apply corrections PbPb - Markus Koehler

coverity defect forward null

Updates in JCORRAN (Filip and Dongjo)

List of changes :

AddTaskJCORRANTask.C

     - Event selection:  select only minimum bias or high multiplicity trigger
        jctask->SelectCollisionCandidates(AliVEvent::kMB | AliVEvent::kHighMult);

    - New track selection cuts:

       AliESDtrackCuts* esdTrackCuts = new AliESDtrackCuts("AliESDtrackCuts", "Loose");
       esdTrackCuts->SetMinNClustersTPC(70);
       esdTrackCuts->SetMaxChi2PerClusterTPC(4.0);
       esdTrackCuts->SetRequireTPCRefit(kTRUE);
       esdTrackCuts->SetRequireITSRefit(kTRUE);
       esdTrackCuts->SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
       esdTrackCuts->SetMaxDCAToVertexXY(3.5);
       esdTrackCuts->SetMaxDCAToVertexZ(3.5);
       esdTrackCuts->SetMaxDCAToVertexXYPtDep("0.0350+0.0420/pt^0.9");

     -output of the task is a nonstandard AOD

--------------------------------------------------------------------------------

AliJCORRANTask.h
AliJCORRANTask.cxx

      - branch fMCTrackList is added only in case of sim data

      - AOD track selection is done in the function
        bool AliJCORRANTask::AcceptAODTrack(AliAODTrack* aodTrack)
        all cuts from AliESDtrackCuts object are included except

    - ReadAODTracks
        filling of AOD track information suplemented by information
        (z vertex, dE/dx, DCA, TPC label, tracklet multiplicity  )

      - update of names of EMCAL Aliroot functions in ReadESD/AODCaloClusters

      - flavour of selected tracks  and clusters initialized to kNone
         (ReadAODTracks, ReadAODCaloClusters, ReadESDCaloClusters, ReadESDTracks)

     - storing to AOD :
        from unknown reason  branches are filled only when
        we call  outputHandler->SetFillAOD(kTRUE); at the UserExec()

       if(fTrackList->GetNTracks() > 0 ||
         fPhotonList->GetNPhotons() >0 ||
         (fIsRealOrMC && fMCTrackList->GetNTracks()>0)){

         AliAODHandler* outputHandler =
         (AliAODHandler*) ((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetOutputEventHandler());
         outputHandler->SetFillAOD(kTRUE);
       }

    -  changed handeling of EMCALUtils  singleton  object

---------------------------------------------------------------------------------

AliJTrack : added its and tpc labels

      - type of Status changed from UInt_t to ULong64_t
     - filling of covariance matrix removed from ESD/AOD trak information

---------------------------------------------------------------------------------
JConst.h
      -Added new trigger bit for high multiplicity trigger. JC trigger mask is now MB=0TBit, HighMult = 1 TBit
      enum TriggerBitJCorran   {kMinBiasTriggerBitJCorran, kHighMultTriggerBitJCorran};

----------------------------------------------------------------------------------

AliJPhoton.h

      - fixed memory leakage problem
----------------------------------------------------------------------------------

in other files, we did only minor changes to obey coding rules

 AliJHeader.h
AliJPhoton.cxx
AliJPhoton.h
AliJRunHeader.cxx
AliJRunHeader.h
AliPhJBaseTrack.cxx
AliPhJBaseTrack.h
AliPhJPiZero.cxx
AliPhJPiZero.h

update to run TPC+ITS analysis

fixed coding rules violation

Minor fixes to analysis code

Added scripts

Undo last change - mistake on my part

Added virtual method AliVCuts::GetStatistics(Option_t *) defining the interface to get the statistics object from the cuts (if any). The physics selection returns its fHistStatistics. The string option can be ALL for fHistStatistics[0] or BIN0 for fHistStatistics[1]

Merge branch 'multipleThreads' into newdevel

* multipleThreads:
  removed falseley named class
  Updated EMCAL geometry.
  Read from HLTesdTree

Cosmetics. Fixed bug preventing creation of async block list

Added scripts

Fixed some warning messages on request from FCA

Try to fix Coverity defect

move tracker config. params to AliTRDReconstructor class

i forgot header, sorry

i forgot header, sorry

Turn off weak decays

Fixed memory leak (Yves)

 enabling the filling of correlations between reconstructed and reconstructed minus background, some cleanup in AddTaskSpectrum2

- set properties for AliHLTV0HistoComponent.h
- added more configuration examples in rec-hlt-globalhisto.C
- added the V0 loop (not complete, produces only the Armenteros-Podolanski plot at the moment)

new monitoring and checker

do not calculate background for all Cluster Tasks

 missing from rev 44785

Calculating Background only when the background branch is also stored save computing time

More decay options
IHPR2(12)
1: old behavior
2: old behavior + heavy baryons
3: as AliPythia default

correct the way of the correlated array with tracks or clusters is set

Changes to make the macro compilable + fit of DCA with standard root classes

Add line to allow filling deltaAODs if requested

extending tracking efficiency and contamination into high pT region by constant fit
added functions for estimating syst. unc. and plotting

- created OCDB folder and empty configuration file for the V0Histo component

- add line for properties to appear

- set properties

- correct the OCDB path in the Reconfigure method

- reset the number of V0s

- fix counting if primary particles
- protection against empty events
(C. Loizides)

unnecessary library dependence removed

Filling the EventQuality histogram for book keeping

Task for tower inter-calibration (A. De Falco)

- fixed the typo that prevented the vertex histograms to be produced

- defined the origin of the output data type to be kAliHLTDataOriginOut (needed for the online display)

Possibility to analyse V0AND using a flag, extra cut number

Include CINT5 and CMUS5 trigger. Add the possibility to select tracks matching the trigger to fill histograms (Phlippe P.)

Merge branch 'multipleThreads'

* multipleThreads:
  multithread with TThread
  Bugfixes
  Updates, enabling use of offline buffer
  Major updates, making using Offline event buffer possible
  Adding offline.C onlinedisplay macro
  Added offline event manager instance
  Possibly stupid commit. Perhaps use the previous?
  working with multithre
  Added hlt event manager, not compileable

Merge branch 'displayDevel'

* displayDevel:
  Made all EVE processors TEveElementList descendants
  Updated AliHLTEveCalo HLT to deal with offline eve
  Updated homer manager to automatically pre-fetch events
  updated processing functions to use AlieveHLTEventManager

compilation warnings fixed

bug fix

Small change to get info on rejection reason

Added method for pileup rejection with SPD vertices (Francesco)

output data size of slice trackers is reduced by 25% by optimising AliHLTTPCCASliceOutCluster data structure

speed up of compression by removing a function call

dNdPtAnalysisComponent added

ESDevent->VertexTPC is filled (the vertex is needed for dNdPt analysis )

input multiplier is set to realistic value 0.6

histogram cast requested by R.Vernet

- common struct corrected
- save impact parameter in header

Classes for track-based multiplicity analysis in PbPb. Initial commit.

updated dndeta analysis for common plots for MB&UE working group (Chiara)

- commented out the body of Terminate(), not used any more

pid selection in the cut for particle and antiparticle

setting the default cut with proper length

Extra number in cutId for pileup rejection. Flag to switch on pileup rejection. EventQuality 4 means event rejected due to pileup . ProcessMC loop only to Nprimary

Reverting commit 44732

- added plugin function to overwrite the contents of the working and output directory when relaunching the task macro

Fixed coding violations and added new cuts to the cut selection

Changes for report #74527: request to commit code under TRIGGER to handle TOF trigger info

Corrected bug - 2 media had the same material

Updates for Mixing (M. Vala)

- added the DCA for the HLT tracks, as calculated by the HLT reconstruction, however not activated,
  as not all ESD files contain this information and the distribution will be empty for older HLT runs.
  Besides the DCA value differences are minor between what the task calculates at the momemt and what
  the HLT reconstruction delivers. The commit is for completion of information.

Centrality selection task update (A. Toia)

Task to inter-calibrate hadronic PMTs (by A. De Falco)

Updates (A. Toia)

Centrality Task (A. Toia)

move warning to debug message

fix coverity

fix coverity and codding conventions

fix codding conventions

Changes for new signal timing

Adding trigger counters class derived from AliHLTScalars, which will be used to store global HLT trigger counts and their rates.

Modifications required for deriving classes.

Fixing error message.

Fix for par files compilation (Philippe)

macro AddTaskHMPID.C, removed by mistake, added

- added more information about the primary vertex

fix: generate DataContainer highmult data only it is needed

Setting rmaxcut for all extrem r cuts definitions, otherwise default value is not set again.

Corrected protection.
Fixes https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?74532

Updated DAs

Updates (A. Toia)

Centrality selection macro and test input (A. Toia)

Centrality selection task. (A. Toia)

changes are needed in order to implement the code to be used in the TRIGGER PreProcessor which will store in the OCDB a new object containing the relevant information about TOF trigger status for each run

changes to include AliPerformanceMach component (Michael Knichel)

implementing the copy contructors for two helper classes because compiler on macos seems to have a different implementation of stl::find which needs the copy constructor. Other implementations avoid this

Solves compilation error
***** Compiling HLT/BASE/AliHLTComponent.cxx *****
HLT/BASE/AliHLTComponent.cxx: In member function ‘int AliHLTComponent::ProcessEvent(const AliHLTComponentEventData&, const AliHLTComponentBlockData*, AliHLTComponentTriggerData&, AliHLTUInt8_t*, AliHLTUInt32_t&, AliHLTUInt32_t&, AliHLTComponentBlockData*&, AliHLTComponentEventDoneData*&)’:
HLT/BASE/AliHLTComponent.cxx:1733: error: ‘<unnamed>::AliHLTComponentStatisticsId::AliHLTComponentStatisticsId(const<unnamed>::AliHLTComponentStatisticsId&)’ is private
HLT/BASE/AliHLTComponent.cxx:1899: error: within this context
HLT/BASE/AliHLTComponent.cxx:1755: error: ‘<unnamed>::AliHLTComponentBlockDataSpecification::AliHLTComponentBlockDataSpecification(const<unnamed>::AliHLTComponentBlockDataSpecification&)’ is private
HLT/BASE/AliHLTComponent.cxx:1906: error: within this context
make[1]: *** [HLT/tgt_macosx64/BASE/AliHLTComponent.o] Error 1
make: *** [default] Error 2

EMCAL_FIRSTYEARV1 added to the valid name of geometry

Adding a new common utility class to hold a list of named scalars.

converting AliHLTGlobalHistogramVariables to template class in order to be used with both float and int values
adding track integer value array to the component, currently Track_status is the only variable

New class for normalization studies (Giacomo)

Change to fix par files compilation (ChiaraB)

Possibility for more selective PID (Giacomo)