Bug fixes (G.E. Bruno)

Update by Raphaelle

Corrected printing for the trigger input level.

revert to q-x plane fit for estimating pad row cross (asked by Dariusz)

update documenta

default hot channels file - no cell is hot

default directory is set correctly

hot channels reading and putting macros

AliTRDCalibraFillHisto
/////////////////////////

a/ Remove obsolete fMcmCorrectAngle variable
b/ No fCHName... in AliTRDCalibraVector set Nz, Nrphi and Group of PRD in Init
c/ Correct one bug in PRF
d/ Use TMath::Abs(cl->GetQ()) for average pulse height (but tracklet->Getdqdl(ic)n for gain, needs to correct from the angle)

AliTRDCalibraFit
/////////////////////

a/ CorrectTheError is member now of AliTRDCalibraVector
b/ TGraphError and TH1F are now members of AliTRDCalibraVector, change the Analyse function for AliTRDCalibraVector

AliTRDCalibraMode
/////////////////////

a/ Correct one bug UShort_t ->Int_t for GetXBins()

AliTRDCalibraVector
/////////////////////

Functions:
a/ FillVectorCH, PH, PRF: to build directly from scratch
b/ AddStatsPerDetectorCH, PH, PRF: to add stats of different calibration group in one chamber
c/ FindTheMaxEntries: to plot

Members:
d/ no name anymore but UChar_t
e/ TArrayF -> AliTRDPhInfo (UShort_t) of AliTRDPrfInfo (UChar_t)
f/ TArrayI -> AliTRDEntriesInfo (UShort_t)
g/ fStopFillCH for the max range of a UShort_t
h/ fHisto, fGraph, fCalVector to convert and add the stats

AliTRDEntriesInfo, AliTRDPhInfo ->AliTRDUshortInfo and AliTRDPrfInfo
///////////////////////////////////////////////////////////////////////

UShort_t and UChar_t containers for one chamber

in qaRec, AliTRDcalibration
/////////////////////////////////

AliAnalysisTask to run the offline calibration
Still has to change the input...

in qaRec, macros AliTRDcheckDET.C
//////////////////////////////////////

Macro to run the calibration task

updated source compilation files collection

removed obsolete commented methods

fixed warning

update treatment of PID weights in tracks

update to cut classes

Fix compiler warning

Second set of modifications in SDD DAs to handle ADC sampling frequency (F. Prino)

hot cell file added to the shuttle

Corrected the methods used to create and assign the TRD L0 and L1 trigger inputs.

Copy-paste error corrected

hot cell search method added

Updated list of files/classes

correcting the run range of the default SolenoidBz object

One more warning corrected.

Correct initialization of data members

hot cell class added

Fixed initializations.

Set the running environment before the setup of the CDB in oder to provide
proper logging functionality

Max number of inputs increased to 60

1. The QA-manager is deleted within the SlaveTerminate method in order to prevent PROOF from returning back all the QA image objects (canvases,pads). 2. The ESD tags are not created in case of PROOF-based reco.

Destroy method in case we decide to switch to the QA-manager singleton in AliReconstruction

set specific storage for the GRP entry to the local directory folowing the policy of the normal simulation

bugfix: move access of AliTPCcalibDB to DoInit. Otherwise the instance
is created before the OCDB is set up in the online system

Fixed warnings (Markus)

Fixed warnings, coding conventions, updates (Ionut, Ludmila)

Correcting the comment

Making the numerical protections against 0 magnetic field work correctly (thanks to Ruben)

Add macro for the LRC (Andrey Ivanov)

Added a check for the existence of OCDB entries used by AliTPCTransform. These are TPC/Calib/PadTime0 and TPC/Calib/Partameters, and are used for t0 and drift corrections.

Updated documentation.

First set of modifications to handle in SDD DAs the information about ADC sampling frequency (F. Prino)

From Davide Caffarri: fix coding convention violations and some other minor corrections.

Backward compatibility (thanks to Ruben for spotting the problem)

1. Adding possibility to mask the transforamtion in Dump procedure
2. Monitoring of the RMSy and RMSz in QA plots

(Marian)

AliTPCTransformation.h AliTPCTransformation.cxx
Adding new formula - Z rotation
+
Using of parameters in transformations -Lx,Ly,Rz
+  // param[0]= n  - cos(n *alpha)
+  // param[1]= n  - sin(n *alpha)
+  // param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite

(Marian)

GetBZ (using in real tracking) was returning hardwired 5kGauss for +30kA etc. Changed to fitted Bz value at xyz=0,0,0

Putting some order on usage of the sign of B field in reconstruction.

Added possibility to resume merging (automatic).
Added possibility to specify the number of runs to be processed per master job via SetNrunsPerMaster().

new round of documentation
- cluster position reconstruction
- cluster error parameterization

In AliMUONTrackReconstructorK:
  - Correct computation of local chi2 at first cluster.
In AliMUONQADataMakerRec:
  - change computation of local chi2 (X,Y) at cluster.
  - add histo of local chi2 (~0.5*(chi2_X+chi2_Y)) at cluster (this is what
    is used to select clusters during the track improvement at the end of
    the tracking procedure).
  - add histo of ThetaX and ThetaY angles of the reconstructed track (not
    corrected for MCS in absorber)
  - move summary histograms in the no-expert list
(Philippe P.)

Any path structure in alien is now supported (Andrea R)

In AliMUONPedestal.cxx:
Adding missing newline at the end of file

new ratio plots to compare

Always return kTRUE as the reconstruction status of the smeared MC primary vertex (F.Prino)

matching new names

Set title of vertex created with AliITSVertexerFast (to be used to check the vertex status)

Use Riostream.h instead of iostream.h

Updating dEdx treatment during tracking (F.Prino)

changed axis titles in QA plots

Updated list of files

New analysis added, Neutral meson invariant mass measurement: pi0, eta, omega,
and temporal class for Calorimeters QA analysis, to be moved to QA frame.

AliTOFFEEReader modified in order to deal also with TOFFEElight data. The methods LoadFEElightConfigand ParseFEElightConfig provide the same functionalities as LoadFEEConfig and ParseFEEConfig, but shall be used when dealing with a TOFFEElight object. An input TOFFEElight file has been added as well in order to carry out test. The file has been created on the basis of a TOFFEE (see complete file name) file, reading and parsing it with AliTOFFEEReader, then creating the TOFFEElight file using the CreateFEElightConfig function.

 better picture for the documentation
--This line, and thos  below, will be ignored--

M    clusterSigmaMethod.gif

- developed calibration algorithms
- documentation

- adjusted error parameterization
- default to LUT r-phi method
- documentation

define roads dynamically when attaching clusters based on
- variance of the Kalman track for barrel tracking
- variance of Riemann fit for stand alone tracking
- variance of the *standard* TRD cluster corrected for tilt

added TOFFEElight configuration file. TOFFEElight is a new data structure passed by the TOF FEE configuration DB (DCS side) to the TOF preprocessor (SHUTTLE). The aim of this new data structure is to summarize in a compact and portable way the TOFFEE data. TOFFEE data are just the dump of the FEE configuration DB, therefore the data structure is strongly related to the DB structure. Any change in the DB structure would require a change in the routines which read the TOFFEE. Using the TOFFEElight we do not read the TOFFEE anymore in the TOF preprocessor, but we only read the TOFFEElight. TOFFEElight is constructed directly by the TOF FEE configuration manager parsing the TOFFEE. Any change in the TOF FEE DB structure must not be visible in a TOFFEElight object which must always preserve its structure if no more data are needed. In this way the TOF preprocessor is completely independent from the TOF FEE DB structure.

Fixing logic bugs for removing duplicate tracks.

disable HLTOUT handler for component statistics due to bug https://savannah.cern.ch/bugs/?51359

update by Gaute:
- adding new data struct for transport of ITS clusters within HLT
- ITSClusterFinderSPD is now using the new data format as output
- adding histogramming component which rebuilds AliITSRecPoint objects
  from the proprietary data and creates histograms

Adjust matching rules for queued output buffers which have not been used
during the last events. A better buffer handling is in preparation. This
fix should reduce a slight increase in memory consumtion if requested buffer
sizes vary a lot for the individual events. A statistics info has been added
at the end of AliHLTSystem::Run (requires 'frameworklog=0xfc')

Disable writing of individual ESD files for the different origins. It was
the first attempt and has been a debugging feature after proper implementation
of ESD merging. Writing of individual files has now been identified to cause
increasing memory consumption and slow down of reconstruction.

Checking for and removing track duplicates.

added detailed documentaion on cluster error parameterization

Bug fix to correctly fill in the cluster resolution in the ESD.

cluster position calibration plots

Header is created and passed to gAlice

correct calculation of cluster error for Riemann fit

A new function for tracking in the B field arbitrarily oriented in space.

First version of the HLT ITS tracker

Fixing a compilation warning

Update Kink Analysis from Evi Ganoti

Removing warnings pointed out by FC. Thanks

Make ACORDE modules transparent.

redefinition of the exception to the rule of incremental versioning for the specific case of GRP entries with version explicitly set

Use of PID info (ESD combined PID and/or MC PID) for Inv Mass histos (A.Maire)
Priors for Xi (0,0,2,0,1) and for Omega(0,0,1,1,1).

Revert changes made in revision 32751

Fixing output block type return values and documentation.

sdigits reading macro cleaned up

restructure error calculation :
  - move all cluster error parameterization to AliTRDcluster
  - re-implement leading cluster method for radial calculation of pad
    row cross tracklets
  - implement pull plots for cluster calibration
fix minor errors in performance tasks
update documentation

Removing warnings.

remove obsolete protection

Revert previous commit on AliMUONTrigger

More unnecessary log output

Suppress unnecessary log output

Add AliFemtoCorrFctn to CINT

Add protections for CINT

Update runBatch.C for the new AddTask.C macro

Corrected method name semantics. Corrected TRD trigger input creation. Correct description of the AssignInputs method.

Remove compiler warnings in AliMUONTrigger

Removing compiler warnings from  AliMUONGain, AliMUONPedestal.
(Jean-Luc)

Removing compiler warnings from AliMUONRawStreamTriggerHP.cxx.
(Artur)