Updates to accomodate change in DP name syntax

oops, return AliEMCALShishKebabModule to package definition

remove unused geometry class AliEMCALGeometryOfflineTrd1

need to specify the detector ID when adding TrackRefs

AliMUONDigitCalibrator.cxx

       Two bug fixes : a major one that lead to a crash in reconstruction when there is missing gain values for some manus, and a minor one that inhibited the usage of the "GAIN" option.

MUONOfflineShift.C

        Update of the macro which is now running 4 times on the same raw data to test the various reco options (no zero suppression, zero suppression alone, zero suppression + gain correction w/ constant capacitance, and finally the full blown calibration with zero suppression, gain correction w/ channel dependent capacitance)

Drift velocity calibration document
For the moment only calibration using treacks (Marian)

silvermy@ornl.gov - first version of EMCAL MOOD code (from last year)

Copy/paste error fixed

silvermy@ornl.gov - first version of EMCAL DAQ DA

AliMUONRecoParam:
  - normalized text format

AliMUONVDigit, AliMUONRealDigit:
  - clean up the code

AliMUONxDMap[Iterator], AliMpExMap
  - add or correct clear methods when needed to prevent memory leaks
  - add protections against potential breaks
  - AliMUON1DMapIterator: Use same (faster) iteration method as for 2DMap

In Stores:
  clusterStore:
  - methods add(...) return the added object
  trackStore:
  - methods add(...) return the added object
  - implemented method delete(...)
  digitStore:
  - add protection against ba class name

In Tracking:
  TrackReconstructors:
  - correct potential bugs during track improvement
  - make it more modular
  AliMUONTrack:
  - modify clear() method, prevent memory leaks
  AliMUONTrackParam:
  - correct potential memory leak

(Philippe P.)

Bug fixed for conversion to same float value for start/end timestamps

Updating the AliAnalysisFemtoTask to work with
both the ESD and AOD output

Fix so that the trigger configuration can be loaded correctly within the shuttle preprocessor

Bug fix in the rapidity selection of QA'ed tracks

Bug fix affecting the MUON DA build.

Update of the cluster finder (Marian, Adam Matyja)

FindKrClustersRaw.C - set reconstruction parameters
AliTPCclusterKr.cxx  AliTPCclusterKr.h - Adding new data members - cluster position

AliTPCvtpr.h AliTPCvtpr.cxx - adding position data member
AliPadMax.h AliPadMax.cxx   - adding position data member
AliTPCclustererKr.cxx AliTPCclustererKr.h - adding setter and getter to configure cluster finder

Undo previous commit of this file

Undo previous commit of this file

Implements daqDA_DB_storeFile function to store file in the detector DB

Remove AliTRDclusterMI, AliTRDclusterCorrection, AliTRDmcTrack

Remove AliTRDclusterMI, AliTRDclusterCorrection, AliTRDmcTrack

Remove AliTRDclusterMI, AliTRDclusterCorrection, AliTRDmcTrack

- Set specific storage to local CDB for Gains
- Do not set specific storage for Mapping & DDLStore, as this
  is needed only for data from 2007

Updated temperature status bit (V. Pospisil)

Compilation on Windows/Cygwin

Updating TPC shuttle configuration file

removal of eff. C++ warnings (R.Vernet)

Protection against same start/end timestamps

set the right comment in a printout

Version number increased.

AliMUONTrackerIO:
        New class to read all MUON tracker calibration ASCII files
        (e.g. the ones from the DA)
(Laurent)

AliMUONPedestalSubprocessor
AliMUONGainSubprocessor
        Forward the reading of ASCII file to the new class AliMUONTrackerIO.
        Note the format change of gain files, and the corresponding change
        in behaviour of the gain subprocessor (we will no longer fail for
        DAC values where the DA did not produce the gain file).
(Laurent)

MUONTRKda.cxx
       Store dummy files in FES (to prevent shuttle failure)
(Jean-Luc)

Exclude bad anodes from baseline equalization calculations (F.Prino)

Coding conventions

- introduce IsBad() virtual method in AliITSCalibration to check the status
of an entire module
- introduce IsChipBad(Int_t) virtual method in AliITSCalibration to check the
status of a chip
- implementation of these methods for SDD
- new chip numberig scheme (0-7) instead of (2 x 0-3) in SDD calibration class
- minor modifications in AliITStrackerMI and AliITSsimulationSDD to comply
with new naming scheme

Fixes for Febr. 2008 run

updated SSD pedestal DA

Fix for the web-page link field. New reference run number field.

Corrected file name for Doxygen

An example macro creating 2d histograms for the
two-track splitting and merging effects

New macros for the offline shifts

Additional protection

Made it compatible with new AliAODHeader structure.

Typo

string.h instead of cstring on Solaris x86

Use new for arrays with vatriable size (Solaris x86)

strings.h needed on Solaris x86

Use new for arrays with vatriable size (Solaris x86)

Using stdlib.h on Solaris x86

Return value if the method is not void

Compilation on Windows/Cygwin. Corrected dependences

Adding the track fit residuals as a consequence of the ExB distortions (Marian)

Memory leak fixed

Visulaization macro for ExB effect (Marian)

Adding visulaization for ExB effect (Marian)

New OCDB configuration entry for HighVoltage (updated DP names)

Adding Analysis task (Marian)

Adding additional documentation (Marian)

Bug fix - protection agains double deletion (Marian)

Bug fix for list of cc addresses

removing obsolete documant

adding TPC calibration documents (Marian, Haavard)

Using CURDIR in quotes because some systems accept white spaces in the file names

Chip number information added to segmentation mother class and to SDD segmentation class

Updated comment for compliance with the parsing algorithm

Updated list of libraries

Compilation on Windows/Cygwin

Makefile mode added

lhapdf.f used from the original LHAPDF distribution. Modifications to avoid data transfer through common blocks between different FORTRAN libraries (this is error prone and depends on the compiler features)

Additional protection

Removing pointless manipulations with the L1 trigger message from TPC. In the new runs taken at P2 this has been fixed

Added the missing check comparing filesize of local file with the one stored in the FXS DB

Include HLTTemperature OCDB entry to select temperature sensors to be handled by HLT
Update Amanda string pattern identifying temperature sensors

Documentation implemented

Remove warning in TMap GetValue (Marian)

test function for GUI functionality

correct handling of equipment id selection implemented

Adding possibility to use only local maximas
(Marian)

macros for reconstruction for both cases: cosmic and PDC08

reconstruction for both cases: cosmic and PDC08

work correction for PDC08

time delays for PDC

Avoid duplication of data memeber names in the base and derived classes since it affects the Root IO in split mode

Initialization of data members

DA & preprocessor for cosmic runs from Michal

DA & preprocessor for cosmic runs from Michal

DA & preprocessor improved by Michal

Bug fix

Bug fix. Protection added to avoid program crash when the reconstruction is done skipping a layer (A. Dainese)

SSD QA - Updates from Panos Christakoglou and Boris Hippolyte

Added FindBadChannelsEmc() and CalibrateEmc(); all possible run types processed separately.

Completing the setup for TTherminator model.
Adding a default location for SHARE particle and decay input files.
Adding default input files for LHC PbPb central collisions 0-5%
Adding default input files for LHC PbPb midcentral collisions 20-30%
Modifying TTherminator and AliGenTherminator to support the selection
of the default setups and default configuration file locations.

Protect against calculating exponents of large numbers

AliRawReaderHLT finished to replace original TPC data by data from the HLT stream; reader still needs work to support all use cases and to be more robust

Minor fix for compatibility with MacOS

Bug fix (Levente)

Don't add mapping to the tree - AliTPCPreprocessorOnline.cxx

Adding possibility to export result for calib Viewer
void MakeTree(const char *fname="QApad.root"); - AliTPCdataQA.cxx

(Marian)

Updated GUI - use TPC calib viewer
Adding manual in README file (Marian)

Adding missing protection if no data - AliTPCCalibViewerGUI.cxx      AliTPCCalibViewer.cxx
Changing default time range    - AliTPCQADataMakerRec.cxx

common base class for HLT reconstruction classes and global system instance implemented

Bug fix: added missing datatypes