,sm4); //nomex
+  TGeoVolume *cd1v = new TGeoVolume("TPC_CDR1",cd1,sm2); ///< tedlar
+  TGeoVolume *cd2v = new TGeoVolume("TPC_CDR2",cd2,sm6);///< prepreg1
+  TGeoVolume *cd3v = new TGeoVolume("TPC_CDR3",cd3,sm4); ///< nomex
   //
   // seals for central drum 2 copies
   //
@@ -501,11 +491,11 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   // containing both readout chambers
   //
   Double_t openingAngle = 10.*TMath::DegToRad();
-  Double_t thick=1.5; // rib
+  Double_t thick=1.5; ///< rib
   Double_t shift = thick/TMath::Sin(openingAngle);
   //
-  Double_t lowEdge = 86.3; // hole in the wheel
-  Double_t upEdge = 240.4; // hole in the wheel
+  Double_t lowEdge = 86.3; ///< hole in the wheel
+  Double_t upEdge = 240.4; ///< hole in the wheel
   //
   new TGeoTubeSeg("sec",74.5,264.4,3.,0.,20.);
   //
@@ -527,7 +517,7 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   bar->DefineSection(0,-3.,131.5-shift,136.5-shift);
   bar->DefineSection(1,1.5,131.5-shift,136.5-shift);
   TGeoVolume *barv = new TGeoVolume("TPC_WBAR",bar,m3);
-  TGeoVolumeAssembly *ch = new TGeoVolumeAssembly("TPC_WCH");//empty segment
+  TGeoVolumeAssembly *ch = new TGeoVolumeAssembly("TPC_WCH");///< empty segment
   //
   ch->AddNode(sv,1); ch->AddNode(barv,1,tr);
   //
@@ -562,7 +552,7 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
    //
    // holes for connectors
    //
-   TGeoBBox *conn = new TGeoBBox(0.4,0.3,4.675); // identical for iroc and oroc
+   TGeoBBox *conn = new TGeoBBox(0.4,0.3,4.675); ///< identical for iroc and oroc
    TGeoVolume *connv = new TGeoVolume("TPC_RCCON",conn,m1);
    TString fileName(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"));
    fileName += "/TPC/conn_iroc.dat";
@@ -590,7 +580,7 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
    //
    // pad plane and wire fixations
    //
-   TGeoTrd1 *pp = new TGeoTrd1(14.5974,23.3521,0.3,24.825); //pad+iso
+   TGeoTrd1 *pp = new TGeoTrd1(14.5974,23.3521,0.3,24.825); ///< pad+iso
    TGeoMedium *m4 = gGeoManager->GetMedium("TPC_G10");
    TGeoVolume *ppv = new TGeoVolume("TPC_IRPP",pp,m4);
    TGeoPara *f1 = new TGeoPara(.6,.5,24.825,0.,-10.,0.);
@@ -736,8 +726,8 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
    // 
    // now iroc and oroc are placed into a sector...
    //
-   TGeoVolumeAssembly *secta = new TGeoVolumeAssembly("TPC_SECT"); // a-side
-   TGeoVolumeAssembly *sectc = new TGeoVolumeAssembly("TPC_SECT"); // c-side
+   TGeoVolumeAssembly *secta = new TGeoVolumeAssembly("TPC_SECT"); ///< a-side
+   TGeoVolumeAssembly *sectc = new TGeoVolumeAssembly("TPC_SECT"); ///< c-side
    TGeoRotation rot1("rot1",90.,90.,0.);
    TGeoRotation rot2("rot2");
    rot2.RotateY(10.);
@@ -747,12 +737,12 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
    Double_t x0,y0;
    x0=110.2*TMath::Cos(openingAngle);
    y0=110.2*TMath::Sin(openingAngle);
-   TGeoCombiTrans *combi1a = new TGeoCombiTrans("combi1",x0,y0,1.09+0.195,rot); //a-side 
-   TGeoCombiTrans *combi1c = new TGeoCombiTrans("combi1",x0,y0,1.09+0.222,rot); //c-side
+   TGeoCombiTrans *combi1a = new TGeoCombiTrans("combi1",x0,y0,1.09+0.195,rot); ///< a-side
+   TGeoCombiTrans *combi1c = new TGeoCombiTrans("combi1",x0,y0,1.09+0.222,rot); ///< c-side
    x0=188.45*TMath::Cos(openingAngle);
    y0=188.45*TMath::Sin(openingAngle);
-   TGeoCombiTrans *combi2a = new TGeoCombiTrans("combi2",x0,y0,0.99+0.195,rot); //a-side
-   TGeoCombiTrans *combi2c = new TGeoCombiTrans("combi2",x0,y0,0.99+0.222,rot); //c-side
+   TGeoCombiTrans *combi2a = new TGeoCombiTrans("combi2",x0,y0,0.99+0.195,rot); ///< a-side
+   TGeoCombiTrans *combi2c = new TGeoCombiTrans("combi2",x0,y0,0.99+0.222,rot); ///< c-side
    //
    // A-side
    //
@@ -790,20 +780,20 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   TGeoPgon *sw = new TGeoPgon(0.,20.,1,2);
   sw->DefineSection(0,-4.,80.5,251.75);
   sw->DefineSection(1,4.,80.5,251.75); 
-  TGeoVolume *swv = new TGeoVolume("TPC_SWSEG",sw,m3); //Al
+  TGeoVolume *swv = new TGeoVolume("TPC_SWSEG",sw,m3); ///< Al
   //
   thick=1.;
   shift = thick/TMath::Sin(openingAngle);
   TGeoPgon *sh = new TGeoPgon(0.,20.,1,2);
   sh->DefineSection(0,-4.,81.5-shift,250.75-shift);
   sh->DefineSection(1,4.,81.5-shift,250.75-shift);
-  TGeoVolume *shv = new TGeoVolume("TPC_SWS1",sh,m1); //Air
+  TGeoVolume *shv = new TGeoVolume("TPC_SWS1",sh,m1); ///< Air
   //
   TGeoMedium *m9 =  gGeoManager->GetMedium("TPC_Si"); 
   TGeoPgon *el = new TGeoPgon(0.,20.,1,2);
   el->DefineSection(0,-1.872,81.5-shift,250.75-shift);
   el->DefineSection(1,1.872,81.5-shift,250.75-shift);
-  TGeoVolume *elv = new TGeoVolume("TPC_ELEC",el,m9); //Si 
+  TGeoVolume *elv = new TGeoVolume("TPC_ELEC",el,m9); ///< Si
   //
   shv->AddNode(elv,1);
   //
@@ -815,7 +805,7 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   TGeoPgon *co = new TGeoPgon(0.,20.,1,2);
   co->DefineSection(0,-0.5,77.,255.25);
   co->DefineSection(1,0.5,77.,255.25);
-  TGeoVolume *cov = new TGeoVolume("TPC_SWC1",co,m3);//Al
+  TGeoVolume *cov = new TGeoVolume("TPC_SWC1",co,m3);///< Al
   // hole in a cover
   TGeoPgon *coh = new TGeoPgon(0.,20.,1,2);
   shift=4./TMath::Sin(openingAngle);
@@ -987,7 +977,7 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   TGeoVolume *rodsv = new TGeoVolume("TPC_rods",rods,m6);
   //brass connectors
  //connectors
-  TGeoTube *bcon = new TGeoTube(0.,0.3,0.3);//connectors
+  TGeoTube *bcon = new TGeoTube(0.,0.3,0.3);///< connectors
   TGeoVolume *bconv = new TGeoVolume("TPC_bcon",bcon,m13);
  //
  // hooks holding strips
@@ -1039,8 +1029,8 @@ void AliTPCv1::CreateGeometry()
   //
   // rod assembly
   //
-  TGeoVolumeAssembly *tpcrrod = new TGeoVolumeAssembly("TPC_rrod");//rrod
-  TGeoVolumeAssembly *tpcmrod = new TGeoVolumeAssembly("TPC_mrod");//makrolon rod  
+  TGeoVolumeAssembly *tpcrrod = new TGeoVolumeAssembly("TPC_rrod");///< rrod
+  TGeoVolumeAssembly *tpcmrod = new TGeoVolumeAssembly("TPC_mrod");///< makrolon rod
   //long pieces
   for(Int_t i=0;i<11;i++){
     tpcrrod->AddNode(ringv,i+1,new TGeoTranslation(0.,0.,-105.+i*21));
@@ -1251,13 +1241,13 @@ TGeoCompositeShape *tpcihs6 = new TGeoCompositeShape("tpcihs6", "tpcihs1-(tpcihs
 //
 // volumes - all makrolon
 //  
- TGeoVolume *tpcihss = new TGeoVolume("TPC_IHSS", tpcihs6, m6); //support
- TGeoVolume *tpcihst = new TGeoVolume("TPC_IHSTR",tpcihs5 , m6); //trapesoid
+ TGeoVolume *tpcihss = new TGeoVolume("TPC_IHSS", tpcihs6, m6); ///< support
+ TGeoVolume *tpcihst = new TGeoVolume("TPC_IHSTR",tpcihs5 , m6); ///< trapesoid
  //now assembly
 TGeoRotation *rot111 = new TGeoRotation(); 
 rot111->RotateY(180.0);
 //
-TGeoVolumeAssembly *tpcihs = new TGeoVolumeAssembly("TPC_IHS");    // assembly of the support
+TGeoVolumeAssembly *tpcihs = new TGeoVolumeAssembly("TPC_IHS");    ///< assembly of the support
 tpcihs->AddNode(tpcihss, 1);
 tpcihs->AddNode(tpcihst, 1, new TGeoTranslation(-4.7, 0.66, 0.0));
 tpcihs->AddNode(tpcihst, 2, new TGeoCombiTrans(4.7, 0.66, 0.0, rot111));
@@ -1331,7 +1321,7 @@ TGeoVolume *tpcinlplug = new TGeoVolume("TPC_INPLL", inplleft, m6);
 //
 //  holder + plugs
 //
- TGeoVolume *tpcihpl = new TGeoVolumeAssembly("TPC_IHPL"); //holder+2 plugs (reflected)
+ TGeoVolume *tpcihpl = new TGeoVolumeAssembly("TPC_IHPL"); ///< holder+2 plugs (reflected)
  tpcihpl->AddNode(tpcinlplug, 1);
  tpcihpl->AddNode(tpcinlplug, 2,ref);
  tpcihpl->AddNode(tpciclamp,1,new TGeoTranslation(0.0, -2.765, 0.0)); 
@@ -1363,7 +1353,7 @@ TGeoBBox *tpcomh2 = new TGeoBBox("tpcomh2", 0.8, 1.4, 6);
 TGeoVolume *tpcomh1v = new TGeoVolume("TPC_OMH1", tpcomh1, m7);    
 TGeoVolume *tpcomh2v = new TGeoVolume("TPC_OMH2", tpcomh2, m7);
 //
-TGeoVolume *tpcomh3v = new TGeoVolumeAssembly("TPC_OMH3");    // assembly1
+TGeoVolume *tpcomh3v = new TGeoVolumeAssembly("TPC_OMH3");    ///< assembly1
 tpcomh3v->AddNode(tpcomh1v, 1, new TGeoTranslation(0.8, -1.4, 4.95));
  tpcomh3v->AddNode(tpcomh1v, 2, new TGeoTranslation(0.8, -1.4, -4.95));
 tpcomh3v->AddNode(tpcomh2v, 1);
@@ -1533,7 +1523,7 @@ trans33->RegisterYourself();
 //
 TGeoCompositeShape *tpcorh9 = new TGeoCompositeShape("tpcorh9", "tpcorh1-tpcorh2-tpcorh3-tpcorh4-tpcorh5-tpcorh6-(tpcorh8:trans33)-tpcorh7");
 //
- TGeoVolume *tpcorh9v = new TGeoVolume("TPC_ORH",tpcorh9,m6); //outer rod holder 
+ TGeoVolume *tpcorh9v = new TGeoVolume("TPC_ORH",tpcorh9,m6); ///< outer rod holder
  //
  // now 2 holders together
  //
@@ -1710,7 +1700,7 @@ TGeoVolume *tpcmmh = new TGeoVolumeAssembly("TPC_MMH");
  // guard ring resistor chain
  //
 
- TGeoTube *gres1 = new TGeoTube(0.,0.375,125.);// inside ifc
+ TGeoTube *gres1 = new TGeoTube(0.,0.375,125.);///< inside ifc
  //
  TGeoVolume *vgres1 = new TGeoVolume("TPC_GRES1",gres1,m10);
 
@@ -1832,18 +1822,15 @@ TGeoVolume *tpcmmh = new TGeoVolumeAssembly("TPC_MMH");
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTPCv1::CreateMaterials()
 {
-  //
-  // Define materials for Time Projection Chamber
-  //
+  /// Define materials for Time Projection Chamber
+
   AliTPC::CreateMaterials();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTPCv1::Init()
 {
-  //
-  // Initialises TPC detector after it has been created
-  //
+  /// Initialises TPC detector after it has been created
 
   fIdSens=gMC->VolId("TPC_Strip"); // sensitive strip
 
@@ -1855,9 +1842,8 @@ void AliTPCv1::Init()
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTPCv1::StepManager()
 {
-  //
-  // Called at every step in the Time Projection Chamber
-  //
+  /// Called at every step in the Time Projection Chamber
+
   Int_t         copy, id, i;
   Float_t       hits[5];
   Int_t         vol[2];
index 9328f5f..d85415b 100644 (file)
@@ -5,9 +5,9 @@
 
 /* $Id$ */
 
-////////////////////////////////////////////////
-//  Version 1 for TPC                         //
-////////////////////////////////////////////////
+/// \class AliTPCv1
+///
+///  Version 1 for TPC
 
  
 #include "AliTPC.h"
@@ -25,7 +25,7 @@ public:
   virtual void  StepManager();
 
 protected:
-  Int_t fIdSens;    //Sensitive volume identifier
+  Int_t fIdSens;    ///< Sensitive volume identifier
 
   
   ClassDef(AliTPCv1,1)  // Time Projection Chamber version 1
index 0b87c50..2029817 100644 (file)
@@ -759,7 +759,8 @@ WARN_LOGFILE           =
 # Note: If this tag is empty the current directory is searched.
 
 INPUT                  = @CMAKE_SOURCE_DIR@/doxygen \
-                         @CMAKE_SOURCE_DIR@/TPC
+                         @CMAKE_SOURCE_DIR@/TPC \
+                         @CMAKE_SOURCE_DIR@/TPC/Attic
 
 # This tag can be used to specify the character encoding of the source files
 # that doxygen parses. Internally doxygen uses the UTF-8 encoding. Doxygen uses
@@ -851,7 +852,7 @@ EXAMPLE_RECURSIVE      = NO
 # that contain images that are to be included in the documentation (see the
 # \image command).
 
-IMAGE_PATH             = 
+IMAGE_PATH             = @CMAKE_SOURCE_DIR@/picts
 
 # The INPUT_FILTER tag can be used to specify a program that doxygen should
 # invoke to filter for each input file. Doxygen will invoke the filter program