moving dndpt classes to base library (Jacek)

Added AliAnalysisManager::SetExternalLoop() to trigger analysis execution via an external loop. Works only if the input tree in StartAnalysis is NULL.
The way to use this is:
   ...
   //No input handler - the input container has to be defined and have the object type
   AliAnalysisDataContainer *cinput =
   mgr->CreateContainer("cinput_myTask", AliESDEvent::Class(), AliAnalysisManager::kInputContainer);
   ...
   mgr->SetExternalLoop();
   mgr->StartAnalysis("local");
   // ... you get a printout informing that you control the event loop
   // Loop over input events
   ...
   while (inputEvent) {
      cinput->SetData(inputEvent);
      mgr->ExecAnalysis();
   }
   mgr->Terminate()

Config file for high mult (off 3 and 4 prong) - temporary solution

extending trigger agent and it's HLTOUT handler
- handle forwarded input trigger decisions of the global decision
- implement support for the data types kAliHLTDataTypeTriggerDecision and
  kAliHLTDataTypeGlobalTrigger

implementing the short info option which includes a TNames array instead of input objects and trigger decisions
adding the option -include-input=both to include both the objects and short info
bugfix in the parsing of the -include-input option

There is currently a problem in the streaming of the arrays of the GlobalTriggerDecision which causes the
short info not to show up in the extracted object when there are no trigger decisions. Furthermore only the
the fisrt object of the input object array is there after extracting (in mode 'both'). The second one which
is the CTPData object is missing. Under investigation.

adding some additional protection in the Print() function
input objects might not be known, especially when they are defined in component
libraries not necessarily loaded

Avoid jumping of entries in data-selector window -- restore scrollbar position after update.

Change color of 'bad tracklets'.

new method where detectors can reset their local parameters

From Pawel Debski: further changes for VizDB.

Double delete problem in OCDB
(Marian)

Bug fixed

Type mismatches fixed - between DCS and Preprocessor - between Digit and TriggerSimulator

Do not use TMath::AreEqual which does not exist yet in Root 5.24

remove debug stream from official train

Added possibility to stream selected AOD events to a different AOD file. To do this inside a task:
1. Make sure an AOD handler is connected to the current analysis manager before creating the task.

2. Add in the task constructor or in LocalInit():

  AliAODHandler *aodH = (AliAODHandler*)((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetOutputEventHandler());
  if (!aodH) Fatal("UserCreateOutputObjects", "No AOD handler. Aborting.");
  aodH->AddFilteredAOD("AliAOD.Muons.root", "MuonEvents"); // for example

The pointer to the extension should not be backed-up upon adding the AOD extension, but this can be done in CreateOutputObjects()

3. Check the selection criteria in UserExec(). If fulfilled, select the event:
    AliAODExtension *extMuons = aodH->GetFilteredAOD("AliAOD.Muons.root");
    extMuons->SelectEvent();

That is all.

new Trending variables in the detector checker task:

Plateau value of the Pulse height spectrum
Slope of the plateau (both derived from a linear fit)
Time bin of the amplification peak

Correction in initialisation.

mod to go to one output file

signal/LED events will be looked at for standalone runs (LED events not present in PHYSICS runs)

Load 1st event in Notify()

Technical fix for bug #59067: TUHKMgen bug during simulation

CsI QE maps file in OCDB

Reconstruction parameters file in OCDB

PHOSBCMda.cxx (Dead Channel Finder) update:
- working for all 3 PHOS modules;
- histograms for all modules stored into the single root file;
- use Fitterv3 to estimate the quality of the samples.

Moving the trigger ocdb entry from ITS to TRIGGER folder. In sync with the new TRIGGER pp running within Shuttle (Annalisa). Small fix in the reconstruction in order to fetch the trigger entries from the new location. Should be revised by loading only entries that are needed.

Parameters for analytical dEdx correction (Marian)

Fixing problems with AliHLTGlobalTriggerComponent and failing test: testGlobalTriggerComponent.C

correct index (Theodor)

Don't request reference data during reconstruction
(Jens)

SDD ladders survey added to AliITSSurveyToAlign class (M. Poghosyan)

fix wrong Bz usage

Fix for report #58884: TRD sector 10 missing in the geometry in the OCDB on alien.

New version with extra task from KINK.

Bug fixes

Correct version of OCDB file

Reducing verbosity

Less verbose output

Fixing warnings

Update of the ACORDE's Geometry (Mario)

Fixing the vector-based output (pdf,ps,eps)

Fixing problem with backward compatibility for old trigger decision objects recorded before 25 Oct 2009.

Revert file committed by mistake.

Remove fallback VizDB init -- this is all in VizDB_init.C now.

New naming scheme for the EbyE tasks - Setting the phase space properly for the AOD proton ratio analysis

Reverting previous commit, done by mistake

new macro dealing with the static list of SSD bad channels to be masked (Panos)

Oups. Linux misses an include. And increasing the version number will not hurt either

Adding a line to be able to generate core dumps online

- bug fix in tracklet fit due to moving away from TLinearFitter
- bug fix in cluster error usage
- added various protections in tracklet fitting procedure

Adding the new default PIT ocdb entry.

Less verbose prtoton ratio task

New version of the train with several new wagons.

Added possibility to save canvases created by Terminate as pictures.

AddTaskKinkResonance.C not needed anymore

* AliEveGedEditor
  New classes AliEveGedEditor and AliEveGedFrame.
  These will be needed to provide VizDB interaction.

* alieve_main.cxx
  Set class of GED editor before invoking TEveManager::Create().
  This is ifdefed for root >= 5.25.4.

AliTPCcalibDButil.h             - Aligngment data (AliRelAlignerKalman) median filtering and smothing
AliTPCcalibDButil.cxx.diff          Typo correction

(Marian and Jens)

AliTPCcalibDB.cxx.difF      Add possibility to get RCU configuration, RCU Trigger configuration, whether we triggered on L0 or L1
(Jens Wiechula)

CreateRefMap.C                  new macro to create the referenc OCDB entry
Jens

Changed container name because of same name in other wagon on train. + bugfix overwriting the ConnectInputData of AnalysisTaskSE

Modified AddTask macroes to add output to one single file

Entry with refence runs for different calibration
(Jens Wiechula)

Index fixes and protections added

Savannah bug 58893 - fixing memory trashing

From Pawel Debski:
Use consistent macro and VizDB tags.
Names of some objects need to be changed back to what they were.

From Matevz:
Enabled back esd_spd_tracklets() by default in visscan_init.C.

After last changes in the reader default setting for filling input of detectors is kFALSE, need to switch on the detector you want in the configuration. Updated analysis train wagon

Remove parenthesis around throw arguments.

New naming scheme for the output file

AliAnalysisTaskMuonTrackingEff: removal of warnings, passing the AliCheckDetElementResponse object as a member object. RunMuonTrackingEffAnalysis.C and MuonTrackingEffAnalysis.C: modified in accordance. AddTaskMUONTrackingEfficiency.C: macro returning an AliAnalysisTaskMuonTrackingEff, to be used in the PWG1 preformance train (Matthieu)

Implement folder structure for task output

small correction

 removed printout in Terminate

Updated feed down task (Marek)

Right type for debug variable, fDebug taken from the jet header

adding more options to control the size of the GlobalTriggerDecision.
Currently, the bottleneck seems to be the streaming of the output object,
it is much slower if many input objects have been added. New options:
-forward-input  forwards the input object instead of adding them
-include-input=none  do not include anything in the decisionobject
-include-input=short only include a short TNames array which describes the
                     objects
-include-input=objects include all the objects, this is the current behavior
                       and remains the default

Use common output file name but subdirectories for Kink analysis as well (hippolyt@in2p3.fr)

Reduced printout

warning removal

*Correct* use common output file name but subdirectories (hippolyt@in2p3.fr)

Coding violations corrected.

Update of mchview related classes to allow easy printing of trackerdata plots.

The heart of the modifications is the addition of the AliMUONPainterMatrix::Draw and
AliMUONPainterMatrix::CreateCanvas methods.

Those methods will be usefull for the MUON tracker shifter (via amoreMCH).

------ Details below :

AliMUONAttPainter

Changed how the name is constructed.

AliMUONMchViewApplication
AliMUONPainterMasterFrame

Adding Print button(s).
Internal reorganization to ease the creation of new tabs with painter master frames.

AliMUONPainterColorSlider

Small correction.

AliMUONPainterDataSourceFrame

Added CreatePedestalCanvases and CreateFullTracker.

AliMUONPainterHelper

Removing no longer used parts.

AliMUONPainterMatrix

Changed the naming convention, and added Draw and CreateCanvas methods.

AliMUONPainterMatrixFrame

Updated SaveAs method

mchview.cxx

Going to version 1.03

Warning fix

Added flags for each task

Increment version number

Update AliResonanceKinkLikeSign::ConnectInputData (M.Gheata)

Fix for bug #58857: AliESDEvent::GetFMDData is not const

Use common output file name but subdirectories (hippolyt@in2p3.fr)

Fixing warning

added multiplicity

new macros added

removed, names will be changed

Fix for CMake

Added protections

Adding libXMLParser

Updating example reco macro for real data

Small doc

Major update of the CMake compilation:
- automatic generation of the class lists based on *.pkg files
- integration of the code checker
- creation of the binaries and the library in separate subdirectories
- improvements in the CMake macros (ALICEmacro, FindROOT)

More changes will come after this set is exposed to the users.

Florian, Stefan

adding libAliHLTMUON to trigger lib dependencies

Changes in frame required to work without AODs output in case of usage of AliAnaCalorimeterQA
- AliAnaCalorimeterQA: More independent of the reader, no gets ESDs or AODs directly from
input event.
- AliMCAnalysisUtils: New check on the overlap of photons in the clusters. Input for CheckOrigin
methods is now either a single label (more contributing to the cluster) or the list of labels stored
in calo clusters.

remove control character