Temporary fix waiting for M.Ivanov

remove AliTPCkalmandEdx.cxx AliTPCkalmandEdx.h
adding AliTPCcalibTimeGain.cxx AliTPCcalibTimeGain.h

AliTPCcalibTracksGain -removing kalmandEdx part+ histograms - created in the AliTPCcalibPID

(Alexander Kalweit)

Bug fix
Changing sign of the electric field
(Magnus Mages, Stefan Rossegger)

AliTPCseed.h  AliTPCseed.cxx

Adding the analytical correction of dEdx deposit:
Not yet used by default
AliTPCseed::CookdEdxAnalytical

AliTPCClusterParam.cxx AliTPCClusterParam.h
Changing for CookdEdxAnalytical - Adding effective diffusion, crosstalk and the PRF0 TRF0

AliTPCcalibPID.h AliTPCcalibPID.cxx
Adding default QA plots
Using switch for using of the analytical dEdx correction

AliTPCcalibCosmic.h  AliTPCcalibCosmic.cxx
Using analytical dEdx correction for performance study

CalibMacros/CalibPID.C
Macro to do the calibration

some histos added for TPC clusters

Minor modifications

bug fix - a scale factor for the magnetic field added

unsigned -> unsigned int

cosmetical changes

Fit mathematics improved, obsollete GBTracker cleaned up

Minor fix for the pid efficiency calculation + cosmetics in the drawProtonQAResults macro

Fixing the proof mode

Adding the QA plot for the pid efficiency/contamination vs the number of TPC points for the dE/dx calculation.

Reco and pid efficiencies in two separate functions

In AliMUONVTrackReconstructor:
Change the range of theta angles for trigger tracks to match the convention
adopted for tracker tracks (the shift of pi does not affect the Tan(theta)
which is used elsewhere in the code).
(Diego)

Binning adjusted for the histogram ESD Etot

Adding two new helper functions suggested by A.Jacholkowski (F. Prino)

fix tracklet phi resolution

Fix to SSD cooling support tube shape (M. van Leeuwen)

fix pt resolution plot

select only primaries

Putting the correct vzero information in the tags - only total multiplicity and number of fired cells on the A and C side. Correct filling of these data in AliESDTagCreator class.

Updated TRD reconstruction, modifications for LHC08d period

Using bash instead of sh (ubuntu), minor additional changes

Adding Event characterization directory

fix radial shift for pad row cross. to be understood

Small fix in the analysis macro automatically generated by the plugin

NEW visualisation of tracklets from the MCM simulation (Jochen)
temporary solution until a more sustainable solution will be found.

Modifications to run the QA code and to display the results properly.

old code removed

update

Protection added for a crash due to NULL pointer to aodTrackRefs in case nTracks=0

Typo fixed in setting the vertex title (F. Prino)

No MC information when we create AOD from raw ESD

Updated list of files (cmake)

New production macros (Yves)

New class to handle multi-dimensional unfolding + user macros (test/)

coding conventions

Summary of changes:
- Change sign of deflection length (previously inconsistent with TRAP  model,
  to be clarified which one is used in reality)
- decrease windows for track matching, possible due to better tracklet  parameters
- Change handling of output tree (not owned by current directory after  creation)
- check for a = 0 in pt-calculation
- added GetLabel to AliTRDtrackletGTU
- change CookLabel according to other changes (offset of 1 in label)

Include MC labels, pt-cut, Lorentz-correction, etc.

Include D0->4prong by default

Accept all particles from a decay chain, bug fix for Heavy flavor

Update of the tag system. 1. Correct implementation of the event ID - period, orbit ID and bunch-crossing number. 2. Adding the information relevant to the reconstruction of the first LHC data which will be taken with a bunch-srossing trigger. The information is related to same basic quantities related to the activity in SPD and VZERO. This information should be enough in order to identify the events on which one would run the full aliroot reconstruction. 3. A bug fix in the trigger and trigger-cluster selection in AliEventTagCuts.cxx (Panos)

update for non null magnetic field

follow major TRD reconstruction update

major TRD reconstruction update
- update clusterizer for flexible switch between methods to calculate
  r-phi cluster position. Currently the following methods are supported:
    - COG - center of gravity
      - LUT - look up table [default]
        - GAUS - gauss approximation [testing phase]
        - move position calculation related code from clusterizer to the
          cluster
            itself
            - steering options for cluster position calculation
              implemented at Reconstructor level.
                - user help via static method
                  AliTRDReconstructor::Options() function
                  - consistent pad row cross implementation in the
                    tracklet. Reference
                      radial position for pads crossing pad row is
                      recalculated based on z
                        cluster charge distribution.
                        - miscellaneous

major TRD reconstruction update
- update clusterizer for flexible switch between methods to calculate
  r-phi cluster position. Currently the following methods are supported:
  - COG - center of gravity
  - LUT - look up table [default]
  - GAUS - gauss approximation [testing phase - to production]
- move position calculation related code from clusterizer to the cluster
  itself
- steering options for cluster position calculation implemented at Reconstructor level.
  - user help via static method AliTRDReconstructor::Options() function
- consistent pad row cross implementation in the tracklet. Reference
  radial position for pads crossing pad row is recalculated based on z
  cluster charge distribution.
- miscellaneous

Coding convention compliant version (by Raffaele)

Fix in QA plot for ITS standalone tracks (Prino, Dainese)

Fixing coding conv. viols

missing ifs

new task for estimated multiplicity at TRD level
author/responsible Yvonne C. Pachmayer

The variable fSeed is not really needed as the fitter is called in a way that the seeding is done only once. Apparently its presence caused a bug when the fitter is used to fit set of tracks and the fit fails at some point. Then fSeed was not properly reset and all the consequtive fits used the seed at the point of failure. Thanks for Dariusz for reporting the problem.

Implementing two different test pid procedures based on the raw dE/dx info and a relevant parametrization

Test ascii file for the dE/dx vs P proton band

add protections for MC (Markus)

All:
- Speed up the computation/selection of primary track candidates (by up to a factor 100)
- Improve computation of initial covariance matrices for Kalman
- Use specific covariance matrices when there is no magnetic field
- fix potential bug by reordering cluster/track selection
- fix selection of track candidates when there is no magnetic field
- new protection against tracking divergences (see below)

AliMUONRecoParam:
- change Cosmic settings
- New parameter: maximum number of trigger tracks above which the tracking is cancelled
- New parameter: maximum number of track candidates above which the tracking abort

(Philippe Pillot)

Small changes to allow usage from out-of-source directories

Fixing a backward compatibility issue

Changed location of AddTaskProtons.C to PWG2/SPECTRA/macros. Removed macro from ANALYSIS/macros.

Small typos corrected.

Small typo

Small typo

Updated list of files (cmake)

Do not use relative paths in the include statements

Make AliAODJet sortable

Class moved.

bug fix

added 3D histograms

Bug fix in call of TRAP simulation and correction of thresholds

Grounding foil converted to an assembly to avoid overlaps with residual misalignment (A. Pulvirenti)

Several changes, mostly technical in nature: some mother volumes have been
added to increase the speed of overlap checking (and some typos 'heigth' -->
'height').
The functional changes are an increased tolerance between the ladder and the
mounting blocks to remove overlaps with full misalignment and a fix to put
back the piece of cooling tube that was missing at the end of the ladders
The cooling tube code has been simplified in the process.

M. van Leeuwen

New AliITSMisAligner class. It replaces MakeITS...MisAlignment.C macros and class AliITSMisalignMaker (R. Grosso)

Corrections to the decoder after the first test with real raw data from P2. Optimization of the time performance.

fixes for the fourth harmonic

protection against attempt to load a new geometry when current one is locked

syntax correction in comments

Should be finally OK this time

Improved a method FillH1

boundaries for grid creation corrected

Updated list of files (cmake)

Removing usage of deprecated AliMUONRawStreamTracker

Remove unwanted dep of evaluation to graphics (thanks Peter for noticing it)

Added macros AddTaskCheckV0.C and AddTaskStrange.C temporary in ANALYSIS/macros. To be moved after validation by responsable persons in PWG2/macros.

Added macro AddTaskCheckCascade.C temporary in ANALYSIS/macros. To be moved after validation by responsable persons in PWG2/macros.

Added task AliAnalysisTaskCheckCascade from PWG2/SPECTRA in the train

oving all the proton analysis related macros to the proper directory

Adding the macros directory in SPECTRA

Added wagon configuration macros. To be adopted by responsables and moved to PWGn/macros asap.

Analysis train macro. Can run locally, in proof or in grid mode (using the AliEn plugin). It currently contains few wagons, more to be added...

Disable automatic prefered SE based on alien_CLOSE_SE. Use rather AliAnalysisAlien::SetPreferedSE()

bug fix

Update

Adding classes forgotten in previous commit

New classes to get a much improved performance in the computation of
the contours of the various elements in the tracker (manu, buspatch,
detection element, chamber). With this improved algorithm, we can now
stop to use the padstore.root file (which used to contain pre-computed
contours, as that computation was really long) in mchview.
At the same time we achieve a better separation of the contour computation
and graphical representation. So AliMUONPainterContourMaker and
AliMUONPainterContour classes are removed, and the contour and
contour making are now part of the more general geometry library,
instead of the graphics one.

New classes :
                  AliMUONContour
                  AliMUONContourMaker
                  AliMUONContourMakerTest
                  AliMUONContourPainter
                  AliMUONManuContourMaker
                  AliMUONNode
                  AliMUONPainterDataRegistry
                  AliMUONPointWithRef
                  AliMUONPolygon
                  AliMUONSegment
                  AliMUONSegmentTree
                  mapping/AliMpUID

(Laurent)

Modifications needed to make the frame work in different working modes bu Andrei and Mihaela

added a customized merger of all QA files

editorial cosmetic

Separate histogramms for on-the-fly and offline V0s

Printout changed.