Update by Sylwester

asignment operator fix

Adding and removing  files from build system

1) Cosmetics, pluss 2) first iteration in phasing out
AliHLTPHOSProcessor.

Replacing "is a" with a "has a" relationship
for several componets that "has" a RCU processor property
but wich "is not" a RCU property. In addition this componenet was needed
for the calibration processor since both the AliHLTPHOSRcuProcessor
and the AliHLTCalibrationProcessor inheriths from the
AliHLTProcessor, i.e ambigious inheritance that would have
been quite ugly to clean up.

Adding new components to the linkdef file

DA component using exactly the same DA
as offline (political issue)

DA component that makes calibration  data on per module
basis. This component will be factored out in near future
(calibration data will be accumulated on per ddl basis)
however it is commited now to make our local project
consistent with aliroot and to avoid braking the compilation by accident.

Componets for validation of PHOS electronics.
Pattern can be loaded too altros and replayed by electronics on arrival
of L2 trigger (pattern generator is replacing physical signal) .
The Patterntes classes validates the electronics by
comparing the input patternt (too the electronics) with the pattern
actuallay read back, making statistics on the  number of patterns obeserved and so on ..

Pattern class for validation of electronics

Tracks that can be removed from ESD by the cleaning procedure are not anymore included in the list of reconstructable tracks

Error message in case of negative segment number and additional protection

Convert some warnings to debug printouts

Uncommented method arguments for debug usage.

Updated geometry including v11Hybrid ITS geometry

TCLonesArray of AliITSpListItem objects replaced with an array of AliITSpListItem

adding script to retrieve all datapoints for testing purposes

Fixed memory leaks (Marian)

Support root-5.19.2 and 5.19.2a.

adding functionality to retrieve trigger configuration from the DAQ logbook

New class AliPHOSRcuDA1 introduced.

Using directly 1/Pt without constrain to estimate the resolution. Use the MC momentum in the representation of the PID resolutions (dE/dx and TOF)

Update of the class ESDMuonFilter. New marcros for creating AOD with muon information locally and in the CAF (Roberta)

adding macro that applies the corrections and visualizes the result

Standard quality cuts added.

added copy ctor and assignment

Possibility to create arbitrary number of PHOS modules added

Fixed GetTriggerAmplittudes

Added documentation on geometry (M. Sitta)

SSD services on the cones (E. Cattaruzza). Removed SSD relate overlaps (M. Sitta)

Adding stream level and debug streamer to the base class
(Marian)

added copy ctor and assignment op

Further fixes to the par file generation

Add ReadTPCInner

Improving TClonesArray handling: using static TClonesArray, and clearing
TClonesArray data members instead of deleting them.

Update of bug fix for parallel tracks + move creation of calibration object

TPCZeroSuppressionComponent finalized, utility methods in digit reader interface(Kenneth)

a few more empty newlines at the end of the files

added functionality to handle CDH and RCU trailer

TClonesArray->Clone() removed

Active detectors are now taken from the RunLoader, and not from gAlice

Backward compatibility

a new line added (for a buggy gcc)

corrected pkg definition for AliHLTTPC library

PAR library for resonance package

Oversight fixed.

Correct memory management

removed obsolete AliHLTTPCDigitReaderRaw

use common CDB entry for solenoid field (Gaute)

bugfix: correct target for main docu avoids compilation for every build

removing obsolete files, svn properties

Remove gObjectTable->Print()

Various code optimization:
Creation of TClonesArray and AliPHOSClusterizerv1 once per run instead of once per event.

Memory leak of AliPHOSEmcRecPoint is fixed

Added the dimuon trigger decision component, its default configuration CDB entries, and a macro to generate those default entries.
The dHLTdumpraw utility has been updated to dump multiple files.

Header fo AliACORDEv1 class

project documentation split into separate doxygen modules for detector libraries

Re-structure of Acorde's Geometry

Moved old reacton plane code to /oldcode
Updated Lee Yang Zeroes analysis
Added Lee Yang Zeroes reaction Plane analysis
Added new Cumulant analysis
Added suport for AOD
Still have to add private copy constuctors
added the missing files

Moved old reacton plane code to /oldcode
Updated Lee Yang Zeroes analysis
Added Lee Yang Zeroes reaction Plane analysis
Added new Cumulant analysis
Added suport for AOD
Still have to add private copy constuctors

remove reference to AliEMCALJetMicroDst::Sgpdge; gid will not be stored until new method is implemented

code updates suggested by Federico to improve memory management

Bug fix: incorrect manipulation of bits.

Proper propagation of the version number. Component: local variable name - convention fix.

New method GetSelectedDriftSpeedGraph (F. Prino)

Clean-up of SetDefaults methods in AliITS, AliITSDetTypeSim and AliITSDetTypeRec classes. Constructors of AliITSsegmentationSXD classes have been simplified

Minor changes to the documentation.

Fixed typo

Dead SDD modules and drift speed updated according to february run conditions (F. Prino)

Updated version of the macros used to produce the default SDD calibration files (F. PRino)

New firmware implementation in the SSD DA (E. Fragiacomo)

QA for hits, digits and sdigits in SSD simulation (Panos)

AliITSRecoParam retrieved from the OCDB

New reference data from Alexander

Survey information file

AliAlignObjMatrix replaced by AliAlignObjParams

AliAlignObjMatrix replaced by AliAlignObjParams

Changes for neural network

Improving TClonesArray handling - using TClonesArray::Clear() instead of
deleting and using static TClonesArray instances.

Added #include <cassert> by request of Mateusz Ploskon
or change #include <assert.h> to #include <cassert>

No conversions from Int_t to Short at FillESD

Removing outdated documentation

removing obsolete directory manual

Documentation skeleton for ITS (M.M.) and documantation for SDD (F. Prino)

Updates to the AliAnalysisFemtoTask. Adding default setup macros for the GRID and Proof

Removing old documentation

Adding PWG3muon.par setting (Diego)

Getting rid of zero length arrays in the block structure declarations since this causes problems with some compilers.
The solution of checking the __SUNPRO_CC macro and specifying a one element array also will not work on those platforms because it introduces runtime bugs.
This has all been fixed by not using arrays at all inside the structures.

In AliMpPad:
TClonesArray changed with built-in array as requested by the core team.

Added cuts for Ds and Lc

update configuration

Correcting a minor bug (A. Dainese)

Correct memory management in TPC preprocessor

Fixing script so that it does not use an obsolete command and option anymore.

Suggestion from FC to avoid fragmentation of memory

New offline TRD tracker (V1) injected into HLT.

Nano change. Warning message corrected.

load libPWG3vertexingOld

load libPWG3vertexingHF

New README for PWG3 module and update in the READMEmuon file (Gines)