ProcessOutput update: deal with both TFileMerged merged data (histos inside TList) and mergeCalibObjects merged (histos not in TList)

Bugfix for AMORE (Jochen)

Updated parameterizations of peak positions (R. Russo, F. Prino)

- access the run number and respective date from the HLT tree
  (when offline data are not there, the run number was 0 and the date 19700101)
- moved this access inside the UserExec where the HLT tree is accessible
- removed NotifyRun with the access to the offline tree (that might not always be there)

Bit for the EMCAL trigger (Michele)

OADB Classes for the physics selection and filling scheme

Removed

Major update of the physics selection and trigger analysis class

- Trigger class names and online/offline trigger conditions moved to OADB
- Online/Offline trigger conditions can be provided as logical expression
- AliTriggerAnalysis parses the tonken used to form trigger conditions
- Muon and EMCAL classes used in the 2.76 TeV pp data enabled by default
- TPC laser warm up cut supported but not enabled by default

(Michele and Jan Fiete)

OADB classes and root files for the physics selection

In loadlibs.C:
Moving libPhysics before libSTEERBase what is now required to get libSTEERBase
loaded.
(Lauerent)

Utility for normalization

- Removing circular dependencies (the use of AliMUONConstants replaced with   AliMpConstants in lower lever libraries)
- Fixing typo in a forward declaration in AliMUONReAlignTask.h

Improved protection. Related savannah bug 80203 (F.Bellini)

naming conventions

update to reflect latest changes

added new options and fixed binary eccentricity

PileUp tagging (M.Chojnacki)

fix in TOF calibration to deal with L0-L1 orbit-crossing (negative values)

UPdate to digitize correctly with RELDIS

Set the TPC BB properly in case of MC

New TPC BB for PbPb pass2 (Rossella)

Enable fast and slow trackmatching, and use secondaries as well

SetLabel added and Printf commented

version increased

Fix for #80619: Missing protections in AliDCSValue::Getxxx

In trigger classes:
- Provide an external access to the trigger chamber efficiency graphs and errors
- Minor fix to access the efficiency objects stored on grid
- Minor change in the display of the non-bending plane object
(Diego)

reverted change 49142 (wrong header)

Protections added (F.Bellini)

addressing remaining  current rulechecker violations that did not seem to be false positives

coverity & pass2 preparation

coverity

coverity

Coverity fixes

Changes from Davide

Coverity fix

o Add pid response handler needed for managing the AliPIDResponse setup in case
  of the Multi input handler (Martin Vala)
o Decoulple QA histograms from funcionality to setup the AliPIDResponse in
  AliAnalysisTaskPIDResponse
o Modify code to use the new setup functionality in AliPIDResponse to do the
  loading of the response functions from the OADB
o Modify AddTask macro to automatically detect the analysis mode
  (single input handler VS multi input handler) and take the proper action

addressing some minor rulechecker coding violations

Change pt cut by E cut for clusters

- redefined the logic for setting the run number in case the OCDB URI is not taken from the GRID
- updated documentation

Provide access to event trigger name for AODs, add debug print

Reading jets from output AOD, even in case of input AOD, added secondary histograms to FF task (Oliver)

fetch centrality also when reading from input AOD

fixing mem leak in operator=

Array of bad cells deleting is relocated to a proper place

1) static variable were replaced by local variables and data members
2) setter for bad channel array is added

Fix for uploading packages in proof mode (D.Stocco)

Changes for PbPb (Zaida)

Added centrality selection in standard cuts PbPb2010 (Renu)

Fix (Francesco)

Update
Jens Wiechula

Add initialisation from OADB
Jens Wiechula

Coding rule violations fixed.

With the availability of LHC10h pass2 + a bug found recently
found in reconstruction code affecting TOF-TO TOF tender is now supported
for LHC10h.
Pietro Antonioli <Pietro.Antonioli@bo.infn.it>

adding spd2 multiplicity estimator (M.Chojnacki)

Updated centrality for pass2 (Alberica)

Coverty fix

coverity fix - checked fCentrality before usage

coverity fixed

Add cell info, add trigger cluster info and histograms

STU raw data decoder updates to account for new STU fw version (backward compatibility w/ old data format)

- corrected the CDB manager initialization depending on the source of the CDB URI
- removed the specific storage setting, the default storage takes care of what's necessary for the data unpacking

addressing some minor coding violations, mostly comments

1) Pileup suppression possibility is added;
2) hCellTimes does not need ActivateFullAnalysis() anymore;
3) Cosmetics and comments

Coverity fix

New classes for event plane calculation (Johanna)

- configure the GlobalHisto component from the OCDB entry, removed the configuration from the argument line for both functions of the macro

coverty fix

- fixing warnings and compilation errors

- detector passed as argument to config file

- Adding new histograms for MC/rec comparison

- Adding initialisation of detector variable - Adding functions to get hadronic contributions

- Adding sparse histograms
- Adding correction factors (default: 1)

- Adding initialisation of detector variable

- Adding sparse histograms to analysis
- Getting reconstructed clusters based on detector cut
- Adding new histograms to check hadronic deposit

- Adding track distance cuts (x and z) with setters and getters
- Adding cut for detector
- Making tree for global event variables by default since it
doesn't take any real amount of memory anyway

- removing print statement

- Adding centrality class variable to AliAnalysisEt such that
the centrality class is available for the monte carlo classes
well
- Adding track distance cut variables
- Adding sparse histograms for tracks, clusters and global
variables
- Adding variable to check detector
- Adding function to calculate transverse energy for an
AliESDCaloCluster

- fixing warning

Coding conventions (Francesco)

settable rang phi histogram + few other fixes

coverity fixes

added histograms for number of points in SDD+SSD (ITS PID
selection) and number of missing ITS points (Francesco Prino)

Various smaller Fixes

Added task to do the analysis on track refs in the central
region.

Bug fix in vertex recalculation

online T0-fill: use max bin value

Updated condition to avoid double subtraction for SDD calibration (Ruben)

Correcly adds prefix to AddRunNumber list of entries (S.Carrazza)

Coverity fixes

add trigger clus

fixes for alignment matrices

check if calo ped is zero

apply pt cut before track matching

Removed dep on trunk

store sm number

Possibility to keep only D mesons that have a c or b quark as a grandmother (Francesco, ChiaraZ)

Fix for centrality selection (Davide)

work on ESD/AOD in the same way

Mega commit.

In general, more diagnostics histograms.

Event inspector can now flag #_SPD_Cluster > 0 events

New implementation of sharing algorithm that zero's candidates
if not used.

dN/deta tasks now outputs summary stacks.

Simplify