Update by Theodor
- some needed changes in TrackV1 and Definitions for upcoming changes in the TRDEsdWriter
- TrackerV1: correct output data size
- cleanup for the offline mode

Bug #56211: Storing the reco event specie in the ESD.

Fixing (again) bug #59345

important bugfix for the internal TRD tracklet structure, members had been copied in wrong order from the TRDTracklet,
minor extension and rearrangement of members in order to save space. This change is not backward compatible, but as data
has not been stored in this format, no other protection is implemented. Only used for HLT TRD internal. (Theodor)

added more options to run D0 finder from offline or online data (Gaute)

Remove useless cast... (B.Hippolyte)

Common primary vertex access for ESD and AOD (B.HIPPOLYTE)

adding support for the new AliESDHLTDecision class which will allow to store
the HLT decision also in the ESD. The code is not activated yet. Finishing the
necessary changes in STEER now

Removal of memory leaks (Laurent)

Removal of memory leaks (Laurent)

Removal of memory small leaks.

Fixing documentation

Fixing bugs

* show_scan_results.C
  Add vertex histograms.

* vzero_dump.C
  New macro to dump vzero info to the terminal.

* visscan_init.C
  Include vzero_dump.C (not on by default).

vertex histograms X axis in cm

overwrite the image after each cycle

The check for save file was blocking the route to the checker

remove Global QA task: moved to PWG1 (Yu.Belikov)

make GLOBAL always an active "detectors"

Adding a task for running the GlobalQA over the ESD files.

Files that I have prepared for the Muon AOD creation when doing ESD filtering.
They are AliAnalysisTaskESDMuonFilter.h/cxx (to be committed in PWG3/muon) and AddTaskESDFilter.C (to be committed in ANALYSIS).
The tasks contain the code needed to write the Muon AOD, based on the updates in the AOD handler by Andrei.
The macro contains the setting of a flag to enable/disable Muon AOD creation (default to kFALSE, i.e. disable)
(E. Scomparin)

enable making of image for QA

Call PostData() for each event.

Setting the class name meta-data field in the constructor

 - Implementation of trigger response re-calculation with a 4/4 coincidence or after removing one chamber (useful for trigger chamber efficiency calculations): the result is stored in unused bits of the trigger word in AliESDMuonTrack (NO extra data members required).
 - Speed-up of the trigger response calculation (factor of about 4 in cosmic runs, resulting in a factor of 2 for the Trigger QA MakeRaws).
(Diego)

Implementation of trigger response re-calculation with a 4/4 coincidence or after removing one chamber (useful for trigger chamber efficiency calculations): t
he result is stored in unused bits of the trigger word in AliESDMuonTrack (NO extra data members required).
 - Speed-up of the trigger response calculation (factor of about 4 in cosmic runs, resulting in a factor of 2 for the Trigger QA MakeRaws).
(Diego)

removed left over commented out lines

Updated geometry. It includes in particular the changes in MUON related to ticket 59041, ported at rev 37237

Fixing segfault

Bug fix, enabling connection to dumps from dev cluster

Vertex not deleted but updated.

add track status in debug stream

Keep the leading time and width even in case of missing ADC (related to the problem with the inconsistent data from the first collisions).

remove unwanted AliCodeTimerxxx to stay compatible with release

Implementing the skeleton for HLT QA for type kESDs (reconstruction)
Adding a cutomized Exec function to HLTQADataMakerRec, AliReconstructions
needs to be patched to send both ESD and HLT ESD.

Adding skeleton for AliHLTQAChecker

Updating transform.dat for the geometry update:
Rotate MUON trigger chambers around the x-axis with 0.794 degrees (r37036)

Fixing bug #59470

small correction

Fix of the memory leak from L.Aphecetche

improve print-out

added trigger correlation hardware to offline

move setting OCDB and GRP from default to user responsibility. Default
for local MC

Print() implemented.

Fixes to run the MUON alignment on the grid
(Javier)

Fixing bug #59311

add verbosity

Recent first physics productions.

Fixes to run the MUON alignment on the grid (Javier)

 AliMCEvent::GetPrimaryVertex() implemented
 Fix for #59375  AliMCEvent::GetPrimaryVertex always returns 0

uncomment debug streaming in cluster2track residuals

MBCalib object added to OCDB

Correction from Enrico.

Updates to MillePede2 + MillePede2 fitter (Ruben)

Switch to vertexerZ if the number of clusters on either layer 1 or layer 2 exceeds a threshold currently set to 500. The threshold can be set via SetMaxNumOfClusters method

Use SpecialOutput for the CF container (Chiara Z)

Adding the histograms for the TPC-only track impact parameters.

move macro to macro dir

move macro to macro dir

Remove obsolete macros

range of histograms which are needed for set time window with 1st data

correction needed to include HLT in QA

CalibEnv.C calibVarDescription.txt guiAlias.C
CalibEnv.C.diff Add NaN counter
calibVarDescription.txt.diff Add NaN counter
guiAlias.C.diff change name of main function to guiAlias
Jens

AliTPCcalibDButil.cxx.diff Add NaN counter
AliTPCcalibDButil.h.diff Add NaN counter
AliTPCCalibViewerGUItime.cxx.diff Sort entries for timestamp
AliTPCCalibViewerGUItime.h.diff Sort entries for timestamp

Jens

Replace the NextEvent button in the GED version with Dump Event Info. This appends the event-info text into event_info.txt file in current directory.

Reverting changes from AliZDCQADataMakerRec.cxx

Calibration for centrality determination in A-A implemented see Savannah bug 56253

Bug fix  - array non initialized in certain conditions (Marian)

Plane efficiency for MC (G. Bruno)

made method public... was this modification reverted??)

forgotten file from last checkin

bug fix in the vertex selection

Bug fix for pp mode on real data

From Adam K.: Put ITS stand-alone tracks into three categories.

-Added HLT test clusters to onlineDisplay macro,
-Added clusters to synchroneous block list

New version of the train. D2H wagons separated. AddTask macros now called by AddAnalysisTasks().

Updates concerning plane efficiency studies (G. Bruno)

Getting access to the main canvas
Possibility to change styles
Marian

Pythia version 6.4.21

When the file specified by an output container must create a proof dataset, the name of the dataset will be as in the example below:

      // container file name -> AliAOD.root
      container->SetRegisterDataset();
      container->SetTitle("test1");
   will create the dataset:
   .../<proof_username>/AliAODtest1

Root does not give precedence anymore to current directory in the dynamic library search path. In case of usage of par files, this leads to loading the libraries in aliroot libdir instead of the compiled ones. This fix adds . in the search path at the profit of all libs loaded after STEERBase.

Adding the estimator for the interaction spot size (R. Shahoyan)

- modify covariance matrix calculation for tracklet fit
- save calibration constants in the tracklet

Removed two harmless commas.

Allow reco of trigger alone or tracker w/o HV if we do not request to cut on HV values

new method to return the tracker used in the interface

From Enrico Scomparin: The CHECKXML flag is not set when compiling ANALYSISalice via par file. The check added now.

NOt all run type reconstructed with beam type UNKNOWN

Simplified interface in macros for checking SDD calibrations

Protection from C.Andrei plus some cosmetics and coding conventions

Adding Efficiencies for the Azimuthal Isotropic Expansion analysis from C.Andrei (acristian@niham.nipne.ro)

new AddTask macros for resonance analysis (P.Ganoti)

Update for Kink tasks:
i)   modifications for resonance and like sign analysis (P.Ganoti);
ii)  new AddTask macros for resonance analysis (P.G);
iii) removing AddTaskKinkResonanceLikeSign.C (P.G);
iv)  clean-up dependencies and checked for coding conventions (B.Hippolyte);

making explicit the file format when saving a Canvas

making explicit the file format when saving a Canvas

check if save flag set before saving data

remove delete of TNutple in fCorrNt. It is deleted when file to which it is save is closed

Add /home/mtadel/alice-dev/trunk/aliroot/PWG0 to include path. After restructuring of PWG0 esd_tracks.C stopped working in compiled mode.

Adding macro to create gui aliases
(Marian)

Change in the naming scheme

Modifications to get summary plots about the readout errors for the tracker in the QA