added debug option

Minor cosmetic changes on the GUI

Implementation of DCS FXS interface. Common design of all FXS interface methods.

Implementation of DCS FXS interface. Common design of all FXS interface methods .

all code in the constructors commented out, It will be readded later
after some more testing.

Bug fix, path to peakfinder vectors was hardcoded into the code for debugging purphoses
but was not removed when the code was commited. the error message reads

AliHLTPHOSRawAnalyzerPeakFinderComponent, ERROR: could not  open PF vector file

and can be ignored unless one uses the PeakFinderComponent within the HLT framework.
The vectors can also be set with the SetAVector and SetTVector int AliHLTRawAnalyzerPeakFinder class.
The error message is commented out in the current version.

Fixes in tracking needed for new det-numbering of hits

documentation

correction in stand-alone build system (PHOS dict generation)

Bug fix (L.Gaudichet): SPD chip used instead of sensor. In the present configuration the chip is 150 um thick - it was 200 um - and the sensor is 200 um thick. This bug was seen as a bias in the reconstructed vertex position.

Updated PaintContour() method
(Christian)

Commenting out debug printing
(Christian)

New GUI class for drawing detection element segmentation
(Christian)

build system: configure checks added
- for version of AliExternalTrackParam needed by AliHLTTPCTrack conversion to ESD format
- for AliCaloRawStream.h needed by PHOS

Removing default implementation for CreateIterator();
now all segmentations have their own.

In CreateIterator(): return the AliMpSectorPadsIterator
instead of calling the base class method

Iterating over motif positions instead of rows, row segments
(this fixes a problem for non-bending plane where some pads
were iterated twice)

Adding functions for iterating over motif positions

Adding includes required by ROOT

Full set of updated misalignment macros (Raffaele)

macro for reading RAWDDL data

Removed unused variables

Corrected GetNeighbours() (Laurent)

Coding conventions

Correct initialization of optical properties needed by Geant4 (Andrei)

Adding includes required by ROOT

assert replacet with AliError (Laurent)

Removing DeadChannels and adding HV. Better protection in OnDemandXXX methods (Laurent)

Adding RAW to include path (Laurent)

Introducing HV handling and runType selection (Laurent)

Adding new classes (Laurent)

Removing DeadChannels handling, adding HV, tidying up (Laurent)

Implementing a clever Print method which allow to select which part of the store to print (Laurent)

Adding HV subprocessor and change the way we select which subprocessor must be ran (depending on runType, not the final name probably) (Laurent)

Direct the output to Log() method instead of AliInfo() (Laurent)

Commenting out StdoutToAliDebug which is, with the current AliLog
implementation not unpluggeable, even with LOG_NO_DEBUG compilation option,
and is a big performance eater...
(Laurent)

Start being serious about pad statuses (Laurent)

Adding StatusMap data member (Laurent)

Adding option=MEAN to Print() method (Laurent)

Changes to the interface (Laurent)

Removing Print method (implemented in base class), and correcting CloneEmpty (Laurent)

Adding a declaration file (Laurent)

new README files (Laurent)

Macro to check/test pad status and pad status map makers (Laurent)

MCH HV subprocessor (Laurent)

Classes to handle pad statuses et pad status maps (Laurent)

Handle name coding/decoding for MCH DCS HV (Laurent)

New store for tracker high voltages anomalies (Laurent)

Deadchannels are now computed on the fly (Laurent)

Ignoring the misaligned positions of the virtual clusters (Yuri)

Adding the forgotten initialization of the misaligned x-coordinate of the clusters (Yuri)

Modification by Raphaelle, averaged t0

Adding semicolon, removing extra else

PROOF-aware version of the analysis framework (Andrei)

fixed compiler problem

- improvements in AliHLTFilePublisher/Writer
- small fix in component handler to pipe log messages during registration
  of standard components into right log channel
- the ProcessEvent method is now a method of the component base class,
  the actual processing method to implement is DoProcessing
- new standard component AliHLTRootFileWriterComponent added
- TPCLib: AliHLTTPCEsdWriterComponent added, conversion of AliHLTTPCTrack
  to AliTPCtrack implemented (not finished)
- small fixes in stand-alone build system (libAliHLTPHOS.pkg, *LinkDef.h)

Adding CreateIterator(void) and GetNeighbours() pure virtual methods,
but with some default implementation
(Laurent)

Adding new CreateIterator() and GetNeighbours() methods
(Laurent)

- Adding new CreateIterator() and GetNeighbours() methods (Laurent)
- Corrected PadByXDirection(),PadByYDirection() (Ivana)

Commenting out StdoutToAliDebug which is, with the current AliLog
implementation not unpluggeable, even with LOG_NO_DEBUG compilation
option, and is a big performance eater...
(Laurent)

Corrected MoveRight() function

Corrected MoveUp() function

Added fMaxPadDimensions and its getter

Use new CreateIterator(void) method (Laurent)

Syntax change propagation (Laurent)

Change a comment, and a tiny optimisation (Laurent)

Removing an AliDebug (Laurent)

Small optimization (Laurent)

Changing determination of validity and adding Print method
(Laurent, Ivana)

Change default number of timebins to 24

Change ADC baseline to 10 and noise to 1250

Remove t0 again from global calibration

New TRD raw data reader (v1 + v2) by Christian

Use of AliMpSectorSegmentation changed to AliMpVSegmentation
as there is no dependence on sector.

Applying ManuMask in motif position test

- All mapping enums within namespace (AliMp).
- Cathod types now defined via AliMpCathodType.

Changes for using the functionality of AliPHOSRawDecoder
and AliPHOSRawDigiProducer

Fixing memory leak: correct deletion of TObjArrays and their contents.
(Sasha)

Remove t0 again from global calibration

kBSemiElectronic and kBSemiMuonic added.

call to MUONTriggerEfficiency corrected (Philippe)

adapted for reading Digits or RecPoints (Philippe)

remove LoOutput (Philippe)

bug fixed & correct handling of local empty slots and copy cards (Christian)

Moving MUON.Digits.root file into MUON.Digit directory after simulation
(Gines)

Adapting Reconstruct(AliRunLoader* runLoader, AliRawReader* rawReader) for doing
reconstruction without MUON.Digits information
(Gines)

New method SetContainerData for allocation of memory when output on tree
is not needed.
(Gines)

Additional protection (Alberto)

Code error is added to the raw data error log class

reading - writing CDB

Added the class AliHLTPHOSFileWriter to the build system.

HLT component for writing analyzed raw data to files

Bug fix. The peakfinder vectors was set using pointer in the
AliHLTPHOSRawAnalyzerPeakFinderComponent.cxx class but the arrays
contining the vector values was only temporary variables
in the constructor. With the bug fix the Peakfinder vectors
are initialized in the AliHLTPHOSRawAnalyzerPeakFinder class
and the array elemts are copied one by one. The vectors are set only during
initialization so there are no overhed for the online processing

Some chnages was done to the DoEvent function, more inellignet algorithms
for processing of event data in order to improve performance.

Added som debugg information (and removed it later)

Removed some obsolete code

Cosmetic changes

Removing object files hat was added by mistake

Simple Online display that fetches events from the HLT stream and make lego plots
of cell energies for 5 modules. Mainly intended for debugging purphoses

Modifed the event time to perfor performance. Achived 140 events/sec when
all processes runs on the same machine.