Alignment macros by Dariusz

Some of the trigger base classes. Steering part not yet in.

Extensive Upgrade :
1. Bug Fix : proper place for re-initialisation of all the local variables (pb in case of several cascades present in a single event)
2. Terminate method : plotting 8 plots into 4 pads :
   2.1 Track Multiplicity,
   2.2 Cascade multiplicity
   2.3 Inv effective mass : Xi-, Xi+ and Omega-/Omega+
3. AliCFContainer : container to store any 3D histos with the different PID flavours,* 4 : for each cascade species          (fCFContCascadePIDOmegaMinus)
4. AliCFContainer - fCFContCascadeCuts : container meant to store all the relevant distributions corresponding to the cut variables
     (Towards the optimisation of topological selections)

A.Maire

esd_tracks.C
- Make esd_tracks_MI() use AliEveTrack, put them into TEveTrackList.

AliEveConfigManager
- Use getters now implemented in ROOT trunk (in ifdefed code).

reduced printout, put TH1::AddDirectory to histogram creation

update

AliEveConfigManager
- New class to handle management of AliEve configuration.

alieve_main
- Instantiate AliEveConfigManager.

its_hits.C
- Only use VizDB.

First physics production: requests #128-#131

added the possibility to have external parameters for the checking

From Pawel Debski: more modes for VizDB.

Fix for report #59228: Request to update OCDB/ITS/Calib/SPDDead

Fixes to trigger reconstruction component to handle real data better.
AliHLTMUONTriggerReconstructorComponent now also generates optional debug data blocks and AliHLTMUONRootifierComponent fills the data into the rootified objects.
Also fixed up some of the printing and documentation in the dHLT ROOT objects.

changes to run also on AOD MC

additional method for parameterizing particle production

Use z of hit instead of -zero- to make it work with inclined trigger chambers

Adding the proper n-sigma PID approach. It is assigned to the kSigma1 flag

added the possibility to have external parameters for the checking

additional cuts for AOD (Ingrid)

Bug fix - interpretation of the Trigger info
Warning removal
(Jens)

warnings removed

adding new QA tasks from Marta

Print commented

Problem in ch. mapping writing in the OCDB solved

Read all the coeff. from energy calib. object

Forgotten .h

correcting problem with undefined symbol in libAliHLTHOMER after the
cmake update in r36887

Macro to read output of CF task

Macros to plot output for D0Mass task (Chiara)

Added minuit contour plots (Chiara)

Added correlation histos

Adding export of calibration from vdrift calibration
using TPC-ITS/TPD-TRD/TPF-TOF matching of the tracks
(Marian)

Fixing compilation warnings

removed duplications in AlidNdPtHelper and AliPWG0Helper and small changes

M      AliTPCcalibCalib.cxx   - set after refitting also TPC out in friends
M      AliTPCcalibCosmic.cxx  - Example for debug stremear in commented  part
M      AliTPCcalibLaser.cxx   - Warning removal + Add min. number of clusters cut
M      AliTPCcalibTime.h
M      AliTPCcalibTime.cxx    - Adding the TPC-ITS, TPC-TOF, TPC-TRD vdrift/T0 calibration  and alignment

Marian

Fixed compilation warning (thanks Federico)

fProduceHistograms flag is set to 0 by default

VertexerHistoComponent added.
The component is written by Timur, it produces histograms with primary vertex, and with ITSSPD primary vertex.
The input is (optionally) ESD and (optionally) SPDVertex
The output is the set of histograms.

* AliEveVSDCreator
  Major cleanup and partial rewrite.

  Now (again) properly dumps in TEveVSDStructs:
  - Kinematics;
  - Hits for ITS, TPC, TRD and TOF (could easily add others);
  - Clusters -- same as above;
  - ESD tracks.

  Supports writing of several events into the same file.

  It should now be easy to display this data in ROOT only.

* macros/alieve_create_vsd.C
  Update for the new features.
  Support "min number of ESD tracks" cut.

* AliEveEventManager
  Add static CurrentEventId().

Correct memory leak in ExtractCE (double deletion of pressure sensors)

Use the time gain correction only of specified in the RecoParam
(Marian)

removing terminate overload and adding a warning for option requirement (B.Hippolyte)

Destructor implemented.

Leak corrected (Rossella Romita)

fixed warning

fixing coding viols

Rotate MUON trigger chambers around the x-axis with 0.794 degrees

Corrected calculation of tmin in FixParticleDecaytime()

warning removed

MAcro to buid the AliITSRecoParam object to be used for p-p 2009 data (A. Dainese)

Rename AliEveGedFrame to AliEveGedNameFrame. Fix warning.

Fix function name

Added Calib/Ref to the list of OCDB entries in the documentation

Restore the access to the ocdb files via the SPD daqDetDB. Update the documentation accordingly.

changed the discovery of the QA reference data from AliQAChecker to AliQACheckerBase so that reference data will be searched only when needed

implemented the possibility to exclude one or more detectors from the QA using the syntax ALL -XXXX -YYYY

Corrected the way that canvases are saved.

adjusting output size estimator for TRD tracker component (Theodor)

Change in envelope to allow tilting the trigger chambers.
[bug #59041] Change of volume YOUT2 cutout in the Dipole for MUON chamber rotation

New version of train macro and configuration

moving dndpt classes to base library (Jacek)

Added AliAnalysisManager::SetExternalLoop() to trigger analysis execution via an external loop. Works only if the input tree in StartAnalysis is NULL.
The way to use this is:
   ...
   //No input handler - the input container has to be defined and have the object type
   AliAnalysisDataContainer *cinput =
   mgr->CreateContainer("cinput_myTask", AliESDEvent::Class(), AliAnalysisManager::kInputContainer);
   ...
   mgr->SetExternalLoop();
   mgr->StartAnalysis("local");
   // ... you get a printout informing that you control the event loop
   // Loop over input events
   ...
   while (inputEvent) {
      cinput->SetData(inputEvent);
      mgr->ExecAnalysis();
   }
   mgr->Terminate()

Config file for high mult (off 3 and 4 prong) - temporary solution

extending trigger agent and it's HLTOUT handler
- handle forwarded input trigger decisions of the global decision
- implement support for the data types kAliHLTDataTypeTriggerDecision and
  kAliHLTDataTypeGlobalTrigger

implementing the short info option which includes a TNames array instead of input objects and trigger decisions
adding the option -include-input=both to include both the objects and short info
bugfix in the parsing of the -include-input option

There is currently a problem in the streaming of the arrays of the GlobalTriggerDecision which causes the
short info not to show up in the extracted object when there are no trigger decisions. Furthermore only the
the fisrt object of the input object array is there after extracting (in mode 'both'). The second one which
is the CTPData object is missing. Under investigation.

adding some additional protection in the Print() function
input objects might not be known, especially when they are defined in component
libraries not necessarily loaded

Avoid jumping of entries in data-selector window -- restore scrollbar position after update.

Change color of 'bad tracklets'.

new method where detectors can reset their local parameters

From Pawel Debski: further changes for VizDB.

Double delete problem in OCDB
(Marian)

Bug fixed

Type mismatches fixed - between DCS and Preprocessor - between Digit and TriggerSimulator

Do not use TMath::AreEqual which does not exist yet in Root 5.24

remove debug stream from official train

Added possibility to stream selected AOD events to a different AOD file. To do this inside a task:
1. Make sure an AOD handler is connected to the current analysis manager before creating the task.

2. Add in the task constructor or in LocalInit():

  AliAODHandler *aodH = (AliAODHandler*)((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetOutputEventHandler());
  if (!aodH) Fatal("UserCreateOutputObjects", "No AOD handler. Aborting.");
  aodH->AddFilteredAOD("AliAOD.Muons.root", "MuonEvents"); // for example

The pointer to the extension should not be backed-up upon adding the AOD extension, but this can be done in CreateOutputObjects()

3. Check the selection criteria in UserExec(). If fulfilled, select the event:
    AliAODExtension *extMuons = aodH->GetFilteredAOD("AliAOD.Muons.root");
    extMuons->SelectEvent();

That is all.

new Trending variables in the detector checker task:

Plateau value of the Pulse height spectrum
Slope of the plateau (both derived from a linear fit)
Time bin of the amplification peak

Correction in initialisation.

mod to go to one output file

signal/LED events will be looked at for standalone runs (LED events not present in PHYSICS runs)

Load 1st event in Notify()

Technical fix for bug #59067: TUHKMgen bug during simulation

CsI QE maps file in OCDB

Reconstruction parameters file in OCDB

PHOSBCMda.cxx (Dead Channel Finder) update:
- working for all 3 PHOS modules;
- histograms for all modules stored into the single root file;
- use Fitterv3 to estimate the quality of the samples.

Moving the trigger ocdb entry from ITS to TRIGGER folder. In sync with the new TRIGGER pp running within Shuttle (Annalisa). Small fix in the reconstruction in order to fetch the trigger entries from the new location. Should be revised by loading only entries that are needed.

Parameters for analytical dEdx correction (Marian)

Fixing problems with AliHLTGlobalTriggerComponent and failing test: testGlobalTriggerComponent.C

correct index (Theodor)

Don't request reference data during reconstruction
(Jens)

SDD ladders survey added to AliITSSurveyToAlign class (M. Poghosyan)

fix wrong Bz usage

Fix for report #58884: TRD sector 10 missing in the geometry in the OCDB on alien.

New version with extra task from KINK.

Bug fixes

Correct version of OCDB file

Reducing verbosity

Less verbose output

Fixing warnings

Update of the ACORDE's Geometry (Mario)

Fixing the vector-based output (pdf,ps,eps)