Move AliD0toKpi* and AliBtoJPSI* from libPWG3base to libPWG3 (Andrea)

Move AliD0toKpi* and AliBtoJPSI* from libPWG3base to libPWG3 (Andrea)

Move AliD0toKpi* and AliBtoJPSI* from libPWG3base to libPWG3 (Andrea)

Changed pt cut value (Andrea)

Restored compilation on Windows/Cygwin

the est on active detectors was wrong

AddRunType(..) added to constructor.

Fix order of public/protected/private sections to conform with coding
conventions.

In TPCSectorData remove PadRowHack structure and handling functions.

Changes in configuration

Getting of the HLT mode implemented

PYTHIA8 added in case --pythia8 has been enabled in root

ALICE interface to Pythia8

Moved to PYTHIA8

Next iteration on encoded pad status

In AliMpExMap::Clear(): propagate the optin to data members
clearing.

Correcting comments for data members

added 'backwards' mapping: row/pad to channel; code cleanup

HMPID: Packing the number of photons and the charge in opposite order (A.Mastroserio)

 read-write CDB data by hands for cosmic runs

improved version of cosmic calibration & reconstruction

put all QA under the control f fRunQA

update to comply with new GetLabel function

adding delta phi study

Optimization of the reconstruction code.

Label for the ITS tracklets (Jan Fiete)

added a protection

Set CombineClusterTrackReco to false, to be consistent with
runReconstruction.C

adding run type, removing unused constructor

 run type

Reverting last commit which was not intentional

Re-establishing creation of RecPoints in TreeR (Laurent)
Introducing tracking mode starting from trigger tracks (Laurent)
New options for tracking and some bugs fixed (Philippe P.)

========================================================

New classes :

- AliMUONLegacyClusterServer (Laurent)

A cluster server which is doing no more than serving clusters from an existing cluster store. Used to re-establish clustering in local reconstruction (see AliMUONReconstructor's changes)

- AliMUONTriggerTrackToTrackerClusters (Laurent)

A class to replace clusters in stations 4 and 5 (that are discarded (if they exist)) by "fake" ones, created from the extrapolation of trigger tracks to st45.
Created to allow reconstruction of data taken during Feb. 08 cosmic run where st45 were not ready yet.

========================================================

 AliMUONReconstructor.cxx (Laurent)

        Re-establishing, in the case of non-combined tracking, the filling of the TreeR with        the clusters, i.e. clustering is done in local reconstruction in that case, and
        not in tracking phase.

 AliMUONClusterFinderMLEM.cxx (Laurent)

        Fixing a small memory leak

libMUONrec.pkg (Laurent)
MUONrecLinkDef.h

        Adding new classes

AliMUONClusterStoreV2.cxx (Laurent)

        Fixing a memory leak in ReMap

AliMUONRawClusterV2.cxx (Laurent)
AliMUONCluster.cxx

        Fixing errors found by valgrind

AliMUONSimpleClusterServer (Laurent)

        Changing ctor parameter from ref to pointer, as we're taking ownership of that
        object, and adding a method to find out in which DE a global (x,y) position is.

AliMUONVClusterServer.h (Laurent)

        Changing comment which did not follow interface change...

AliMUONTracker (Laurent)

        If no cluster server given, use legacy one (see also changes in AliMUONReconstructor)

 AliMUONRecoParam (Laurent & Philippe P.)

        New options

AliMUONRefitter (Laurent)

        Avoids code duplication and use new SimpleClusterServer interface.

AliMUON*Tracker* (Philippe P.)

        - solved the problem of divergence in the tracking of low momentum muons
        - added a reconstruction parameter defining the maximum non bending slope of the primary track candidates
        - added the possibility to disable one or more chambers in the reconstruction (new option)
        - added the possibility to reconstruct a track even if it has no cluster in one or more stations (new option)
        - added the possibility to make a primary track candidate starting from one cluster on station 4 and one on station 5 (new option)

Optional friend tree replaced by list of friends.

enabling checking of run type

AddRunType added

Possibility to add friend trees.
Here only one additional tree can be added. This is for testing.
In the general case it will be possible to add any number of friends.

Connect also branches from friend trees.

(Marian Ivanov)

AliESDresolParams.h       AliESDresolParams.cxx
Separate error parameterization using Covariance matrix fit

AliESDRecV0Info.h       AliESDRecV0Info.cxx       AliRecInfoMaker.cxx
Adding Reset V0 function

AliESDresolMakerFast.cxx
Updated comments

code cleanup: check for valid channel address and row offset handled by TPC mapping class (Kenneth)

Digits marked according to pad status

AliMUONBlockHeader, AliMUONRawWriter:
   - Added DDL data key at the end of the payload

AliMUONRawStreamTracker.h
   - Added getter for current DDL index

AliMUONQADataMakerRec
   - Added local buspatch hit distribution per DDL for raw QA

(Christian)

minor updates to preprocessor. rewrite needed.

- Cover non-standard aod use-case
- Enforce consistency between object name and branch name

Enforce consistency between branch and object name.

List of run types added

- libPhysics have to be loaded now when setting up par files in CAF

Protection added.

Kine filter added.

Filter task for kinematics (Ernesto Lopez)

This script runs the gain DA given a runnumber and a file

This script runs the pedestal DA given a runnumber and a file

Correct number of tracks that is returned by LoadPoints method. Removal of double counted tracks (proposed by Andrea Rossi)

pythia8 example code

CDB url and run number are passed as arguments to alipro

AddRunType cals added for SPD preprocessor (H. Tydesjo)

Specifying which run types we are interested in

Creating the diamond profile object into GRP/Calib/MeanVertexTPC to store info for the TPC-alone primary vertex

bugfixes by Kenneth:
TPCClusterFinder: consider row offset correctly for stored clusters
     (rows had been numbered starting from 0 on all the patches)
PCMapping: correct initialization of array bounds in cause of multiple instances.

Add two missing functions

Linking with -lf95 to be able to load the Fortran libraries

Fix for standalone usage of the tilted Riemann fit function

coding conventions and further work on TPCNoiseMap component (Kelly)

introducing QA

Removed a std::cout statement

Bad channels map asked when choosing reference histogram for equalizing.

Introduction of AliTRDLeastSquare

pdfs for LHAPDF version 5.3.1

Deleting array of detectors' strings

version update

Updated to version 5.3.1

Version update.

Copied from libTPythia8, TPythia is taken from root.

Name changed.

EffC++ warnings corrected.

Corrected reco param configuration (cosmic rec.C is used as a reference)

Moved to root.

Fix of TOF problem, Calculation of dEdx and PID during propagation to TOF, Writing of TRD tracks to ESDfriends during propagation to TOF

AliDebug instead of printf

Add QA analysis classes

Add QA analysis classes

Adding definitions for the fields of the lookup tables used in the dHLT analysis components.

removed reset of histograms in StartOfCycle (Online request)

Switch off global QA for the moment

Link all the libs. Shall be revised as soon as we get a way to steer the online reco from a normal rec.C

Reset the raw-reader before using it

updated ldif configuration

setting reconstruction chain specificly for AliRoot simulation

reverting and postponing changes from 24729 partly (AliHLTSystem singleton in AliHLTSimulation) - requires changes in libSTEER.pkg

- handling of global AliHLTSystem singleton moved to BASE
- AliHLTSimulation uses AliHLTSystem singleton
- HLTOUT raw files written according to AliSimulation::SetWriteRawData

added sample macro for TPC reconstruction

Absolute path removed.

Classes for event generation with pythia8
Needs path to pythi8 installation PYTHIA8

Base class for common usage if Pythia6 and Pythia8.
Generator for Pythia6 and Pythia8 event generation.

Using generalized pdf codes.

Process codes for Pythia 6 and 8

added unit test for AliHLTTPCMapping class

Pdf identified via string or number.

fFlag set in AliAODtrack. (M. Oldenburg)

added check on high end of amplitudes from fit to solve problem of crashes when the fit fails and value is out of integer bounds

Fix a few overlaps

solved problems with the cycles when running QA during reconstruction