doxy: TPC/macros/data2011 converted

doxy: TPC/macros/clusterMacros converted

doxy: TPC/macros root converted

doxy: TPC/fastSimul

doxy: TPC/DA

doxy: more commands to the helper script

doxy: do not look too much for class desc

doxy: TPC/CalibMacros

doxy: all TPC/Cal converted

doxy: all TPC/Base converted

doxy: all TPC root converted

doxy: all TPC/Attic converted

doxy: better conversion handler script

doxy: do not double-add \cond CLASSIMP .. \endcond

doxy: make Doxygen ignore the confusing ClassImp()

doxy: support prepending comments

doxy: no trailing empty spaces in comments

doxy: do not comment vardecl inside functions

protection for division by zero
Giacomo Volpe

Add processing of STANDALONE runs in TPC preprocessor

Bad Chunk Checker train macros copied over to install

You cannot pass TString to something expecting const char *

Setting flag added to FindZeroMQ

Fixes in online reconstruction, Event Display and Storage Manager

fix: check if there are tracks before calling GetTrack

install testITSU  testITSUv1 dirs.

Add threshold on cluster charge

Changed paths from ALICE_ROOT to ALICE_PHYSICS

Update amanda server for TOF

ALIROOT-5773, ATO-120 - initialize all elements of the array. Fixing technical problem - non iitlaized value not used in the code - but occured in the XML dump  - confusing the OCDB comparison

Copy decaytable into install directory
 Fiorella Fionda

copy decay table to installation directory

Pedestal DA. RawStream moved to base to avoid circular dependencies

Sides were exchanged

add configure command to all builds

correct project name

Add files needed for experimental, continueus and nightly builds

Installation of additional header

ALIROOT-5792 data/galice.cuts modified for ZDC

Update in z-distance of scintillators to 3.3 mm

Merge branch 'feature-ALIROOT-5800'

PAR: additional linking opts on OS X

Fixes ALIROOT-5800

PAR: fixed wrong echo on OS X

PAR: fixed wrong CPU count on OS X

Fixing a bug in one hit entry

Fixing a bug

Correct use of ROOT_INCLUDE_DIR

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Updating possible TDI configuration

Use ALICE_ROOT, now it is the installation directory

Revert to using $ALICE_ROOT, since now it is the installation directory.
However, the plan is to soon remove this Makefile and integrate into the CMake
builiding.

CMake: install ITS/UPGRADE/misc

Fixes ALIROOT-5798

Time scale fix for EMCAL fitters

L1 Phase for FastFit

results of prev. event reco were not reset in chain processing mode

Method to set uniform gain and some small corrections

CMake: actual fix for compat with CMake v2.8.11

a3c4bad6c822f84a2fa19893cf16afe22103eb1f did not really fix it

CMake: fixed compat problem with CMake v2.8.11

Clearer fatal message.

prevent running if CDB snapshot setting failed

test printf for version check

Update to AD geometry:

Adding AD support structure made by Pieter Ijzerman.
Material for Scintillator changed to BC404.

ALIROOT-5780  - Changes to test raw data readout QA. Removing obsolete call

c++11 fix

Fixing wrong TDI screen positioning

CMake: DEBUG has -O0, print C++ flags when cmaking

CMake: export ROOT's C++ flags, libc++ and C++11

fix for ITS SA nuclie PID (F.Prino,B.Hess,F.Noferini,S.Trogolo,J.Wiechula)

- change of ZDCC mothervolume to make space for AD geometry
- correct size of MBXW

The last missing parts of the OB geometry from Mario (U-legs etc)

CMake: Install Find modules used also by AliPhysics

ZDC: install light data files (fixes ALIROOT-5789)

Description of Module 4 (geometry 2015) added

QA histograms for ESDs and DigitsR

Bug correction
Theo Rascanu

Add index i to GetCalDCSFEEObj()

QA histogram for SDigits

More QA histograms for hits and digits

Optimized cuts for beam pipe

Add index i to GetCalDCSFEEObj()

dding protection against not existing TDI configuration

Fixing missing ;

Geometry for run3 implemented with updated TDI

Production of raw data from simulated digits

Filling BB flags in digit with trigger simulator

connect ESDADfriend to AliESDfriend, mark AD as trigger detector,(ALIROOT-5766 M.Broz)

Add chromatograph's DP aliases for TRD in simulation

Let the aliases for test be the same as for production

Let GetAll be aware of specific version

Modify GetAll so that it is aware of a specific (subversion) set via
SetSpecificStorage, as was already the case with Get.
If both the arguments passed to GetAll and a previous call to
SetSpecificStorage specify a (sub)version, then precedence is given to
the one specified via SetSpecificStorage.

file not needed for par file creation

Code cleanup and bug fix Fixed valgrind warning concerning conditional jump on undefined values. Now events with low multiplicity - even without any recpoints on some layers - are properly handled.

Add some TRD aliases.

... and size this opportunity to merge contiguous small aliases
intervals into a single one. Now, for
trd_chamberStatus
trd_envTemp
trd_hvAnodeImon
trd_hvAnodeUmon
trd_hvDriftImon
trd_hvDriftUmon
the range is the whole [0,540[, but for the three ``PHOS holes'':
[402,407], [432,437] and [462,467]

remove old PAR creation directories

CMake: Define configuration variable as CACHE

 - Define all configuration variables as CACHE to be accesible
   from ccache
 - mark_as_advanced different variables from the Find macros

PAR: added example in CMakeLists.txt

PAR: list of headers from CMake

Like that we can include also the "extra headers", i.e. those header
files with no corresponding .cxx

PAR: do not prepend ./ to extra include paths

This allows to specify absolute paths

PAR: check for FastJet in PAR's Makefile

PAR: consider FastJet includes where applicable

debug printf removed

small update
rascanu@ikf.uni-frankfurt.de