Since it contains fixes of coding rule violations, all classes are involved. Further on the package contains: -fixes that it is running on PROOF; -additional cut steps to check the influence of the cuts on the efficiency; -Particle Identification in the TRD via truncated mean dE/dx; -usage of the new TPC n-sigma cut implementation for electron identification with the TPC; -additional studies of TPC likelihoods; -bug fixes in the HFE extra cuts; -new class to start electron-proton separation using ITS and TPC together; -fixes in CMake_libPWG3hfe.txt list. (Markus Fasel)

Since it contains fixes of coding rule violations, all classes are involved. Further on the package contains: -fixes that it is running on PROOF; -additional cut steps to check the influence of the cuts on the efficiency; -Particle Identification in the TRD via truncated mean dE/dx; -usage of the new TPC n-sigma cut implementation for electron identification with the TPC; -additional studies of TPC likelihoods; -bug fixes in the HFE extra cuts; -new class to start electron-proton separation using ITS and TPC together; -fixes in CMake_libPWG3hfe.txt list. (Markus Fasel)

Variable shadowing removed (B. Hippolyte, AM)

Added PDG db. updater, complete information in the header plus minor fixes

Added PDG db. updater, complete information in the header plus minor fixes

include of PWG3hfe was missing

Change of vertex smearing
Change of the number of tracks per event
(Marian)

bugfix for class AliTRDLeastSquare nested inside AliTRDtrackerV1 (thanks to Theodor). This bug fix normalizes the weights of the points to one

small correction for error calculation

Prepare clusterizer for writing online tracklets in HLT (.h) and a bugfix for handling tracklets in offline mode (.cxx)

Changes in TRD configuration for data taking.

- adding the DAQ readout list block to the output of the trigger component
- adding some comments and documentation in the ReadoutList handler
- copy only the overlapping part of the list from an AliHLTEventDDL block

applying data type definition of {DAQRDOUT} instead of string

adding data type definitions
 kAliHLTDataTypeDAQRDOUT (DAQRDOUT)
 kAliHLTDataTypeTriggerDecision (TRIG_DEC)
 kAliHLTDataTypeGlobalTrigger (GLOBTRIG)
note: the interface version has not been incremented as it did not change apart
      from those definitions

bugfix: wrong logic for the 'local:/' prefix corrected

updated component documentation

updating the doxygen configuration files according to new doxygen versions

correcting compilation warning

DA bug fix needed for EMCAL C side data

Upgrade : raw material to get efficiency corrections as a function of Pt and Y (and not only Pt, as before) by A.Amaire

Updated TOFRecoParam entry (following rev. 33988)

- Error estimation for the tilted Riemann Fit (this is necessary since their
  roads for the 5th and 6th tracklet are defined according to the error
  estimation of this fit)
- Add systematic uncertainty to the cluster error in y-direction in attach
  cluster. This systematic error takes into account misalignment and
  decalibration and is defined in the Reco Params (2cm for cosmics, 0cm for
  simulation)
- In the seeding part replace condition for accepting clusters
  (tracklet->IsOK()) by nclusters - nused -nNotInChamber > 6 (avoids a crash)
- Tracklet fit for the seeding tracklets and in case of HLT tracklet 5 and 6
- Reintroduce the "harmfull condition" since it was only harmfull because of
  the missing tracklet fit
- Increase weight of the 4 consecutive seeding layers by factor 5. Interuptions
  should not be the standard and only be allowed if something really bad
  happened (i.e. chamber off)
- The function FitRiemanTilt will be replaced by a class for several reasons
  (i.e. 2nd fit with only clusters in a 2-sigma resiual band around the track
  in offline mode forseen). The class is created and a function that replaces
  the old FitRiemanTilt is written, but not yet tested, so not enabled.

Bug detail:
1. memory reinitialization wasn't properly done for some mcms due to wrong
mcm number setting in the reseting loop.

2. when we meet the mcm header error and stop data reading, mcm number
counter wasn't increased and it prevented us to get the mcm header error
code of this problematic mcm.

Using han made cosmic parameterization
(P and angular spectra entered by hand)
(Marian)

Fixed coding rule

Check kTPCrefit for daughter tracks and apply minimal D0 cuts common to LHC09a4 and LHC09a6 (as in ConfigVertexingHF.C) Chiara Z

Update for changes in Root TExMap, TExMapIter in trunk
(moving from Long_t to Long64_t type)

modified AliTOFRawStream::GetDataBuffer and AliTOFRawStream::GetDataBuffer getters in order to return buffer pointer and not whole object. TOFda.cxx modified accordingly.

correcting the default HLT TPC reconstruction macro in order to use the Altro v3 decoder,
deleting obsolete CA tracking macro as this is incorporated in the standard macro

Check kTPCrefit for daughters, apply cuts from ConfigVertexingHF, added two variables to the ntuple

Possibility to perform the (pt,eta) unfolding within the CF (Alessandro)

plot also errors

redesign QC class

Adding "+" after the definition of the AliTOFRecoParam class.

setting options of HLTESDManager from the AliHLTReconstructor and using it in the HLTOUT processing macro

Fixed occasional division by zero in epos-tim

Fix aborting error

bugfix: the EsdCollector was not working after fix r33443 since it relies on the writing of
local ESD files by the HLTEsdManager. This has been made an optional feature, used by the
collector

JETAN update

A small fix for PROOF to prevent a crash in case outputs are trees.

Bug Fixed: Adding Error in case Trigger configuration is not found in DAQ logbook.

Small speedup for a very often used function

Obsolete code removed.

Updates provided by Magali Estienne
1 - remove the coding convention violations you sent to me few weeks ago
2 - look for jets using charged + neutral information from AODs

Updating GRP responsibles list (removing S. Kapusta)

Fixing a bug that sneaked in with the previous commit

- overload function FillTracksChecked in AliHLTTPCTrackArray.* to make it work with the new track structure
- modify the loops over clusters and tracks in AliHLTTPCTrackHistoComponent to have easier access to the used clusters
- update to the new track structure to enable the ntuple filling

Changing GlobalLogLevel when storing files in *Local* OCDB.

Updates needed for shuttle preprocessor

bugfix: the macro has not been adapted yet to the developments of the last year, FillESD is required for HLT in order to merge the ESD output of the macro to the AliESDs.root

fixed the reading of the FMD primary data (speed issue)

skip AliCaloAltroMapping delete at the end to avoid segmentation violation on exit for DAs

Update to read new DAQ data format

Added method AliAODRecoDecayHF::IsLikeSign()

Little change to run on CAF

Changed output file name from AliAODs.root to AliAOD.root

adding running options for the ITS cluster finding macro: running only spd, sdd, ssd or all;
adding macro documentation and comments (Gaute)

I improved (by a factor 2.5) the speed of the MatchToMC method
(there were unnecessary new/delete).
I changed accordingly also the class PWG3/vertexingHF/AliAODRecoCascadeHF.cxx)
[A. Dainese]

bug fix for new architecture

Removed cut on TPC clusters (cannot be done for AOD tracks)

adding all macros

Update for Kink tasks from Evi Ganoti

new shuttle machine

updated ldap schema

Updating ldif files both for the schema and the schema_prod, according to LDAP configuration.

Adding Charged Hadron Spectra task from Alexander Kalweit to PWG2spectra

Adding defualt switch  - export calibration objects - AliTPCseed

Using boolen switch
(Christian)

Remove event prints, move to debug
Correct double setting of the output aod handler in the analysis macro.

updates for pending productions LHC08d12-17

Added kTPCrefit and nTPCcls>50 requirements for displaced tracks; remove kITSrefit for soft-pi (just nITScls>=4)

Update of AliACORDEQAChecker class

updated cluster histo component for ITS (Gaute)
    - Removed 3D plot, used to much memory
    - Added documentation
    - New plot: phi vs eta

Adding new component for TRD monitoring (Theodor)
not yet included in the build

Using common HLT track data format for TRD tracks (Theodor)
- output of HLTTRDTracker is now standard HLT Tracks Struct
- changes in GlobalEsdConverter to follow HLTTRD changes
- GlobalTrackMerger now handles standard HLT Tracks Struct

addtional DSC alias from Tomek

bug fix. thanks to Axel Naumann.

Speed increase (mainly for offline), at least factor 2 for whole TRD offline reconstruction, 10% for HLT

Bug detail:
In case we use NextChamber(,..) function(which we does in our normal
reconstruction) in the current reader, we are missing the first ADC
channel data of every chamber except for the first chamber of a
supermodule. It happened since we use this first channel to check if we
meet new chamber without iterating back in case we return new chamber.
Theodor, once it is in svn, could you again compare the output of this
reader to those of HLTstreamer, and let me know if you still see the
problme? Thanks.

File IDs corrected for the SPD preprocessor (A. MAstroserio)

Bug fixes (M. Lunardon)

Improvements related to the new FEROM firmware (E. Fragiacomo)

Bugfix: Pad and time values where wrong due to wrong cast.
Also changed inputmultiplyer to 3.0

initialisation bug fixed

Introduction of Charged Hadron Spectra task from Alexander Kalweit (Alexander.Philipp.Kalweit@cern.ch)

Added protection in Terminate in case there is no output (useful when running with alien plugin)

Minor fix

; removed

Macro to create GRP reco-param object in OCDB.

Moving the GRP reco-param object from the reconstruction macros to OCDB.

Correct shell scipt and macro to be used with 2009 data.

add AliAODPWG4JetEventBackground class to store event by event background information from different methods (different R, charged only etc.

Additions for Neutral and charged fraction, error on area estimates

Return type corrected (Gustavo)

Alignmentmatrices for EMCAL added. (Gustavo Conesa)

Corrected handling of friens trees in Input (A. Dainese)

Getter added (Chiara)

Changes for PROOF mode

Skipping layers corresponding to ITS subdetectors that are not in the TriggerCluster (A. Dainese)

implementation of GPUTracker::SetDebugLevel() added