Array of bits introduced to control better the "atomic" operations of the plugin, like file generation, copying, automatic submission or merging. This first commit allows controling file copying checking, via the SetCheckCopy() method.

Added functionality to read cuts from string, in addition some added resolution plots etc.

protection if MCEP is not available

Major update of the way we make QA of the occupancy, and of what we
present to the DQM shifter.

* DataMaker

Now at the level of raw data, the occupancy (OccRaws) is really that of raw data, i.e. if
one channel is on the data stream, it is counted (previously we first
redid the pedestal subtraction).

We also added the occupancy at the level of the calibrated digits (OccDigits)
(this is the same thing we had before at the raw level) and at the
recpoints level (OccRecPoints) (i.e. for only those digits that belong to a
reconstructed cluster).

In principle, OccRaws > OccDigits > OccRecPoints.

Fixed a bug in the bin size of the buspatch occupancy.

Adding accounting of empty events in the (previously known as readout
error plot) readout status plot, to make it easier to spot raw data corruption.

* DataChecker

Follow-up the change of signature of AliQACheckerBase::Check method,
so now checking (for Raws) is working again.

* DQM

We also added, for Raws, a plot with the DDL event size.
It is obviously related to the occupancy, but the
relationship between to two is not exactly straightforward.
That plot is replacing the DDL occupancy one for the shifter.
So now the shifter sees Mean event size per DDL and a summary of the
readout errors (including the empty events).

M      AliTPCTransform.cxx       - use also radial map

M      AliTPCcalibAlign.h        - getter for cluster delta
M      AliTPCcalibAlign.cxx      - calgrind: reuse the linear fitter
M      AliTPCcalibBase.h         - calgrind: cache friend track
M      AliTPCcalibBase.cxx       -
M      AliTPCCalPad.h            - Graphics added - Draw and MakeReport
M      AliTPCCalPad.cxx          0

M      AliTPCcalibCalib.cxx      - calgrind/valgrind - reuse the friend track
M      AliTPCcalibTime.cxx       - callgrind - do not dump env variable
M      AliTPCCorrection.cxx      - protection - for 0 field and 0 momenta algorithm crashed in AliExternaltrackParam

M      AliTPCkalmanAlign.h       - CE fits + MakeReport
M      AliTPCkalmanAlign.cxx

Adding DDL corruption recovery option to dHLTdumpraw and making modifications required for latest decoder fix.

Added a static function to know the TOF sector [0,17] of membership for each TOF channel [0,157247]

Possible to switch between esd and raw data
according input provided
(Marian)

 vacuum fixed to fix bug bug #66618

Suppressed compilation warning

In case of negative value for diagonal elements of covariance matrix, the related TOF-QA histograms will be filled with a negative value

Added check on sign of diagonal elements of covariance matrix: fixed savannah bug 67460

- removing obsolete file

- removing obsolete files

- adding a macro with the full CALO chain + tracking from TPC
- updating simulation configuration files to include TPC and EMCAL
- adding a macro to run them all
- updating the functionality of the run_test.py script
- adding options to the sim.C macro to exclude detectors from the simulations

- fixing wrong titles on the axis of the eta/phi distribution histogram
- filling abovementioned histogram correctly

Added more checks in the cleaning memory (P.Hristov)

enable offline vertexer depending on availability of ITS, select detector QA depending on modules

Delete also fESDTZEROfriend

Added separate Invariant mass tab for CALO hist

Precise formula for the energy-loss correction (R. Shahoyan)

Increasing the efficiency for hit reconstrution and full tracker efficiency. Included some bugfix in hit reconstruction. (Indra)

- patch to enable running on the GRID (suggested by A.Gheata)

Fix for the Savannah bug #67417 (A. Kalweit)

- updated macro to include the newly committed CF comparison component

- make the component recognize the datatype fgkAlterClustersDataType from the optional FCF cluster output

- added the cluster id (fID), so that the cluster dump printout is the same for FCF and SCF

Possibility to set asymmetric collimator apertures on side A, C

PeakFinder parameter OCDB object

TPC & TRD calibration viewer GUI, base classes (Ionut)

Turning off debug flag to avoid cout statements.

Move error messages to debug level 1 (Jochen)

Fixing bug related to arithmetic overflow on 32 bit machines. The bug typically appears with corrupted data. (Artur)

Fix in a macro that was crashing due to missing segmentationSPD object

Adding missing checks to macro.

Adding a macro to extract muon spectrometer DDLs into flat files using AliRawReader. Useful for debugging DATE raw data streams.

remove return statement in case of missing MC

trigger code update from Rachid

clear debug cluster array after each tracklet fill

Set acceptance condition on kTRDpid (Alex W)

remove deprecated event type selection

- adding test macros for HLT/CALO
- is basically a python script running different aliroot macros
- python run_tests.py -h for usage
- currently only for PHOS.

Removing redundant class PHOS/AliHLTPHOSUtilities,
same fucntionality provided in AliHLTCaloUtilities

int

Cosmetics

Removing redundant class AliHLTPHOSUtilitities.
Use AliHLTCaloUtilities  instead which  provides exactly the
same functionality.

M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRcuHistogramProducerComponent.cxx
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRawAnalyzer.cxx
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRcuHistogramProducer.h
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRcuHistogramProducerComponent.h
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRawAnalyzerPeakFinder.cxx
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRcuHistogramProducer.cxx
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRawAnalyzerPeakFinder.h
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRcuDAComponent.cxx
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRawAnalyzer.h
M    HLT/libAliHLTPHOS.pkg
M    HLT/CALO/AliHLTCaloUtilities.cxx
M    HLT/CALO/AliHLTCaloRawAnalyzerComponentv3.cxx
M    HLT/CALO/AliHLTCaloUtilities.h

several bugfixes to correctly propagate the MC information to the ESDtracks. The
MC id must be set in the reference object before updating the track parameters

adding copy constructor to create AliHLTGlobalBarrelTrack from AliHLTExternalTrackParam

Removing unused class
Removing unused class

Removing AliHLTPHOSRawAnalyzerChiSquareFit/h/cxx
which is not used and that in the future will be replaced by the
AliCaloLMS.... fit from the offline library.

Removing unused class

Removed global TStopwatch variable and moved it to the
function AliHLTCaloRawAnalyzerComponentv3::PrintDebugInfo()

Removed #include directives that is not needed

Refactoring: GetOutputDataSize moved to the AliCalo.. base class
since its the same  for PHOS and EMCAL

Removing #include directives that is not needed, plus remval of some dead code.

1) Removed some #include directives that was not needed
2) Removed Doxygen comments for functions that was allready documented in the base class.

Refactoring: All code related to the processing of
an event is now factored out to the AliHLTCaloRawAnalyzerComponentv3
base class.

Removed memory leaks in AliTOFClusterFinder classes (savannah bug #66665)

Method to get the number of TPC clusters added.

added new heöper method to print output size, changed merging method, new binning for spectrum

adjustments for esd friend reading

make a run list for alien OCDB scan
(Marian)

Coding conventions (Ionut)

Protection in case of wrong time stemp improved

Updates.

AODtags treared like ESDtags again.

Allow to have clusters in 2 SuperModules with common eta =0.
Many other corrections, improvements.

bugfix https://savannah.cern.ch/bugs/?66219
update the track parameters at kTPCin after kTPCout
the exact sequence needs to be investigated

create a diroctory only if input is exitsting
(Marian)

remove print

Skip Calibration events by default. If not skip do not clusterize, just fill the ESDCaloCells
Change print in RawUtils to debug mode

- added OCDB folder and entry for the cluster finders' comparison component

- added schematic component for the comparison of the FCF and SCF properties

Add DCS datapoint OCDB entries

Add macro for DCS datapoint OCDB entries

removing the required component libraries, all inputs are handled dynamically

removing the required component libraries, all inputs are handled dynamically

adding example macro and description for running the HLT on simulated data

remove temporary data structure for PID exchange container
use class AliTRDpidInfo for communication between PID ref maker classes

align to the new AliTRDseedV1::Fit() function syntax

New pseudo tilt correction mechanism
The evaluation of the z coordinate of the tracklet is done based on
chamber geometry. Additional for pad row cross the z information is
known with the z alignment resolution.
The first results on ideal simulations have presented at
http://indico.cern.ch/conferenceDisplay.py?confId=93879

- removed unused array

Bug spotted by Raphael.

Warning fixed

commenting unused function argument

move AliCaloRawAnalyzerPeakFinder from Utils to base due to OCDB access

Make Lookup and fits of the ExB effect
Marian

From Stefano: use clearer variable names for global scenes and viewers.

New method ResetRecPoints() - needed for online monitoring with AMORE

fix to prevent sqrt of a negative number

Updates in SDD cluster finder: 1) updates in unfolding switch-off 2) improved cluster size calculation 3) new cut for noise removal based on cluster charge peak in drift time intervals (F.Prino)

1.) Minor correction in the QC and GFC classes: Treatment of errors when flow is zero has changed;

2.) Rewritten from scratch compareFlowResults.C. For each plot there is now a dedicated boolean and a method. For instance, if you want to see differential flow of POIs versus pt, please set

Bool_t plotDiffFlowPtPOI = kTRUE; // differential flow v(pt) for POIs

bugfix: correct initialization of the AliTPCcalibDB to avoid out of bounds messages from TObjArray

update JCORRAN code, wagon macro added (Filip Krizek)

Update by Theo

- add new calibration in the reconstruction macro (Theo)
- some bugfixes in the new calibration component

Two bug fixes: mismatch between subdetector names and fix for a return statement removed with revision 40886  (Melinda)

implementing OCDB object description (Theo)

New checker for SDD (Piergiorgio - Melinda)

adding functions for streamer info initialization to common tool class,
code copied from AliHLTReconstructor

coding conventions