Added protection against missing calo cell informatino in ESD in order to stay backward compatible.

Fix compiler warnings

Fix a compiler warning

New stand alone tracking by Alexadru and Martin

Bug fixed

Bug fix by Yves

Coding conventions

coding conventions

set version to 0.9-dev

changed input data type to {DDL_RAW ,TPC} (kAliHLTDataTypeDDLRaw | kAliHLTDataOriginTPC)

incremented library version

Fix memory leak when reading AliESDfriends, now deleted for every event

removed oofice document file - repalced by doc file (Marian)

Use the doc file instead of the oofice (Marian)

Updating macro to check the various methods of the AliMUONMCDataInterface
interface.
(Artur)

Corrected calculation of DE areas for Station 1 and 2
(Laurent)

Possibility to use KF vertexer (Andrea, Giuseppe); possibility to store results in a TTree (Andrea)

Specific cuts, only mass for the moment, for Ds and Lc (Andrea)

Making the mean vertex constraint switch-able (Andrea & Francesco)

- Improved support for heavy fragment transport
- Improved IsAlive definition.

Adding AliTPCcalibTracksCuts (Marian)

Compilation error I(Marian)

Another switch  - y-mirror (Marian)

Add setter for cluster unfolding (Marian)

Set the number of events arbitrarly large

Declare QA histograms as memory resident (SetDirectory(0))

Call VEventHandler::Init(Option_t*) in SlaveBegin() and VEventHandler::Init(TTree*) in Init().

Summary of all changes:
- in AliESDCaloCluster the following have been added:
UShort_t  fNCells ;
UShort_t *fCellsAbsId;   //[fNCells] array of cell absId numbers
Double32_t *fCellsAmpFraction;    //[fNCells][0.,1.,16] array with cell amplitudes fraction.

The first 2 data members are not really necessary since the data member  TArrayS * fDigitIndex;
has the same function, but in order to change the name to something that avoids the mention of digits ... and to have the same data member type as fCellsAmpFraction, it was added (could be removed in the future).

- in  AliESDCaloCells we have:
 Int_t       fNCells;       // Number of cells
 Short_t    *fCellNumber;   //[fNCells] array of cell numbers
 Double32_t *fAmplitude;    //[fNCells][0.,0.,16] array with cell amplitudes (= energy!)
 Double32_t *fTime;    //[fNCells][0.,0.,16] array with cell times

The changes in AliESDCaloCluster were propagated to AliAODCaloCluster.

Gustavo

Separate methods Init(Option_t *) (called by AnalysisManager::SlaveBegin)
and Init(TTree* ) (called by AnalysisManager::Init())

ALTRO mappings gets from OCDB and keeps in the reco-config object.

Modifications for Si reading by Anton

- Fixed unnecessary reset of all the stores within when traversing
  the track list with AliMUONMCDataInterface::HitStore.
- Some minor improvements in the other methods on similar lines
(Artur)

commit from Kenneth:
- code cleanup, get rid of old defines
- DigitReaderPacked: switch between sorted and unsorted data via component argument
- ClusterFinder: command line argument to switch beween sorted and unsorted mode

Clusterize all chambers when the combined tracking is disabled.
(Philippe P.)

In Print(): added an option to print area borders

TTreeStream moved to libCDB to resolve circular dependence

Adding missing comment
(Laurent)

make class independend of AliHLTlogging to avoid variadic macros

Removing file that is no longer needed

Adding new library, MUONcore.

Changed \ingroup (for Doxygen), now in MUONcore.

Clear error logger after each event
(Christian)

Added Clear method
(Christian)

Added total number of local boards
(Christian)

- Used mapping regional reader, removed useless members
- Added fDDL members
(Christian)

- Moved  ReadLocalTrigger() method to static usable for online &
- Changed the name to ReadRegionalTrigger to be complient with online
(Christian)"

Corrected material/media definition

commit from Jochen
** ReadoutList HandlerFunctions added to AliHLTComponent
** DDLList Handling in ALiHLTCalibrationProcessor
   - included automatic handling for insertion into FXS Header
   - included manual handling from PushToFXS() for insertion into FXS Header
   - Interface change in PushToFXS, last argument, changed to AliHLTEventDDL

** AliHLTTPCCalibPedestal, AliHLTTPCCalibPedestal
  - change to new input data type kAliHLTDataTypeDDL.
  - minor code cleanup

** AliHLTTriggerSelectiveReadoutComponent
  - minor bugfixes

More protections

Version number increase (got forgotten yesterday).

Added new files to build system

New interface for shared memory. The AliHLTPHOSValidDataStruct now has a pointer to the raw data
instead of an array, this allows for channel by channel decision about attaching
raw data to the HLT outputstream (i.e higher compression rate) .
The data pointer has to be set correctly by
the new shared memory interface (AliHLTPHOSSharedMemoryInerface.h/cxx).
Component that uses the output from raw analyzer is updated to use the
new interface.

Provide return value for non-void methods

Remove creation of unused TreeT (Laurent)

Restoring possibility to load the libraries

Fixed memleak and delete of refarray

Adding a couple of methods used by combined tracking (Laurent)

Now uses combined tracking (Laurent)

Modifications for the revival of the combined tracking (Laurent)

Removing clustering from here as it is now driven by the tracking, whatever the tracking mode is (combined or not) (Laurent)

Adding option to switch on/off the combined tracking (Laurent)

Implemented relevant changes to allow combined tracking to be functional again (we gain 10-15% total reco time in p+p and about a factor 2.5 for Pb+Pb dN/dy=2000) (Laurent)

Changed interface to allow combined tracking (Laurent)

Bug fix in Charge() which returned half the charge for single-cathode clusters (spotted by Sasha) (Laurent)

Adding new classes to revive the combined tracking (Laurent)

Removing class that is now obselete with the new VClusterServer interface (Laurent)

new version of SSD DA and related classes (O. Borysov)

Remove unnecessary warning message in case the raw-data payload size in CDH is not filled (=0xffffffff)

Use CDH object in which the trigger information is already filled in (AliRawDataHeaderSim)

Additional flag that switches on the processing of CDH in the dateStream. That is needed in order to enable the storage of the trigger mask in the event/sub-event headers

More recent version of the DATE event.h. It is needed because the dateStream requires CDH version 2 to be compatible with the detectors raw-data simulation

Do not set the default run number to CDB storage in this class,
return error if it is not set.

Retrieve the run number from the given galice.root file
and set it to CDB manager, as this is not done automatically anymore.

Do not set run number explicetely;
now it is completely handled by the framework.

Do not load mapping explicitely in constructor,
as the run number, which must be set first, is defined
only after opening galice.root file.

In Open(): retrieve the run number from the given galice.root file
and set it to CDB manager.

Temporary fix to be able to work outside of AliAODEvent.

fixes for DA makefile in order to parse the quotation mark character

Cluster unfolding for SPD is done if the corresponding switch has been set in AliITSRecoParam (D.Elia)

adding test macro for ALTRO channel selective readout

CDB object run range upper limit extended to AliCDBRunRange::Infinity()

corrected trigger structs to comply with PubSub

Remove -pedantic-errors. It is needed in order to build DAs that use the RORC library.

Possibility to define a momentum dependent prior probabilities from fit functions and use them for the PID

Add exception handler around loading of ITS/TPC clusters in on_new_event().

Trigger now runs only for detectors which produced digits

Moving instantiating of AliMUONGeometryTransformer from constructor
in Initialize(), in order to access CDB when ready.

Moving call to AliCDBManager::SetRun after setting the default
storage (to avoid error message).

Added setting the default CDB storage,
as it is not done automatically anymore.

Added setting the default CDB storage,
before instantiating Ali{MC}DataInterface,
as it is not done automatically anymore.

In FindChamberIndex(), Reset() - do not access mapping,
as this makes dependent ESD on CDB.
(Diego)

minor bugfix in argument scanning

enable branches of new esd

Update of the document (Marian)

fix calling of InitIO, Undo changes

some more bug fixes

some more bug fixes

fData member removed

Log used, fData member removed

always use the digit reader in unsorted mode regardless of the argument