Add new classes for the trigger bit configuration in the dictionary creation of libPWGEMCAL

Allow usage of old bit configuration via the add macros
===============================================================
By default the new bit configuration is used, however users can switch
on the new old configuration via the add macro
(AddTaskEmcalTriggerMaker.C and AddTaskJetPreparation.C). The parameter
is placed at second but last position keeping the one for the trigger
patch QA as the last one.

Adapt trigger patch maker to different bit settings:
============================================================
It turned out that the number of trigger bits used in different aliroot
versions is different (old aliroot - no distinction between high and low
threshold triggers). Therefore the usage of the trigger bits defined in
AliEmcalTriggerTypes.h leads to incorrect trigger patches when using it
for samples producecd with old aliroot versions. In order to overcome
the problem, the enum with hard coded trigger bits is removed from the
trigger maker and the trigger patches, and replaced by a class storing a
trigger bit configuration, which can be adapted to the conditions of the
sample to be analysed. The fix also fixes a bug introduced by a naming
clash for the Level0 trigger bit.

DCA and qvecMC removed

Merge branch 'TPCdev' into master

adding a protection against name changes of the array of EMCal clusters, plus a control histo

up resolution limit set to 100ps

patch to use subwagons in the LEGO train

Charged jets (pPb): Enhanced macro

Charged jets (pPb): Enhanced macro

updated STARLIGHT to r191 of http://starlight.hepforge.org/svn/trunk

method 3 to add pt missing

Fix position of declaration of mass histo

first version of a bash utilities lib

functions used in the runQA.sh and benchmark.sh are put in.
functionality includes robust extraction of run data (run number, data
type, year, etc....)
also some provisions for "clean" bash programming like the parseConfig()
function, which makes it possible to use named parameters to
scripts/functions.

init defaults in the body

this way parseConfig() becomes general and can be moved to a lib

 update from naghmeh

add flexibility for main trigger

fix

Primary particle criterion change - test

add class to analyze mock-up trigger
avoid problems with incorrect bit settings in ESD/AOD

Trigger associated to 15-20 and 20-50 tracks

update from DongJo

Improved particle identification

Change of logic in main trigger selection:
=============================================================
1) High and low threshold triggers are grouped, only the largest of the 2 is selected
2) Main triggers are not cached any more due to this
3) Trigger patch selection in AliAnalysisTaskEmcal reverted to the status before
4) Simple offline triggers are included in the main trigger patch selection
5) Trigger patches are prepared for the simple offline trigger for Gamma patches

New MFT analysis tools
Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

New MFT analysis tools

Switch to customized vertexers / debug+optimization

Initialize track counter and produce trending plots with runs that does not contain muon tracks (C. Hadjidakis

Lightweight cascade checks -> code implementation 2

Lightweight cascade checks -> code implementation

extend axis range

activate all triggers by default

Introduced eta-cut on tracklets (Massimo) + reduced output logs of task when running MC

Add task writing EMCAL trigger information into a tree
===================================================================
1) Add Task creating the EMCAL trigger tree
2) Include the new task into the build
3) Add corresponding add macro

Remove stale email recipient.

Bringing the OB geometry up to date. Macros to produce material budget plots. General improvements in the geometry code. (Mario)

Add histograms with VZERO signal for PbPb trigger checks (header file)

Add histograms with VZERO signal for PbPb trigger checks

Multiplicity added in the efficiency histos + new bins in the event count histo

Correct handling of main trigger for multiple trigger classes
==================================================================
1) Modify trigger maker in the way that one can select which type to process (by default all on)
2) Move main trigger patch variable in AliAnalysisTaskEmcal from Pointer to Array (with size of trigger classes)
3) Add argument to the function GetMainTriggerPatch, which is a bitmap, out of which trigger classes to select the main trigger patch
4) If more than 1 trigger class is selected, we choose the highest according to the ADC
5) Consequently enum TriggerType moves from Integer to bits, and the existing part of the code is adapted

Remove warning to prevent log size problems

cosmetics

Central flags to digit and change of CIU position

another memory leak fix (incorrect push)

Memory leak fix

 cmake and linkdef changes for temporary dev task

 temporary task for debugging and consistency checks

remove obsolete class

reco eff syst

 neither store, draw or plot the results of the fitting function that is used for vzero calibration

fix info message

more debug messages to monitor number of tracks

added mono-cathods removal in real Pb-Pb settings

Implementation to reduce output size in Pb-Pb central collisions

add the possibility to cut on RAbs

add a flag to reconstruct from clusters instead of digits

improve cluster res. calculation (fit) + add pT and DE res.

add protection in case TreeD (digits) is not available

fix array access out of bound + add histo for #chamber hit

print number of reconstructible/reconstructed/MC-matched pairs

Cascades: re-vertex a configurable centrality interval

PP Vs Mult Utils: error handling for non-existing calibration improved

Fix casting to int

Protection for pool number overflow

put a more reasonable default value for the minimum energy of exotic cells

Place the rejection of dead channels in the proper location, currently it can produce many channels rejection if a dead channel is declared because the index to check the next SDigit is not updated

ALIROOT-5703 Move AliMergeableCollection to STEERBase

Charged jets (pPb): Updates for pp analysis

fix compilation warnings

Updates: (1)added the check on the z coordinate of MC vertex, (2) requirement to have only 2 Lc daughters to reject decays in three prongs in the CF, (3) update the definition of TMVA cuts (A.Alici, C.Zampolli)

fix compilation warnings

added runs for jason

new version to compute trk eff from output of AliAnalysisTaskMuonTrackingEff

- Compute efficiency at DE, chamber, station and spectro levels vs various variables
- 2 options for error calculation: using frequentist or bayesian method
- improve error propagation at station and spectro levels
- integrate efficiency and error over run (if run-by-run weights provided)

A customizable LHAPDF and MC mode option for AODtrain.C

Add option to Muon filter in MC

Can now keep reconstructed muon ancestor together with
all muon ancestors in MC.
This allows to calculate efficiencies with a reduced output

Update in Two Particle PID corr: debojit

patch from Markus for 2+1 analysis

New histogramas and new cuts for QA

fix muon geometry display

propagate change of viscan_init.C prototype

Separate trees for ITSsa and global tracks

comment out info log

reco eff syst

corrected treatment of trigger tracks

new version to measure efficiency at pad/MANU/BP/DE/Chamber levels

- added possibility to use trackCuts
- added possibility to select a centrality range
- added possibility to set Align and RecoParam specific storages
- removed histograms at DE level
- added an axis phi in histograms at chamber level
- added counters to record clusters at pad/MANU/BP/DE/Chamber levels
- added extra histograms
- added possibility to display clusters in mchview in terminate (create a separate file)
- improved searching for missing clusters
- corrected treatment of overlaps

Merge branch 'master' into TPCdev

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCCalROC.cxx

o add Reset function to CalPad and CalROC o Add functionality to AliTPCdataQA - ResetData function - Setter for minium charge in cluster - Setter for requiring a neighbouring pad

ATO-119 - solving merge conflict

ATO-97, ATO-78 - implemented convolution of calibration parameters. Used in order to correlate Pulser (electronic) and Krypton (combined: gas gain + electronic) gain calibration

ATO-97, ATO-78 - speed-up creation of the AliTPCCalPad objects from TTree

ATO-97 - addopt to the new naming covnevention for branches in calibration trees

ATO-97 - adding defaul aliases for per pad calibrations

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.cxx
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.h

ATO-97 Function to connect CalPads trees into the common Tree as friend trees. naming convention derived from the directory structure

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.cxx
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.h

ATO-78 adding functionality to connect Pulser calibration trees.

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.cxx
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.h

ATO-78 - added default aliases for visualization of calibration trees

ATO-78 - edge handling (mirroring out of range pads) set as an option

ATO-78  - Robust filters  - modifications for boundary values
AliTPCCalROC.cxx AliTPCCalROC.h test/UnitTest.C

AliTPCCalROC.cxx  - handling of edge effects for the median and LTM filters (http://en.wikipedia.org/wiki/Median_filter#Edge_preservation_properties) + mirroring values at the boundaries
AliTPCCalROC.h    - check the ranges
test/UnitTest.C   - check invariants of median and LTM filters - assert in case of failures

ATO-78 - Technical changes to compare different calibrations

TTree interface:
1.)  AliTPCCalPad::MakePadFromTree  : Import TTree::Draw("query") --> AliTPCCalPad
2.)  AliTPCCalPad::AddFriend(TTree * treePad, const char *friendName, const char *fname) :Export AliTPCCalPad -> TTree

Filters:
1.) Bool_t MedianFilter(Int_t deltaRow, Int_t deltaPad);   - Replace the pad calibration with median in neibrhood
2.) Bool_t LTMFilter(Int_t deltaRow, Int_t deltaPad, Float_t fraction, Int_t type) -  Replace the pad calibration with LTM statistic  in neiborhood

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCCalPad.cxx
TPC/Base/AliTPCCalPad.h
TPC/Base/AliTPCCalROC.h
TPC/Base/test/UnitTest.C

ATO-78 a.) adding aliases used for gain correction fitting \n b)Kr and QA prefix for friend trees

ATO-98 - function returns also status value

ATO-98 - Connecting distortion trees - selection as an argument