rearrange the x-y input of histograms for CORRFW requierements

Misalign method is public from now on.

correcting include file

Bug fix - overisght: extra "=" added (thanks to Laurent for spotting the problem).

Update of parameters (Philippe Pillot)

bug fix

New FMD correction objects. Again.

Added extra indices to the correction files

Double initialization of fAODObjects corrected.

Changed default values in MUON/Calib/TriggerDCS (see also 34382) (Diego)

* Bugfixes for 64Bit - 32Bit machines in the Source/Block Desc
* Added loop for service detection in EveManager
* updated Macros for onlineDisplay
* cleaned up macro folder for onlineDisplay

Fixing deletion of array.

1)AliMCAnalysisUtils: Added protection when label is -1, checking electron ancestry in filtered kinematics in AOD. Needs to be checked
2)AliCaloTrackReader: Added info prints when getting second input file

1) AliCaloTrackReader: Possibility to open a second input file with events, when reading AODs
                                      Possiblity to access Stack or MCParticle
                                      Select tracks depending on track status
                                      Replaced the TRefArrays by TObjArrays
                                      Bug, ESD tracks were being set in arrays twice.
2) AliAODPWG4Particle: New data member for b tagging added (Mark Heinz)
3) AliMCAnalysisUtils::CheckOrigin: Split in 2 for stack or AODMCParticle reading
                                                          Returns bitmap, not a simple tag.
4) Minor code violations corrected

Added ptHard to the information in the AliAODMCHeader, filled in the AODHandler

Print() method outputs the branch names of the AOD now

- update output data size in the component (Theodor)

- Bug fix: in the creation/reading of the trigger DCS values, the HV and currents were inverted. This does not affects the shuttle, but only the offline usage of datapoints.
- Changed default values in MUON/Calib/TriggerDCS

Update to fix the fact that AliRawReader::Create does not work correctly in online -static- env (Guillaume)

Changing responsible for GRP object (Ernesto Lopez Torres --> Chiara Zampolli).

Changed default settings to splitting on

New FMD correction objects(again)

Added a custom magnetic field in the FMD Analysis Parameters

Remove include file that was removed from TRD code.

Some major technical fixes:
1. Changes to protect GRP from unvalid values coming from DCS.
2. Implemented way to distinguish behaviour of the preprocessor when dealing
with polarities according to the status of the magnet. The threshold values
have been provided by DCS (Lionel Wallet). See below:
2.a. The L3 magnet is declared
ON if at least one of the values read is greater than 350 (A units); OFF
otherwise.
2.b. The Dipole magnet is declared ON if at least one of the values read is
greater than 450 (A units); OFF otherwise.

adding hosts to fxserror mail

Adding new tag files for nightly and local test of GRP preprocessor.

new FMD correction objects

new FMD correction objects

new FMD correction objects

fix for valgrind (m. tadel)

Added handling of background correction and event selection correction with different energies and triggers

printf removed

Optional access to the HLTesdTree.

Changed the handling of the sources / blocks in the xmlRPC message

- Adding protection: skip QA of Digits, RecPoints and ESD for Calibration events
(Diego)

Default OCDB object for CE and Pulser calibration

Try to fix compilation error

From Svein Lindal:

Complete rework of AliEveHOMERManager to inherit most of the
functionality from the new AliHLTHOMERManager class. Removed files are
redundant due to the new connection scheme.

AliHLTHOMERManager  changes:
Made fStateHasCanged protected to allow AliEveHOMERManager to access
it. Removed inheritance from TObject due to conflict with
AliEveHOMERManager inheritance from EveElementList.

Change eventbackground creation for more than one task at the same time, change  trefarray for proof case

make jet event background tnamed, add reset

- add AliGeomManager.h to prevent compilation from breaking

Adding a setter forgotten earlier

--This li
AliTPCCalibCE.cxx.diff          fix problem with Graph creation
AliTPCcalibDB.cxx.diff          add support for more calibration entries, gui tree creation
AliTPCcalibDB.h.diff            add support for more calibration entries, gui tree creation
AliTPCCalibRawBase.cxx.diff     fix handling of run number and time stamp extraction for date raw data processing
AliTPCCalibRawBase.h.diff       fix handling of run number and time stamp extraction for date raw data processing
AliTPCCalibRaw.cxx.diff         fix altro L1 phase information logging
AliTPCCalibRaw.h.diff           fix altro L1 phase information logging
AliTPCCalibViewerGUI.cxx.diff   add alias #draw# which is replaced by the selected variable, add Reset of the GUI
AliTPCCalibViewerGUI.h.diff     add alias #draw# which is replaced by the selected variable, add Reset of the GUI
AliTPCCalPad.cxx.diff           modify GlobalSidesFit: allow arbitrary combinations of gx,gy,lx,ly for local and global directions
AliTPCCalPad.h.diff             modify GlobalSidesFit: allow arbitrary combinations of gx,gy,lx,ly for local and global directions
AliTPCMonitorAltro.cxx.diff     change to new raw reader, don't use internal ALTRO decoder anymore
AliTPCMonitorAltro.h.diff       change to new raw reader, don't use internal ALTRO decoder anymore
AliTPCMonitor.cxx.diff          change to new raw reader, don't use internal ALTRO decoder anymore
AliTPCMonitor.h.diff            change to new raw reader, don't use internal ALTRO decoder anymore
CalibEnv.C.diff                 Add more variables to be dumped to the tree
libTPCbase.pkg.diff             Add AliTPCConfigParser, Add AliTPCCalibViewerGUItime
TPCbaseLinkDef.h.diff           Add AliTPCConfigParser, Add AliTPCCalibViewerGUItime
TPCCEda.cxx.diff                Change to the date event process function, to ensure proper run number and time stamp
TPCPEDESTALda.cxx.diff          Change to the date event process function, to ensure proper run number and time stamp
TPCPULSERda.cxx.diff            Change to the date event process function, to ensure proper run number and time stamp
TPCRAWda.cxx.diff               Change to the date event process function, to ensure proper run number and time stamp
AliTPCConfigParser.cxx          Parser for simple ascii configuration files of structure "key value1,value2,value3,value4,..."
AliTPCConfigParser.h            Parser for simple ascii configuration files of structure "key value1,value2,value3,value4,..."
AliTPCCalibViewerGUItime.cxx    GUI to display calibration data over time. Uses the tree created by the CalibEnv.C macro
AliTPCCalibViewerGUItime.h      GUI to display calibration data over time. Uses the tree created by the CalibEnv.C macro
~

ne, and those below, will be ignored--

M    AliTPCCalibCE.cxx
M    AliTPCcalibDB.cxx
M    AliTPCcalibDB.h
M    AliTPCCalibRawBase.cxx
M    AliTPCCalibRawBase.h
M    AliTPCCalibRaw.cxx
M    AliTPCCalibRaw.h
M    AliTPCCalibViewerGUI.cxx
M    AliTPCCalibViewerGUI.h
M    AliTPCCalPad.cxx
M    AliTPCCalPad.h
M    AliTPCMonitorAltro.cxx
M    AliTPCMonitorAltro.h
M    AliTPCMonitor.cxx
M    AliTPCMonitor.h
M    CalibMacros/CalibEnv.C
M    libTPCbase.pkg
M    TPCbaseLinkDef.h
M    TPCCEda.cxx
M    TPCPEDESTALda.cxx
M    TPCPULSERda.cxx
M    TPCRAWda.cxx
A    AliTPCConfigParser.cxx
A    AliTPCConfigParser.h
A    AliTPCCalibViewerGUItime.cxx
A    AliTPCCalibViewerGUItime.h

initialise geometry before creating of the AliITSTrackerHLT object, to avoid warning in AliTracker constructor

Protection to skip PYTHIA events with large jet energy compared to pTHard

moving CTP functionality of the component base class to the AliHLTCTPData class, and
forwarding calls to the corresponding methods
components must announce the wish to use CTPData by callinf SetupCTPData in the DoInit method.
The CTP trigger classes are initialized from the ECS parameter, counters are incremented
according to the trigger pattern of the CDH before the event processing is called.

including the CTPData to the input objects of the HLTGlobalTriggerDecision
can be switched off by component argument '-skipctp'

adding class for handling of CTP information
 - initialization from ECS parameter
 - counters for CTP classes
 - evaluation of current trigger pattern
 - will also be shipped together with the HLTGlobalTriggerDecision

Corrections due to the new RCU mapping.

Add missing newline

New script to do common-mode-noise analysis of raw data.
The script can also simulate the effect of common mode noise.

This required a few changes to AliFMDInput.

fix of a minor bug in the tracklet constructor

Add missing newline

Remove AliTRDrawOldStream

link HLTbase to  XMLParser library in order to meet new dependencies

Update of calibration histograms in the online mode (Pg. Cerello)

Evaluation of the combinatorial background is now performed automatically in one go after each event (G. E. Bruno)

Coding rules

Coding rules

Change AliWarning to AliInfo for messages that come much too often

Generated root file containing the analysis manager has now the name: <fExecutable>.root to avoid clashes between different trains.

- remove memory leak from TRD histo component (Theodor)

- fix error message in TRD clusterizer and tracker (Theodor)

- correct typo and fix warning for the TRD cluster finder (Theodor)
- remove warning in the ITS reconstruction (Gaute)

- bugfix for the TRD tracker (Theodor)

New code for fast fitting of the calorimeter altro samples (Alexei)

 removed wrong assignment

- corrections in the TRD cluster histo component
- proper addition into the agent (Theodor)

Correct addition of track reference in case of AOD input chain.

Bug fix to differ high gain and low gain addresses.

Include the debug information for easier handling of a DA crash (as suggested by Sylvain)

- add the histogram component to the agent and the build system

adding Mimimum Ionizing Particle trigger for PHOS inclduing configuration object (Svein)

Dummy GetEntry call to have the chain in a well defined state.

Needed for FASTJETAN parfiles

AliMUONTrackerIO::DecodeGains : move declaration of iADC in order not to get memory error
when the TString is a concatenation of several .par files (AMORE issue).

AliMUONTrackerDataWrapper.h : add the method UpdateData in order to update the
data without having to Unregister the corresponding wrapper (AMORE issue).

(Guillaume)

adding configuration entry for PhosClusterEnergyTrigger (Svein)

bugfix: Corrected wrong numbering of supermodules (Theodor)

* AliEveTrack
  - Add constructors from AliESDtrack* and AliAODTrack*.
    This simplifies eve-track construction everywhere.

* alice-macros/esd_tracks.C
  - Simplify code for instantiation of ESD track.

Protection in case of wrong wavelength values

Fix compiler warning

pid of TRefArray equal to that of the contained objects.

code cleanup, corrected warnings and coding violations, using one object array with all the histograms instead of many member variables (Panos)

add Reconfigure method to the TRD tracker and clusterize components and reworking the component initialization (Theodor)

- protection added (AM)
- correct assigment of input event in case of aod input tree (M. Gheata)

temporary fix of bug from Savannah report 54512

Create non standard branch in case AODs are read as input. (M. Gheata)

 Macro replacing the gAlice->Init() to initialize the geometry
 Suggested by Raffaele Grosso <Raffaele.Grosso@cern.ch>

bug fixed in reading of the clusters

Updated list of cosmic trigger classes (as sent by Federico A.). To be sent to Raffaele for populating the alien OCDB.

bugfix: generating the event done data filter list correctly. The number of entries
was set to the total number of domain entries, while some of them are filtered out.

Correct treatment of DA doc fields (as suggested by Sylvain)

RPM documentation updated; added verbosity suppression statements.

bug fix in GetRefFilePrefix

Method AliHMPIDQAChecker::Check(AliQAv1::ALITASK_t index) removed, no needed any more

Technical fix: use Stop instead of Abort in error messages

minor

temporary bug fix (speed issues, next iteration)

temporary bug fix (speed issues)