Updating example reco macro for real data

Small doc

Major update of the CMake compilation:
- automatic generation of the class lists based on *.pkg files
- integration of the code checker
- creation of the binaries and the library in separate subdirectories
- improvements in the CMake macros (ALICEmacro, FindROOT)

More changes will come after this set is exposed to the users.

Florian, Stefan

adding libAliHLTMUON to trigger lib dependencies

Changes in frame required to work without AODs output in case of usage of AliAnaCalorimeterQA
- AliAnaCalorimeterQA: More independent of the reader, no gets ESDs or AODs directly from
input event.
- AliMCAnalysisUtils: New check on the overlap of photons in the clusters. Input for CheckOrigin
methods is now either a single label (more contributing to the cluster) or the list of labels stored
in calo clusters.

remove control character

dNdPt analysis

dNdPt analysis

dNdPt analysis

Fixing (again) the HV display for St1 and 2. Should be OK now

reduce verbosity for detectors which do not create SDigits

OCDB calibration info from Yale and Grenoble cosmic studies; documentation on how the info was assembled is available under http://cern.ch/dsilverm/cosmicsCalib/ Run2009_* areas

adding protection in copy constructor: check for source array size

changed container names

Increase speed of SDD cluster finder (F. Prino)

Modified binning in config file

Updating V0 configuration.

added method GetNDaughters()

adding the MonitoringRelay component
The MonitoringRelay can be used together with components producing histograms and publishing those
just for a scaled down number of events. The relay keeps a copy of the binary data block for every
new TObject, though objects are unpacked in order to extract name and title. The component publishes
the binary blocks for every event, the time consuming streaming however is avoided.
First version, needs to be fully tested.

print the GlobalTrigger statistics once every 60s
this is now a quick solution as I did not manage to finish the event/run summary code

temporarily reverting part of r36598
the output data type of the (global) trigger decision had been changed to the
specific data type kAliHLTDataTypeGlobalTrigger and kAliHLTDataTypeTrigger.
This needs some changes in the handlers first which needs to be ported to the
release in order to be active for Grid reconstruction. Will hopefully be done
within the next few days.

Updated DA documentation + correct location of OCDB snapshot, agreed with Barth.

fixed errors and warnings

Removing too verbose log.

Removing too verbose log.

No more useful warning commented

Move trigger class print from to debug mode

Go back to 24 time bins for the time being

Fixes to make the preprocessor more robust in case of missing adc aliases.

Moving trigger conditions classes from sim library to base library (A. MAstroserio) - Savannah bug 58895

Added protection for bad pedestal subtraction

Fixes in documentation

Cdf adapted to the common debug option

Fixes in documentation

Updated list of classes

added histograms

ADC slope changed to 0.6 pC per channel

Debug option moved to the base class

Updating V0 configuration for the test setup.

Change of range (max value) of HV histos used to extract HV mean values

fixing coding viol

Selection of ADC words updated to get correct calibration

- fixing problem with offset subtraction

Move the documentaion to the scripts directory
(Marian)

M      filterRecLog.sh       - remove the ssyswatch log parsing  - too long
M      resubmitMissing.sh    - specify the input run list
M      submitCalib.sh        - remove old logs
ReadmeTrain.txt runTrainBatch.sh - move the files from the CalibMacros directory

Jet ordering by estimated energy

change to prepare for the faster SDD cluster finder (offline). Will be
effective with the new offline code. No impact on SPD and SSD cluster finders.
(Gaute)

Adding histograms for absolute z residuals
(Marian)

add pt calibration check component (S. Schuchmann)

follow coding convension (S. Schuchmann)

Need to include STEERbase in Makefile to work with par files without all aliroot libraries in environment

Memory trashing in TOF reconstruction (P.Hristov)

correct version number

Added setters

Possibility to redo vertex on the flight

corrected warnings

Flag to avoid divisions by cero in QAChecker

Update from Arshad Masoodi. Adding triggering option for any DDLs received.

sin(phi)=1 is acceptable. However, for the error calculations, it is safer if sin(phi)<1

Correction to the last commit

 Addsupport for  AOD /delta AOD, limit printouts and use different names for output when running on differnt  jet finders

cmake update (Oystein)

This macro will read the data files and created TGraph2D
objects  (packed to a TObjArray) in OCDB/HMPID/Calib/QeMap

Qe files per PC

Directory to contain the Qe files per PC

Added possibility to use RawFitterv3 in reconstruction

cover case for AOD analysis

memory leak fixed

Comment modified

Protections added (Mariella)

Protections added (Mariella)

Be less verbose

Init full store at once to avoid confusing its normal growth with a memory leak

Enable error logging (even though it is not currently working in the RawReader itself... see savannah bug report number 58620)

Adding a warning when requesting histogramming

Adding a method to dump the readout errors at the end of the decoding

Fixing memory leak

bug fixed

amplitude calibration and walk correction for next simulation/reconstruction

Removing obsolete file. Thanks to Federico for spotting the problem.

Fixing algorithm for efficiency calculation (Diego)

preprocessor with write protectiona nd new file simulated DAQ output for laser runs

correct amplitude with fit parameters

fix typo error (Markus)

Changes by Sara V. to UE class, and one cosmetic change in Spectrum task

impoved num precision

Fix to the updated interface of the vertexer (Thanks Annalisa for spotting it).

New OCDB entries:
GainFactorDedx - New Krypton gain calibration - August 2009 data
ClusterParam   - Angular and position correction tuned for MCDdata
(Alexander)

Protection added

AliTPCcalibDButil.h.diff                fix forward declarations
AliTPCCalibQAChecker.h.diff             fix farward declarations
AliTPCCalibViewerGUIAlarms.h.diff       fix add protected
AliTPCCalibViewerGUIAlarms.cxx          warning removal
(Jens Wiechula)

Cosmic reference data (closes task 2476).
(Peter Christiansen)

Bug fix: the mask should be 64-bit. The bug was the reason for the many 'classindex not found' error messages in the reco of recent cosmic runs'

- Fixed bug which caused rewriting of HighGain/LowGain in the PHYSICS run;
- introduced the min. number of entries to recalculate the EMC calibrations;
- validity range for EMC calibrations changed to [fRun,Infinity].

Coding violations corrected.

- fixing coding violations

Timing corrected, warnings corrected

Updated DA from Brigitte. Steerable clock range for pedestal evaluation - default from 16 to 19. Better handling of configuration file.

Updated Calibration Object

Updated Trigger Object

Updated Calibration Object