- protect against bug from stand alone tracker which reports tracklets
crossing pad row but no clusters attached to the second row defined
- add debug verbosity

Fix over the QA Histogram in AliACORDEQADataMaker::MakeRaws

- fixing compilation errors
- file included two times in build system

- adding the new histogram producer classes to the component

- fixing compilation errors

- changing the digit format to now come as a linked list instead of an array
  - will slow down digit maker, but give a significant speed up of the clusterizer at high multiplicities
  - also need to always ship the full list of digits, even after clusterisation, but
    this is anyway needed if one is to provide AliESDCaloCells in the ESDs
- now sorting the digits

Renaming histo production classes to introduce order,
added Cell histo class

Cosmetic updates

Updated documentation

-Added fTracksMatched array member in AliHLTCaloClusterDataStruct.h
-Modified AliHLTGlobalTrackMatcher to fill in this array.

Adding couple of histograms classes

- fixing compilation errors/warnings
- changing from AliCaloRawStream to AliAltroRawStream, causing a speed up of a factor ~100
- small bug fixes

Fleshed out the functionality of the class

- adding checking of sanity to raw analyzer

- starting implementing ocdb access

Moved AliHLTPHOSConstant.h back to original name AliHLTPHOSConstants.h
Changed by mistake in earlier commit.

Added the most important Calo files, changed dependent files. Compiles. Calo library loads fine

- fixing bug in digitmaker
- option to push raw data in raw analyzer
- protection in clusterizer

- fixing typo

- fixing compilation errors

- adding digit reader to build system

- adding digit readers to assist with the linked list of digits

- changing the digit format to now come as a linked list instead of an array
  - will slow down digit maker, but give a significant speed up of the clusterizer at high multiplicities
  - also need to always ship the full list of digits, even after clusterisation, but
    this is anyway needed if one is to provide AliESDCaloCells in the ESDs
- now sorting the digits

Renaming histo production classes to introduce order,
added Cell histo class

Cosmetic updates

Updated documentation

-Added fTracksMatched array member in AliHLTCaloClusterDataStruct.h
-Modified AliHLTGlobalTrackMatcher to fill in this array.

Adding couple of histograms classes

- fixing compilation errors/warnings
- changing from AliCaloRawStream to AliAltroRawStream, causing a speed up of a factor ~100
- small bug fixes

- cosmetics

Fleshed out the functionality of the class

- small fixes

- adding checking of sanity to raw analyzer

- adding more features for loading configurations from CDB

Adding first unfinished version of AliHLTGlobalTrackMatcher class

- small fixes

- components look for configurations in OCDB. (not fully ready yet)

- starting implementing ocdb access

Moved AliHLTPHOSConstant.h back to original name AliHLTPHOSConstants.h
Changed by mistake in earlier commit.

added last file in libAliHLT.pkg

Last commit, completing addition of AliHLTCaloClusterizer, AliHLTCaloDigitMaker, AliHLTCaloClusterAnalyser to the CALO library. New instance of AliHLTCaloConstants created with interface class AliHLTCaloConstantsHandler.

Added some more component and structs that were needed, compiles and load beautifully

Added the most important Calo files, changed dependent files. Compiles. Calo library loads fine

- fixing bug in digitmaker
- option to push raw data in raw analyzer
- protection in clusterizer

deactivating generation of the default detector/ddl list in the FXS header
the calibration component has to generate the list explicitely.
only ddls for one detector can be set

AliTPCcalibDB    - Applying filters for calration graphs using AliTPCcalibDButil
                 + algorithm to choose the v drift calibration
                   vdriftCE, vdriftLT or vdriftP
                 + fixed bug extrapolation of the calibration values
AliTPCcalibDButil - Implementation of filters

Marian.

AliTPCTempMap.h AliTPCTempMap.cxx - Filter values before fits - range 15-25 C
(Marian)

checking if event specie set in SetQA

Changes to run also without reading the MC (Chiara B)

Sergey modified the code to release the memory of the pad vectors. Useful when processing meny events on a local machine.This feature can be turned on by using the argument -release-memory

Technical fix for bug #58138: VZERO breaks in AliVZEROTrending::~AliVZEROTrending()

Adapt wagons in case of AOD analysis and analysis with AliAnaCalorimeterQA where no access to the mcparticle branch is implemented yet.

Moved the call to AliAODHandler::StoreMCParticles to AnalysisTaskMCParticleFilter to allow on the fly analysis of AODMC after the MCfilter. All Tasks/Filters selecting AODMCParticles have to run BEFORE

Moved the call to StoreMCParticles to ANALYSIS/AnalysisTaskMCParticleFilter to allow on the fly analysis of AODMC after filter

added method to check the whoole filter mask, not just one bit

Fix for dumb variable redefinition in my last commit.

minor bugfix to compile in debug mode

forbidding copy constructor and assignment operator

Fix trivial syntax error

Bug#56919: Fixing correct number of muon trk ldcs.

TOF/RecPar repository removed

added functions to define uniform axis binning
cf savannah https://savannah.cern.ch/bugs/?58112

Improved default cut ranges.

Adding MUONChamberMaterialBudget.C:
New macro to display the tracking chamber material budget:
Here we display for each chamber its thickness in x0 unit (used in the
computation of MCS effets) and evaluate <x/x0> in a limited area to avoid
edge effects.
(Philippe P.)

example of configuration file of analysis to identify omega

remove old analysis class now in AliAnaOmegaToPi0Gamma

new analysis for omega identification

updating to new Shuttle processing logic

MC reading in AOD not implemented yet in AliAnaCalorimeterQA, change the train wagon

Added support for putting the analysis results in directories inside the output file.
The only change from the user side is in the format of the file name specified in:
AliAnalysisManager::CreateContainer().
Ex:
   mgr->CreateContainer("my_cont", TList::Class(), AliAnalysisManager::kOutputContainer,
                        "AnalysisOutput.root:mySpectra")
will write the output for this container in the folder mySpectra of the file AnalysisFile.root

Added a common file name as static data member to the analysis manager to be able
to communicate to user code a common choice for the output file name. Analysis wagons
will have to use this like:

  TString outputfile = AliAnalysisManager::GetCommonFileName();
  outputfile += ":myOutputFolder";
  mgr->CreateContainer(..., outputfile);

Produce/Read delta AODs by default

Fixed typo

bug fix of bug fix

Using the cosmic analysis task from the PWG1 library avoiding the compilation with aclic.

AliMUONTriggerQADataMakerRec:
Change in order to increase the number of LUT and Decision tests.
(Aurelien)

- TrackID is set to the TPC esd tracks
- TPCOut parameters are taken at the last point (before they were dummy TPCOut==TPCin )

Changed output detector to  kAliHLTDataOriginOut

macro to attched TRD to PWG1 train (A.Bercuci)

In reconstruction:
Add the possibility to adjust chamber by chamber the x/x0 value used
in the computation of Multiple Coulomb Scattering effets (driven by the fact
that it is ~2 times higher for St1&2 than for others).
The choice of these values has a little effect on the resolution of the
tracking, but it can change significantly the size of the area where
we search for new clusters to be attached to the track.
(Philippe P.)

a little memory leak fixed

In trigger:
- Add possibility to fill the trigger board efficiency with the average
  value of the corresponding RPC.
- Update MUONTriggerChamberEfficiency.C
- Update READMEtrigger.txt
(Diego)

Compilation warnings fixed

These are the changes for the propagation of the tag cut selection
bookkeeping.
  I have tested it in the following way:
  - Created XML list with cut summary in, read it via the
AliTagAnalysis, put it as a UserInfo object into the chain and recovered
the information in the task via the ESD Handler
  - Checked that the same code does not crash if the tag summary
information is not available in the XML list.

A. Kisiel

allowing other root versions for acr reco

temporarily disabling the initilization of the Root Cint error callback. It expects a void*,
but the callback is of course a function*. On some systems, the warning is interpreted as
error. Have to check whether the definition of the fuction in Root needs to be changed to
void (*)() as argument, or whether there is another workaround.

New event mixing task for HF vertexing (Rossella)

reverting r36179 as it breaks the definition of processing chains in agents and macros

replacing GetEntries() by GetEntriesFast() to get correct size of TObjArrays

applying the ITS alignment after LoadGeometry()

removing obsolete parameter from TPC ClusterFinder configuration

bugfix: incrementing class version after previous commit

TRD online reco update (Theodor)
- ClusterizerComponent: add tailcancellation as separate config option
- TrackerV1Component: remove number of timebins as conig option
- update OCDB entries (enable tailcancellation and remove timebins)

SPD vertexer component created which reconstructs the XYZ primary vertex with SPD pixels.
The resolutions are about 400um.
It can treat an initial beam offset up to 1.5 cm in XY.
The component can do a calibration of the beam position for every N events
The speed on pp is ~5000Hz without producing histogramms and ~800 Hz with histograms

update of the TRD calibration @ HLT (Jason)
first working version tested with FXSSubscriber and Shuttle

Adding base HLT library. Needed for CAF reco.

adding default configuration objects for D0 and ITSClusterMultiplicity triggers (Gaute)

Added possibility to run without reading the MC (Andrea)

adding ITS cluster multiplicity and D0 trigger components (Gaute)

Need to add a little more protection code and option to control the amount of warnings generated.

Technical fixes + coding conventions