Reimplementation of AZ algorithm in new clustering scheme
authorivana <ivana@f7af4fe6-9843-0410-8265-dc069ae4e863>
Thu, 16 Nov 2006 10:11:10 +0000 (10:11 +0000)
committerivana <ivana@f7af4fe6-9843-0410-8265-dc069ae4e863>
Thu, 16 Nov 2006 10:11:10 +0000 (10:11 +0000)
(Laurent)

MUON/AliMUONClusterFinderMLEM.cxx [new file with mode: 0644]
MUON/AliMUONClusterFinderMLEM.h [new file with mode: 0644]
MUON/AliMUONClusterSplitterMLEM.cxx [new file with mode: 0644]
MUON/AliMUONClusterSplitterMLEM.h [new file with mode: 0644]

diff --git a/MUON/AliMUONClusterFinderMLEM.cxx b/MUON/AliMUONClusterFinderMLEM.cxx
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c2dc275
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,2027 @@
+/**************************************************************************
+ * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
+ *                                                                        *
+ * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
+ * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
+ *                                                                        *
+ * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
+ * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
+ * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
+ * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
+ * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
+ * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
+ * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
+ **************************************************************************/
+
+/* $Id$ */
+
+/// \class AliMUONClusterFinderMLEM
+/// 
+/// Clusterizer class based on the Expectation-Maximization algorithm
+///
+/// Pre-clustering is handled by AliMUONPreClusterFinder
+/// From a precluster a pixel array is built, and from this pixel array
+/// a list of clusters is output (using AliMUONClusterSplitterMLEM).
+///
+/// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and 
+/// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
+
+#include "AliMUONClusterFinderMLEM.h"
+
+#include "AliLog.h"
+#include "AliMUONCluster.h"
+#include "AliMUONClusterSplitterMLEM.h"
+#include "AliMUONDigit.h"
+#include "AliMUONPad.h"
+#include "AliMUONPreClusterFinder.h"
+#include "AliMpPad.h"
+#include "AliMpVPadIterator.h"
+#include "AliMpVSegmentation.h"
+#include "AliRunLoader.h"
+#include <Riostream.h>
+#include <TH2.h>
+#include <TMinuit.h>
+#include "TCanvas.h"
+#include "TStopwatch.h"
+
+/// \cond CLASSIMP
+ClassImp(AliMUONClusterFinderMLEM)
+/// \endcond
+const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkZeroSuppression = 6; // average zero suppression value
+const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkSaturation = 3000; // average saturation level
+const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-6; // (cm) used to check overlaps and so on
+const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkIncreaseSize(-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
+const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDecreaseSize(AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
+
+ TMinuit* AliMUONClusterFinderMLEM::fgMinuit = 0x0;
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliMUONClusterFinderMLEM::AliMUONClusterFinderMLEM(Bool_t plot)
+  : AliMUONVClusterFinder(),
+fPreClusterFinder(new AliMUONPreClusterFinder),
+fPreCluster(0x0),
+fClusterList(),
+fEventNumber(0),
+fDetElemId(-1),
+fClusterNumber(0),
+fZpad(0.0),
+fReco(1),
+fCathBeg(0),
+fPixArray(new TObjArray(20)),
+fDebug(1),
+fPlot(plot),
+fTimers(new TObjArray(kLast)),
+fSplitter(0x0),
+fNClusters(0),
+fNAddVirtualPads(0)
+{
+  /// Constructor
+  fSegmentation[1] = fSegmentation[0] = 0x0; 
+
+  fPadBeg[0] = fPadBeg[1] = fCathBeg;
+
+  if (!fgMinuit) fgMinuit = new TMinuit(8);
+
+  fTimers->SetOwner(kTRUE);
+  
+  for ( Int_t i = 0; i < kLast; ++i )
+  {
+    TStopwatch* t = new TStopwatch;
+    fTimers->AddLast(new TStopwatch);
+    t->Start(kTRUE);
+    t->Stop();
+  }
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliMUONClusterFinderMLEM::~AliMUONClusterFinderMLEM()
+{
+/// Destructor
+  delete fgMinuit; fgMinuit = 0; delete fPixArray; fPixArray = 0;
+//  delete fDraw;
+  delete fPreClusterFinder;
+  for ( Int_t i = 0; i < kLast; ++i )
+  {
+    AliInfo(Form("Timer %d",i));
+    Timer(i)->Print();
+  }
+  delete fTimers;
+  delete fSplitter;
+  AliInfo(Form("Total clusters %d AddVirtualPad needed %d",
+               fNClusters,fNAddVirtualPads));
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t 
+AliMUONClusterFinderMLEM::Prepare(const AliMpVSegmentation* segmentations[2],
+                                  TClonesArray* digits[2])
+{
+  /// Prepare for clustering
+  
+  for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
+  {
+    fSegmentation[i] = segmentations[i];
+  }
+  
+  // Find out the DetElemId
+  fDetElemId = -1;
+  
+  for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
+  {
+    AliMUONDigit* d = static_cast<AliMUONDigit*>(digits[i]->First());
+    if (d)
+    {
+      fDetElemId = d->DetElemId();
+      break;
+    }
+  }
+  
+  if ( fDetElemId < 0 )
+  {
+    AliWarning("Could not find DE. Probably no digits at all ?");
+    return kFALSE;
+  }
+  
+  delete fSplitter;
+  fSplitter = new AliMUONClusterSplitterMLEM(fDetElemId,fPixArray);
+    
+  // find out current event number, and reset the cluster number
+  fEventNumber = AliRunLoader::GetRunLoader()->GetEventNumber();
+  fClusterNumber = -1;
+  fClusterList.Delete();
+  
+//  AliDebug(3,Form("EVT %d DE %d",fEventNumber,fDetElemId));
+  
+  return fPreClusterFinder->Prepare(segmentations,digits);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliMUONCluster* 
+AliMUONClusterFinderMLEM::NextCluster()
+{
+  /// Return next cluster
+  
+  ++fClusterNumber;
+  
+  // if the list of clusters is not void, pick one from there
+  if ( fClusterList.GetLast() >= 0 )
+  {
+    TObject* o = fClusterList.At(0);
+    fClusterList.RemoveAt(0);
+    return static_cast<AliMUONCluster*>(o);
+  }
+  
+  //FIXME : at this point, must check whether we've used all the digits
+  //from precluster : if not, let the preclustering know about those unused
+  //digits, so it can reuse them
+  
+  // if the cluster list is exhausted, we need to go to the next
+  // pre-cluster and treat it
+
+  fPreCluster = fPreClusterFinder->NextCluster();
+  
+  if (!fPreCluster)
+  {
+    // we are done
+    return 0x0;
+  }
+    
+  fClusterList.Delete(); // reset the list of clusters for this pre-cluster
+  
+  WorkOnPreCluster();
+
+  // WorkOnPreCluster may have used only part of the pads, so we check that
+  // now, and let the unused pads be reused by the preclustering...
+  
+  for ( Int_t i = 0; i < fPreCluster->Multiplicity(); ++i )
+  {
+    AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(i);
+    if ( !pad->IsUsed() )
+    {
+      fPreClusterFinder->UsePad(*pad);
+    }
+  }
+  
+  return NextCluster();
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t
+AliMUONClusterFinderMLEM::WorkOnPreCluster()
+{
+  /// Starting from a precluster, builds a pixel array, and then
+  /// extract clusters from this array
+  
+  AliMUONCluster* cluster = CheckPrecluster(*fPreCluster);
+  
+  if (!cluster) return kFALSE;
+    
+  BuildPixArray(*cluster);
+  
+  if ( fPixArray->GetLast() < 0 )
+  {
+    AliDebug(1,"No pixel for the above cluster");
+    delete cluster;
+    return kFALSE;
+  }
+  
+  // Use MLEM for cluster finder
+  Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100];
+  Double_t maxVal[100];
+  
+  if (cluster->Multiplicity() > 50) 
+  {
+    nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal);
+  }
+  
+  if (nMax > 1) 
+  {
+    TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in decreasing order
+  }
+  
+  Int_t iSimple = 0, nInX = -1, nInY;
+  
+  PadsInXandY(*cluster,nInX, nInY);
+  
+  if (nMax == 1 && nInX < 4 && nInY < 4) 
+  {
+    iSimple = 1; //1; // simple cluster
+  }
+  
+  for (Int_t i=0; i<nMax; ++i) 
+  {
+    if (nMax > 1) 
+    {
+      FindCluster(*cluster,localMax, maxPos[i]);
+    }
+    Timer(kMainLoop)->Start(kFALSE);
+    MainLoop(*cluster,iSimple);
+    Timer(kMainLoop)->Stop();
+    if (i < nMax-1) 
+    {
+      for (Int_t j=0; j<cluster->Multiplicity(); ++j) 
+      {
+        AliMUONPad* pad = cluster->Pad(j);
+        if ( pad->Status() == 0 ) continue; // pad charge was not modified
+        pad->SetStatus(0);
+        pad->RevertCharge(); // use backup charge value
+      }
+    }
+  } // for (Int_t i=0; i<nMax;
+  if (nMax > 1) ((TH2D*) gROOT->FindObject("anode"))->Delete();
+  TH2D *mlem = (TH2D*) gROOT->FindObject("mlem");
+  if (mlem) mlem->Delete();
+  delete cluster;
+  return kTRUE;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t 
+AliMUONClusterFinderMLEM::Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel)
+{
+  /// Check if the pad and the pixel overlaps
+
+  // make a fake pad from the pixel
+  AliMUONPad tmp(pad.DetElemId(),pad.Cathode(),pad.Ix(),pad.Iy(),
+                 pixel.Coord(0),pixel.Coord(1),
+                 pixel.Size(0),pixel.Size(1),0);
+  
+  return AliMUONPad::AreOverlapping(pad,tmp,fgkDecreaseSize);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliMUONCluster* 
+AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPrecluster(const AliMUONCluster& origCluster)
+{
+  /// Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
+  /// two-cathode preclusters)
+    
+  if (origCluster.Multiplicity()==1) 
+  { 
+    // Disregard one-pad clusters (leftovers from splitting)
+    return 0x0;
+  }
+
+  Timer(kCheckPreCluster)->Start(kFALSE);
+
+
+  AliMUONCluster* cluster = static_cast<AliMUONCluster*>(origCluster.Clone());
+
+  cluster->Sort();
+    
+  AliDebug(2,"Start of CheckPreCluster=");
+  StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
+
+  // Check if one-cathode precluster
+  Int_t i1 = cluster->Multiplicity(0) ? 0 : 1;
+  Int_t i2 = cluster->Multiplicity(1) ? 1 : 0;
+  
+  AliMUONCluster* rv(0x0);
+  
+  if (i1 != i2) 
+  { 
+    rv = CheckPreclusterTwoCathodes(cluster);
+  }
+  else
+  {
+    rv = CheckPreclusterOneCathode(cluster);
+  }
+  Timer(kCheckPreCluster)->Stop();
+  return rv;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliMUONCluster*
+AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPreclusterOneCathode(AliMUONCluster* cluster)
+{
+  /// Check single-cathode precluster
+  AliWarning("Reimplement me!");
+  AliDebug(2,"End of CheckPreClusterOneCathode=");
+  StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
+
+  return cluster;
+}  
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliMUONCluster*
+AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster)
+{
+  // Check two-cathode cluster
+  
+  Int_t i1 = cluster->Multiplicity(0) ? 0 : 1;
+  Int_t i2 = cluster->Multiplicity(1) ? 1 : 0;
+  
+  Int_t npad = cluster->Multiplicity();
+  Int_t* flags = new Int_t[npad];
+  memset(flags,0,npad*sizeof(Int_t));
+  
+  // Check pad overlaps
+  for ( Int_t i=0; i<npad; ++i) 
+  {
+    AliMUONPad* padi = cluster->Pad(i);
+    if ( padi->Cathode() != i1 ) continue;
+    for (Int_t j=i+1; j<npad; ++j) 
+    {
+      AliMUONPad* padj = cluster->Pad(j);
+      if ( padj->Cathode() != i2 ) continue;
+      if ( !AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize) ) continue;
+      flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
+    } 
+  } 
+  
+  // Check if all pads overlap
+  Int_t nFlags=0;
+  for (Int_t i=0; i<npad; ++i) 
+  {
+    if (flags[i]) continue;
+    ++nFlags;
+  }
+  
+  if (nFlags > 0) 
+  {
+    // not all pads overlap.
+    for (Int_t i=0; i<npad; ++i) 
+    {
+      AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
+      if (flags[i]) continue;
+      Int_t cath = pad->Cathode();
+      Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
+      // Check for edge effect (missing pads on the _other_ cathode)
+      AliMpPad mpPad = fSegmentation[cath1]->PadByPosition(pad->Position(),kFALSE);
+      if (!mpPad.IsValid()) continue;
+      AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
+                      fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),pad->Charge()));
+      cluster->RemovePad(pad);
+      fPreCluster->Pad(i)->Release();
+      --npad;
+    }
+  } 
+  
+  // Check correlations of cathode charges
+  if ( !cluster->IsSaturated() && cluster->ChargeAsymmetry()*2 > 1 )
+  {
+    // big difference
+    Int_t cathode = cluster->MaxRawChargeCathode();
+    Int_t imin(0);
+    Int_t imax(0);
+    Double_t cmax(0);
+    Double_t cmin(1E9);
+    
+    // get min and max pad charges on the cathode opposite to the 
+    // max pad (given by MaxRawChargeCathode())
+    //
+    for ( Int_t i = 0; i < cluster->Multiplicity(); ++i )
+    {
+      AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
+      if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() )
+      {
+        // only consider pads in the opposite cathode, and
+        // onyl consider real pads (i.e. exclude the virtual ones)
+        continue;
+      }
+      if ( pad->Charge() < cmin )
+      {
+        cmin = pad->Charge();
+        imin = i;
+      }
+      if ( pad->Charge() > cmax )
+      {
+        cmax = pad->Charge();
+        imax = i;
+      }      
+    }
+    AliDebug(2,Form("Pad imin,imax %d,%d cmin,cmax %e,%e",
+                    imin,imax,cmin,cmax));
+    //
+    // arrange pads according to their distance to the max, normalized
+    // to the pad size
+    Double_t* dist = new Double_t[cluster->Multiplicity()];
+    Double_t dxMin(1E9);
+    Double_t dyMin(1E9);
+    Double_t dmin(0);
+    
+    AliMUONPad* padmax = cluster->Pad(imax);
+    
+    for ( Int_t i = 0; i < cluster->Multiplicity(); ++i )
+    {
+      dist[i] = 0.0;
+      if ( i == imax) continue;
+      AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
+      if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
+      Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
+      Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
+      dist[i] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
+      if ( i == imin )
+      {
+        dmin = dist[i] + 1E-3; // distance to the pad with minimum charge
+        dxMin = dx;
+        dyMin = dy;
+      }      
+    }
+    
+    TMath::Sort(cluster->Multiplicity(),dist,flags,kFALSE); // in ascending order
+    Double_t xmax(-1);
+    TObjArray toBeRemoved;
+    
+    for ( Int_t i = 0; i < cluster->Multiplicity(); ++i )
+    {
+      Int_t indx = flags[i];
+      AliMUONPad* pad = cluster->Pad(indx);
+      if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
+      if ( dist[indx] > dmin )
+      {
+        // farther than the minimum pad
+        Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
+        Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
+        dx *= dxMin;
+        dy *= dyMin;
+        if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
+        if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
+        if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;        
+      }
+      if ( pad->Charge() <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1E-3 )
+      {
+        // release pad
+        if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3) 
+        {
+          cmax = TMath::Max(pad->Charge(),cmax);
+        }
+        else
+        {
+          cmax = pad->Charge();
+        }
+        xmax = dist[indx];
+        AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
+                        fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),
+                        pad->Charge()));
+  
+        toBeRemoved.AddLast(pad);
+        fPreCluster->Pad(indx)->Release();
+      }
+    }
+    for ( Int_t i = 0; i <= toBeRemoved.GetLast(); ++i )
+    {
+      cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.At(i)));
+    }    
+    delete[] dist;
+  }
+  
+  delete[] flags;
+  
+  AliDebug(2,"End of CheckPreClusterTwoCathodes=");
+  StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
+
+  return cluster;    
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void
+AliMUONClusterFinderMLEM::CheckOverlaps()
+{
+  /// For debug only : check if some pixels overlap...
+  
+  Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
+  Int_t dummy(0);
+  
+  for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i )
+  {
+    AliMUONPad* pixelI = Pixel(i);
+    AliMUONPad pi(dummy,dummy,dummy,dummy,
+                  pixelI->Coord(0),pixelI->Coord(1),
+                  pixelI->Size(0),pixelI->Size(1),0.0);
+    
+    for ( Int_t j = i+1; j < nPix; ++j )
+    {
+      AliMUONPad* pixelJ = Pixel(j);
+      AliMUONPad pj(dummy,dummy,dummy,dummy,
+                    pixelJ->Coord(0),pixelJ->Coord(1),
+                    pixelJ->Size(0),pixelJ->Size(1),0.0);  
+      AliMpArea area;
+      
+      if ( AliMUONPad::AreOverlapping(pi,pj,fgkDecreaseSize,area) )
+      {
+        AliInfo(Form("The following 2 pixels (%d and %d) overlap !",i,j));
+        StdoutToAliInfo(pixelI->Print();
+                        cout << " Surface = " << pixelI->Size(0)*pixelI->Size(1)*4 << endl;
+                        pixelJ->Print();
+                        cout << " Surface = " << pixelJ->Size(0)*pixelJ->Size(1)*4 << endl;
+                        cout << " Area surface = " << area.Dimensions().X()*area.Dimensions().Y()*4 << endl;
+                        cout << "-------" << endl;
+                        );
+        
+      }
+    }    
+  }
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster)
+{
+  /// Build pixel array for MLEM method
+  
+  Int_t npad = cluster.Multiplicity();
+  if (npad<=0) 
+  {
+    AliWarning("Got no pad at all ?!");
+  }
+  
+  fPixArray->Delete();
+  
+  if ( !cluster.Multiplicity(0) || !cluster.Multiplicity(1) )
+  {
+    BuildPixArrayOneCathode(cluster);
+  }
+  else
+  {
+    BuildPixArrayTwoCathodes(cluster);
+  }
+  
+  fPixArray->Sort(); // FIXME : not really needed, only to compare with ClusterFinderAZ
+  
+  Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
+  
+//  AliDebug(2,Form("nPix after BuildPixArray=%d",nPix));
+  
+  Double_t xPadMin(1E9);
+  Double_t yPadMin(1E9);
+  
+  for ( Int_t i = 0; i < cluster.Multiplicity(); ++i ) 
+  {
+    AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
+    xPadMin = TMath::Min (xPadMin, pad->DX());
+    yPadMin = TMath::Min (yPadMin, pad->DY());
+  }
+  
+  Double_t wxmin(1E9);
+  Double_t wymin(1E9);
+  
+  for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i ) 
+  {
+    AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
+    wxmin = TMath::Min(wxmin, pixPtr->Size(0));
+    wymin = TMath::Min(wymin, pixPtr->Size(1));
+  }
+
+  wxmin = TMath::Abs (wxmin - xPadMin/2) > 0.001 ? xPadMin : xPadMin / 2;
+  wymin = TMath::Abs (wymin - yPadMin/2) > 0.001 ? yPadMin : yPadMin / 2;
+  
+  // Check if small pixel X-size
+  AdjustPixel(cluster,wxmin, 0);
+  // Check if small pixel Y-size
+  AdjustPixel(cluster,wymin, 1);
+  // Check if large pixel size
+  AdjustPixel(wxmin, wymin);
+  
+  // Remove discarded pixels
+  for (Int_t i=0; i<nPix; ++i) 
+  {
+    AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
+    if (pixPtr->Charge() < 1) 
+    { 
+      AliDebug(2,Form("Removing pixel %d with charge<1 : ",i));
+      StdoutToAliDebug(2,pixPtr->Print());
+      RemovePixel(i);
+    }
+  }
+  
+  fPixArray->Compress();
+  nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
+  
+//  AliDebug(2,Form("nPix after AdjustPixel=%d",nPix));
+
+  if ( nPix > cluster.Multiplicity() ) 
+  {
+//    AliDebug(2,Form("Will trim number of pixels to number of pads"));
+    
+    // Too many pixels - sort and remove pixels with the lowest signal
+    fPixArray->Sort();
+    for ( Int_t i = cluster.Multiplicity(); i<nPix; ++i ) 
+    {
+      RemovePixel(i);
+    }
+    fPixArray->Compress();
+    nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
+  } // if (nPix > npad)
+
+//  StdoutToAliDebug(2,cout << "End of BuildPixelArray:" << endl;
+//                   fPixArray->Print(););
+  CheckOverlaps();//FIXME : this is for debug only. Remove it.
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster)
+{
+  /// From a single-cathode cluster, build the pixel array
+
+//  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
+
+  for ( Int_t j=0; j<cluster.Multiplicity(); ++j) 
+  {
+    AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+    AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(pad->Position(),pad->Dimensions(),
+                                            pad->Charge());    
+    fPixArray->Add(pixPtr);
+  }  
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArrayTwoCathodes(AliMUONCluster& cluster)
+{
+  /// From a two-cathodes cluster, build the pixel array
+  
+//  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
+           
+  Int_t i1 = cluster.Pad(0)->Cathode();
+  Int_t i2 = TMath::Even(i1);
+  
+  for ( Int_t i = 0; i < cluster.Multiplicity(); ++i) 
+  {
+    AliMUONPad* padi = cluster.Pad(i);
+    if (padi->Cathode() != i1) continue;
+
+    for ( Int_t j = 1; j < cluster.Multiplicity(); ++j) 
+    {
+      AliMUONPad* padj = cluster.Pad(j);
+      if (padj->Cathode() != i2) continue;
+
+      AliMpArea overlap;
+
+      if ( AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize,overlap) )
+      {      
+        AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(overlap.Position(),
+                                                overlap.Dimensions(),
+                                                TMath::Min(padi->Charge(),padj->Charge()));
+        if ( ( padi->Charge() <= padj->Charge() && padi->IsSaturated() ) ||
+             ( padj->Charge() < padi->Charge() && padj->IsSaturated() ) )
+        {
+          // if smallest charge of the 2 pads is already above saturation, then
+          // the pixel is saturated...
+          pixPtr->SetSaturated(kTRUE);
+        }
+        pixPtr->SetReal(kFALSE);
+        fPixArray->Add(pixPtr);
+      }
+    } 
+  } 
+}  
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::AdjustPixel(AliMUONCluster& cluster, 
+                                           Float_t width, Int_t ixy)
+{
+  /// Check if some pixels have small size (adjust if necessary)
+
+  AliDebug(2,Form("width=%e ixy=%d",width,ixy));
+  
+  AliMUONPad *pixPtr, *pixPtr1 = 0;
+  Int_t ixy1 = TMath::Even(ixy);
+  Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
+
+  for (Int_t i=0; i<nPix; i++) 
+  {
+    pixPtr = Pixel(i);
+    if (pixPtr->Charge() < 1) continue; // discarded pixel
+    if (pixPtr->Size(ixy)-width < -1.e-4) 
+    {
+      // try to merge 
+      for (Int_t j=i+1; j<nPix; j++) 
+      {
+        pixPtr1 = Pixel(j);
+        if (pixPtr1->Charge() < 1) continue; // discarded pixel
+        if (TMath::Abs(pixPtr1->Size(ixy)-width) < fgkDistancePrecision) continue; // right size 
+        if (TMath::Abs(pixPtr1->Coord(ixy1)-pixPtr->Coord(ixy1)) > fgkDistancePrecision) continue; // different rows/columns
+        if (TMath::Abs(pixPtr1->Coord(ixy)-pixPtr->Coord(ixy)) < 2*width) 
+        {
+          // merge
+          Double_t tmp = pixPtr->Coord(ixy) + pixPtr1->Size(ixy)*
+              TMath::Sign (1., pixPtr1->Coord(ixy) - pixPtr->Coord(ixy));
+          pixPtr->SetCoord(ixy, tmp);
+          pixPtr->SetSize(ixy, width);
+          pixPtr->SetCharge(TMath::Min (pixPtr->Charge(),pixPtr1->Charge()));
+          pixPtr1->SetCharge(0);
+          pixPtr1 = 0;
+          break;
+        }
+      } // for (Int_t j=i+1;
+      if (pixPtr1 || i == nPix-1) 
+      {
+        // edge pixel - just increase its size
+        for (Int_t j=0; j<cluster.Multiplicity(); ++j) 
+        {
+          AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+          Double_t d = ( ixy == 0 ) ? pad->X() : ( ixy == 1 ) ? pad->Y() : -1E9;
+          
+          if (pixPtr->Coord(ixy) < d) 
+          {
+            pixPtr->Shift(ixy, pixPtr->Size(ixy)-width);
+          }
+          else 
+          {
+            pixPtr->Shift(ixy, -pixPtr->Size(ixy)+width);
+          }
+          pixPtr->SetSize(ixy, width);
+          break;
+        }
+      }
+    } // if (pixPtr->Size(ixy)-width < -1.e-4)
+  } // for (Int_t i=0; i<nPix;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::AdjustPixel(Double_t wxmin, Double_t wymin)
+{
+/// Check if some pixels have large size (adjust if necessary)
+
+  AliDebug(2,Form("wxmin=%e wymin=%e",wxmin,wymin));
+  
+  Int_t n1[2], n2[2], iOK = 1, nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
+  AliMUONPad *pixPtr, pix;
+  Double_t xy0[2] = {9999, 9999}, wxy[2], dist[2] = {0};
+
+  // Check if large pixel size
+  for (Int_t i = 0; i < nPix; i++) {
+    pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
+    if (pixPtr->Charge() < 1) continue; // discarded pixel
+    if (pixPtr->Size(0) - wxmin < 1.e-4) {
+      if (xy0[0] > 9998) xy0[0] = pixPtr->Coord(0); // position of a "normal" pixel
+      if (pixPtr->Size(1) - wymin < 1.e-4) { 
+       if (xy0[1] > 9998) xy0[1] = pixPtr->Coord(1); // position of a "normal" pixel
+       continue;
+      } else iOK = 0; // large pixel
+    } else {
+      iOK = 0; // large pixel
+      if (xy0[1] > 9998 && pixPtr->Size(1) - wymin < 1.e-4) xy0[1] = pixPtr->Coord(1); // "normal" pixel
+    }      
+    if (xy0[0] < 9998 && xy0[1] < 9998) break;
+  }
+  if (iOK) return;
+
+  wxy[0] = wxmin;
+  wxy[1] = wymin;
+  //cout << xy0[0] << " " << xy0[1] << endl;
+  for (Int_t i = 0; i < nPix; i++) {
+    pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
+    if (pixPtr->Charge() < 1) continue; // discarded pixel
+    n1[0] = n1[1] = 999;
+    n2[0] = n2[1] = 1;
+    for (Int_t j = 0; j < 2; j++) {
+      if (pixPtr->Size(j) - wxy[j] < 1.e-4) continue;
+      dist[j] = (pixPtr->Coord(j) - xy0[j]) / wxy[j] / 2; // normalized distance to "normal" pixel
+      n2[j] = TMath::Nint (pixPtr->Size(j) / wxy[j]);
+      n1[j] = n2[j] == 1 ? TMath::Nint(dist[j]) : (Int_t)dist[j];
+    }
+    if (n1[0] > 998 && n1[1] > 998) continue;
+    if (fDebug) cout << " Different " << pixPtr->Size(0) << " " << wxy[0] << " "
+                    << pixPtr->Size(1) << " " << wxy[1] <<endl;
+    
+    if (n2[0] > 2 || n2[1] > 2) { 
+      //cout << n2[0] << " " << n2[1] << endl; 
+      if (n2[0] > 2 && n1[0] < 999) n1[0]--;
+      if (n2[1] > 2 && n1[1] < 999) n1[1]--;
+    }
+    //cout << n1[0] << " " << n2[0] << " " << n1[1] << " " << n2[1] << endl;
+    pix = *pixPtr;
+    pix.SetSize(0, wxy[0]); pix.SetSize(1, wxy[1]);
+    //pixPtr->Print();
+    for (Int_t ii = 0; ii < n2[0]; ii++) {
+      if (n1[0] < 999) pix.SetCoord(0, xy0[0] + (n1[0] + TMath::Sign(1.,dist[0]) * ii) * 2 * wxy[0]);
+      for (Int_t jj = 0; jj < n2[1]; jj++) {
+       if (n1[1] < 999) pix.SetCoord(1, xy0[1] + (n1[1] + TMath::Sign(1.,dist[1]) * jj) * 2 * wxy[1]);
+       fPixArray->Add(new AliMUONPad(pix));
+       //pix.Print();
+      }
+    }
+    pixPtr->SetCharge(0);
+  } // for (Int_t i = 0; i < nPix;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void
+AliMUONClusterFinderMLEM::Plot(const char* basename)
+{
+  /// Make a plot and save it as png
+  
+  if (!fPlot) return;
+  
+  TCanvas* c = new TCanvas("MLEM","MLEM",800,600);
+  c->Draw();
+  Draw();
+  c->Modified();
+  c->Update();
+  c->Print(Form("%s.EVT%d.DE%d.CLU%d.png",basename,fEventNumber,
+                fDetElemId,fClusterNumber));
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void
+AliMUONClusterFinderMLEM::ComputeCoefficients(AliMUONCluster& cluster,
+                                              Double_t* coef,
+                                              Double_t* probi)
+{
+  /// Compute coefficients needed for MLEM algorithm
+  
+  Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
+  
+  memset(probi,0,nPix*sizeof(Double_t));
+
+  for ( Int_t j=0; j<cluster.Multiplicity(); ++j ) 
+  {
+    AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+    Int_t indx = j*nPix;
+  
+    for ( Int_t ipix=0; ipix<nPix; ++ipix ) 
+    {
+      Int_t indx1 = indx + ipix;
+      if (pad->Status() < 0) 
+      {   
+        coef[indx1] = 0; 
+        continue; 
+      }
+      AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
+      // coef is the charge (given by Mathieson integral) on pad, assuming
+      // the Mathieson is center at pixel.
+      coef[indx1] = fSplitter->ChargeIntegration(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), *pad);  
+//      AliDebug(2,Form("pad=(%d,%d,%e,%e,%e,%e) pix=(%e,%e,%e,%e) coef %e",
+//                      pad->Ix(),pad->Iy(),
+//                      pad->X(),pad->Y(),
+//                      pad->DX(),pad->DY(),
+//                      pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1), 
+//                      pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),
+//                      coef[indx1]));
+      
+      probi[ipix] += coef[indx1];
+    } 
+  } 
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliMUONClusterFinderMLEM::MainLoop(AliMUONCluster& cluster, Int_t iSimple)
+{
+  /// Repeat MLEM algorithm until pixel size becomes sufficiently small
+  
+  Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
+
+  AliDebug(2,Form("nPix=%d iSimple=%d, precluster=",nPix,iSimple));
+  StdoutToAliDebug(2,cluster.Print("full"););
+
+  if ( nPix < 0 )
+  {
+    AliDebug(1,"No pixels, why am I here then ?");
+  }
+  
+  AddVirtualPad(cluster); // add virtual pads if necessary
+  
+  Int_t npadTot = cluster.Multiplicity();
+  Int_t npadOK = 0;
+  for (Int_t i = 0; i < npadTot; ++i) 
+  {
+    if (cluster.Pad(i)->Status() == 0) ++npadOK;
+  }
+
+  TH2D* mlem(0x0);
+  Double_t* coef(0x0);
+  Double_t* probi(0x0);
+  Int_t lc(0); // loop counter (for debug)
+  
+  Plot("mlem.start");
+  
+  while (1) 
+  {
+    ++lc;
+    mlem = (TH2D*) gROOT->FindObject("mlem");
+    delete mlem;
+    
+    AliDebug(2,Form("lc %d nPix %d(%d) npadTot %d npadOK %d",lc,nPix,fPixArray->GetLast()+1,npadTot,npadOK));
+    AliDebug(2,Form("EVT%d PixArray=",fEventNumber));
+    StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"));
+        
+    coef = new Double_t [npadTot*nPix];
+    probi = new Double_t [nPix];
+
+    // Calculate coefficients and pixel visibilities
+    ComputeCoefficients(cluster,coef,probi);
+
+    for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ++ipix) 
+    {
+      if (probi[ipix] < 0.01) 
+      {
+        AliMUONPad* pixel = Pixel(ipix);
+        AliDebug(2,Form("Setting the following pixel to invisible as its probi<0.01:"));
+        StdoutToAliDebug(2,cout << Form(" -- ipix %3d --- "); pixel->Print(););
+        pixel->SetCharge(0); // "invisible" pixel
+      }
+    }
+    
+    // MLEM algorithm
+    Mlem(cluster,coef, probi, 15);
+
+    Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
+    AliMUONPad* pixPtr(0x0);
+    
+    for ( Int_t ipix=0; ipix<nPix; ++ipix ) 
+    {
+      pixPtr = Pixel(ipix);
+      for ( Int_t i=0; i<4; ++i ) 
+      {
+        xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
+      }
+    }
+    for (Int_t i=0; i<4; i++) 
+    {
+      xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2); 
+    }
+
+    
+    Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
+    Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
+
+//    StdoutToAliDebug(2,cout << "pixel used for nx,ny computation : "; pixPtr->Print(););
+    AliDebug(2,Form("lc %d pixPtr size = %e,%e nx,ny=%d,%d xylim=%e,%e,%e,%e",
+                    lc,pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),nx,ny,
+                    xylim[0],-xylim[1],xylim[2],-xylim[3]
+                    ));
+    
+    mlem = new TH2D("mlem","mlem",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
+
+    for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ++ipix) 
+    {
+      AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
+      mlem->Fill(pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1),pixPtr->Charge());
+    }
+
+    // Check if the total charge of pixels is too low
+    Double_t qTot = 0;
+    for ( Int_t i=0; i<nPix; ++i) 
+    {
+      qTot += Pixel(i)->Charge();
+    }
+    
+    if ( qTot < 1.e-4 || ( npadOK < 3 && qTot < 7 ) ) 
+    {
+      AliDebug(1,Form("Deleting the above cluster (charge %e too low, npadOK=%d)",qTot,npadOK));
+      delete [] coef; 
+      delete [] probi; 
+      coef = 0; 
+      probi = 0;
+      fPixArray->Delete(); 
+      for ( Int_t i=0; i<npadTot; ++i) 
+      {
+        AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
+        if ( pad->Status() == 0) pad->SetStatus(-1);
+      }
+      return kFALSE; 
+    }
+
+    if (iSimple) 
+    {
+      // Simple cluster - skip further passes thru EM-procedure
+      Simple(cluster);
+      delete [] coef; 
+      delete [] probi; 
+      coef = 0; 
+      probi = 0;
+      fPixArray->Delete(); 
+      return kTRUE;
+    }
+
+    // Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
+    Double_t xyCOG[2];
+    FindCOG(mlem, xyCOG);
+
+    if (TMath::Min(pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)) < 0.07 && 
+        pixPtr->Size(0) > pixPtr->Size(1)) break;
+
+    // Sort pixels according to the charge
+    fPixArray->Sort();
+    Double_t pixMin = 0.01*Pixel(0)->Charge();
+    pixMin = TMath::Min(pixMin,50.);
+
+    // Decrease pixel size and shift pixels to make them centered at 
+    // the maximum one
+    Int_t indx = (pixPtr->Size(0)>pixPtr->Size(1)) ? 0 : 1;
+    Int_t ix(1);
+    Double_t width = 0;
+    Double_t shift[2] = { 0.0, 0.0 };
+    for (Int_t i=0; i<4; i++) xylim[i] = 999;
+    Int_t nPix1 = nPix; 
+    nPix = 0;
+    for (Int_t ipix=0; ipix<nPix1; ++ipix) 
+    {
+      AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
+      if ( nPix >= npadOK  // too many pixels already
+           ||
+           pixPtr->Charge() < pixMin // too low charge
+           ) 
+      { 
+        RemovePixel(ipix);
+        continue;
+      }
+      for (Int_t i=0; i<2; ++i) 
+      {
+        if (!i) 
+        {
+          pixPtr->SetCharge(10);
+          pixPtr->SetSize(indx, pixPtr->Size(indx)/2);
+          width = -pixPtr->Size(indx);
+          pixPtr->Shift(indx, width);
+          // Shift pixel position
+          if (ix) 
+          {
+            ix = 0;
+            for (Int_t j=0; j<2; ++j) 
+            {
+              shift[j] = pixPtr->Coord(j) - xyCOG[j];
+              shift[j] -= ((Int_t)(shift[j]/pixPtr->Size(j)/2))*pixPtr->Size(j)*2;
+            }
+          } // if (ix)
+          pixPtr->Shift(0, -shift[0]);
+          pixPtr->Shift(1, -shift[1]);
+        } 
+        else 
+        {
+          pixPtr = new AliMUONPad(*pixPtr);
+          pixPtr->Shift(indx, -2*width);
+          fPixArray->Add(pixPtr);
+        } 
+        for (Int_t i=0; i<4; ++i) 
+        {
+          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
+        }
+      } // for (Int_t i=0; i<2;
+      nPix += 2;
+    } // for (Int_t ipix=0;
+    
+    fPixArray->Compress();
+    nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
+
+    AliDebug(2,Form("After shift:"));
+    StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
+    Plot(Form("mlem.lc%d",lc+1));
+    
+    AliDebug(2,Form(" xyCOG=%9.6f %9.6f xylim=%9.6f,%9.6f,%9.6f,%9.6f",
+                    xyCOG[0],xyCOG[1],
+                    xylim[0],xylim[1],
+                    xylim[2],xylim[3]));
+
+    // Remove excessive pixels
+    if (nPix > npadOK) 
+    {
+      for (Int_t ipix=npadOK; ipix<nPix; ++ipix) 
+      { 
+        RemovePixel(ipix);
+      }
+    } 
+    else 
+    {
+      AliMUONPad* pixPtr = Pixel(0);
+      // add pixels if the maximum is at the limit of pixel area
+      // start from Y-direction
+      Int_t j = 0;
+      for (Int_t i=3; i>-1; --i) 
+      {
+        if (nPix < npadOK && 
+            TMath::Abs((i%2 ? -1 : 1)*xylim[i]-xyCOG[i/2]) < pixPtr->Size(i/2)) 
+        {
+          AliMUONPad* p = static_cast<AliMUONPad*>(pixPtr->Clone());
+          p->SetCoord(i/2, xyCOG[i/2]+(i%2 ? 2:-2)*pixPtr->Size(i/2));
+          j = TMath::Even (i/2);
+          p->SetCoord(j, xyCOG[j]);
+          AliDebug(2,Form("Adding pixel on the edge (i=%d) ",i));
+          StdoutToAliDebug(2,cout << " ---- "; 
+                           p->Print("corners"););
+          fPixArray->Add(p);
+          ++nPix;
+        }
+      }
+    } 
+    fPixArray->Compress();
+    nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
+    delete [] coef; 
+    delete [] probi; 
+    coef = 0; 
+    probi = 0;
+  } // while (1)
+
+  AliDebug(2,Form("At the end of while loop nPix=%d : ",fPixArray->GetLast()+1));
+  StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
+
+  // remove pixels with low signal or low visibility
+  // Cuts are empirical !!!
+  Double_t thresh = TMath::Max (mlem->GetMaximum()/100.,1.);
+  thresh = TMath::Min (thresh,50.);
+  Double_t cmax = -1;
+  Double_t charge = 0;
+
+  for ( Int_t i=0; i<nPix; ++i) 
+  {
+    cmax = TMath::Max (cmax,probi[i]); 
+  }
+
+  // Mark pixels which should be removed
+  for (Int_t i=0; i<nPix; ++i) 
+  {
+    AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
+    charge = pixPtr->Charge();
+    if (charge < thresh) 
+    {
+      pixPtr->SetCharge(-charge);
+    }
+  }
+
+  // Move charge of removed pixels to their nearest neighbour (to keep total charge the same)
+  Int_t near = 0;
+  for (Int_t i=0; i<nPix; ++i) 
+  {
+    AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
+    charge = pixPtr->Charge();
+    if (charge > 0) continue;
+    near = FindNearest(pixPtr);
+    pixPtr->SetCharge(0);
+    probi[i] = 0; // make it "invisible"
+    AliMUONPad* pnear = Pixel(near);
+    pnear->SetCharge(pnear->Charge() + (-charge));
+  }
+  Mlem(cluster,coef,probi,2);
+  
+  AliDebug(2,Form("Before splitting nPix=%d EVT %d DE %d",fPixArray->GetLast()+1,fEventNumber,fDetElemId));
+  StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
+  Plot("mlem.beforesplit");
+  
+           // Update histogram
+  for (Int_t i=0; i<nPix; ++i) 
+  {
+    AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
+    Int_t ix = mlem->GetXaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(0));
+    Int_t iy = mlem->GetYaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(1));
+    mlem->SetBinContent(ix, iy, pixPtr->Charge());
+  }
+
+  // Try to split into clusters
+  Bool_t ok = kTRUE;
+  if (mlem->GetSum() < 1) 
+  {
+    ok = kFALSE;
+  }
+  else 
+  {
+    fSplitter->Split(cluster,mlem,coef,fClusterList);
+  }
+  
+  delete [] coef; 
+  delete [] probi; 
+  coef = 0; 
+  probi = 0;
+  fPixArray->Delete(); 
+  
+  return ok;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::Mlem(AliMUONCluster& cluster, 
+                                    Double_t* coef, Double_t* probi, 
+                                    Int_t nIter)
+{
+  /// Use MLEM to find pixel charges
+  
+  Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
+
+  Int_t npad = cluster.Multiplicity();
+
+  Double_t* probi1 = new Double_t[nPix];
+  Double_t probMax = 0;
+  Double_t tmp = TMath::MaxElement(nPix,probi);
+  
+  for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ++ipix) 
+  {
+    probMax = TMath::Max(probMax,probi[ipix]);
+  }
+
+  if (probMax!=tmp) { AliWarning(Form("probMax=%e tmp=%e",probMax,tmp)); }
+  
+  for (Int_t iter=0; iter<nIter; ++iter) 
+  {
+    // Do iterations
+    for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ++ipix) 
+    {
+      // Correct each pixel
+      if (probi[ipix] < 0.01) continue; // skip "invisible" pixel
+      Double_t sum = 0;
+      probi1[ipix] = probMax;
+      for (Int_t j=0; j<npad; j++) 
+      {
+        AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+        if (pad->Status() < 0) continue; 
+        Double_t sum1 = 0;
+        Int_t indx1 = j*nPix;
+        Int_t indx = indx1 + ipix;
+        // Calculate expectation
+        for (Int_t i=0; i<nPix; i++) 
+        {
+          sum1 += Pixel(i)->Charge()*coef[indx1+i];
+        } 
+        if ( pad->Charge() > fgkSaturation-1 && sum1 > pad->Charge() ) //FIXME : remove usage of fgkSaturation 
+        { 
+          if ( !pad->IsSaturated() )
+          {
+            AliWarning("Got a pad charge above saturation not backed-up by pad->IsSaturated() function : ");
+            StdoutToAliWarning(pad->Print("full"));
+          }
+          // correct for pad charge overflows
+          probi1[ipix] -= coef[indx]; 
+          continue; 
+        } 
+
+        if (coef[indx] > 1.e-6) 
+        {
+          sum += pad->Charge()*coef[indx]/sum1;
+        }
+      } // for (Int_t j=0;
+      AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
+      if (probi1[ipix] > 1.e-6) 
+      {
+        pixPtr->SetCharge(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
+      }
+    } // for (Int_t ipix=0;
+  } // for (Int_t iter=0;
+  delete [] probi1;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCOG(TH2D *mlem, Double_t *xyc)
+{
+  /// Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
+
+  Int_t ixmax, iymax, ix, nsumx=0, nsumy=0, nsum=0;
+  Int_t i1 = -9, j1 = -9;
+  mlem->GetMaximumBin(ixmax,iymax,ix);
+  Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
+  Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
+  Double_t thresh = mlem->GetMaximum()/10;
+  Double_t x, y, cont, xq=0, yq=0, qq=0;
+  
+  for (Int_t i=TMath::Max(1,iymax-1); i<=TMath::Min(ny,iymax+1); i++) {
+    y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
+    for (Int_t j=TMath::Max(1,ixmax-1); j<=TMath::Min(nx,ixmax+1); j++) {
+      cont = mlem->GetCellContent(j,i);
+      if (cont < thresh) continue;
+      if (i != i1) {i1 = i; nsumy++;}
+      if (j != j1) {j1 = j; nsumx++;}
+      x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
+      xq += x*cont;
+      yq += y*cont;
+      qq += cont;
+      nsum++;
+    }
+  }
+  
+  Double_t cmax = 0;
+  Int_t i2 = 0, j2 = 0;
+  x = y = 0;
+  if (nsumy == 1) {
+    // one bin in Y - add one more (with the largest signal)
+    for (Int_t i=TMath::Max(1,iymax-1); i<=TMath::Min(ny,iymax+1); i++) {
+      if (i == iymax) continue;
+      for (Int_t j=TMath::Max(1,ixmax-1); j<=TMath::Min(nx,ixmax+1); j++) {
+        cont = mlem->GetCellContent(j,i);
+        if (cont > cmax) {
+          cmax = cont;
+          x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
+          y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
+          i2 = i;
+          j2 = j;
+        }
+      }
+    }
+    xq += x*cmax;
+    yq += y*cmax;
+    qq += cmax;
+    if (i2 != i1) nsumy++;
+    if (j2 != j1) nsumx++;
+    nsum++;
+  } // if (nsumy == 1)
+  
+  if (nsumx == 1) {
+    // one bin in X - add one more (with the largest signal)
+    cmax = x = y = 0;
+    for (Int_t j=TMath::Max(1,ixmax-1); j<=TMath::Min(nx,ixmax+1); j++) {
+      if (j == ixmax) continue;
+      for (Int_t i=TMath::Max(1,iymax-1); i<=TMath::Min(ny,iymax+1); i++) {
+        cont = mlem->GetCellContent(j,i);
+        if (cont > cmax) {
+          cmax = cont;
+          x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
+          y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
+          i2 = i;
+          j2 = j;
+        }
+      }
+    }
+    xq += x*cmax;
+    yq += y*cmax;
+    qq += cmax;
+    if (i2 != i1) nsumy++;
+    if (j2 != j1) nsumx++;
+    nsum++;
+  } // if (nsumx == 1)
+  
+  xyc[0] = xq/qq; xyc[1] = yq/qq;
+  AliDebug(2,Form("x,y COG = %e,%e",xyc[0],xyc[1]));
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindNearest(AliMUONPad *pixPtr0)
+{
+/// Find the pixel nearest to the given one
+/// (algorithm may be not very efficient)
+
+  Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast(), imin = 0;
+  Double_t rmin = 99999, dx = 0, dy = 0, r = 0;
+  Double_t xc = pixPtr0->Coord(0), yc = pixPtr0->Coord(1);
+  AliMUONPad *pixPtr;
+
+  for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
+    pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
+    if (pixPtr->Charge() < 0.5) continue;
+    dx = (xc - pixPtr->Coord(0)) / pixPtr->Size(0);
+    dy = (yc - pixPtr->Coord(1)) / pixPtr->Size(1);
+    r = dx *dx + dy * dy;
+    if (r < rmin) { rmin = r; imin = i; }
+  }
+  return imin;
+}
+
+
+//_____________________________________________________________________________
+TStopwatch* 
+AliMUONClusterFinderMLEM::Timer(Int_t i) const
+{ 
+  /// Return timer at index i
+  return static_cast<TStopwatch*>(fTimers->At(i)); 
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void
+AliMUONClusterFinderMLEM::Paint(Option_t*)
+{
+  /// Paint cluster and pixels
+  
+  AliMpArea area(fPreCluster->Area());
+  
+  gPad->Range(area.LeftBorder(),area.DownBorder(),area.RightBorder(),area.UpBorder());
+
+  gVirtualX->SetFillStyle(1001);
+  gVirtualX->SetFillColor(3);    
+  gVirtualX->SetLineColor(3);
+  
+  Double_t s(1.0);
+  
+  for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
+  {
+    AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
+
+    gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0)*s,
+                   pixel->Coord(1)-pixel->Size(1)*s,
+                   pixel->Coord(0)+pixel->Size(0)*s,
+                   pixel->Coord(1)+pixel->Size(1)*s);
+
+//    for ( Int_t sign = -1; sign < 2; sign +=2 )
+//    {
+//      gPad->PaintLine(pixel->Coord(0) - pixel->Size(0),
+//                      pixel->Coord(1) + sign*pixel->Size(1),
+//                      pixel->Coord(0) + pixel->Size(0),
+//                      pixel->Coord(1) - sign*pixel->Size(1)
+//                    );
+//    }
+  }      
+
+
+  gVirtualX->SetFillStyle(0);
+  
+  fPreCluster->Paint();
+
+  gVirtualX->SetLineColor(1);
+  gVirtualX->SetLineWidth(2);
+  gVirtualX->SetFillStyle(0);
+  gVirtualX->SetTextColor(1);
+  gVirtualX->SetTextAlign(22);
+  
+  for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
+  {
+    AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
+    gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0),
+                   pixel->Coord(1)-pixel->Size(1),
+                   pixel->Coord(0)+pixel->Size(0),
+                   pixel->Coord(1)+pixel->Size(1));    
+    gVirtualX->SetTextSize(pixel->Size(0)*60);
+
+    gPad->PaintText(pixel->Coord(0),pixel->Coord(1),Form("%d",(Int_t)(pixel->Charge())));
+  }  
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
+{
+/// Find local maxima in pixel space for large preclusters in order to
+/// try to split them into smaller pieces (to speed up the MLEM procedure)
+/// or to find additional fitting seeds if clusters were not completely resolved  
+
+  AliDebug(1,Form("nPix=%d",pixArray->GetLast()+1));
+
+  TH2D *hist = NULL;
+  //if (pixArray == fPixArray) hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
+  //else { hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode1"); cout << hist << endl; }
+  //if (hist) hist->Delete();
+  Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
+
+  Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
+  AliMUONPad *pixPtr = 0;
+  for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
+    pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
+    for (Int_t i=0; i<4; i++) 
+         xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
+  }
+  for (Int_t i=0; i<4; i++) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2); 
+
+  Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
+  Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
+  if (pixArray == fPixArray) hist = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
+  else hist = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
+  for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
+    pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
+    hist->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
+  }
+//  if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
+
+  Int_t nMax = 0, indx;
+  Int_t *isLocalMax = new Int_t[ny*nx];
+  for (Int_t i=0; i<ny*nx; i++) isLocalMax[i] = 0;
+
+  for (Int_t i=1; i<=ny; i++) {
+    indx = (i-1) * nx;
+    for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
+      if (hist->GetCellContent(j,i) < 0.5) continue;
+      //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
+      if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
+      FlagLocalMax(hist, i, j, isLocalMax);
+    }
+  }
+
+  for (Int_t i=1; i<=ny; i++) {
+    indx = (i-1) * nx;
+    for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
+      if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) { 
+       localMax[nMax] = indx + j - 1; 
+       maxVal[nMax++] = hist->GetCellContent(j,i);
+       if (nMax > 99) AliFatal(" Too many local maxima !!!");
+      }
+    }
+  }
+  if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
+  delete [] isLocalMax; isLocalMax = 0;
+  return nMax;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
+{
+/// Flag pixels (whether or not local maxima)
+
+  Int_t nx = hist->GetNbinsX();
+  Int_t ny = hist->GetNbinsY();
+  Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
+  Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
+
+  for (Int_t i1=i-1; i1<i+2; i1++) {
+    if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
+    indx1 = (i1 - 1) * nx;
+    for (Int_t j1=j-1; j1<j+2; j1++) {
+      if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
+      if (i == i1 && j == j1) continue;
+      indx2 = indx1 + j1 - 1;
+      cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
+      if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
+      else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
+      else { // the same charge
+       isLocalMax[indx] = 1; 
+       if (isLocalMax[indx2] == 0) {
+         FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
+         if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
+         else isLocalMax[indx2] = -1;
+       }
+      } 
+    }
+  }
+  isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCluster(AliMUONCluster& cluster, 
+                                           Int_t *localMax, Int_t iMax)
+{
+/// Find pixel cluster around local maximum \a iMax and pick up pads
+/// overlapping with it
+
+  TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
+  Int_t nx = hist->GetNbinsX();
+  Int_t ny = hist->GetNbinsY();
+  Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
+  Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
+  Bool_t *used = new Bool_t[ny*nx];
+  for (Int_t i=0; i<ny*nx; i++) used[i] = kFALSE;
+
+  // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
+  fPixArray->Delete();
+
+  Double_t wx = hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2; 
+  Double_t wy = hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;  
+  Double_t yc = hist->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
+  Double_t xc = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
+  Double_t cont = hist->GetCellContent(jc,ic);
+  fPixArray->Add(new AliMUONPad (xc, yc, wx, wy, cont));
+  used[(ic-1)*nx+jc-1] = kTRUE;
+  fSplitter->AddBin(hist, ic, jc, 1, used, (TObjArray*)0); // recursive call
+
+  Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
+  Int_t npad = cluster.Multiplicity();
+  
+  for (Int_t i=0; i<nPix; ++i) 
+  {
+    AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
+    pixPtr->SetSize(0,wx);
+    pixPtr->SetSize(1,wy);
+  }
+
+  // Pick up pads which overlap with found pixels
+  for (Int_t i=0; i<npad; i++) 
+  {
+    cluster.Pad(i)->SetStatus(-1);
+  }
+  
+  for (Int_t i=0; i<nPix; i++) 
+  {
+    AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
+    for (Int_t j=0; j<npad; ++j) 
+    {
+      AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+      if ( Overlap(*pad,*pixPtr) )
+      {
+        pad->SetStatus(0);
+      }
+    }
+  }
+
+  delete [] used; used = 0;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliMUONClusterFinderMLEM&  
+AliMUONClusterFinderMLEM::operator=(const AliMUONClusterFinderMLEM& rhs)
+{
+/// Protected assignement operator
+
+  if (this == &rhs) return *this;
+
+  AliFatal("Not implemented.");
+    
+  return *this;  
+}    
+
+//_____________________________________________________________________________
+void
+AliMUONClusterFinderMLEM::Neighbours(Int_t cathode, Int_t ix, Int_t iy,
+                                     Int_t& n, Int_t* xList, Int_t* yList)
+{
+  /// Get the list of neighbours of pad at (cathode,ix,iy)
+  n = 0;
+  
+  const AliMpVSegmentation* seg = fSegmentation[cathode];
+  
+  AliMpPad pad = seg->PadByIndices(AliMpIntPair(ix,iy),kTRUE);
+       
+  // Define the region to look into : a region slightly bigger
+  // than the pad itself (5% bigger), in order to catch first neighbours.
+  
+  AliMpArea area(pad.Position(),pad.Dimensions()*1.05); 
+               
+  AliMpVPadIterator* it = seg->CreateIterator(area);
+  it->First();
+  while ( !it->IsDone() && n < 10 )
+       {
+               AliMpPad p = it->CurrentItem();
+               if ( p != pad ) // skip self
+               {
+                       xList[n] = p.GetIndices().GetFirst();
+                       yList[n] = p.GetIndices().GetSecond();
+                       ++n;
+               }
+               it->Next();
+       }
+       delete it;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::AddVirtualPad(AliMUONCluster& cluster)
+{
+  /// Add virtual pad (with small charge) to improve fit for some
+  /// clusters (when pad with max charge is at the extreme of the cluster)
+  
+  // Get number of pads in X and Y-directions
+  Int_t nInX = -1, nInY;
+  PadsInXandY(cluster,nInX, nInY);
+  ++fNClusters;
+  if (fDebug) cout << " Chamber: " << fDetElemId / 100 - 1 << " " << nInX << " " << nInY << endl;
+
+  // Add virtual pad only if number of pads per direction == 2
+  if (nInX != 2 && nInY != 2) return;
+  
+  ++fNAddVirtualPads;
+  
+  // Find pads with max charge
+  Int_t maxpad[2][2] = {{-1, -1}, {-1, -1}}, cath;
+  Double_t sigmax[2] = {0}, aamax[2] = {0};
+  for (Int_t j=0; j<cluster.Multiplicity(); ++j) 
+  {
+    AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+    if (pad->Status() != 0) continue;
+    cath = pad->Cathode();
+    if (pad->Charge() > sigmax[cath]) 
+    {
+      maxpad[cath][1] = maxpad[cath][0];
+      aamax[cath] = sigmax[cath];
+      sigmax[cath] = pad->Charge();
+      maxpad[cath][0] = j;
+    }
+  }
+  
+  if (maxpad[0][0] >= 0 && maxpad[0][1] < 0 || maxpad[1][0] >= 0 && maxpad[1][1] < 0) 
+  {
+    for (Int_t j=0; j<cluster.Multiplicity(); ++j) 
+    {
+      AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+      if (pad->Status() != 0) continue;
+      cath = pad->Cathode();
+      if (j == maxpad[cath][0] || j == maxpad[cath][1]) continue;
+      if ( pad->Charge() > aamax[cath]) 
+      {
+        aamax[cath] = pad->Charge();
+        maxpad[cath][1] = j;
+      }
+    }
+  }
+
+ // cout << "-------AddVirtualPad" << endl;
+//  cout << Form("nInX %2d nInY %2d",nInX,nInY) << endl;
+//  
+//  cluster.Print("full");
+//  
+//  for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
+//  {
+//    for ( Int_t j = 0; j < 2; ++j )
+//    {
+//      cout << Form("maxpad[%d][%d]=%d",i,j,maxpad[i][j]) << endl;
+//    }
+//  }
+  
+  // Check for mirrors (side X on cathode 0) 
+  Bool_t mirror = kFALSE;
+  if (maxpad[0][0] >= 0 && maxpad[1][0] >= 0) 
+  {
+    AliMUONPad* maxPadCath[] = { cluster.Pad(maxpad[0][0]), cluster.Pad(maxpad[1][0]) };
+    mirror = maxPadCath[0]->DX() < maxPadCath[0]->DY();
+    if (!mirror && TMath::Abs( maxPadCath[0]->DX() - maxPadCath[1]->DX()) < 0.001) 
+    {
+      // Special case when pads on both cathodes have the same size
+      Int_t yud[2] = {0};
+      for (Int_t j = 0; j < cluster.Multiplicity(); ++j) 
+      {
+        AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+        cath = pad->Cathode();
+        if (j == maxpad[cath][0]) continue;
+        if ( pad->Ix() != maxPadCath[cath]->Ix() ) continue;
+        if ( TMath::Abs(pad->Iy() - maxPadCath[cath]->Iy()) == 1 )
+        {
+          yud[cath]++;
+        }
+      }
+      if (!yud[0]) mirror = kTRUE; // take the other cathode
+    } // if (!mirror &&...
+  } // if (maxpad[0][0] >= 0 && maxpad[1][0] >= 0)
+  
+//  // Find neughbours of pads with max charges
+  Int_t nn, xList[10], yList[10], ix0, iy0, ix, iy, neighb;
+  for (cath=0; cath<2; cath++) 
+  {
+    if (!cath && maxpad[0][0] < 0) continue; // one-sided cluster - cathode 1
+    if (cath && maxpad[1][0] < 0) break; // one-sided cluster - cathode 0
+    if (maxpad[1][0] >= 0) 
+    {
+      if (!mirror) 
+      {
+        if (!cath && nInY != 2) continue;
+        if (cath && nInX != 2 && (maxpad[0][0] >= 0 || nInY != 2)) continue;
+      } 
+      else 
+      {
+        if (!cath && nInX != 2) continue;
+        if (cath && nInY != 2 && (maxpad[0][0] >= 0 || nInX != 2)) continue;
+      }
+    }
+    
+    Int_t iAddX = 0, iAddY = 0, ix1 = 0, iy1 = 0, iPad = 0;
+    if (maxpad[0][0] < 0) iPad = 1;
+    
+    for (iPad=0; iPad<2; iPad++) 
+    {
+      if (maxpad[cath][iPad] < 0) continue;
+      if (iPad && !iAddX && !iAddY) break;
+      if (iPad && cluster.Pad(maxpad[cath][1])->Charge() / sigmax[cath] < 0.5) break;
+      
+      Int_t neighbx = 0, neighby = 0;
+      ix0 = cluster.Pad(maxpad[cath][iPad])->Ix();
+      iy0 = cluster.Pad(maxpad[cath][iPad])->Iy();
+      Neighbours(cath,ix0,iy0,nn,xList,yList);
+      //Float_t zpad; 
+      for (Int_t j=0; j<nn; j++) {
+        if (TMath::Abs(xList[j]-ix0) == 1 || xList[j]*ix0 == -1) neighbx++;
+        if (TMath::Abs(yList[j]-iy0) == 1 || yList[j]*iy0 == -1) neighby++;
+      }
+      if (!mirror) {
+        if (cath) neighb = neighbx; 
+        else neighb = neighby;
+        if (maxpad[0][0] < 0) neighb += neighby;
+        else if (maxpad[1][0] < 0) neighb += neighbx;
+      } else {
+        if (!cath) neighb = neighbx; 
+        else neighb = neighby;
+        if (maxpad[0][0] < 0) neighb += neighbx;
+        else if (maxpad[1][0] < 0) neighb += neighby;
+      }
+      
+      for (Int_t j=0; j< cluster.Multiplicity(); ++j) 
+      {
+        AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+        if ( pad->Cathode() != cath) continue;
+        ix = pad->Ix();
+        iy = pad->Iy();
+        if (iy == iy0 && ix == ix0) continue; 
+        for (Int_t k=0; k<nn; ++k) 
+        {
+          if (xList[k] != ix || yList[k] != iy) continue;
+          if (!mirror) 
+          {
+            if ((!cath || maxpad[0][0] < 0) && 
+                (TMath::Abs(iy-iy0) == 1 || iy*iy0 == -1)) {
+              if (!iPad && TMath::Abs(ix-ix0) == 1 || ix*ix0 == -1) ix1 = xList[k]; //19-12-05 
+              xList[k] = yList[k] = 0; 
+              neighb--;
+              break;
+            }
+            if ((cath || maxpad[1][0] < 0) && 
+                (TMath::Abs(ix-ix0) == 1 || ix*ix0 == -1)) {
+              if (!iPad) ix1 = xList[k]; //19-12-05
+              xList[k] = yList[k] = 0; 
+              neighb--;
+            }
+          } else {
+            if ((!cath || maxpad[0][0] < 0) && 
+                (TMath::Abs(ix-ix0) == 1 || ix*ix0 == -1)) {
+              if (!iPad) ix1 = xList[k]; //19-12-05
+              xList[k] = yList[k] = 0; 
+              neighb--;
+              break;
+            }
+            if ((cath || maxpad[1][0] < 0) && 
+                (TMath::Abs(iy-iy0) == 1 || iy*iy0 == -1)) {
+              xList[k] = yList[k] = 0; 
+              neighb--;
+            }
+          }
+          break;
+        } // for (Int_t k=0; k<nn;
+        if (!neighb) break;
+      } // for (Int_t j=0; j< cluster.Multiplicity();
+      if (!neighb) continue;
+      
+      // Add virtual pad
+      Int_t npads, isec;
+      isec = npads = 0;
+      for (Int_t j=0; j<nn; j++) 
+      {
+        if (xList[j] == 0 && yList[j] == 0) continue;
+       //        npads = fnPads[0] + fnPads[1];
+       //        fPadIJ[0][npads] = cath;
+       //        fPadIJ[1][npads] = 0;
+        ix = xList[j]; 
+        iy = yList[j];
+        if (TMath::Abs(ix-ix0) == 1 || ix*ix0 == -1) {
+          if (iy != iy0) continue; // new segmentation - check
+          if (nInX != 2) continue; // new
+          if (!mirror) {
+            if (!cath && maxpad[1][0] >= 0) continue;
+          } else {
+            if (cath && maxpad[0][0] >= 0) continue;
+          }
+          if (iPad && !iAddX) continue;
+          AliMpPad pad = fSegmentation[cath]->PadByIndices(AliMpIntPair(ix,iy),kTRUE);
+         //          fXyq[0][npads] = pad.Position().X();
+         //          fXyq[1][npads] = pad.Position().Y();
+         AliMUONPad muonPad(fDetElemId, cath, ix, iy, pad.Position().X(), pad.Position().Y(), 0, 0, 0);
+         //          fSegmentation[cath]->GetPadC(ix, iy, fXyq[0][npads], fXyq[1][npads], zpad);
+         //          if (fXyq[0][npads] > 1.e+5) continue; // temporary fix
+         if (muonPad.Coord(0) > 1.e+5) continue; // temporary fix
+          if (ix == ix1) continue; //19-12-05
+          if (ix1 == ix0) continue;
+          if (maxpad[1][0] < 0 || mirror && maxpad[0][0] >= 0) {
+           //            if (!iPad) fXyq[2][npads] = TMath::Min (sigmax[0]/100, 5.);
+           //            else fXyq[2][npads] = TMath::Min (aamax[0]/100, 5.);
+            if (!iPad) muonPad.SetCharge(TMath::Min (sigmax[0]/100, 5.));
+            else muonPad.SetCharge(TMath::Min (aamax[0]/100, 5.));
+          }
+          else {
+           //            if (!iPad) fXyq[2][npads] = TMath::Min (sigmax[1]/100, 5.);
+           //            else fXyq[2][npads] = TMath::Min (aamax[1]/100, 5.);
+            if (!iPad) muonPad.SetCharge(TMath::Min (sigmax[1]/100, 5.));
+            else muonPad.SetCharge(TMath::Min (aamax[1]/100, 5.));
+          }
+         //          fXyq[2][npads] = TMath::Max (fXyq[2][npads], (float)1);
+         if (muonPad.Charge() < 1.) muonPad.SetCharge(1.);
+         //          fXyq[3][npads] = -2; // flag
+         //          fPadIJ[2][npads] = ix;
+         //          fPadIJ[3][npads] = iy;
+         muonPad.SetSize(0,-2.); //flag
+         //          fnPads[1]++;
+         //          iAddX = npads;
+          iAddX = 1;
+         //AliDebug(1,Form("Add virtual pad in X %f %f %f %3d %3d \n", 
+         //                          fXyq[2][npads], fXyq[0][npads], fXyq[1][npads], ix, iy));
+         //muonPad.Charge(), muonPad.Coord(0), muonPad.Coord(1), ix, iy));
+          if (fDebug) printf(" ***** Add virtual pad in X ***** %f %f %f %3d %3d \n",
+                          muonPad.Charge(), muonPad.Coord(0), muonPad.Coord(1), ix, iy);
+         cluster.AddPad(muonPad); // add pad to the cluster
+          ix1 = ix0;
+          continue;
+        } 
+        if (nInY != 2) continue;
+        if (!mirror && cath && maxpad[0][0] >= 0) continue;
+        if (mirror && !cath && maxpad[1][0] >= 0) continue;
+        if (TMath::Abs(iy-iy0) == 1 || TMath::Abs(iy*iy0) == 1) {
+          if (ix != ix0) continue; // new segmentation - check
+          if (iPad && !iAddY) continue;
+          AliMpPad pad = fSegmentation[cath]->PadByIndices(AliMpIntPair(ix,iy),kTRUE);
+         //          fXyq[0][npads] = pad.Position().X();
+         //          fXyq[1][npads] = pad.Position().Y();
+         //          fSegmentation[cath]->GetPadC(ix, iy, fXyq[0][npads], fXyq[1][npads], zpad);
+         AliMUONPad muonPad(fDetElemId, cath, ix, iy, pad.Position().X(), pad.Position().Y(), 0, 0, 0);
+          if (iy1 == iy0) continue;
+          //if (iPad && iy1 == iy0) continue;
+          if (maxpad[0][0] < 0 || mirror && maxpad[1][0] >= 0) {
+           //            if (!iPad) fXyq[2][npads] = TMath::Min (sigmax[1]/15, fgkZeroSuppression);
+           //            else fXyq[2][npads] = TMath::Min (aamax[1]/15, fgkZeroSuppression);
+            if (!iPad) muonPad.SetCharge(TMath::Min (sigmax[1]/15, fgkZeroSuppression));
+            else muonPad.SetCharge(TMath::Min (aamax[1]/15, fgkZeroSuppression));
+          }
+          else {
+           //            if (!iPad) fXyq[2][npads] = TMath::Min (sigmax[0]/15, fgkZeroSuppression);
+           //            else fXyq[2][npads] = TMath::Min (aamax[0]/15, fgkZeroSuppression);
+            if (!iPad) muonPad.SetCharge(TMath::Min (sigmax[0]/15, fgkZeroSuppression));
+            else muonPad.SetCharge(TMath::Min (aamax[0]/15, fgkZeroSuppression));
+          }
+         //          fXyq[2][npads] = TMath::Max (fXyq[2][npads], (float)1);
+         if (muonPad.Charge() < 1.) muonPad.SetCharge(1.);
+         //          fXyq[3][npads] = -2; // flag
+         //          fPadIJ[2][npads] = ix;
+         //          fPadIJ[3][npads] = iy;
+         muonPad.SetSize(0,-2.); //flag
+         //          fnPads[1]++;
+         //          iAddY = npads;
+          iAddY = 1;
+          if (fDebug) printf(" ***** Add virtual pad in Y ***** %f %f %f %3d %3d \n", 
+                         muonPad.Charge(), muonPad.Coord(0), muonPad.Coord(1), ix, iy);
+         cluster.AddPad(muonPad); // add pad to the cluster
+          iy1 = iy0;
+        }
+      } // for (Int_t j=0; j<nn;
+    } // for (Int_t iPad=0;
+  } // for (cath=0; cath<2;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster,
+                                           Int_t &nInX, Int_t &nInY) const
+{
+  /// Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
+  /// overflows)
+
+  Int_t statusToTest = 1;
+  
+  if ( nInX < 0 ) statusToTest = 0;
+       
+  Bool_t mustMatch(kTRUE);
+
+  AliMpIntPair cn = cluster.NofPads(statusToTest,mustMatch);
+  
+  nInX = cn.GetFirst();
+  nInY = cn.GetSecond();
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::RemovePixel(Int_t i)
+{
+  /// Remove pixel at index i
+  AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
+  fPixArray->RemoveAt(i); 
+  delete pixPtr;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMUONClusterFinderMLEM::Simple(AliMUONCluster& cluster)
+{
+/// Process simple cluster (small number of pads) without EM-procedure
+
+  Int_t nForFit = 1, clustFit[1] = {0}, nfit;
+  Double_t parOk[3] = {0.}; 
+  TObjArray *clusters[1]; 
+  clusters[0] = fPixArray;
+
+  AliDebug(1,Form("nPix=%d",fPixArray->GetLast()+1));
+
+  for (Int_t i = 0; i < cluster.Multiplicity(); ++i) 
+  {
+    AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
+    if ( pad->Charge() > fgkSaturation-1) //FIXME : remove usage of fgkSaturation
+    {
+      pad->SetStatus(-9);
+    }
+    else 
+    {
+      pad->SetStatus(1);
+    }
+  }
+  nfit = fSplitter->Fit(cluster,1, nForFit, clustFit, clusters, parOk, fClusterList);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliMUONPad* 
+AliMUONClusterFinderMLEM::Pixel(Int_t i) const
+{
+  /// Returns pixel at index i
+  return static_cast<AliMUONPad*>(fPixArray->UncheckedAt(i));
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void 
+AliMUONClusterFinderMLEM::Print(Option_t* what) const
+{
+  /// printout
+  TString swhat(what);
+  swhat.ToLower();
+  if ( swhat.Contains("precluster") )
+  {
+    if ( fPreCluster) fPreCluster->Print();
+  }
+}
+
+
diff --git a/MUON/AliMUONClusterFinderMLEM.h b/MUON/AliMUONClusterFinderMLEM.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2c3e37e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,145 @@
+#ifndef ALIMUONCLUSTERFINDERMLEM_H
+#define ALIMUONCLUSTERFINDERMLEM_H
+/* Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
+ * See cxx source for full Copyright notice                               */
+
+/* $Id$ */
+
+/// \ingroup rec
+/// \class AliMUONClusterFinderMLEM
+/// \brief Cluster finder in MUON arm of ALICE
+///
+//  Author Alexander Zinchenko, JINR Dubna; Laurent Aphecetche, SUBATECH
+//
+
+class TH2D;
+class TClonesArray;
+class TMinuit;
+class TStopwatch;
+
+#ifndef ROOT_TObjArray
+#  include "TObjArray.h"
+#endif
+#ifndef ROOT_TVector2
+#  include "TVector2.h"
+#endif
+
+class AliMUONPad;
+
+#include "AliMUONVClusterFinder.h"
+
+class AliMUONClusterSplitterMLEM;
+
+class AliMUONClusterFinderMLEM : public AliMUONVClusterFinder
+{
+public:
+  AliMUONClusterFinderMLEM(Bool_t plot=kFALSE); // Constructor
+  virtual ~AliMUONClusterFinderMLEM(); // Destructor
+
+  virtual Bool_t Prepare(const AliMpVSegmentation* segmentations[2],
+                         TClonesArray* digits[2]);
+  
+  virtual AliMUONCluster* NextCluster();
+  
+  virtual void Print(Option_t* opt="") const;
+
+  virtual void Paint(Option_t* opt="");
+
+private:
+  AliMUONClusterFinderMLEM(const AliMUONClusterFinderMLEM& rhs);
+  AliMUONClusterFinderMLEM& operator=(const AliMUONClusterFinderMLEM& rhs);
+
+  Bool_t WorkOnPreCluster();
+
+  /// Check precluster to simplify it (if possible), and return the simplified cluster
+  AliMUONCluster* CheckPrecluster(const AliMUONCluster& cluster); 
+  AliMUONCluster* CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster); 
+  AliMUONCluster* CheckPreclusterOneCathode(AliMUONCluster* cluster); 
+  
+  /// Checks whether a pad and a pixel have an overlapping area.
+  Bool_t Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel); 
+  
+  /// build array of pixels
+  void BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster); 
+  void BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster); 
+  void BuildPixArrayTwoCathodes(AliMUONCluster& cluster); 
+
+  void RemovePixel(Int_t i);
+  
+  AliMUONPad* Pixel(Int_t i) const;
+  
+  void   AdjustPixel(AliMUONCluster& cluster, Float_t width, Int_t ixy); // adjust size of small pixels
+  void   AdjustPixel(Double_t wxmin, Double_t wymin); // adjust size of large pixels
+
+  Bool_t MainLoop(AliMUONCluster& cluster, Int_t iSimple); // repeat MLEM algorithm until pixels become sufficiently small
+  
+  void   Mlem(AliMUONCluster& cluster, Double_t *coef, Double_t *probi, Int_t nIter); // use MLEM for cluster finding
+  
+  void   FindCOG(TH2D *mlem, Double_t *xyc); // find COG position around maximum bin
+  Int_t  FindNearest(AliMUONPad *pixPtr0); // find nearest neighbouring pixel to the given one
+
+  Int_t FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal); // find local maxima 
+  void  FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax); // flag local max
+  void  FindCluster(AliMUONCluster& cluster, Int_t *localMax, Int_t iMax); // find cluster around local max
+  void  AddVirtualPad(AliMUONCluster& cluster); // add virtual pads for some clusters (if necessary)
+  
+  void  PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster, Int_t &nInX, Int_t &nInY) const; // get number of pads in X and Y
+
+  /// Process simple cluster
+  void Simple(AliMUONCluster& cluster); 
+  
+  void Neighbours(Int_t cath, Int_t ix0, Int_t iy0, 
+                  Int_t& nn,
+                  Int_t* xList, Int_t* yList);
+
+  void Plot(const char* outputfile);
+    
+  void ComputeCoefficients(AliMUONCluster& cluster, 
+                           Double_t* coef, Double_t* probi);
+  
+  void CheckOverlaps();
+  
+  TStopwatch* Timer(Int_t i) const;
+  
+private:
+    
+  // Some constants
+  static const Int_t fgkDim = 10000; ///< array size
+  static const Double_t fgkZeroSuppression; ///< average zero suppression value
+  static const Double_t fgkSaturation; ///< average saturation level
+  static const Double_t fgkDistancePrecision; ///< used to check overlaps and so on
+  static const TVector2 fgkIncreaseSize; ///< idem
+  static const TVector2 fgkDecreaseSize; ///< idem
+  
+  AliMUONVClusterFinder* fPreClusterFinder; ///!< the pre-clustering worker
+  AliMUONCluster* fPreCluster; ///<! current pre-cluster
+  TObjArray fClusterList; ///!< clusters corresponding to the current pre-cluster
+  
+  Int_t fEventNumber; ///!< current event being processed
+  Int_t fDetElemId; ///!< current DE being processed
+  Int_t fClusterNumber; ///!< current cluster number
+  
+  const AliMpVSegmentation *fSegmentation[2]; //!< new segmentation
+  
+  Float_t    fZpad;             //!< z-coordinate of the hit
+  Int_t      fReco;             //!< !=0 if run reco with writing of reconstructed clusters 
+  Int_t fCathBeg;               //!< starting cathode (for combined cluster / track reco)
+  Int_t fPadBeg[2];             //!< starting pads (for combined cluster / track reco)
+  
+  static     TMinuit* fgMinuit; //!< Fitter
+  
+  TObjArray* fPixArray; //!< collection of pixels
+  Int_t fDebug; //!< debug level
+  Bool_t fPlot; //!< whether we should plot thing (for debug only, quite slow!)
+  
+  TObjArray* fTimers; //!< internal timers
+  enum ETimer { kMainLoop, kCheckPreCluster, kLast };
+  
+  AliMUONClusterSplitterMLEM* fSplitter; //!< helper class to go from pixel arrays to clusters
+  Int_t fNClusters; //!< total number of clusters
+  Int_t fNAddVirtualPads; //!< number of clusters for which we added virtual pads
+  
+  ClassDef(AliMUONClusterFinderMLEM,0) // cluster finder in MUON arm of ALICE
+};
+
+#endif
diff --git a/MUON/AliMUONClusterSplitterMLEM.cxx b/MUON/AliMUONClusterSplitterMLEM.cxx
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1d7dbaf
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1249 @@
+/**************************************************************************
+* Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
+*                                                                        *
+* Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
+* Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
+*                                                                        *
+* Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
+* documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
+* without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
+* copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
+* appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
+* about the suitability of this software for any purpose. It is          *
+* provided "as is" without express or implied warranty.                  *
+**************************************************************************/
+
+// $Id$
+
+/// \class AliMUONClusterSplitterMLEM
+/// 
+/// Splitter class for the MLEM algorithm...
+///
+/// FIXME: describe it a little bit more here...
+///
+/// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and 
+/// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
+
+#include "AliMUONClusterSplitterMLEM.h"
+
+#include "AliLog.h"
+#include "AliMUONCluster.h"
+#include "AliMUONPad.h"
+#include "AliMUONPad.h"
+#include "AliMpStationType.h"
+#include "AliMUONConstants.h"
+#include "AliMpDEManager.h"
+#include "AliMUONMathieson.h"
+
+#include "TClonesArray.h"
+#include "TH2.h"
+#include "TMath.h"
+#include "TObjArray.h"
+#include "TMatrixD.h"
+#include "TRandom.h"
+
+ClassImp(AliMUONClusterSplitterMLEM)
+
+const Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::fgkCouplMin = 1.e-3; // threshold on coupling 
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliMUONClusterSplitterMLEM::AliMUONClusterSplitterMLEM(Int_t detElemId, 
+                                                       TObjArray* fPixArray) 
+: TObject(),
+fPixArray(fPixArray),
+fMathieson(0x0),
+fDetElemId(detElemId),
+fNpar(0),
+fQtot(0),
+fnCoupled(0)
+{
+  /// Constructor
+  
+  AliMpStationType stationType = AliMpDEManager::GetStationType(fDetElemId);
+  
+  Float_t kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3();
+  Float_t ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3();
+  Float_t pitch = AliMUONConstants::Pitch();
+  
+  if ( stationType == kStation1 )
+  {
+    kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3St1();
+    ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3St1();
+    pitch = AliMUONConstants::PitchSt1();
+  }
+  
+  fMathieson = new AliMUONMathieson;
+  
+  fMathieson->SetPitch(pitch);
+  fMathieson->SetSqrtKx3AndDeriveKx2Kx4(kx3);
+  fMathieson->SetSqrtKy3AndDeriveKy2Ky4(ky3);
+  
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliMUONClusterSplitterMLEM::~AliMUONClusterSplitterMLEM()
+{
+  delete fMathieson;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void 
+AliMUONClusterSplitterMLEM::AddBin(TH2 *mlem, 
+                                   Int_t ic, Int_t jc, Int_t mode, 
+                                   Bool_t *used, TObjArray *pix)
+{
+  /// Add a bin to the cluster
+  
+  Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
+  Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
+  Double_t cont1, cont = mlem->GetCellContent(jc,ic);
+  AliMUONPad *pixPtr = 0;
+  
+  for (Int_t i=TMath::Max(ic-1,1); i<=TMath::Min(ic+1,ny); i++) {
+    for (Int_t j=TMath::Max(jc-1,1); j<=TMath::Min(jc+1,nx); j++) {
+      if (i != ic && j != jc) continue;
+      if (used[(i-1)*nx+j-1]) continue;
+      cont1 = mlem->GetCellContent(j,i);
+      if (mode && cont1 > cont) continue;
+      used[(i-1)*nx+j-1] = kTRUE;
+      if (cont1 < 0.5) continue;
+      if (pix) pix->Add(BinToPix(mlem,j,i)); 
+      else {
+        pixPtr = new AliMUONPad (mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j), 
+                                   mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
+        fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
+      }
+      AddBin(mlem, i, j, mode, used, pix); // recursive call
+    }
+  }
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void 
+AliMUONClusterSplitterMLEM::AddCluster(Int_t ic, Int_t nclust, 
+                                       TMatrixD& aijcluclu, 
+                                       Bool_t *used, Int_t *clustNumb, Int_t &nCoupled)
+{
+  /// Add a cluster to the group of coupled clusters
+  
+  for (Int_t i=0; i<nclust; i++) {
+    if (used[i]) continue;
+    if (aijcluclu(i,ic) < fgkCouplMin) continue;
+    used[i] = kTRUE;
+    clustNumb[nCoupled++] = i;
+    AddCluster(i, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled);
+  }
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+TObject* 
+AliMUONClusterSplitterMLEM::BinToPix(TH2 *mlem,
+                                     Int_t jc, Int_t ic)
+{
+  /// Translate histogram bin to pixel 
+  
+  Double_t yc = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
+  Double_t xc = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
+  
+  Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
+  AliMUONPad *pixPtr = NULL;
+  
+  // Compare pixel and bin positions
+  for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
+    pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
+    if (pixPtr->Charge() < 0.5) continue;
+    if (TMath::Abs(pixPtr->Coord(0)-xc)<1.e-4 && TMath::Abs(pixPtr->Coord(1)-yc)<1.e-4) 
+    {
+      return (TObject*) pixPtr;
+    }
+  }
+  AliError(Form(" Something wrong ??? %f %f ", xc, yc));
+  return NULL;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Float_t
+AliMUONClusterSplitterMLEM::ChargeIntegration(Double_t x, Double_t y,
+                                              const AliMUONPad& pad)
+{
+  /// Compute the Mathieson integral on pad area, assuming the center
+  /// of the Mathieson is at (x,y)
+  
+  TVector2 lowerLeft(TVector2(x,y)-pad.Position()-pad.Dimensions());
+  TVector2 upperRight(lowerLeft + pad.Dimensions()*2.0);
+  
+       return fMathieson->IntXY(lowerLeft.X(),lowerLeft.Y(),
+                           upperRight.X(),upperRight.Y());
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void 
+AliMUONClusterSplitterMLEM::Fcn1(const AliMUONCluster& cluster, 
+                                    Int_t & /*fNpar*/, Double_t * /*gin*/, 
+                                    Double_t &f, Double_t *par, Int_t /*iflag*/)
+{
+  /// Fit for one track
+  
+  Int_t indx, npads=0;
+  Double_t charge, delta, coef=0, chi2=0, qTot = 0;
+  
+  for (Int_t j=0; j< cluster.Multiplicity(); ++j) 
+  {
+    AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+    if ( pad->Status() != 1 ) continue;
+    if ( pad->DX() > 0 ) npads++; // exclude virtual pads
+    qTot += pad->Charge(); // c.fXyq[2][j];
+    charge = 0;
+    for (Int_t i=fNpar/3; i>=0; --i)
+    { // sum over tracks
+      indx = i<2 ? 2*i : 2*i+1;
+      if (fNpar == 2) 
+      {
+        coef = 1;
+      }
+      else 
+      {
+        coef = i==fNpar/3 ? par[indx+2] : 1-coef;
+      }
+      coef = TMath::Max (coef, 0.);
+      if ( fNpar == 8 && i < 2) 
+      {
+        coef = i==1 ? coef*par[indx+2] : coef - par[7];
+      }
+      coef = TMath::Max (coef, 0.);
+      charge += ChargeIntegration(par[indx],par[indx+1],*pad);
+    }
+    charge *= fQtot;
+    delta = charge - pad->Charge(); //c.fXyq[2][j];
+    delta *= delta;
+    delta /= pad->Charge(); //c.fXyq[2][j];
+    chi2 += delta;
+  } // for (Int_t j=0;
+  f = chi2; 
+  Double_t qAver = qTot/npads;
+  f = chi2/qAver;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Int_t 
+AliMUONClusterSplitterMLEM::Fit(const AliMUONCluster& cluster,
+                                Int_t iSimple, Int_t nfit, 
+                                Int_t *clustFit, TObjArray **clusters, 
+                                Double_t *parOk,
+                                TObjArray& clusterList)
+{
+  /// Find selected clusters to selected pad charges
+  
+  //  AliDebug(2,Form("iSimple=%d nfit=%d",iSimple,nfit));
+  
+  TH2D *mlem = (TH2D*) gROOT->FindObject("mlem");
+  Double_t xmin = mlem->GetXaxis()->GetXmin() - mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
+  Double_t xmax = mlem->GetXaxis()->GetXmax() + mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
+  Double_t ymin = mlem->GetYaxis()->GetXmin() - mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
+  Double_t ymax = mlem->GetYaxis()->GetXmax() + mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
+  Double_t step[3]={0.01,0.002,0.02}, xPad = 0, yPad = 99999;
+  
+  // Number of pads to use and number of virtual pads
+  Int_t npads = 0, nVirtual = 0, nfit0 = nfit;
+  for (Int_t i=0; i<cluster.Multiplicity(); ++i ) 
+  {
+    AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
+    if ( pad->DX() < 0 ) ++nVirtual;
+    if ( pad->Status() !=1 ) continue;
+    if ( pad->DX() > 0 )
+    {
+      ++npads;
+      if (yPad > 9999) 
+      { 
+        xPad = pad->X();//fXyq[0][i]; 
+        yPad = pad->Y();//fXyq[1][i]; 
+      } 
+      else 
+      {
+        if (pad->DY() < pad->DX() ) //fXyq[4][i] < fXyq[3][i]) 
+        {
+          yPad = pad->Y();//fXyq[1][i]; 
+        }
+        else 
+        {
+          xPad = pad->X();//fXyq[0][i]; 
+        }
+      }
+    }
+  }
+  
+  fNpar = 0;
+  fQtot = 0;
+  
+  if (npads < 2) return 0; 
+  
+  // FIXME : AliWarning("Reconnect the following code for hit/track passing ?");
+  
+  //  Int_t tracks[3] = {-1, -1, -1};
+  
+  /*
+   Int_t digit = 0;
+   AliMUONDigit *mdig = 0;
+   for (Int_t cath=0; cath<2; cath++) {  
+     for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
+       if (fPadIJ[0][i] != cath) continue;
+       if (fPadIJ[1][i] != 1) continue;
+       if (fXyq[3][i] < 0) continue; // exclude virtual pads
+       digit = TMath::Nint (fXyq[5][i]);
+       if (digit >= 0) mdig = fInput->Digit(cath,digit);
+       else mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),-digit-1);
+       //if (!mdig) mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),digit);
+       if (!mdig) continue; // protection for cluster display
+       if (mdig->Hit() >= 0) {
+         if (tracks[0] < 0) {
+           tracks[0] = mdig->Hit();
+           tracks[1] = mdig->Track(0);
+         } else if (mdig->Track(0) < tracks[1]) {
+           tracks[0] = mdig->Hit();
+           tracks[1] = mdig->Track(0);
+         }
+       }
+       if (mdig->Track(1) >= 0 && mdig->Track(1) != tracks[1]) {
+         if (tracks[2] < 0) tracks[2] = mdig->Track(1);
+         else tracks[2] = TMath::Min (tracks[2], mdig->Track(1));
+       }
+     } // for (Int_t i=0;
+  } // for (Int_t cath=0;
+   */
+  
+  // Get number of pads in X and Y 
+//  Int_t nInX = 0, nInY;
+//  PadsInXandY(cluster,nInX, nInY);
+  const Int_t kStatusToTest(1);
+  
+  AliMpIntPair nofPads = cluster.NofPads(kStatusToTest);
+  Int_t nInX = nofPads.GetFirst();
+  Int_t nInY = nofPads.GetSecond();
+  //cout << " nInX and Y: " << nInX << " " << nInY << endl;
+  
+  Int_t nfitMax = 3; 
+  nfitMax = TMath::Min (nfitMax, (npads + 1) / 3);
+  if (nfitMax > 1) {
+    if (nInX < 3 && nInY < 3 || nInX == 3 && nInY < 3 || nInX < 3 && nInY == 3) nfitMax = 1; // not enough pads in each direction
+  }
+  if (nfit > nfitMax) nfit = nfitMax;
+  
+  // Take cluster maxima as fitting seeds
+  TObjArray *pix;
+  AliMUONPad *pixPtr;
+  Int_t npxclu;
+  Double_t cont, cmax = 0, xseed = 0, yseed = 0, errOk[8], qq = 0;
+  Double_t xyseed[3][2], qseed[3], xyCand[3][2] = {{0},{0}}, sigCand[3][2] = {{0},{0}};
+  
+  for (Int_t ifit=1; ifit<=nfit0; ifit++) 
+  {
+    cmax = 0;
+    pix = clusters[clustFit[ifit-1]];
+    npxclu = pix->GetEntriesFast();
+    //qq = 0;
+    for (Int_t clu=0; clu<npxclu; ++clu) 
+    {
+      pixPtr = (AliMUONPad*) pix->UncheckedAt(clu);
+      cont = pixPtr->Charge();
+      fQtot += cont;
+      if (cont > cmax) 
+      { 
+        cmax = cont; 
+        xseed = pixPtr->Coord(0);
+        yseed = pixPtr->Coord(1);
+      }
+      qq += cont;
+      xyCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * cont;
+      xyCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * cont;
+      sigCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * pixPtr->Coord(0) * cont;
+      sigCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * pixPtr->Coord(1) * cont;
+    }
+    xyseed[ifit-1][0] = xseed;
+    xyseed[ifit-1][1] = yseed;
+    qseed[ifit-1] = cmax;
+  } // for (Int_t ifit=1;
+  
+  xyCand[0][0] /= qq; // <x>
+  xyCand[0][1] /= qq; // <y>
+  sigCand[0][0] = sigCand[0][0]/qq - xyCand[0][0]*xyCand[0][0]; // <x^2> - <x>^2
+  sigCand[0][0] = sigCand[0][0] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][0]) : 0;
+  sigCand[0][1] = sigCand[0][1]/qq - xyCand[0][1]*xyCand[0][1]; // <y^2> - <y>^2
+  sigCand[0][1] = sigCand[0][1] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][1]) : 0;
+//  if (fDebug) cout << xyCand[0][0] << " " << xyCand[0][1] << " " << sigCand[0][0] << " " << sigCand[0][1] << endl;
+  
+  Int_t nDof, maxSeed[3];//, nMax = 0;
+    Double_t fmin, chi2o = 9999, chi2n;
+    
+    TMath::Sort(nfit0, qseed, maxSeed, kTRUE); // in decreasing order
+    
+    Double_t *gin = 0, func0, func1, param[8], step0[8];
+    Double_t param0[2][8]={{0},{0}}, deriv[2][8]={{0},{0}}; 
+    Double_t shift[8], stepMax, derMax, parmin[8], parmax[8], func2[2], shift0;
+    Double_t delta[8], scMax, dder[8], estim, shiftSave = 0;
+    Int_t min, max, nCall = 0, memory[8] = {0}, nLoop, idMax = 0, iestMax = 0, nFail;
+    Double_t rad, dist[3] = {0};
+    
+    // Try to fit with one-track hypothesis, then 2-track. If chi2/dof is 
+    // lower, try 3-track (if number of pads is sufficient).
+    for (Int_t iseed=0; iseed<nfit; iseed++) 
+    {
+      
+      if (iseed) 
+      { 
+        for (Int_t j=0; j<fNpar; j++) 
+        {
+          param[j] = parOk[j]; 
+        }
+      } // for bounded params
+      
+      for (Int_t j=0; j<3; j++) 
+      {
+        step0[fNpar+j] = shift[fNpar+j] = step[j];
+      }
+      
+      if (nfit == 1) 
+      {
+        param[fNpar] = xyCand[0][0]; // take COG
+      }
+      else 
+      {
+        param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][0];
+      }
+      parmin[fNpar] = xmin; 
+      parmax[fNpar++] = xmax; 
+      if (nfit == 1) 
+      {
+        param[fNpar] = xyCand[0][1]; // take COG
+      }
+      else 
+      {
+        param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][1];
+      }
+      parmin[fNpar] = ymin; 
+      parmax[fNpar++] = ymax; 
+      if (fNpar > 2) 
+      {
+        param[fNpar] = fNpar == 4 ? 0.5 : 0.3;
+        parmin[fNpar] = 0; 
+        parmax[fNpar++] = 1; 
+      }
+      if (iseed) 
+      { 
+        for (Int_t j=0; j<fNpar; j++) 
+        {
+          param0[1][j] = 0; 
+        }
+      }
+      
+      // Try new algorithm
+      min = nLoop = 1; stepMax = func2[1] = derMax = 999999; nFail = 0;
+      
+      while (1) 
+      {
+        max = !min;
+        Fcn1(cluster,fNpar, gin, func0, param, 1); nCall++;
+        //cout << " Func: " << func0 << endl;
+        
+        func2[max] = func0;
+        for (Int_t j=0; j<fNpar; j++) 
+        {
+          param0[max][j] = param[j];
+          delta[j] = step0[j];
+          param[j] += delta[j] / 10;
+          if (j > 0) param[j-1] -= delta[j-1] / 10;
+          Fcn1(cluster,fNpar, gin, func1, param, 1); nCall++;
+          deriv[max][j] = (func1 - func0) / delta[j] * 10; // first derivative
+                                                           //cout << j << " " << deriv[max][j] << endl;
+          dder[j] = param0[0][j] != param0[1][j] ? (deriv[0][j] - deriv[1][j]) / 
+            (param0[0][j] - param0[1][j]) : 0; // second derivative
+        }
+        param[fNpar-1] -= delta[fNpar-1] / 10;
+        if (nCall > 2000) break;
+        
+        min = func2[0] < func2[1] ? 0 : 1;
+        nFail = min == max ? 0 : nFail + 1;
+        
+        stepMax = derMax = estim = 0;
+        for (Int_t j=0; j<fNpar; j++) 
+        { 
+          // Estimated distance to minimum
+          shift0 = shift[j];
+          if (nLoop == 1) 
+          {
+            shift[j] = TMath::Sign (step0[j], -deriv[max][j]); // first step
+          }
+          else if (TMath::Abs(deriv[0][j]) < 1.e-3 && TMath::Abs(deriv[1][j]) < 1.e-3) 
+          {
+            shift[j] = 0;
+          }
+          else if (deriv[min][j]*deriv[!min][j] > 0 && TMath::Abs(deriv[min][j]) > TMath::Abs(deriv[!min][j])
+                   || TMath::Abs(deriv[0][j]-deriv[1][j]) < 1.e-3 || TMath::Abs(dder[j]) < 1.e-6) 
+          {
+            shift[j] = -TMath::Sign (shift[j], (func2[0]-func2[1]) * (param0[0][j]-param0[1][j]));
+          }
+          if (min == max) 
+          { 
+            if (memory[j] > 1) 
+            { 
+              shift[j] *= 2; 
+            } 
+            memory[j]++;
+          }
+          else 
+          {
+            shift[j] = dder[j] != 0 ? -deriv[min][j] / dder[j] : 0;
+            memory[j] = 0;
+          }
+          
+          if (TMath::Abs(shift[j])/step0[j] > estim) 
+          { 
+            estim = TMath::Abs(shift[j])/step0[j];
+            iestMax = j;
+          }
+          
+          // Too big step
+          if (TMath::Abs(shift[j])/step0[j] > 10) shift[j] = TMath::Sign(10.,shift[j]) * step0[j]; // 
+          
+          // Failed to improve minimum
+          if (min != max) 
+          {
+            memory[j] = 0;
+            param[j] = param0[min][j];
+            if (TMath::Abs(shift[j]+shift0) > 0.1*step0[j]) 
+            {
+              shift[j] = (shift[j] + shift0) / 2;
+            }
+            else 
+            {
+              shift[j] /= -2;
+            }
+          } 
+          
+          // Too big step
+          if (TMath::Abs(shift[j]*deriv[min][j]) > func2[min]) 
+          {
+            shift[j] = TMath::Sign (func2[min]/deriv[min][j], shift[j]);
+          }
+          
+          // Introduce step relaxation factor
+          if (memory[j] < 3) 
+          {
+            scMax = 1 + 4 / TMath::Max(nLoop/2.,1.);
+            if (TMath::Abs(shift0) > 0 && TMath::Abs(shift[j]/shift0) > scMax) 
+            {
+              shift[j] = TMath::Sign (shift0*scMax, shift[j]);
+            }
+          }
+          param[j] += shift[j]; 
+          //MLEM Check parameter limits 27-12-2004
+          if (param[j] < parmin[j]) 
+          { 
+            shift[j] = parmin[j] - param[j]; 
+            param[j] = parmin[j]; 
+          } 
+          else if (param[j] > parmax[j]) 
+          {
+            shift[j] = parmax[j] - param[j];
+            param[j] = parmax[j];
+          }
+          //cout << " xxx " << j << " " << shift[j] << " " << param[j] << endl;
+          stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[j]/step0[j]));
+          if (TMath::Abs(deriv[min][j]) > derMax) 
+          {
+            idMax = j;
+            derMax = TMath::Abs (deriv[min][j]);
+          }
+        } // for (Int_t j=0; j<fNpar;
+        
+        if (estim < 1 && derMax < 2 || nLoop > 150) break; // minimum was found
+        
+        nLoop++;
+        
+        // Check for small step
+        if (shift[idMax] == 0) 
+        { 
+          shift[idMax] = step0[idMax]/10; 
+          param[idMax] += shift[idMax]; 
+          continue; 
+        }
+        
+        if (!memory[idMax] && derMax > 0.5 && nLoop > 10) 
+        {
+          if (dder[idMax] != 0 && TMath::Abs(deriv[min][idMax]/dder[idMax]/shift[idMax]) > 10) 
+          {
+            if (min == max) dder[idMax] = -dder[idMax];
+            shift[idMax] = -deriv[min][idMax] / dder[idMax] / 10; 
+            param[idMax] += shift[idMax];
+            stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[idMax])/step0[idMax]);
+            if (min == max) shiftSave = shift[idMax];
+          }
+          if (nFail > 10) 
+          {
+            param[idMax] -= shift[idMax];
+            shift[idMax] = 4 * shiftSave * (gRandom->Rndm(0) - 0.5);
+            param[idMax] += shift[idMax];
+          }
+        }      
+  } // while (1)
+      
+      fmin = func2[min];
+      
+      nDof = npads - fNpar + nVirtual;
+      if (!nDof) nDof++;
+      chi2n = fmin / nDof;
+//      if (fDebug) cout << " Chi2 " << chi2n << " " << fNpar << endl;
+      
+      if (chi2n*1.2+1.e-6 > chi2o ) { fNpar -= 3; break; }
+      
+      // Save parameters and errors
+      
+      if (nInX == 1) {
+        // One pad per direction 
+        for (Int_t i=0; i<fNpar; i++) if (i == 0 || i == 2 || i == 5) param0[min][i] = xPad;
+      }
+      if (nInY == 1) {
+        // One pad per direction 
+        for (Int_t i=0; i<fNpar; i++) if (i == 1 || i == 3 || i == 6) param0[min][i] = yPad;
+      }
+      
+      /*
+       if (iseed > 0) {
+         // Find distance to the nearest neighbour
+         dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][2])*
+                                          (param0[min][0]-param0[min][2])
+                                          +(param0[min][1]-param0[min][3])*
+                                          (param0[min][1]-param0[min][3]));
+         if (iseed > 1) {
+           dist[2] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][5])*
+                                  (param0[min][0]-param0[min][5])
+                                  +(param0[min][1]-param0[min][6])*
+                                  (param0[min][1]-param0[min][6]));
+           rad = TMath::Sqrt ((param0[min][2]-param0[min][5])*
+                              (param0[min][2]-param0[min][5])
+                              +(param0[min][3]-param0[min][6])*
+                              (param0[min][3]-param0[min][6]));
+           if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
+           if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
+           if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
+         }
+         cout << dist[0] << " " << dist[1] << " " << dist[2] << endl;
+         if (dist[TMath::LocMin(iseed+1,dist)] < 1.) { fNpar -= 3; break; }
+       }
+       */
+      
+      for (Int_t i=0; i<fNpar; i++) {
+        parOk[i] = param0[min][i];
+        //errOk[i] = fmin;
+        errOk[i] = chi2n;
+        // Bounded params
+        parOk[i] = TMath::Max (parOk[i], parmin[i]);
+        parOk[i] = TMath::Min (parOk[i], parmax[i]);
+      }
+      
+      chi2o = chi2n;
+      if (fmin < 0.1) break; // !!!???
+  } // for (Int_t iseed=0; 
+    
+//    if (fDebug) {
+//      for (Int_t i=0; i<fNpar; i++) {
+//        if (i == 4 || i == 7) {
+//          if (i == 7 || i == 4 && fNpar < 7) cout << parOk[i] << endl;
+//          else cout << parOk[i] * (1-parOk[7]) << endl;
+//          continue;
+//        }
+//        cout << parOk[i] << " " << errOk[i] << endl;
+//      }
+//    }
+    nfit = (fNpar + 1) / 3;
+    dist[0] = dist[1] = dist[2] = 0;
+    
+    if (nfit > 1) {
+      // Find distance to the nearest neighbour
+      dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[2])*
+                                       (parOk[0]-parOk[2])
+                                       +(parOk[1]-parOk[3])*
+                                       (parOk[1]-parOk[3]));
+      if (nfit > 2) {
+        dist[2] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[5])*
+                               (parOk[0]-parOk[5])
+                               +(parOk[1]-parOk[6])*
+                               (parOk[1]-parOk[6]));
+        rad = TMath::Sqrt ((parOk[2]-parOk[5])*
+                           (parOk[2]-parOk[5])
+                           +(parOk[3]-parOk[6])*
+                           (parOk[3]-parOk[6]));
+        if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
+        if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
+        if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
+      }
+    }
+    
+    Int_t indx;
+    
+    //if (!fDraw) {
+    
+    Double_t coef = 0;
+    if (iSimple) fnCoupled = 0;
+    //for (Int_t j=0; j<nfit; j++) {
+    for (Int_t j=nfit-1; j>=0; j--) {
+      indx = j<2 ? j*2 : j*2+1;  
+      if (nfit == 1) coef = 1;
+      else coef = j==nfit-1 ? parOk[indx+2] : 1-coef;
+      coef = TMath::Max (coef, 0.);
+      if (nfit == 3 && j < 2) coef = j==1 ? coef*parOk[indx+2] : coef - parOk[7];
+      coef = TMath::Max (coef, 0.);
+      
+      //void AliMUONClusterFinderMLEM::AddRawCluster(Double_t x, Double_t y, 
+      //                                             Double_t qTot, Double_t fmin,
+      //                                             Int_t nfit, Int_t *tracks, 
+      //                                             Double_t /*sigx*/, 
+      //                                             Double_t /*sigy*/, 
+      //                                             Double_t /*dist*/)
+      
+      if ( coef*fQtot >= 14 )
+      {
+        AliMUONCluster* cluster = new AliMUONCluster();
+        
+        cluster->SetCharge(coef*fQtot,coef*fQtot);
+        cluster->SetPosition(TVector2(parOk[indx],parOk[indx+1]),TVector2(sigCand[0][0],sigCand[0][1]));
+        cluster->SetChi2(dist[TMath::LocMin(nfit,dist)]);
+        
+        // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to 
+        // the original AddRawCluster code.
+        
+        AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
+                        fDetElemId,cluster->Multiplicity(),(Int_t)cluster->Charge(),
+                        cluster->Position().X(),cluster->Position().Y()));
+        
+        clusterList.Add(cluster);
+      }
+      //      AddRawCluster (parOk[indx], // double x
+      //                     parOk[indx+1], // double y
+      //                     coef*qTot, // double charge
+      //                     errOk[indx], // double fmin
+      //                     nfit0+10*nfit+100*nMax+10000*fnCoupled, // int nfit
+      //                     tracks, // int* tracks
+      //                     sigCand[0][0], // double sigx
+      //                     sigCand[0][1], // double sigy
+      //                     dist[TMath::LocMin(nfit,dist)] // double dist
+      //                     );
+    }
+    return nfit;
+    }  
+
+
+//_____________________________________________________________________________
+void
+AliMUONClusterSplitterMLEM::Split(const AliMUONCluster& cluster,
+                                  TH2 *mlem,
+                                  Double_t *coef,
+                                  TObjArray& clusterList)
+{
+  /// The main steering function to work with clusters of pixels in anode
+  /// plane (find clusters, decouple them from each other, merge them (if
+  /// necessary), pick up coupled pads, call the fitting function)
+  
+  Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
+  Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
+  Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
+  
+  Bool_t *used = new Bool_t[ny*nx];
+  Double_t cont;
+  Int_t nclust = 0, indx, indx1;
+  
+  for (Int_t i=0; i<ny*nx; i++) used[i] = kFALSE; 
+  
+  TObjArray *clusters[200]={0};
+  TObjArray *pix;
+  
+  // Find clusters of histogram bins (easier to work in 2-D space)
+  for (Int_t i=1; i<=ny; i++) 
+  {
+    for (Int_t j=1; j<=nx; j++) 
+    {
+      indx = (i-1)*nx + j - 1;
+      if (used[indx]) continue;
+      cont = mlem->GetCellContent(j,i);
+      if (cont < 0.5) continue;
+      pix = new TObjArray(20);
+      used[indx] = 1;
+      pix->Add(BinToPix(mlem,j,i));
+      AddBin(mlem, i, j, 0, used, pix); // recursive call
+      if (nclust >= 200) AliFatal(" Too many clusters !!!");
+      clusters[nclust++] = pix;
+    } // for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
+    } // for (Int_t i=1; i<=ny;
+//  if (fDebug) cout << nclust << endl;
+  delete [] used; used = 0;
+  
+  // Compute couplings between clusters and clusters to pads
+  Int_t npad = cluster.Multiplicity();
+  
+  // Exclude pads with overflows
+  for (Int_t j=0; j<npad; ++j) 
+  {
+    AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+    if ( pad->IsSaturated() )
+    {
+      pad->SetStatus(-5); 
+    }
+    else 
+    {
+      pad->SetStatus(0);
+    }
+  }
+  
+  // Compute couplings of clusters to pads
+  TMatrixD aijclupad(nclust,npad);
+  aijclupad = 0;
+  Int_t npxclu;
+  for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; ++iclust) 
+  {
+    pix = clusters[iclust];
+    npxclu = pix->GetEntriesFast();
+    for (Int_t i=0; i<npxclu; ++i) 
+    {
+      indx = fPixArray->IndexOf(pix->UncheckedAt(i));
+      for (Int_t j=0; j<npad; ++j) 
+      {
+        AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+        if ( pad->Status() < 0 && pad->Status() != -5) continue;
+        if (coef[j*nPix+indx] < fgkCouplMin) continue;
+        aijclupad(iclust,j) += coef[j*nPix+indx];
+      }
+    }
+  }
+  
+  // Compute couplings between clusters
+  TMatrixD aijcluclu(nclust,nclust);
+  aijcluclu = 0;
+  for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; ++iclust) 
+  {
+    for (Int_t j=0; j<npad; ++j) 
+    {
+      // Exclude overflows
+      if ( cluster.Pad(j)->Status() < 0) continue;
+      if (aijclupad(iclust,j) < fgkCouplMin) continue;
+      for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nclust; iclust1++) 
+      {
+        if (aijclupad(iclust1,j) < fgkCouplMin) continue;
+        aijcluclu(iclust,iclust1) += 
+          TMath::Sqrt (aijclupad(iclust,j)*aijclupad(iclust1,j));
+      }
+    }
+  }
+  for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; ++iclust) 
+  {
+    for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nclust; ++iclust1) 
+    {
+      aijcluclu(iclust1,iclust) = aijcluclu(iclust,iclust1);
+    }
+  }
+  
+  // Find groups of coupled clusters
+  used = new Bool_t[nclust];
+  for (Int_t i=0; i<nclust; i++) used[i] = kFALSE;
+  Int_t *clustNumb = new Int_t[nclust];
+  Int_t nCoupled, nForFit, minGroup[3], clustFit[3], nfit = 0;
+  Double_t parOk[8];
+  
+  for (Int_t igroup=0; igroup<nclust; igroup++) 
+  {
+    if (used[igroup]) continue;
+    used[igroup] = kTRUE;
+    clustNumb[0] = igroup;
+    nCoupled = 1;
+    // Find group of coupled clusters
+    AddCluster(igroup, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled); // recursive
+    
+    //    if (fDebug) {                                                                      
+    //      cout << " nCoupled: " << nCoupled << endl;                                                                      
+    //      for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) cout << clustNumb[i] << " "; cout << endl;                                                                       
+    //    }
+    
+    fnCoupled = nCoupled;
+    
+    while (nCoupled > 0) 
+    {
+      if (nCoupled < 4) 
+      {
+        nForFit = nCoupled;
+        for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) clustFit[i] = clustNumb[i];
+      } 
+      else 
+      {
+        // Too many coupled clusters to fit - try to decouple them
+        // Find the lowest coupling of 1, 2, min(3,nLinks/2) pixels with 
+        // all the others in the group 
+        for (Int_t j=0; j<3; j++) minGroup[j] = -1;
+        /*Double_t coupl =*/ MinGroupCoupl(nCoupled, clustNumb, aijcluclu, minGroup);
+        
+        // Flag clusters for fit
+        nForFit = 0;
+        while (minGroup[nForFit] >= 0 && nForFit < 3)
+        {
+          clustFit[nForFit] = clustNumb[minGroup[nForFit]];
+          clustNumb[minGroup[nForFit]] -= 999;
+          nForFit++;
+        }
+      } // else
+      
+      // Select pads for fit. 
+      if (SelectPad(cluster,nCoupled, nForFit, clustNumb, clustFit, aijclupad) < 3 && nCoupled > 1) 
+      {
+        // Deselect pads
+        for (Int_t j=0; j<npad; ++j)
+        {
+          AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+          if ( pad->Status()==1 ) pad->SetStatus(0);
+          if ( pad->Status()==-9) pad->SetStatus(-5);
+        }
+        // Merge the failed cluster candidates (with too few pads to fit) with 
+        // the one with the strongest coupling
+        Merge(cluster,nForFit, nCoupled, clustNumb, clustFit, clusters, aijcluclu, aijclupad);
+      } 
+      else 
+      {
+        // Do the fit
+        nfit = Fit(cluster,0, nForFit, clustFit, clusters, parOk, clusterList);
+      }
+      
+      // Subtract the fitted charges from pads with strong coupling and/or
+      // return pads for further use
+      UpdatePads(cluster,nfit, parOk);
+      
+      // Mark used pads
+      for (Int_t j=0; j<npad; ++j) 
+      {
+        AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+        if ( pad->Status()==1 ) pad->SetStatus(-1);
+        if ( pad->Status()==-9) pad->SetStatus(-5);
+      }
+      
+      // Sort the clusters (move to the right the used ones)
+      Int_t beg = 0, end = nCoupled - 1;
+      while (beg < end) 
+      {
+        if (clustNumb[beg] >= 0) { ++beg; continue; }
+        for (Int_t j=end; j>beg; --j) 
+        {
+          if (clustNumb[j] < 0) continue;
+          end = j - 1;
+          indx = clustNumb[beg];
+          clustNumb[beg] = clustNumb[j];
+          clustNumb[j] = indx;
+          break;
+        }
+        ++beg;
+      }
+      
+      nCoupled -= nForFit;
+      if (nCoupled > 3) 
+      {
+        // Remove couplings of used clusters
+        for (Int_t iclust=nCoupled; iclust<nCoupled+nForFit;++ iclust) 
+        {
+          indx = clustNumb[iclust] + 999;
+          for (Int_t iclust1=0; iclust1<nCoupled; ++iclust1) 
+          {
+            indx1 = clustNumb[iclust1];
+            aijcluclu(indx,indx1) = aijcluclu(indx1,indx) = 0;
+          }
+        }
+        
+        // Update the remaining clusters couplings (exclude couplings from 
+        // the used pads)
+        for (Int_t j=0; j<npad; ++j) 
+        {
+          AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+          if ( pad->Status() != -1) continue;
+          for (Int_t iclust=0; iclust<nCoupled; ++iclust) 
+          {
+            indx = clustNumb[iclust];
+            if (aijclupad(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
+            for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nCoupled; ++iclust1) 
+            {
+              indx1 = clustNumb[iclust1];
+              if (aijclupad(indx1,j) < fgkCouplMin) continue;
+              // Check this
+              aijcluclu(indx,indx1) -= 
+                TMath::Sqrt (aijclupad(indx,j)*aijclupad(indx1,j));
+              aijcluclu(indx1,indx) = aijcluclu(indx,indx1);
+            }
+          }
+          pad->SetStatus(-8);
+        } // for (Int_t j=0; j<npad;
+      } // if (nCoupled > 3)
+    } // while (nCoupled > 0)
+  } // for (Int_t igroup=0; igroup<nclust;
+  
+  for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; iclust++)
+  {
+    pix = clusters[iclust]; 
+    pix->Clear();
+    delete pix; 
+    pix = 0;
+  }
+  delete [] clustNumb; 
+  clustNumb = 0; 
+  delete [] used; 
+  used = 0;
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void 
+AliMUONClusterSplitterMLEM::Merge(const AliMUONCluster& cluster,
+                                     Int_t nForFit, Int_t nCoupled, 
+                                     Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, 
+                                     TObjArray **clusters, 
+                                     TMatrixD& aijcluclu, TMatrixD& aijclupad)
+{
+  /// Merge the group of clusters with the one having the strongest coupling with them
+  
+  Int_t indx, indx1, npxclu, npxclu1, imax=0;
+  TObjArray *pix, *pix1;
+  Double_t couplMax;
+  
+  for (Int_t icl=0; icl<nForFit; ++icl) 
+  {
+    indx = clustFit[icl];
+    pix = clusters[indx];
+    npxclu = pix->GetEntriesFast();
+    couplMax = -1;
+    for (Int_t icl1=0; icl1<nCoupled; ++icl1) 
+    {
+      indx1 = clustNumb[icl1];
+      if (indx1 < 0) continue;
+      if ( aijcluclu(indx,indx1) > couplMax) 
+      {
+        couplMax = aijcluclu(indx,indx1);
+        imax = indx1;
+      }
+    } // for (Int_t icl1=0;
+      // Add to it
+    pix1 = clusters[imax];
+    npxclu1 = pix1->GetEntriesFast();
+    // Add pixels 
+    for (Int_t i=0; i<npxclu; ++i) 
+    { 
+      pix1->Add(pix->UncheckedAt(i)); 
+      pix->RemoveAt(i); 
+    }
+    
+    //Add cluster-to-cluster couplings
+    for (Int_t icl1=0; icl1<nCoupled; ++icl1) 
+    {
+      indx1 = clustNumb[icl1];
+      if (indx1 < 0 || indx1 == imax) continue;
+      aijcluclu(indx1,imax) += aijcluclu(indx,indx1);
+      aijcluclu(imax,indx1) = aijcluclu(indx1,imax);
+    }
+    aijcluclu(indx,imax) = aijcluclu(imax,indx) = 0;
+    
+    //Add cluster-to-pad couplings
+    for (Int_t j=0; j<cluster.Multiplicity(); ++j) 
+    {
+      AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+      if ( pad->Status() < 0 && pad->Status() != -5 ) continue;// exclude used pads
+        aijclupad(imax,j) += aijclupad(indx,j);
+        aijclupad(indx,j) = 0;
+    }
+  } // for (Int_t icl=0; icl<nForFit;
+}
+
+
+//_____________________________________________________________________________
+Double_t 
+AliMUONClusterSplitterMLEM::MinGroupCoupl(Int_t nCoupled, Int_t *clustNumb, 
+                                          TMatrixD& aijcluclu, Int_t *minGroup)
+{
+  /// Find group of clusters with minimum coupling to all the others
+  
+  Int_t i123max = TMath::Min(3,nCoupled/2); 
+  Int_t indx, indx1, indx2, indx3, nTot = 0;
+  Double_t *coupl1 = 0, *coupl2 = 0, *coupl3 = 0;
+  
+  for (Int_t i123=1; i123<=i123max; i123++) {
+    
+    if (i123 == 1) {
+      coupl1 = new Double_t [nCoupled];
+      for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) coupl1[i] = 0;
+    }
+    else if (i123 == 2) {
+      nTot = nCoupled*nCoupled;
+      coupl2 = new Double_t [nTot];
+      for (Int_t i=0; i<nTot; i++) coupl2[i] = 9999;
+    } else {
+      nTot = nTot*nCoupled;
+      coupl3 = new Double_t [nTot];
+      for (Int_t i=0; i<nTot; i++) coupl3[i] = 9999;
+    } // else
+    
+    for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) {
+      indx1 = clustNumb[i];
+      for (Int_t j=i+1; j<nCoupled; j++) {
+        indx2 = clustNumb[j];
+        if (i123 == 1) {
+          coupl1[i] += aijcluclu(indx1,indx2);
+          coupl1[j] += aijcluclu(indx1,indx2);
+        } 
+        else if (i123 == 2) {
+          indx = i*nCoupled + j;
+          coupl2[indx] = coupl1[i] + coupl1[j];
+          coupl2[indx] -= 2 * (aijcluclu(indx1,indx2));
+        } else {
+          for (Int_t k=j+1; k<nCoupled; k++) {
+            indx3 = clustNumb[k];
+            indx = i*nCoupled*nCoupled + j*nCoupled + k;
+            coupl3[indx] = coupl2[i*nCoupled+j] + coupl1[k];
+            coupl3[indx] -= 2 * (aijcluclu(indx1,indx3)+aijcluclu(indx2,indx3));
+          }
+        } // else
+      } // for (Int_t j=i+1;
+    } // for (Int_t i=0;
+  } // for (Int_t i123=1;
+  
+  // Find minimum coupling
+  Double_t couplMin = 9999;
+  Int_t locMin = 0;
+  
+  for (Int_t i123=1; i123<=i123max; i123++) {
+    if (i123 == 1) {
+      locMin = TMath::LocMin(nCoupled, coupl1);
+      couplMin = coupl1[locMin];
+      minGroup[0] = locMin;
+      delete [] coupl1; coupl1 = 0;
+    } 
+    else if (i123 == 2) {
+      locMin = TMath::LocMin(nCoupled*nCoupled, coupl2);
+      if (coupl2[locMin] < couplMin) {
+        couplMin = coupl2[locMin];
+        minGroup[0] = locMin/nCoupled;
+        minGroup[1] = locMin%nCoupled;
+      }
+      delete [] coupl2; coupl2 = 0;
+    } else {
+      locMin = TMath::LocMin(nTot, coupl3);
+      if (coupl3[locMin] < couplMin) {
+        couplMin = coupl3[locMin];
+        minGroup[0] = locMin/nCoupled/nCoupled;
+        minGroup[1] = locMin%(nCoupled*nCoupled)/nCoupled;
+        minGroup[2] = locMin%nCoupled;
+      }
+      delete [] coupl3; coupl3 = 0;
+    } // else
+  } // for (Int_t i123=1;
+  return couplMin;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Int_t 
+AliMUONClusterSplitterMLEM::SelectPad(const AliMUONCluster& cluster,
+                                          Int_t nCoupled, Int_t nForFit, 
+                                          Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, 
+                                          TMatrixD& aijclupad)
+{
+  /// Select pads for fit. If too many coupled clusters, find pads giving 
+  /// the strongest coupling with the rest of clusters and exclude them from the fit.
+  
+  Int_t npad = cluster.Multiplicity();
+  Double_t *padpix = 0;
+  
+  if (nCoupled > 3) 
+  {
+    padpix = new Double_t[npad];
+    for (Int_t i=0; i<npad; i++) padpix[i] = 0; 
+  }
+  
+  Int_t nOK = 0, indx, indx1;
+  for (Int_t iclust=0; iclust<nForFit; ++iclust)
+  {
+    indx = clustFit[iclust];
+    for (Int_t j=0; j<npad; j++) 
+    {
+      if ( aijclupad(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
+      AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+      if ( pad->Status() == -5 ) pad->SetStatus(-0); // flag overflow
+      if ( pad->Status() < 0 ) continue; // exclude overflows and used pads
+      if ( !pad->Status() ) 
+      {
+        pad->SetStatus(1);
+        ++nOK; // pad to be used in fit
+      }      
+      if (nCoupled > 3) 
+      {
+        // Check other clusters
+        for (Int_t iclust1=0; iclust1<nCoupled; ++iclust1) 
+        {
+          indx1 = clustNumb[iclust1];
+          if (indx1 < 0) continue;
+          if ( aijclupad(indx1,j) < fgkCouplMin ) continue;
+          padpix[j] += aijclupad(indx1,j);
+        }
+      } // if (nCoupled > 3)
+    } // for (Int_t j=0; j<npad;
+  } // for (Int_t iclust=0; iclust<nForFit
+  if (nCoupled < 4) return nOK;
+  
+  Double_t aaa = 0;
+  for (Int_t j=0; j<npad; ++j) 
+  {
+    if (padpix[j] < fgkCouplMin) continue;
+    aaa += padpix[j];
+    cluster.Pad(j)->SetStatus(-1); // exclude pads with strong coupling to the other clusters
+    nOK--;
+  }
+  delete [] padpix; 
+  padpix = 0;
+  return nOK;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void 
+AliMUONClusterSplitterMLEM::UpdatePads(const AliMUONCluster& cluster,
+                                          Int_t /*nfit*/, Double_t *par)
+{
+  /// Subtract the fitted charges from pads with strong coupling
+  
+  Int_t indx;
+  Double_t charge, coef=0;
+  
+  for (Int_t j=0; j<cluster.Multiplicity(); ++j) 
+  {
+    AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
+    if ( pad->Status() != 1 ) continue;
+    if (fNpar != 0) 
+    {
+      charge = 0;
+      for (Int_t i=fNpar/3; i>=0; --i) 
+      { 
+        // sum over tracks
+        indx = i<2 ? 2*i : 2*i+1;
+        if (fNpar == 2) 
+        {
+          coef = 1;
+        }
+        else 
+        {
+          coef = i==fNpar/3 ? par[indx+2] : 1-coef;
+        }
+        coef = TMath::Max (coef, 0.);
+        if (fNpar == 8 && i < 2) 
+        {
+          coef = i==1 ? coef*par[indx+2] : coef - par[7];
+        }
+        coef = TMath::Max (coef, 0.);
+        charge += ChargeIntegration(par[indx],par[indx+1],*pad);
+      }
+      charge *= fQtot;
+      pad->SetCharge(pad->Charge()-charge);
+    } // if (fNpar != 0)
+    
+    if (pad->Charge() > 6 /*fgkZeroSuppression*/) pad->SetStatus(0); 
+    // return pad for further using // FIXME: remove usage of zerosuppression here
+    
+  } // for (Int_t j=0;
+}  
+
+
diff --git a/MUON/AliMUONClusterSplitterMLEM.h b/MUON/AliMUONClusterSplitterMLEM.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..bfb7a79
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,97 @@
+#ifndef AliMUONClusterSplitterMLEM_H
+#define AliMUONClusterSplitterMLEM_H
+
+/* Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
+* See cxx source for full Copyright notice                               */
+
+// $Id$
+
+/// \ingroup
+/// \class AliMUONClusterSplitterMLEM
+/// \brief
+/// 
+//  Author Alexander Zinchenko, JINR Dubna; Laurent Aphecetche, SUBATECH
+//
+
+#ifndef ROOT_TObject
+#  include "TObject.h"
+#endif
+
+#include "TMatrixDfwd.h"
+
+class AliMUONCluster;
+class TH2;
+class TObjArray;
+class AliMUONPad;
+class AliMUONMathieson;
+
+class AliMUONClusterSplitterMLEM : public TObject
+{
+public:
+  AliMUONClusterSplitterMLEM(Int_t detElemId, TObjArray* pixArray);
+  
+  virtual ~AliMUONClusterSplitterMLEM();
+
+  void AddBin(TH2 *mlem, 
+              Int_t ic, Int_t jc, Int_t mode, 
+              Bool_t *used, TObjArray *pix);
+  
+  void AddCluster(Int_t ic, Int_t nclust, 
+                  TMatrixD& aijcluclu, 
+                  Bool_t *used, Int_t *clustNumb, Int_t &nCoupled);
+  
+  TObject* BinToPix(TH2 *mlem, Int_t jc, Int_t ic);
+  
+  Float_t ChargeIntegration(Double_t x, Double_t y, const AliMUONPad& pad);
+  
+  void Fcn1(const AliMUONCluster& cluster, 
+            Int_t & npar, Double_t * gin, 
+            Double_t &f, Double_t *par, Int_t iflag);
+  
+  Int_t Fit(const AliMUONCluster& cluster,
+            Int_t iSimple, Int_t nfit,
+            Int_t *clustFit, TObjArray **clusters, 
+            Double_t *parOk, TObjArray& clusterList);
+    
+  void Merge(const AliMUONCluster& cluster,
+             Int_t nForFit, Int_t nCoupled, 
+             Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, 
+             TObjArray **clusters, 
+             TMatrixD& aijcluclu, TMatrixD& aijclupad);
+    
+  Double_t MinGroupCoupl(Int_t nCoupled, Int_t *clustNumb, 
+                         TMatrixD& aijcluclu, Int_t *minGroup);
+      
+  Int_t SelectPad(const AliMUONCluster& cluster,
+                  Int_t nCoupled, Int_t nForFit, 
+                  Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, 
+                  TMatrixD& aijclupad);
+  
+  void Split(const AliMUONCluster& cluster,
+               TH2* mlem,
+               Double_t* coef, TObjArray& clusterList);
+  
+  
+  void UpdatePads(const AliMUONCluster& cluster, Int_t nfit, Double_t *par);
+
+private:
+  // will not be implemented
+  AliMUONClusterSplitterMLEM(const AliMUONClusterSplitterMLEM&);
+  // will not be implemented
+  AliMUONClusterSplitterMLEM& operator=(const AliMUONClusterSplitterMLEM&);
+  
+private:
+  
+    static const Double_t fgkCouplMin; ///< threshold on coupling 
+
+  TObjArray* fPixArray; //! < not owner
+  AliMUONMathieson* fMathieson; //!< 
+  Int_t fDetElemId; //!< detection element we are working on
+  Int_t fNpar; //!< number of fit parameters
+  Double_t fQtot; //!< total charge
+  Int_t fnCoupled; //!< number of coupled pixels ?
+  
+  ClassDef(AliMUONClusterSplitterMLEM,1) // 
+};
+
+#endif