Updated documentation

Adding documentation (Marian)

1. Adding documentation.
2. No signal produced for dead channels.
   Dead channels identified - 0 noise for given pads.

   In order to run realistic simulation - proper OCDB
   noise entry to be used.

(Marian)

Adding a little more detail to the Reconfigure method's documentation to avoid possible confusion.

Adding extra protection to prevent cycles in the Agent linked list, which can cause infinite loops.

bug fix in part reading mc information

reverting r27483 partially in order to cope with bug of the PubSub framework

corrected misleading error message

bugfix: reset of sub-collection flag

added switch for doc to configure.ac; added monilithic doc build; configure.ac and AliHLTPHOSClusterizer.cxx adapted according to the latest reco param changes (r27529)

Updated geometry. Includes latest fixes in SPD

Duplicate volume name corrected.

Overlaps > 0.1 microns corrected.

Adding more documentation for usage of the class,
and data members.

Removed hardwired work around for PROOF

(Alexander Kalweit)

Fixed signatures of some methods

Comments explaining the meaning of the different track parameters stored in the ESD tracks (Marian)

Leftover from the code that should have been committed with revision 27536

Changes in reco. parameters according to revision 27529

Moving the QA for raw data inside the event loop (Yves). The list of the detectors in QA is matched with the list of the active detectors from GRP.

Removal of calls to static AliMUONReconstructor::GetRecoParam(). Thanks to Laurent for these fixes!

Removed hardwired gain inefficiency. Will be taken from the gain map.

improved handling of tpc only tracks
resolution histograms
clean up of unused selectors
! change of nsigma in standard cuts from 3 to 4 !

- chi2ndf part of constructor (but what should be put there ??)
- Is PrimaryCanddate() selects ALL tracks that have passed the primary track selection, even if they are
  also attached to a V0, Cascade, ...

bugfix: corrected misleading warning messages; ignore ComponentStatistics data blocks produced in the kChain handler

added buffer size protection for varying AliHLTTPCTrackSegment struct sizes and recovery for pre r27415 data formats

Additions needed in order to use the code inside the millipede alignment algoritm. Requested by Marcello.

Major commit related to steering of the reco parameters: AliDAQ and trigger classes updated. Reading and usage of the GRP emtry almost completely revised. Significant changes in AliReconstruction. Update AliDetectorRecoParam and AliRecoParam classes. A lot of changes in the detector's code implied by the changes in STEER. test/gun/rec.C and test/gun/recraw/rec.C macros updated as an example how to steer properly the reconstruction till the reco-param creation macros and prepared and the corresponding CDB entries are put in place. Please report any problems and possibly submit bug reports to savannah.

Removed useless prints

Bug fix (Raffaele)

Updated alignment objects (Raffaele)

Updated alignment objects and macro (Raffaele)

Deleted file VZEROTUNING1da.cxx

Unused DAs removed.

Absolute DCA cut in xy-plane.

Absolute DCA cut in XY plane added.

Added some printout to debug problems with SDD preprocessor (F. Prino)

Bug fixed: inverted order of processing of DCS DPs and DAQ files in order
to set correctly the FDR flag.

1-pass reference to aod branch to the frame, not the pointer; 2-track references not needed remove request from analysis macro

Changes for HLT: (Jacek Otwinowski)

1. Additional condition to check before creation of ClonesArray
2. Removed small memory leak - FindSplitted
3. Debug stream for splitted tracks optional

using non-uniform field option for tracking (Jacek)

Initial structure for PWG4JetTasks (for PWG4 Task Force) incl. steering macro and modified Makefile. First Task: Underlying Event studies

Additional protection in the destructor: when you have a chain of calls returning pointers, always check the intermediate pointers

Remove useless Dump

Adding functionality to generate AliESDEvent objects from dHLT raw data during offline reconstruction.
Making declared buffer requirements bigger for AliHLTMUONESDMaker.
Adding includes to allow the HLToutputTodHLTRootObjects.C macro to compile.

DA to write mapping for ZDC

Updated version of the proof-enabled comparison macros: now available for ITS, TPC, TRD, and TOF. Cleanup (Andrei Zalite)

Bug corrected

Bug fix. Was checking the wrong pointer for NULL value.

Gas gain, diffusion constants and Lorentz angle for ArC02 mixture

fix memory leak on master

Replace printf by AliInfo

Bug on ADC data corruption handling fixed

Scaler decoding added

Error in EMD run types corrected

Histos of mean charges added

Histos of mean charges added

Bug fix (Francesco)

AliTPCCalibCE.cxx  Add Setter to adjust the secotr rejection threshold (number of pads that need to have a signal)
AliTPCCalibCE.h    Add Setter to adjust the secotr rejection threshold (number of pads that need to have a signal)

(Jens)

mod needed by trunk

VZEROTUNING2da.cxx has been renamed VZEROINTEGRATIONGATETUNINGda.cxx

changed the setting

adding GetComponentDescription callback environment struct of external interface and handling of the description in the component base class

Pedestal subtraction implemented

updated with changes from Peter

removed unnecessary verbosity

removed unnecessary loop

Temporary fix: making sure that the ITS cluster indices between the "tracking" and "extra" indices are always negative.

removed misleading message, minor bugfix

1st version of EMCAL STU decoding (not yet with final format)

added collector component and HLTOUT handler for component statistics blocks and

added optional component statistics functionality

added optional component statistics functionality

Detector updates.

Added protection in case of outlyer maps which cover almost full sector

(Peter Christiansen)

Added RAW QA histograms that are filled when EndOfDetectorCycle is
called (as asked by Yves).
Tested with RAW data (with and without TPC data).

(Peter Christiansen)

Updated documentation line - how to use the class  (Marian)

Adding example  - fit of the cluster shape as function of many parameters (Marian)

Adding additional example (Marian)

Chnging of default thresholds for cluster finder - absolute values (Marian)

Impact parameter for TPC tracks coming from the AliESDtrack::GetImpactParametersTPC(Float_t p[2], Float_t cov[3])

reorganisation of the creation of the QADataMaker solving mem leaks

Script to create a random bad channel map.

bugfix: wrong index was used in FindHandlerDescription -> data blocks occasionally not found

added -overwrite option to ROOTFileWriter -> use TObject::kOverwrite flag; minor documentation correction

Absolute DCA cut (beam pipe radius) added.

- protection against missing track filter
- cut on absolute dca of primary tracks via filter instead of hard coded.

Getter added.

run macros over all sectors, using non-uniform field; correct cleanup of TClonesArray in AliHLTTPCOfflineClustererComponent.cxx (Jacek)

corrections in component documentation

using new TPC offline functions (r27421) to significantly speed up the reconstruction (Jacek)

HLT EMCAL DAs. Clusterizer and FillESD (Tracker) offline functionality implemented

Remove wrong selction: lost in 27435

Take into account > 2 jets per event. (D. Perrino)

Primary track quality selection for kink mothers.

Possibility to specify event selection criteria within the raw-data input URI. The method SelectEvents is moved to the protected area and is used only the constructor of the raw-readers. The syntax of the new functionality is filename?EventType=X?Trigger=Y, where X is the event type (7=physics event) and trigger is a 64-bit integers specifying the trigger mask to beused (AND logic is applied). Removal of all the SelectEvents outside the RAW module.

SelectInfo added to all AODTracks. (Ch. Klein-Boesing)

another error corrected

Volume name used twice corrected.

correction

Assembly instead of mother volume solves overlap.