Using the cosmic analysis task from the PWG1 library avoiding the compilation with aclic.

AliMUONTriggerQADataMakerRec:
Change in order to increase the number of LUT and Decision tests.
(Aurelien)

- TrackID is set to the TPC esd tracks
- TPCOut parameters are taken at the last point (before they were dummy TPCOut==TPCin )

Changed output detector to  kAliHLTDataOriginOut

macro to attched TRD to PWG1 train (A.Bercuci)

In reconstruction:
Add the possibility to adjust chamber by chamber the x/x0 value used
in the computation of Multiple Coulomb Scattering effets (driven by the fact
that it is ~2 times higher for St1&2 than for others).
The choice of these values has a little effect on the resolution of the
tracking, but it can change significantly the size of the area where
we search for new clusters to be attached to the track.
(Philippe P.)

a little memory leak fixed

In trigger:
- Add possibility to fill the trigger board efficiency with the average
  value of the corresponding RPC.
- Update MUONTriggerChamberEfficiency.C
- Update READMEtrigger.txt
(Diego)

Compilation warnings fixed

These are the changes for the propagation of the tag cut selection
bookkeeping.
  I have tested it in the following way:
  - Created XML list with cut summary in, read it via the
AliTagAnalysis, put it as a UserInfo object into the chain and recovered
the information in the task via the ESD Handler
  - Checked that the same code does not crash if the tag summary
information is not available in the XML list.

A. Kisiel

allowing other root versions for acr reco

temporarily disabling the initilization of the Root Cint error callback. It expects a void*,
but the callback is of course a function*. On some systems, the warning is interpreted as
error. Have to check whether the definition of the fuction in Root needs to be changed to
void (*)() as argument, or whether there is another workaround.

New event mixing task for HF vertexing (Rossella)

reverting r36179 as it breaks the definition of processing chains in agents and macros

replacing GetEntries() by GetEntriesFast() to get correct size of TObjArrays

applying the ITS alignment after LoadGeometry()

removing obsolete parameter from TPC ClusterFinder configuration

bugfix: incrementing class version after previous commit

TRD online reco update (Theodor)
- ClusterizerComponent: add tailcancellation as separate config option
- TrackerV1Component: remove number of timebins as conig option
- update OCDB entries (enable tailcancellation and remove timebins)

SPD vertexer component created which reconstructs the XYZ primary vertex with SPD pixels.
The resolutions are about 400um.
It can treat an initial beam offset up to 1.5 cm in XY.
The component can do a calibration of the beam position for every N events
The speed on pp is ~5000Hz without producing histogramms and ~800 Hz with histograms

update of the TRD calibration @ HLT (Jason)
first working version tested with FXSSubscriber and Shuttle

Adding base HLT library. Needed for CAF reco.

adding default configuration objects for D0 and ITSClusterMultiplicity triggers (Gaute)

Added possibility to run without reading the MC (Andrea)

adding ITS cluster multiplicity and D0 trigger components (Gaute)

Need to add a little more protection code and option to control the amount of warnings generated.

Technical fixes + coding conventions

Adding protection in case calibrations contain invalid value markers.

Update by Theodor:
- clusterizer: AliInfo -> AliDebug for unimportant message
- tracker: decrease the multiplicity of an error message in AliTracker, which actually should not be an error message

check if event specie is set before using

- use new function for calculation of track length
- implemented option -dEdx for plotting the respective histogram, default is kFALSE (no updates in the OCDB entry of the component)

From Matevz and Domenico: add SetLabel() to allow tagging of tracklets during visual scanning.

Changed default values of cuts

Corrected typos plus other changes needed to run it from alirec.cern.ch.

Added entry in OCDB for gamma conversion trigger

Trigger for gamma conversions. test macros are added soon.

Changed histogram output name.

update for the new location of TRD performance train

use performance train from PWG1

remove performance train from TRD directory. The new location is
PWG1/TRD

New directory for the VMC tests (Ivana, Eva)

Kenneth: New macro to test the vertexer component.

Prototype of the QA analysis mini-train. It uses AliAnalysisTaskCosmic from PWG1/cosmic folder (developed by Andreas)

Changed svn:ignore

update add macros for the PWG1 location

- Method to calculate the track length is added to the AliHLTGlobalBarrelTrack
- Merged TPC tracks are not propagated to the TPC inner radius, but stays at the innermost cluster, in order to get the right track length

Fixes in reconstruction:

1) Define in a single place (AliMUONTrack) the algorithm to be used to associate 2 tracks by comparing the position of their clusters. Update all the classes/macro using that algorithm to find the simulated track corresponding to a given reconstructed one:

AliMUONTrack:
- Change the function IsValid(...) to be able to check the reconstructibility of the track depending on the tracking algorithm
- Change the name of the function CompatibleTrack to FindCompatibleCluster that is actually what the function does
- New function Match(...) to associate, or not, 2 tracks by comparing the position of their clusters (can be used to assign MC labels to reconstructed tracks).

AliMUONRecoCheck:
- Check the track reconstructibility according to given informations about the tracking algorithm (those info can be extracted from RecoParam).
- New function FindCompatibleTrack(...) to find in the given store a track that match the given track. Matching is done by using MC labels or by comparing clusters' position.

All other classes/macros/tasks:
- use these new functionnalities

2) Additional correction:

DecodeRecoCocktail.C:
- correct the algorithm to make it working even if there are ghost tracks
- avoid accessing OCDB when not needed

MUONRecoCheck.C:
- new histograms/graphs to study the momentum resolution as a function of the momentum
- new histograms/graphs to study the cluster resolution at each chamber
- avoid loading magnetic field when not needed

AliMUONTrackLight:
- correct constructor
- avoid using magnetic field when not needed

(Philippe P.)

AliTPCcalibDB.cxx  - Calculate the distance to the closest measurement
AliTPCcalibDButil.h AliTPCcalibDButil.cxx  - graph filtering functions
                                           - calculation of drift velocity CE
CalibMacros/CalibEnv.C                     - dump all drift velocity option

Marian

Adding AliTPCComparisonPID class
(Marian)

Removed obsolete TSelector based class
(Marian)

Warning removal (Marian)

Do not print debug information

Adding Process of the TRD-TPC matching
(Marian)

Adding visualization of the tree aliases
(Jens, Marian)

Warning removal - Shadowed parameters
(Marian)

Running on proof and fitting psiprime resonance (Roberta)

Update AddTaskPartCorr to use MC Kine in analysis is requested, also to print configuration settings; moved some prints to debug

galice.root is not needed

short description of the package from Naomi's presentation

Fixing a compilation warning

Putting the default rec.C for online reco/viz into svn instead of using the one from test/cosmic.

Make the exploded transformations on-demand only

Use the right order of parameters for WriteRejectList and WriteOccupancyMap

add "friendiness" to macro creation wizzard (Ben & Alex)

GPU compilateion update

Fixed naming for different cone size, added new AOD cut (16), added fastkt option

GetOutputData() now used in AliAnalysisTaskUnicor::Terminate (thanks
Mihaela).
Using integers in AliUnicorHN::Fill was leading to trouble (thanks
Matevz, via his valgrind output), now all double.
Two track cuts modified, a monitoring histogram added.
Trigger phi was being overwritten in AliUnicorAnalHighpt, fixed.
Merge method added in AliUnicorAnal so one can run on proof.
Some antiviolence (with respect to coding rules) measures taken.

cleanup

- a patch to be able to load the CUDA library at runtime and only when available.
- cleanup

directory to hold commo tools for flow analysis (e.g. mc glauber)

Changed names of output files

New reconstruction parameters for all event species:
Default, Cosmic, lowMult, highMult

With Magali: improve handling of static data members with frame and palette data.

Fixing bug in AliHLTRunSummary and AliHLTEventSummary, need to have version number in CalssDef non-zero to propagate the objects through an HLT chain properly.
Fixing bug in AliHLTGlobalTriggerComponent to generate correctly trigger menu evaluation logic for trailing operators.
Fixing AliHLTGlobalTriggerWrapper to catch CINT errors correctly.
Fixing bug removing registrations in AliHLTConfiguration.
Adding more documentation.

GPU framework update from David Rohr

Fix needed to correct compilation warning

output data type was not properly set

Make copy of temperature array before adding to CE array

protection for module number against crash in QAMaker

Suppressed setting the Bfield to NULL in the post-reconstruction cleanup.

Atlas Tune MC09 added.

* AliEveEMCALSModule
  - Remove palette management that was cut-n-pasted from TPC code and
    was not used in EMCAL code at all.
  - Comment out manual destruction of (shared!) reference counted objects.
    This needs to be improved further as static objects seem to be used
    in a wrong way.

* AliEveEMCALData
  - Reduce debug output, set debug to 0 by default.
  - Do not delete AliEMCAL object - it is deleted by run-loader.

ESD friend is deleted together with ESD tree - do not deleti it directly in Close().

From Magali: small modifications.

Build reco and log dir if needed

missing file

Adding config for acr caf

activating initialization of Streamer Info from the OCDB

Reverting previous change

move production scripts out of test

move production scripts out of test

segmentation fault in daq machine is fixed

Obsolete macros

Obsolete macros

Obsolete macros

Obsolete macros

correct initialization warnings (fca)

updae of the GPU framework

Use of .so libs instead than .dylib

Bug fix.

The ratio filled in the opposite way - Max and Tot exchanged.

(Marian)