Simulate TPC raw data with real altro mapping

Corrected version of TPC altro mapping class

Crrected versions of AliAltroBuffer, AliAltroMapping and AliTPCRawStream

Digitizer: improved access to CDB for multievent jobs. Memory leak fixed in AliITSDetTypeSim

New RAW I/O.  I rolled my own, because I wasn't happy with the old
implementation, and things were missing.   The new implementation can
actually be used in any setting, and is much more flexible.

Some other fixes for various small things, and new macros to make
fake alignment data, etc.

New defaults values

new trigger classes (D. Elia)

Removing not used St1 classes

Udated for removing AliMUONSt1Types.h, AliMUONSt1Containers.h

AliMUONSt1SpecialMotif moved from sim to base

Geometry pointer correction in AliTOFRawStream class

Change kWion to 23.53 eV

Change of C02 density

Switch to new StepManagerGeant by Alexandru

Update of TR simulation by Alexandru

Removed loading non-existing library

Removing useless const on the return type (icc)

Removing obsolete enum

Loop over planes instead of loop over global time bins (M.Ivanov)

Integration of the material budget (M.Ivanov)

Add optional seeding in the TRD (M.Ivanov)

Remove obsolete AliTRDparam (M.Ivanov)

Simplifying calling test, explicite functions for each type of test
- PrintPadsForAll(), PrintPadsForSegmentation(), PrintPadsForDetElement()
- analogically for drawing pads

Possible conflicts between Heavy Flavor and Atlas Tuning removed.

Corrected size of array (icc)

Corrected index (icc)

AliTOFv4T0 replaced by AliTOFv5T0

Trigger on particle and antiparticle separately.

New classe needed for PDC06 muon generation. (Nicole Bastid)

Update for PDC'06 muon generation. (Nicole Bastid)

Al layer: positioning correction

Correction of some layer thickness

Small mods.

Invocation of Print commented out. Its implementation uses incorrectly the AliRunLoader objets and has to be revised

Typo

PDC'06 configurations for charm and beauty added.

Some code duplication in Pythia configuration removed.

Added a README file to explain things a bit

Foo bar baz - only ws changes

Added new code

Made persistent

Added classes to make fake calibration constants, and alignment data.
Both derive from TTask.   Usage is simple:

   AliFMDCalibFaker f;
   f.Set... // Set various parameters if needed.
   f.Exec();

and similar for AliFMDAlignFaker.

18-mar-2006 NvE Support for display of selected track array introduced in AliHelix.
                Also copy ctor of AliHelix made complete for new datamembers.

Added test of AliFMDAltroMapping

Added AliFMDAltroMapping

Non-implemented function commented out

New line at the end of the file

Adding new classes
(Laurent)

Initial version
(Laurent)

Default calibration parameters
(Laurent)

Initial version
(Laurent)

Changes related to the implementing AliMpVSegmentation::NofPads
(Laurent)

Change description related to CDB
(Laurent)

Adding generation of trigger masks, trigger lut and trigger effiency.
Some code reshuffling.
(Laurent)

Changing the default behavior of AliMUONv1
(Laurent)

Let the CDB storage alone. It is now handled by AliSimulation
and AliReconstruction
(Laurent)

Changes to ease integration with CDB
(Rachid, Laurent)

Adding mask handling, where masks are read from the CDB
(Rachid, Laurent)

Adding mask handling
(Rachid, Laurent)

Add class description
(Laurent)

Major revision to add the possibility to handle
a) the trigger efficiency
b) noise-only digits for the tracker
(Laurent, Diego, Alexandre)

More comments
(Laurent)

Added the ability to know if this digit is purely simulated noise
(Laurent)

Made a couple of methods const, and starting to add iteration capability
to this class
(Laurent)

Fixing a memory leak
(Laurent)

Adding new calibration flavours for trigger
(Laurent)

Coding conventions
(Laurent)

Work directly with Digit::ADC() instead of Digit::Signal()
(Laurent)

Changing default behavior of digitizer (uses noise generation)
(Laurent)

Possibility to specify local parameters added also to the constructor AliAlignObj derived classes (R.Grosso)

ApplyDisplacements method renamed to ApplyAlignObjsToGeom. Automatic check of overlaps after the application of the alignment objects (R.Grosso)

New methods to read and write trailers. New method to read whole altro channel

fix in Gain

macro to read the hits tree

macro for random alignment

fix in the method Gain

17-mar-2006 NvE Support for marker of track starting point introduced in AliHelix.
                This allows observation of moving direction in event displays.
                Also support for ignoring track endpoints introduced in AliHelix to
                allow correct display for very long tracks together with observed hits.

Corrected the last wire position

Corrected reflection matrix and sector numbering convention

- Reordering includes from most specific to more general ones
- Use AliLog class for output messages

Reordering includes, forward declarations from most specific to more
general ones

0. General code clean-up, including messages, and the like.
1. Changed the name of the class `AliFMDMultStrip' to
   `AliFMDRecPoint' as there's no longer the parallel class
   `AliFMDMultRegion', and the class name was confusing.
2. I've overloaded `AliDetector::LoadPoints' to draw hits using the
   class `AliFMDPoints', which uses a `TMarker3Dox' instead of
   `TPolyMarker3D'.
3. `AliFMDGeometry' gets the transformations from the `TGeoManager'
   and stores these with each `AliFMDDetector'.
4. The geometry is modified, so that half rings/cones are separate
   objects, to allow for alignment of these.
5. Made the Poisson method of reconstruction a script class,
   derived from the utility class `AliFMDInput'.
6. Code gets calibration parameters from `AliFMDParameters' in a
   proper way (that is, by detector coordinates).
7. Made two member functions that translate from hardware address
   to detector coordinates, and back.
8. Added TODO file
9. Removed a lot of unused code.

What I see as missing:

1. Read calibration objects from CDB in AliFMDParameters.   To that
   end,  I intent to make a script that creates fake parameters in
   a file, and then try to read in those.
2. Make fake alignment objects via a script, and then see that
   these are applied properly, and that RecPoints end up at the
   right place (I've made the utility class AliFMDDisplay for that
   purpose among other things).
3. The proper trailer should be written to raw files.  However, the
   recent changes by Cvetan are not flexible enough for the FMD to
   use it.   I've sent Cvetan a mail and a proposal on how I'd do
   it.   Unless something like that is accepted into the RAW
   module, I think I'd have to go with something else.   Not an
   ideal situation, but I'm afraid that AliAltroBuffer just doesn't
   meet our requirements.
4. Implement calibration classes for pedestals and gains.
   However, these will probably only serve as examples and for
   testing, as the real programs will run on the LDC's, probably
   not using AliROOT.
5. Implement algorithms to go from survey points to AliAlignObj.
   However, that really requires that we know where the survey
   points are, which is currently not the case.

TPC ALTRO mapping class

Putting the ALTRO mapping in RAW as a base class. TPC,PHOS and FMD mapping classes will derive from it

Fix for the reverse engineering display

Introduction of the TPC ALTRO mapping files.

Introduction of the Altro mapping

Remove macro as obsolete

Updates according to recent changes in AliPHOSCalibData: splitting EMC and CPV calibration

GetMedium replaced by CurrentMedium (I.Hrivnacova)

Added fFlag member and its getter/setter
(Sasha)

Added possibility to indicate background contaminated charges
(Sasha)

14-mar-2006 NvE RemoveTracks() facilities introduced in AliJet.
14-mar-2006 NvE User defined track charge setting introduced in IceDwalk, IceLinefit and IcePandel.

Obsolete printf's removed.

Method SetTriggerParticle added.
Obsolete printf's removed.

typo

XARGS back

In AddMisAlignModule/DetElement(): use AliAlignObj::LayerToVolUID
to define align object ID unique in ALICE

The pointer to the run loader is not persistent

The left ZDC part is not simmilated, but has to be taken into account