Updated macros and readme file

Updated macros

Updated par files - Fixes in the notify for proof

Adding new functionality to the AliTPCCalibViewer
(L.Bozyk)

Updated list of framework libraries
(Philippe P.)

Run number, random number seed now set to AliSimulation.
(Philippe P., Philippe C.)

Flag properly set in Preprocessor

added HOMER block and source descriptor classes

mc handler should not be set in the analysis task, but in the startup analysis macro (MG)

removed deleting of not owned data and deleting of histograms which are exported to the output file (MG)

streaming of AliAnaGamma and its data members (removed ! in .h) (MG)

par mode correction (MG)

Init() method added.

Restore changes of 1.101 and 1.102 which have been accidently deleted.

Regenerated files with one more update in trigger mapping by Christian

- Changed the mask format accordingly to real life
- Added/changed comments
(Christian)

Usage of gain in simulation and in reconstruction for SDD

Temporary fix of circular dependencies

Restoring method call to CheckByteOrder() since the code might rely on a side effect.

Loading mapping data from CDB and nor from ASCII files

Regenerated files with update in trigger mapping by Christian

Start local board at slot 1 (as for offline), slot 0 stays for regional board
(Christian)

- Disable calibration run
- Change threshold default value, asked by online people
- Put threshold value as parameter
(Christian)

Added class for Global Crate object (Christian)

- Remove old switches format (10 words) using one integer for all switches
- Add default masks member
(Christian)

Changed a method to read the new (regional) crate file
(Christian)

Changed the crate id numbers accordingly to the new format of regional
crate file
(Christian)

- Added Global Crate object
- Changed format of regional crate file (crate.dat) and updated reader method accordingly
(Christian)

- Added read/write of global crate file
- Added writing of regional ascii file in case of updating the mapping
(Christian)

- Added class for Global Crate object
- Merged online regionnal crate file and aliroot crate file (crate.dat),
simplified format, keep old file for the moment
(Christian)

Bug corrected in declaration of assignement operator

Reducing the printout

Bug report 31348

16-nov-2007 NvE Processor IceDwalk updated to treat also InIce DOMs.
                Note that the generated IceDwalk tracks now automatically get a suffix
                "A" or "I" in the trackname to indicate Amanda (OM) or InIce (DOM) tracks, resp.
                Also the memberfunctions SetMaxModA(), SetMaxModI() etc... of IceLinefit
                have been integrated in memberfunctions SetMaxMod() etc...

removed assert to get rid of warning when not compiling in debug mode

bugfix: compilation error after arturs changes

ALICE_ROOT dependence removed. coreFlukaVmc.inp should be linked to
working directory.

get rid of compilation warnings

Adding missing comments
(Diego)

Overload the Clone() method of TObject to replace the method CreateCopy().
(Philippe P.)

Corrected a bug in kalman tracking (final parameters and covariances
at each cluster were not stored correctly). Thanks Diego!
(Philippe P.)

- Compute parameter covariances including absorber dispersion effects
  and/or resolution of absorber corrections (if any) when extrapolating
  track to vertex.
- Added new unequivocal methods to perform track extrapolation to vertex,
  w/wo multiple scattering correction and w/wo energy loss correction
  (ExtrapToVertex(...), ExtrapToVertexWithoutELoss(...),
  ExtrapToVertexWithoutBranson(...) , ExtrapToVertexUncorrected(...).
(Philippe P.)

Remove printf and add trd_gasCO2

bugfix: compilation error after arturs changes

- Adding new member function:
Bool_t IsDimuonFromCorrPiK();
- Updated the way of recognising heavy-flavours produced by gluon fusion
(In a few events the Pythia output is suppressing the intermediate gluon
 and, hence, these cases were not yet tagged to come from gluon fusion.)
(Hermine, Alessandro)

Updated for changes in the framework to make to make
DecodeRecoCocktail.C macro work again
(Artur)

Coding conventions

Pass event number as argument of  AliVEventHandler::BeginEvent

Adding AliTPCTracklet to the repository (M.Mager)

////
// This class stores a tracklet (a track that lives only in a single TPC
// sector). Its objects can be constructed out of TPCseeds, that are
// holding the necessary cluster information.
////
////
////

Getting rid of trivial warnings.

Getting rid of trivial warnings.

The ShipDataToFXS methods should be protected, not private, because other classes need to inherit them.

The ProcessCalibration methods should be protected, not private, because classes need to inherit them.

Changing the order between the tree and file creation.

Getting rid of trivial warnings.

AliMC::BeginEvent gets run number from CDB manager
AliSimulation: it is now forbidden to initialize run number in AliCDBManager. Only external variables
or AliSimulation::SetRunNumber are allowed.

Correct definition of paths in AddAlignableVolumes

15-nov-2007 NvE Processor IceLinefit updated to treat also InIce DOMs.
                Note that the generated IceLinefit tracks now automatically get a suffix
                "A" or "I" in the trackname to indicate Amanda (OM) or InIce (DOM) tracks, resp.

convert pragma error to warning and default to little endian; proper fix in prospect

Getting rid of warnings about hidden virtual methods.

Moved some typedefs to AliHLTDataTypes.h for common use.

set version no of data type header file

coding conventions

allow NULL pointer arguments in SetDataType

added float/double/signed HLT basic data types

Correction for trigger of photons inside PHOS acceptance.

added RAW data type defines; minor correction of inconsistency

Minor change

neede for T0 QA classes

for T0 QA classes

T0 QA classes

Fixing coding violations and getting rid of warnings.
Also got rid of global objects used for component registration in favour of registration of components in the AliHLTMUONAgent::RegisterComponents method.

The DumpEvent methods should be protected, not private, because classes need to inherit them. I have no idea why gcc even alows this to compile.

The GetEvent methods should be protected, not private, because classes need to inherit them. I have no idea why gcc even alows this to compile.

The DoEvent methods should be protected, not private, because classes need to inherit them. I have no idea why gcc even alows this to compile.

Coding violations (Marian)

Coding violation fixies (Marian)

Fixing coding violations (Magnus Mager)

Minor changes to make this macro work under HEAD.

Updated version for AliZDCv3

Coding convention correction

Initial version of the example CTP configuration file (Roman)

Coding convention correction

Take out few unnecessary prints

Updated version of the macro that transfer an OCDB data set from a storage to
another.

corrected warnings in class log history

corrected warnings in class log history

Coding violations corrected

"Cleaned" initialization and usage of the run number.

--- in Simulation, run number and generator seed can be set:

1. Via environment variables DC_RUN and CONFIG_SEED
2. Via AliSimulation setters SetRunNumber() and SetSeed() (overrides option 1.)
3. Run number can be also set externally with AliCDBManager::Instance()->SetRun()
(overrides options 1. and 2.)

Run number is set in AliHeader during event generation (AliMC::BeginEvent()). In
the subsequent steps it is loaded from the run loader.

--- in Reconstruction, run number is loaded from the event header in the run
loader, or from raw data header.

CDB Manager's Lock implemented in simulation and reconstruction.

AliCDBManager's "Lock" functionality implemented.
- If Lock is set ON (SetLock(1)), it cannot be reset to OFF (AliFatal)
- If Lock is ON, it is not possible to reset the run number or to activate/reset
CDB storages. It is not possible to use Get( ) functions with a run number
different to the internal one.

Run number initialized to -1.
In AliRun: SetRunNumber() becomes private (it is not used elsewhere)

Adding new version of AliTPCCalibTracksGain
+ helper classes
(Stefan)

Use the input list of proof to setup parameters
(Neccessary for Proof) (Marian)

- AliAnalysisWrapper owns data when put in the output list (PROOF) memory leak (AG)

Coding violations corrected

Memory leaks fix (Silvia)

New class to represent the CTP bunch-crossing masks

14-nov-2007 NvE Copy constructor and Clone() memberfunction introduced in AliObjMatrix.
14-nov-2007 NvE Bug fix in IceDB2Root in the creation of the JEBTDaq database.
                The new Clone() memberfunction of AliObjMatrix is now used and a memory
                leak has been removed. Also GetOMdbase() has been updated for JEBTDaq.

Bug fix

include was forgotten...